I SA/Po 670/26

I SA/Po 670/26 - Wyrok WSA w Poznaniu
Data orzeczenia
2026-07-29
orzeczenie nieprawomocne
Data wpływu
2026-04-16
Sąd
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu
Sędziowie
Marek Sachajko /przewodniczący sprawozdawca/
Michał Ilski
Walentyna Długaszewska
Symbol z opisem
6110 Podatek od towarów i usług
Skarżony organ
Dyrektor Izby Administracji Skarbowej
Treść wyniku
Oddalono skargę
Sentencja
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Marek Sachajko (sprawozdawca) Sędziowie Sędzia WSA Walentyna Długaszewska Sędzia WSA Michał Ilski po rozpoznaniu w trybie uproszczonym w dniu 29 lipca 2026 r. sprawy ze skargi N. Sp. z o.o. w K. na postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej z dnia 13 lutego 2026 roku nr [...] w przedmiocie zaliczenia wpłaty na poczet zaległości w podatku od towarów i usług oddala skargę.
Uzasadnienie
Dyrektor Izby Administracji Skarbowej dalej - Dyrektor IAS, organ odwoławczy) postanowieniem z dnia 13 lutego 2026 r. utrzymał w mocy decyzję Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w P. (dalej – Organ I instancji) z 9 września 2025 r. o zaliczeniu wpłaty w kwocie 3685 zł na poczet zobowiązania N. Sp. z o. o. w K. (dalej - strona, skarżąca) z tytułu podatku VAT - kwoty 2709 zł jako należności głównej i kwoty 976 zł jako odsetek za zwłokę.
W uzasadnieniu postanowienia organ II instancji wskazał, że Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w P. po przeprowadzeniu postępowania podatkowego wszczętego postanowieniem z 8 grudnia 2016 r. w zakresie prawidłowości rozliczeń w podatku od towarów i usług za okres od grudnia 2014 r. do marca 2015 r. w dniu 5 lutego 2021 r. wydał decyzję, w której określił:
- za miesiąc grudzień 2014 r. nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy w wysokości 3.038,00 zł,
- za miesiąc styczeń 2015 r. nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy w wysokości 1.039,00 zł,
- za miesiąc luty 2015 r. nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy w wysokości 704,00 zł,
- za miesiąc marzec 2015 r. nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy w wysokości 2.084,00 zł,
oraz określił na podstawie art. 108 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t. j. Dz. U. z 2011 r., nr 177, poz. 1054 ze zm.) podatek od towarów i usług w wysokości do zapłaty za styczeń 2015 r. - 113.567,00 zł.
Od powyższej decyzji strona wniosła 5 marca 2021 r. odwołanie do Dyrektora Izby Administracji Skarbowej.
Po rozpatrzeniu odwołania Dyrektor Izby Administracji Skarbowej decyzją z 28 grudnia 2001 r., utrzymał w mocy decyzję Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w P. z 5 lutego 2021 r., która została wydana wobec N. Sp. z o. o. w przedmiocie podatku od towarów i usług za grudzień 2014 r. oraz styczeń, luty i marzec 2015 r.
Na powyższą decyzję złożono skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Poznaniu. Postanowieniem z dnia 28 kwietnia 2022 r., sygn. akt I SA/Po 154/22 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu odrzucił wniesioną skargę.
Pismem z 18 maja 2022 r. pełnomocnik strony wniósł zażalenie na ww. orzeczenie, wnosząc o jego uchylenie. Kolejnym pismem z tego samego dnia strona wniosła o przywrócenie terminu do uzupełnienia braków formalnych skargi.
Postanowieniem z 2 czerwca 2022 r., sygn. akt I SA/Po 154/22 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu oddalił wniosek o przywrócenie terminu do uzupełnienia braków formalnych skargi na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej z 28 grudnia 2021 r., nr [...].
Postanowieniem z dnia 13 lipca 2022 r., sygn. akt I FZ [...] Naczelny Sąd Administracyjny oddalił zażalenie strony na postanowienie Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Poznaniu z 2 czerwca 2021 r., sygn. akt I SA/Po 154/22.
W związku z powyższym, powstała zaległość z tytułu nienależnie zwróconego 27 stycznia 2015 r. podatku od towarów i usług za miesiąc grudzień 2014 r. w wysokości 55.946.00 zł ( 58.984,00 zł - 3.038.00 zł).
6 grudnia 2023 r. G. I. złożył wniosek do Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w P.: "działając za N. Sp. z o. o. (NIP [...]) w K., na podstawie art. 62 § 4 Ordynacji podatkowej wnoszę o wydanie postanowienia o sposobie zaliczenia wszelkich kwot, jakie zostały wpłacone lub wyegzekwowane przez organ na poczet podatku od towarów i usług od dnia uprawomocnienia się decyzji wymiarowych za okresy 12/2014 do 05/2015".
Po ponownym rozpatrzeniu sprawy Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w P. wydał 9 września 2025 r., postanowienie w sprawie zaliczenia wpłaty w kwocie 3685,00 zł, na poczet zaległości w podatku od towarów i usług VAT za grudzień 2014 r. (należność główna 2709,00 zł i odsetki za zwłokę 976,OO zł). Postanowienie zostało doręczone stronie 22 września 2025 r.
W zażaleniu na postanowienie zarzucono :
"1) wygaśnięcie zobowiązań, na które została zaliczona dokonana wpłata, 2) brak odniesienia się do zarzutów strony odnośnie do instrumentalnego wszczęcia postępowania karnego skarbowego, pomimo zobowiązania I instancji, zawartego w uzasadnieniu postanowienia o uchyleniu postanowienia z dnia 5 marca 2024 r.".
Organ II instancji uznał zarzuty zażalenia za niezasadne.
Organ ten wskazał, że w przypadku, gdy zobowiązanie podatkowe nie zostaje zrealizowane w terminie, dochodzi do powstania zaległości podatkowej. Zgodnie z art. 51 § 1 ustawy Ordynacja podatkowa, zaległością podatkową jest podatek niezapłacony w terminie płatności. Zgodnie z art. 53 § 1 ustawy Ordynacja podatkowa od zaległości podatkowych, z zastrzeżeniem art. 52 § 1 pkt 2 i art. 54, naliczane są odsetki za zwłokę.
Stosownie do art. 53 § 4 ustawy Ordynacja podatkowa odsetki za zwłokę naliczane są od dnia następującego po dniu upływu terminu płatności podatku lub terminu, w którym płatnik lub inkasent był obowiązany dokonać wpłaty podatku na rachunek organu podatkowego.
Zgodnie z art. 53 § 5 ustawy Ordynacja podatkowa w przypadkach, o których mowa w art. 52 § 1 pkt 1, odsetki za zwłokę naliczane są odpowiednio od dnia zwrotu nadpłaty, zwrotu podatku, zwrotu oprocentowania lub zaliczenia na poczet zaległości podatkowych lub na poczet bieżących lub przyszłych zobowiązań podatkowych.
Mając na uwadze art. 55 § 2 ustawy Ordynacja podatkowa jeżeli dokonana wpłata nie pokrywa kwoty zaległości podatkowej wraz z odsetkami za zwłokę, wpłatę tę zalicza się proporcjonalnie na poczet kwoty zaległości podatkowej oraz kwoty odsetek za zwłokę w stosunku, w jakim, w dniu wpłaty, pozostaje kwota zaległości podatkowej do kwoty odsetek za zwłokę.
W myśl art. 62 § 1 ustawy Ordynacja podatkowa, jeżeli na podatniku ciążą zobowiązania podatkowe z różnych tytułów, dokonaną wpłatę zalicza się na poczet podatku zgodnie ze wskazaniem podatnika, a w przypadku braku takiego wskazania - na poczet zobowiązania podatkowego o najwcześniejszym terminie płatności spośród wszystkich zobowiązań podatkowych podatnika. W przypadku gdy na podatniku ciążą zobowiązania podatkowe, których termin płatności upłynął, dokonaną wpłatę zalicza się na poczet zaległości podatkowej o najwcześniejszym terminie płatności we wskazanym przez podatnika podatku, a w przypadku braku takiego wskazania lub braku zaległości podatkowej we wskazanym podatku - na poczet zaległości podatkowej o najwcześniejszym terminie płatności spośród wszystkich zaległości podatkowych podatnika.
Zgodnie z art. 62 § 4 w sprawie zaliczenia wpłaty na poczet zaległości podatkowych, odsetek za zwłokę oraz kosztów upomnienia organ podatkowy, na wniosek podatnika, wydaje postanowienie, na które służy zażalenie
Zgodnie z § 4 ust. 1 pkt 1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 22 sierpnia 2005 r. w sprawie naliczania odsetek za zwłokę oraz opłaty prolongacyjnej, a także zakresu informacji, które muszą być zawarte w rachunkach (Dz. U z 2021 r., poz. 703), odsetki za zwłokę są naliczane do dnia zapłaty podatku, włącznie z tym dniem.
Zgodnie zaś z treścią art. 59 § 1 pkt 1 ustawy Ordynacja podatkowa zobowiązanie podatkowe wygasa w całości lub w części wskutek zapłaty.
W niniejszej sprawie dokonano wpłaty w wysokości 3685,00 zł. Z kolei zaległość w podatku od towarów i usług tj. nienależny zwrot podatku za grudzień 2014 r. istnieje w wysokości 51.776,96 zł.
Odsetki za zwłokę od zaległości podatkowej za grudzień 2014 r. w wysokości 51776,96 zł zostały naliczone od dnia 27 stycznia 2015 r., tj. od dnia nienależnego zwrotu podatku VAT za grudzień 2014r. (art. 53 § 5 ustawy Ordynacja podatkowa) do dnia 25 kwietnia 2023 r., tj. do dnia zaliczenia wpłaty (z wyłączeniem okresów naliczania odsetek - zgodnie z postanowieniem z 21 kwietnia 2023 r., nr [...] Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w P. po rozpatrzeniu złożonych przez stronę zarzutów z 6 października 2022 r. w sprawie prowadzonej egzekucji administracyjnej postanowił uznać w całości zarzuty nieistnienia obowiązku dotyczącego wysokości odsetek za zwłokę naliczonych od zaległości w podatku od towarów i usług za okres m.in. od grudnia 2014 r. do maja 2015 r., wskazując że zaległość w podatku od towarów i usług za grudzień 2014 nie powinna mieć naliczonych odsetek za zwłokę - od 8 grudnia 2016 r. do 5 lutego 2021 r. oraz od 19 maja 2021 r. do 28 grudnia 2021 r.).
Powyższa wpłata podatku w wysokość 3.685,00 zł nie pokryła kwoty zaległości podatkowej wraz z odsetkami za zwłokę, tym samym zaliczona została (zgodnie z art. 55 § 2 ustawy Ordynacja podatkowa) proporcjonalnie na poczet kwoty zaległości podatkowej oraz kwoty odsetek za zwłokę w stosunku, w jakim, w dniu zaliczenia, pozostawała kwota zaległości podatkowej do kwoty odsetek za zwłokę.
W świetle powyższego zaliczenie było dokonane następująco:
- na zaległość podatkową: 2.709,00 zł,
- na odsetki za zwłokę: 976,00 zł.
Po dokonaniu przedmiotowego zaliczenia nadal pozostała zaległość z tytułu podatku VAT za grudzień 2014 r. w kwocie 49067,96 zł wraz z odsetkami za zwłokę.
W złożonym zażaleniu zarzucono, że zaliczenie wpłaty dokonano na zobowiązanie, które już wygasło.
Dyrektor IAS wskazał, że bezspornym w przedmiotowej sprawie jest fakt, że podatek od towarów i usług za grudzień 2014 r. nie został zapłacony. Zaległość ta na dzień zaliczenia była wymagana i nieprzedawniona.
Zgodnie z art. 70 § 1 ustawy Ordynacja podatkowa zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku.
Przepis art. 70 § 1 ustawy Ordynacja podatkowa ma zastosowanie w sytuacji, gdy nie wystąpiły żadne okoliczności powodujące przerwanie, bądź zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego.
Zgodnie z art. 70 § 6 pkt 1 ustawy Ordynacja podatkowa bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego nie rozpoczyna się, a rozpoczęty ulega zawieszeniu, z dniem wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, o którym podatnik został zawiadomiony, jeżeli podejrzenie popełnienia przestępstwa lub wykroczenia wiąże się z niewykonaniem tego zobowiązania.
Bieg terminu przedawnienia rozpoczyna się, a po zawieszeniu biegnie dalej, od dnia następującego po dniu prawomocnego zakończenia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe - art. 70 § 7 pkt 1 ustawy Ordynacja podatkowa.
Zobowiązanie stanowiące przedmiot sprawy to podatek od towarów i usług VAT za grudzień 2014 r. z terminem płatności przypadającym na dzień 26 stycznia 2015 r.
Bieg terminu przedawnienia ww. zobowiązania rozpoczął się z dniem 1 stycznia 2016 r. i w ustawowym terminie zobowiązanie przedawniłoby się z końcem 2020 r.
Jednak przed upływem ww. terminu zawiadomieniem z 28 października 2020 r., nr [...] Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w P. poinformował stronę o zawieszeniu biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego w związku z wszczęciem w dniu 27 października 2020 r. przez Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w P. postępowania przygotowawczego w sprawie o przestępstwo skarbowe, w zakresie zobowiązań podatkowych w podatku od towarów i usług za miesiące od grudnia 2014 r. do czerwca 2015 r.
Do dnia dokonania wpłaty postępowanie to nie zostało zakończone. Powyższe zawiadomienie doręczono pełnomocnikowi strony 28 października 2020 r. Wobec powyższego przedmiotowa zaległość na dzień dokonania zaliczenia, tj. 25 kwietnia 2023 r. była nieprzedawniona i wymagalna.
Podniesiony w zażaleniu zarzut zaliczenia wpłaty na poczet podatku od towarów i usług VAT za grudzień 2014 r., który wygasł na skutek przedawnienia był wobec tego nieuzasadniony.
Ustosunkowując się do zarzutu instrumentalnego wszczęcia postępowania karnego skarbowego organ zgodził się z organem pierwszej instancji, że kwestia zawieszenia biegu terminu przedawnienia przedmiotowego zobowiązania nie może być, w ramach niniejszego postępowania, odmiennie oceniana aniżeli we wcześniej zakończonym ostatecznym i prawomocnym orzeczeniem postępowaniu.
Przedmiotowe zobowiązanie wynika z decyzji Dyrektora Izby Administracji Skarbowej z 28 grudnia 2021 r. nr [...] utrzymującej w mocy decyzję organu pierwszej instancji określającą wysokość tego zobowiązania.
W ramach postępowania odwoławczego organ drugiej instancji, odpowiadając na podnoszone wówczas zarzuty, rozpatrzył również zasadność wszczęcia postępowania karnego skarbowego oraz ewentualne wygaśnięcie zobowiązań podatkowych Spółki z tytułu podatku od towarów i usług za miesiące od grudnia 2014 r. do maja 2015 r. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej jednoznacznie stwierdził, że w sprawie nie doszło do instrumentalnego wszczęcia postępowania karnego skarbowego i nadużycia tej instytucji wyłącznie dla celów osiągnięcia skutku zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Decyzja organu drugiej instancji jest ostateczna i prawomocna.
Organ ten wskazał, że zgodnie z orzecznictwem sądów administracyjnych postanowienie w sprawie zaliczenia wpłaty na poczet zaległości podatkowych jest aktem formalnym, mającym charakter deklaratoryjny, jedynie odzwierciedla i potwierdza dokonanie czynności materialno - technicznej polegającej na rozliczeniu wpłaty na poczet zaległości podatkowych zgodnie z przepisami ustawy Ordynacja podatkowa.
Organ podatkowy dokonując zaliczenia wpłaty na poczet zobowiązania podatkowego nie ma podstaw do weryfikacji prawidłowości rozstrzygnięć zapadłych w sprawie wymiarowej poprzedzającej wydanie postanowienia. Postępowanie w sprawie zaliczenia wpłaty nie może przekształcać się w kolejną fazę postępowania wymiarowego, nie może podważać ostatecznych merytorycznych rozstrzygnięć organów podatkowych.
Strona miała możliwość, w ramach kontroli sądowej legalności decyzji, poddać pod ocenę przesłanki zastosowania instytucji zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania. Fakt, że działania te nie przyniosły oczekiwanych przez Skarżącego efektów nie może stanowić o możliwości podważenia wszelkich działań organu podatkowego dotyczących kwestionowanego zobowiązania.
W skardze do WSA w Poznaniu podniesiono zarzut naruszenia :
- naruszenia art. 187 § 1 Ordynacji podatkowej poprzez brak całościowego zebrania materiału dowodowego, przejawiającego się w pominięciu zagadnienia ustalenia wysokości odsetek za zwłokę od zaległości za 12/2014 w przeciwieństwie do uchylonych postanowień tego samego organu, odnoszących się do tej samej zaległości,
- naruszenia § 10 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 22 sierpnia 2005 r. w sprawie naliczania odsetek za zwłokę oraz opłaty prolongacyjnej, a także zakresu informacji, które muszą być zawarte w rachunkach (Dz.U. z 2021 r., poz. 703 poprzez nieuwzględnienie przerwy w naliczaniu odsetek za zwłokę wobec umorzenia postępowania o udzielenie ulgi w spłacie,
- naruszenia art. 233 § 2 zdanie drugie Ordynacji podatkowej poprzez pominięcie rozważenia zasadności wszczęcia postępowania karnego skarbowego.
W konkluzji skargi pełnomocnik skarżącej wniósł o uchylenie postanowienia Dyrektora IAS, zasądzenie od organu na rzecz strony kosztów postępowania oraz o rozpoznanie sprawy na rozprawie.
Organ wniósł o oddalenie skargi.
W piśmie z dnia 14 czerwca 2026 r. strona wskazała, że organ w odpowiedzi na skargę powołuje stawkę 150 % odsetek za zwłokę bez dalszej analizy. Zaległość powstała przed dniem 1 stycznia 2016 r. kiedy wszedł w życie art. 56 b Ordynacji podatkowej – stawka 150 % nie może być stosowana do zaległości podatkowych powstałych przed dniem wejścia w życie tego przepisu.
Organ nie uwzględnił ponadto wydania decyzji o zabezpieczeniu powodującej nienaliczanie odsetek za zwlokę ( decyzja organu I instancji z 28 grudnia 2020 r. ) – na mocy art. 54 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej.
Strona wskazała ponadto na instrumentalne wszczęcie postępowania karnoskarbowego w celu zawieszenia biegu terminów przedawnienia przedmiotowych należności.
W odpowiedzi organ wskazał w piśmie z dnia 17 czerwca 2026 r., że:
- w postanowieniu organu z 13 lutego 2026 r. nie zastosowano podwyższonej stawki 150 % do obliczenia wysokości odsetek za zwlokę od zaległości podatkowej (podanie takiej stawki stanowiło bowiem jedynie omyłkę pisarska – prawidłowo powinno być 100 % )
- samo wydanie decyzji o zabezpieczeniu (z dnia 28 grudnia 2020 r.) nie przerywa automatycznie biegu odsetek za zwłokę – zgodnie z art. 54 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej (w przedmiotowej sprawie zastosowano jedynie ustanowienie hipoteki przymusowej - nie zabezpieczono żadnych kwot mogących zostać zaliczonymi na poczet zobowiązania podatkowego).
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu zważył, co następuje:
Stosownie do treści art. 1 § 2 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych (t.j. Dz. U. z 2024r. poz. 1267) w związku z art. 3 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (tj. Dz. U. z 2026 r., poz. 143, dalej jako P.p.s.a.), sądy administracyjne sprawują kontrolę działalności administracji publicznej, stosując środki określone w ustawie. Kontrola sądu polega na zbadaniu, czy przy wydawaniu zaskarżonego aktu nie doszło do rażącego naruszenia prawa dającego podstawę do stwierdzenia nieważności, naruszenia prawa dającego podstawę do wznowienia postępowania, naruszenia prawa materialnego w stopniu mającym wpływ na wynik sprawy oraz naruszenia przepisów postępowania administracyjnego w stopniu mogącym mieć istotny wpływ na wynik sprawy. Sąd nie jest przy tym związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną.
Badając rozpoznawaną sprawę w tak zakreślonej kognicji Sąd uznał, że skarga nie zasługuje na uwzględnienie.
Stan faktyczny sprawy jest co do zasady niesporny. Sporne pozostają natomiast okoliczności podnoszone przez stronę zarówno na etapie postępowania podatkowego (w zażaleniu), jak i na etapie postępowania sądowego (w skardze i w ww. piśmie procesowym) - a to w zakresie zasad i podstaw normatywnych dotyczących zaliczenia wpłaty dokonanej przez podatnika.
W przedmiotowej sprawie Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w P. po przeprowadzeniu postępowania podatkowego wszczętego postanowieniem z 8 grudnia 2016 r. w zakresie prawidłowości rozliczeń w podatku od towarów i usług za okres od grudnia 2014 r. do marca 2015 r. w dniu 5 lutego 2021 r. wydał decyzję, w której określił:
- za miesiąc grudzień 2014 r. nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy w wysokości 3.038,00 zł,
- za miesiąc styczeń 2015 r. nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy w wysokości 1.039,00 zł,
- za miesiąc luty 2015 r. nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy w wysokości 704,00 zł,
- za miesiąc marzec 2015 r. nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy w wysokości 2.084,00 zł,
oraz określił na podstawie art. 108 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t. j. Dz. U. z 2011 r., nr 177, poz. 1054 ze zm.) podatek od towarów i usług w wysokości do zapłaty za styczeń 2015 r. - 113.567,00 zł.
Po rozpatrzeniu odwołania Dyrektor Izby Administracji Skarbowej decyzją z 28 grudnia 2001 r., utrzymał w mocy decyzję Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w P. z 5 lutego 2021 r., która została wydana wobec N. Sp. z o. o. w przedmiocie podatku od towarów i usług za grudzień 2014 r. oraz styczeń, luty i marzec 2015 r.
Decyzja ta jest prawomocna.
W związku z powyższym, powstała zaległość z tytułu nienależnie zwróconego 27 stycznia 2015 r. podatku od towarów i usług za miesiąc grudzień 2014 r. w wysokości 51.776,96 zł.
Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w P. wydał 9 września 2025 r., postanowienie w sprawie zaliczenia wpłaty w kwocie 3685,00 zł, na poczet zaległości w podatku od towarów i usług VAT za grudzień 2014 r. (należność główna 2709,00 zł i odsetki za zwłokę 976,00 zł). Postanowienie zostało doręczone stronie 22 września 2025 r.
Organ II instancji utrzymał to postanowienie w mocy.
Zdaniem Sądu organy obu instancji dokonały prawidłowych ustaleń faktycznych i zastosowały prawidłowo normy prawne w przedmiotowej sprawie.
Stwierdzić należy na wstępie, że gdy zobowiązanie podatkowe nie zostaje zrealizowane w terminie, dochodzi do powstania zaległości podatkowej. Zgodnie z art. 51 § 1 ustawy Ordynacja podatkowa, zaległością podatkową jest podatek niezapłacony w terminie płatności. Zgodnie z art. 53 § 1 ustawy Ordynacja podatkowa od zaległości podatkowych, z zastrzeżeniem art. 52 § 1 pkt 2 i art. 54, naliczane są odsetki za zwłokę.
Stosownie do art. 53 § 4 ustawy Ordynacja podatkowa odsetki za zwłokę naliczane są od dnia następującego po dniu upływu terminu płatności podatku lub terminu, w którym płatnik lub inkasent był obowiązany dokonać wpłaty podatku na rachunek organu podatkowego.
Zgodnie z art. 53 § 5 ustawy Ordynacja podatkowa w przypadkach, o których mowa w art. 52 § 1 pkt 1, odsetki za zwłokę naliczane są odpowiednio od dnia zwrotu nadpłaty, zwrotu podatku, zwrotu oprocentowania lub zaliczenia na poczet zaległości podatkowych lub na poczet bieżących lub przyszłych zobowiązań podatkowych.
Zgodnie z art. 55 § 2 ustawy Ordynacja podatkowa jeżeli dokonana wpłata nie pokrywa kwoty zaległości podatkowej wraz z odsetkami za zwłokę, wpłatę tę zalicza się proporcjonalnie na poczet kwoty zaległości podatkowej oraz kwoty odsetek za zwłokę w stosunku, w jakim, w dniu wpłaty, pozostaje kwota zaległości podatkowej do kwoty odsetek za zwłokę.
W myśl art. 62 § 1 ustawy Ordynacja podatkowa, jeżeli na podatniku ciążą zobowiązania podatkowe z różnych tytułów, dokonaną wpłatę zalicza się na poczet podatku zgodnie ze wskazaniem podatnika, a w przypadku braku takiego wskazania - na poczet zobowiązania podatkowego o najwcześniejszym terminie płatności spośród wszystkich zobowiązań podatkowych podatnika. W przypadku gdy na podatniku ciążą zobowiązania podatkowe, których termin płatności upłynął, dokonaną wpłatę zalicza się na poczet zaległości podatkowej o najwcześniejszym terminie płatności we wskazanym przez podatnika podatku, a w przypadku braku takiego wskazania lub braku zaległości podatkowej we wskazanym podatku - na poczet zaległości podatkowej o najwcześniejszym terminie płatności spośród wszystkich zaległości podatkowych podatnika.
Zgodnie z art. 62 § 4 ustawy Ordynacja podatkowa w sprawie zaliczenia wpłaty na poczet zaległości podatkowych, odsetek za zwłokę oraz kosztów upomnienia organ podatkowy, na wniosek podatnika, wydaje postanowienie, na które służy zażalenie.
Wskazać należy w tym miejscu za wyrokiem NSA z 15.05.2026 r. sygn. akt I FSK 1677/23, że: "Jak wskazuje doktryna art. 62 Ordynacji podatkowej zawiera reguły obowiązujące przy zaliczaniu wpłat dokonywanych przez podatnika na rachunek organu podatkowego w sytuacji, gdy wysokość wpłaty nie jest wystarczająca do pokrycia wszystkich zobowiązań podatnika. Zasadą jest, że o przeznaczeniu wpłaconej kwoty decyduje podatnik. W sytuacji gdy podatnik dokonuje wpłaty na rzecz organu podatkowego, ma on prawo do wiążącego wskazania, na poczet którego z podatków dokonywana jest wpłata, i to niezależnie od tego, czy ciążą na nim zobowiązania z tytułu kilku podatków, czy też w tym samym podatku. Dopiero brak wskazania podatnika powoduje, ze organ podatkowy działa z urzędu, zgodnie z zasadami określonymi w art. 62 § 1 Ordynacji podatkowej. Jeżeli jednak na podatniku ciążą zobowiązania podatkowe z różnych tytułów, dokonaną wpłatę zalicza się na poczet podatku zgodnie ze wskazaniem podatnika, a w przypadku braku takiego wskazania – na poczet zobowiązania podatkowego o najwcześniejszym terminie płatności spośród wszystkich zobowiązań podatkowych podatnika. Zasadnicze znaczenie ma wskazanie podatnika, który może mieć życzenie, aby zobowiązania w określonym podatku za wskazany okres rozliczeniowy były pokrywane dokonywanymi wpłatami w pierwszej kolejności, unikając powstania zaległości podatkowej w tym konkretnym zakresie.
Jednakże reguła wyrażona w zdaniu pierwszym art. 62 § 1 Ordynacji podatkowej umożliwia dysponowanie przez podatnika dokonaną przez niego wpłatą (tj. dokonanie wyboru, na poczet którego zobowiązania podatkowego spośród wielu ma być zarachowana wpłata), ale tylko wtedy, gdy podatnik ma bieżące zobowiązania podatkowe. Dyspozycja podatnika jest zatem wiążąca dla organu podatkowego tylko w sytuacji, gdy podatnik nie posiada zobowiązań podatkowych, dla których termin płatności upłynął. Jeżeli podatnik popadł w zaległości podatkowe, do dokonanej wpłaty stosuje się regułę ze zdania drugiego art. 62 § 1 Ordynacji podatkowej.
W przypadku gdy na podatniku ciążą zobowiązania podatkowe, których termin płatności upłynął, dokonaną wpłatę zalicza się na poczet zaległości podatkowej o najwcześniejszym terminie płatności we wskazanym przez podatnika podatku, a w przypadku braku takiego wskazania lub braku zaległości podatkowej we wskazanym podatku – na poczet zaległości podatkowej o najwcześniejszym terminie płatności spośród wszystkich zaległości podatkowych podatnika. Jeżeli podatnika obciążają zaległości podatkowe w różnych podatkach, podatnik ma prawo wskazania jedynie rodzaju pokrywanego wpłatą podatku, w którym występuje zaległość podatkowa.
Zdanie drugie art. 62 § 1 Ordynacji podatkowej nie posługuje się już pojęciem zaległości z "różnych tytułów". Inaczej niż w przypadku reguły dotyczącej wpłacania na poczet nieprzeterminowanych zobowiązań, podatnikowi nie przysługuje uprawnienie do wskazywania okresu rozliczeniowego, w którym powstała zaległość podatkowa do pokrycia jej dokonaną wpłatą. Podatnik nadal może wskazywać tytuł zaległego zobowiązania przez wskazanie rodzaju podatku, ale nie ma na wpływu na to, jakie okresy rozliczeniowe poszczególnych tytułów zaległości zostaną pokryte wpłatą. Dokonaną wpłatę zalicza się na poczet zaległości podatkowej o najwcześniejszym terminie płatności, biorąc pod uwagę wskazanie podatnika co do rodzaju podatku. W przypadku posiadania zaległości podatkowych podatnik dokonujący wpłaty może decydować o jej przeznaczeniu, ale tylko w zakresie tytułu podatkowego, a nie okresu, na który ma być zaliczona, z urzędu jest ona bowiem zaliczana na zaległość o najwcześniejszym terminie płatności spośród wszystkich zaległości we wskazanym podatku, a w przypadku braku określenia podatku albo braku zaległości podatkowej we wskazany podatku – na poczet zaległości podatkowej o najwcześniejszym terminie płatności spośród wszystkich zaległości podatkowych (por. B. Dauter, W. Gurba [w:] S. Babiarz i in., Ordynacja podatkowa. Komentarz, wyd. XII, Warszawa 2024, art. 62).
Powyższy pogląd doktryny znajduje potwierdzenie w dotychczasowym orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego (np. por. wyroki NSA z: dnia 17 lutego 2026 r., sygn. akt III FSK 1303/24; z dnia 4 lipca 2025 r., sygn. akt I FSK 219/25; z dnia 29 stycznia 2025 r., sygn. akt III FSK 779/24; z dnia 22 stycznia 2025r., sygn. akt III FSK 1034/24; z dnia 7 czerwca 2024 r., sygn. akt III FSK 1581/23, czy z dnia 22 kwietnia 2021 r., sygn. akt I FSK 390/21).
Zgodnie z § 4 ust. 1 pkt 1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 22 sierpnia 2005 r. w sprawie naliczania odsetek za zwłokę oraz opłaty prolongacyjnej, a także zakresu informacji, które muszą być zawarte w rachunkach (Dz. U z 2021 r., poz. 703), odsetki za zwłokę są naliczane do dnia zapłaty podatku, włącznie z tym dniem.
Zgodnie natomiast z treścią art. 59 § 1 pkt 1 ustawy Ordynacja podatkowa zobowiązanie podatkowe wygasa w całości lub w części wskutek zapłaty.
Zdaniem Sądu prawidłowo uznały organy obu instancji w przedmiotowej sprawie, że wpłaty dokonano w dniu 25 kwietnia 2023 r. w wysokości 3685,00 zł.
Z kolei zaległość w podatku od towarów i usług tj. nienależny zwrot podatku za grudzień 2014 r. istnieje w wysokości 51.776,96 zł.
Wobec tego zdaniem Sądu prawidłowo odsetki za zwłokę od zaległości podatkowej za grudzień 2014 r. w wysokości 51776,96 zł zostały naliczone od dnia 27 stycznia 2015 r., tj. od dnia nienależnego zwrotu podatku VAT za grudzień 2014r. (art. 53 § 5 ustawy Ordynacja podatkowa) do dnia 25 kwietnia 2023 r., tj. do dnia zaliczenia wpłaty (z wyłączeniem okresów naliczania odsetek, a to zgodnie z postanowieniem z 21 kwietnia 2023 r., nr [...] Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w P. wydanym po rozpatrzeniu złożonego przez stronę zarzutu z 6 października 2022 r. w sprawie prowadzonej egzekucji administracyjnej postanowił uznać w całości zarzuty nieistnienia obowiązku dotyczącego wysokości odsetek za zwłokę naliczonych od zaległości w podatku od towarów i usług za okres m.in. od grudnia 2014 r. do maja 2015 r., wskazując, że zaległość w podatku od towarów i usług za grudzień 2014 nie powinna mieć naliczonych odsetek za zwłokę - od 8 grudnia 2016 r. do 5 lutego 2021 r. oraz od 19 maja 2021 r. do 28 grudnia 2021 r.).
Powyższa wpłata podatku w wysokość 3685,00 zł nie pokryła kwoty zaległości podatkowej wraz z odsetkami za zwłokę, tym samym zaliczona została (zgodnie z art. 55 § 2 ustawy Ordynacja podatkowa) proporcjonalnie na poczet kwoty zaległości podatkowej oraz kwoty odsetek za zwłokę w stosunku, w jakim, w dniu zaliczenia, pozostawała kwota zaległości podatkowej do kwoty odsetek za zwłokę.
Z tego powodu organy dokonały prawidłowego zaliczenia:
- na zaległość podatkową – kwoty 2709,00 zł,
- na odsetki za zwłokę – kwoty 976,00 zł.
Po dokonaniu zaliczenia nadal pozostała zaległość z tytułu podatku VAT za grudzień 2014 r. w kwocie 49067,96 zł wraz z odsetkami za zwłokę.
Zdaniem Sądu zasadnie wskazał organ II instancji, że zgodnie z orzecznictwem sądów administracyjnych postanowienie w sprawie zaliczenia wpłaty na poczet zaległości podatkowych jest aktem formalnym, mającym charakter deklaratoryjny, jedynie odzwierciedla i potwierdza dokonanie czynności materialno - technicznej polegającej na rozliczeniu wpłaty na poczet zaległości podatkowych zgodnie z przepisami ustawy Ordynacja podatkowa.
Organ podatkowy dokonując zaliczenia wpłaty na poczet zobowiązania podatkowego nie ma wobec tego podstaw do weryfikacji prawidłowości rozstrzygnięć zapadłych w sprawie wymiarowej poprzedzającej wydanie postanowienia.
Postępowanie w sprawie zaliczenia wpłaty nie może zatem przekształcać się w kolejną fazę postępowania wymiarowego, nie może podważać ostatecznych merytorycznych rozstrzygnięć organów podatkowych – m. in. wyrok NSA z 10 maja 2023 r., sygn. akt III FSK 2157/21.
Dokonana wplata podlega zaliczeniu na poczet zaległości podatkowej z dniem jej dokonania – postanowienie jedynie potwierdza dokonanie czynności materialno – technicznej. Rozliczenie następuje z mocy prawa – zob. m. in. wyrok WSA w Szczecinie z dnia 26 marca 2025 r., sygn. akt I SA/Sz 600/24.
Zarzuty strony podnoszone w postępowaniu okazały się niezasadne.
Strona zarzuciła m. in., że zaliczenie wpłaty dokonano na zobowiązanie, które już wygasło.
Należy jednak podkreślić w tym miejscu, że zarzut przedawnienia należności podatkowych może być podnoszony przez stronę w ramach postępowania dotyczącego wymiaru podatku, albo w ramach postępowania egzekucyjnego (podniesienie zarzutów wobec wystawionego tytułu wykonawczego). Nie może być podnoszony na etapie dokonywania przez organ czynności materialno – technicznych.
Tego rodzaju zarzut nie powinien być wobec tego przedmiotem kontrolowanego postępowania.
Wskazać należy jednak, że podatek od towarów i usług za grudzień 2014 r. nie został zapłacony. Zaległość ta na dzień zaliczenia była wymagalna i nieprzedawniona.
Ponadto wskazać należy, że przedmiotowe zobowiązanie wynika z decyzji Dyrektora Izby Administracji Skarbowej z 28 grudnia 2021 r. nr [...] utrzymującej w mocy decyzję organu pierwszej instancji określającą wysokość tego zobowiązania.
W ramach postępowania odwoławczego organ drugiej instancji, odpowiadając na podnoszone wówczas zarzuty, rozpatrzył również zasadność wszczęcia postępowania karno-skarbowego oraz ewentualne wygaśnięcie zobowiązań podatkowych Spółki z tytułu podatku od towarów i usług za miesiące od grudnia 2014 r. do maja 2015 r.
Dyrektor Izby Administracji Skarbowej jednoznacznie stwierdził, że w sprawie nie doszło do instrumentalnego wszczęcia postępowania karno-skarbowego i nadużycia tej instytucji wyłącznie dla celów osiągnięcia skutku zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Decyzja organu drugiej instancji jest ostateczna i prawomocna.
Strona miała możliwość, w ramach kontroli sądowej legalności decyzji, poddać pod ocenę przesłanki zastosowania instytucji zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania.
Zgodnie z art. 70 § 6 pkt 1 ustawy Ordynacja podatkowa bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego nie rozpoczyna się, a rozpoczęty ulega zawieszeniu, z dniem wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, o którym podatnik został zawiadomiony, jeżeli podejrzenie popełnienia przestępstwa lub wykroczenia wiąże się z niewykonaniem tego zobowiązania. Bieg terminu przedawnienia rozpoczyna się, a po zawieszeniu biegnie dalej, od dnia następującego po dniu prawomocnego zakończenia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe - art. 70 § 7 pkt 1 ustawy Ordynacja podatkowa.
Przed upływem terminu przedawnienia zawiadomieniem z 28 października 2020 r., nr [...] Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w P. poinformował stronę o zawieszeniu biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego w związku z wszczęciem w dniu 27 października 2020 r. przez Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w P. postępowania przygotowawczego w sprawie o przestępstwo skarbowe, w zakresie zobowiązań podatkowych w podatku od towarów i usług za miesiące od grudnia 2014 r. do czerwca 2015 r.
Do dnia dokonania wpłaty postępowanie to nie zostało zakończone. Powyższe zawiadomienie doręczono pełnomocnikowi strony 28 października 2020 r. Wobec powyższego przedmiotowa zaległość na dzień dokonania zaliczenia była nieprzedawniona i wymagalna.
Zdaniem Sądu niezasadny był zarzut naruszenia art. 187 § 1 Ordynacji podatkowej poprzez brak całościowego zebrania materiału dowodowego, przejawiającego się w pominięciu zagadnienia ustalenia wysokości odsetek za zwłokę od zaległości za 12/2014 w przeciwieństwie do uchylonych postanowień tego samego organu, odnoszących się do tej samej zaległości.
Wskazać bowiem należy, że odsetki za zwłokę od zaległości podatkowej za grudzień 2014 r. zostały naliczone od dnia 27 stycznia 2015 r., tj. od dnia nienależnego zwrotu podatku VAT za grudzień 2014r. (art. 53 § 5 ustawy Ordynacja podatkowa) do dnia 25 kwietnia 2023 r., tj. do dnia zaliczenia wpłaty (z wyłączeniem okresów naliczania odsetek - zgodnie z postanowieniem z 21 kwietnia 2023 r., nr [...] Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w P. po rozpatrzeniu złożonych przez Państwo zarzutów z 6 października 2022 r. w sprawie prowadzonej egzekucji administracyjnej postanowił uznać w całości zarzuty nieistnienia obowiązku dotyczącego wysokości odsetek za zwłokę naliczonych od zaległości w podatku od towarów i usług za okres m.in. od grudnia 2014 r. do maja 2015 r., wskazując że zaległość w podatku od towarów i usług za grudzień 2014 nie powinna mieć naliczonych odsetek za zwłokę - od 8 grudnia 2016 r. do 5 lutego 2021 r. oraz od 19 maja 2021 r. do 28 grudnia 2021 r.).
Niezasadny był ponadto zarzut naruszenia § 10 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 22 sierpnia 2005 r. w sprawie naliczania odsetek za zwłokę oraz opłaty prolongacyjnej, a także zakresu informacji, które muszą być zawarte w rachunkach (Dz.U. z 2021 r., poz. 703) poprzez nieuwzględnienie przerwy w naliczaniu odsetek za zwłokę wobec umorzenia postępowania o udzielenie ulgi w spłacie.
Wskazać należy bowiem, że zgodnie z § 8 powyższego rozporządzenia jeżeli decyzja odmawiająca umorzenia zaległości podatkowej została doręczona podatnikowi:
1. przed upływem dwóch miesięcy od dnia wniesienia podania, odsetki za zwłokę są naliczane, począwszy od dnia następującego po upływie terminu płatności podatku;
2. po upływie dwóch miesięcy od dnia wniesienia podania, dalsze odsetki za zwłokę są naliczane z wyłączeniem okresu od dnia następującego po dniu wniesienia podania do dnia doręczenia tej decyzji, włącznie z tym dniem.
Zgodnie natomiast z § 10 ww. rozporządzenia, jeżeli decyzja odmawiająca odroczenia terminu płatności lub rozłożenia na raty zapłaty podatku albo odmawiająca odroczenia lub rozłożenia na raty zapłaty zaległości podatkowej została doręczona podatnikowi:
1. przed upływem dwóch miesięcy od dnia wniesienia podania, odsetki za zwłokę są naliczane, począwszy od dnia następującego po upływie terminu płatności podatku;
2. po upływie dwóch miesięcy od dnia wniesienia podania, dalsze odsetki za zwłokę są naliczane z wyłączeniem okresu od dnia następującego po dniu wniesienia podania do dnia doręczenia tej decyzji, włącznie z tym dniem.
Należy w tym miejscu zaznaczyć wyraźnie, że w decyzji z 16 maja 2024 r., nr [...] o odmowie umorzenia zaległości podatkowych, o rozłożeniu na raty zapłaty zaległości podatkowych, o umorzeniu postępowania Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w P. w zakresie zaległości podatkowej w podatku od towarów i usług VAT za grudzień 2014 r.:
- umorzył postępowanie w sprawie umorzenia zaległości wraz z odsetkami za zwłokę,
- umorzył postępowanie w sprawie rozłożenia na raty zaległości podatkowej wraz z odsetkami za zwłokę.
W piśmie z dnia 14 czerwca 2026 r. strona wskazała, że organ w odpowiedzi na skargę powołuje stawkę 150 % odsetek za zwłokę bez dalszej analizy. Zaległość powstała przed dniem 1 stycznia 2016 r. kiedy wszedł w życie art. 56 b Ordynacji podatkowej – stawka 150 % nie może być stosowana do zaległości podatkowych powstałych przed dniem wejścia w życie tego przepisu.
W odpowiedzi organ wskazał zasadnie zdaniem Sądu w piśmie z dnia 17 czerwca 2026 r., że w postanowieniu organu z 13 lutego 2026 r. nie zastosowano podwyższonej stawki 150 % do obliczenia wysokości odsetek za zwlokę od zaległości podatkowej (podanie takiej stawki stanowiło bowiem jedynie omyłkę pisarską). Odsetki za zwłokę zostały wobec tego obliczone prawidłowo na podstawie art. 53 Ordynacji podatkowej (a nie art. 56 b tej ustawy).
Zdaniem strony skarżącej organ nie uwzględnił ponadto wydania decyzji o zabezpieczeniu powodującej nienaliczanie odsetek za zwlokę (decyzja organu I instancji z 28 grudnia 2020 r.) – na mocy art. 54 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej.
Podkreślić należy jednak w tym miejscu, że samo wydanie decyzji o zabezpieczeniu (z dnia 28 grudnia 2020 r.) nie przerywa automatycznie naliczania odsetek za zwłokę – zgodnie z art. 54 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej. W sprawie zastosowano jedynie ustanowienie hipoteki przymusowej - nie zabezpieczono żadnych kwot mogących zostać zaliczonymi na poczet zobowiązania podatkowego. Nie było zatem podstaw do zastosowania ograniczenia naliczenia odsetek za zwłokę. Wpłata stanowiąca przedmiot postępowania została ponadto dokonana już po wydaniu decyzji określającej wysokość zaległości podatkowej.
Należy zaznaczyć, że w sytuacji, gdy skarga dotyczy postanowienia organu administracji, sprawa może zostać rozpoznana przez sąd w postępowaniu uproszczonym (art. 119 pkt 3 p.p.s.a.), na posiedzeniu niejawnym (art. 120 p.p.s.a.) – co też miało miejsce w niniejszej sprawie.
Biorąc pod uwagę powyższe okoliczności należało uznać zarzuty skargi za niezasadne i orzec o jej oddaleniu na podstawie art. 151 p.p.s.a.