III SA/Wa 366/26

III SA/Wa 366/26 - Wyrok WSA w Warszawie
Data orzeczenia
2026-06-09
orzeczenie nieprawomocne
Data wpływu
2026-02-20
Sąd
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie
Sędziowie
Agnieszka Sułkowska /sprawozdawca/
Maciej Kurasz /przewodniczący/
Radosław Teresiak
Symbol z opisem
6112 Podatek dochodowy od osób fizycznych, w tym zryczałtowane formy opodatkowania
Skarżony organ
Dyrektor Izby Administracji Skarbowej
Treść wyniku
Uchylono zaskarżoną decyzję i poprzedzającą ją decyzję
Sentencja
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący sędzia WSA Maciej Kurasz, Sędziowie sędzia WSA Agnieszka Sułkowska (sprawozdawca), sędzia WSA Radosław Teresiak, Protokolant referent Klaudia Staręga, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 9 czerwca 2026 r. sprawy ze skargi M. W. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. z dnia [...] stycznia 2026 r. nr [...] w przedmiocie odmowy uchylenia ostatecznej decyzji w sprawie określenia wysokości zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2011 r. 1) uchyla zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzję Naczelnika Urzędu Skarbowego W. z dnia [...] sierpnia 2021 r. nr [...], 2) zasądza od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. na rzecz M. W. kwotę 200 zł (słownie: dwieście złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
Uzasadnienie
Naczelnik Urzędu Skarbowego W. (dalej jako: "Naczelnik", "organ I instancji") decyzją z [...] sierpnia 2021 roku odmówił uchylenia decyzji ostateczniej z dnia [...] lipca 2016 r. nr [...] wydanej wobec skarżącej.
W uzasadnieniu decyzji organ I instancji wskazał, że pomimo istnienia przesłanki określonej w art 240 § 1 pkt 5 ordynacji podatkowej, wydanie nowej decyzji orzekającej co do istoty sprawy nie może nastąpić z uwagi na upływ terminu przewidzianego w art. 70 ordynacji podatkowej.
M. W. (dalej jako: "podatniczka", "skarżąca") wniosła odwołanie od powyższej decyzji, w którym domagała się uchylenia zaskarżonej decyzji i przekazania sprawy do ponownego rozpatrzenia.
W uzasadnieniu odwołania podatniczka wskazała, że organ I instancji całkowicie pominął fakt, że przepis art. 245 § 1 pkt 3 ordynacji podatkowej jest niezgodny z Konstytucją RP i nie ma zastosowania w przedmiotowej sprawie. W konsekwencji postępowanie powinno zostać umorzone na podstawie art. 208 ordynacji podatkowej z uwagi na brak podstaw do jego prowadzenia, tj. "brak zobowiązania podatkowego po stronie podatnika, bowiem podatnik spełnił wszystkie kryteria zwolnienia z podatku od sprzedaży mieszkania dokonanej w 2011 roku, co jest bezsporne, ponieważ był w nim zameldowany przez ponad 12 miesięcy".
Po rozpoznaniu odwołania Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w W. (dalej jako: "Dyrektor", "organ odwoławczy") decyzją z [...] listopada 2021 roku utrzymał w mocy powyższą decyzję organu I instancji.
W uzasadnieniu decyzji Dyrektor wskazał, że 14 grudnia 2011 roku skarżąca sprzedała stanowiący odrębną nieruchomość lokal mieszkalny nr [...] położony w W. przy ul. [...] wraz z udziałem wynoszącym [...] części w nieruchomości wspólnej za cenę 260.000,00 zł (akt notarialny Rep. [...] Nr [...]).
Lokal ten został nabyty [...] maja 2009 roku w drodze umowy przeniesienia własności lokalu na rzecz członka spółdzielni wraz z ustanowieniem odrębnej własności tegoż lokalu. Przed nabyciem ww. lokalu przysługiwało skarżącej spółdzielcze własnościowe prawo do ww. lokalu, które nabyła w drodze darowizny [...] sierpnia 2007 roku. Ponadto, [...] grudnia 2011 roku podatniczka nabyła spółdzielcze własnościowe prawo do lokalu mieszkalnego nr [...] położonego w W. przy ul. [...] za cenę 325.000,00 zł.
Organ odwoławczy zaznaczył, że w związku ze sprzedażą lokalu mieszkalnego nr [...] położonego w W. przy ul. [...] skarżąca nie złożyła zeznania podatkowego, w którym wykazałaby przychód z odpłatnego zbycia nieruchomości oraz oświadczenia o spełnieniu warunków do zwolnienia, o którym mowa w art. 21 ust. 21 ustawy z dnia 26.07.1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz. U. z 2000 roku Nr 14, poz. 176 z późn. zm., dalej jako: "ustawa o PIT"). Dlatego też Naczelnik Urzędu Skarbowego W., postanowieniem z [...] czerwca 2016 roku, wszczął postępowanie w sprawie określenia zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób fizycznych od dochodu uzyskanego ze sprzedaży przedmiotowego lokalu. W wyniku przeprowadzonego postępowania, decyzją z [...] lipca 2016 roku, Naczelnik określił zobowiązanie podatkowe z ww. tytułu w kwocie 49.400,00 zł. Od tej decyzji skarżąca nie złożyła odwołania.
Dyrektor wyjaśnił, że wnioskiem z 18 maja 2021 roku podatniczka zwróciła się do Naczelnika Urzędu Skarbowego W. o wznowienie ww. postępowania. Jako podstawę prawną żądania wskazała art. 240 § 1 pkt 5 ordynacji podatkowej. Zdaniem skarżącej, organ pierwszej instancji wydając rozstrzygnięcie w sprawie nie uwzględnił dowodu, który wprawdzie istniał w dniu wydania decyzji, ale był nieznany organowi. Tym dowodem jest opłata skarbowa w wysokości 17,00 zł za wydanie zaświadczenia nr [...] z 13 grudnia 2011 roku, z którego ma wynikać, że darowizna spółdzielczego własnościowego prawa do lokalu mieszkalnego jest zwolniona z podatku na podstawie art. 4a ustawy o podatku od spadków i darowizn. W ocenie skarżącej, przedstawienie takiego zaświadczenia notariuszowi stanowiło niezbędny warunek zawarcia umowy sprzedaży tego lokalu mieszkalnego, stąd opłata skarbowa powinna zostać uwzględniona po stronie kosztów uzyskania przychodów. Ponadto skarżąca poinformowała, że nie posiada już kopii dowodu zapłaty za ww. zaświadczenie.
Naczelnik Urzędu Skarbowego W., w wyniku przeprowadzenia postępowania wstępnego uznał, że wniosek z 18 maja 2021 roku stanowi podstawę do wznowienia postępowania i postanowieniem z [...] maja 2021 roku wznowił postępowanie w tej sprawie.
W wyniku przeprowadzonego postepowania, decyzją z [...] sierpnia 2021 roku odmówił uchylenia decyzji ostatecznej z [...] lipca 2016 roku pomimo istnienia przesłanki określonej w art. 240 § 1 pkt 5 ordynacji podatkowej, gdyż wydanie nowej decyzji orzekającej co do istoty sprawy nie może nastąpić z uwagi na upływ terminu przewidzianego w art. 70 ordynacji podatkowej.
Organ odwoławczy wskazał, że dopuszczalność uchylenia decyzji ostatecznej w efekcie wznowienia postępowania uzależniona jest od istnienia przesłanki pozytywnej i braku przesłanek negatywnych. Przesłanką pozytywną jest istnienie jednej z podstaw wznowienia określonych w art. 240 § 1 ordynacji podatkowej. Przesłanki negatywne natomiast określone zostały w art. 245 § 1 pkt 3 ordynacji podatkowej. Mimo zaistnienia przesłanki pozytywnej w postaci podstawy do wznowienia określonej w art. 240 § 1 ordynacji podatkowej ustawodawca wykluczył możliwość uchylenia decyzji dotychczasowej w przypadkach określonych w art. 245 § 1 pkt 3 ww. ustawy.
W świetle powyższego, zdaniem organu odwoławczego, organ I instancji prawidłowo stwierdził, że pomimo zaistnienia przesłanki wynikającej z art. 240 § 1 pkt 5 ordynacji podatkowej, brak było możliwości orzekania w przedmiotowej sprawie. Upłynął bowiem termin przedawnienia, o którym mowa w art. 70 ordynacji podatkowej. Obligowało to organ do wydania decyzji odmawiającej uchylenia decyzji ostatecznej Naczelnika Urzędu Skarbowego W. z [...] lipca 2016 roku nr [...] – stwierdził organ odwoławczy.
Odnosząc się natomiast do zarzutu wydania rozstrzygnięcia na podstawie art. 245 § 1 pkt 3 ordynacji podatkowej, który w opinii skarżącej jest niezgodny z Konstytucją RP, Dyrektor zauważył, iż zgodnie z art. 188 Konstytucji RP, o zgodności przepisów prawa/ustaw z Konstytucją orzeka Trybunał Konstytucyjny. W sprawie ewentualnej niezgodności przepisu art. 245 § 1 pkt 3 ordynacji podatkowej Trybunał Konstytucyjny nie orzekał, w związku z czym zarzut skarżącej jest bezpodstawny.
Organ odwoławczy uznał również, że twierdzenie skarżącej o tym, że postępowanie powinno zostać umorzone na podstawie art. 208 ordynacji podatkowej z uwagi na brak podstaw do jego prowadzenia, jest bezzasadne. Organ odwoławczy podniósł, że okoliczność zameldowania w sprzedanym lokalu na pobyt stały przez co najmniej 12 miesięcy przed datą zbycia nie była podnoszona na etapie postępowania zakończonego wydaniem przez Naczelnika Urzędu Skarbowego W. decyzji z [...] lipca 2016 roku. W ocenie Dyrektora okoliczność ta ma wpływ na zastosowanie zwolnienia z art. 21 ust. 1 pkt 126 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz. U. z 2000 r. Nr 14, poz. 176 ze zm.). Jednakże w obecnej sytuacji, nawet gdyby uznać, że skarżąca miała prawo skorzystać z tego zwolnienia, upływ terminu określonego w art. 70 ordynacji podatkowej uniemożliwiał uchylenie decyzji ostatecznej i orzeczenie zgodnie z wnioskiem skarżącej. Stąd zarzut ten nie zasługuje na uwzględnienie.
W dniu 6 grudnia 2021 r. podatniczka wniosła skargę na powyższą decyzję organu odwoławczego.
Zaskarżonej decyzji skarżąca zarzuciła naruszenie art. 245 § 1 pkt 1 ordynacji podatkowej poprzez niezastosowanie art. 245 § 1 pkt 3 lit. b ordynacji podatkowej poprzez błędną wykładnię. Jednocześnie wniosła o uchylenie zaskarżonej decyzji.
W uzasadnieniu skargi podatniczka podniosła, że art. 245 § 1 pkt 3 lit. b ordynacji podatkowej nie powinien mieć w niniejszej sprawie zastosowania. Zdaniem skarżącej organ pominął oczywistą niezgodność przepisu z Konstytucją.
W ocenie skarżącej organ słusznie uznał, że w sprawie zaistniała przesłanka do wznowienia postępowania, jednak po uchyleniu dotychczasowej decyzji postępowanie należy umorzyć na podstawie art. 208 ordynacji podatkowej z uwagi na brak podstaw do jego prowadzenia - brak zobowiązania podatkowego po stronie podatnika. Skarżąca wskazała, że podatnik spełnił kryteria zwolnienia z podatku od sprzedaży mieszkania dokonanej w 2011 roku, co jest bezsporne, ponieważ był w nim zameldowany przez ponad 12 miesięcy. Skarżąca podniosła, że korzysta ze zwolnienia podatkowego od całej ceny sprzedawanego mieszkania. Nie ma więc potrzeby wydawania decyzji co do istoty sprawy.
Skarżąca zauważyła, że skoro przepis prawa nakazuje uchylenie dotychczasowej decyzji to nie może wiązać błędna wykładnia przepisów dokonana przez organ w uchylonej decyzji. Gdyby rzeczywiście jakieś zobowiązanie ciążyło na podatniku to wówczas kwestia zastosowania niekonstytucyjnego przepisu art. 245 § 1 pkt 3 byłaby istotna. Jednak w tej sprawie nie ma potrzeby "wydawania decyzji co do istoty sprawy", bo postępowanie należy umorzyć.
Podatniczka podniosła, że niekonstytucyjność obecnie obowiązującego przepisu art 245 § 1 pkt 3 wykładanego literalnie (jak uczynił to organ w zaskarżonej decyzji) czyni prawo do wznowienia postępowania prawem pozornym podatnika z uwagi na to, że to w istocie to o prawie podatnika do wznowienia decyduje organ podatkowy, a nie przepis prawa. Narusza ten przepis również zasadę równości wobec prawa, bowiem różnicuje sytuację osób w zależności od faktu czy wobec podatnika wszczęte zostało postępowanie egzekucyjne. I osoby w stosunku do których wszczęte zostało postępowanie egzekucyjne są w lepszej sytuacji niż lojalni obywatele, którzy samodzielnie zapłacili zobowiązanie z wykonalnej decyzji podatkowej.
Skarżąca z ostrożności procesowej wniosła również o skierowanie przez Sąd wniosku do Trybunału Konstytucyjnego o zbadanie zgodności art. 245 § 1 pkt 3 lit. b o.p. z art. 2 i art. 32 p. 1 Konstytucji.
W odpowiedzi na skargę organ odwoławczy wniósł o jej oddalenie.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie, w wyroku z 28 czerwca 2022 r., III SA/Wa 2919/21, uchylił decyzję DIAS. Sąd wskazał, że zdaniem organu odwoławczego, jak też organu I instancji, nie było możliwe wydanie decyzji orzekającej co do istoty sprawy, która uwzględniałaby koszt poniesienia opłaty skarbowej, z uwagi na upływ terminu przedawnienia. Sąd uznał, że organy podatkowe co do zasady prawidłowo przyjęły, że podstawowy termin przedawnienia zobowiązania podatkowego skarżącej upłynął 31 grudnia 2017 roku. Jednakże w sprawie konieczne było ustalenie, czy nie zachodzą okoliczności skutkujące zawieszeniem, bądź przerwaniem biegu terminu przedawnienia. Z treści uzasadnienia zaskarżonej decyzji nie wynika, czy ustalenia takie w ogóle były przez organ prowadzone. Ze złożonej przez pełnomocnika skarżącej (na rozprawie 28 czerwca) decyzji Naczelnika Urzędu Skarbowego W. w W. z [...] października 2016 roku w przedmiocie odroczenia terminu zapłaty zaległości podatkowej z decyzji z [...] lipca 2016 roku określającej zobowiązanie podatkowe w podatku dochodowym od osób fizycznych od dochodu uzyskanego ze sprzedaży lokalu mieszkalnego nr [...] przy ul. [...], wynika, że w sprawie niniejszej doszło do przerwania biegu terminu przedawnienia. Mianowicie w treści uzasadnienia tego postanowienia zostało wskazane, że organ egzekucyjny dokonał – w toku prowadzonej wobec skarżącej egzekucji – zajęcia jej wynagrodzenia za pracę. Ta okoliczność spełnia przesłankę przerwania biegu terminu przedawnienia, o której mowa w art. 70 § 4 ordynacji podatkowej.
Z akt sprawy nie wynika, w jakiej dacie został zastosowany wobec skarżącej środek egzekucyjny w postaci zajęcia wynagrodzenia za pracę. W konsekwencji nie jest również możliwe ustalenie, czy w sprawie istotnie zachodzi przesłanka uniemożliwiająca wydanie nowej decyzji orzekającej co do istoty sprawy, o której mowa w art. 245 § 1 pkt 3 ordynacji podatkowej.
Powyższą ocenę Sądu I instancji podzielił NSA w wyroku z 9 lipca 2025 r., II FSK 1322/22.
Ponownie rozpatrując sprawę organ odwoławczy uznał, że okoliczność poniesienia przez Stronę wydatku w postaci opłaty skarbowej, z uwagi na nieprzedłożenie dokumentu jej uiszczenia, nie została uwzględniona w dniu wydania przez Naczelnika Urzędu Skarbowego W. decyzji z [...] lipca 2016 roku, lecz niewątpliwie winna zostać uznana po stronie kosztów uzyskania przychodów dotyczących transakcji sprzedaży lokalu mieszkalnego. Jednakże, jak słusznie stwierdził Naczelnik Urzędu Skarbowego W., z uwagi na upływ, z dniem 31 grudnia 2017 roku, terminu przedawnienia zobowiązania za 2011 rok, brak było podstaw, w świetle art. 245 § 1 pkt 3 lit. b) o.p., do wydania decyzji orzekającej co do istoty sprawy, która uwzględniałaby koszt poniesienia opłaty skarbowej.
Wykonując zalecenia WSA odnośnie ustalenia, w jakiej dacie doszło do przedawnienia przedmiotowego zobowiązania podatkowego, przy uwzględnieniu wszelkich okoliczności skutkujących zawieszeniem bądź przerwaniem biegu terminu przedawnienia, Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w W. uzupełnił w niezbędnym zakresie materiał dowodowy dotyczący postępowania egzekucyjnego (wyjaśnienia Naczelnika Urzędu Skarbowego W. z [...] listopada 2025 roku nr [...] oraz Naczelnika Urzędu Skarbowego W. z [...] listopada 2025 roku nr [...]).
Organ powołał się na treść art. 70 § 4 o.p. i wskazał, że zawiadomienie o zajęciu wynagrodzenia za pracę z 19 września 2016 roku wraz z tytułem wykonawczym obejmującymi przedmiotową zaległość zostały odebrane przez zobowiązany podmiot 22 września 2016 roku, a zawiadomienie przez bank [...] 22 września 2016 roku. Zatem, termin przedawnienia zobowiązania zaczął biec na nowo od 23 września 2016 roku i upływał 23 września 2021 roku.
Tymczasem, decyzja Naczelnika Urzędu Skarbowego W. nr [...] odmawiająca uchylenia decyzji ostatecznej nr [...] z [...] lipca 2016 roku, została wydana [...] sierpnia 2021 roku (doręczona 3 września 2021 roku), a więc przed upływem terminu przedawnienia. Dalej, odwołanie Strony z 11 września 2021 roku (oraz stanowisko organu pierwszej instancji i akta sprawy) wpłynęły do Izby Administracji Skarbowej 20 września 2021 roku, a decyzja organu odwoławczego nr [...] została wydana [...] listopada 2021 roku (doręczona 19 listopada 2021 roku), zatem po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego.
W świetle powyższego, uznał organ odwoławczy, Naczelnik Urzędu Skarbowego W. bezpodstawnie stwierdził, iż pomimo zaistnienia przesłanki wynikającej z art. 240 § 1 pkt 5 o.p., brak było, z uwagi na upływ terminu przedawnienia, o którym mowa w art. 70 o.p., możliwości orzekania w sprawie. Skoro jednak do przedawnienia zobowiązania podatkowego doszło 23 września 2021 r., to na obecnym etapie postępowania obliguje to Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. do utrzymania w mocy decyzji organu pierwszej instancji odmawiającej uchylenia decyzji ostatecznej Naczelnika Urzędu Skarbowego W. z [...] lipca 2016 r., gdyż wydanie nowej decyzji orzekającej co do istoty sprawy nie może nastąpić z uwagi na upływ terminu przewidzianego w art. 70 o.p., pomimo że termin ten różni się od wskazanego w decyzji organu pierwszej instancji.
Skarżąca nie zgodziła się ze stanowiskiem organu i wniosła do tutejszego Sądu skargę podkreślając, że jej wniosek o wznowienie postępowania został złożony przed upływem terminu przedawnienia. Skarżąca zarzuciła organowi w szczególności błędną wykładnię art. 245 § 1 pkt 3 lit. b o.p. prowadzącą na stanu sprzecznego z fundamentalnymi zasadami praworządności. Wniosła o uchylenie decyzji wydanych w obu instancjach i zasądzenie kosztów postępowania.
W odpowiedzi na skargę organ wniósł o jej oddalenie.
Do sprawy przystąpiła także Fundacja Praw Podatnika, która wniosła o uchylenie decyzji odmawiających wznowienia postępowania w obu instancjach, uchylenie decyzji NUS z [...] lipca 2016 r., a także zasądzenie kosztów od strony przeciwnej i wydanie postanowienia sygnalizacyjnego związanego z nadużyciem prawa przez organy w tej sprawie.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył, co następuje:
Na wstępie należy wskazać, że zgodnie z art.1 § 1 i § 2 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. – Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz.U. z 2022 r., poz. 2492), sądy administracyjne sprawują wymiar sprawiedliwości między innymi poprzez kontrolę działalności administracji publicznej, przy czym zasadą jest, że kontrola ta sprawowana jest pod względem zgodności z prawem, jeżeli ustawy nie stanowią inaczej. Z kolei w myśl art. 145 § 1 ustawy z 30 sierpnia 2002 r. – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2026 r. poz. 143 ze zm. - dalej "p.p.s.a."), zaskarżona do sądu administracyjnego decyzja podlega uchyleniu w razie stwierdzenia przez sąd naruszenia przepisów prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy, naruszenia przepisów prawa dającego podstawę do wznowienia postępowania lub innego naruszenia przepisów postępowania, które mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy (pkt 1). Ponadto stosownie do art. 134 § 1 p.p.s.a., sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną, z zastrzeżeniem art. 57a (niemającym tu zastosowania).
Przedmiotem zaskarżenia w niniejszej sprawie jest decyzja Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. w przedmiocie odmowy uchylenia decyzji ostatecznej Naczelnika Urzędu Skarbowego W. z [...] lipca 2016 r. w przedmiocie określenia zobowiązania w podatku dochodowym od osób fizycznych od dochodu uzyskanego ze sprzedaży lokalu mieszkalnego. Organ, związany wytycznymi zawartymi w wyroku tutejszego Sądu z 28 czerwca 2022 r., III SA/Wa 2919/21, obowiązany był ustalić, czy zaistniały okoliczności wpływające na bieg terminu przedawnienia. Z obowiązku tego organ wywiązał się prawidłowo, jednakże wyciągnął błędne wnioski oparte na poczynionych ustaleniach.
Zakreślając ramy prawne sprawy należy wskazać, że zgodnie z art. 240 § 1 pkt 5 o.p. w sprawie zakończonej decyzją ostateczną wznawia się postępowanie, jeżeli wyjdą na jaw istotne dla sprawy nowe okoliczności faktyczne lub nowe dowody istniejące w dniu wydania decyzji nieznane organowi, który wydał decyzję. Nie jest między stronami sporne, że taką nową okolicznością faktyczną jest okoliczność poniesienia przez Stronę wydatku w postaci opłaty skarbowej.
Artykuł 243 § 1 tej ustawy stanowi, że w razie dopuszczalności wznowienia postępowania organ podatkowy wydaje postanowienie o wznowieniu postępowania. Postanowienie to, w myśl art. 243 § 2 o.p., stanowi podstawę do przeprowadzenia przez właściwy organ postępowania co przesłanek wznowienia oraz co do rozstrzygnięcia istoty sprawy. Zgodnie z treścią art. 245 § 1 pkt 3 lit. b o.p. organ podatkowy po przeprowadzeniu postępowania określonego w art. 243 § 2 wydaje decyzję, w której odmawia uchylenia decyzji dotychczasowej w całości lub w części, jeżeli stwierdzi istnienie i przesłanek określonych w art. 240 § 1, lecz wydanie nowej decyzji orzekającej co do istoty sprawy nie mogłoby nastąpić z uwagi na upływ terminów przewidzianych w art. 68, art. 70 lub art. 118, z zastrzeżeniem art. 70d.
Zgodnie z art. 245 § 2 cyt. ustawy, odmawiając uchylenia decyzji w przypadkach wymienionych w § 1 pkt 3, organ podatkowy w rozstrzygnięciu stwierdza istnienie przesłanek określonych w art. 240 § 1 oraz wskazuje okoliczności uniemożliwiające uchylenie decyzji.
Dopuszczalność uchylenia decyzji ostatecznej w wyniku wznowienia postępowania uzależniona jest zatem od istnienia przesłanki pozytywnej i braku przesłanek negatywnych. Przesłanką pozytywną jest istnienie jednej z podstaw wznowienia określonych w art. 240 § 1 o.p. Przesłanki negatywne określone zostały w art. 245 § 1 pkt 3 tej ustawy.
Ustawodawca założył więc, że ze względu na upływ terminów przewidzianych w art. 68, art. 70 lub art. 118 nie ma możliwości uchylenia decyzji ostatecznej i orzekania merytorycznie w sprawie (co do istoty sprawy), jak i umorzenia postępowania.
Odnosząc powyższe analizy do niniejszej sprawy wskazać należy, że po wykonaniu wytycznych tutejszego Sądu okazało się, iż nie tylko na dzień składania wniosku o wznowienie przez skarżącą, ale także na dzień orzekania przez organ I instancji, zobowiązanie skarżącej nie było przedawnione. Okoliczność ta, zdaniem Sądu, powoduje, że organy obowiązane były do merytorycznego załatwienia wniosku skarżącej. Przyjęcie stanowiska przeciwnego prowadziłoby do nieakceptowalnej sytuacji, w której to organ podatkowy odpowiednio długo prowadząc postępowanie mógłby doprowadzić do sytuacji braku możliwości wydania decyzji orzekającej co do istoty sprawy, mimo zaistnienia wadliwości decyzji określonych w art. 240 § 1 o.p. Z tego powodu jedynym zasadnym sposobem wykładni art. 245 § 1 pkt 3 lit. b o.p. w zakresie wskazanych w nim terminów jest odnoszenie ich do daty złożenia wniosku przez podatnika. Jeżeli zatem żądanie wznowienia zostało zgłoszone przed upływem terminów przedawnienia, o których mowa w art. 68 lub art. 70 o.p., to organ nie jest uprawniony (z powołaniem na art. 245 § 1 pkt 3 lit. b) cyt. ustawy) odmówić wydania nowej decyzji orzekającej co do istoty sprawy (vide: B. Adamiak (w:) B. Adamiak, J. Borkowski, R. Mastalski, J. Zubrzycki - Ordynacja podatkowa Komentarz 2015, Wrocław 2015, s. 1134).
Dodać należy, że stanowisko to powszechnie prezentowane jest w orzecznictwie sądów administracyjnych (por. np. wyrok NSA z 8 listopada 2023 r., sygn. akt III FSK 5001/21, z 22 maja 2014 r., II FSK 1245/12; z 10 kwietnia 2018 r., II FSK 996/16).
Podsumowując, należy przyjąć, że w sytuacji, gdy wniosek o wznowienie postępowania został wniesiony przed upływem terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, postępowanie to nie może stać się bezprzedmiotowe wyłącznie z tego powodu, że zobowiązanie przedawniło się w trakcie terminowo zainicjowanego postępowania wznowieniowego. Odmienne stanowisko różnicowałoby bowiem sytuację prawną podatników z uwagi na zależne od organu, a niezależne od strony, okoliczności faktyczne (tzn. datę wydania przez organ decyzji kończącej postępowanie wznowieniowe). Realizacja funkcji ochronnej nadzwyczajnego trybu postępowania określonego w art. 240 o.p. ma chronić podatnika przed negatywnymi skutkami ostatecznych decyzji podatkowych wydanych w postępowaniu podatkowym obarczonym istotnymi wadami określonymi w art. 240 § 1 o.p. Powyższa sytuacja jest analogiczna jak w przypadku wniosku o nadpłatę złożonego przed upływem terminu przedawnienia, który należy rozpatrzyć również po jego upływie, gdyż postępowanie w takim przypadku nie staje się bezprzedmiotowe (por. uchwała NSA z 3 grudnia 2012 r., I FPS 1/12).
W konsekwencji organ I instancji nie był uprawniony (z powołaniem na art. 245 § 1 pkt 3 lit. b) o.p.) w zaistniałych okolicznościach odmówić wydania nowej decyzji orzekającej co do istoty sprawy, zaś organ odwoławczy nie był uprawniony przyjąć, że z uwagi na upływ terminu przedawnienia po wydaniu decyzji przez organ I instancji (w toku postępowania odwoławczego), nie było możliwości orzekania w sprawie.
Mając na uwadze stwierdzone uchybienia, Sąd, na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a i c) w zw. z art. 135 p.p.s.a. uchylił w całości zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzję organu I instancji. Organ będzie w związku z powyższymi ustaleniami obowiązany przyjąć, że nie mógł w tej sprawie zastosować art. 245 § 1 pkt 3 lit. b) o.p.
Sąd nie mógł natomiast uwzględnić wniosku uczestnika postępowania o uchylenie decyzji NUS z [...] lipca 2016 r., bowiem postępowanie wznowieniowe nie zostało w zakresie merytorycznym przeprowadzone przez organy podatkowe, a Sąd wkroczyłby w kompetencje organów podatkowych.
Sąd nie znalazł także podstaw do wydawania w tej sprawie postanowienia sygnalizacyjnego; stanowisko organu w sprawie oparte było na błędnej wykładni prawa, co zostało zweryfikowane przez Sąd w niniejszej sprawie. Sąd nie dopatrzył się w sprawie okoliczności mogących świadczyć o nadużyciu prawa przez organ.
O kosztach postępowania zasądzonych na rzecz skarżącej orzeczono na podstawie art. 200 w zw. z art. 205 § 1 p.p.s.a. Wniosek Fundacji o zasądzenie kosztów od strony przeciwnej nie jest doprecyzowany, czy Fundacja oczekuje zwrotu tychże kosztów na swoją rzecz, czy też popiera wniosek skarżącej zawarty w skardze. Sąd wyjaśnia zatem, że nie dopatrzył się okoliczności pozwalających na zasądzenie kosztów postępowania na rzecz Fundacji, zaś wniosek skarżącej został uwzględniony.