III SA/Wa 386/26

III SA/Wa 386/26 - Wyrok WSA w Warszawie
Data orzeczenia
2026-06-17
orzeczenie nieprawomocne
Data wpływu
2026-02-24
Sąd
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie
Sędziowie
Agnieszka Baran
Ewa Izabela Fiedorowicz /przewodniczący/
Matylda Arnold-Rogiewicz /sprawozdawca/
Symbol z opisem
6113 Podatek dochodowy od osób prawnych
Skarżony organ
Dyrektor Izby Administracji Skarbowej
Treść wyniku
Uchylono zaskarżoną decyzję
Sentencja
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodnicząca sędzia WSA Ewa Izabela Fiedorowicz, Sędziowie sędzia WSA Matylda Arnold-Rogiewicz (sprawozdawca), sędzia WSA Agnieszka Baran, Protokolant specjalista Michał Strzałkowski, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 17 czerwca 2026 r. sprawy ze skargi R. sp. z o.o. z siedzibą w W. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. z dnia [...] października 2024 r. nr [...] w przedmiocie odmowy wypłaty oprocentowania od zwróconej nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za 2019 r. 1) uchyla zaskarżoną decyzję; 2) zasądza od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. na rzecz R. sp. z o.o. z siedzibą w W. kwotę 17.212 zł (słownie: siedemnaście tysięcy dwieście dwanaście złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
Uzasadnienie
Pismem z 5 grudnia 2022 r., R. sp. z o.o. z siedzibą w W. (dalej "Skarżąca", "Strona" lub "Spółka") wystąpiła do Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w W. (dalej "Naczelnik US", "NUS" lub "organ pierwszej/I instancji") o stwierdzenie i zwrot nadpłaty w kwocie 1.688.754,00 zł, wynikającej z korekty zeznania o wysokości osiągniętego dochodu (poniesionej straty) przez podatnika podatku dochodowego od osób prawnych za rok podatkowy od 1 stycznia 2019 r. do 31 grudnia 20189r. (CIT-8) w związku z decyzją Szefa Krajowej Administracji Skarbowej (dalej "Szef KAS") z [...] grudnia 2021 r. nr [...] w sprawie jednostronnego uprzedniego porozumienia cenowego. Zwrot nadpłaty w kwocie 1.688.754,00 zł nastąpił 21 marca 2023 r., na podstawie art. 75 § 4 ustawy z 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (t.j. Dz. U. z 2023 r. poz. 2383, z późn. zm., dalej "o.p.").
Następnie, pismem z 19 kwietnia 2024 r., Strona, reprezentowana przez pełnomocnika, powołując się na art. 80 § 1, art. 78a oraz art. 78 § 1 i § 4 o.p. w związku z art. 49 (zakaz ograniczania swobody przedsiębiorczości) oraz art. 56 (zakaz ograniczania swobody świadczenia usług) Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej (Dz. U. UE z 2016 r., C 202/1, dalej "TFUE") oraz art. 2 i art. 32 ustawy z 2 kwietnia 1997 r. - Konstytucja Rzeczypospolitej Polskiej (Dz. U. z 1997 r., Nr 78, poz. 483 z późn. zm., dalej "Konstytucja RP") oraz w związku z orzecznictwem Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej (dalej "TSUE"), w szczególności z wyrokiem z 15 lipca 1964 r. w sprawie 6/64, Flaminio Costa v E.N.E.L, wyrokiem z 28 kwietnia 2022 r. w sprawach połączonych C-415/20, C-419/20 i C-427/20 oraz wyrokiem z 8 czerwca 2023 r. w sprawie C-322/22, zwróciła się do Naczelnika US z wnioskiem o zwrot:
pozostałej, niezwróconej części nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za lata 2018, 2019 oraz 2020, której część zwrócono Stronie w wyniku prowadzonych przez organ podatkowy postępowań nadpłatowych oraz
pozostałej części należnego oprocentowania nadpłat, o których mowa w pkt 1), za okres od dnia powstania nadpłaty do dnia jej zwrotu w całości.
W uzasadnieniu wniosku Strona wskazała, że w latach 2018-2020 ponosiła wydatki z tytułu licencji oraz usług zarządczych na rzecz R. N.V. z siedzibą w Holandii (podmiot powiązany), które były objęte limitowaniem na podstawie art. 15e ustawy z 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (t.j. Dz. U z 2023 r., poz. 2805 z późn. zm., dalej " u.p.d.o.p."). Dodała, że – zgodnie z art. 15e ust. 15 u.p.d.o.p. – wyłączenie z kosztów uzyskania przychodów nie miało zastosowania do kosztów w zakresie, w jakim uprzednie porozumienie cenowe (dalej "APA") obejmowało prawidłowość kalkulacji wynagrodzenia. W związku z tym, 19 grudnia 2019 r., Strona złożyła wniosek o wydanie jednostronnego porozumienia cenowego dotyczącego transakcji z podmiotem powiązanym. Decyzja APA wobec Strony wydana została [...] grudnia 2021 r., po trwającym ponad 23 miesiące postępowaniu. W decyzji APA potwierdzono, że warunki transakcji pomiędzy Stroną a podmiotem powiązanym odpowiadają warunkom rynkowym (tj. warunkom pełnej konkurencji).
Dalej Strona wyjaśniła, że po uzyskaniu decyzji APA złożyła wnioski o stwierdzenie i zwrot nadpłaty za lata 2018, 2019 i 2020 w celu odzyskania nadpłaconego podatku dochodowego od osób prawnych z uwagi na pierwotne objecie ponoszonych wydatków limitowaniem z art. 15e ust. 1 u.p.d.o.p., w wyniku czego zwrócono jej żądane kwoty w wysokości odpowiadającej kwocie nadpłaconego podatku, tj.: 623.857,00 zł – za 2018 r. (zwrot 28 kwietnia 2023 r.), 1.688.754,00 zł – za 2019 r. (zwrot 31 marca 2023 r.) oraz 1.391.567,00 zł – za 2020 r. (zwrot 31 marca 2023 r.).
Zdaniem Strony, skoro uzyskanie decyzji APA było elementem niezbędnym do uzyskania nadpłaty, to oprocentowanie nadpłaty za okres prowadzenia postępowania w sprawie APA powinno wynikać z zastosowania per analogiam przepisów o oprocentowaniu nadpłaty w toku przedłużającego się postępowania nadpłatowego. Jednocześnie Strona stwierdziła, że już sam fakt, że możliwość rozpoznania kosztu była odroczona w czasie do czasu uzyskania decyzji APA był dyskryminujący, co naruszało zarówno prawo konstytucyjne, unijne jak i wiążące umowy międzynarodowe – i wymaga wyrównania poniesionego przez nią uszczerbku.
W konsekwencji, Strona stanęła na stanowisku, że nadpłaty podatku dochodowego od osób prawnych powinny podlegać oprocentowaniu za okres od dnia ich powstania (tj. od dnia złożenia zeznania rocznego) do dnia ich pełnego zwrotu, z uwagi na:
1) przedłużające się postępowanie APA ponad niezbędną miarę, co powoduje, że została pozbawiona możliwości dysponowania własnymi środkami wbrew Konstytucji RP, stąd powinna mieć prawo do uzyskania oprocentowania na zasadach analogicznych dla nadpłat przewidzianych przez przepisy Ordynacji podatkowej,
2) wadliwość regulacji art. 15e u.p.d.o.p. jako takiej, tj. z uwagi na jej niezgodność z prawem unijnym, Konstytucją RP i wiążącymi umowami o unikaniu podwójnego opodatkowania.
Organ I instancji, po rozpatrzeniu wniosku z 19 kwietnia 2024 r., decyzją z [...] lipca 2024 r. nr [...] (doręczoną 22 lipca 2024 r.), odmówił wypłaty oprocentowania od zwróconej Stronie 31 marca 2023 r. kwoty 1.688.754,00 zł nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za 2018 r.
Od tej decyzji, pismem z 2 sierpnia 2024 r., Skarżąca, reprezentowana przez pełnomocnika, złożyła odwołanie, wnosząc o jej uchylenie w całości oraz orzeczenie co do istoty sprawy i pełen zwrot należnej pozostałej kwoty nadpłaty podatku dochodowego od osób prawnych za 2019 r. wraz z żądanym we wniosku z 19 kwietnia 2024 r. oprocentowaniem.
Zaskarżonej decyzji Strona zarzuciła naruszenie:
1) art. 80 § 1, art. 78a oraz art. 78 § 1 i § 4 o.p. w związku z wiążącym orzecznictwem TSUE oraz art. 49 oraz art. 56 TFUE oraz art. 2 i art. 32 Konstytucji RP - poprzez błędną wykładnię powyższych przepisów dokonaną z pominięciem prawa Unii Europejskiej oraz wywodzonej z orzecznictwa TSUE zasady proporcjonalności – a w konsekwencji błędne uznanie, że prawo do oprocentowania nadpłaty nie przysługuje w sytuacji przedłużającego się postępowania w przedmiocie wydania uprzedniego porozumienia cenowego (APA) oraz w sytuacji niezgodności regulacji art. 15e u.p.d.o.p. z normami wyższego rzędu; skutkiem tego naruszenia była odmowa zwrotu pozostałej części nadpłaty podatku dochodowego od osób prawnych za 2018 r. wraz z oprocentowaniem;
2) art. 210 § 1 pkt 6 i § 4 o.p. - poprzez wadliwe uzasadnienie decyzji, tj. brak odniesienia się przez organ do okoliczności wskazanych przez Stronę we wniosku z 19 kwietnia 2024 r. wskazujących na niezgodność regulacji art. 15e u.p.d.o.p. z normami wyższego rzędu oraz na przedłużające się postępowanie APA w kontekście zasady proporcjonalności;
3) art. 121 § 1 oraz art. 120 o.p. - poprzez działanie organu w sposób sprzeczny z zasadą legalizmu, która wymaga działania na podstawie i w granicach prawa, w tym prawa wspólnotowego, a w konsekwencji, nieuwzględnienie przez organ podatkowy orzecznictwa TSUE dotyczącego oprocentowania nadpłat powstałych wskutek naruszenia prawa Unii Europejskiej.
Decyzją z [...] października 2024 r. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w W. (dalej "Dyrektor IAS" lub "organ odwoławczy"), po przeanalizowaniu okoliczności sprawy, zgromadzonych dowodów oraz zgłoszonych zarzutów, utrzymał w mocy decyzję Naczelnika US z [...] lipca 2024 r.
Dyrektor IAS na wstępie uzasadnienia decyzji zauważył, że przedmiotem postępowania jest ocena prawidłowości rozstrzygnięcia organu pierwszej instancji w przedmiocie odmowy wypłaty oprocentowania od zwróconej nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za 2019 r.
Z akt sprawy wynikało - stwierdził Dyrektor IAS - że po rozpatrzeniu złożonego przez Stronę wniosku z 19 grudnia 2019 r. dotyczącego transakcji pomiędzy podmiotami powiązanymi, polegającej na udzieleniu licencji oraz świadczeniu usług zarządczych przez R. N.V. na rzecz Skarżącej, Szef Krajowej Administracji Skarbowej wydał decyzję z [...] grudnia 2021 r. nr [...] w sprawie jednostronnego uprzedniego porozumienia cenowego, w której potwierdził rynkowy charakter transakcji. Decyzja ta stanowiła podstawę do skorygowania zeznania za rok podatkowy od 1 stycznia 2019 r. do 31 grudnia 2019 r. (CIT-8) poprzez uwzględnianie w kosztach uzyskania przychodów wydatków uprzednio z nich wyłączonych, a w konsekwencji do wystąpienia z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty podatku dochodowego.
Organ odwoławczy wskazał, że wniosek o stwierdzenie i zwrot nadpłaty podatku dochodowego od osób prawnych za 2019 r. wraz ze skorygowanym zeznaniem za 2019 r. (CIT-8) Strona złożyła 5 grudnia 2022 r. Natomiast zwrot nadpłaty w kwocie 1.688.754,00 zł nastąpił, na podstawie art. 75 § 4 o.p., 31 marca 2023 r., a zatem po upływie 2-miesięcznego terminu wynikającego z art. 77 § 1 pkt 6 lit. a) o.p. Stosownie do art. 78 § 3 pkt 3 lit. c) o.p., oprocentowanie nadpłaty przysługuje, w sytuacji, gdy nadpłata nie został zwrócona w terminie, o którym mowa w art. 77 § 1 pkt 6 lit. a) o.p., o ile do opóźnienia nie przyczynił się podatnik.
Wskutek wniesienia wniosku o stwierdzenie nadpłaty wraz ze skorygowanym zeznaniem - wywodził dalej Dyrektor IAS – organ I instancji podjął działania zmierzające do ustalenia stanu faktycznego w zakresie niezbędnym do stwierdzenia prawidłowości dokonanego rozliczenia, które były konieczne do zweryfikowania poprawności skorygowanego zeznania oraz zasadności wniosku o stwierdzenie i zwrot nadpłaty, tj.:
1) pismem z 3 stycznia 2023 r. organ podatkowy wezwał Stronę do złożenia dokumentów i wyjaśnień, zaś Strona udzieliła odpowiedzi 23 stycznia 2023 r., wnioskując uprzednio o przesunięcie terminu ich dostarczenia,
2) pismem z 6 lutego 2023 r. organ podatkowy wezwał Stronę do złożenia dodatkowych dokumentów i wyjaśnień, zaś Strona udzieliła odpowiedzi 28 lutego 2023 r., wnioskując uprzednio o przesunięcie terminu ich dostarczenia.
Bez wyjaśnień i dokumentów objętych każdym z wezwań - podkreślił Dyrektor IAS - organ pierwszej instancji nie byłby w stanie rozstrzygnąć sprawy zainicjowanej wnioskiem z 5 grudnia 2022 r., bowiem do tego wniosku Strona załączyła jedynie decyzję w sprawie jednostronnego uprzedniego porozumienia cenowego wraz z postanowieniem o sprostowaniu oczywistych omyłek pisarskich zawartych w tej decyzji oraz kopię umowy o udzielenie licencji i usług zarządczych w języku angielskim ("Amended and restated license and management services agreement"). Naczelnik US, podejmując wyżej wskazane działania - zdaniem Dyrektora IAS - wypełniał obowiązki związane z realizacją prawdy materialnej. Wprawdzie z przebiegu postępowania podatkowego wynikało, że Strona współpracowała w sprawie z organem podatkowym i wykonywała jego żądania, jednak oczekiwanie na rezultaty podjętych czynności (tj. wystosowanych wezwań) oraz konieczność przeanalizowania napływających dokumentów stanowiły przyczyny zwrotu nadpłaty podatku dochodowego od osób prawnych za 2019 r. z uchybieniem terminu określonego w art. 77 §1 pkt 6 lit. a) o.p. W ocenie organu odwoławczego, odpowiedzialność za okoliczności, z których wynikały przyczyny opóźnienia w zwrocie nadpłaty, ponosiła Spółka, wobec czego brak było podstaw do zastosowania art. 78 § 3 pkt 3 lit. c) o.p.
Nie ma natomiast podstaw prawnych - stwierdził Dyrektor IAS - żądanie oprocentowania nadpłaty podatku dochodowego, po pierwsze, z uwagi na przedłużające się postępowanie w sprawie wydania decyzji APA umożlwiającej niestosowanie art. 15e u.p.d.o.p. w zakresie w jakim decyzja ta potwierdza rynkowy charakter transakcji - co najmniej od dnia złożenia wniosku o wydanie decyzji APA, a po drugie, z uwagi na dyskryminacyjny charakter art. 15e u.p.d.o.p. i niezgodność tej regulacji z prawem unijnym - od dnia powstania nadpłaty, tj. od momentu złożenia zeznania.
W pierwszej kolejności organ odwoławczy zauważył, że brzmienie art. 78 § 3 o.p. wskazuje na katalog oprocentowania nadpłat oraz ściśle określonych sposobów ich naliczania w zależności od przyczyn powstania i terminów dokonania zwrotów nadpłaty. Oprocentowaniem objęte zostały m.in. nadpłaty powstałe w związku ze skorygowaniem zeznania. Wówczas oprocentowanie przysługuje od dnia złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty wraz ze skorygowanym zeznaniem. Ustawodawca nie przewidział odrębnego sposobu naliczania oprocentowania w przypadku nadpłaty powstałej w konsekwencji korekty zeznania, w związku z decyzją APA, w której potwierdzono rynkowy charakter transakcji, poprzez uwzględnianie w kosztach uzyskania przychodów wydatków uprzednio z nich wyłączonych na podstawie art. 15e ust. 1 u.p.d.o.p. Jako przesłanka oprocentowania nadpłaty nie zostało uznane również wydanie decyzji APA z uchybieniem terminu określonego w art. 97 ust. 1 ustawy z 16 października 2019 r. o rozstrzyganiu sporów dotyczących podwójnego opodatkowania oraz zawieraniu uprzednich porozumień cenowych (t.j. Dz. U. z 2023 r., poz. 948 ze zm., dalej "ustawa DRM").
Organ odwoławczy stwierdził, że trudno podzielić stanowisko Skarżącej, zgodnie z którym w przypadku przekroczenia terminów na wydanie uprzedniego porozumienia cenowego powinny mieć zastosowanie odpowiednio przepisy regulujące moment zwrotu nadpłaty oraz należnego oprocentowania (chociażby na zasadzie analogii), w szczególności art. 77 § 1 pkt 6 lit. a) o.p. oraz art. 78 § 3 pkt 3 lit. b) o.p. W polskim porządku prawnym - argumentował Dyrektor IAS - warunkiem stwierdzenia nadpłaty podatku jest złożenie przez podatnika wniosku o stwierdzenie nadpłaty, a jeżeli z przepisów prawa podatkowego wynika obowiązek złożenia zeznania (deklaracji), to podatnik równocześnie z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty jest obowiązany złożyć skorygowane zeznanie (deklarację). O ile decyzja APA może stanowić podstawę powstania nadpłaty, o tyle - jeżeli podatnik nie skoryguje zeznania i nie złoży wniosku o stwierdzenie nadpłaty - decyzja APA nie rodzi po stronie organów podatkowych obowiązku stwierdzenia nadpłaty. W rozumieniu przepisów regulujących kwestie nadpłat i ich oprocentowania okoliczności związane z wydaniem decyzji APA, w tym uchybienie terminowi określonemu w art. 97 ust. 1 ustawy DRM, nie mogą stanowić o początkowej dacie oprocentowania nadpłaty. W realiach przedmiotowej sprawy, spośród przypadków wymienionych w art. 78 § 3 o.p., zastosowanie mógłby znaleźć art. 78 § 3 pkt 3 lit. c) o.p. Organ odwoławczy zaznaczył jednak, że wystąpiły negatywne przesłanki wyłączające taką możliwość. Skoro możliwość oprocentowania nadpłaty powstałej w związku z korektą zeznania, a co za tym idzie ustalona przez ustawodawcę długość okresu, za który przysługuje oprocentowanie, wynikają wprost zobowiązujących przepisów, to - zdaniem Dyrektora IAS - w takim przypadku nie jest zasadne stosowanie na zasadzie analogii innych przepisów regulujących kwestie dotyczące oprocentowania.
Co zaś się tyczy sformułowanego przez Stronę zarzutu sprzeczności art. 15e u.p.d.o.p. z prawem unijnym, organ odwoławczy wskazał, że przepisem, w którym pojawia się aspekt naruszenia prawa wspólnotowego (unijnego) jest art. 74 o.p. W powiązaniu z tym przepisem pozostaje art. 77 § 1 pkt 4 i 4a o.p. oraz art. 78 § 5 o.p.
Wyżej zacytowane przepisy - argumentował Dyrektor IAS - odnoszą się jedynie do nadpłaty powstałej w wyniku orzeczenia TSUE. Natomiast w okolicznościach rozpatrywanej sprawy nadpłata nie powstała wskutek orzeczenia TSUE, które skutkowałoby wyeliminowaniem niezgodnej z prawem wspólnotowym wykładni prawa krajowego, która wcześniej uniemożliwiła stosowanie prawa zgodnie z prawem unijnym. Nadto za takie nie można uznać - w ocenie organu odwoławczego - wyroku z 20 stycznia 2021 roku w sprawie C-484/19, który odnosi się do szwedzkich przepisów ograniczających możliwość odliczenia przez spółkę szwedzką odsetek zapłaconych należącej do tej samej grupy spółce francuskiej. Równoważne znaczenie - jak w przypadku stwierdzenia sprzeczności prawa krajowego z prawem unijnym w typowej formie jaką jest orzeczenie TSUE - powinno mieć uznanie przez państwo członkowskie zasadności zarzutu sprzeczności prawa krajowego z prawem wspólnotowym i dostosowanie prawa krajowego do standardu unijnego przez odpowiednią nowelizację prawa krajowego, bez oczekiwania na rozstrzygnięcie TSUE, którego kierunek można w sposób uprawniony antycypować. Organ odwoławczy dostrzegł, że w polskim porządku prawnym brak jest wprawdzie regulacji, które wprost odnosiłyby się do nadpłaty, powstałej w wyniku stwierdzenia niezgodności prawa krajowego z prawem unijnym, gdy niezgodność ta nie jest stwierdzona wyrokiem TSUE, tj. np. gdy sprzeczność tę dostrzega sam ustawodawca, a także gdy jest ona stwierdzana przez sąd krajowy. Panuje jednak pogląd, że w przypadku nadpłaty podatku pobranego niezgodnie z prawem unijnym, co nie zostało stwierdzone orzeczeniem TSUE, zasadne jest odpowiednie stosowanie przepisów regulujących zasady stwierdzania, zwrotu i oprocentowania nadpłat powstałych w wyniku orzeczenia TSUE - skonstatował Dyrektor IAS, wskazując dalej, że art. 15e u.p.d.o.p. został uchylony ustawą z 29 października 2021 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych oraz niektórych innych ustaw (t.j. Dz.U. z 2021 r., poz. 2105), lecz - jak słusznie zauważył organ pierwszej instancji - z uzasadnienia rządowego projektu o rzeczonej zmianie ustawodawczej nie wynika, aby jego uchylenie było wyrazem uznania niezgodności tej regulacji z prawem wspólnotowym, a problematyka zgodności art. 15e u.p.d.o.p. z prawem wspólnotowym nie była dotychczas przedmiotem rozważań krajowych sądów administracyjnych.
Dyrektor IAS wywodził dalej, że niewątpliwie prawo wspólnotowe jest częścią polskiego porządku prawnego, nie mniej jednak, w przypadku, gdy sprzeczność prawa krajowego z prawem wspólnotowym nie została stwierdzona wyrokiem TSUE, nie została potwierdzona nowelizacją prawa krajowego, ani też nie została stwierdzona przez sąd krajowy, a jej istnienie nie jest oczywiste, stosownie do art. 120 o.p., organy podatkowe zobowiązane były do oceny rozpatrywanej sprawy w kontekście polskich przepisów prawa.
Mając powyższe na uwadze Dyrektor IAS stwierdził, że Naczelnik US w sposób prawidłowy, decyzją z [...] lipca 2024 r., odmówił Stronie wypłaty oprocentowania od zwróconej 31 marca 2023 r. kwoty 1.688.754,00 zł tytułem nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za 2019 r. W konsekwencji Dyrektor IAS uznał za niezasadny podniesiony w odwołaniu zarzut naruszenia 80 § 1, art. 78a oraz art. 78 § 1 i § 4 o.p. w związku z wiążącym orzecznictwem TSUE oraz art. 49 oraz art. 56 TFUE oraz art. 2 i art. 32 Konstytucji RP.
Odnosząc się natomiast do wywiedzionych przez Spółkę zarzutów naruszenia prawa procesowego, Dyrektor IAS stwierdził, że brak było podstaw do formułowania zarzutu naruszenia art. 210 § 1 pkt 6 i § 4 o.p., którego to naruszenia Strona upatruje w braku odniesienia się przez organ pierwszej instancji do okoliczności wskazanych we wniosku z 19 kwietnia 2024 r. wskazujących na niezgodność regulacji art. 15e u.p.d.o.p. z normami wyższego rzędu oraz na przedłużające się postępowanie APA w kontekście zasady proporcjonalności. Wbrew twierdzeniom Strony, organ pierwszej instancji w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji odniósł się do podnoszonej przez Stronę kwestii niezgodności art. 15e u.p.d.o.p. z prawem wspólnotowym. Jednocześnie ocenił wnioski płynące z przywołanych przez Stronę wyroków TSUE, w szczególności wyroku w sprawie C-484/19, w kontekście rozpatrywanej sprawy. Odnosząc się do argumentacji Strony w zakresie przedłużającego się postępowania w przedmiocie wydania decyzji APA, organ wskazał, że taka okoliczność nie została przewidziana jako jedna z przesłanek wypłaty oprocentowania nadpłaty. Nadto zauważył, że nie jest uprawniony do wypowiadania się na temat przyczyn, ani tym bardziej do oceny przyczyn, prowadzenia tego postępowania przez wskazany okres. Stwierdzając brak ustawowych przesłanek wypłaty oprocentowania organ pierwszej instancji działał w granicach prawa, realizując tym samym zasadę wyrażoną w art. 120 o.p. W opinii organu odwoławczego, decyzja Naczelnika US nie naruszała zasady zaufania do organów podatkowych, o której mowa wart. 121 § 1 o.p., a fakt, że zajęte przez organ podatkowy stanowisko jest odmienne od prezentowanego przez Stronę nie oznacza, że do takiego naruszenia doszło.
Na decyzję organu odwoławczego z [...] października 2024 r. Skarżąca, pismem z 13 listopada 2024 r., wniosła skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie, wnosząc o uchylenie w całości tej decyzji oraz poprzedzającej ją decyzji organu I instancji, a także o zasądzenie na rzecz Skarżącej zwrotu kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego, według norm przepisanych.
Zaskarżonej decyzji Dyrektora IAS Skarżąca zarzuciła naruszenie:
1) art. 80 § 1, art. 78a oraz art. 78 § 1 i § 4 o.p. w zw. z wiążącym orzecznictwem TSUE oraz art. 49 i art. 56 TFUE oraz art. 2 i art. 32 Konstytucji RP - poprzez błędną wykładnię powyższych przepisów dokonaną z pominięciem prawa Unii Europejskiej, w szczególności zasad swobody przedsiębiorczości oraz zasady swobody świadczenia usług, oraz wywodzonej z orzecznictwa TSUE zasady proporcjonalności - a w konsekwencji błędne uznanie, że prawo do oprocentowania nadpłaty nie przysługuje podatnikowi od momentu zapłaty podatku pomimo sprzeczności regulacji art. 15e u.p.d.o.p. z normami wyższego rzędu;
art. 97 ust. 1 ustawy DRM w zw. z art. 77 § 1 i art. 78 § 1 i § 4 oraz art. 121 § 1 o.p. w zw. z art. 2 i art. 32 Konstytucji RP - poprzez błędną wykładnię powyższych przepisów dokonaną z pominięciem zasady proporcjonalności oraz zasady równego traktowania, jak również zasady zaufania do organów podatkowych, a w konsekwencji błędne uznanie, że prawo do oprocentowania nadpłaty nie przysługuje w odniesieniu do okresu oczekiwania na zakończenie postępowania w przedmiocie wydania uprzedniego porozumienia cenowego (APA), mając w tym względzie także stanowisko organu podatkowego (Ministra Finansów) przedstawiane w odpowiedzi na interpretacje poselską co do niedopuszczalności skorygowania rozliczeń z art. 15e ust. 15 u.p.d.o.p. do czasu otrzymania APA;
art. 120 o.p. w zw. z orzecznictwem TSUE, w szczególności z wyrokami z 28 kwietnia 2022 r. w sprawach połączonych C-415/20, C-419/20 i C-427/20 - poprzez działanie w sposób sprzeczny z zasadą legalizmu, która wymaga działania na podstawie i w granicach prawa, w tym prawa unijnego, a w konsekwencji, nieuwzględnienie orzecznictwa TSUE w przedmiocie oprocentowania nadpłat powstałych w związku z naruszeniem prawa Unii Europejskiej;
art. 2a o.p. - poprzez jego niezastosowanie i przyjęcie niekorzystnej dla Skarżącej interpretacji przepisów dotyczących oprocentowania nadpłaty, w sytuacji gdy wystąpiły w sprawie wątpliwości, wprost wyrażone w decyzji, co do właściwej wykładni spornych przepisów prawa podatkowego, w szczególności z uwagi na zgodność z prawem unijnym i konstytucyjnym;
art. 210 § 1 pkt 6 i § 4 w zw. z art. 121 § 1, art. 124 i art. 127 o.p. - poprzez wadliwe oraz lakoniczne uzasadnienie decyzji, czym naruszono zasadę zaufania, zasadę przekonywania oraz zasadę dwuinstancyjności, tj. brak odniesienia do argumentacji podnoszonej przez Spółkę w toku postępowania przed organami obu instancji, wskazującej na niezgodność regulacji art. 15e u.p.d.o.p. z normami wyższego rzędu oraz na przedłużające się postępowanie w przedmiocie wydania APA w kontekście zasady proporcjonalności oraz brak odniesienia się do argumentu Spółki o odpowiednim zastosowaniu przepisów regulujących moment zwrotu nadpłaty oraz należnego oprocentowania, w przypadku przekroczenia terminów na wydanie APA.
W odpowiedzi na skargę Dyrektor IAS, podtrzymując swoje dotychczasowe stanowisko w sprawie, wniósł o jej oddalenie jako niezasadnej.
Wyrokiem z 12 lutego 2025 r., sygn. akt III SA/Wa 2667/24 tutejszy Sąd (dalej "sąd I instancji" lub "WSA") uwzględnił skargę spółki i uchylił decyzję Dyrektora IAS z [...] października 2024 r., jak i decyzję Naczelnika US z [...] lipca 2024 r.
Wojewódzki Sąd Administracyjny, dokonując wykładni prounijnej, gospodarczej realizującej zasadę proporcjonalności oraz niedyskryminacji, uznał za zasadne zarzuty Skarżącej wyłącznie w zakresie prawa do wypłaty oprocentowania od chwili złożenia wniosku o wydanie jednostronnego porozumienia cenowego dotyczącego transakcji z podmiotem powiązanym do chwili wydania decyzji APA potwierdzającej zaistnienie nadpłaty podatku. Tym samym Sąd, uznając zaskarżoną decyzję organu odmawiającą stwierdzenia oprocentowania za wadliwą, nie zgodził się z najdalej idącymi postulatami Strony skarżącej odnośnie zakresu naliczania oprocentowania od stwierdzonej nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych. Wbrew stanowisku zaprezentowanemu w skardze Sad przyjął, że oprocentowanie od powstałej nadpłaty nie przysługuje do dnia uzyskania pełnego zwrotu podatku od tej części nadpłaty, która jeszcze nie została Spółce zwrócona.
Sąd I instancji podkreślił, że prowadzenie postępowania przez właściwy organ w niniejszej sprawie przez ponad 23 miesięcy powodujące brak możliwości zaliczenia kosztów uzyskania przychodów w prawidłowej wysokości naruszało wprost przepisy ustawy o DRM i w konsekwencji było niezgodne z zasadami prawa unijnego oraz ogólnymi postulatami zasad konstytucyjnych. Instytucja oprocentowania nadpłaty ma charakter kompensacyjny i służy wynagrodzeniu szkód poniesionych w związku z pozbawieniem podatnika możliwości korzystania z jego środków pieniężnych, które zostały pobrane na skutek nierzetelnie prowadzonego postępowania. Odnieść to należy także do sytuacji podmiotu, który wystąpił o wydanie decyzji w sprawie uprzedniego porozumienia cenowego. Tym bardziej, że owo przysporzenie budżetu państwa było "przetrzymywane" ponad niezbędną miarę, przy przedłużającym się postępowaniu prowadzonym przez Szefa KAS (łącznie 23 miesiące). Sąd dostrzega także, że fiskus świadomie przyjął rozwiązanie pozwalające na korzystanie z limitowania kosztów uzyskania przychodów przy założeniu, że po przeprowadzeniu analizy APA różnicę w wysokości opodatkowania się wyrówna w postępowaniu stwierdzającym nadpłatę podatku. Niewątpliwie takie rozwiązanie budżetowe wykorzystujące kapitał podatników powoduje, że zasadne jest wyrównanie uprawnionej stronie przysługujących należności wraz z należnymi pożytkami w postaci oprocentowania nadpłaty. Sąd uznał przy tym, że właściwe jest przyznanie oprocentowania od chwili złożenia wniosku o wszczęcie procedury wydawania APA i blokady rozliczenia kosztów uzyskania przychodów a nie dopiero po upływie 6 miesięcy po upływie terminu wydawania decyzji APA. Sąd uznał, jednakże za zasadne ograniczenie okresu końcowego naliczania oprocentowania do chwili wydania decyzji APA. Zdaniem Sądu na podkreślenie zasługuje to, że o ile na tle przedmiotowej sprawy można mówić o roli kompensacyjnej związanej bezpośrednio z korzystaniem z kapitału podatnika przez fiskusa, to powoływanie się na poglądy orzecznictwa unijnego w odrębnych sprawach w zakresie prawa do oprocentowania w związku z wydanymi wyrokami TSUE i ich wpływem na wysokość nadpłaty jest nieuprawnione oraz mogłoby stanowić nadużycie. Sąd podkreślił, że decyzja APA została wydana [...] grudnia 2021 r., natomiast Strona zwróciła się o stwierdzenie nadpłaty dopiero 5 grudnia 2022 r. Także uprawniony jest pogląd, że wobec uwzględnienia postanowień APA w rozliczeniu podatkowym brak było podstaw do uznania, że organ miał możliwość do zwrotu nadpłaty z urzędu. W tym stanie rzeczy Sąd uznał, że z chwilą uzyskania decyzji APA podatnik posiadał niezbędne uprawnienia procesowe do ubiegania się o zwrot nadpłaty wraz z oprocentowaniem. Zwłoka w ubieganiu się o zwrot środków nie może powodować akceptacji sądu co do prawa do ubiegania się o naliczenie oprocentowania za okres wskazany w skardze w wyższej wysokości do chwili wydawania decyzji w sprawie nadpłaty..
Odnosząc się natomiast do zarzutów skargi w zakresie prawa do oprocentowania nadpłaty z uwagi na niezgodność regulacji art. 15e u.p.d.o.p. z normami wyższego rzędu i dyskryminującego charakteru tej regulacji w świetle prawa unijnego Sąd pierwszej instancji uznał, że analiza powyższego zarzutu w świetle przyjętego rozstrzygnięcia oraz przedmiotu sprawy w przedmiocie oprocentowania nadpłaty była niecelowa i nieuzasadniona.
Skargę kasacyjną od powyższego wyroku wniósł zarówno Dyrektor IAS, jak i Spółka.
Dyrektor IAS w skardze kasacyjnej powołał się na art. 174 pkt 1 i 2 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz. U. z 2026 r., poz. 143, dalej "p.p.s.a.") stawiając zarzuty naruszenia prawa materialnego (1-3) i przepisów postępowania w stopniu mającym istotny wpływ na wynik sprawy (4-6), tj. naruszenie:
1) art. 145 § 1 pkt 1 lit. a p.p.s.a. w zw. z art. 80 § 1, art. 77 § 1 oraz art. 78 § 1, § 2, § 3 i § 5 w zw. z art. 120 o.p. poprzez ich błędną wykładnię i w konsekwencji niewłaściwe zastosowanie przepisów prawa, prowadzącą do uznania, że Spółce przysługuje per analogiam legis prawo do wypłaty oprocentowania od powstałej nadpłaty, od daty złożenia wniosku o wydanie jednostronnego porozumienia cenowego na podstawie przepisów ustawy DRM do daty wydania jednostronnego uprzedniego porozumienia cenowego, gdy oprocentowanie nadpłaty może powstać jedynie w przypadkach ściśle określonych w przepisie art. 78 § 3 i § 5 Op, który stanowi katalog zamknięty, w związku z czym, jeżeli dany stan faktyczny nie wyczerpuje hipotezy żadnego z przypadków z tego przepisu, tak jak przedmiotowej sprawie, a sama ustawa DRM również nie zawiera podstawy prawnej w tym zakresie, to oprocentowanie nadpłaty nie wystąpi, a organy podatkowe działały na podstawie przepisów prawa;
2) art. 145 § 1 pkt 1 lit. a p.p.s.a. w zw. z art. 80 § 1, art. 77 § 1 oraz art. 78 § 1, § 2, § 3 i § 5 w zw. z art. 120 o.p. poprzez ich błędną wykładnię i w konsekwencji niewłaściwe zastosowanie przepisów prawa, polegającą na uznaniu, że Spółce przysługuje prawo do wypłaty oprocentowania powstałej nadpłaty, od daty złożenia wniosku o wydanie decyzji APA do daty wydania tej decyzji, z uwagi na czas trwania odrębnego postępowania prowadzonego na podstawie ustawy DRM, gdy oprocentowanie nadpłaty może powstać jedynie w przypadkach ściśle określonych w przepisie art. 78 § 3 i § 5o.o.p., który stanowi katalog zamknięty, w związku z czym, jeżeli dany stan faktyczny nie wyczerpuje hipotezy żadnego z przypadków z tego przepisu, tak jak przedmiotowej sprawie, a sama ustawa DRM również nie zawiera podstawy prawnej w tym zakresie, oprocentowanie nadpłaty nie wystąpi, a organy podatkowe działały na podstawie przepisów prawa;
3) art. 145 § 1 pkt 1 lit. a p.p.s.a. w zw. z art. 80 § 1, art. 77 § 1 oraz art. 78 § 1, § 2, § 3 i § 5 w zw. z art. 120 o.p. przez ich niewłaściwe zastosowanie prowadzącą do uznania, że Spółce przysługuje prawo do wypłaty oprocentowania od powstałej nadpłaty, od daty złożenia wniosku o wydanie decyzji APA do dnia jej wydania, z uwagi na przyjęcie przez sąd, że Ordynacja podatkowa dotycząca oprocentowania nadpłat, jak i ustawa DRM zawiera luki prawne, gdy Ordynacja podatkowa zawiera zamknięty katalog oprocentowania nadpłat, a ustawa DRM nie zawiera w tym zakresie podstawy prawnej, a co za tym idzie, nadpłata nie mogłaby być oprocentowana, a organy podatkowe działały na podstawie przepisów prawa;
4) art. 145 § 1 pkt 1 lit. c w zw. z art. 135 w zw. z art. 141 § 4 p.p.s.a. poprzez uchylenie zaskarżonej decyzji oraz decyzji ją poprzedzającej w sytuacji niewystarczającego wskazania na czym polegało naruszenie przez organy podatkowe art. 2 i art. 31 ust. 3 Konstytucji RP, art. 5 ust. 4 Traktatu o Unii Europejskiej (Dz. U. z 2004 r. nr 90 poz. 864/30; zw. dalej "TUE"), art. 49 i art. 56 TFUE, a tym samym brak wyjaśnienia podstawy prawnej rozstrzygnięcia, co w konsekwencji nie pozwala ustalić wyczerpująco przesłanek, jakimi kierował się sąd podejmując zaskarżone orzeczenie w zakresie tego naruszenia, w szczególności mając na względzie przeprowadzone wobec spółki szczególne postępowanie prowadzone na podstawie ustawy DRM w zw. z art. 15e u.p.d.o.p., a których to regulacje nie zostały uznane za niezgodne prawem wspólnotowym, ani krajowym porządkiem prawnym;
5) art. 145 § 1 pkt 1 lit. c w zw. z art. 135 i art. 141 § 4 w zw. z art. 133 § 1 i art. 134 § 1 p.p.s.a. poprzez wydanie orzeczenia z przekroczenie przez sąd granic rozpatrywanej sprawy, przejawiające się w objęciu zaskarżonym wyrokiem okoliczności, które nie były elementem stanu faktycznego, przyjętego i badanego przez organy podatkowe stanowiącego podstawę rozstrzygania w zaskarżonej decyzji, tj. dokonanie kontroli legalności zaskarżonej decyzji przez pryzmat głównie prowadzonego postępowania na podstawie ustawy DRM, a w szczególności ponad 23 miesięcy prowadzenia procedury pozyskania decyzji APA, w sytuacji gdy organ podatkowy w swojej decyzji z oczywistych względów nie mógł poczynić stosownych w tym zakresie ustaleń faktycznych i dokonać ich prawidłowej oceny. Powyższa wadliwość zaskarżonego wyroku miała istotny wpływ na wynik sprawy, bowiem prowadzenie samego szczególnego postępowania, okoliczność znacznego przekroczenia 6 miesięcznego terminu wynikającego z art. 97 ust. 1 ustawy DRM, stała się jedną z zasadniczych przesłanek poczynionych ustaleń, a w konsekwencji uznania przez sąd, iż zaskarżona decyzja organu podatkowego nie spełnia kryteriów legalności;
6) art. 145 § 1 pkt 1 lit. c w zw. z art. 135 w zw. z art. 141 § 4 p.p.s.a. w zw. z art. 120 o.p. poprzez uchylenie zaskarżonej decyzji oraz decyzji ją poprzedzającej, w sytuacji posłużenia się przez sąd wykładnią per analogiam legis przy jednoczesnym braku wyraźnego powołania się w uzasadnieniu wyroku na konkretny przepis podobny, znajdujący zastosowanie w sprawie, a tym samym nie wyjaśnienie w pełni podstawy prawnej rozstrzygnięcia i uznania, że spółce przysługuje prawo do wypłaty oprocentowania od powstałej nadpłaty, od daty złożenia wniosku o wydanie decyzji APA do dnia jej wydania co w konsekwencji nie pozwala ustalić wyczerpująco przesłanek, jakimi kierował się sąd podejmując zaskarżone orzeczenie, w sytuacji gdy organy podatkowe zobowiązane są do działania na podstawie przepisów prawa.
W skardze kasacyjnej Dyrektor IAS wystąpił o uchylenie ww. wyroku w całości oraz oddalenie skargi, ewentualnie uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i przekazanie sprawy WSA do ponownego rozpoznania, a także o zasądzenie kosztów postępowania według norm przepisanych.
Z kolei Spółka w skardze kasacyjnej powołała się na art. 174 pkt 1 i 2 p.p.s.a., stawiając zarzuty naruszenia prawa materialnego (1-2) oraz przepisów postępowania w stopniu mającym istotny wpływ na wynik sprawy (3), tj. naruszenie:
1) art. 78 § 4 o.p. poprzez jego niewłaściwe zastosowanie, tj. niezastosowanie tego przepisu i w konsekwencji przyjęcie, że terminem końcowym, za który należne jest oprocentowanie przedmiotowej nadpłaty, jest data wydania jednostronnego uprzedniego porozumienia cenowego, a nie dzień zwrotu nadpłaty, co jest ponadto rozwiązaniem nieproporcjonalnym;
2) art. 80 § 1, art. 78a oraz art. 78 § 1 i § 4 o.p. w zw. z wiążącym orzecznictwem TSUE oraz art. 49 i art. 56 TFUE poprzez błędną wykładnię tych przepisów dokonaną z pominięciem prawa Unii Europejskiej, w szczególności zasad swobody przedsiębiorczości i zasady swobody świadczenia usług, a także wywodzonej z orzecznictwa TSUE zasady proporcjonalności, a w konsekwencji błędne uznanie, że prawo do oprocentowania nadpłaty nie przysługuje podatnikowi za pełen okres od momentu zapłaty podatku do dnia zwrotu pomimo sprzeczności regulacji art. 15e u.p.d.o.p. z prawem unijnym;
3) art. 141 § 4 p.p.s.a. poprzez sporządzenie uzasadnienie w sposób niekompletny, a to z uwagi na pominięcie merytorycznego ustosunkowania się zarzutu niezgodności art. 15e u.p.d.o.p. z normami wyższego rzędu i naruszenia prawa unijnego przez tą regulację.
Spółka reprezentowana przez adwokata wystąpiła zatem o uchylenie ww. wyroku oraz rozpoznanie skargi, a także o uchylenie decyzji organów obu instancji w całości; alternatywnie, na podstawie art. 184 p.p.s.a. w sytuacji uznania, że zaskarżone orzeczenie pomimo błędnego uzasadnienia odpowiada prawu – o oddalenie skargi kasacyjnej spółki oraz wyrażenie w treści uzasadnienia wyroku [przez Naczelny Sąd Administracyjny] oceny prawnej uwzględniającej stanowisko skarżącej (tj. o zmianie zakresu naliczania oprocentowania). Pełnomocnik skarżącej wystąpił nadto o zasądzenie na jej rzecz zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego według norm przepisanych.
Spółka w odpowiedzi na skargę kasacyjną organu wystąpiła o jej oddalenie oraz zasądzenie zwrotu kosztów postępowania według norm przepisanych. Organ podatkowy nie wniósł odpowiedzi na skargę kasacyjną spółki. W trakcie rozprawy przed Naczelnym Sądem Administracyjnym pełnomocnik skarżącej oświadczył, że spółka nie złożyła skargi na przewlekłość postępowania lub ponaglenia.
Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z 25 listopada 2025 r. w sprawie o sygn. akt II FSK 910/25 uchylił zaskarżony wyrok tutejszego Sądu w całości i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Warszawie.
W uzasadnieniu sąd II instancji wskazał, że usprawiedliwione okazały się zarzuty procesowe skargi kasacyjnej zarówno spółki, jak i organu podatkowego, odnośnie do naruszenia przez sąd pierwszej instancji art. 141 § 4 p.p.s.a., w stopniu powodującym konieczność wyeliminowania zaskarżonego wyroku z obrotu prawnego. Podkreślono, że Dyrektor IAS trafnie postawił przy tym zarzut naruszenia przez WSA przepisu postępowania o charakterze wynikowym, czyli art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) oraz lit. c) p.p.s.a.
Naczelny Sąd Administracyjny podkreślił, że Sąd I instancji za istotne uznał długotrwałe prowadzenie przez Szefa KAS szczególnego postępowania, o którym mowa w przepisach ustawy DRM, jednak nie przedstawił w tym zakresie stosownej argumentacji prawnej zmierzającej do wykazania, że ta okoliczność skutkuje koniecznością oprocentowania zwróconej nadpłaty pomimo braku ku temu podstawy prawnej w przepisach prawa krajowego, tj. w Ordynacji podatkowej oraz ustawie DRM. Dodał, że WSA, powołując się na przepisy ustawy DRM, odstąpił od przedstawienia rozważań na tle art. 82 tej ustawy, który zawiera odesłanie do uzupełniającego stosowania przepisów Ordynacji podatkowej (działu IV). Czyli m.in. do art. 141 o.p., który reguluje uprawnienie do złożenia ponaglenia na niezałatwienie sprawy podatkowej w rozsądnym terminie. Konsekwencją zastosowania art. 141 o.p. mogło zaś być wszczęcie postępowania w trybie art. 149 p.p.s.a., tj. wniesienie skargi na bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania przez organy w sprawach, o których mowa w § 1 ostatnio wskazanego przepisu. Następnie NSA skonstatował, że sąd I instancji wskazał na specyfikę postępowania prowadzonego w trybie przepisów art. 83-107 ustawy DRM, które dotyczy swego rodzaju umowy zawieranej pomiędzy podatnikiem a organem podatkowym. Nie przedstawił jednak stosownych rozważań dotyczących zasad i konsekwencji współpracy pomiędzy podatnikiem oraz właściwym organem podatkowym przy zawieraniu porozumienia cenowego, a także ich wpływu na regulacje zawarte w art. 78 o.p. w zakresie oprocentowania nadpłaty podatku, w tym § 3. Odstąpił od zajęcia jednoznacznego stanowiska co do stosowania lub odmowy zastosowania w przedmiotowej sprawie regulacji zawartych w art. 78 § 3 o.p.
Naczelny Sąd Administracyjny wskazał, że sąd I instancji, stwierdzając istnienie luki prawnej i przyjmując konieczność jej usunięcia per analogiam legis odstąpił od wskazania i dokonania wykładni konkretnych przepisów podobnych, mogących znajdować zastosowanie w niniejszej sprawie. Niewystarczające jest powołanie się przez WSA na art. 78 § 1 o.p. i wnioskowanie per analogiam (legis) bez wyjaśnienia podstawy prawnej uzasadniającej twierdzenie, że środki pieniężne zwrócone spółce "były nienależnie dysponowane przez budżet państwa, tj. od momentu powstania nadpłaty związanej z wszczęciem procedury APA do chwili wydania decyzji potwierdzającej rynkowy charakter rozliczeń między podmiotami powiązanymi". Powyższe twierdzenie stanowi istotę rozważań przedstawionych w uzasadnieniu zaskarżonego wyroku. Sąd pierwszej instancji nie wyjaśnił jednak na jakiej podstawie przyjął, że przed złożeniem wniosku o zwrot nadpłaty, podatek zapłacony przez spółkę był podatkiem nienależnie dysponowanym przez budżet państwa. Nie wskazał również momentu powstania nadpłaty. Uzasadniony okazał się zatem zarzut skargi kasacyjnej DIAS dotyczący naruszenia art. 141 § 4 p.p.s.a. przez WSA poprzez brak wyjaśnienia podstawy prawnej rozstrzygnięcia sprawy. Za takowe nie można bowiem uznać powołania się na zasadę proporcjonalności, ogólne zasady prawa unijnego, w tym w szczególności zakaz dyskryminacji bliżej niewskazanych podmiotów. Nie zostały także uzasadnione adresowane do organu podatkowego zarzuty naruszenia swobody przedsiębiorczości (art. 49 TFUE) i zasady swobodnego świadczenia usług (art. 56 TFUE). WSA odstąpił nadto od dokonania wykładni celowościowej oraz gospodarczej konkretnych przepisów Ordynacji podatkowej, których nie wskazał formułując zarzuty wobec DIAS.
W przypadku zarzutu spółki postawionego w jej skardze kasacyjnej odnośnie do naruszenia przez WSA art. 141 § 4 p.p.s.a. NSA stwierdził, że kluczowe dla sprawy jest dokonanie oceny zasadności twierdzenia Skarżącej o niezgodności regulacji zawartych w art. 15e u.p.d.o.p. (w tym ust. 15 i 16) "z normami wyższego rzędu", a także "z prawem unijnym". Z tym związane jest jej twierdzenie o nienależnie zapłaconym podatku i momencie powstania nadpłaty. Ewentualne rozważania dotyczące "hodowania odsetek" należy poprzedzić oceną możliwości zastosowania art. 78 § 3 o.p. w odniesieniu do postępowania zakończonego decyzją APA. Istotne przy tym jest uchybienie sądu pierwszej instancji, który w uzasadnieniu zaskarżonego wyroku nie odniósł się do terminu, o którym mowa w art. 77 § 1 pkt 6 o.p., do którego stosowania (m.in.) odsyła wprost art. 78 § 3 pkt 3 lit. c o.p. Aczkolwiek ostatnio wskazane uchybienie wydaje się być prostą konsekwencją nieuzasadnionego założenia jakoby podatek deklarowany przez skarżącą w jej pierwotnym zeznaniu podatkowym był podatkiem nienależnym pomimo tego, że został zapłacony (i zadeklarowany) w zgodzie z obowiązującymi wówczas regulacjami zawartymi w art. 15e u.p.d.o.p.
W tym kontekście – jednocześnie odnosząc się do rozważań spółki dotyczących zasady równości i zakazu dyskryminacji w rozumieniu art. 32 Konstytucji RP – NSA wskazał, że możliwość zaliczenia do kosztów podatkowych Spółki jej wydatków, o których mowa w art. 15e ust. 1 u.p.d.o.p., miała charakter wyjątkowy, związany wprost z wydaniem decyzji APA. Zasadą – aczkolwiek względną z uwagi na treść art. 15e ust. 15 – było bowiem w latach 2018-2021, że wydatki przewidziane w art. 15e ust. 1 u.p.d.o.p. podlegały wyłączeniu z kosztów uzyskania przychodów.
Podsumowując powyższe rozważania, NSA wskazał, że ponownie rozpoznając sprawę sąd I instancji obowiązany będzie je uwzględnić. Podkreślono, że w pierwszej kolejności należy zatem wskazać i wyjaśnić podstawę prawną rozstrzygnięcia sprawy. W przypadku przyjęcia, że zastosowanie w sprawie znajdują regulacje zawarte w art. 78 § 3 o.p.(bezpośrednio lub per analogiam) należy dokonać wykładni przepisów, do których stosowania wprost odsyła ustawodawca, z uwzględnieniem pojęć zawartych w owych regulacjach. Jako istotne przy tym określono zajęcie stanowiska co do konieczności złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty wraz ze skorygowanym zeznaniem podatkowym, a także konsekwencji z tym związanych. Dalej zwrócono uwagę, że dokonując ponownej oceny kompletności regulacji zawartych w przepisach art. 72 – art. 80 o.p. na tle bezspornego stanu faktycznego rozpoznawanej sprawy należy uwzględnić specyfikę postępowania w zakresie porozumienia cenowego, a także okoliczność wskazywaną przez organ podatkowy odnośnie do zakresu jego właściwości i braku podstaw prawnych do zbierania oraz stosowania informacji dotyczących działań podejmowanych przez Skarżącą i właściwy organ podatkowy (Szefa KAS), w tym także mających znaczenie dla ewentualnego zastosowania regulacji zawartych w art. 78 § 3 oraz 4 o.p. odnośnie do postępowania w sprawie uprzedniego porozumienia cenowego zakończonego decyzją Szefa KAS z [...] grudnia 2021 r. Dodać należy, że z uzasadnienia zaskarżonego wyroku nie wynika odmowa zastosowania przez sąd pierwszej instancji przepisów art. 72 – art. 80 Op. Brak jest również stosownych rozważań w zakresie porównywalności postępowania zakończonego decyzją o porozumieniu cenowym (APA) z postępowaniem zakończonym np. decyzją określającą lub ustalającą kończącą postępowanie podatkowe (w tym w sprawie stwierdzenia nadpłaty).
Dalej NSA wyraził pogląd, że skoro spór prowadzony jest na tle przepisów ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (w tym m.in. art. 15e ust. 15 i ust. 16), a jego istota dotyczy ewentualnego oprocentowanie nadpłaty w tym podatku, nadto WSA formułuje krytyczne uwagi co do systemowego dochodzenia nadpłat związanych z wydaniem decyzji APA, to w ramach wykładni systemowej wewnętrznej warto porównać skutki postępowania w sprawie porozumienia cenowego ze skutkami innego postępowania szczególnego, tj. w sprawie zwrotu podatku w trybie art. 28b u.p.d.o.p. (jeżeli WSA uzna, że brak jest podstaw do stwierdzenia niezgodności art. 15e u.p.d.o.p. z przepisami Konstytucji RP). Natomiast w odniesieniu do zarzutów i argumentacji spółki co do niezgodności prawa krajowego z przepisami prawa unijnego wskazano, że w orzecznictwie NSA trafnie wskazuje się na konieczną oczywistość tej sprzeczności z przepisami prawa unijnego, jeżeli nie została ona stwierdzona wyrokiem TSUE (zob. wyrok NSA z 2 lutego 2017 r., II FSK 758/16), czy też konieczność stosownego potwierdzenia istnienia owej sprzeczności poprzez nowelizację prawa krajowego, zmierzającą do usunięcia owej sprzeczności (zob. wyrok NSA z 15 lutego 2022 r., II FSK 1353/19). Wówczas istnieje podstawa do odstąpienia od procedury krajowej ograniczającej należne odsetki.
W ocenie NSA błędne jest założenie Spółki, która przyjmuje, że samodzielną podstawą skutecznego żądania pełnego oprocentowania zwróconej nadpłaty stanowi w niniejszej sprawie długotrwałe postępowanie zakończone decyzją APA wydaną przez Szefa KAS. Brak jest bowiem podstaw do wniosku, że jest to ustawowy etap dochodzenia nadpłaty. Nadto Spółka nie była pozbawiona możliwości wystąpienia do właściwego miejscowo organu podatkowego z wnioskiem o stwierdzenie i (lub) zwrot nadpłaty bezpośrednio po złożeniu zeznania podatkowego i dokonaniu zapłaty podatku. Nieuprawniona jest przy tym próba antycypowania możliwych działań organu podatkowego używana jako element argumentacji zmierzającej do wykazania, że spółka w odpowiednim czasie podejmowała wszystkie konieczne działania zmierzające do wykazania istnienia nadpłaty, a przez to nabycia prawa do jej zwrotu.
W zakresie zarzutów spółki dotyczących niezgodności art. 15e u.p.d.o.p. z normami wyższego rzędu wskazano, że z treści art. 84 Konstytucji wynika nadto wprost, że każdy jest obowiązany do ponoszenia ciężarów i świadczeń publicznych, w tym podatków, określonych w ustawie. Podkreślono także, że w świetle art. 15e ust. 15 u.p.d.o.p. nie miały bezwzględnego charakteru ograniczenia dotyczące kosztów uzyskania przychodów przewidziane w art. 15e ust. 1 u.p.d.o.p.
Stwierdzono, że odrębności w ukształtowaniu zasad oprocentowania nadpłat są uzależnione od sposobu ich powstania oraz od realizacji przez organ podatkowy obowiązku zwrotu. Naczelny Sąd Administracyjny wskazał, rozróżniając stosowanie prawa od tworzenia prawa, że analogia legis polega na ustaleniu podobieństwa między sytuacją uregulowaną wyraźną normą prawa, a sytuacją, która nie została uregulowana. Tymczasem kwestia dotycząca oprocentowania nadpłat powstałych na skutek wniosku podatnika, który w ramach samoobliczenia koryguje swoje zeznanie podatkowe (deklarację) została uregulowana przez ustawodawcę. Konieczne byłoby zastosowanie w takim przypadku analogii iuris, a nie analogii legis, poprzez odwołanie się do aksjologii systemu związanego z oprocentowaniem nadpłat, tj. głównie na ocenach odwołujących się do systemu wartości związanych z wynagradzaniem przez Państwo szkód. Rozróżniając analogię iuris (z zasad prawa) oraz analogię legis (z przepisu prawa), przyjmuje się, że ta pierwsza powinna być stosowana z maksymalną ostrożnością, a argumenty za tym przemawiające muszą być niezwykle mocne.
Niezależnie od powyższych rozważań wskazano, że brak jest normatywnych podstaw do wyłączenia stosowania regulacji zawartych w art. 78 o.p.(w tym § 3) również w sytuacji, gdyby przyjąć, że oprocentowanie nadpłaty przysługuje z tytułu długotrwałego postępowania zakończonego stosowną decyzją APA. Oczywiście z wyjątkiem sytuacji, gdy powstanie nadpłaty jest efektem niezgodności prawa krajowego z przepisami prawa unijnego potwierdzonej stosownym orzeczeniem TSUE lub oczywistej, czy też niezgodności potwierdzonej nowelizacją prawa krajowego, zmierzającą do jej usunięcia. Jak już wyżej wskazano, wówczas istnieje podstawa do odstąpienia od procedury krajowej ograniczającej należne odsetki. Podobnie w sytuacji niezgodności danej regulacji z przepisami Konstytucji RP, czy też prawa (w tym umów) międzynarodowego. W innym przypadku warto dokonać stosownych rozważań dotyczących charakteru decyzji APA (deklaratoryjny czy konstytutywny) na tle szczególnego postępowania zmierzającego do zawarcia swego rodzaju umowy między podatnikiem i właściwym organem podatkowym (Szefem KAS), który w niniejszej sprawie nie jest organem podatkowym właściwym w sprawie nadpłaty.
NSA skonkludował, że w rozpoznawanej sprawie należy zatem jednoznacznie ustalić, czy powstanie nadpłaty jest efektem niezgodności art. 15e u.p.d.o.p. z przepisami prawa unijnego, Konstytucji RP, czy też umów międzynarodowych. W takim przypadku dopuszczalne jest przyjęcie, że deklarowane (oraz zapłacone) zobowiązanie podatkowe należy traktować jako podatek nienależny. W innych sytuacjach konieczne zaś jest ustalenie daty powstania nadpłaty na skutek kompleksowej wykładni i odpowiedniego stosowania przepisów art. 72 – art. 80 o.p.(bezpośrednio lub per analogiam). Brak jest przy tym podstaw – m.in. z uwagi na specyfikę postępowania zakończonego decyzją APA i brak materiałów dowodowych z tego postępowania – do formułowania wiążących poglądów dotyczących sytuacji, w których powstanie nadpłaty było efektem wadliwych działań organu podatkowego. Stwierdzono, że w niniejszej sprawie WSA nie wskazał podstaw faktycznych oraz (lub) normatywnych uzasadniających formułowanie przypuszczeń odnośnie do przyczyn długotrwałego postępowania zakończonego wydaniem dla spółki decyzji APA. Istotne zaś jest, że w przypadku braku podstaw do stwierdzenia niezgodności art. 15e u.p.d.o.p. z przepisami prawa unijnego, Konstytucji RP oraz umów międzynarodowych nie sposób wykluczyć, że świadomym i uzasadnionym działaniem ustawodawcy było odstąpienie od ustanowienia przepisów wprowadzających odrębne oprocentowanie zwracanych nadpłat powstałych w związku z wydaniem przez Szefa KAS stosownej decyzji APA. Podobnie do instytucji zwrotu podatku z tytułu wypłaconych należności uregulowanej w art. 28b u.p.d.o.p., która nie zawiera normatywnego odesłania umożliwiającego stosowanie art. 72 – art. 80 o.p.(zob. art. 28b ust. 16 u.p.d.o.p.), aczkolwiek zawiera regulacje dotyczące oprocentowania podatku, który nie został zwrócony w stosownym terminie (zob. art. 28b ust. 13 u.p.d.o.p.). Dodać warto, że art. 78 § 3 o.p. był wielokrotnie nowelizowany (ostatnio mocą art. 1 ustawy z 4 kwietnia 2025 r. o zmianie ustawy – Ordynacja podatkowa oraz niektórych innych ustaw, Dz. U. z 2025 r. poz. 497) jednak ustawodawca nie przewidział odrębnego oprocentowania nadpłat powstałych w związku z wydaniem decyzji APA. Pomimo upływu kilku lat od wprowadzenia do obrotu prawnego art. 15e u.p.d.o.p. (w tym ust. 15). W rozpoznawanej sprawie, pomimo bezsporności jej stanu faktycznego, sąd pierwszej instancji nie przedstawił niezbędnych rozważań dotyczących momentu powstania nadpłaty i daty nienależnie zapłaconego podatku. Nie przedstawił również niezbędnych rozważań dotyczących regulacji przewidzianych w art. 72 § 1 pkt 1, art. 73 § 2 pkt 1, art. 75 § 3 oraz art. 77 § 1 pkt 6 o.p.
Finalnie NSA uznał, że skoro usprawiedliwiony okazał się zarzut skarg kasacyjnych co do naruszenia przez WSA art. 141 § 4 p.p.s.a. w stopniu uzasadniającym zastosowanie art. 185 § 1 p.p.s.a., to za przedwczesne, a przez to nieusprawiedliwione, należało uznać pozostałe zarzuty skarg kasacyjnych.
Z uwagi na to, że nie wystąpiły przesłanki pozwalające na zastosowanie art. 188 p.p.s.a., NSA uchylił zaskarżony wyrok w całości i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Warszawie, odstępując od zasądzenia zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego w całości.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył, co następuje.
Skarga jest zasadna.
Zaznaczyć należy, że zgodnie z art. 190 p.p.s.a., rozpoznając przedmiotową sprawę Sąd działa w warunkach związania wyrokiem Naczelnego Sądu Administracyjnego z 25 listopada 2025 r., sygn. akt II FSK 910/25. Oznacza to, że Sąd przy dokonywanym obecnie ponownym rozpoznaniu sprawy związany jest wykładnią prawa wyrażoną przez Naczelny Sąd Administracyjny w uzasadnieniu orzeczenia uchylającego wyrok tutejszego Sądu z 12 lutego 2025 r., sygn. akt III SA/Wa 2746/24 i przekazującego sprawę do ponownego rozpoznania.
W rozpoznawanej sprawie należy jednak mieć na względzie, że chociaż Naczelny Sąd Administracyjny wypowiedział się szerzej, w tym także wariantowo, to – jak wprost wskazano w wyroku – skoro usprawiedliwiony okazał się zarzut skarg kasacyjnych co do naruszenia przez WSA art. 141 § 4 p.p.s.a. w stopniu uzasadniającym zastosowanie art. 185 § 1 p.p.s.a., to za przedwczesne, a przez to nieusprawiedliwione, należało uznać pozostałe zarzuty skarg kasacyjnych. Tym samym wypowiedzi odnoszące się do kwestii związanych z pozostałymi zarzutami należy uznać za uczynione na marginesie, kierunkujące i wspomagające sąd obecnie rozpoznający przedmiotową sprawę, lecz nie wiążące. Niewątpliwie natomiast wiążące są następujące oceny i wskazania NSA:
1. W pierwszej kolejności należy zatem wskazać i wyjaśnić podstawę prawną rozstrzygnięcia sprawy.
2. W rozpoznawanej sprawie należy jednoznacznie ustalić, czy powstanie nadpłaty jest efektem niezgodności art. 15e u.p.d.o.p. z przepisami prawa unijnego, Konstytucji RP, czy też umów międzynarodowych. Kluczowe dla sprawy jest dokonanie jednoznacznej oceny zasadności twierdzenia skarżącej o niezgodności regulacji zawartych w art. 15e u.p.d.o.p. (w tym ust. 15 i 16) "z normami wyższego rzędu". NSA podkreślił, że WSA odstąpił od zajęcia jednoznacznego stanowiska w zakresie zgodności z przepisami Konstytucji RP (prawa unijnego i umów o unikaniu podwójnego opodatkowania) regulacji zawartych w art. 15e u.p.d.o.p. Wskazał przy tym, że powyższa uwaga ma kluczowe znaczenie dla sprawy, gdyż podstawę argumentacji WSA stanowią krytyczne rozważania dotyczące ostatnio wymienionej regulacji w kontekście art. 2 i art. 32 Konstytucji RP, a także sposobu jej zastosowania w odniesieniu do skarżącej, natomiast z uzasadnienia wyroku wydanego przez WSA nie wynika, jakie "ewidentne błędy i zaniedbania prawodawcy", w tym naruszające podstawowe zasady porządku konstytucyjnego, skutkują przyznaniem skarżącej prawa do oprocentowania zwróconej nadpłaty.
3. Istotne jest zajęcie stanowiska co do konieczności złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty wraz ze skorygowanym zeznaniem podatkowym, a także konsekwencji z tym związanych.
4. W przypadku przyjęcia, że zastosowanie w sprawie znajdują regulacje zawarte w art. 78 § 3 o.p. (bezpośrednio lub per analogiam) należy dokonać wykładni przepisów, do których stosowania wprost odsyła ustawodawca, z uwzględnieniem pojęć zawartych w owych regulacjach, w tym należy odnieść odniósł się do terminu, o którym mowa w art. 77 § 1 pkt 6 o.p., do którego stosowania (m.in.) odsyła wprost art. 78 § 3 pkt 3 lit. c). NSA podkreślił, że WSA stwierdzając istnienie luki prawnej i przyjmując konieczność jej usunięcia per analogiem (legis) w sposób nieuzasadniony odstąpił od dokonania wykładni (i oceny sposobu zastosowania na tle niespornych okoliczności faktycznych) konkretnych przepisów podobnych, mogących znajdować zastosowanie w niniejszej sprawie.
5. Stosowanie wykładni per analogiam wymaga należytego uzasadnienia. Niewystarczające jest powołanie się przez WSA na art. 78 § 1 i § 3 o.p. i wnioskowanie per analogiem (legis) bez wyjaśnienia podstawy prawnej uzasadniającej twierdzenia odnoszące się do nienależnie zapłaconego podatku przez Spółkę.
6. Ewentualne rozważania dotyczące "hodowania odsetek" należy poprzedzić także oceną możliwości zastosowania art. 78 § 3 o.p. w odniesieniu do postępowania zakończonego decyzją APA.
Pozostałe wypowiedzi Naczelnego Sądu Administracyjnego dotyczą nie przyczyny uchylenia wyroku WSA, to jest sporządzenia uzasadnienia wyroku WSA z uchybieniem przepisowi art. 141 § 4 p.p.s.a. w zakresie należytego wskazania podstawy prawnej rozstrzygnięcia oraz jej wyjaśnienia, a także zawarcia jasnych wskazań co do dalszego postępowania, lecz wykładni prawa materialnego, a więc kwestii, co do których sam NSA uznał wypowiadanie się za przedwczesne, a przez to nieusprawiedliwione. Dodatkowo część rozważań NSA ma charakter wariantowy, a wypowiedzi są niestanowcze, nie można ich więc uznać za (wiążącą) wykładnię prawa.
Realizując powyższe wskazania co standardu uzasadnienia, jakie w przedmiotowej sprawie winno zostać sporządzone, Sąd wskazuje, że podstawą prawną rozstrzygnięcia w niniejszej sprawie jest przyjęcie przez Sąd, że chociaż przepisy prawa nie przyznają wprost prawa do oprocentowania nadpłaty w przypadku niemożności uzyskania jej zwrotu przed zakończeniem postępowania zmierzającego do wydania decyzji APA, to jednak w drodze analogii legis oprocentowanie takie winno zostać przyznane za cały okres przedłużającego się postępowania APA.
Spór w sprawie koncentruje się wokół przesłanek leżących u podstaw wniosku o wypłatę oprocentowania w związku z przedłużającym się postępowaniem zmierzającym do wydania przez Szefa KAS decyzji APA, która z kolei pozwoliłaby Spółce uznać za koszty uzyskania przychodu wydatki z tytułu licencji oraz usług zarządczych na rzecz podmiotu powiązanego, które były objęte limitowaniem na podstawie art. 15e u.p.d.o.p.
Zaznaczyć należy, że stan faktyczny nie jest sporny między stronami, zaś Sąd nie kwestionuje ustaleń poczynionych przez organy podatkowe w zakresie stanu faktycznego. W latach 2018-2020 Spółka ponosiła wydatki z tytułu licencji oraz usług zarządczych na rzecz podmiotu powiązanego, które były objęte limitowaniem na podstawie art. 15e u.p.d.o.p. Decyzja APA została wydana [...] grudnia 2021 r., po trwającym ponad 23 miesiące postępowaniu, w którym Spółka uzyskała wymagane art. 15e ust. 15 u.p.d.o.p. potwierdzenie, że warunki transakcji pomiędzy nią a podmiotem powiązanym odpowiadają warunkom rynkowym. Po uzyskaniu tej decyzji, 5 grudnia 2022 r. Spółka złożyła ona wnioski o stwierdzenie i zwrot nadpłat za lata 2018-2020 w celu odzyskania nadpłaconego podatku dochodowego z uwagi na pierwotne objęcie ponoszonych wydatków limitowaniem z art. 15e ust. 1 u.p.d.o.p., w wyniku czego zwrócono jej żądane kwoty w wysokości odpowiadającej kwocie nadpłaconego podatku bez oprocentowania nadpłaty. Kwotę 1.688.754,00 zł za rok 2019 Spółka otrzymała 31 marca 2023 r., a więc z przekroczeniem 2-miesięcznego terminu wynikającego z art. 77 § 1 pkt 6 lit. a) o.p., przy czym organy przyjęły, że Strona współpracowała z organem podatkowym i wykonywała jego żądania, jednak oczekiwanie na rezultaty podjętych czynności oraz konieczność przeanalizowania napływających dokumentów stanowiły przyczyny zwrotu nadpłaty z uchybieniem terminu określonego w art. 77 § 1 pkt 6 lit. a) o.p., a odpowiedzialność za okoliczności, z których wynikały przyczyny opóźnienia w zwrocie nadpłaty, ponosiła Strona Z uwagi na zakres żądań Strony odkreślić należy, że w szczególności nie jest sporne, że postępowanie zmierzające do uzyskania przez Spółkę decyzji APA trwało 23 miesiące. Spór dotyczy jedynie skutków tej sytuacji.
Zgodnie ze stanowiskiem Strony przedstawionym w skardze i w toku postępowania Skarżąca domaga się pełnego oprocentowania już stwierdzonej nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych, za okres od dnia powstania nadpłaty do dnia jej pełnego zwrotu, ewentualnie za okres od dnia złożenia wniosku o wydanie decyzji APA do chwili wydania tej decyzji. Żądanie Spółki oparte jest na dwóch samodzielnych podstawach, tj.: nienależnym pobraniu podatku z uwagi na naruszające prawo unijne, Konstytucję RP oraz umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania uregulowanie art. 15e u.p.d.o.p.- co w ocenie Strony zgodnie z orzecznictwem TSUE jest samodzielną podstawą do wypłaty oprocentowania od dnia zapłaty podatku, oraz zasadzie oprocentowania nadpłaty w przypadku przedłużającego się procesu jej dochodzenia (art. 78 § 1 i § 4 w zw. z art. 77 § 1 O.p.), począwszy od przedłużanego ponad niezbędną miarę postępowania w sprawie wydania decyzji APA - mając na uwadze uzależnienie przez Ministra Finansów możliwości wystąpienia z wnioskiem o stwierdzenie i zwrot nadpłaty podatku od uprzedniego uzyskania decyzji APA przez podatnika.
W pierwszej kolejności należy rozważyć, czy art. 15e u.p.d.o.p. jest zgodny z "normami wyższego rzędu", to jest przepisami prawa unijnego, umów międzynarodowych oraz Konstytucji RP. Gdyby bowiem odpowiedź na to pytanie była negatywna, to z orzecznictwa TSUE wynikałby obowiązek przyznania Stronie oprocentowania nadpłaty powstałej wskutek niezgodności tego przepisu z prawem Unii Europejskiej.
Artykuł 15e u.p.d.o.p., obowiązujący w roku 2019, którego dotyczy przedmiotowa sprawa, stawił:
1. Podatnicy są obowiązani wyłączyć z kosztów uzyskania przychodów koszty:
1) usług doradczych, badania rynku, usług reklamowych, zarządzania i kontroli, przetwarzania danych, ubezpieczeń, gwarancji i poręczeń oraz świadczeń o podobnym charakterze,
2) wszelkiego rodzaju opłat i należności za korzystanie lub prawo do korzystania z praw lub wartości, o których mowa w art. 16b ust. 1 pkt 4-7,
3) przeniesienia ryzyka niewypłacalności dłużnika z tytułu pożyczek, innych niż udzielonych przez banki i spółdzielcze kasy oszczędnościowo-kredytowe, w tym w ramach zobowiązań wynikających z pochodnych instrumentów finansowych oraz świadczeń o podobnym charakterze
- poniesione bezpośrednio lub pośrednio na rzecz podmiotów powiązanych w rozumieniu art. 11a ust. 1 pkt 4 lub podmiotów mających miejsce zamieszkania, siedzibę lub zarząd na terytorium lub w kraju wymienionym w przepisach wydanych na podstawie art. 11j ust. 2, w części, w jakiej koszty te łącznie w roku podatkowym przekraczają 5% kwoty odpowiadającej nadwyżce sumy przychodów ze wszystkich źródeł przychodów pomniejszonych o przychody z tytułu odsetek nad sumą kosztów uzyskania przychodów pomniejszonych o wartość zaliczonych w roku podatkowym do kosztów uzyskania przychodów odpisów amortyzacyjnych, o których mowa w art. 16a-16m, i odsetek.
2. W przypadku banków, spółdzielczych kas oszczędnościowo-kredytowych, Krajowej Spółdzielczej Kasy Oszczędnościowo-Kredytowej i instytucji finansowych w rozumieniu art. 4 ust. 1 pkt 7 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Prawo bankowe limit, o którym mowa w ust. 1, ustala się bez pomniejszania przychodów oraz kosztów uzyskania przychodów odpowiednio o przychody z tytułu odsetek oraz koszty z tytułu odsetek.
3. Przepis ust. 1 stosuje się odpowiednio do spółek wchodzących w skład podatkowej grupy kapitałowej.
4. Do przychodów i kosztów, o których mowa w ust. 1, przepis art. 7 ust. 3 stosuje się odpowiednio.
5. W celu wyliczenia limitu, o którym mowa w ust. 1, sumę kosztów uzyskania przychodów oraz kwotę odsetek, o których mowa w tym przepisie, oblicza się bez uwzględnienia pomniejszeń wynikających z zastosowania ust. 1 oraz art. 15c ust. 1.
6. Przez koszty poniesione przez podatnika, o których mowa w ust. 1, rozumie się również koszty przypisane podatnikowi zgodnie z art. 5.
7. Kwotę kosztów wyłączonych z kosztów uzyskania przychodów na podstawie ust. 1 uwzględnia się w danym źródle przychodów proporcjonalnie do wysokości kosztów, o których mowa w ust. 1, poniesionych w ramach danego źródła przychodów.
8. W przypadku podatników, o których mowa w art. 3 ust. 2, prowadzących działalność poprzez położony na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej zagraniczny zakład przy obliczaniu kwoty, o której mowa w ust. 1, uwzględnia się odpisy amortyzacyjne oraz przychody i koszty, w tym koszty finansowania dłużnego, przypisane do tego zagranicznego zakładu.
9. Kwota kosztów, o których mowa w ust. 1, nieodliczona w danym roku podatkowym podlega odliczeniu w kolejnych 5 latach podatkowych, zgodnie z zasadami określonymi w ust. 1-8 i 10-16 oraz w ramach obowiązujących w danym roku limitów wynikających z tych przepisów.
10. Za koszty poniesione pośrednio na rzecz podmiotów, o których mowa w ust. 1, uważa się koszty poniesione na rzecz podmiotu niepowiązanego w rozumieniu art. 11a ust. 1 pkt 3 z podatnikiem, jeżeli rzeczywistym właścicielem należności z tytułów, o których mowa w ust. 1, lub jej części jest podmiot powiązany w rozumieniu art. 11a ust. 1 pkt 4 z podatnikiem lub podmiot mający miejsce zamieszkania, siedzibę lub zarząd na terytorium lub w kraju wymienionym w przepisach wydanych na podstawie art. 11j ust. 2.
11. Ograniczenie, o którym mowa w ust. 1, nie ma zastosowania do:
1) kosztów usług, opłat i należności, o których mowa w ust. 1, zaliczanych do kosztów uzyskania przychodów bezpośrednio związanych z wytworzeniem lub nabyciem przez podatnika towaru lub świadczeniem usługi;
2) kosztów usług, o których mowa w art. 8 ust. 2a ustawy o podatku od towarów i usług;
3) usług ubezpieczenia świadczonych przez podmioty, o których mowa w art. 15c ust. 16 pkt 6 i 7;
4) gwarancji i poręczeń udzielonych przez podmioty, o których mowa w art. 15c ust. 16 pkt 1-3, 6 i 7.
12. Przepis ust. 1 stosuje się do nadwyżki wartości kosztów wskazanych w tym przepisie, z wyłączeniem kosztów, o których mowa w ust. 11, przekraczającej w roku podatkowym łącznie kwotę 3 000 000 zł. Jeżeli rok podatkowy podatnika jest dłuższy albo krótszy niż 12 miesięcy, kwotę tego progu oblicza się, mnożąc kwotę 250 000 zł przez liczbę rozpoczętych miesięcy roku podatkowego podatnika.
13. W przypadku podatkowej grupy kapitałowej kwota wskazana w ust. 12 odnosi się do każdej spółki tworzącej taką grupę.
14. Ograniczenie, o którym mowa w ust. 1, nie ma zastosowania do kosztów poniesionych przez spółkę tworzącą podatkową grupę kapitałową na rzecz innych spółek z tej podatkowej grupy kapitałowej.
15. Ograniczenie, o którym mowa w ust. 1, nie ma zastosowania do kosztów usług, opłat i należności, o których mowa w ust. 1, w zakresie, w jakim decyzja w sprawie porozumienia, o której mowa w art. 20a Ordynacji podatkowej, obejmuje prawidłowość kalkulacji wynagrodzenia za te usługi, opłaty i należności w okresie, którego ta decyzja dotyczy.
16. Przepis ust. 15 stosuje się również do roku podatkowego, w którym wydano decyzję, o której mowa w tym przepisie, oraz do roku podatkowego poprzedzającego ten rok podatkowy.
Tym samym art. 15e ust. 1 i ust. 15 u.p.d.o.p. opierały się na następujących założeniach: 1) tylko kwoty odpowiadające warunkom rynkowym mogą być zaliczone do kosztów uzyskania przychodów, 2) stąd, kwoty wypłacane na rzecz podmiotów niepowiązanych (z zasady rynkowe) nie były objęte tą regulacją, 3) z kolei - w odniesieniu do kwot wypłacanych na rzecz podmiotów powiązanych - regulacja przewidywała kwotę, do której wydatki nie podlegały limitowaniu (tj. 3.000.000 zł + 5% podatkowej EBITDA od nadwyżki ponad 3.000.000 zł), natomiast jeżeli kwoty wypłat przekraczały określony ustawowo limit, co do zasady nie mogły być kosztem uzyskania przychodów, chyba że rynkowość warunków wypłaty tych kwot potwierdzi wydana APA.
W ocenie Sądu powyższa regulacja nie jest sprzeczna z przepisami prawa unijnego ani z umowami międzynarodowymi, a także z Konstytucją RP. Przewidziane tym przepisem wyłączenie z kosztów uzyskania przychodów miało zapobiegać tzw. agresywnej optymalizacji podatkowej w oparciu o prawa i wartości o charakterze niematerialnym (np. znaki towarowe). Ich brak powiązania z realnie istniejącą substancją, a także zindywidualizowany charakter powodują, iż są one idealnym narzędziem do kreowania "tarczy podatkowej" (sztucznego, nieuzasadnionego ekonomicznie generowania kosztów uzyskania przychodów). Z jednej bowiem strony ich przenoszenie do innych podmiotów ma aspekt czysto formalny, z drugiej – istnieją obiektywne trudności z ustaleniem rynkowej wartości takiego prawa. Możliwość taka odnosi się również do określonych rodzajów usług niematerialnych, w tym m.in. do usług doradczych, zarządzania i kontroli. Usługi te charakteryzują się brakiem faktycznej możliwości powiązania ich ceny z "produktem", który w zamian za tę cenę jest otrzymywany. Usługi takie są często świadczone przez podmioty zagraniczne na rzecz ich polskich spółek córek, przy czym sposób wynagradzania zagranicznych centrali za ich świadczenia jest ustalany jako procent zaangażowanego w polską spółkę kapitału (określany w odniesieniu do wysokości przychodów spółki córki). Innym sposobem wykorzystywania usług niematerialnych (np. reklamowych) do pomniejszania bazy podatkowej w podatku dochodowym od osób prawnych jest przenoszenie na polskie spółki wchodzące w skład grupy o charakterze międzynarodowym części ponoszonych przez grupę wydatków na takie usługi w nieadekwatnej, zawyżonej wysokości (tak P. Małecki, M. Mazurkiewicz [w:] P. Małecki, M. Mazurkiewicz, CIT. Podatki i rachunkowość. Komentarz. Tom II. Art. 15–42, wyd. XIII, Warszawa 2022, art. 15(e)).
Jednocześnie art. 15e u.p.d.o.p. zawierał mechanizmy przeciwdziałąjące dyskryminacji. Ograniczenie nie ma bowiem zastosowania do kosztów usług, opłat i należności, w zakresie, w jakim decyzja w sprawie uznania prawidłowości wyboru i stosowania metody ustalania ceny transakcyjnej pomiędzy podmiotami powiązanymi obejmuje prawidłowość kalkulacji wynagrodzenia za te usługi, opłat i należności, w okresie, którego ta decyzja dotyczy. Tym samym nie narusza wynikających z Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej zakazu ograniczania swobody przedsiębiorczości (art. 49) oraz zakazu ograniczania swobody świadczenia usług (art. 56). W szczególności naruszenia takiego nie wskazało żadne orzeczenie TSUE. Również uchylenie art. 15e u.p.d.o.p. nie wynikało z niezgodności tej regulacji z przepisami Unii Europejskiej. Przepis ten został uchylony z dniem 1 stycznia 2022 r. przez ustawę z dnia 29 października 2021 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych oraz niektórych innych ustaw (Dz. U. z 2021 r., poz. 2105). Przeniesiono natomiast większość zapisów z tego artykułu do wprowadzonego 1 stycznia 2022 r. art. 24ca u.p.d.o.p., dotyczącego "minimalnego podatku dochodowego".
Z uwagi na rolę, jaką decyzja APA pełniła w niwelowaniu ograniczeń nałożonych art. 15e ust. 1 u.p.d.o.p. wskazać należy, że w 2019 r. Rzeczpospolita Polska implementowała Dyrektywę Rady (UE) 2017/1852 z dnia 10 października 2017 r. w sprawie mechanizmów rozstrzygania sporów dotyczących podwójnego opodatkowania w Unii Europejskiej (dalej "Dyrektywa"). Dyrektywa została implementowana przepisami ustawy DRM. Ustawa wprowadziła nową, alternatywną wobec procedur wzajemnego porozumiewania się, procedurę rozstrzygania sporów dotyczących podwójnego opodatkowania dochodów między państwami Unii Europejskiej (Tax Dispute Resolution Mechanisms, dalej "DRM"). DRM może zostać przeprowadzona w kwestiach spornych dotyczących dochodów uzyskanych w roku podatkowym rozpoczynającym się po 31 grudnia 2017 r. Zgodnie z art. 83 ust. 1 ustawy DRM, Szef KAS na wniosek krajowego podmiotu powiązanego wydaje uprzednie porozumienie cenowe dotyczące transakcji kontrolowanej, w dokonaniu której uczestniczy ten krajowy podmiot powiązany. Należy w tym miejscu wskazać, że procedura APA (advance pricing arrangementś) to inaczej formalne porozumienie w sprawach ustalenia cen transakcyjnych między podatnikiem a organem podatkowym. Jest to rodzaj umowy zawieranej między podatnikiem a organem podatkowym, w której organ akceptuje wybór i sposób stosowania metody ustalania ceny transferowej stosowanej w relacjach podatnika i podmiotów z nim powiązanych. Porozumienie takie przybiera formę decyzji administracyjnej, organem właściwym do jego zawarcia jest Szef KAS. Stosownie do art. 83 ust. 2 ustawy DRM, uprzednie porozumienie cenowe określa w szczególności: transakcję kontrolowaną objętą uprzednim porozumieniem cenowym oraz podmioty powiązane uczestniczące w jej dokonaniu; profil funkcjonalny podmiotów powiązanych uczestniczących w dokonaniu transakcji kontrolowanej, obejmujący w szczególności pełnione funkcje, ponoszone ryzyka i angażowane aktywa; metodę weryfikacji ceny transferowej; sposób kalkulacji ceny transferowej; założenia krytyczne, na podstawie których przyjęto, że metoda wskazana w pkt 3 w dokładny sposób odzwierciedla cenę transferową; zakres indywidualnych informacji do wskazania w sprawozdaniu o realizacji uprzedniego porozumienia cenowego. Natomiast w myśl zaś art. 85 ustawy DRM, uprzedniego porozumienia cenowego nie wydaje się w zakresie transakcji kontrolowanych: 1) zakończonych przed dniem złożenia wniosku; 2) rozpoczętych przed dniem złożenia wniosku, które w dniu złożenia wniosku są objęte postępowaniem podatkowym, kontrolą podatkową, kontrolą celno-skarbową lub postępowaniem przed sądem administracyjnym za okres któregokolwiek z dwóch ostatnich lat podatkowych wnioskodawcy poprzedzających rok podatkowy, w którym złożono wniosek. Zgodnie z art. 86 ustawy DRM w przypadku, gdy transakcja kontrolowana została zawarta: 1) wyłącznie pomiędzy krajowymi podmiotami powiązanymi, 2) pomiędzy krajowym podmiotem powiązanym a zagranicznym podmiotem powiązanym i krajowy podmiot powiązany nie wystąpił z wnioskiem o porozumienie z właściwym organem zagranicznym - Szef Krajowej Administracji Skarbowej wydaje jednostronne uprzednie porozumienie cenowe.
Na uwagę w przedmiotowej sprawie zasługuje treść art. 97 ustawy DRM, zgodnie z którym określa się termin zakończenia postępowania w sprawie wydania uprzedniego porozumienia cenowego. Postępowanie w sprawie wydania jednostronnego uprzedniego porozumienia cenowego powinno być zakończone bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w ciągu 6 miesięcy od dnia jego wszczęcia. Natomiast postępowanie w sprawie porozumienia dwustronnego powinno być zakończone bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w ciągu 12 miesięcy od dnia jego wszczęcia. Postępowanie w sprawie porozumienia wielostronnego powinno być zakończone bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w ciągu 18 miesięcy od dnia jego wszczęcia. Powyższy przepis wskazuje na graniczne terminy do wydania decyzji w sprawie. Z uwagi na skomplikowany charakter przedmiotowego postępowania terminy te znacznie odbiegają od terminów zawartych w przepisach Ordynacji podatkowej. Jednakże warto zaznaczyć, że właściwy organ podatkowy zgodnie z art. 90 ustawy DRM otrzymuje wniosek spełniający szereg wymogów ustawowych, których spełnienie uruchamia termin do wydania decyzji APA. W myśl art. 98 ustawy DRM wniosek o wydanie uprzedniego porozumienia cenowego oraz wniosek o odnowienie uprzedniego porozumienia cenowego podlegają opłacie wpłacanej na rachunek Szefa Krajowej Administracji Skarbowej w terminie 7 dni od dnia złożenia wniosku. Wysokość opłaty od wniosku o wydanie uprzedniego porozumienia cenowego wynosi 1 procent wartości transakcji kontrolowanej będącej przedmiotem uprzedniego porozumienia cenowego, przy czym dla jednostronnego uprzedniego porozumienia cenowego: a) dotyczącego wyłącznie krajowych podmiotów powiązanych - wynosi nie mniej niż 5000 zł i nie więcej niż 50 000 zł, b) dotyczącego zagranicznego podmiotu powiązanego - wynosi nie mniej niż 20 000 zł i nie więcej niż 100 000 zł. Wysokość opłaty od wniosku o odnowienie uprzedniego porozumienia cenowego stanowi odpowiednio połowę wysokości opłaty ustalonej na podstawie ust. 2-5. Ustawodawca przewidział także sytuacje, w których Szef KAS może naliczyć opłatę uzupełniającą. Stosownie do art. 99 ustawy DRM jeżeli w toku postępowania w sprawie wydania uprzedniego porozumienia cenowego Szef Krajowej Administracji Skarbowej stwierdzi, że wartość transakcji kontrolowanej, mającej być przedmiotem uprzedniego porozumienia cenowego, została we wniosku podana w zaniżonej wysokości, organ ten ustala wysokość opłaty uzupełniającej. Jeżeli w toku postępowania w sprawie wydania uprzedniego porozumienia cenowego Szef Krajowej Administracji Skarbowej stwierdzi wystąpienie w jednym wniosku transakcji kontrolowanych stanowiących odrębne transakcje o charakterze jednorodnym w rozumieniu art. 23 w ust. 5 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych lub art. 11k ust. 5 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, organ ten ustala wysokość opłaty uzupełniającej, którą oblicza się z uwzględnieniem art. 98 ust. 2-6. Na postanowienie w sprawie opłaty uzupełniającej służy zażalenie. Opłaty, o których mowa w art. 98 i art. 99, stanowią dochód budżetu państwa (art. 100 ustawy DRM).
W kontekście powyższych przepisów warto podkreślić, że ustawodawca w sposób szczególny zadbał o interes fiskalny Skarbu Państwa przewidując szereg regulacji w zakresie opłat za samo wydanie decyzji jak i poszczególne czynności procesowe i koszty administracyjne. W ocenie Sądu zestawienie zacytowanych przepisów ww. ustawy pozwala na dostrzeżenie nieproporcjonalności w sytuacji prawnej i faktycznej podmiotu ubiegającego się o wydanie decyzji APA i właściwego organu. W szczególności warto wskazać na wskazane w ustawie wymogi, które wniosek strony powinien spełniać, koszt złożenia wniosku a przede wszystkim brak automatycznej niezwłocznej procedury uwzględniającej wpływ wydanej decyzji APA na rozliczenia podatkowe, w tym w szczególności prawo do żądania nadpłaty i ewentualne jej oprocentowanie.
W skardze w kontekście konsekwencji zaistnienia nadpłaty przywołano pismo Ministerstwa Finansów stanowiące odpowiedź na interpelację poselską (Odpowiedź Ministra Finansów z 26 listopada 2018 r. na interpelację nr 27048 z 6 listopada 2018 r. Posłów Cezarego Tomczyka, Artura Gierady, Agnieszki Pomaskiej, Piotra Cieślińskiego, Sławomira Nitrasa oraz Pawła Olszewskiego w sprawie przepisów zawartych w art. 15e ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (Sejm VIII kadencji), w którym organ wskazał, że podatnicy będący w trakcie procedury uzyskiwania uprzedniego porozumienia cenowego w całym toku tego postępowania zobowiązani są do limitowania kosztów na podstawie art. 15e ust. 1 u.p.d.o.p. Dopiero po otrzymaniu uprzedniego porozumienia cenowego są uprawnieni do korekty ("włączenia do KUP") uprzednio limitowanych kosztów. Jednocześnie Sąd z urzędu ma wiedzę, że do uchybienia terminom do wydawania decyzji APA ewidentnie doszło w wyniku problemów organizacyjnych i systemowych po stronie fiskusa.
Odnosząc powyższe do stanu faktycznego sprawy przede wszystkim trzeba przyjąć, że prowadzenie postępowania przez właściwy organ w niniejszej sprawie przez 23 miesiące powodujące brak możliwości zaliczenia kosztów uzyskania przychodów w prawidłowej wysokości naruszało wprost przepisy ustawy DRM i w konsekwencji było niezgodne z zasadami prawa unijnego oraz ogólnymi postulatami zasad konstytucyjnych. Z akt sprawy wynikało, że wydając APA po trwającym ponad 23 miesiące postępowaniu ([...] grudnia 2021 r.), Szef Krajowej Administracji Skarbowej potwierdził metodologię kalkulacji cen transferowych w transakcjach zakupu usług wsparcia, a także potwierdził, że do tych transakcji nie stosuje się ograniczenia, o którym mowa w art. 15e u.p.d.o.p. Następnie Spółka dokonała korekty deklaracji CIT-8 za rok 2018, w której zaliczyła do kosztów uzyskania przychodów kwotę wyłączoną wcześniej na podstawie art. 15e ust. 1 u.p.d.o.p. Na skutek złożonego 5 grudnia 2022 r wniosku o stwierdzenie i zwrot nadpłaty 31 marca 2023 r. bez wydawania decyzji uzyskała zwrot nadpłaty w wysokości 1688.754,00 zł.
W tym miejscu należy podkreślić, że w ocenie Sądu, do czasu uzyskania przez Spółkę decyzji APA, nie mogła ona traktować wydatków z tytułu licencji oraz usług zarządczych na rzecz zagranicznego podmiotu powiązanego, przekraczających określony przepisami art. 15e u.p.d.o.p. limit, jako kosztów uzyskania przychodów. Tym samym złożenie wniosku o stwierdzenie i zwrot nadpłaty prze uzyskaniem decyzji APA było niedopuszczalne. Oraz nie mogłoby przynieść skutku, skoro do czasu uzyskania decyzji APA owe wydatki było ustawowo włączone z kosztów uzyskania przychów.
Jednocześnie Sąd stoi na stanowisku, że nad terminowością prowadzenia postępowania (w tym postępowania dotyczącego decyzji APA) winien czuwać organ. Stąd też fakt, iż Spółka nie złożyła skargi na bezczynność Szefa KAS nie może pozbawiać jej prawa do oprocentowania nadpłaty, stanowiącego wynagrodzenia szkody wynikającej z długotrwałości postępowania.
Odnosząc się do wniosku Spółki dotyczącego oprocentowania tejże nadpłaty, w pierwszej kolejności wskazać należy, że skoro - -jak to zostało wyżej wywiedzione – przepis art. 15e u.p.d.o.p. nie jest niezgodny z normami wyższego rzędu, to nie ma podstaw do stwierdzenia, że Skarżącej przysługuje oprocentowanie nadpłaty za cały okres, od dnia powstania nadpłaty do dnia jej zwrotu w całości. W związku z powyższym nieaktualne staje się wskazanie Naczelnego Sądu Administracyjnego co do (ewentualnego) rozważania dotyczącego "hodowania odsetek". W ocenie bowiem składu Sądu obecnie rozpoznającego przedmiotową sprawę, na podstawie zebranego w sprawie materiału dowodowego, owego "hodowania odsetek" można by się dopatrywać jedynie długich (blisko rocznych) okresach czasu między: 1) uzyskaniem decyzji APA z [...] grudnia 2021 r. a złożeniem przez Spółkę wniosku o stwierdzenie i zwrot nadpłaty 5 grudnia 2022 r., 2) otrzymaniem 28 kwietnia 2023 r. zwrotu nadpłaconego podatku w kwocie nie uwzględniającej odsetek a złożeniem pisma z 19 kwietnia 2024 r. zawierającego wniosek o zwrot pozostałej, niezwróconej (w ocenie Spółki) części nadpłaty oraz pozostałej części należnego (w ocenie Spółki) oprocentowania nadpłaty (takie sformułowanie wniosku Spółki wynika z zastosowania przez nią normy z art. 78a o.p., zgodnie z którym jeżeli kwota dokonanego zwrotu podatku nie pokrywa kwoty nadpłaty wraz z jej oprocentowaniem, zwróconą kwotę zalicza się proporcjonalnie na poczet kwoty nadpłaty oraz kwoty jej oprocentowania w takim stosunku, w jakim w dniu zwrotu pozostaje kwota nadpłaty do kwoty oprocentowania).
Pozostaje natomiast do rozważenia kwestia oprocentowania nadpłaty wynikającej z zastosowania obowiązującej Stronę normy z art. 15e ust. 1 u.p.d.o.p. i nast. za okres, kiedy trwało postępowanie, którego celem było uzyskanie przez Spółkę decyzji APA, umożliwiającej – stosownie do art. 15e ust. 15 tej ustawy – zaliczenie do kosztów uzyskania przychodów wydatków z tytułu licencji oraz usług zarządczych na rzecz zagranicznego podmiotu powiązanego, które art. 15e ust. 1 wyłączał z kosztów uzyskania przychodów.
Zgodnie z art. 72 § pkt 1 o.p. za nadpłatę uważa się kwotę nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego podatku. Na równi z nadpłatą traktuje się cześć wpłaty, która została zaliczona na poczet odsetek za zwłokę, jeżeli wpłata ta dotyczyła zaległości podatkowej (art. 72 § 2 pkt 1 o.p.). Na podstawie art. 73 § 1 pkt 1 o.p. nadpłata powstaje z dniem zapłaty przez podatnika podatku nienależnego lub w wysokości większej od należnej.
W art. 78 § 3 o.p. ustawodawca określił przypadki, w których przysługuje oprocentowanie nadpłat podatku w związku z wyeliminowaniem z obrotu prawnego orzeczeń, na podstawie których pobrano podatek i uczynił to przez odwołanie się do sytuacji wskazanych w art. 77 o.p. Stosownie do art. 78 § 3 pkt 3 lit. b) o.p. oprocentowanie przysługuje, jeżeli decyzja stwierdzająca nadpłatę nie została wydana w terminie 2 miesięcy od dnia złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty - chyba, że do opóźnienia w wydaniu decyzji przyczynił się podatnik, płatnik lub inkasent. W takim to przypadku termin zwrotu podatku określony został w art. 77 § 1 pkt 6 lit. a), który wskazuje na okres 2 miesięcy od dnia złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty wraz ze skorygowanym zeznaniem (deklaracją) w przypadkach, o których mowa w art. 75 § 3 tej ustawy.
W ocenie Sądu nację należy przyznać organom, że chociaż Spółka po złożeniu wniosku o stwierdzenie nadpłaty współdziałała z organem podatkowym, to jednak dla stwierdzenia prawidłowości rozliczenia dokonanego w skorygowanym zeznaniu i zbadania zasadności wniosku o stwierdzenie i zwrot nadpłaty, konieczne były trzy wezwania do złożenia dokumentów i wyjaśnień dokonane pismami z 3 stycznia 2023 r. i 6 lutego 2023 r., przy czym nim Spółka przedstawiła żądane dokumenty, wnioskowała o przesuniecie terminu do ich dostarczenia.. Było to przyczyną zwłoki w zwrocie nadpłaty podatku dochodowego od osób prawnych za 2019 r. i zwrotu tego dokonano z uchybieniem terminu określonego w art. 77 §1 pkt 6 lit. a) o.p. Odpowiedzialność za okoliczności, z których wynikały przyczyny opóźnienia w zwrocie nadpłaty, ponosiła Spółka, wobec czego brak było podstaw do zastosowania art. 78 § 3 pkt 3 lit. c) o.p.
Natomiast przepisem, który – zgodnie z jego gramatycznym brzmieniem – nie ma zastosowania do sytuacji, w jakiej znalazła się Spółka, jest art. 78 § 3 pkt 1 o.p. Zgodnie z tym przepisem oprocentowanie przysługuje w przypadkach przewidzianych w art. 77 § 1 pkt 1 i 3 o.p. – od dnia powstania nadpłaty, a jeżeli organ podatkowy nie przyczynił się do powstania przesłanki zmiany lub uchylenia decyzji, a nadpłata nie została zwrócona w terminie - od dnia wydania decyzji o zmianie lub uchyleniu decyzji. Stosowanie do art. 77 § 1 pkt 1 o.p. nadpłata podlega zwrotowi w terminie 30 dni od dnia wydania nowej decyzji - jeżeli nadpłata powstała w związku z uchyleniem albo stwierdzeniem nieważności decyzji. Natomiast art. 77 § 1 pkt 3 o.p. stanowi, że nadpłata podlega zwrotowi w terminie 30 dni od dnia wydania decyzji o zmianie, uchyleniu albo stwierdzeniu nieważności decyzji - jeżeli w związku z uchyleniem albo stwierdzeniem nieważności decyzji nie wystąpi obowiązek wydania nowej decyzji.
Z przepisów tych wynika, że w przypadku stwierdzenia sprzeczności z prawem lub nieważności decyzji wymiarowej przez sąd, oprocentowanie należne jest od dnia powstania nadpłaty. Podatnik wówczas otrzymując oprocentowanie nadpłaty – za okres liczony od dnia jej powstania, a więc od momentu pozbawienia go możliwości dysponowania własnymi środkami pieniężnymi – uzyskuje je bez względu na wysokość poniesionej szkody (tej w znaczeniu prawa cywilnego).
Analiza przepisów Ordynacji podatkowej dotyczących nadpłaty, terminu jej zwrotu oraz oprocentowania nadpłaty wskazuje, że sytuacja zaistniała w rozpatrywanej sprawie nie odpowiada żadnemu ze zdarzeń, od których powstania ustawodawca uzależnił oprocentowanie nadpłaty. Brak też jakichkolwiek regulacji w tym zakresie w przepisach innych ustaw mających zastosowanie w sprawie, w tym w ustawie DRM.
W rozpoznanej sprawie nie jest sporne, że Szef KAS wydając APA potwierdził brak ograniczeń, o których mowa w art. 15e u.p.d.o.p. co do cen transferowych w transakcjach strony i na skutek złożonego przez Skarżącą wniosku o stwierdzenie nadpłaty - już bez wydawania decyzji - dokonał zwrotu powstałej nadpłaty. Choć po stronie Spółki wystąpiła nadpłata, organ odmówił Spółce wypłaty oprocentowania niekwestionowanej przez siebie nadpłaty podatku, gdyż przepisy art. 78 O.p. expressis verbis nie przewidują oprocentowania nadpłat powstałych w wyniku wydania pozytywnej decyzji APA, wydanej po długotrwałym postępowaniu, trwającym 23 miesiące, czyli o 17 miesięcy dłużej, niż maksymalny czas przewidziany przez ustawodawcę.
W ocenie Sądu rozpoznającego obecnie przedmiotową sprawę zaistniała sytuacja (brak przepisu dotyczącego oprocentowania nadpłaty w sytuacji, gdy Szef KAS prowadził postępowania zmierzającego do wydania decyzji APA koniecznej, jak to już zostało wcześniej wykazane, do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty i uzyskania zwrotu tej nadpłaty, blisko cztery razy dłużnej niż przewidział to ustawodawca) przemawia za zastosowaniem w sprawie analogii legis, polegającej na ustaleniu podobieństwa między sytuacją uregulowaną wyraźną normą prawa a sytuacją, która nie została uregulowana. Zaznaczyć przy tym należy, że Sąd ma świadomość, że w uzasadnieniu wyroku NSA znalazło się stwierdzenie, że "kwestia dotycząca oprocentowania nadpłat powstałych na skutek wniosku podatnika, który w ramach samoobliczenia koryguje swoje zeznanie podatkowe (deklarację) została uregulowana przez ustawodawcę. Konieczne byłoby zastosowanie w takim przypadku analogii iuris, a nie analogii legis, poprzez odwołanie się do aksjologii systemu związanego z oprocentowaniem nadpłat, tj. głównie na ocenach odwołujących się do systemu wartości związanych z wynagradzaniem przez Państwo szkód." Jednakże z uwagi na wyraźnie akcentowane przez NSA uchylenie wyroku WSA jedynie z uwagi na braki w jego uzasadnieniu (naruszenia art. 141 § 4 p.p.s.a.) i odstąpienie od analizowania pozostałych zarzutów skarg kasacyjnych (uznanie ich za przedwczesne, a przez to nieusprawiedliwione) stwierdzenie to nie jest wiążące w rozumieniu art. 190 p.p.s.a. (nie jest i nie może być wykładnią prawa dokonaną w tej sprawie przez Naczelny Sąd Administracyjny, skoro ten nie zajmował się oceną pozostałych zarzutów skarg kasacyjnych), a orzekający obecnie Sąd ma swobodę orzekania w tym zakresie, jedynie ze sformułowanym w wytycznych nakazem właściwego sformułowania uzasadnienia. Co więcej, w owych wskazaniach zawarte są tez wymogi co do sporządzenia uzasadnienia w przypadku przyjęcia, że w sprawie znajdują per analogiam regulacje zawarte w art. 78 § 3 o.p.
Jak jednolicie wskazuje doktryna i judykatura, w samym wnioskowaniu z analogii legis wyróżnić można trzy podstawowe etapy: (1) ustalenie, że określony fakt nie jest objęty unormowaniem przez przepisy prawne, (2) ustalenie, że istnieje przepis prawny, który reguluje sytuacje pod istotnymi względami podobne do nieunormowanego, (3) powiązanie z faktem prawnym nieunormowanym podobnych lub takich samych konsekwencji prawnych, co z faktem bezpośrednio uregulowanym przez przepisy prawne (tak J. Nowacki, Analogia legis, Warszawa 1966, s. 163, L. Morawski, Zasady wykładni prawa, Toruń 2006, s. 203-204).
W sprawie niniejszej już zostało wykazane, że zaistniały stan faktyczny nie jest objęty unormowaniem przez przepisy prawne, a konkretnie, że mimo iż nadpłata zwracana przez organ powstała w bardzo specyficzny sposób, nie w wyniku jakiejkolwiek pomyłki czy swobodnej decyzji podatnika, lecz w związku z obowiązującym w 2028 r. przepisem art. 15e u.p.d.o.p., a czas oczekiwania na wydanie dokumentu niezbędnego do zawnioskowania o stwierdzenie i zwrot tej nadpłaty (decyzji APA) kilkukrotnie przekraczał 6-miesieczny termin zakreślony przez ustawodawcę, żaden przepis prawa nie przewiduje wprost oprocentowania tej nadpłaty, które wynagradzałoby szkodę polegającą na tym, że Skarżąca nie mogła dysponować swoimi środkami, mimo iż wydanie decyzji APA świadczy, że miała do tego prawo (przedmiotowe wydatki nie były wyłączone z kosztów uzyskania przychodów). Jednocześnie należy wyraźnie podkreślić, że sytuacja ta nie jest analogiczna do sytuacji uregulowanej w , gdy podatnika koryguje swoje zeznanie złożone wcześniej w ramach samooliczenia, w ramach którego obliczył podatek w wyższej niż rzeczywiście należna wysokości (co może być zarówno skutkiem błędu, jak i świadomej decyzji tego podatnika). W przedmiotowej sprawie nie mamy do czynienia z taką sytuacją. Z uwagi na brzmienie art. 15e u.p.d.o.p. Spółka nie miała swobody decyzji – do czasu wydania przez Szafa KAS decyzji APA nie mogła zaliczać do kosztów uzyskania przychodów części wydatków ponoszonych na rzecz zagranicznego podmiotu powiązanego z tytułu licencji oraz usług zarządczych.
Tym samym spełniana jest pierwsza przesłanka zastosowania analogii legis.
Przechodząc do kolejnej z tych przesłanek Sąd wskazuje, że przepisem prawnym, który reguluje sytuacje pod istotnymi względami podobne do sytuacji Skarżącej, jest art. 78 § 3 o.p. Przepis ten wraz z art. 77 § 1 o.p. przewidują oprocentowanie nadpłaty od dnia jej powstania w przypadku zmiany, uchylenia albo stwierdzenia nieważności decyzji. Oprocentowaniu podlegają nadpłaty jedynie w ściśle określonych sytuacjach, związanych m.in. z podważeniem decyzji organu podatkowego, przekroczeniem przez ten organ terminu wydania decyzji stwierdzającej nadpłatę, terminu zwrotu nadpłaty lub też z wydaniem orzeczenia przez Trybunał Konstytucyjny i Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej. Oznacza to, że nie wszystkie nadpłaty korzystają z oprocentowania. Odrębności w ukształtowaniu zasad oprocentowania nadpłat są uzależnione od sposobu ich powstania oraz od realizacji przez organ podatkowy obowiązku zwrotu. W typowych sytuacjach, np. wykazania nadpłaty w zeznaniu na podatek dochodowy co do zasady nie podlega ona oprocentowaniu, chyba że organ podatkowy nie zwróci jej w terminie. Podobnie jest przy samodzielnym wyliczaniu i opłacaniu podatku przez podatnika w deklaracjach.
Przystępując do etapu trzeciego, to jest powiązania z faktem prawnym nieunormowanym podobnych lub takich samych konsekwencji prawnych, co z faktem bezpośrednio uregulowanym przez przepisy prawne, Sąd wskazuje, że z uwagi na to, że sytuacja analogiczna do zaistniałej w niniejszej sprawie była już przedmiotem rozważań Naczelnego Sądu Administracyjnego w wyrokach z 4 marca 2026 r., sygn. akt II FSK 1332/23, II FSK 1026/25 i II FSK 1023/25. Sąd w składzie rozpoznającym niniejszą sprawę podziela pogląd zawarty w tamtych wyrokach NSA i przyjmuje go za swój, zaś w dalszej części swojego uzasadnienia posłuży się argumentacją zaprezentowaną przez NSA.
W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego uzasadnieniem dla różnicowania tych sytuacji nie może być argumentacja, wskazująca na odmienny charakter prawny wydawanych aktów. Fakt, że Ordynacja podatkowa nie określa terminu zwrotu oprocentowania wskutek długoterminowego opóźnienia w wydaniu decyzji APA nie oznacza w żadnym razie, że takie oprocentowanie nie powinno zostać podatnikowi przyznane (zgodnie z art. 78 § 3 o.p.).
Jak już wyżej wskazano treść art. 78 § 3 w zw. z art. 77 § 1 o.p. wskazują na katalog oprocentowania nadpłat oraz ściśle określonych sposobów ich naliczania, w zależności od konkretnych przyczyn ich powstania i terminów dokonania zwrotów nadpłaty. Regulacja ta nie wskazuje na oprocentowanie nadpłaty powstałej w konsekwencji wydania (z przekroczeniem terminu zakreślonego w art. 97 pkt 1 DRM) porozumienia APA.
Jednak w ocenie składu orzekającego brak regulacji dotyczącej terminu zwrotu omawianej nadpłaty w art. 77 O.p. i okresu naliczania oprocentowania w art. 78 § 3-5 o.p. wskutek wydania opóźnionego o 17 miesięcy porozumienia APA – nie neguje istnienia uprawnień podatnika do oprocentowanie nadpłaty, tak jak w przypadku wadliwego samoobliczenia podatku przez podatnika.
Co istotne, Spółka pozbawiona była, wskutek działania organów podatkowych, możliwości korzystania ze swoich środków. Podatnik otrzymując oprocentowanie nadpłaty - liczone od dnia jej powstania, a więc od momentu pozbawienia go możliwości dysponowania własnymi środkami pieniężnymi – uzyskuje je bez względu na wysokość poniesionej szkody (tej w znaczeniu prawa cywilnego). Takie stanowisko zostało wyrażone w uzasadnieniu wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 13 grudnia 2017 r., I FSK 128/16 oraz w wyroku z dnia 15 stycznia 2026 r., sygn. akt II FSK 585/23.
Ponadto, należy zwrócić uwagę, iż Naczelny Sąd Administracyjny orzekał także w sprawach, w których osią sporu była kwestia oprocentowania nadpłaty w podatku powstałej wskutek zastosowania się strony do wadliwej interpretacji podatkowej organu (por. m.in. wyroki NSA: z 4 września 2024 r., II FSK 1441/21; z 5 czerwca 2024 r., II FSK 1135/21; z 5 marca 2024 r., II FSK 1473/23; z 20 kwietnia 2023 r., II FSK 2587/20; z 1 czerwca 2022 r., II FSK 2683/19; z 5 października 2021 r., II FSK 408/19; z 20 stycznia 2015 r., I FSK 2050/13; publ. CBOSA). Wnioski zawarte ww. wyrokach potwierdzają, że nadpłata powstała w wyniku zastosowania się do uchylonej następnie interpretacji indywidualnej podlega - w drodze analogii - oprocentowaniu od nadpłaty na podstawie art. 78 § 3 pkt 1 O.p. Z orzeczeń tych wynika, że zaistniała sytuacja stanowi niezgodną z porządkiem konstytucyjnym lukę w przepisach, którą - w celu urzeczywistnienia tzw. zasady nieszkodzenia, wyrażonej w art. 14k § 1 o.p. - należy uznać za możliwą do usunięcia per analogiam legis. Z kolei w wyroku z 5 marca 2025 r., II FSK 1574/24, Naczelny Sąd Administracyjny zauważył, że brak jest racjonalnych podstaw do różnicowania podatników w zakresie ich prawa do jednakowego sposobu liczenia oprocentowania nadpłaty, wyłącznie w zależności od tego w oparciu o jaki wadliwie podjęty przez organ akt dokonali nienależnej wpłaty podatku.
Tym samym brak wskazania wprost w art. 78 § 3 O.p., że oprocentowanie nadpłaty przysługuje od dnia jej powstania, również w omawianym przypadku, stanowi niezgodną z porządkiem konstytucyjnym lukę w przepisach. Lukę tę należy wypełnić w drodze wykładni. Luka ta, zważywszy na jej wyraźny związek z preferowanym przez ustawodawcę systemem wartości, ma charakter luki aksjologicznej i jako taka podlega usunięciu w procesie stosowania prawa przez wnioskowanie z analogii legis. Kwestie powyższe związane są z postulowaną zasadą zupełności systemu prawnego i z zasadą jego niesprzeczności. W ich ramach wskazuje się m.in. ogólne reguły stosowania określonych metod rozumowania prawniczego, służących eliminowaniu luk w prawie, zwłaszcza poprzez wykorzystanie analogii legis. Luka aksjologiczna powstaje z porównania systemu prawa idealnego, postulowanego z systemem istniejącym, obowiązującym. System, który faktycznie obowiązuje, może się różnić od postulowanego tym, że nie zawiera norm, które powinien zawierać ze względu na konieczność zapewnienia ochrony pewnym wartościom, lub też system obowiązujący może zawierać normy, których nie powinien zawierać, jeżeli dane wartości mają być chronione (por. J. Helios, W. Jedlicka, Podstawowe pojęcia z prawoznawstwa dla ekonomistów s. 40, Uniwersytet Wrocławski, Wrocław 2015 r.). Wnioskowanie przez analogię w powszechnym rozumieniu polega na "stosowaniu jakiegoś przepisu czy normy prawnej do przypadku podobnego, lecz przez przepisy prawa nienormowanego." (por. J. Nowacki, Analogia legis, Warszawa: PWN, 1966, s. 9.). Według Aleksandra Woltera analogia legis polega na tym, że do danego stosunku prawnego stosuje się normę prawną, która dotyczy wprawdzie innego, ale podobnego stanu faktycznego; chodzi przy tym o podobieństwo prawne, a więc o stwierdzenie, że różnice w stanie faktycznym dotyczą momentów nieistotnych z punktu widzenia celu dyspozycji prawnej, z punktu widzenia tzw. ratio legis, według znanej paremii: ubi eadern legis ratio ibi eadem dispositio (por. A. Wolter, J. Ignatowicz, K. Stefaniuk, Prawo cywilne. Zarys części ogólnej, Warszawa: Wolters Kluwer Polska 1996, s. 87). Pierwszym warunkiem, który musi zaistnieć, by można było podjąć wnioskowanie per analogiam, jest ustalenie, że rozstrzygany przypadek nie jest unormowany przepisami, czyli istnieje tzw. luka w prawie. Kolejnym warunkiem dopuszczalności stosowania analogii legis jest istnienie podobieństwa pomiędzy stanem faktycznym nieunormowanym przepisami, a stanem faktycznym unormowanym przepisami. Konieczne jest również stwierdzenie, że wybrany przepis w ogóle można odnieść do przypadku nieunormowanego, uznanego za podobny do unormowanego, chodzi zatem o brak okoliczności wykluczających stosowanie analogia legis (por. A. Kazimiercza, Zesz. Nauk. UEK, 2013; 911: 21–32).
Jak szeroko wskazano w przywołanym wyżej wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 15 stycznia 2026 r., sygn. akt II FSK 585/23, zakaz stosowania analogii uzależniony jest od istoty konkretnej gałęzi prawa. Zasadnicze znaczenie ma tu fakt, czy dany system ze względu na swoją istotę powinien być systemem zamkniętym o wyraźnie zarysowanych konturach, czy też systemem otwartym. Przyjmowany w polskiej kulturze prawnej zakaz "tworzenia przez analogię" prawnopodatkowych stanów faktycznych dotyczy zaś przede wszystkim rozszerzania zakresu opodatkowania (zob. uchwała NSA z dnia 4 czerwca 2001 r., sygn. akt FPK 6/01, publ. CBOSA) i w tym sensie ma ścisły związek z uregulowaną w art. 217 Konstytucji RP zasadą wyłączności ustawy przy określaniu istotnych elementów stosunku daninowego. Nie obejmuje natomiast sytuacji, gdy w grę wchodzą gwarancje podatnika znajdujące umocowanie w zakładanej przez system podatkowy aksjologii wynikającej z unormowań Konstytucji RP (zob. wyrok NSA z 20 grudnia 2011 r., sygn. akt I FSK 481/11, publ. CBOSA). Jak wskazał Sąd Najwyższy w uchwale z dnia 22 września 1995 r., III CZP 119/95 (publ. OSNC 1995 nr 12, poz. 180): "analogia legis stanowi jedną z technicznych metod wykładni prawa sensu largo. Zachodzi ona wówczas, gdy przedmiotem rozstrzygnięcia ma być stan faktyczny nieprzewidziany w ustawie, lecz zawierający elementy podobne do innego stanu faktycznego, uregulowanego ustawą. W takich wypadkach mamy prawo zastosować ustawę do podobnego stanu faktycznego zgodnie z zasadą ubi eadem legis ratio, ibi eadem legis dispositio". Jak wskazano z kolei w wyroku NSA z dnia 5 kwietnia 2016 r., w sprawie II FSK 462/14 (publ. CBOSA): na gruncie prawa prywatnego sięganie do analogii z ustawy, a nawet analogii z prawa (analogia iuris), polegającej na sformułowaniu nowej normy, wypełniającej stan luki prawnej, w oparciu o pewne ogólne wartości (np. zasady prawa, domniemane preferencje aksjologiczne ustawodawcy) nie należy do odosobnionych przypadków. Inne reguły rządzą natomiast procesem wykładni przepisów prawa publicznego. W orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego dopuszcza się, pod pewnymi warunkami, stosowanie wykładni przez analogię, a zgoda na stosowanie analogii legis (nawiązanie do konkretnego obowiązującego przepisu) i tworzenie norm prawnych, warunkowane jest nierozszerzaniem ani przedmiotowego, ani podmiotowego zakresu istniejących instytucji prawnych (analogia intra legem). Celem takich zabiegów jest wypełnienie luki w konstrukcji istniejących przepisów, pozwalające na ich poprawne funkcjonowanie.
Przyjąć zatem należy, że w demokratycznym państwie prawnym, o którym stanowi art. 2 Konstytucji RP, jednostka (a zatem - podatnik) nie może ponosić konsekwencji błędów i zaniedbań prawodawcy, w tym zwłaszcza takich, które powodują lukę w prawie naruszającą podstawowe zasady porządku konstytucyjnego. Lukę taką w wyjątkowych przypadkach wypełnić można w drodze analogii. Brak przepisu wyłączającego analogię z procesu interpretacji i stosowania materialnego prawa podatkowego sprawia, że na zasadzie wyjątku można posłużyć się tą metodą dla usunięcia ewidentnych naruszeń porządku konstytucyjnego.
W zakresie zobowiązań podatkowych zasadę tę urzeczywistniają przepisy art. 77 i art. 78 o.p. nakazujące zwrot nadpłaconych podatków w przepisanych terminach oraz wypłatę oprocentowania od nadpłat podatków. Oceniając te przepisy należy zauważyć, że przyczyną ich wprowadzenia do ustawy – Ordynacja podatkowa była konieczność zapewnienia możliwości odzyskania kwot zapłaconych nienależnie z tytułu zobowiązań podatkowych wraz z odsetkami, jeżeli do powstania nadpłaty lub opóźnienia w jej zwrocie przyczyniły się organy podatkowe. Mając na względzie te racje uzasadniające wprowadzenie powołanych regulacji, należało stwierdzić, że uzasadniają one w pełni objęcie nakazem wypłaty odsetek także te nadpłaty, które powstały wskutek wydania po ustawowym terminie porozumienia APA
Przyjęcie za zasadne stanowiska odmiennego prowadziłoby do wniosku, że prawo do oprocentowania nadpłaty podatku uzależnione jest jedynie od rodzaju aktu administracyjnego, na postawie którego pobrano nienależne kwoty.
Ochronie zaufania podatników do państwa i stanowionego przez nie prawa służy w szczególności konstytucyjna zasada poprawnej legislacji. Na gruncie prawa podatkowego Trybunał Konstytucyjny w wyroku z dnia 18 lipca 2013 r., SK 18/09 (publ. OTK-A 2013/6/80) wskazywał, że "w państwie demokratycznym podatnik nie może ponosić negatywnych konsekwencji nieprecyzyjnego określenia jego obowiązków w ustawie podatkowej". Jak trafnie dostrzegł Trybunał Konstytucyjny - istotne jest, aby nie dochodziło do przerzucenia na podatnika odpowiedzialności za niedoskonałości regulacji prawnej. Powyższe spostrzeżenia Trybunału Konstytucyjnego pozostają aktualne w odniesieniu do przepisów ustawy – Ordynacja podatkowa analizowanych w rozpoznawanej sprawie.
Aktualne są także wskazania poczynione w uzasadnieniu wyroku Trybunału Konstytucyjnego z dnia 21 lipca 2010 r., SK 21/08 (OTK-A 2010/6/62), zgodnie z którą art. 72 § 1 pkt 1 w związku z art. 77 § 1 i § 2 pkt 1 O.p. w brzmieniu obowiązującym do dnia 4 czerwca 2001 r., w zakresie, w jakim przepis ten przez uznanie za nadpłatę kwoty nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego podatku z pominięciem kwoty nienależnie zapłaconych odsetek za zwłokę, pozbawia podatnika oprocentowania od kwoty wpłaconej na poczet odsetek za zwłokę od nienależnej zaległości podatkowej uiszczonej na podstawie niezgodnej z prawem decyzji podatkowej, jest niezgodny z art. 77 ust. 1 oraz art. 64 ust. 1 w związku z art. 31 ust. 3 Konstytucji RP. Podkreślenia wymaga, że jest to wyrok zakresowy i ma zasadnicze znaczenie dla wykładni prokonstytucyjnej przepisów w zakresie oprocentowania nadpłat. Trybunał Konstytucyjny wskazał w nim, że zasadnicze znaczenie ma rozstrzygnięcie zawarte w wyroku TK z dnia 4 grudnia 2001 r., sygn. SK 18/00 (OTK ZU nr 8/2001, poz. 256), w którym sprecyzowano przesłanki konstytucyjnego prawa do naprawienia szkody wyrządzonej przez niezgodne z prawem działanie organu władzy publicznej. Jak wskazuje się w tym wyroku - znaczenie art. 77 ust. 1 Konstytucji RP polega na tym, że w odniesieniu do niezgodnych z prawem działań organów publicznych ustanawia surowsze przesłanki odpowiedzialności odszkodowawczej w porównaniu z ogólnymi zasadami opartymi na przesłance winy. Zaostrzenie to polega przede wszystkim na związaniu odpowiedzialności z obiektywną przesłanką, którą jest niezgodność z prawem zachowania władzy publicznej. Pojęcie "władzy publicznej" obejmuje przy tym wszelkie władze w sensie konstytucyjnym, nazwa "organ" oznacza natomiast instytucję, strukturę organizacyjną, jednostkę władzy, z której działalnością wiąże się wyrządzenie szkody. Szczególną uwagę zwrócono na ratio legis instytucji nadpłaty. W orzecznictwie Trybunału Konstytucyjnego wskazuje się, że podstawowym celem zwrotu nadpłaty jest przywrócenie równowagi, przez powrót tego, co z majątku świadczącego bez podstawy prawnej wyszło lub do niego nie weszło. Instytucja nadpłaty ma doprowadzić do stanu zgodnego z prawem materialnym i obciążenia podatnika tylko w granicach określonych prawem. Konsekwencją zaistnienia nadpłaty jest roszczenie podatnika o jej zwrot. W ten sposób instytucja nadpłaty podatkowej nawiązuje niewątpliwie do fundamentalnej zasady słuszności, która nakazuje, by świadczenie pobrane bez podstawy prawnej zostało zwrócone (por. np. wyroki TK z dnia 6 marca 2002 r., P 7/00 oraz z dnia 10 marca 2009 r., sygn. P 80/08). Wskazany aspekt nadpłaty pozwala stwierdzić, że instytucji tej niewątpliwie przypisać można funkcję restytucyjną - ma ona bowiem na celu przywrócenie stanu zgodności z prawem przez zwrot podatnikowi nienależnie zapłaconego przez niego świadczenia podatkowego na rzecz Skarbu Państwa lub jednostki samorządu terytorialnego. Z punktu widzenia podatnika, który zrealizował nienależne świadczenie podatkowe, doniosłe znaczenie ma również - występująca obok funkcji restytucyjnej - funkcja odszkodowawcza (kompensacyjna) nadpłaty. W tym znaczeniu nadpłata służy naprawieniu szkody, jaką podatnik poniósł na skutek pozbawienia go środków finansowych w związku z obowiązkiem zapłaty nienależnego podatku (por. wyrok NSA z dnia 20 stycznia 1994 r., SA/Po 2859/93, niepubl.). Realizacji tej drugiej funkcji służy oprocentowanie nadpłaty, które zgodnie z art. 77 § 1 o.p., ma być równe wysokości odsetek za zwłokę pobieranych od zaległości podatkowych (art. 78 § 1 o.p.). Ustawodawca przyjął przy tym założenie, że uzyskanie oprocentowania nadpłaty nie jest uwarunkowane udowodnieniem winy wierzyciela podatkowego lub szkody poniesionej przez dłużnika podatkowego (por. np. postanowienie NSA z dnia 9 marca 1996 r., SA/Ka 26661/94, publ. Lex nr 26642), z zastrzeżeniem, że prawo do oprocentowania nadpłaty przysługuje zawsze, gdy nadpłata jest związana z uchyleniem, zmianą lub stwierdzeniem nieważności decyzji wymienionych w art. 78 § 1 pkt 1 o.p., a zatem zawsze wtedy, gdy przyczyną powstania nadpłaty jest rozstrzygnięcie organów podatkowych. Odsetki naliczane są od dnia dokonania wpłaty na podstawie nieobowiązującej lub zmienionej decyzji. Obowiązek zapłaty odsetek nie jest też uzależniony od zgłoszenia przez uprawnionego żądania ich zapłaty, lecz powstaje ex lege (z mocy art. 77 § 1 o.p.), w związku z zaistnieniem okoliczności przewidzianych w przepisach, a przesłanki jego wystąpienia nie stanowi oświadczenie dłużnika podatkowego w tej sprawie. W istocie więc celem oprocentowania nadpłaty ex lege jest zapewnienie pewności kompensacji. W ocenie Trybunału Konstytucyjnego, skoro oprocentowanie nadpłaty - w słusznym założeniu ustawodawcy - ma niwelować negatywne skutki ekonomiczne związane z brakiem możliwości dysponowania przez podatnika nienależnie wpłaconymi kwotami, zasadne jest, by oprocentowanie - pełniące funkcję odszkodowawczą - obejmowało zarówno należność główną, jak i naliczone od niej odsetki za zwłokę, z których wierzyciel podatkowy w sposób nieuprawniony korzystał. Oprocentowanie nadpłaty podatku stanowi niewątpliwie naprawienie szkody w zakresie utraconych korzyści (lucrum cessans). Utrata korzyści związana jest w tym przypadku bezpośrednio z pozbawieniem podatnika możliwości korzystania ze środków pieniężnych, które musiały zostać przez niego wpłacone na poczet zarówno nienależnego podatku, jak i odsetek. Gdyby nie obowiązek zapłaty, który ostatecznie okazał się nieistniejący, podatnik mógłby dowolnie dysponować tą kwotą i otrzymywać z tego tytułu przychód. Jakkolwiek zarówno doktryna prawa, jak i orzecznictwo Trybunału Konstytucyjnego dość szeroko ujmują swobodę ustawodawcy w sferze prawa daninowego, to nie ulega wątpliwości, że granicą tej swobody jest m.in. konieczność respektowania konstytucyjnych reguł ochrony praw majątkowych podatników, a zdecydowanie wykraczają poza jej zakres rozwiązania sankcjonujące nienależne pobranie podatków lub innych danin publicznych, bądź też równoznaczne z nimi w skutkach - pominięcia legislacyjne, uniemożliwiające odzyskanie takich nienależnych podatków lub innych danin. Swoboda ustawodawcy w zakresie prawa daninowego nie rozciąga się na sytuacje, w których danina publiczna została pobrana niezasadnie. W orzecznictwie TK można uznać za utrwalony pogląd, że z nakazu ochrony własności oraz innych praw majątkowych statuowanego w art. 64 ust. 1 Konstytucji RP wynikają określone obowiązki dla ustawodawcy zwykłego: obowiązek pozytywny - stanowienia przepisów i procedur udzielających ochrony prawnej prawom majątkowym oraz obowiązek negatywny - powstrzymywania się od regulacji, które owe prawa mogłyby pozbawiać ochrony prawnej lub też ochronę tę ograniczać. Ochrona zapewniana majątkowym prawom podmiotowym musi być ponadto realna. Punktem odniesienia (kryterium weryfikacji tej cechy) musi być skuteczność realizacji określonego prawa podmiotowego w konkretnym otoczeniu systemowym, w którym ono funkcjonuje (zob. m.in. wyroki TK z dnia: 13 kwietnia 1999 r., sygn. K 36/98, OTK ZU nr 3/1999, poz. 40; 25 lutego 1999 r., sygn. K 23/98, OTK ZU nr 2/1999, poz. 25; 12 stycznia 2000 r., sygn. P 11/98, OTK ZU nr 1/2000, poz. 3; 19 grudnia 2002 r., sygn. K 33/02, OTK ZU nr 7/A/2002, poz. 97, oraz 20 stycznia 2004 r., sygn. SK 26/03, OTK ZU nr 1/A/2004, poz. 3).
Odnosząc wszystkie kwestie doktrynalne poruszane powyżej do stanu faktycznego rozpatrywanej sprawy Sąd stwierdza, że warunki do dopuszczalności stosowania analogia legis zostały spełnione. Skład orzekający mając na uwadze postanowienia art. 77 w związku z art. 8 ust. 2 Konstytucji RP podkreśla, iż jednym ze standardów demokratycznego państwa prawnego jest to, że każdy ma prawo do wynagrodzenia szkody, jaka została mu wyrządzona przez niezgodne z prawem działanie organów publicznych i żadna ustawa nie może nikomu zamykać drogi sądowej dochodzenia naruszonych przez tą władzę praw jednostki. Zgodnie z powyższym przepisem art. 77 ust. 1 Konstytucji RP władze publiczne (w tym organy podatkowe) są obowiązane obywatelowi powstałą szkodę materialną wyrównać powstałą na skutek nich niezgodnego z prawem działania. Natomiast z art. 2 Konstytucji RP wyrażającym zasadę demokratycznego państwa prawnego wywodzone są również zasady prawidłowej (przyzwoitej) legislacji, które nakazują, aby przepisy formułowane były w sposób poprawny, jasny i precyzyjny, zwłaszcza wówczas, gdy dotyczą praw i wolności jednostki (zob. Trybunał Konstytucyjny w sprawach – K 7/99 i K 24/00). Ponadto należy zauważyć, że także zasada zaufania do organów podatkowych (art. 121 O.p.) jest zakorzeniona w normach konstytucyjnych. Zgodnie z art. 32 Konstytucji RP konstytucyjnie dopuszczalna jest sytuacja, w której zróżnicowanie nastąpi w obrębie grupy osób znajdujących się w takiej samej sytuacji. Jest to możliwe ze względu na konieczność realizacji zasad konstytucyjnych, o ile ograniczenie zasady równości dokonywane jest z zachowaniem zasady proporcjonalności. Ograniczenie dokonane jest za pomocą środka przydatnego do realizacji zasady konstytucyjnej usprawiedliwiającej to ograniczenie, środek ten jest konieczny, czyli nie ingeruje nadmiernie w równość, oraz zachowana jest proporcjonalność sensu stricto. Wprowadzone zróżnicowanie musi mieć zatem charakter racjonalnie uzasadniony, a kryterium zróżnicowania pozostawać w odpowiedniej proporcji do wagi interesów, które zostają naruszone w wyniku nierównego traktowania podmiotów podobnych. Musi ponadto pozostawać w związku z zasadami, wartościami i normami konstytucyjnymi uzasadniającymi odmienne traktowanie podmiotów podobnych. Wszelkie odstępstwa od nakazu równego traktowania podmiotów podobnych muszą zawsze znajdować podstawę w odpowiednio przekonujących argumentach (por. wyroki Trybunału Konstytucyjnego: z dnia 23 listopada 2010 r., K 5/10, OTK-A 2010 Nr 9, poz. 106; z dnia 19 kwietnia 2011 r., P 41/09, OTK-A 2011 Nr 3, poz. 25; z dnia 18 czerwca 2013 r., K 37/12, OTK- A 2013 Nr 5, poz. 60; z dnia 5 listopada 2013 r., K 40/12, OTK-A 2013 Nr 8, poz. 120 i z dnia 17 czerwca 2014 r., P 6/12, OTK-A 2014 Nr 6, poz. 62; P. Tuleja, Konstytucja Rzeczpospolitej Polskiej, Komentarz wyd. II, WKP 2023).
Wobec uznania, że Spółce należy się oprocentowanie nadpłaty w związku brakiem możliwości szybkiego uzyskania zwrotu tej nadpłaty i wiążącą się z tym niemożnością dysponowania środkami pieniężnymi podczas długotrwałego postępowania zmierzającego do wydania decyzji APA, rozważyć należy za jaki okres winno ono zostać wypłacone.
W ocenie Sądu w składzie rozpoznającym przedmiotową sprawę właściwe jest przyznanie oprocentowania od chwili złożenia wniosku o wszczęcie procedury wydawania APA i blokady rozliczania kosztów uzyskania przychodów, a nie dopiero po upływie 6 miesięcy po upływie terminu wydawania decyzji APA.
Jednocześnie Sąd uznaje za zasadne ograniczenie okresu naliczania oprocentowania do chwili wydania decyzji APA. Z chwilą bowiem uzyskania decyzji APA podatnik posiadał już niezbędne uprawnienia procesowe do ubiegania się o zwrot nadpłaty. Zdaniem Sądu na podkreślenie zasługuje to, że o ile na tle przedmiotowej sprawy można mówić o roli kompensacyjnej związanej bezpośrednio z korzystaniem z kapitału podatnika przez fiskusa, to powoływanie się na poglądy orzecznictwa unijnego w odrębnych sprawach w zakresie prawa do oprocentowania w związku z wydanymi wyrokami TSUE i ich wpływem na wysokość nadpłaty jest nieuprawnione oraz mogłoby stanowić nadużycie. W tym zakresie Sąd dostrzega, że decyzja APA została wydana [...] grudnia 2021 r., natomiast Strona zwróciła się o stwierdzenie nadpłaty dopiero 5 grudnia 2022 r. Także uprawniony jest pogląd, że wobec uwzględnienia postanowień APA w rozliczeniu podatkowym brak było podstaw do uznania, że organ miał możliwość do zwrotu nadpłaty z urzędu. W tym stanie rzeczy Sąd uznał, że z chwilą uzyskania decyzji APA podatnik posiadał niezbędne uprawnienia procesowe do ubiegania się o zwrot nadpłaty wraz ze stosownym oprocentowaniem. Zwłoka w ubieganiu się o zwrot środków nie może powodować akceptacji Sądu co do prawa do ubiegania się o naliczenie oprocentowania za okres wskazany w skardze w wyższej wysokości do chwili wydawania decyzji w sprawie nadpłaty, czy też okresu do wypłaty należnego oprocentowania.
Przyjęcie, że oprocentowanie nadpłaty należne jest jedynie za okres os złożenia wniosku o wydanie decyzji APA do otrzymania takiej decyzji zapobiega możliwości "hodowania odsetek". Natomiast co do długości postępowania zmierzającego do wydania decyzji APA, toczącego się przed Szefem KAS, organy podatkowe w sprawie niniejszej deklarowały, że nie są uprawnione do czynienia w tym względzie jakichkolwiek ocen. Jednakże gdyby okazało się, że organy te dysponują wiedzą o celowym przedłużaniu takiego postępowania przez Spółkę, to ich rolą będzie rozważeniem, czy za okres takiego przedłużenia oprocentowanie nadpłaty jest należne. Przy czym Sąd podkreśla, że sytuacja taka możliwa byłaby jedynie w przypadku, gdyby organ podatkowy dysponował dowodami, że Skarżąca celowo przedłużała postępowanie, przy czym jako takie postępowanie w ocenie Sądu nie mogą być traktowane pojedyncze wnioski o przedłużenie termu, uzasadnione np. koniecznością zebrania dodatkowego materiału dowodowego.
W skardze w kontekście konsekwencji zaistnienia nadpłaty przywołano pismo Ministerstwa Finansów stanowiące odpowiedź na interpelację poselską (Odpowiedź Ministra Finansów z 26 listopada 2018 r. na interpelację nr 27048 z 6 listopada 2018 r. Posłów Cezarego Tomczyka, Artura Gierady, Agnieszki Pomaskiej, Piotra Cieślińskiego, Sławomira Nitrasa oraz Pawła Olszewskiego w sprawie przepisów zawartych w art. 15e ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (Sejm VIII kadencji), w którym organ wskazał, że podatnicy będący w trakcie procedury uzyskiwania uprzedniego porozumienia cenowego w całym toku tego postępowania zobowiązani są do limitowania kosztów na podstawie art. 15e ust. 1 u.p.d.o.p. Dopiero po otrzymaniu uprzedniego porozumienia cenowego są uprawnieni do korekty ("włączenia do KUP") uprzednio limitowanych kosztów. Warto także zauważyć, że z danych opublikowanych w raportach Ministerstwa Finansów przytoczonych przez Skarżącą w piśmie procesowym stanowiącym załącznik do protokołu rozprawy z 30 stycznia 2025 r. wynikało m.in., że "termin obsługi wniosków o wydanie jednostronnych APA wynosił średnio 20 miesięcy". "Na wydłużenie średniego terminu obsługi wniosków o APA istotnie wpłynęła duża ilość decyzji wydawanych w 2021 r., o które zawnioskowano w 2018 r." Zważywszy powyższe można stwierdzić, że do uchybienia terminom do wydawania decyzji APA ewidentnie doszło w wyniku problemów organizacyjnych i systemowych po stronie fiskusa.
Opisane w uzasadnieniu naruszenia prawa skutkowały koniecznością uchylenia zaskarżonej decyzji, o czym orzeczono na podstawie art. 145 § 1 pkt lit. a) i c) p.p.s.a.
W ponownie prowadzonym postępowaniu organ podatkowy pierwszej instancji ponownie rozpoznając wniosek o wypłatę oprocentowania zobowiązany będzie do wypłaty oprocentowania za okres wskazany przez Sąd w uzasadnieniu wyroku.
O kosztach postępowania sądowego orzeczono w oparciu o art. 200, art. 205 § 2 p.p.s.a. Na zasądzoną kwotę 17.212 zł składał się uiszczony wpis od skargi w wysokości 6395 zł, wynagrodzenie zawodowego pełnomocnika (adwokata) w wysokości 10.800 zł oraz równowartość opłaty skarbowej od pełnomocnictwa w kwocie 17 zł.
Przytoczone w niniejszym uzasadnieniu orzeczenia sądów administracyjnych dostępne są w Centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych pod adresem: https://orzeczenia.nsa.gov.pl.