III SA/Po 562/11

III SA/Po 562/11 - Wyrok WSA w Poznaniu
Data orzeczenia
2012-06-29
orzeczenie prawomocne
Data wpływu
2011-07-11
Sąd
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu
Sędziowie
Marzenna Kosewska /przewodniczący sprawozdawca/
Mirella Ławniczak
Szymon Widłak
Symbol z opisem
6111 Podatek akcyzowy
Hasła tematyczne
Podatkowe postępowanie
Skarżony organ
Dyrektor Izby Celnej
Treść wyniku
Uchylono zaskarżoną decyzję
Powołane przepisy
Dz.U. 2004 nr 256 poz 2571
art. 37h ust. 1, art. 37o ust. 1 pkt 1, ust. 3, art. 37q
Ustawa z dnia 27 października 1994 r. o autostradach płatnych oraz o Krajowym Funduszu Drogowym - tekst jednolity
Dz.U. 2005 nr 8 poz 60
art. 21 par. 1 pkt 1, art. 59 par. 1 pkt 1, art. 70 par5. 1, art. 208 par. 1
Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa - tekst jedn.
Dz.U. 2012 poz 270
art. 145 par. 1 pkt 1 lit. a i lit. c, art. 152, art. 200, art. 205 par. 2
Ustawa z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi - tekst jednolity.
Dz.U. 1997 nr 78 poz 483
art. 32 ust. 1
Konstytucja Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 2 kwietnia 1997 r. uchwalona przez Zgromadzenie  Narodowe w dniu 2 kwietnia 1997 r., przyjęta przez Naród w referendum konstytucyjnym w dniu  25 maja 1997 r., podpisana przez Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej w dniu 16 lipca 1997 r.
Sentencja
Dnia 29 czerwca 2012 roku Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Marzenna Kosewska (spr.). Sędziowie WSA Mirella Ławniczak WSA Szymon Widłak Protokolant: st. sekr. sąd. Janusz Maciaszek po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 26 czerwca 2012 roku przy udziale sprawy ze skargi A. Spółki z ograniczoną odpowiedzialnością w S. na decyzję Dyrektora Izby Celnej z dnia 23 maja 2011 roku nr [...] w przedmiocie stwierdzenia powstania obowiązku zapłaty opłaty paliwowej i określenie jej wysokości za miesiące od stycznia do marca 2005 roku I. uchyla zaskarżoną decyzję, II. zasądza od Dyrektora Izby Celnej na rzecz skarżącej Spółki kwotę [...]- ([...]) złote tytułem zwrotu kosztów postępowania, III. stwierdza, że zaskarżona decyzja nie może być wykonana.
Uzasadnienie
Decyzją z dnia 17 listopada 2009 r., nr [...] Naczelnik Urzędu Celnego– działając na podstawie art. 207 w zw. z art. 21 § 3, art. 53 § 1, § 3, § 4, art. 55 § 1 ustawy z dnia 29.08.1997 r. – Ordynacja podatkowa (t.j. Dz.U. z 2005 r. nr 8 poz. 60 z zm.), art. 37h ust. 1 oraz ust. 2 i art. 37j ust. 1 pkt 4, art. 37k ust. 1, art. 37l ust. 1, art. 37m ust. 1, art. 37n ust. 1i ust. 2, art. 37o ust. 1, art. 37q ustawy z dnia 27.10.1994 r. o autostradach płatnych i Krajowym Funduszu Drogowym (t.j. Dz.U. nr 256 z 2004 r. poz. 2571 z zm.) oraz w związku z wszczętym z urzędu postępowaniem podatkowym w sprawie określenia należnej kwoty opłaty paliwowej z tytułu wprowadzenie do obrotu paliw silnikowych niewiadomego pochodzenia za okres od 01.01.2005 r. do dnia 31.03.2005 r. stwierdził wobec "A." Sp. z o.o. z siedzibą w S. powstanie obowiązku zapłaty opłaty paliwowej i określił wysokość opłaty paliwowej za:
- styczeń 2005 r. w wysokości – [...] zł.;
- luty 2005 r. w wysokości - [...] zł.;
- marzec 2005 r. w wysokości – [...] zł.
określając jej wysokość w łącznej kwocie [...] zł.
W odwołaniu od powyższej decyzji spółka, reprezentowana przez radcę prawnego, wniosła o uchylenie zaskarżonej decyzji w całości.
Odwołująca zarzuciła, że powyższa decyzja została oparta na nieprawdziwych przesłankach, iż wprowadziła ona do obrotu paliwa silnikowe niewiadomego pochodzenia i że ciąży na niej obowiązek uiszczenia podatku akcyzowego od tego paliwa. Ponadto podniosła, że decyzja wydana została z naruszeniem art. 121- 123 Ordynacji podatkowej oraz art. 37j ustawy o autostradach płatnych i Krajowym Funduszu Drogowym.
Decyzją z dnia 23 maja 2011 r., nr [...] Dyrektor Izby Celnej utrzymał w mocy decyzję organu I instancji.
W uzasadnieniu organ wskazał, że Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej decyzją nr [...] z dnia 24 sierpnia 2009 r. określił wobec Spółki "A." z siedzibą w S., zobowiązanie podatkowe w podatku akcyzowym za poszczególne miesiące od stycznia do marca 2005 r. Przedmiotowa decyzja została zaskarżona przez stronę do Dyrektora Izby Celnej, który decyzją nr [...] z dnia 5 maja 2011 r., utrzymał ją w mocy.
Organ wyjaśnił, że konsekwencją powstania obowiązku podatkowego w podatku akcyzowym jest obowiązek uiszczenia opłaty paliwowej. Zgodnie bowiem z art. 37h ust. 1 i ust. 2 ustawy z dnia 27 października 1994 r. o autostradach płatnych i o Krajowym Funduszu Drogowym, opłacie paliwowej podlega wprowadzenie na rynek krajowy paliw silnikowych wykorzystywanych do napędu pojazdów. Przez wprowadzenie na rynek krajowy paliw silnikowych zgodnie z art. 37 h ust. 2 ww. ustawy, rozumie się czynności podlegające opodatkowaniu podatkiem akcyzowym, których przedmiotem są paliwa silnikowe.
Jednocześnie w myśl art. 37j ust. 1 pkt 1 i 4 ww. ustawy, obowiązek zapłaty paliwowej od paliw silnikowych ciąży na podmiocie podlegającym na podstawie przepisów o podatku akcyzowym, obowiązkowi podatkowemu w zakresie podatku akcyzowego od paliw silnikowych. Z kolei obowiązek zapłaty opłaty paliwowej, na podstawie art. 37k ust. 1 tejże ustawy, powstaje z dniem powstania zobowiązania podatkowego w podatku akcyzowym, od paliw silnikowych oraz gazu, o których mowa w art. 37h ustawy z dnia 27 października 1994 r.
Organ odwoławczy zauważył, iż zarzuty strony zawarte w odwołaniu dotyczą zaskarżonej decyzji Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej z dnia 24 sierpnia 2009 r., określającej wobec Spółki "A." zobowiązanie podatkowe w podatku akcyzowym, podczas gdy Dyrektor Izby Celnej wypowiedział się co do ich zasadności i to w sposób szczegółowy w wydanej przez siebie decyzji z dnia 5 maja 2011 r., która uzyskała status decyzji ostatecznej w postępowaniu administracyjnym. Zatem mając na uwadze zasadę ekonomiki procesowej, zasadę dwuinstancyjności postępowania oraz trwałości decyzji ostatecznej, zdaniem organu nie jest celowym, aby ponownie zajmował stanowisko w tej materii.
Ustosunkowując się z kolei do zarzutu odwołania dotyczącego nieprzeprowadzenia w niniejszej sprawie postępowania dowodowego we wskazanym przez stronę zakresie, organ zwrócił uwagę, iż z uzasadnienia ww. decyzji Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej z dnia 24 sierpnia 2009 r. wynika, że Spółka "A." nie była zarejestrowanym podatnikiem podatku akcyzowego oraz, że nabywała nieopodatkowany olej napędowy pochodzący z nieznanego źródła. Konsekwencją powyższego jest również obowiązek obciążenia opłatą paliwową paliwa nieznanego pochodzenia. Taki stan rzeczy prowadzi do tego, że brak jest jakichkolwiek podstaw oraz możliwości do przeprowadzenia przez organy podatkowe dowodów na okoliczność ustalenia, czy od przedmiotowego paliwa została uiszczona opłata paliwowa.
Organ odwoławczy stwierdził zatem, że w przedmiotowej sprawie nie doszło do naruszenia przepisów art. 121, art. 122 i art. 123 Ordynacji podatkowej. Udowodnienie bowiem tej okoliczności jakoby od paliwa podlegającego opodatkowaniu podatkiem akcyzowym została odprowadzona opłata paliwowa leżał po stronie podatnika. Strona powyższego nie udowodniła, nie wskazała również dowodów, które tę okoliczność mogłyby potwierdzić.
Organ II instancji nie zgodził się również z twierdzeniem podatnika, że zaskarżona decyzja Naczelnika Urzędu Celnego, określająca stronie zobowiązanie w opłacie paliwowej, została wydana przedwcześnie.
Jak wskazano powyżej, Dyrektor Izby Celnej wydał w dniu 5 maja 2011 r. decyzję, którą utrzymał w mocy ww. decyzję Dyrektor UKS z dnia 24 sierpnia 2009 r., określającą wobec strony zobowiązanie podatkowe w podatku akcyzowym. W ww. decyzjach wykazano niezbicie, że strona nabywała i zużywała na potrzeby własnej działalności gospodarczej olej napędowy pochodzący z niewiadomego źródła, od którego na wcześniejszym etapie obrotu nie zapłacono akcyzy. Z tego tytułu w myśl art. 4 ust. 3 ustawy o podatku akcyzowym strona stała się podatnikiem. Zatem zaistniały przesłanki powodujące wymagalność opłaty paliwowej, a zobowiązanym do jej uiszczenia stała się spółka.
W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego "A." sp. z o.o. w S., reprezentowana przez radcę prawnego, wniosła o uchylenie w całości zaskarżonej oraz poprzedzającej ją decyzji Naczelnika Urzędu Celnego.
Skarżąca zarzuciła:
1) naruszenie przepisu art. 191 Ordynacji podatkowej poprzez niedokonanie wszechstronnej i właściwej oceny zebranego w sprawie materiału dowodowego;
2) naruszenie przepisu art. 121 § 1 Ordynacji podatkowej poprzez brak bezstronności i nie wyjaśnienie istotnych okoliczności sprawy, a zamiast tego nieprawidłowe odwołanie się w całości do ustaleń poczynionych w innym postępowaniu podatkowym.
W uzasadnieniu skargi strona podniosła, że zobowiązanie za 2005 r. w opłacie paliwowej określone decyzją organu I instancji uległo przedawnieniu, wskutek upływu 5-letniego terminu do przedawnienia zobowiązania podatkowego. W konsekwencji niniejszej postępowanie winno zostać umorzone.
Skarżąca zarzuciła organom celnym, że wydając decyzje oparły się w zakresie ustaleń stanu faktycznego w opłacie paliwowej na ustaleniach poczynionych w decyzji wydanej wobec strony w zakresie podatku akcyzowego za ten sam okres. Zdaniem spółki brak ponownej oceny stanu faktycznego i oceny prawnej w sprawie przez organ odwoławczy, narusza zasadę dwuinstancyjności postępowania. Organ odwoławczy nie przeprowadził bowiem żadnego postępowania dowodowego. Wskazując orzecznictwo strona stwierdziła, że zawarte w art. 37h ustawy odwołanie do przepisów o podatku akcyzowym, nie zmienia faktu, że przepis powyższy w żaden sposób nie uzależnia treści rozstrzygnięcia w zakresie opłaty paliwowej od wyników postępowania podatkowego w zakresie podatku akcyzowego. Ostatecznie skarżąca podniosła, że w każdej ze spraw – w sprawie dotyczącej podatku akcyzowego oraz w sprawie dotyczącej opłaty paliwowej organy zobowiązane były do prowadzenia odrębnego postępowania dowodowego z wykorzystaniem materiału zgromadzonego w danej sprawie.
W odpowiedzi na skargę Dyrektor Izby Celnej wniósł o jej oddalenie, podtrzymując swoje dotychczasowe stanowisko w sprawie.
Za bezzasadny organ uznał zarzut przedawnienia. Wskazał bowiem, że spółka w dniu 3 listopada 2003 r. uregulowała zobowiązanie podatkowe w opłacie paliwowej za miesiące od stycznia do marca 2005 r. Organ wyjaśnił, że zapłata zobowiązania powoduje jego wygaśnięcie. W konsekwencji stwierdził, że w przedmiotowej sprawie zapłata przez podatnika zobowiązania podatkowego przed upływem terminu jego przedawnienia skutkuje brakiem możliwości stwierdzenia jego przedawnienia.
Na rozprawie w dniu 26 czerwca 2012 r. pełnomocnik skarżącej spółki podtrzymał swoje wnioski i stanowisko zawarte w skardze. Ponownie podniósł zarzut przedawnienia, kwestionując stanowisko organu odwoławczego zawarte w odpowiedzi na skargę, że uiszczenie należności przez spółkę wstrzymało bieg terminu przedawnienia. Jego zdaniem jest to sprzeczne z uchwałą siedmiu sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 28 czerwca 2010 r., sygn. akt I FPS 5/09.
Wojewódzki Sąd Administracyjny zważył, co następuje.
Skarga jest zasadna.
W rozpatrywanej sprawie przedmiotem kontroli sądowej była decyzja Dyrektora Izby Celnej z dnia 23 maja 2011 r. utrzymująca w mocy decyzję Naczelnika Urzędu Celnego z dnia 17 listopada 2009 r. stwierdzająca powstanie w stosunku do skarżącej spółki obowiązku zapłaty opłaty paliwowej i określająca wysokość tej opłaty za miesiące od stycznia do marca 2005 r.
Ocena legalności zaskarżonej decyzji Dyrektora Izby Celnej prowadzi do wniosku, iż została ona wydana z naruszeniem przepisów regulujących przedawnienie obowiązku zapłaty opłaty paliwowej i określenia jej wysokości.
Należy zaznaczyć, że będące przedmiotem niniejszej sprawy zobowiązanie zapłaty opłaty paliwowej za miesiące od stycznia do marca 2005 r. powstało z mocy prawa, to znaczy z dniem wystąpienia okoliczności, z którymi przepisy ustawy z dnia 27 października 1994 r. o autostradach płatnych oraz Krajowym Funduszu Drogowym (t.j. Dz.U. z 2004 r. Nr 256, poz. 2571 z późn. zm.) – zwanej dalej ustawą, łączyły powstanie tego obowiązku (art. 21 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej). Zgodnie bowiem z art. 37h ust. 1 ustawy, w brzmieniu obowiązującym w dacie powstania obowiązku zapłaty opłaty paliwowej, wprowadzenie na rynek krajowy paliw silnikowych oraz gazu wykorzystywanych do napędu pojazdów w rozumieniu art. 2 pkt 31 ustawy z dnia 20 czerwca 1997 r. – Prawo o ruchu drogowym podlega opłacie, zwanej dalej "opłatą paliwową". Z kolei w ust 2 powołanego przepisu stwierdzono, że przez wprowadzenie na rynek krajowy paliw silnikowych oraz gazu, o których mowa w ust. 1, rozumie się czynności podlegające opodatkowaniu podatkiem akcyzowym, których przedmiotem są te paliwa silnikowe oraz gaz.
Z bezspornych okoliczności niniejszej sprawy wynika, że Naczelnik Urzędu Celnego decyzją z dnia 17 listopada 2009 r., doręczoną stronie skarżącej w dniu 20 listopada 2009 r., stwierdził powstanie w stosunku do spółki obowiązku zapłaty opłaty paliwowej i określił wysokość tej opłaty za styczeń, luty, marzec 2005 r. Według zgodnych oświadczeń stron, w dniu 3 listopada 2010 r. spółka uiściła wynikającą z decyzji organu I instancji kwotę opłaty paliwowej. Z akt przedmiotowej sprawy wynika, że nie zastosowano środków egzekucyjnych. Następnie decyzją z dnia 23 maja 2011 r., doręczoną stronie w dniu 26 maja 2011 r., Dyrektor Izby Celnej utrzymał w mocy decyzję z dnia 17 listopada 2009 r.
Kwestię przedawnienia obowiązku zapłaty opłaty paliwowej reguluje art. 37o ust. 3 ustawy, który przewiduje 5-letni okres przedawnienia liczony od końca roku kalendarzowego, w którym zapłata powinna nastąpić. Dodatkowo art. 37q stanowi, że do opłaty paliwowej stosuje się odpowiednio przepisy ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa, z zastrzeżeniem art. 37o ust. 3. Z kolei art. 37o ust. 1 pkt 1 ustawy nakłada na podatników obowiązek składania informacji o opłacie paliwowej właściwemu naczelnikowi urzędu celnego oraz obliczania i wpłacania opłaty paliwowej w terminie do 25 dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym powstał obowiązek zapłaty – w przypadkach, o których mowa w art. 37j ust. 1 pkt 1, 3 i 4. Zatem zapłata opłaty paliwowej objętej niniejszą decyzją powinna nastąpić odpowiedni do dnia 25 lutego, 25 marca i 25 kwietnia 2005 r. W konsekwencji 5-letni okres przedawnienia liczony od końca roku kalendarzowego, w który zapłata powinna nastąpić upłynął z końcem 31 grudnia 2010 r. Tymczasem, jak wskazano powyżej, w dniu 3 listopada 2010 r. skarżąca uiściła opłatę paliwową w wysokości wynikającej z decyzji organu I instancji, w wyniku czego obowiązek zapłaty opłaty paliwowej wygasł na podstawie art. 59 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej w związku z powołanym powyżej art. 37q ustawy. Następnie zaskarżoną decyzją z dnia 23 maja 2011 r., doręczoną stronie w dniu 26 maja 2011 r., czyli już po terminie przedawnienia, Dyrektor Izby Celnej utrzymał w mocy decyzję organu I instancji z dnia 17 listopada 2009 r.
W konsekwencji kwestia sporna między strona sprowadzał się do oceny dopuszczalności wydania w niniejszej sprawie przez organ odwoławczy po upływie terminu przedawnienia decyzji określającej powstanie obowiązku zapłaty opłaty paliwowej, która wcześniej wygasła na skutek jej zapłaty.
W wyroku zapadłym w składzie siedmioosobowym z dnia 28 czerwca 2010 r., sygn. akt I FPS 5/09 Naczelny Sąd Administracyjny stwierdził, że w sytuacji, gdy zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług wygasło w skutek zapłaty (art. 59 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej), nie można po upływie terminu przedawnienia określonego w art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej, wbrew interesowi prawnemu podatnika orzekać o wysokości tego zobowiązania podatkowego.
Należy zauważyć, że choć powołane orzeczenie dotyczy zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług i dokonuje wykładni niemającego zastosowania w niniejszej sprawie art. 70 § 1 O. p., to jednak ze względu na sposób uiszczania opłaty paliwowej podobny do przyjętego w VAT (tj. składanie miesięcznych deklaracji, samoobliczenie zobowiązania) oraz jednakowe brzmienie art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej i art. 37o ust. 3 ustawy, a także – wynikające z art. 37q ustawy – odpowiednie stosowanie do opłaty paliwowej przepisów Ordynacji podatkowej, z zastrzeżeniem art. 37o ust. 3 ustawy, stanowisko Naczelnego Sądu Administracyjnego jest pomocne przy dokonywaniu oceny legalności zaskarżonej decyzji.
Sąd w składzie rozpoznającym niniejszą skargę w pełni podziela poglądy wyrażone w powyższym wyroku NSA z dnia 28 czerwca 2010 r.
W uzasadnieniu omawianego orzeczenia NSA stwierdził, że nie może budzić żadnych wątpliwości to, iż po upływie terminu przedawnienia określonego w art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej, w sytuacji gdy zobowiązanie podatkowe wcześniej wygasło na skutek jego zapłaty, niedopuszczalne jest wydawanie decyzji określającej zobowiązanie podatkowe (por. wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 6 listopada 2003 r., III SA 3066/01, Mon. Podat. 2004, nr 3, s. 42; z dnia 14 maja 2003 r., SA/Rz 1153/01, POP 204, nr 4, poz. 80; z dnia 7 maja 2003 r., I SA/Wr 2282/00, PP 2003, nr 10, s. 63). W związku z powyższym nie można przyjąć, że wpłata podatku stwarza taki stan prawny, iż organ podatkowy nabywa prawo do wydawania decyzji bez żadnych ograniczeń czasowych. Okoliczność, że podatnik wpłacił podatek, nie może w tak znaczący sposób pogorszyć sytuacji prawnej tego podmiotu w porównaniu z podatnikiem, który nie zrealizował swojego obowiązku podatkowego. Wykładnia przepisu art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej nie może dyskryminować podatnika, który wywiązuje się ze swoich obowiązków uiszczając daninę publicznoprawną, a preferować tych podatników, którzy tych obowiązków nie realizują. Sprzeciwia się temu zasada równości, wyrażona w art. 32 ust. 1 Konstytucji. Zgodnie z tym unormowaniem wszyscy są wobec prawa równi. Wszyscy mają prawo do równego traktowania przez władze publiczne. W związku z tym przyjęcie w ramach wykładni prawa różnicowania skutków upływu terminu z art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej w zależności od tego, czy podatnik wpłacił podatek, bądź też tego nie uczynił, prowadziłoby do wykładni sprzecznej z Konstytucją, a głównie z zasadą demokratycznego państwa prawa i wynikającą z niej zasadą równości i sprawiedliwości.
Stanowisko to nie pozostaje przy tym w sprzeczności z w pełni akceptowanym przez Sąd stanowiskiem judykatury, że zaistnienie jednego ze zdarzeń przewidzianych w art. 59 § 1 pkt 1-9 Ordynacji podatkowej wyklucza możliwość wygaśnięcia zobowiązania podatkowego z pozostałych przyczyn. Nie może bowiem ponownie wygasnąć zobowiązanie podatkowe, które już nie istnieje (por. wyrok Sądu Najwyższego z dnia 21 maja 2003 r., III RN 76/01, OSNP 2003, nr 7, poz. 162, uchwała NSA z dnia 6 października 2003 r., FPS 8/03, ONSAiWSA 2004, nr 1, poz. 7). Jednakże stanowisko to dotyczy skutków materialnoprawnych upływu terminu przedawnienia, nie odnosi się natomiast do jego skutków procesowych.
Podatnik w procesie samoobliczenia swojego zobowiązania podatkowego z różnych względów może zadeklarować i w konsekwencji wpłacić podatek w innej wysokości niż faktycznie istniejące, powstałe z mocy prawa zobowiązanie podatkowe. W związku z tym zobowiązanie podatkowe, stosownie do treści art. 59 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej wygaśnie w całości tylko wówczas, gdy podatnik wpłaci podatek w takiej samej lub w wyższej kwocie niż wynikający z zobowiązania podatkowego powstałego z mocy prawa. W takiej sytuacji zobowiązanie podatkowe przestaje istnieć. Termin przedawnienia zobowiązania podatkowego nie biegnie dalej. Odmienna sytuacja zachodzi, gdy podatnik wpłaca kwotę podatku mniejszą niż rzeczywista wysokość zobowiązania podatkowego. W takiej sytuacji następuje wygaśnięcie zobowiązania podatkowego w części. Natomiast w pozostałym zakresie zobowiązanie nadal istnieje. Dalej biegnie termin przedawnienia w stosunku do pozostałej części zobowiązania podatkowego. Zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług powstaje z mocy prawa i rzeczywista jego wielkość nie jest pewna. W związku z tym nie wiadomo, czy zobowiązanie podatkowe wygasło w całości lub w części, a zatem, czy istnieje zobowiązanie podatkowe w pewnym zakresie. Dlatego też organ podatkowy jest uprawniony do weryfikacji samoobliczenia podatnika. Sytuacja zmienia się po upływie terminu określonego w art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej, albowiem nie ma już żadnych wątpliwości, iż zobowiązanie wygasło w całości. Nawet bowiem, gdy zapłacony podatek był w niższej wysokości niż wynikający z mocy prawa, a zatem nastąpiło wygaśnięcie zobowiązania podatkowego w części (art. 59 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej), to w pozostałej istniejącej części wygasł na skutek przedawnienia. Z momentem upływu terminu przedawnienia nikt nie ma wątpliwości, że zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług wygasło w całości. Zatem nie istnieje już stosunek prawny. Nie ma konieczności weryfikowania treści zobowiązania podatkowego. Skarb Państwa nie ma już żadnego interesu prawnego we wszczynaniu i prowadzeniu takiego postępowania, które z punktu widzenia interesów budżetowych państwa może tylko generować koszty, bez perspektyw wpływu środków. Zasada efektywności działania organów administracji publicznej sprzeciwia się prowadzeniu takich postępowań. Wprawdzie Ordynacja podatkowa nie wprowadza pojęcia "interesu prawnego", jako elementu koniecznego do prowadzenia postępowania podatkowego, to jednak nie można abstrahować od celowości i efektywności działań organów administracji publicznej.
Naczelny Sąd Administracyjny zawrócił następnie uwagę na funkcję gwarancyjną instytucji przedawnienia dla podatnika. Na skutek upływu terminu przedawnienia następuje stabilizacja sytuacji prawnej podatnika. Nabywa on pewność, że jego stosunek zobowiązaniowy w sferze publicznoprawnej nie ulegnie już zmianie. Z drugiej strony organy administracji publicznej, które w okresie biegu terminu przedawnienia nie podjęły stosownych działań prawnych, pozbawione są możliwości ingerencji w prawa i obowiązki podatnika. Następuje więc po obu stronach, nieistniejącego już zobowiązania podatkowego, stan pewności w zakresie wzajemnych zobowiązań i uprawnień. Instytucja przedawnienia znana jest w niemal wszystkich gałęziach prawa, zarówno w tych zaliczanych do prawa publicznego, jak i prywatnego. Pełni ona wszędzie zbliżoną rolę. Przy czym bardzo istotne znaczenie w prawie podatkowym wiąże się z brakiem równości stron stosunku prawnego w tej dziedzinie prawa, a także z możliwością dużej ingerencji organów administracji publicznej w prawa podatnika. Ponadto przedawnienie, które jak stwierdzono pełni funkcje gwarancyjne i stabilizacyjne, we wszystkich gałęziach prawa jest instytucją zastrzeżoną na rzecz dłużnika. Szczególnie jest to istotne w prawie podatkowym. Oznacza to, że podatnik może powoływać się na dobrodziejstwa płynące z instytucji przedawnienia. Takiego uprawnienia zaś nie posiada opieszały organ podatkowy, który nie może czerpać korzyści z faktu, że w terminie przedawnienia nie zdołał wydać ostatecznej decyzji określającej zobowiązanie podatkowe.
Naczelny Sąd Administracyjny zauważył, że przepisem procesowym, realizującym instytucję prawa materialnego w postaci przedawnienia zobowiązania podatkowego, jest przepis art. 208 § 1 Ordynacji podatkowej. Stosowanie do treści tego przepisu, w sytuacji, gdy postępowanie z jakiejkolwiek przyczyny stało się bezprzedmiotowe, w szczególności w razie przedawnienia zobowiązania podatkowego, organ podatkowy wydaje decyzję o umorzeniu postępowania. Nie ma zatem wątpliwości, że w aktualnym stanie prawnym, po upływie terminu przedawnienia postępowanie podatkowe staje się bezprzedmiotowe. Postępowanie nie powinno być zatem wszczynane, a wszczęte powinno zostać umorzone. Na gruncie art. 208 § 1 Ordynacji podatkowej brak jest podstaw prawnych do odróżnienia skutków upływu terminu przedawnienia, które nastąpiło po zapłaci podatku, od sytuacji, gdy nie nastąpiła taka zapłata.
Sąd stwierdził jednak, że jedynie wówczas, gdy termin przedawnienia upłynąłby w trakcie trwania postępowania podatkowego, a interes prawny podatnika, artykułowany w sposób jednoznaczny w pismach procesowych, przemawiał za orzekaniem w przedmiocie zobowiązanie podatkowego, organ podatkowy, mimo upływu terminu przedawnienia, obowiązany byłby do wydania decyzji (na korzyść strony określając niższą kwotę podatku niż zapłacona przez podatnika).
Mając na względzie powyższe stanowisko Naczelnego Sądu Administracyjnego za niezasadną należy uznać argumentację organu odwoławczego, że uiszczenie opłaty paliwowej stwarza taki stan prawny, iż organ podatkowy nabywa prawo do wydania decyzji bez żadnych ograniczeń czasowych. Sytuacja taka, wobec przedawnienia opłaty paliwowej, stanowiącego ujemną przesłankę procesową określoną w art. 208 § 1 Ordynacji podatkowej, jest niedopuszczalna,
W konsekwencji Dyrektor Izby Celnej naruszył art. 37o ust. 3 ustawy w związku z art. 208 § 1 Ordynacji podatkowej w związku z art. 37q ustawy poprzez wydanie zaskarżonej decyzji już po terminie przedawnienia opłaty paliwowej. Orzekanie w sprawie, w której zachodziła ujemna przesłanka procesowa, jaką jest przedawnienie zobowiązania podatkowego skutkujące bezprzedmiotowością postępowania stanowi naruszenie prawa (por. wyroki NSA z dnia 27 stycznia 2011 r., sygn. akt I GSK 14/10, z dnia 20 lipca 2010 r., sygn. akt I FSK 1451/09, CBOSA).
Odnośnie pozostałych zarzutów skargi, w sytuacji uwzględnienia najdalej idącego zarzutu przedawnienia wymagającego rozpoznania w pierwszej kolejności, stwierdzić należy ich bezprzedmiotowość, gdyż organ odwoławczy w ogóle nie powinien orzekać co do istoty w niniejszej sprawie.
W tym stanie sprawy Sąd, na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a i lit. c ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz.U. z 2010 r., poz. 270), orzekł jak w punkcie I sentencji wyroku. O wstrzymaniu wykonania zaskarżonej decyzji orzeczono na podstawie art. 152 powołanej ustawy, a o kosztach postępowania, na podstawie art. 200 i art. 205 § 2 wskazanej ustawy w związku z § 14 ust. 2 pkt 1 lit. a w zw. z § 6 pkt 4 rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 28 września 2002 r. w sprawie opłata za czynności radców prawnych oraz ponoszenia przez Skarb Państwa kosztów pomocy prawnej udzielonej przez radcę prawnego ustanowionego z urzędu (Dz.U. Nr 163, poz. 1349 ze zm.).