Pełny tekst orzeczenia I SA/Gl 1184/25

I SA/Gl 1184/25 - Wyrok WSA w Gliwicach
Data orzeczenia
2026-07-01
orzeczenie nieprawomocne
Data wpływu
2025-10-09
Sąd
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach
Sędziowie
Anna Tyszkiewicz-Ziętek /przewodniczący/
Symbol z opisem
6110 Podatek od towarów i usług
Hasła tematyczne
Podatek od towarów i usług
Skarżony organ
Dyrektor Izby Administracji Skarbowej
Treść wyniku
Oddalono skargę
Powołane przepisy
Dz.U. 2025 poz 111
art. 70 par. 6 pkt 1 , art. 233 par. 2
Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (t. j.)
Sentencja
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Katarzyna Stuła-Marcela, Sędziowie Sędzia WSA Dorota Kozłowska, Sędzia WSA Anna Tyszkiewicz-Ziętek (spr.), Protokolant specjalista Anna Florek, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 17 czerwca 2026 r. sprawy ze skargi E. Sp. z o. o. w J. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Katowicach z dnia 29 lipca 2025 r. nr 2401-IOV3.4103.65.2025.ALLA UNP: 2401-25-176162 w przedmiocie podatku od towarów i usług za miesiące od stycznia 2015 r. do stycznia 2017 r. oddala skargę.
Uzasadnienie
Przedmiotem skargi jest decyzja Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Katowicach z 29 lipca 2025 r. nr 2401-IOV3.4103.65.2025.ALLAUNP_2401-25-176162, którą po ponownym rozpatrzeniu odwołania z 6 lutego 2020 r. od decyzji Naczelnika Urzędu Skarbowego w C. z 14 stycznia 2020 r. nr [...], określającej wobec E. Sp. z o.o. (dalej: spółka, strona, skarżąca) w J. kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do zwrotu za kolejne miesiące od stycznia 2015 r. do stycznia 2017 r. oraz ustalającej kwotę dodatkowego zobowiązania podatkowego za styczeń 2017 r.
W podstawie prawnej tej decyzji wskazano art. 233 § 2 oraz art. 13 § 1 pkt 2 lit. a ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t.j. Dz. U. z 2025 poz. 111 z późn. zm., dalej: O.p.) oraz przepisy ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t.j. Dz. U. z 2011 r., nr 177, poz. 1054 ze zm., dalej: u.p.t.u.) powołane w jej uzasadnieniu.
Jak wynika z akt sprawy podstawą wydania decyzji organu I instancji z 14 stycznia 2020 r. było stwierdzenie, że w rozliczeniu za poszczególne miesiące w okresie od stycznia 2015 r. do stycznia 2017 r. skarżąca wykazywała kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy lub do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy, w wysokości wyższej od należnej, co było skutkiem uwzględnienia faktur VAT, które nie dokumentowały rzeczywistych zdarzeń gospodarczych, wobec czego w świetle art. 88 ust. 3a pkt 4 lit a) u.p.t.u. nie mogły stanowić podstawy obniżenia podatku należnego.
W ocenie organu charakter fikcyjny w rozumieniu ww. przepisu miały faktury wystawione na rzecz skarżącej przez dziesięć podmiotów.
Ponadto, jak ustalono, w rozliczeniu za listopad 2016 r. skarżąca zawyżyła podatek naliczony o kwotę 28,61 zł w wyniku ujęcia podatku wynikającego z faktury VAT wystawionej przez P. Sp. z o.o. na rzecz innego podmiotu, tj. P1..
Wobec tak dokonanych ustaleń Naczelnik decyzją z 14 stycznia 2020 r. nr [...] określił prawidłową wysokość kwot nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy.
Jednocześnie na podstawie art. 112 c pkt 2 u.p.t.u. ustalił kwotę dodatkowego zobowiązania w podatku od towarów i usług za styczeń 2017 r., kwestionując dokonane przez spółkę obniżenie kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego wynikającego z faktury wystawionej przez A.S.A. E1. Sp. z o.o., stwierdzającej czynności, które nie zostały dokonane.
W odwołaniu od tej decyzji strona podniosła szereg zarzutów dotyczących naruszenia przepisów proceduralnych, w tym w szczególności wadliwego prowadzenia postępowania dowodowego, niezgromadzenia wszystkich dowodów istotnych w sprawie oraz wybiórczego rozpatrzeniu materiału dowodowego i dokonania jego "dowolnej, arbitralnej i jedynie wybiórczej (a nie swobodnej)" oceny dowodów, a w konsekwencji prowadzenia postępowania w sposób sprzeczny z zasadą wynikającą z art. 121 § 1 O.p.
Ponadto, powołując się na wnioski dowodowe złożone już wcześniej - "w toku prowadzonych czynności kontrolnych i w ramach postępowania podatkowego przez organ kontroli" spółka podtrzymała "wszystkie swoje wnioski i składane wyjaśnienia", które "mają istotny wpływ na ustalenia i wydane rozstrzygnięcie". W toku postępowania odwoławczego również złożono liczne wnioski dowodowe.
Uznając jednakże, że zgromadzony dotychczas materiał dowodowy jest kompletny Dyrektor odmówił przeprowadzenia żądanych przez stronę dowodów.
Odnośnie biegu terminu przedawnienia stwierdził, że uległ on zawieszeniu na podstawie art. 70 § 6 pkt 1 O.p. z uwagi na wszczęte 9 października 2020 r. przez Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w K. dochodzenie (znak: [...], [...]) w sprawie m.in. posługiwania się przez spółkę nierzetelnymi fakturami VAT i podania nieprawdy w deklaracjach VAT-7 w okresie od stycznia 2015 r. do stycznia 2017 r., o którym strona została zawiadomiona pismem z 16 października 2020 r.
W zakresie merytorycznym sprawy organ odwoławczy podzielił ocenę organu pierwszej instancji zarówno w zakresie zastosowania przepisów prawa materialnego, w tym zwłaszcza zakwestionowania prawa do odliczenia podatku naliczonego w związku ze stwierdzeniem fikcyjnego charakteru faktur wystawionych na rzecz spółki przez wymienionych powyżej kontrahentów, jak i prawidłowości przeprowadzenia postępowania dowodowego.
Jednocześnie uznano, że zgromadzony w sprawie materiał dowodowy w postaci przedłożonej przez stronę dokumentacji podatkowej i złożonych wyjaśnień, a także wyjaśnień Wójta Gminy H., materiałów przesłanych przez Główny Urząd Geodezji i Kartografii w Warszawie w postaci fotogrametrycznych zdjęć lotniczych nieruchomości, protokołów przesłuchań podejrzanych pozyskanych z postępowań karnych, materiału zgromadzonego w toku kontroli podatkowych przeprowadzonych u kontrahentów, obejmującego m.in. protokoły przesłuchania w charakterze świadków pracowników kontrahentów, pracowników spółki oraz wspólników, pozwalał na jednoznaczne stwierdzenie, że wystawcy zakwestionowanych faktur nie byli w stanie wykonać wymienionych w nich usług, a P. Sp. z o.o., A1.Sp. z o.o. i F.H.U. N. nie dokonały na rzecz spółki dostawy towarów wykazanych w treści zakwestionowanych faktur.
Z uwagi na odmienną konstrukcję podatku dochodowego od osób prawnych za niemający istotnego znaczenia dla właściwego rozliczenia w zakresie zobowiązań w podatku od towarów i usług uznano również dowód z decyzji Naczelnika wydanych wobec spółki w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za 2015 r. i 2016 r.
Wobec powyższego Dyrektor decyzją z 28 czerwca 2023 r. nr 2401-IOV3.4103.228.2021.TSO2 utrzymał w mocy decyzję organu I instancji, odmawiając jednocześnie przeprowadzenia żądanych dowodów.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach wyrokiem z 23 lutego 2024 r., sygn. akt I SA/GI 1272/23 (prawomocnym od 29 stycznia 2025 r.) uchylił powyższą decyzję Dyrektora w związku z uwzględnieniem zarzutów skargi dotyczących wadliwego przeprowadzenia postępowania dowodowego w zakresie ustaleń co do transakcji przeprowadzonych z: P.H.U. B., B1., M., S., R., P. P.. A.S.A. oraz P2., a w konsekwencji nieuzasadnionego pozbawienia podatnika prawa do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z faktur wystawionych przez te podmioty.
W uzasadnieniu wyroku Sąd w pierwszej kolejności odniósł się do zarzutu przedawnienia stwierdzając, że w sprawie zostały spełnione wszystkie trzy przesłanki zawieszenia biegu terminu przedawnienia, tj. nastąpiło wszczęcie postępowania karnego skarbowego, postępowanie to miało związek z niewykonaniem zobowiązań, których dotyczy postępowanie, a także dopełniony został warunek zawiadomienia podatnika, o którym mowa w art. 70c O.p.
Jednocześnie WSA w Gliwicach podniósł, że (cyt.:) "wprawdzie organ odwoławczy w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji wskazał, że w sprawie nie doszło do instrumentalnego wykorzystania wszczęcia postępowania karnoskarbowego w celu zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych, to niemniej ta ocena jest niekompletna i nie mógł jej Sąd bez zastrzeżeń podzielić", a także że (cyt.:) "ani akta sprawy, ani uzasadnienie zaskarżonej decyzji nie zawierają informacji jakie i kiedy konkretnie podjęte zostały czynności dowodowe w postępowaniu karnoskarbowym. Brak też informacji, czy postępowanie karne skarbowe toczy się, czy też jest zawieszone. Jest to o tyle istotne, iż postępowanie pozostaje w fazie in rem".
Zasadniczym powodem uchylenia zaskarżonej decyzji była natomiast ocena Sądu w zakresie "naruszenia przez organy przepisów postępowania zmierzającego do ustalenia stanu faktycznego, pozwalającego na zastosowanie norm prawa materialnego", w wyniku której stwierdzono w szczególności, że "organy podatkowe powinny były każdy wniosek dowodowy złożony przez skarżącą szczegółowo przeanalizować i rozważyć, czy przeprowadzenie wnioskowanego dowodu byłoby jednak potrzebne, aby wyjaśnić wszystkie okoliczności sprawy, niezbędne dla podjęcia rozstrzygnięcia w sprawie".
W powyższym zakresie Sąd wskazał, że organ pierwszej instancji nie dopuścił wniosków dowodowych składanych w trakcie kontroli podatkowej i następnie przeprowadzonego postępowania. Z kolei Dyrektor odmówił przeprowadzenia dowodów wnioskowanych podczas postępowania odwoławczego. W ten sposób przy rozpatrywaniu sprawy całkowicie pominięto argumenty strony i jej wnioski dowodowe. Sąd zaznaczył, że odmowa uwzględnienia wniosków dowodowych mogła mieć miejsce "jedynie w sytuacji, gdy żądanie dotyczyłoby tezy dowodowej już stwierdzonej na korzyść strony lub gdyby dowód był fałszywy lub też nie pozostawał związku z badanym faktem albo dotyczył okoliczności bez znaczenia dla sprawy", natomiast przesłanką negatywną przeprowadzenia wnioskowanych dowodów nie może być "założenie z góry nieprzydatności zeznań świadków w sprawie". Odnosząc tak sformułowane zasady do niniejszej sprawy Sąd wskazał, że organy nie uwzględniły wniosków dowodowych, "pomimo iż były one na okoliczności diametralnie odmienne niż wykazane w zgromadzonym materiale dowodowym, będącym podstawą wydania rozstrzygnięcia".
W związku z powyższym Sąd stwierdził, że konieczne jest uzupełnienie materiału dowodowego.
Analogicznie, w wydanym w niniejszej sprawie wyroku z 29 stycznia 2025 r., sygn. akt I FSK 1141/24, NSA stwierdził, że organy podatkowe naruszyły przepisy postępowania poprzez odmowę przeprowadzenia wnioskowanych przez dowodów, wobec czego oddalił skargę kasacyjną wniesioną przez organ odwoławczy.
Przystępując do wykonania tego orzeczenia Dyrektor stwierdził, że w jego świetle przesądzone pozostaje spełnienie wszystkich trzech przesłanek zawieszenia biegu terminu przedawnienia, określonych na podstawie art. 70 § 6 pkt 1 O.p.
Na potrzeby rozstrzygnięcia Sąd uwzględnił, że w rozpoznawanej sprawie ustawowy, pięcioletni termin przedawnienia zobowiązań podatkowych w podatku od towarów i usług za okresy od stycznia do listopada 2015 r. przypadałby na 31 grudnia 2020 r., za okresy od grudnia 2015 r. do listopada 2016 r. na 31 grudnia 2021 r., a za grudzień 2016 r. i styczeń 2017 r. na 31 grudnia 2022 r., jednakże Naczelnik postanowieniem z 9 października 2020 r. wszczął dochodzenie w sprawie mającego miejsce w C. w okresie od stycznia 2015 r. do stycznia 2017 r. użycia przez spółkę dokumentów, w których podano nieprawdę co do okoliczności mających znaczenie prawne poprzez wykazanie w deklaracjach oraz korektach deklaracji VAT-7, złożonych za okres od stycznia 2015 r. do stycznia 2017 r. Naczelnikowi Urzędu Skarbowego w C., wartości podatku naliczonego do odliczenia wynikającego z nierzetelnych faktur VAT, tj. o przestępstwo z art. 273 w związku z art. 12 § 1 Kodeksu karnego oraz w sprawie mającego miejsce od 25 czerwca 2015 r. do 24 lutego 2017 r. w C. podania przez spółkę nieprawdy w korektach deklaracji VAT-7 oraz deklaracjach VAT-7 za okres od stycznia 2015 r. do stycznia 2017 r. poprzez wystawienie, posłużenie się i rozliczenie w rejestrach VAT za okres od stycznia 2015 r. do stycznia 2017 r. nierzetelnych faktur stwierdzających czynności, które nie zostały dokonane, co spowodowało narażenie Skarbu Państwa na uszczuplenie podatku od towarów i usług w wysokości 11.452 zł oraz narażenie na nienależny zwrot podatku od towarów i usług w wysokości co najmniej 1.170.176,00 zł, to jest na łączną kwotę co najmniej 1.181.628,00 zł należności głównej, tj. o przestępstwo z art. 56 § 2 i art. 76 § 2 oraz art. 62 § 2 Kodeksu karnego skarbowego w związku z art. 6 § 2 ww. ustawy, przy zastosowaniu art. 7 § 1 tejże ustawy.
Sąd wskazał również, że pismem z 16 października 2020 r. organ pierwszej instancji na podstawie art. 70c w związku z art. 70 § 6 pkt 1 O.p. zawiadomił spółkę, że 9 października 2020 r. bieg terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych w podatku od towarów i usług za okresy od stycznia 2015 r. do stycznia 2017 r. został zawieszony z uwagi na wszczęcie postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe związane z niewykonaniem tych zobowiązań. Ww. pismo zostało doręczone spółce 28 października 2020 r., zaś jej pełnomocnikowi - 3 listopada 2020 r.
Zauważono ponadto, że postępowanie karne skarbowe zostało objęte nadzorem Prokuratury Rejonowej w C. pod sygnaturą [...]
i - na ówczesnym etapie - pozostawało w fazie in rem.
Dokonując następnie oceny tak ustalonych okoliczności Sąd stwierdził, że muszą łącznie wystąpić trzy przesłanki, aby z mocy prawa nastąpił skutek w postaci zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania, a to:
- musi nastąpić wszczęcie postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe postanowieniem właściwego organu prowadzącego postępowanie karne skarbowe;
- powinien istnieć związek podejrzenia popełnienia przestępstwa skarbowego lub wykroczenia skarbowego, objętego ww. postanowieniem, z niewykonaniem zobowiązania, którego dotyczy przedawnienie;
- zawiadomienie podatnika o tych okolicznościach w sposób wskazany w art. 70c O.p. powinno nastąpić przez upływem terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, objętego postępowaniem podatkowym.
W niniejszej sprawie Sąd potwierdził, że wszystkie te trzy przestanki zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego zostały spełnione.
Jednocześnie podniesiono, że rozpoznając zarzut przedawnienia należy uwzględnić uchwałę składu siedmiu sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego z 24 maja 2021 r., sygn. akt I FPS 1/21, w uzasadnieniu której wskazano, że do przesłanek statuujących prawidłowość zastosowania instytucji określonej w art. 70 § 6 pkt 1 O.p. należy także brak instrumentalności wszczęcia takiego postępowania przez organ karno-skarbowy.
Sąd zauważył, że wprawdzie organ odwoławczy w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji wskazał, że w sprawie nie doszło do instrumentalnego wykorzystania wszczęcia postępowania karnoskarbowego w celu zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych, to niemniej ta ocena jest niekompletna i Sąd nie mógł jej bez zastrzeżeń podzielić.
Natomiast ani akta sprawy, ani uzasadnienie zaskarżonej decyzji nie zawierają informacji, jakie i kiedy konkretnie podjęte zostały czynności dowodowe w postępowaniu karnoskarbowym. Brak też informacji, czy postępowanie karne skarbowe toczy się, czy też jest zawieszone. Jest to o tyle istotne, że - na ówczesnym etapie sprawy - postępowanie pozostawało w fazie in rem.
Dokonując zatem oceny zasadności wszczęcia postępowania karnego skarbowego w niniejszej sprawie (wykluczenia jego "instrumentalnego" charakteru), z uwzględnieniem aktualnego etapu, Dyrektor stwierdził, że w aktach postępowania odwoławczego znajdują się liczne dokumenty pochodzące z dochodzenia prowadzonego przez Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w K. pod sygn. akt [...], zawierające opisy podejmowanych czynności i analizy, w tym w szczególności pismo z 14 lipca 2021 r., w którym finansowy organ postępowania przygotowawczego wskazał kolejno, że (cyt.:)
"w dniu 25.11.2020 r. przesłuchano w charakterze świadka J. Z., współwłaściciela Biura Rachunkowego E2. S.C., prowadzącego rachunkowość Spółki E. od czerwca 2015r. oraz pozyskano do akt protokół przesłuchania w charakterze świadka A. Z., współwłaściciela w w. Biura", "w dniu 15.12.2020r. dołączono do akt kserokopie odwołania Podatnika od decyzji Naczelnika Urzędu Skarbowego w C. nr [...] oraz kserokopie i wydruki deklaracji VAT-7 za objęty postępowaniem okres", zaś "w okresie od 22.01.2021 r. do 15.05.2021 r. przesłuchano w charakterze świadków większość osób wskazanych przez Podatnika w pismach, kierowanych do Urzędu Skarbowego w C. w ramach kontroli oraz postępowania podatkowego - łącznie 24 osoby, przesłuchano również w charakterze świadków H. S. oraz P. V., pracowników Urzędu Skarbowego w C.".
Z kolei przy piśmie z 30 marca 2022 r., tamtejszy organ przesłał dalsze dokumenty (kserokopie materiałów), zgromadzonych w aktach postępowania karnego skarbowego sygn. akt [...], w postaci protokołów przesłuchań świadków - M. K., J. S., J. J. i D. E., a także notatkę urzędową wraz z roboczymi zestawieniami ilości odpadów komunalnych, sporządzoną na okoliczność ustalenia ilości odpadów komunalnych, które miały zostać - według zeznań świadka W. L. - dostarczone do strony w latach 2015-2016.
Podjęcie szeregu czynności wyjaśniających przez finansowy organ postępowania przygotowawczego potwierdzają również materiały dotyczące postępowania sygn. akt [...], pozyskane obecnie z Prokuratury Rejonowej w C.. Wynika z nich, że w trakcie dochodzenia przesłuchano osoby, o których przesłuchanie strona wnosiła w trakcie postępowania administracyjnego, a także osoby prowadzące wobec spółki kontrole podatkowe. Ponadto do akt sprawy włączono kserokopie protokołów przesłuchań świadków, sporządzone w ramach postępowań przygotowawczych, prowadzonych wobec kontrahentów spółki oraz kserokopie wydanych w tych postępowaniach rozstrzygnięć merytorycznych.
Przesłuchanych zostało 26 osób, a ponadto do akt sprawy włączono kserokopie protokołów przesłuchań 41 świadków (ich dane osobowe wymieniono na str. 9 zaskarżonej decyzji).
Zgromadzono też inne materiały, w tym kserokopie faktur, dostarczonych przez stronę na wezwanie Naczelnika, dokumentujących odbiór odpadów komunalnych w postaci gruzu od gmin i przedsiębiorstw, wykonanych w latach 2015 i 2016. Strona dostarczyła również faktury wystawione w ww. latach, dokumentujące odbiór gruzu, które - zdaniem spółki - nie zostały uwzględnione przez organ podatkowy w obliczeniu ilości gruzu, odebranego przez spółkę w badanym okresie.
Kolejno wskazano, że celem weryfikacji informacji zawartych w zawiadomieniu o popełnieniu przestępstwa, dotyczących ilości odebranych przez spółkę odpadów komunalnych w postaci gruzu, przesłuchano w charakterze świadka R. B. - prezesa spółki w kontrolowanym okresie oraz wezwano stronę do przedstawienia dokumentów pozwalających ustalić ilość odebranych odpadów budowlanych, w tym gruzu. Na podstawie tak pozyskanych dokumentów sporządzono zestawienie faktur dokumentujących odbiór odpadów komunalnych - budowlanych od gmin i firm, dokonując stosownych obliczeń na podstawie przyjętego wskaźnika wagi jednego metra sześciennego gruzu.
Wszystkie zgromadzone w powyższy sposób materiały dowodowe zostały następnie poddane szczegółowej analizie.
Postępowanie prowadzone przez Prokuraturę Rejonową w C. pod sygn. akt [...] (po zmianie: [...]), o którym mowa powyżej, zostało zakończone w ten sposób, że: postanowieniem Prokuratora tamtejszej Prokuratury z 27 maja 2024 r., sygn. akt [...] (prawomocnym od 27 maja 2024 r.) postępowanie to zostało częściowo umorzone na podstawie art. 17 § 1 Kodeksu postępowania karnego, w części dotyczącej m.in. uwzględnienia przez spółkę podatku naliczonego, wynikającego z nierzetelnych faktur, wystawionych przez P.H.U. B. K. D., B1. Sp. z o.o., M., [...] S. C., P.H.U. R1., P.H.U. H., A.S.A. E1. Sp. z o.o., a także P. Sp. z o.o. oraz A1.Sp. z o.o., z uwagi na brak danych dostatecznie uzasadniających podejrzenie popełnienia czynu, przy jednoczesnym stwierdzeniu, że z uwagi na upływ czasu nie było już możliwości zweryfikowania wykonania usług, których dotyczyły kwestionowane faktury, oraz że upływ czasu miał również znaczenie dla możliwości weryfikacji zeznań przesłuchanych świadków, którzy często nie pamiętali szczegółów zdarzeń, a ich zeznania nie dawały podstaw, aby uznać je za niewiarygodne,
W pozostałej części, dotyczącej uwzględnienia przez spółkę faktur wystawionych przez F.H.U. N., Prokuratura Rejonowa w C. 29 maja 2024 r. wniosła akt oskarżenia, sygn. akt [...], oskarżając K. B. o to, że w okresie od 5 stycznia 2016 r. do 31 marca 2016 r., działając w krótkich odstępach czasu w wykonaniu z góry powziętego zamiaru, zajmując się sprawami gospodarczymi przedsiębiorstwa E. Sp. z o.o., podał dane niezgodne ze stanem rzeczywistym, wprowadzając w błąd Naczelnika Urzędu Skarbowego w C. poprzez ujęcie w rejestrach zakupów VAT dwóch nierzetelnych faktur, niedokumentujących rzeczywistych zdarzeń gospodarczych, wystawionych przez ww. podmiot, i przyjęcie wynikającej z nich wartości podatku naliczonego w korekcie deklaracji za styczeń 2016 r., co doprowadziło do narażenia Skarbu Państwa na nienależny zwrot podatku w kwocie 11.053,80 zł. Po rozpoznaniu tej sprawy Sąd Rejonowy w C. wyrokiem z 25 czerwca 2024 r., sygn. akt [...], uznał oskarżonego za winnego popełnienia zarzucanych mu czynów i wymierzył mu karę grzywny. Wyrok ten jest prawomocny od 3 lipca 2024 r.
Organ odwoławczy, mając na uwadze ilość i zakres podejmowanych czynności w postępowaniach przygotowawczych prowadzonych przez odpowiednie organy, a także skalę nieprawidłowości oraz wielkość uszczuplenia podatkowego, na jaki Skarb Państwa został narażony w związku z uwzględnieniem przez stronę kwestionowanych faktur, stwierdził, że wszczęcie postępowania karnego skarbowego było w pełni uzasadnione i nie miało pozornego, instrumentalnego charakteru w rozumieniu uchwały NSA z 24 maja 2021 r., sygn. akt I FSP 1/21. Jego celem było zastosowanie odpowiedniej reakcji prawnokarnej na zaistniałe zdarzenia, a nie tylko i wyłącznie zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego.
Jednocześnie zaakcentowano, że trudno mówić o instrumentalnym wykorzystaniu przez organ podatkowy postępowania karnego, gdy czynności dokonuje prokurator - czyli organ, który nie jest instytucjonalnie powiązany z organem prowadzącym postępowanie (por. wyrok NSA z 24 maja 2022 r., sygn. akt II FSK 280/22). W ramach badania instrumentalnego charakteru wszczęcia i prowadzenia postępowania karnego skarbowego, o którym mowa w tejże uchwale, nie mieści się natomiast ocena zasadności działań podejmowanych przez Prokuratora w ramach prowadzonego postępowania karnego skarbowego (por. wyrok WSA we Wrocławiu z 9 listopada 2023 r., sygn. akt I SA/Wr 120/23).
Wobec powyższego stwierdzono, że 9 października 2020 r., bieg terminu przedawnienia zobowiązań spółki w podatku od towarów i usług za okres od stycznia 2015 r. do stycznia 2017 r. uległ skutecznemu zawieszeniu na podstawie art. 70 § 6 pkt 1 O.p. Okres zawieszenia na tej podstawie trwał do 27 maja 2024 r. (a w zakresie zobowiązania za styczeń 2016 r. - do 3 lipca 2024 r.) Przed upływem tak określonego terminu, tj. 11 sierpnia 2023 r., strona wniosła skargę do WSA w Gliwicach na decyzję Dyrektora z 28 czerwca 2023 r., co stanowi przesłankę zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązań za ww. miesiące na podstawie art. 70 § 6 pkt 2 O.p., zgodnie z którym bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego nie rozpoczyna się, a rozpoczęty ulega zawieszeniu, z dniem wniesienia skargi do sądu administracyjnego na decyzję dotyczącą tego zobowiązania. Odpis prawomocnego wyroku WSA w Gliwicach z 23 lutego 2024 r., sygn. akt I SA/GI 1272/23, został doręczony organowi 10 czerwca 2025 r. Stosownie do art. 70 § 7 pkt 2 O.p. od tego dnia rozpoczął się zatem dalszy bieg terminu przedawnienia przedmiotowych zobowiązań.
W dalszych wywodach zaskarżonej decyzji Dyrektor stwierdził, że w świetle wyrażonej w art. 127 O.p. zasady dwuinstancyjności postępowania, na obecnym etapie postępowania niedopuszczalne jest wykonanie wyroku Sądu w pozostałej części.
Z uwagi bowiem na ilość dowodów i zakres materiału dowodowego, o jaki należy - według Sądu - uzupełnić akta sprawy, uzasadnione jest stwierdzenie, że rozstrzygnięcie sprawy wymaga uprzedniego przeprowadzenia postępowania dowodowego w znacznej części. Wypełnia to hipotezę art. 233 § 2 O.p., zobowiązując organ odwoławczy do uchylenia zaskarżonej decyzji i przekazania sprawy do ponownego rozpatrzenia przez organ pierwszej instancji.
Celem wykonania zaleceń i wytycznych Sądu należy w szczególności dopuścić dowód z przesłuchania w charakterze świadka K. B., który jako wiceprezes spółki posiadał szczegółową wiedzę na temat zapotrzebowania na paliwo pojazdów użytkowanych przez stronę co - jak wynika z wyroku - jest okolicznością istotną dla oceny faktur wystawionych przez [...].
Jako dowody w sprawie powinny być też dopuszczone ostateczne decyzje wydane wobec spółki w sprawie rozliczenia podatku dochodowego od osób prawnych, tj. decyzja Naczelnika Urzędu Skarbowego w J. z 30 marca 2023 r. nr [...], umarzająca postępowanie podatkowe w sprawie rozliczenia podatku dochodowego od osób prawnych za 2015 r. oraz decyzja tamtejszego organu z 30 marca 2023 r. nr [...], określająca wysokość zobowiązania spółki w podatku dochodowym od osób prawnych za 2016 r. w kwocie 175.066 zł.
Czynności sprawdzające w zakresie podatku dochodowego zostały bowiem podjęte w związku z ustaleniami dokonanymi przez Naczelnika Urzędu Skarbowego w C. w niniejszej sprawie, dotyczącymi podatku od towarów i usług za okresy od stycznia 2015 r. do stycznia 2017 r., wskazującymi, że faktury wystawione na rzecz spółki przez firmy: P.H.U. B., B1., M., P. P., a także [...] oraz A1. są nierzetelne.
W powyższym zaś zakresie Sąd zaakcentował dokonanie przez Naczelnika Urzędu Skarbowego w J1. całkowicie odmiennej oceny. Zdaniem tamtejszego organu nie było bowiem wystarczających podstaw do zakwestionowania wydatków poniesionych na podstawie faktur wystawionych w 2015 r. przez: P.H.U. B. K. D., B1 Sp. z o.o., M., P. P. P. F., a także P. Sp.z o.o. oraz A1.Sp. z o.o. jako kosztów uzyskania przychodów, co skutkowało umorzeniem postępowania w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za 2015 r. na podstawie art. 208 § 1 O.p. z uwagi na jego bezprzedmiotowość. Natomiast w zakresie rozliczenia podatku dochodowego od osób prawnych za 2016 r. zakwestionowano jedynie faktury wystawione przez firmę N..
Powyższe rozstrzygnięcia mają zaś w niniejszej sprawie istotne znaczenie w świetle art. 194 § 1 O.p., gdyż dotyczą de facto tych samych kontrahentów i transakcji, przez co, pomimo odmiennej konstrukcji podatku dochodowego od osób prawnych, zostały przez Sąd uznane za dowody istotne, w sensie przyczynienia się do wyjaśnienia sprawy i niezbędne do ustalenia stanu faktycznego.
W związku z powyższym za niezbędne dla prawidłowego rozstrzygnięcia sprawy Sąd uznał uzupełnienie materiału dowodowego o wspomniane wyżej ostateczne decyzje, a także: przesłuchanie w charakterze świadków R. B., K. B., P. P., P. K., M. D., Z. P., S. O., J. O., W. B., L. Z. i W. S. na okoliczność ustalenia, czy dokonywali zakupów paliwa do samochodów skarżącej, jak często, w jakich porach, w jakich ilościach i na jakich stacjach paliw, jakie pojazdy i maszyny tankowali, w jaki sposób i czym płacili, pismo Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w W. z 8 września 2022 r. i pismo Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w K1, z 9 września 2022 r. (na okoliczność transakcji sprzedaży paliwa przez A1.Sp. z o.o.), dowód z aktu oskarżenia skierowanego do Sądu Rejonowego w C. przeciwko K. D. (postępowanie nadzorowane przez Prokuraturę Rejonową w C., sygn. akt [...]), dowód z wyroku Sądu Rejonowego w C. z 5 stycznia 2023 r., sygn. akt [...], dotyczącego M. Z., postanowienie z 13 grudnia 2021 r. o umorzeniu dochodzenia w sprawie prowadzonej przez Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego o sygn. akt [...] (na okoliczność faktur wystawionych przez S.), postanowienie o umorzeniu postępowania przeciwko J. K. prowadzonego przez Prokuraturę Rejonową w C. pod sygn. akt [...] (na okoliczność faktur wystawionych przez R.), postanowienie o umorzeniu śledztwa z 29 czerwca 2022 r. prowadzonego przez Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w sprawie o sygn. akt [...] i [...] (na okoliczność faktur wystawionych przez R.), decyzję organu pierwszej instancji z 20 czerwca 2023 r. nr [...] [...], wydaną wobec S. C., a także decyzję organu pierwszej instancji (prawidłowo: decyzję organu odwoławczego) z 30 września 2021 r., nr [...], wydaną dla R..
Ponadto, mając na uwadze okoliczności, które spółka chce udowodnić i ich znaczenie dla rozstrzygnięcia sprawy, Sąd zobowiązał organ podatkowy do tego, aby jeszcze raz każdy wniosek dowodowy strony szczegółowo przeanalizować i rozważyć, czy przeprowadzenie wnioskowanego dowodu jest potrzebne, aby wyjaśnić wszystkie okoliczności sprawy, niezbędne dla podjęcia prawidłowego rozstrzygnięcia w sprawie.
W związku z powyższym ponownie rozpoznając sprawę należy dokonać oceny w zakresie potrzeby przeprowadzenia dowodów, o które strona wnioskowała w toku kontroli podatkowych oraz postępowania przed organem pierwszej instancji, a następnie w odwołaniu z 6 lutego 2020 r., dotyczące:
- przesłuchania w charakterze świadków M. Z., R. G., A. G., M. K., J. P. i P. K. na okoliczność potwierdzenia wykonania usług transportu odpadów przez firmę M. Z. w 2015 r. (wniosek z 4 czerwca 2019 r.),
- przeprowadzenia wizji lokalnej przy ul. [...] oraz nr [...] w C. na okoliczność odpowiednio: składowania gruzu, oszacowania jego ilości, załadunku gruzu przez koparki, dojazdu do posesji oraz załadunku i rozładunku odpadów, składowania odpadów, jakie odpady są składowane, w jak i sposób odbywa się załadunek i rozładunek odpadów (wniosek z 10 czerwca 2019 r.),
- przesłuchania w charakterze świadków: D. B., A. S., S. B., T. L., D. K., T. P., J. P., S. O., K. T. i W. W. (wniosek z 18 czerwca 2019 r.),
- przesłuchania osób reprezentujących spółkę tj. prezesa zarządu R. B. i wiceprezesa zarządu K. B. (wniosek z 27 czerwca 2019 r.),
- dowodów dotyczących "negowanych przez organ transakcji z firmą M." (wniosek z 13 września 2019 r.),
- dowodów dotyczących "negowanych przez organ transakcji z firmą PHU S2." (wniosek z 27 września 2019 r.),
- dowodów "w związku z udzielonymi odpowiedziami organu do zastrzeżeń wniesionych przez spółkę w zakresie ustaleń dotyczących gruzu i ich wyliczeń" (wniosek z 4 grudnia 2019 r.).
Takiej samej ocenie należy poddać wnioski dowodowe złożone przez stronę w toku postępowania odwoławczego, dotyczące: włączenia kopii protokołów przesłuchań świadków w postępowaniu karnym skarbowym prowadzonym przez Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w K. pod sygn. akt [...] - wnioski z: 30 kwietnia 2021 r. 14 czerwca 2021 r., 30 sierpnia 2021 r., 8 listopada 2021 r., 5 stycznia 2022 r., 7 stycznia 2022 r., w których wskazano świadków: A. W., W. W., T. L., M. B., P. F., K. T., A. G., R. G., M. Z., K. B., D. B., A. S., D. K., S. O., S. B., T. P., F. C., R. B., E. P.("z Urzędu gminy W1."), Z. W.("z Urzędu gminy I."), J. M. ("z Urzędu gminy S."), G. P.("z firmy S3."), J. P. oraz W. L.,
- włączenia "materiałów z postępowania karnego skarbowego prowadzonego przez Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w K. (sygn. akt: [...]) pozostających w związku z kwestionowanymi transakcjami" pomiędzy spółką a [...]. C., w tym "w szczególności o włączenie postanowienia o umorzeniu dochodzenia z dnia 13 grudnia 2021 r." oraz przesłuchania S. C. na okoliczność "faktu wykonania na rzecz E. Sp. zo .o. przez [...]. C. zakwestionowanych przez organ transakcji" - wniosek z 21 lutego 2022 r.,
- dopuszczenia dowodów (cyt.:) "poprzez zwrócenie się przez tut. Organ do Prokuratury Rejonowej w C. o wydanie kopii protokołów przesłuchań wszystkich świadków w toku postępowania karnego prowadzonego przez w/w Organ oraz postanowienie o umorzeniu postępowania pod sygn. akt [...] w sprawie z zawiadomienia o możliwości popełnienia przestępstwa przez J. K., które zostało złożone przez Naczelnika Urzędu Skarbowego w C." - wniosek z 27 października 2022 r.,
- dopuszczenia dowodów (cyt.:) "poprzez zwrócenie się do Naczelnika Urzędu Skarbowego w J1. (...) w postaci przesłuchania świadka S. C., który to został przesłuchany w dniu 30 listopada 2022 r. w związku z postępowaniem podatkowym numer: [...] na okoliczność wykonania usług na rzecz E. Sp. z o.o." - wniosek z 5 stycznia 2023 r.,
- dopuszczenia dowodu z załączonego do pisma aktu oskarżenia przeciwko D. D. i K. D. w sprawie sygn. akt [...] na okoliczność (cyt.:) "wykonania kwestionowanych usług przez Urząd Skarbowy w C., posiadania odpowiedniego zaplecza technicznego i współpracy z podmiotami, oraz zarzutów jakie początkowo skierował Urząd Skarbowy w C. (w zawiadomieniu o możliwości popełnienia przestępstwa) wobec PHU B. K. D. i B1 sp. z o.o., którym początkowo zarzucano posługiwanie się fikcyjnymi fakturami wystawionymi na rzecz firmy E. Sp.zo.o - po czym, w toku postępowania przygotowawczego prowadzonego pod nadzorem Prokuratury Rejonowej w C. sygn. akt: [...] przesłuchano szereg świadków i organ prowadzący postępowanie doszedł do wniosku, iż z materiału dowodowego wynika, że zgromadzone materiały dowodowe odnośnie fakturowanych usług przez firmę PHU B. K. D. oraz B1. sp. z o.o. na rzecz E. sp. z o.o nie dały podstaw do kwestionowania ich realnego charakteru - wniosek z 30 stycznia 2023 r.,
- przeprowadzenia dowodu z "kopii decyzji w sprawie rozliczenia podatku dochodowego od osób prawnych za 2015 rok" oraz "kopii decyzji w sprawie rozliczenia podatku dochodowego od osób prawnych za 2016 rok" - wnioski z 31 marca 2023 r., do których załączono kopię decyzji Naczelnika Urzędu Skarbowego w J1. z 30 marca 2023 r. nr [...], umarzającej postępowanie w sprawie podatku dochodowego od osób prawnych za 2015 r., a także nr [...], określającą wysokość zobowiązania spółki w podatku dochodowym od osób prawnych za 2016 r., a także przeprowadzenie dowodu z "kopii protokołu badania ksiąg w sprawie rozliczenia podatku dochodowego od osób prawnych za 2016 rok" - wniosek z 25 kwietnia 2023 r., do którego załączono protokół badania ksiąg z 13 stycznia 2023 r.
Natomiast odmowa przeprowadzenia dowodu dopuszczalna jest tylko wtedy, gdy dana okoliczność nie pozostaje w związku z przedmiotem sprawy, została dowiedziona innymi środkami dowodowymi lub jest bezsporna. Także strona postępowania korzystając ze swoich uprawnień może na potwierdzenie stawianych tez zgłaszać i przedstawiać organowi żądania przeprowadzenia dowodów. Spoczywający bowiem na organie obowiązek zebrania i wyczerpującego rozpatrzenia całego materiału dowodowego oznacza nakaz przeanalizowania wszystkich zebranych dowodów.
Dopiero przeprowadzenie tak zdefiniowanej przez Sąd oceny zasadności przeprowadzenia wnioskowanych dowodów pozwoli na stwierdzenie braku zaniechań po stronie organów w zakresie nieuwzględnienia wniosków dowodowych strony, a w konsekwencji rzetelne ustalenie stanu faktycznego sprawy w oparciu o pełny materiał dowodowy, bez naruszenia zasady swobodnej oceny dowodów, wyrażonej w art. 191 O.p.
Wobec wyrażonych przez Sąd wątpliwości, należy również ponownie dokonać wyliczenia zużycia paliwa przez samochody specjalne i maszyny, użytkowane przez spółkę (do której to kwestii odnosi się sporządzona na zlecenie spółki ocena techniczna biegłego sądowego mgr inż. A. S. dotycząca litrażowania).
Mając zatem na uwadze wiążący charakter wydanego w niniejszej sprawie wyroku Dyrektor stwierdził, że w toku ponownego rozpoznania sprawy należy uzupełnić materiał dowodowy o dowody szczegółowo wymienione w ww. wyroku, a to:
- ostateczne decyzje Naczelnika wydane wobec w sprawie rozliczenia podatku dochodowego od osób prawnych za 2015 r. i 2016 r., o włączenie strona dodatkowo wniosła pismem z 25 lipca 2025 r., wskazując przy tym, że (cyt.:) "Naczelny Sąd Administracyjny w Warszawie wyroku z dnia 28 stycznia 2025 r. I FSK 1141/24 wydanym w niniejszej sprawie wskazał, że tut. organ powinien dołożyć wszelkich starań aby postępowanie przeprowadzić w sposób określony przez Sąd, który nakazał uzupełnić materiał dowodowy m.in. o ww. decyzje",
- przesłuchanie w charakterze świadków: R. B., K. B., P. P., P. K., M. D., Z. P., S. O., J. O., W. B., L. Z. i W. S. na okoliczność ustalenia, czy dokonywali zakupów paliwa do samochodów spółki, jak często, w jakich porach, w jakich ilościach i na jakich stacjach paliw, jakie pojazdy i maszyny tankowali, w jaki sposób i czym płacili,
- pisma Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w W. z 8 września 2022 r. i pisma Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w K1. z 9 września 2022 r. (na okoliczność transakcji sprzedaży paliwa przez A1.Sp. z o.o.),
- dowód z aktu oskarżenia skierowanego do Sądu Rejonowego w C. przeciwko K. D. (postępowanie nadzorowane przez Prokuraturę Rejonową w C., sygn. akt [...]),
- dowód z wyroku Sądu Rejonowego w C. z 5 stycznia 2023 r., sygn. akt [...], dotyczącego M. Z.,
- postanowienie z 13 grudnia 2021 r. o umorzeniu dochodzenia w sprawie prowadzonej przez Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego o sygn. akt [...] (na okoliczność faktur wystawionych przez S.), postanowienie o umorzeniu postępowania przeciwko J. K., prowadzonego przez Prokuraturę Rejonową w C. w sprawie o sygn. akt [...] (na okoliczność faktur wystawionych przez R.),
- postanowienie o umorzeniu śledztwa z 29 czerwca 2022 r. prowadzonego przez Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w sprawie o sygn. akt [...] [...] (na okoliczność faktur wystawionych przez R.),
- decyzję organu pierwszej instancji z 20 czerwca 2023 r., znak: [...]- [...], wydaną wobec S. C.,
- decyzję organu pierwszej instancji (prawidłowo: decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Katowicach) z 30 września 2021 r., znak: [...], wydaną dla R., a także
- zawnioskowane przez stronę w piśmie procesowym z 19 lutego 2024 r. dowody: oceny techniczne nr [...] i [...], wykonane przez rzeczoznawcę mgr. inż. A. S. oraz przedstawione na rozprawie dodatkowe dowody w postaci analizy z 20 lutego 2024 r. wagi 1 m 3 gruzu budowlanego ze względu na skład oraz analizy dokumentacji fotograficznej z 22 lutego 2024 r.
Po uzupełnieniu materiału dowodowego w tak określonym zakresie należy ocenić cały zgromadzony materiał dowodowy, wskazać szczegółowo dowody, którym organ dał wiarę, a którym dowodom odmówił wiarygodności ze wskazaniem przyczyn takiego stanu rzeczy, a następnie przedstawić dokonane ustalenia w prawidłowo sporządzonym uzasadnieniu decyzji.
Dla uniknięcia zarzutu braku przeprowadzenia wyczerpującego postępowania dowodowego, w analogiczny sposób należy też rozpatrzyć wnioski dowodowe, złożone w toku obecnie prowadzonego postępowania, a to:
- wniosek z 11 lipca 2025 r. dotyczący przeprowadzenia dowodu z (cyt.:) "dokumentów w postaci faktur dokumentujących odbiór odpadów komunalnych w postaci gruzu od gmin i przedsiębiorstw w latach 2015-2016 celem wykazania, że w latach 2015-2016 spółka odebrała od gmin i przedsiębiorstw wystarczającą ilość odpadów budowlanych aby zlecić swoim kontrahentom odbiór 18 645 ton gruzu", a także
- wniosek z 18 lipca 2025 r. dotyczący dopuszczenia i przeprowadzenia dowodu z (cyt.:) "dokumentu urzędowego w postaci decyzji Naczelnika Urzędu Skarbowego w C. z dnia 30 czerwca 2025 r., w której organ ten stwierdził, że faktury wystawione przez B1. sp. z o.o. dokumentujące sprzedaż usług na rzecz E. Sp. z o.o., a także Pana S. C. są rzetelne tzn. dokumentują rzeczywiste zdarzenia gospodarcze".
Nie zachodzi natomiast potrzeba ponownego przeprowadzenia analizy transakcji udokumentowanymi fakturami wystawionymi przez F.H.U. N., w związku z wiążącym organ i Sąd prawomocnym wyrokiem skazującym Sądu Rejonowego w C. z 25 czerwca 2024 r., sygn. akt [...]
Oczywista i bezsporna jest również kwestia nieprawidłowego rozliczenia przez stronę faktury VAT z 18 listopada 2016 r. wystawionej na rzecz P.P.H.U. E. s.c. K. B. R. B..
W świetle powyższego, uwzględniając ocenę prawną wyrażoną w wyrokach prawidłowe rozstrzygnięcie w niniejszej sprawie wymaga uprzedniego zgromadzenia dodatkowego materiału dowodowego. Ocenie należy również poddać wnioski dowodowe pod kątem ich przydatności dla dokonania prawidłowych ustaleń faktycznych w sprawie.
W skardze na powyższą decyzję, wniesionej do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gliwicach, reprezentujący skarżącą adwokat, zarzucił naruszenie:
1. art. 208 § 1 w zw. z art. 70 § 6 pkt 1 O.p. polegające na wydaniu decyzji w sytuacji, gdy postępowanie stało się bezprzedmiotowe z uwagi na to, że zobowiązania podatkowe, których dotyczy są przedawnione, a wszczęte postępowanie w sprawie o przestępstwo skarbowe nie doprowadziło do zawieszenia biegu terminu przedawnienia, ze względu na to, że miało instrumentalny charakter o czym świadczy najdobitniej fakt, że postępowanie przygotowawcze zostało umorzone i nie przekształciło się w fazę in personam;
2. art. 153 p.p.s.a poprzez zaniechanie dokonania czynności dowodowych nakazanych w wyroku z 23 lutego 2024 r., a także dokonanie własnej oceny prawnej co do skuteczności zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych stanowiących przedmiot niniejszego postępowania w sposób sprzeczny z oceną prawną dokonaną w wyroku WSA w Gliwicach z 23 lutego 2024 r., sygn. akt I SA/GI 1272/23, a także w wyroku NSA z 29 stycznia 2025 r., sygn. akt I FSK 1141/24 oraz w uchwale NSA z 14 kwietnia 2025 r.
3. art. 229 O.p. poprzez zaniechanie przeprowadzenia postępowania dowodowego i przeprowadzenia uzupełniająco dowodów z dokumentów wskazanych w wyroku WSA w Gliwicach, a także we wnioskach dowodowych składanych przez skarżącego pismami z 11 Iipca 2025 r., 25 lipca 2025 r., 1 sierpnia 2025 r. i 8 sierpnia 2025 r., co miało istotny wpływ na wynik sprawy ponieważ doprowadziło do braków w ustaleniach faktycznych stanowiących podstawę w zaskarżonej decyzji w zakresie ustalenia rzetelności faktur stanowiących przedmiot niniejszego postępowania.
Wobec tak sformułowanych zarzutów wniesiono o uchylenie zaskarżonej decyzji oraz decyzji Naczelnika Urzędu Skarbowego w C. z 14 stycznia 2020 r. nr [...] i umorzenie postępowania, ewentualnie uchylenie zaskarżonej decyzji i przekazanie sprawy do ponownego rozpatrzenia organowi drugiej instancji.
W uzasadnieniu skargi podniesiono, że wbrew wywodom zawartym w zaskarżonej decyzji, organ odwoławczy nie zastosował się do oceny prawnej dokonanej przez WSA. Sąd ten nie przesądził, że w sprawie zostały spełnione wszystkie przesłanki zawieszenia biegu terminu przedawnienia. Sąd przywołał ustawowe przesłanki skutecznego zawieszenia biegu terminu przedawnienia oraz przesłankę dodatkową polegającą na braku instrumentalności wszczęcia postępowania karnego, nakazując organowi przeprowadzenie oceny ich wystąpienia przez pryzmat okoliczności faktycznych występujących w sprawie, których organ nie zawarł w zaskarżonej decyzji. Co istotne, po wydaniu przez WSA wspomnianego orzeczenia, Prokuratura Rejonowa w C. umorzyła postępowania karne nie przedstawiając nikomu zarzutów związanych z fakturami stanowiącymi przedmiot niniejszej sprawy. Organ drugiej instancji w zaskarżonej decyzji nie odniósł się do kwestii przyczyn tego umorzenia i jego skutków dla oceny instrumentalnego wszczęcia postępowania karnego. W zaskarżonej decyzji, pomimo przywołanych w niej czynności podjętych w ramach postępowania przygotowawczego, nie ma odpowiedzi na pytanie, dlaczego postępowanie karne zostało umorzone, nie ma jakiejkolwiek szczegółowej oceny prawnej w tym zakresie, a ma to diametralne znaczenie dla ustalenia czy wszczęcie postępowania karnego miało charakter instrumentalny. Z kończącego trwającego blisko cztery lata dochodzenia postanowienia wynika wprost, że wszczęcie tego postępowania było nieuzasadnione, a w sprawie brak jest danych uzasadniających podejrzenie popełnienia czynu (art. 17 § 1 pkt 1 k.p.k.). Z postanowienia tego w sposób jednoznaczny wynika, że wszczęcie postępowania przygotowawczego miało wyłącznie na celu zawieszenie biegu terminu przedawnienia, a nie pociągnięcie osób do odpowiedzialności karnej. Ta kwestia i ocena prawna została całkowicie pominięta w zaskarżonej decyzji, podczas gdy dokument wydany przez Prokuraturę Rejonową w C. potwierdza, że faktury objęte przedmiotem sporu są rzetelne, a wszczęcie tego postępowania na kilkadziesiąt dni przed upływem terminu przedawnienia miało wyłącznie instrumentalny charakter. Nikomu bowiem nie przedstawiono zarzutów w związku z fakturami, których dotyczy niniejsze postępowanie. Co więcej, NSA w wydanym w tej sprawie wyroku zwrócił uwagę, że w zostanie wydana uchwała, od której zależeć będzie wynik niniejszej sprawy. Kwestia ta została całkowicie pominięta w zaskarżonej decyzji, podczas gdy 14 kwietnia 2025 r. w sprawie o sygn. akt I FSK 1078/24 NSA wydał uchwałę, w której uznał, że: ..Umorzenie postępowania karnego skarbowego z powodu stwierdzenia braku znamion czynu zabronionego, może stanowić przesłankę bezskuteczności zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, o którym mowa w art. 70 $ 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej. Zdaniem składu siedmiu sędziów NSA celem wyrażenia kompleksowej i całościowej oceny zarzutu w przedmiocie instrumentalności zastosowania w sprawie art. 70 § 6 pkt 1 w związku z art. 70c O.p. konieczne jest skonfrontowanie z sobą wielu przesłanek, co całkowicie pominięto w niniejszej sprawie. W zaskarżonej decyzji brak jest skonfrontowania umorzenia postępowania karnego z obrazem kształtowanym przez zestawienie ze sobą dat: powstania zobowiązania podatkowego, wszczęcia i zakończenia kontroli podatkowej, wydania decyzji pierwszoinstancyjnej oraz utrzymującej ją w mocy decyzji organu odwoławczego - w świetle następującego po tym wszczęcia postępowania w sprawie karnej skarbowej związanej z niewykonaniem tego zobowiązania oraz przewidywanego upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego.
Po drugie, całokształt powyższych okoliczności należy przedstawić w kontekście roli, jaką zawieszenie biegu terminu przedawnienia, na które powołuje się organ w konsekwencji zastosowania w sprawie art. 70 § 6 pkt 1 w związku z art. 70c o.p. oraz art. 70 § 6 pkt 2 i pkt 4 O.p., odegrać miało dla nieziszczenia się skutku przedawnienia zobowiązania podatkowego. Istotne w tym względzie pozostaje ustalenie okresów, w jakich bieg tego terminu ulec miał zawieszeniu w kontekście wszczęcia postępowania karnego skarbowego (art. 70 § 6 pkt 1 w związku z art. 70c O.p.), doręczenia zarządzenia zabezpieczenia (art. 70 § 6 pkt 4 O.p.) oraz wniesienia skargi do sądu administracyjnego na decyzję dotyczącą tego zobowiązania (art. 70 § 6 pkt 2 O.p.).
Dopiero powyższe ustalenia umożliwią organom dokładne wyjaśnienie rzeczywistego wpływu wszczęcia postępowania karnego skarbowego na bieg terminu przedawnienia.
Ostateczny obraz powyższych rozważań zwieńczony winien zostać wyjaśnieniem czy, zdaniem organów, dla zastosowania w sprawie art. 70 § 6 pkt 1 w związku z art. 70c O.p. znaczenie miała okoliczność, związana z zabezpieczeniami dokonanymi w trybie ustawy o postępowaniu egzekucyjnym w administracji.
Dopiero kompleksowa ocena wyrażona w tym przedmiocie przez organy podatkowe, stać się może podstawą kontroli sądowej. Tymczasem w uzasadnieniu zaskrzonej decyzji ww. okoliczności, wskazane także w uchwale NSA z 14 kwietnia 2025 r., nie zostały omówione, co uniemożliwia kontrolę sądową tego rozstrzygnięcia. Istotne jest także, iż decyzja Naczelnika Urzędu Skarbowego w C. została wydana 14 stycznia 2020 r., zaś postanowienie Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w K. - 9 października 2020 r. Zawiadomienie w tym zakresie zostało skutecznie doręczone spółce 28 października 2020 r., a jej pełnomocnikowi 3 listopada 2020 r. Wszczęcie postępowania karno-skarbowego nastąpiło zatem na około 58 dni przed przedawnieniem karalności, mimo że postępowanie podatkowe zostało wszczęte dużo wcześniej. Już wówczas organ podatkowy miał wiedzę, że faktury przyjęte i wystawione przez spółkę są lub mogą być nierzetelne. W tym miejscu podkreślono, że – jak wynika z uchwały NSA - organ powinien wyjaśnić w uzasadnieniu decyzji, iż postępowanie podatkowe jest prowadzone w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych, a więc wykazać brak instrumentalnego wykorzystania środka, o którym mowa wart. 70 § 6 pkt 1 O.p.
W niniejszej sprawie postępowanie karno-skarbowe zostało umorzone, nie przekształciło się w fazę ad personam i nie został wniesiony akt oskarżenia w zakresie faktur stanowiących przedmiot sporu. Dochodzenie w tej sprawie nie zostało zatem wszczęte w celu realizacji jego podstawowej funkcji - ścigania i ukarania sprawcy, a więc wszczęto je instrumentalnie. W konsekwencji, skoro nie doszło do zawieszenia biegu terminu przedawnienia, to należy uchylić decyzje organów obu instancji i umorzyć postępowanie.
W dalszych wywodach skargi odwołano się do zasady związania organów administracji publicznej oceną prawną przedstawioną w prawomocnym wyroku. W jej świetle zauważono, że dowody wskazane przez WSA są w większości dowodami z dokumentów. Nie są więc skomplikowane ani czasochłonne do przeprowadzenia. Co więcej, z dowodów tych wynika jednoznacznie, że faktury stanowiące przedmiot niniejszej sprawy nie były nierzetelne, a transakcje nie były fikcyjne. Najlepszym potwierdzeniem tej tezy jest fakt, że 30 czerwca 2025 r. Naczelnik Urzędu Skarbowego w C. (organ I instancji w niniejszej sprawie) wydał decyzję w stosunku do B1. sp. z o.o., w której uznał faktury stanowiące przedmiot niniejszego sporu wystawione przez ten podmiot na rzecz skarżącego za rzetelne. Dodatkowo uznał także za rzetelne faktury wystawione przez S. C.. Decyzja ta jest na dzień wniesienia skargi ostateczna w zakresie ww. faktur, a zatem wiąże organ odwoławczy. Skarżący złożył wniosek dowodowy w tym zakresie, jednak dowód ten nie został przeprowadzony, czym organ drugiej instancji naruszył art. 229 O.p., a także wskazania zawarte w prawomocnym wyroku.
Ze wspomnianego art. 229 O.p. wynika, że wydanie decyzji kasacyjnej jest dopuszczalne wyłącznie, gdy postępowanie przeprowadzone przez organ I instancji wymaga powtórzenia w całości lub w znacznym zakresie.
Tymczasem w niniejszej sprawie wystarczyło dopuścić dowody z dokumentów, w tym wskazane przez Sąd, a także z decyzji Naczelnika Urzędu Skarbowego w C. z 30 czerwca 2025 r., aby ustalić na ich podstawie, że faktury stanowiące przedmiot niniejszego postępowania są rzetelne i dokumentują faktyczne transakcje gospodarcze. Uchylenie decyzji przez organ drugiej instancji w istocie naraża skarżącą na dodatkowe straty i szkody wynikające z braku możliwości prowadzenia działalności operacyjnej.
Organ odwoławczy nie wykonał zaleceń sądów obu instancji, a także nie rozpatrzył wniosków dowodowych strony z 11 i 25 lipca 2025 r. oraz 1 i 8 sierpnia 2025 r.
Wnioski te dotyczyły odpowiednio przeprowadzenia następujących dowodów:
1. z faktur dokumentujących odbiór odpadów komunalnych w postaci gruzu od gmin i przedsiębiorstw w latach 2015-2016 celem wykazania, że w latach 2015-2016 skarżąca odebrała od gmin i przedsiębiorstw wystarczającą ilość odpadów budowlanych, aby zlecić swoim kontrahentom odbiór 18.645 ton gruzu,
2. z dokumentów urzędowych w postaci ostatecznych decyzji Naczelnika Urzędu Skarbowego w J1. z 30 marca 2023 r. nr [...], [...] wydanych w stosunku do skarżącej w sprawie rozliczenia podatku dochodowego od osób prawnych za 2015 r. i 2016 r. celem wykazania faktu rzetelności faktur stanowiących przedmiot niniejszego postępowania,
3. z dokumentu urzędowego w postaci decyzji Naczelnika Urzędu Skarbowego w C. z 30 czerwca 2025 r., w której organ ten stwierdził, że faktury wystawione przez B1. sp. z o.o. dokumentujące sprzedaż usług na rzecz E. Sp. z o.o., a także S. C. dokumentują rzeczywiste zdarzenia gospodarcze,
4. z przesłuchania świadków: R. B., K. B., P. P., P. K., M. D., Z. P., S. O., J. O., W. B., L. Z. i W. S. celem wykazania faktu dokonywanych przez nich zakupów paliwa do samochodów skarżącej, częstotliwości tych zakupów, godzin zakupu paliwa, jego ilości, rodzaju stacji benzynowych, na których dokonywane były zakupy paliwa, rodzaju tankowanych pojazdów, sposobu ich tankowania oraz metod płatności za zakupy paliwa, rzetelności faktur stanowiących przedmiot niniejszego postępowania dotyczących zakupu paliwa.
5. z dokumentu urzędowego w postaci postanowienia Prokuratura Rejonowego w C. z 27 maja 2024 r. sygn. akt [...] celem wykazania faktu rzetelności wszystkich faktur stanowiących przedmiot niniejszego postępowania.
Nieprzeprowadzenie ww. dowodów miało istotny wpływ na wynik sprawy, gdyż potwierdzają one, iż sporne faktury są rzetelne. Z tego powodu zaskarżona decyzja oraz poprzedzająca ją decyzja organu pierwszej instancji winny zostać uchylone a postępowanie umorzone.
W odpowiedzi na skargę organ odwoławczy podtrzymał w całości dotychczasową argumentację i wniósł o oddalenie skargi. Dodatkowo wyjaśnił, że uzasadnieniu zaskarżonej decyzji nie dokonywał analizy wystąpienia przesłanki określonej w art. 70 § 1 pkt 4 O.p., która zaistniała w niniejszej sprawie.
Decyzjami z 18 października 2019 r. nr [...], [...], [...] oraz [...], Naczelnik dokonał bowiem zabezpieczenia na majątku skarżącej kwot nienależnie otrzymanych zwrotów z tytułu podatku od towarów i usług. Przedmiotowe decyzje zostały doręczone pełnomocnikowi skarżącej - doradcy podatkowemu D. P. 2 listopada 2019 r., zaś wydane na ich podstawie zarządzenia zabezpieczenia -18 listopada 2019 r.
Na obecnym etapie postępowania, z uwagi na brak ostatecznej decyzji wymiarowej ustanowione zabezpieczenia pozostają zatem aktualne i skuteczne. Zgodnie bowiem z tezą uchwały NSA z 2 grudnia 2024 r., sygn. akt III FPS 4/24 zawieszenie biegu terminu przedawnienia w związku z doręczeniem zarządzenia zabezpieczenia w trybie przepisów ustawy o postępowaniu egzekucyjnym w administracji, o którym mowa w art. 70 § 6 pkt 4 in fine O.p. biegnie dalej po dniu zakończenia postępowania zabezpieczającego w trybie przepisów o postępowaniu egzekucyjnym w administracji (art. 70 § 7 pkt 5 O.p.), tj. po dniu:
- umorzenia postępowania egzekucyjnego na skutek uznania zarzutu zobowiązanego za uzasadniony i umorzenia postępowania na podstawie art. 34 § 4 w związku z art. 166 b ustawy o postępowaniu egzekucyjnym w administracji,
- w wyniku przekształcenia postępowania zabezpieczającego w postępowanie egzekucyjne w przypadkach określonych w art.154 § 4 powołanej powyżej ustawy, z uwzględnieniem treści art.154 § 4 pkt 1 tejże ustawy, zgodnie z którym zajęcie zabezpieczające przekształca się w zajęcie egzekucyjne z dniem wystawienia tytułu wykonawczego, pod warunkiem że nastąpi to nie później niż przed upływem 2 miesięcy od dnia doręczenia ostatecznej decyzji lub innego orzeczenia podlegającego wykonaniu w sprawie, w której dokonano zabezpieczenia, bądź doręczenia postanowienia o nadaniu rygoru natychmiastowej wykonalności,
- wygaśnięcia zabezpieczenia na podstawie art. 154 § 8 tejże ustawy, bądź też uchylenia zabezpieczenia na podstawie art. 157 a ustawy o postępowaniu egzekucyjnym w administracji.
Jednocześnie zaznaczono, że wystąpienie przesłanki zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązań na podstawie art. 70 § 6 pkt 4 O.p. wskazuje również na brak konieczności "instrumentalnego" podejmowania przez organ podatkowy dodatkowych działań w celu niedopuszczenia do przedawnienia przedmiotowych zobowiązań. Odpierając zarzut naruszenia art. 233 § 2 O.p. podkreślono, że prowadzenie postępowania wyjaśniającego przez organ odwoławczy ma ustawowo zakreślone granice, których nie możną przekraczać bez naruszenia zasady dwuinstancyjności.
Na rozprawie pełnomocnik skarżącego wnosił i wywodził jak w skardze. Podnosił instrumentalne wszczęcie (na 83 dni przed upływem terminu przedawnienia) postępowania karnego skarbowego, o czym świadczy jego umorzenie bez przedstawienia komukolwiek zarzutów. Powołał się na wyrok NSA w sprawie I FSK 1078/24. Akcentował, że organ odwoławczy nie zdążył wydać decyzji w ciągu 83 dni od doręczenia wyroku NSA. Podkreślał, że Sąd I instancji kierował swoje zalecenia do organu odwoławczego i uchylił tylko decyzję tego organu. Zdaniem pełnomocnika w sprawie zaistniały przesłanki zastosowania art. 299 O.p.
Pełnomocnik organu odwoławczego wnosił i wywodził jak w odpowiedzi na skargę. Akcentował, że w sprawie nie doszło do instrumentalnego wszczęcia postępowania karnego skarbowego, co należy oceniać głównie ze względu na moment jego wszczęcia. Zaznaczył, że kwestia przedawnienia zostanie przeanalizowana przez organ I instancji również w kontekście przesłanek z art. 70 §6 pkt 4 O.p.
Zgodnie z zaleceniami przekazanymi przez Sąd na rozprawie organ odwoławczy przekazał decyzje Naczelnika Urzędu Skarbowego w C. z 18 października 2029 r. nr [...], [...], [...] oraz [...] oraz zarządzenia zabezpieczenia wraz z dowodami ich doręczenia oraz pełnomocnictwo.
W piśmie z 23 czerwca 2026 r. wskazano, że Naczelnik wydając decyzję z 14 stycznia 2020 r. nie miał podstaw do powzięcia jakichkolwiek wątpliwości co do wynikającego z nich skutku zawieszenia biegu terminu przedawnienia. Niekwestionowane było bowiem zarówno prawidłowe, dokonane w trybie art. 144 § 5 O.p. doręczenie decyzji zabezpieczających z 18 października 2019 r., jak wydanych na ich podstawie zarządzeń zabezpieczenia - doręczonych skarżącej 18 listopada 2019 r. przez organ egzekucyjny, tj. Naczelnika Urzędu Skarbowego w J1. (organ inny, niż orzekający w postępowaniu podatkowym), na podstawie art. 155 b § 1 pkt 1 ustawy o postępowaniu egzekucyjnym w administracji. Zmiana interpretacji art. 70 § 1 pkt 4 O.p. została bowiem dokonana dopiero w uchwale NSA z 16 czerwca 2025 r., sygn. akt III FPS 1/25. Brak zagrożenia przedawnieniem należności objętej zaskarżoną decyzją stanowi zatem wystarczającą podstawę stwierdzenia, że wszczęcie postępowania karnego skarbowego nie miało "instrumentalnego" charakteru. Niezależnie od powyższego podtrzymano stanowisko, zgodnie z którym wszczęte przez Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego, objęte nadzorem Prokuratury Rejonowej w C. postępowanie w zupełności realizowało cele postępowania karnego skarbowego.
Wojewódzki Sąd Administracyjny zważył co następuje.
Skarga nie jest zasadna.
Kontroli Sądu – na podstawie art. 3 § 1 i § 2 pkt 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz. U. z 2026 r., poz. 143, dalej: p.p.s.a.) podlegała decyzja z 29 lipca 2025 r., którą organ odwoławczy uchylił decyzję organu I instancji z 14 stycznia 2020 r. wydaną w przedmiocie podatku od towarów i usług i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia temu organowi.
Kontrolę tą rozpocząć należy od wskazania, że w niniejszej sprawie istotne znaczenie ma art. 153 p.p.s.a. Zgodnie z tym przepisem, ocena prawna i wskazania co do dalszego postępowania wyrażone w orzeczeniu sądu wiążą w sprawie organy, których działanie, bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania było przedmiotem zaskarżenia, a także sądy, chyba że przepisy prawa uległy zmianie.
W doktrynie i orzecznictwie podkreśla się, że ocena prawna o charakterze wiążącym musi dotyczyć właściwego zastosowania konkretnego przepisu czy też prawidłowej jego wykładni w odniesieniu do ściśle określonego rozstrzygnięcia podjętego w konkretnej sprawie. Musi ponadto pozostawać w logicznym związku z treścią orzeczenia sądu administracyjnego, w którym została sformułowana (tak A. Kabat (w.) B. Dauter, A. Kabat, M. Niezgódka-Medek, Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi. Komentarz, Warszawa 2024, s. 518). Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 15 marca 2012 r., sygn. II OSK 2562/10 powołanym przez autorów cytowanego wyżej Komentarza stwierdził, że ocena prawna musi zostać w orzeczeniu wyrażona, co oznacza, że za przedmiot związania można uznać jedynie te elementy oceny odnoszącej się do przepisów prawa, które zostały zamieszczone w treści uzasadnienia orzeczenia. Muszą one mieć postać jednoznacznych twierdzeń, sformułowanych w sposób jasny, umożliwiający ustalenie treści związania bez potrzeby podejmowania skomplikowanych zabiegów interpretacyjnych.
Dalej należy wskazać, że przepis art. 153 p.p.s.a. ma charakter bezwzględnie obowiązujący, wobec czego ani organ administracji publicznej, ani sąd administracyjny orzekając ponownie w tej samej sprawie, nie mogą pominąć oceny prawnej wyrażonej wcześniej w orzeczeniu, gdyż ocena ta wiąże ich w sprawie (por. wyrok NSA z 21 marca 2014 r., sygn. I GSK 534/12 i wyrok NSA z 24 czerwca 2015 r., sygn. II FSK 1404/13, tak również T. Woś, Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi. Komentarz, wyd. VI).
W sprawie nie można pominąć również art. 170 p.p.s.a., zgodnie z którym orzeczenie prawomocne wiąże nie tylko strony i sąd, który je wydał, lecz również inne sądy i inne organy państwowe, a w przypadkach w ustawie przewidzianych także inne osoby.
Mając na uwadze powyższe przepisy stwierdzić należy, że związanie sądu administracyjnego oznacza, że nie może on w przyszłości, orzekając w tej samej sprawie, formułować nowych ocen prawnych, które są sprzeczne z wyrażonym wcześniej poglądem, lecz jest zobowiązany do podporządkowania się mu w pełnym zakresie oraz konsekwentnego reagowania w razie stwierdzenia braku zastosowania się organu administracji publicznej do wskazań w zakresie dalszego postępowania (por. wyrok NSA z 21 marca 2014 r., sygn. I GSK 534/12, wszystkie przywoływane orzeczenia sądów administracyjnych dostępne w internetowej bazie orzeczeń NSA na stronie: http://orzeczenia.nsa.gov.pl). Ocena prawna dotyczy dotychczasowego postępowania w sprawie, zaś "wskazania" określają sposób postępowania w przyszłości. Ocena prawna wynika z uzasadnienia wyroku sądu. Wskazania stanowią więc konsekwencję oceny prawnej, zwłaszcza oceny przebiegu postępowania przed organami administracyjnymi i rezultatu tego postępowania w postaci materiału procesowego zebranego w sprawie. Ich celem jest zapobieżenie w przyszłości błędom stwierdzonym przez sąd administracyjny w trakcie kontroli zaskarżonego orzeczenia (por. wyrok WSA w Gliwicach z 27 lutego 2015 r., sygn. III SA/Gl 4/15).
Mając na uwadze wspomnianą wyżej regulację na wstępie omówić należy zagadnienie przedawnienia.
W wydanym w niniejszej sprawie wyroku WSA w Gliwicach przesądził, że w sprawie zostały spełnione wszystkie trzy ustawowe przesłanki zawieszenia biegu terminu przedawnienia, tj. nastąpiło wszczęcie postępowania karnego skarbowego, postępowanie to miało związek z niewykonaniem zobowiązań, których dotyczy postępowanie, a także dopełniony został warunek zawiadomienia podatnika, o którym mowa w art. 70c O.p.
Jednocześnie WSA w Gliwicach podniósł, że "wprawdzie organ odwoławczy w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji wskazał, że w sprawie nie doszło do instrumentalnego wykorzystania wszczęcia postępowania karnoskarbowego w celu zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych, to niemniej ta ocena jest niekompletna i nie mógł jej Sąd bez zastrzeżeń podzielić". Sąd dostrzegł, że ani akta sprawy, ani uzasadnienie zaskarżonej decyzji nie zawierają informacji, jakie i kiedy konkretnie podjęte zostały czynności dowodowe w postępowaniu karnoskarbowym. Brak też informacji, czy postępowanie karne skarbowe toczy się, czy też jest zawieszone. Jest to o tyle istotne, iż postępowanie pozostaje w fazie in rem".
W zaskarżonej decyzji uzupełniono wskazane przez Sąd braki i przeprowadzano analizę wszczęcia postępowania karnego skarbowego w świetle kryteriów instrumentalnego zainicjowania tej procedury wynikających z uchwały NSA z 24 maja 2021 r., sygn. akt I FPS 1/21. W uchwale tej stwierdzono, że tzw. instrumentalne wszczęcie postępowania karnego lub karnego skarbowego nie wywołuje skutku zawieszenia biegu terminu przedawnienia na podstawie art. 70 § 6 pkt 1 O.p. Z orzeczenia tego wynika, że takie instrumentalne wszczęcie postępowania karnego skarbowego ma miejsce wtedy, gdy postępowanie to nie służy realizowaniu celów tego postępowania i w istocie stanowi jedynie spełnienie wymogu formalnego do przedłużenia terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego w oparciu o art. 70 § 6 pkt 1 O.p. Ocena instrumentalności wszczęcia postępowania karnego-skarbowego winna nastąpić w świetle wszechstronnej analizy okoliczności konkretnej sprawy podatkowej.
Odnośnie momentu wszczęcia postępowania wypunktować trzeba, że nastąpiło to w oparciu o materiał dowodowy zebrany w wyniku czterech kontroli podatkowych i postępowania podatkowego, przekazany przez Naczelnika Urzędu Skarbowego w C. 15 maja 2020 r. Postępowanie karne skarbowe wszczął 9 października 2020 r. Naczelnik Urzędu Celno-Skarbowego w K., a więc inny organ niż prowadzący postępowanie wymiarowe (czyli nie ten, który potencjalnie mógłby być "zainteresowany" wydłużeniem okresu przedawnienia). Wniosek o wszczęcie tego postępowania poparty był obszernym materiałem dowodowym poddanym ocenie organu I instancji w decyzji z 14 stycznia 2020 r.
W chwili wszczęcia postępowania karnego skarbowego organ dysponował więc wystarczającym materiałem niezbędnym dla uprawdopodobnienia popełnienia przestępstwa karnego skarbowego. Postępowanie to bowiem zainicjowano już po wydaniu decyzji organu pierwszej instancji. Tym samym zrealizowano zasadę legalizmu, obwiązującą w postępowaniach karnych. Organ ma bowiem obowiązek ustawowy wszczęcia postępowania karnego skarbowego w sytuacji powzięcia niezbędnych informacji w zakresie uzasadnionego podejrzenia popełnienia przestępstwa. W tej sytuacji niewątpliwie spełnione zostały przesłanki wszczęcia postępowania, które zostały określone w art. 303 k.p.k. Brak jest jakichkolwiek podstaw do formułowania twierdzenia, że w rozpoznanej sprawie na moment wszczęcia postępowania karnoskarbowego w sposób oczywisty brak było podmiotowych lub przedmiotowych przesłanek prowadzenia postępowania karnego skarbowego, o których mowa w art. 1 k.k.s. Nie wykazano w żaden w sposób, aby np. w dacie wszczęcia postępowania karnoskarbowego oczywistym było, że społeczna szkodliwość uszczuplenia spornych zobowiązań podatkowych była znikoma. Nie wykazano również, aby na moment wszczęcia wskazanego postępowania oczywistym był brak możliwości przypisania przedstawicielom skarżącej winy w czasie dokonania czynu.
Wskazane wyżej aspekty aktualne w momencie inicjowania postępowania karnego skarbowego akcentuje się powszechnie w judykaturze (por. wyrok NSA z 18 grudnia 2025 r., sygn. akt I FSK 1680/23, z 25 lutego 2026 r., sygn. akt I FSK 1273/25).
Wypunktować w tym miejscu trzeba także okoliczność, która dotychczas nie była przedmiotem analizy sądów orzekających w niniejszej sprawie. Organ I instancji w momencie kierowania wniosku o wszczęcie postępowania karnego skarbowego do Naczelnika Urzędu Celno-Skarbowego w K. był pewny, że bieg terminu przedawnienia został już zawieszony i stan ten będzie się utrzymywał w dłuższej perspektywie czasowej. Skład orzekający w niniejszej sprawie zobowiązał organ na rozprawie do przekazania decyzji zabezpieczających Naczelnika Urzędu Skarbowego w C. z 18 października 2019 r. oraz zarządzeń zabezpieczenia wraz z dowodami ich doręczenia oraz pełnomocnictwa. Z dokumentów tych wynika, że zarządzenia zabezpieczenia doręczono stronie, która była wówczas reprezentowana przez pełnomocnika.
Tymczasem zgodnie z tezą uchwały 7 sędziów NSA z 16 czerwca 2025 r., sygn. akt III FPS 1/25, doręczenie zarządzenia zabezpieczenia w trybie art. 155b § 1 ustawy z dnia 17 czerwca 1966 r. o postępowaniu egzekucyjnym w administracji (Dz. U. z 2025 r. poz. 132) w wykonaniu decyzji o zabezpieczeniu, o której mowa w art. 33 § 2 w zw. z art. 33 § 1 O.p. powinno nastąpić do rąk pełnomocnika ustanowionego i zgłoszonego przez podatnika w postępowaniu podatkowym (kontroli podatkowej lub kontroli celno-skarbowej). Przed wydaniem wspomnianej uchwały powszechna była (zastosowana także w realiach tej sprawy) praktyka doręczania decyzji zabezpieczającej pełnomocnikowi podatnika, a zarządzeń zabezpieczenia bezpośrednio podatnikowi. W tym stanie rzeczy organ podatkowy pozostawał w przekonaniu, że nie są konieczne żadne dodatkowe czynności procesowe rzutujące na bieg terminu przedawnienia, co w zasadzie wyklucza tezę o "instrumentalnym" posługiwaniu się instytucją uregulowaną w art. 70 § 6 pkt 1 O.p.
Całkowicie bezpodstawne byłoby zatem twierdzenie, że wszczęcie postępowania karnego skarbowego było na moment jego rozpoczęcia ukierunkowane na zawieszenie biegu terminu przedawnienia.
Postępowanie to zostało objęte nadzorem prokuratora. Skoro postępowanie karne skarbowe (dochodzenie) prowadzone było pod nadzorem prokuratury, to siłą rzeczy nie mogło być wykorzystywane przez organ podatkowy w sposób instrumentalny (por. wyrok NSA z 4 marca 2026 r., sygn. akt II FSK 826/23). Ze względu na pozycję prokuratora i jego kompetencje jako organu pełniącego szczególną rolę w postępowaniu karnym, w tym karnoskarbowym, nie sposób przyjąć, że miałby on uczestniczyć czy przyczyniać się do "pozorowanego" czy "instrumentalnego" prowadzenia sprawy karnoskarbowej dla potrzeb wstrzymania biegu terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych (por. wyrok NSA z 6 kwietnia 2023 r., sygn. akt I FSK 319/23).
Instrumentalnemu wykorzystaniu regulacji z art. 70 § 6 pkt 1 O.p. przeczy także dalszy przebieg tego postępowania. Miało ono znaczną dynamikę i obejmowało szereg czynności opisanych szczegółowo przez organ odwoławczy i przywołanych powyżej w części historycznej. Z opisu czynności podejmowanych w ramach dochodzenia prowadzonego przez Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w K. (sygn. akt [...]) wynika, że 25 listopada 2020 r. przesłuchano jedną współwłaścicielkę biura prowadzącego rachunkowość spółki od czerwca 2015 r. oraz pozyskano do akt protokół przesłuchania drugiej współwłaścicielki tego biura, dołączono do akt odwołanie i wydruki deklaracji VAT-7, w okresie od 22 stycznia 2021 r. do 15 maja 2021 r. przesłuchano w charakterze świadków większość osób wskazanych w pismach, kierowanych przez podatnika do Urzędu Skarbowego w C. w ramach kontroli oraz postępowania podatkowego (łącznie 24 osoby) oraz przesłuchano również dwóch pracowników Urzędu Skarbowego w C.. Jak wynika z pisma z 30 marca 2022 r. przesłuchano także cztery kolejne osoby oraz sporządzono notatkę urzędową wraz z roboczymi zestawieniami ilości odpadów komunalnych na okoliczność ustalenia ilości odpadów komunalnych, które miały zostać - według zeznań świadka W. L. - dostarczone do strony w latach 2015-2016.
Z kolei z materiałów pozyskanych z Prokuratury Rejonowej w C. (z postępowania sygn. akt [...]) wynika, że w trakcie dochodzenia przesłuchano osoby, o których przesłuchanie strona wnosiła w trakcie postępowania administracyjnego, a także osoby prowadzące wobec spółki kontrole podatkowe. Ponadto do akt sprawy włączono kserokopie protokołów przesłuchań świadków, sporządzone w ramach postępowań przygotowawczych, prowadzonych wobec kontrahentów spółki oraz kserokopie wydanych w tych postępowaniach rozstrzygnięć merytorycznych. Przesłuchanych zostało 26 osób, a ponadto do akt sprawy włączono kserokopie protokołów przesłuchań 41 świadków. Zgromadzono też inne materiały, w tym kserokopie faktur, dostarczone przez stronę na wezwanie organu podatkowego dokumentujące odbiór odpadów komunalnych w postaci gruzu od gmin i przedsiębiorstw, wykonanych w latach 2015 i 2016. Strona dostarczyła również faktury wystawione w ww. latach, dokumentujące odbiór gruzu, które - zdaniem spółki - nie zostały uwzględnione przez organ podatkowy w obliczeniu ilości gruzu, odebranego przez spółkę w badanym okresie. Celem weryfikacji informacji zawartych w zawiadomieniu o popełnieniu przestępstwa, dotyczących ilości odebranych przez spółkę odpadów komunalnych (gruzu), przesłuchano R. B. (prezesa spółki) oraz wezwano stronę do przedstawienia dokumentów pozwalających ustalić ilość odebranych odpadów budowlanych, w tym gruzu. Na podstawie tych dokumentów sporządzono zestawienie faktur dokumentujących odbiór odpadów komunalnych - budowlanych od gmin i firm, dokonując stosownych obliczeń na podstawie przyjętego wskaźnika wagi jednego metra sześciennego gruzu.
Wszystkie zgromadzone w powyższy sposób materiały dowodowe zostały następnie poddane szczegółowej analizie, co opisano w postanowieniu Prokuratora z 27 maja 2024 r., sygn. akt [...].
Akcentowana przez stronę skarżącą okoliczność, iż w postępowaniu karnym skarbowym nikomu nie postawiono zarzutów nie przesądza o jego instrumentalnym prowadzeniu. Z brzmienia art. 70 § 6 pkt 1 O.p. nie wynika, że jako pozostające w związku z niewykonaniem zobowiązania podatkowego traktować można wyłącznie postępowanie o przestępstwo karnoskarbowe toczące się wobec osoby (tj. w fazie ad personam). Podejście to znajduje wsparcie w uzasadnieniu wyroku Trybunału Konstytucyjnego z 17 lipca 2012 r. (sygn. akt P 30/11), w następstwie którego do porządku prawnego wprowadzono art. 70c O.p. Jest też powszechnie akceptowane w orzecznictwie sądów administracyjnych (por. m.in. wyroki NSA: z 28 stycznia 2026 r., sygn. akt I FSK 327/23, z 4 lutego 2022 r., sygn. akt I FSK 1483/18, z 31 stycznia 2019 r., sygn. akt I FSK 361/17, z 9 lutego 2018 r., sygn. akt I FSK 539/16, z 31 stycznia 2019 r. sygn. akt I FSK 361/17, z 17 maja 2017 r., sygn. akt II FSK 1147/15). Pogląd ten zaakceptował NSA w wydanym w niniejszej sprawie orzeczeniu. Jednocześnie powołał się na wyrok z 30 stycznia 2024 r., sygn. akt II FSK 540/21, w którym wskazano, że "przejście fazy postępowania karnego skarbowego z ad rem do in personam stanowi jedną z okoliczności, która może negować instrumentalność wszczęcia postępowania", podkreślając jednocześnie, że nawet w takiej sytuacji "na organie nadal spoczywa ciężar przedstawienia dowodów i chronologii podejmowanych czynności, które uzasadniałyby stanowisko, że postępowanie karne skarbowe nie było wszczęte instrumentalnie". W zaskarżonej decyzji wymóg co do wyczerpującej oceny instrumentalności wszczęcia i prowadzenia postępowania karnego skarbowego oraz precyzyjnego opisu przebiegu postępowania karnego skarbowego został niewątpliwie zrealizowany.
Odnośnie zakończenia omawianego postępowania wskazać należy na wstępie, że zostało ono umorzone w części. W części, dotyczącej uwzględnienia przez spółkę faktur wystawionych przez F.H.U. N., Prokuratura wniosła akt oskarżenia, oskarżając K. B. o to, że ujął w rejestrach zakupów VAT dwie nierzetelne faktury, co spowodowało nienależny zwrot podatku w kwocie 11.053,80 zł. Sąd Rejonowy w C. prawomocnym wyrokiem z 25 czerwca 2024 r., sygn. akt [...], uznał oskarżonego za winnego popełnienia zarzucanych mu czynów i wymierzył mu karę grzywny.
W wydanym w składzie 7 sędziów NSA wyroku z 14 kwietnia 2025 r., sygn. akt I FSK 1078/24 stwierdzono, że umorzenie postępowania karnego skarbowego z powodu stwierdzenia braku znamion czynu zabronionego, może stanowić przesłankę bezskuteczności zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, o którym mowa w art. 70 § 6 pkt 1 o.p. w związku z art. 70c o.p., ze skutkiem ex tunc, jako konsekwencja instrumentalnego wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, o ile przesłanka ta oceniana jest w świetle całokształtu relewantnych w tym zakresie okoliczności danej sprawy. Zgodnie z tym orzeczeniem celem wykazania instrumentalnego wszczęcia postępowania w sprawie karnej skarbowej, a więc ukierunkowanego tylko i wyłącznie na zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, niezbędne jest dokonanie wszechstronnej i całościowej oceny wszystkich przedmiotowo istotnych dla tej oceny okoliczności faktycznych i prawnych. Do okoliczności tych należeć oczywiście może fakt prawomocnego umorzenia postępowania karnego skarbowego, zwłaszcza gdy dotyczyło stwierdzenia braku znamion czynu zabronionego. Okoliczność takiego umorzenia winna w tym względzie zostać poddana ocenie w kontekście całokształtu pozostałych istotnych w tym zakresie okoliczności. Nie przesądza bowiem per se o instrumentalności, a tym samym bezskuteczności zawieszenia biegu terminu zawieszenia przedawnienia.
Na to zagadnienie prawne wskazał NSA w wydanym w niniejszej sprawie wyroku, aczkolwiek nastąpiło to w czasie, w którym spodziewane było wydanie w tej kwestii uchwały. Wbrew wywodom skargi odmówiono wydania uchwały i w tej materii zapadł przywołany wyżej wyrok 7 sędziów, który, w odróżnieniu od uchwał, nie wiąże Sądu.
Zarówno jednak we wspomnianym wyroku 7 sędziów, a także – co najistotniejsze ze względu na związanie Sądu oceną prawną wyrażoną w danej sprawie przez sąd II instancji – nie przesądzono, że umorzenie postępowania karnego automatycznie potwierdza instrumentalność wszczęcia postępowania karnego skarbowego. Kwestia ta pozostała otwarta.
W konkluzji postanowienia umarzającego postępowanie karne skarbowe stwierdzono, że w sprawie brak jest danych uzasadniających podejrzenie popełnienia czynu zabronionego. (art. 17 § 1 pkt 1 k.p.k.). Wskazano na brak podstaw do jednoznacznego, kategorycznego stwierdzenia, że przedmiotowe faktury VAT nie odzwierciedlają rzeczywistych zdarzeń gospodarczych" i stwierdzono, że treść przesłuchań wskazuje, że zarówno po stronie E. Sp. z o.o., jak i po stronie jej kontrahentów istniał potencjał gospodarczy do realizacji usług, wykazanych w zakwestionowanych przez organ podatkowy fakturach. Analiza zebranego w sprawie materiału dowodowego wykazała, że na żadnym etapie postępowania kontrolnego, postępowania administracyjnego oraz postępowania karnego nie udowodniono, że zafakturowane usługi nie zostały wykonane (...)". Konkluzja ta jest jednak rezultatem weryfikacji bogatego materiału dowodowego i szeroko zakrojonego postępowania dowodowego (które jednak, zgodnie z zaleceniami sądu w sprawie podatkowej winno być znacząco uzupełnione). W tym stanie rzeczy trudno więc mówić o instrumentalności prowadzenia tego postępowania. Jego przebieg jest diametralnie inny niż widoczny w sprawach, gdzie instrumentalność stwierdzano w odniesieniu do takiej sekwencji zdarzeń, w której postępowanie to wszczęto, niemal od razu, nie przedstawiając nikomu zarzutów zawieszono, a później, po wielu latach umorzono ze względu na przedawnienie karalności.
Wobec powyższego stwierdzić należało, że 9 października 2020 r., bieg terminu przedawnienia zobowiązań spółki w podatku od towarów i usług za okres od stycznia 2015 r. do stycznia 2017 r. uległ skutecznemu zawieszeniu na podstawie art. 70 § 6 pkt 1 O.p. Okres zawieszenia na tej podstawie trwał do 27 maja 2024 r. (a w zakresie zobowiązania za styczeń 2016 r. - do 3 lipca 2024 r.). Przed upływem tak określonego terminu, tj. 11 sierpnia 2023 r., strona wniosła skargę do WSA w Gliwicach na decyzję Dyrektora z 28 czerwca 2023 r., co stanowi przesłankę zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązań za ww. miesiące na podstawie art. 70 § 6 pkt 2 O.p., Odpis prawomocnego wyroku WSA w Gliwicach z 23 lutego 2024 r., sygn. akt I SA/GI 1272/23 wraz z aktami sprawy został doręczony organowi 10 czerwca 2025 r. Stosownie do art. 70 § 7 pkt 2 O.p. od tego dnia rozpoczął się zatem dalszy bieg terminu przedawnienia przedmiotowych zobowiązań, który, w odniesieniu do wszystkich miesięcy poza styczniem 2016 r., obejmował 83 dni. Przed jego upływem wydano i doręczono (11 sierpnia 2025 r.) zaskarżoną decyzję. Zarzuty wskazujące na przedawnienie zobowiązania przed datą doręczenia zaskarżonej decyzji nie zasługują zatem na uwzględnienie. Nie ulega przy tym wątpliwości, że na dalszych etapach postępowania wymiarowego organ winien na bieżąco badać ewentualny upływ terminu przedawnienia, uwzględniając wszelkie zdarzenia rzutujące na jego zawieszenie bądź przerwanie.
W tym miejscu należy się także odwołać do treści art. 11 p.p.s.a., zgodnie z którym ustalenia wydanego w postępowaniu karnym prawomocnego wyroku skazującego, co do popełnienia przestępstwa wiążą sąd administracyjny.
Jak wskazano w wyroku NSA z 4 marca 2025 r., sygn. akt II FSK 14/25 odrębność postępowań karnych i podatkowych jest oczywista. Ustawodawca nie przewidział możliwości automatycznego związania sądu administracyjnego, badającego legalność decyzji podatkowych, wyrokiem lub postanowieniem wydanym w postępowaniu karnym, który nie ma charakteru skazującego. Postanowienie prokuratury o umorzeniu postępowania karnego nie wywiera bezpośredniego wpływu na wynik sprawy podatkowej i pozostawia organom podatkowym możliwość samodzielnego ustalenia stanu faktycznego, zgodnie z wymogami określonymi w O.p.
Wyrok sądu karnego uniewinniający od zarzutu popełnienia przestępstwa nie jest wiążący w tym sensie, że sąd administracyjny może zaakceptować ustalenia organu administracji odmienne od tych, które legły u podstaw wydania wyroku uniewinniającego. Co więcej, sąd administracyjny jest uprawniony do oceny - tak jak i innych dowodów w sprawie - ustaleń sądu karnego zawartych w uzasadnieniu takiego wyroku (por. wyrok WSA w Gliwicach z 7 maja 2024 r., sygn. akt I SA/Gl 1226/23).
W tym kontekście zanegować należy tezę, że skoro w postępowaniu karnym skarbowym nie zanegowano rzetelności zakwestionowanych faktur, to organ odwoławczy winien umorzyć postępowanie podatkowe, a nie zmierzać do wykonania zaleceń Sądu dotyczących uzupełnienia materiału dowodowego w istotnym zakresie.
Zdaniem Sądu zastosowanie w niniejszej sprawie art. 233 § 2 O.p. było zasadne. Punktem wyjścia tej oceny jest stwierdzenie, że w żadnej wypowiedzi Sądów orzekających w niniejszej sprawie nie wskazano organu, który zobowiązany będzie uzupełnić materiał dowodowy. Nie jest też uprawnione twierdzenie, że skoro Sąd I instancji uchylił tylko decyzję organu II instancji, to przesądził, że dalsze postępowanie może prowadzić wyłącznie organ odwoławczy. Warto w tym miejscu przywołać wyrok NSA z 15 kwietnia 2026 r., sygn. akt I FSK 1812/25. Sąd II instancji stwierdził, że w kontrolowanym wyroku Sąd z uwagi na istotne braki dowodowe winien uchylić także decyzję pierwszoinstancyjną. W ten sposób zostałoby zagwarantowane, że ocena okoliczności, czy w ogóle określone usługi były wykonane na rzecz podmiotów prowadzących działalność gospodarczą będzie przedmiotem oceny w dwuinstancyjnym postępowaniu podatkowym, a tym samym spółce zostanie zapewnione prawo do obrony w postępowaniu podatkowym, w razie gdyby ustalenia organu (pierwszej instancji) okazały się dla niej niepomyślne. Jednocześnie NSA stwierdził, że pozostawienie przez Sąd w obrocie decyzji organu I instancji, mimo, iż narusza art. 233 § 2 w zw. z art. 127 O.p. nie ma istotnego wpływu na wynik sprawy. Skarżony wyrok w żadnym zakresie nie wyklucza bowiem kompetencji organu odwoławczego do wydania (na podstawie art. 233 § 2 O.p.) decyzji kasatoryjnej.
Tym samym wydanie zaskarżonej decyzji kasatoryjnej nie tylko nie jest sprzeczne z wydanymi w sprawie wyrokami, ale jest wręcz nieodzowne z uwagi na (akcentowane także w powyższym orzeczeniu NSA) uprawnienia strony wynikające z art. 127 O.p. W części historycznej niniejszego orzeczenia Sąd celowo (co być może ogranicza nieco przejrzystość wywodu, ale ma na celu uwidocznienie zakresu koniecznych czynności dowodowych oraz liczby wniosków dowodowych strony) wymienił te wnioski i szczegółowe zalecenia Sądu I instancji (zaaprobowane przez NSA). Za konieczne uznano zarówno przeprowadzenie konkretnych dowodów, jak i szczegółową analizę wniosków dowodowych strony, dotychczas nie ocenianych przez organy. W kontekście tych ostatnich zapewne Sąd I instancji poprzestał na uchyleniu decyzji Dyrektora, który po zapoznaniu się z nimi zasadnie przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia przez organ I instancji.
Zgodnie z art. 127 O.p. postępowanie podatkowe jest dwuinstancyjne. Z zasady tej wynika prawo strony do dwukrotnego rozpoznania jej sprawy. Oznacza to, że organ podatkowy drugiej instancji obowiązany jest ponownie rozpoznać i rozstrzygnąć sprawę, gdyż istota administracyjnego toku instancji polega na dwukrotnym rozstrzygnięciu tej samej sprawy. W związku z zasadą dwuinstancyjności pozostaje regulacja dotycząca możliwości merytorycznego załatwienia sprawy przez organ odwoławczy, gdy w pierwszej instancji podstawa faktyczna rozstrzygnięcia nie została należycie ustalona.
W orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego zwraca się uwagę, że w świetle art. 127 i art. 233 § 2 O.p. istota dwuinstancyjnego postępowania polega na tym, że organ odwoławczy zobowiązany jest do rozpoznania sprawy w postępowaniu odwoławczym co do istoty, gdy na etapie postępowania pierwszoinstancyjnego doszło do dokonania niezbędnych ustaleń dotyczących stanu faktycznego sprawy, bądź też istnieją podstawy do zastosowania dyspozycji wynikającej z art. 229 tej ustawy (por. wyrok NSA z 19 grudnia 2017 r., sygn. akt II FSK 3293/15). Dwukrotność rozstrzygnięcia oznacza konieczność pokrywania się postępowań w obydwu instancjach; organ odwoławczy nie może zastępować w czynnościach postępowania organu pierwszej instancji (por. wyrok NSA z 30 czerwca 2020 r., sygn. akt II FSK 794/20).
Zgodnie zaś z art. 229 O.p. organ odwoławczy może przeprowadzić, na żądanie strony lub z urzędu, dodatkowe postępowanie w celu uzupełnienia dowodów i materiałów w sprawie albo zlecić przeprowadzenie tego postępowania organowi, który wydał decyzję. Stosownie do art. 233 § 2 tej ustawy organ odwoławczy może uchylić w całości decyzję organu pierwszej instancji i przekazać sprawę do ponownego rozpatrzenia przez ten organ, jeżeli rozstrzygnięcie sprawy wymaga uprzedniego przeprowadzenia postępowania dowodowego w całości lub w znacznej części. Przekazując sprawę, organ odwoławczy wskazuje okoliczności faktyczne, które należy zbadać przy ponownym rozpatrzeniu sprawy.
Przywołane przypisy wyznaczają granice, w jakich organ odwoławczy może przeprowadzić dodatkowe postępowanie dowodowe bez narażania się na zarzut uchybienia zasadzie dwuinstancyjności postępowania. Ustalenie, czy w sprawie, przed organem drugiej instancji, toczyło się postępowanie dowodowe mające na celu jedynie uzupełnienie materiału dowodowego, czy też w zakresie, który wykraczał poza to uzupełnienie, odnoszone być musi do okoliczności konkretnej sprawy i przyjmować za punkt odniesienia materiał dowodowy zgromadzony przez organ pierwszej instancji, jak również ustalenia faktyczne poczynione na podstawie nowych dowodów w drugiej instancji (por. wyrok NSA z 13 kwietnia 2021 r., sygn. akt I FSK 1805/19).
Za dopuszczalne i wręcz konieczne należy uznać wydanie decyzji kasacyjnej i przekazanie sprawy do ponownego rozpatrzenia, gdy postępowanie przeprowadzone w pierwszej instancji wymaga znacznego poszerzenia materiału dowodowego w sprawie. W sytuacji takiej, a więc wówczas gdy rozstrzygnięcie sprawy wymaga przeprowadzenia postępowania wyjaśniającego w całości lub znacznej części, przeprowadzenie przez organ odwoławczy uzupełniającego postępowania dowodowego w trybie art. 229 Ordynacji podatkowej będzie stanowiło zaprzeczenie uzupełnienia dowodów i tym samym naruszało wskazany przepis. Podejmowane w drugiej instancji czynności dowodowe nie mogą prowadzić do ukształtowania w postępowaniu odwoławczym podstawy faktycznej rozstrzygnięcia, co do istoty sprawy, odmiennej od uznanej za udowodnioną w pierwszej instancji, gdyż to w konsekwencji pozbawiłoby stronę prawa do zaskarżenia orzeczenia, a przez to nastąpiłoby unicestwienie konstytucyjnej gwarancji strony - art. 78 Konstytucji RP (wyrok Sądu Najwyższego z dnia 22 października 2008 r., sygn. akt V KK 111/08, OSNwSK 2008/1/2101). Organ odwoławczy może przeprowadzić jedynie uzupełniające postępowanie dowodowe. Jeżeli natomiast postępowanie dowodowe nie zostało przeprowadzone przez organ pierwszej instancji w ogóle, albo też wymagane jest uprzednie przeprowadzenie postępowania dowodowego w znacznej części, organ odwoławczy powinien bezwzględnie uchylić decyzję i przekazać sprawę organowi pierwszej instancji do ponownego rozpatrzenia (por. wyrok NSA z 19 marca 2015 r., sygn. akt I FSK 6/14).
W niniejszej sprawie sporna pozostaje rzetelność transakcji z 9 podmiotami. Zakwestionowane faktury nie zostały wystawione w ramach np. karuzeli podatkowej, której istotą jest fikcyjne przemieszczanie jakiegoś towaru. Wystawcy faktur to podmioty, które działają realnie i dysponują stosowną infrastrukturą, a nie są np. podmiotami założonymi wyłącznie dla wystawiania faktur. Nadto skarżąca wykazuje znaczące zaangażowanie w ustalenie rzeczywistego przebiegu zdarzeń gospodarczych, składając bardzo liczne wnioski dowodowe.
W tym stanie rzeczy nie sposób zgodzić się z zawartym w skardze twierdzeniem, że wydanie decyzji kasacyjnej było nieuprawnione, gdyż dowody wskazane przez WSA są dowodami z dokumentów, które nie są skomplikowane ani czasochłonne do przeprowadzenia. Jak już była mowa, organ odwoławczy nie był związany stanowiskiem Sądu, że to on ma wydać decyzję wymiarową, korzystając ewentualnie z trybu określonego w art. 229 O.p. Zakres czynności wynikających z wyroku tut. Sądu, a także konieczność merytorycznej analizy licznych wniosków dowodowych strony w pełni uzasadniał zastosowanie art. 233 § 2 O.p..
Niezasadne są zatem podniesione w skardze zarzuty naruszenia art. 208 §1 w zw. z art. 70 § 6 pkt 1 O.p. oraz art. 229 O.p. Organ odwoławczy nie naruszył także art. 153 p.p.s.a.
Jak więc wykazano powyżej zaskarżona decyzja nie narusza prawa, wobec czego Sąd, działając na podstawie art. 151 p.p.s.a., oddalił skargę.