II FSK 895/25

Wojewódzki Sąd Administracyjny w ŁodziŁódź2025-12-09
NSApodatkoweŚredniawsa
VATzwrot podatkuprzedłużenie terminuleki recepturoweNFZkontrola podatkowanieprawidłowościaptekapostanowienie

Podsumowanie

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi oddalił skargę spółki jawnej na postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej przedłużające termin zwrotu nadwyżki VAT, uznając zasadność działań organu podatkowego.

Spółka jawna zaskarżyła postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej przedłużające termin zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za marzec 2025 r. do kwietnia 2026 r. Organ podatkowy argumentował potrzebę weryfikacji ze względu na wątpliwości dotyczące prawidłowości rozliczeń, wzrost sprzedaży leków recepturowych i potencjalne nieprawidłowości w realizacji recept refundowanych przez NFZ. Sąd uznał, że przedłużenie terminu było uzasadnione, gdyż zasadność zwrotu wymagała dodatkowej weryfikacji, a działania organów były zgodne z prawem.

Sprawa dotyczyła skargi J. W. Spółki jawnej na postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Łodzi, które utrzymało w mocy postanowienie Naczelnika Pierwszego Urzędu Skarbowego o przedłużeniu terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za marzec 2025 r. do 30 kwietnia 2026 r. Organ podatkowy powziął wątpliwości co do prawidłowości rozliczenia, wskazując na znaczący wzrost sprzedaży leków recepturowych, nabycia surowców i opakowań, a także potencjalne nieprawidłowości w realizacji recept refundowanych przez NFZ, które doprowadziły do wszczęcia postępowania karnego. Spółka zarzucała naruszenie przepisów dotyczących zwrotu VAT, zasady neutralności VAT oraz zasady szybkości postępowania. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi oddalił skargę, uznając, że przedłużenie terminu zwrotu było uzasadnione potrzebą dodatkowej weryfikacji rozliczenia podatnika, zgodnie z art. 87 ust. 2 ustawy o VAT. Sąd podkreślił, że działania organów miały na celu zabezpieczenie interesów budżetu państwa i zapobieganie oszustwom podatkowym, a sposób doręczenia postanowienia pełnomocnikowi spółki był zgodny z prawem.

Potrzebujesz głębszej analizy? Agent AI przeanalizuje tę sprawę na tle orzecznictwa i odpowiedniego stanu prawnego.

Sprawdź

Zagadnienia prawne (2)

Odpowiedź sądu

Tak, przedłużenie terminu zwrotu jest zasadne, gdy organ podatkowy powziął uzasadnione wątpliwości co do zasadności zwrotu i podjął czynności w celu ich weryfikacji, co ma na celu zabezpieczenie interesów budżetu państwa.

Uzasadnienie

Sąd uznał, że przedłużenie terminu zwrotu VAT jest dopuszczalne, gdy organ podatkowy stwierdzi, że zasadność zwrotu wymaga dodatkowej weryfikacji, co jest zgodne z celem przepisu jakim jest zapobieganie oszustwom podatkowym i nadużyciom. W tej sprawie istniały uzasadnione wątpliwości co do prawidłowości rozliczeń spółki, w tym związane z transakcjami z kontrahentami i realizacją recept refundowanych przez NFZ.

Rozstrzygnięcie

Decyzja

oddalono_skargę

Przepisy (15)

Główne

u.p.t.u. art. 87 § ust. 2

Ustawa o podatku od towarów i usług

Przepis ten przyznaje organowi podatkowemu kompetencje do przedłużenia terminu zwrotu różnicy podatku, jeśli organ uzna, że zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania. Nie jest to przepis, na podstawie którego rozstrzyga się o zasadności zwrotu różnicy podatku, a jedynie o wydłużeniu trybu postępowania w tym zakresie.

Pomocnicze

O.p. art. 274 § b § 1

Ordynacja podatkowa

O.p. art. 233 § § 1 pkt 1

Ordynacja podatkowa

O.p. art. 239

Ordynacja podatkowa

O.p. art. 125 § § 1

Ordynacja podatkowa

O.p. art. 121 § § 1

Ordynacja podatkowa

O.p. art. 127

Ordynacja podatkowa

ustawa o KAS art. 35b

Ustawa o Krajowej Administracji Skarbowej

Ustawa o informatyzacji działalności podmiotów realizujących zadania publiczne art. 3 § pkt 3

Ustawa o informatyzacji działalności podmiotów realizujących zadania publiczne art. 1 § pkt 8

O.p. art. 144 § § 1a

Ordynacja podatkowa

O.p. art. 144 § § 5

Ordynacja podatkowa

O.p. art. 145 § § 2

Ordynacja podatkowa

p.p.s.a. art. 151

Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi

p.p.s.a. art. 106 § § 3

Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi

Argumenty

Skuteczne argumenty

Zasadność przedłużenia terminu zwrotu VAT ze względu na potrzebę dodatkowej weryfikacji rozliczenia. Skuteczność doręczenia postanowienia pełnomocnikowi za pośrednictwem e-Urzędu Skarbowego.

Odrzucone argumenty

Naruszenie zasady neutralności VAT i proporcjonalności poprzez przedłużenie terminu zwrotu. Naruszenie zasady szybkości i prostoty postępowania podatkowego. Brak uzasadnienia dla tak długiego okresu przedłużenia zwrotu. Naruszenie zasady dwuinstancyjności poprzez powołanie się na okoliczności nieanalizowane przez organ I instancji. Nieprawidłowe doręczenie postanowienia pełnomocnikowi.

Godne uwagi sformułowania

zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania możliwość kontroli przez organy podatkowe, że wykazywana przez podatnika nadwyżka podatku naliczonego nad należnym jest zgodna z rzeczywistością Regulacja ta ma służyć zwalczaniu oszustw podatkowych i nadużyć. Kwestionowany przepis powinien być traktowany jako jeden z instrumentów równoważenia praw podatnika i interesów Skarbu Państwa. doręczenie na konto w systemie teleinformatycznym organu podatkowego ma pierwszeństwo przed doręczeniem na adres do doręczeń elektronicznych.

Skład orzekający

Bożena Kasprzak

przewodniczący sprawozdawca

Cezary Koziński

sędzia

Tomasz Furmanek

asesor

Informacje dodatkowe

Wartość precedensowa

Siła: Średnia

Powoływalne dla: "Uzasadnienie przedłużenia terminu zwrotu VAT w przypadku wątpliwości co do zasadności zwrotu, a także kwestie związane ze skutecznym doręczaniem pism pełnomocnikom w postępowaniu elektronicznym."

Ograniczenia: Sprawa dotyczy specyficznej sytuacji apteki i potencjalnych nieprawidłowości związanych z lekami recepturowymi i refundacjami NFZ, co może ograniczać jej bezpośrednie zastosowanie w innych branżach.

Wartość merytoryczna

Ocena: 6/10

Sprawa dotyczy ważnego aspektu postępowania podatkowego – przedłużania terminu zwrotu VAT, co jest istotne dla wielu przedsiębiorców. Dodatkowo, wątki związane z potencjalnymi oszustwami podatkowymi i nieprawidłowościami w refundacjach leków recepturowych dodają jej kontekstu i budzą zainteresowanie.

Długie czekanie na zwrot VAT: Sąd wyjaśnia, kiedy organy mogą przedłużać termin i jak doręczać pisma.

Dane finansowe

WPS: 40 897 PLN

Agent AI dla prawników

Masz pytanie dotyczące tej sprawy?

Zapytaj AI Research — przeanalizuje to orzeczenie w kontekście ponad 1,4 mln innych spraw i aktualnych przepisów.

Wyszukiwanie w 1,4 mln orzeczeń SN, NSA i sądów powszechnych
Dogłębna analiza z powołaniem na źródła
Zadawaj pytania uzupełniające — jak rozmowa z ekspertem

Powiązane tematy

Pełny tekst orzeczenia

I SA/Łd 599/25 - Wyrok WSA w Łodzi
Data orzeczenia
2025-12-09
orzeczenie nieprawomocne
Data wpływu
2025-10-15
Sąd
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi
Sędziowie
Bożena Kasprzak /przewodniczący sprawozdawca/
Cezary Koziński
Tomasz Furmanek
Symbol z opisem
6110 Podatek od towarów i usług
Hasła tematyczne
Podatkowe postępowanie
Podatek od towarów i usług
Skarżony organ
Dyrektor Izby Administracji Skarbowej
Treść wyniku
Oddalono skargę
Powołane przepisy
Dz.U. 2024 poz 361
art. 87 ust. 2
Ustawa z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług
Sentencja
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi – Wydział I w składzie następującym: Przewodnicząca: Sędzia WSA Bożena Kasprzak (spr.) Sędziowie: Sędzia WSA Cezary Koziński Asesor WSA Tomasz Furmanek Protokolant: St. specjalista Dorota Choińska po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 9 grudnia 2025 r. sprawy ze skargi J. W. Spółki jawnej z siedzibą w Ł. na postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Łodzi z dnia 3 września 2025 r. nr 1001-IOV-3.4033.18.2025.7.U08.JPG w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za marzec 2025 r. oddala skargę.
Uzasadnienie
Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Łodzi (dalej również "DIAS" lub "organ II instancji") postanowieniem z 3 września 2025 r. utrzymał w mocy postanowienie Naczelnika Pierwszego Urzędu Skarbowego Łódź-Bałuty z dnia 9 czerwca 2025 r. w sprawie przedłużenia spółce jawnej J. W. (dalej: skarżąca, strona, podatnik, Spółka, apteka) do 30 kwietnia 2026 r. terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za marzec 2025 r.
W uzasadnieniu powyższego postanowienia wyjaśniono, że dniu 23 kwietnia 2025 r. Spółka złożyła deklarację VAT-7 za marzec 2025 r., wykazując nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym w kwocie 40.897,00 zł, w tym: do zwrotu na rachunek bankowy w terminie 60 dni kwotę 40.000,00 zł i do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy kwotę 897,00 zł.
Naczelnik Pierwszego Urzędu Skarbowego Łódź- Bałuty powziął wątpliwości co do prawidłowości rozliczenia przez Spółkę podatku od towarów i usług za marzec 2025 r. i w związku z koniecznością dokonania weryfikacji zasadności zadeklarowanego zwrotu, postanowieniem z dnia 9 czerwca 2025 r., przedłużył termin nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy za ww. okres rozliczeniowy do dnia 30 kwietnia 2026 r.
W toku czynności sprawdzających Naczelnik Pierwszego Urzędu Skarbowego Łódź- Bałuty podatkowy ustalił, że największymi wystawcami faktur na rzecz strony były m.in. Spółka z o.o. N. i G. S.A. Jednocześnie organ I instancji wskazał, mając na względzie ustalenia za inne okresy rozliczeniowe, tj. za grudzień 2023 r. oraz za styczeń, marzec, kwiecień, listopad i grudzień 2024 r., styczeń i luty 2025 r., że podjęte czynności wykazały znaczący wzrost udziału sprzedaży leków recepturowych w sprzedaży ogółem.
Wraz ze wzrostem sprzedaży leków recepturowych w stawce VAT 8%, występują na dużą skalę nabycia surowców farmaceutycznych ze stawką 23%, wśród których są: opakowania do leków recepturowych, surowce do produkcji leków recepturowych oraz nabycia pozostałe. Pomimo wprowadzenia od stycznia 2024 r. limitów refundacji na surowce farmaceutyczne, przy jednoczesnym braku limitu na opakowania - widoczne jest w Spółce zjawisko nabywania opakowań do leków recepturowych, mających znaczną wartość w stosunku do surowca farmaceutycznego, z którego wykonywane są leki recepturowe. Łączny udział wartości komponentów do wartości zakupywanych opakowań wynosi 42,37 % do 57,63 %. Różnica pomiędzy nabyciem towarów opodatkowanych stawką 23 %, a dostawą towarów opodatkowanych stawką 8 %, ma wpływ na wnioskowaną kwotę zwrotu bezpośredniego.
Dokonując analizy poczynionych ustaleń organ I Instancji powziął wątpliwość odnośnie fizycznych możliwości wytworzenia przez Spółkę deklarowanej ilości leków recepturowych, biorąc pod uwagę osoby, które de facto się tym zajmowały (2 osoby), tj.: pracownik i wspólnik Spółki- J. W.
Celem ustalenia stanu faktycznego w zakresie dokonywanych przez skarżącą transakcji, Naczelnik Pierwszego Urzędu Skarbowego Łódź-Bałuty zwrócił się do NFZ w Łodzi oraz do Centrum e-Zdrowia w W. z prośbą o udzielenie informacji niezbędnych do wyjaśnienia prowadzonej sprawy. Jednocześnie Naczelnik Pierwszego Urzędu Skarbowego Łódź -Bałuty wskazał, że struktura nabyć za marzec 2025 r. nie odbiega od struktury nabyć za wcześniej weryfikowane okresy rozliczeniowe m.in. za grudzień 2023 r., styczeń, marzec, kwiecień, lipiec, listopad, grudzień 2024 r., styczeń i luty 2025 r.
W wyniku analizy zestawienia zakupów i sprzedaży za ww. okresy rozliczeniowe organ I Instancji powziął szereg wątpliwości co do prawidłowości rozliczenia podatku od towarów usług za okresy objęte kontrolą podatkową, jak i czynnościami sprawdzającymi. Weryfikacja rozliczenia podatku od towarów i usług za ww. miesiące nie zakończyła się, zaś weryfikacja zasadności zwrotu podatku za marzec 2025 r. jest obecnie procedowana w ramach czynności sprawdzających.
Biorąc pod uwagę powyższe, Naczelnik Pierwszego Urzędu Skarbowego Łódź-Bałuty, postanowieniem z dnia 9 czerwca 2025 r. przedłużył termin zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym na rachunek bankowy za marzec 2025 r. do dnia 30 kwietnia 2026 r.
Od postanowienia organu I instancji strona wniosła zażalenie.
Organ II instancji, powołując się na art. 87 ust. 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t.j.: Dz. U. z 2024 r., poz. 361 – dalej u.p.t.u. lub VAT) i art. 274 b § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t.j.: Dz. U. z 2025 r., poz. 111 – dalej O.p.) oraz przytaczając i uzupełniając argumentację organu I instancji wskazał, że z informacji przekazanych przez Łódzki Oddział Wojewódzkiego Narodowego Funduszu Zdrowia w Łodzi (dalej: NFZ) wynika, iż realizacja wskazanych recept przez spółkę na lek recepturowy nastąpiła z naruszeniem obowiązujących przepisów dotyczących refundacji.
Powołując się na ustalenia organu I instancji DIAS przypomniał, że J. W. Sp. J. rozpoczęła działalność gospodarczą w 2007 r., w ramach której prowadzi aptekę stacjonarną w Ł., przy ul. [...] oraz w jej ramach aptekę internetową pn. [...], sklep internetowy [...] oraz posiada konto na platformie sprzedażowej [...].pl o nazwie [...]. Od stycznia 2011 r. do kwietnia 2023 r. skarżąca nie występowała o zwrot podatku od towarów i usług, a w rozliczeniach za te okresy wykazywała kwoty do wpłaty lub nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny miesiąc, rozliczaną w kolejnych okresach.
Z uwagi na fakt, iż w działalności apteki od maja 2023 r. nastąpił znaczny wzrost realizacji recept na leki recepturowe i w związku z tym, że strona od tego miesiąca zaczęła wykazywać znaczne kwoty związane z nabywaniem komponentów do produkcji tych leków, głównie od Spółek: N. i M., Naczelnik Pierwszego Urzędu Skarbowego Łódź-Bałuty podjął szereg działań, zarówno (w trakcie kontroli podatkowej, jak i na etapie czynności sprawdzających) w celu ustalenia stanu faktycznego dotyczącego rozliczeń strony, przebiegu transakcji z ww. podmiotami i innymi firmami, zakupów oraz wykazanych dostaw. Oprócz zwrócenia się do NFZ Naczelnik Pierwszego Urzędu Skarbowego Łódź-Bałuty wezwał głównych kontrahentów skarżącej, w tym spółki N. i M. do udostępnienia dokumentów dotyczących transakcji zawartych ze Spółką skarżącą, tj. w szczególności dowodów zapłaty za faktury, umów handlowych, składanych zamówień, wszelkich dowodów dotyczących transportu towarów, jak i faktur dotyczących nabyć towarów. Organ I wystąpił również do Centrum e-Zdrowie z prośbą o przekazanie danych zawartych w poszczególnych Dokumentach Realizacji Recepty wytworzonych do recept dotyczących leku recepturowego zrealizowanych przez Spółkę skarżącą, z tytułu których ww. podmiot otrzymał refundację.
W odpowiedzi na skierowane zapytania w trakcie czynności sprawdzających i kontrolnych dotyczących poprzednich okresów, Łódzki Oddział Wojewódzkiego Narodowego Funduszu Zdrowia w Łodzi (dalej: NFZ) poinformował organ I instancji, że realizacja recept przez J. W. Sp. J. na lek recepturowy w okresie od 16 lipca 2023 r. do 31 lipca 2023 r. na kwotę refundacji 385.835,21 zł nastąpiła z naruszeniem obowiązujących przepisów dotyczących refundacji. Przeprowadzona weryfikacja wykazała, że w przypadku 175 recept leki zostały sporządzone w bardzo krótkim czasie, uniemożliwiającym prawidłowe sporządzenie postaci leku zgodnie z wymaganiami farmakopealnymi i w związku z tym NFZ (pismo z dnia 5 lutego 2024 r. nr NFZ05-WGL-II.4330.2.2024) i wezwał Spółkę do złożenia dokumentów korygujących, w tym do korekty zestawień zbiorczych dla recept zrealizowanych z naruszeniem przepisów na kwotę refundacji 385.835,21 zł. Jak wynika z dalszej korespondencji Naczelnika z NFZ, Spółka skorygowała kwotę ww. refundacji w pełnej wysokości, usuwając kwestionowane przez NFZ recepty na leki recepturowe.
W przedmiotowej sprawie, dotyczącej rozliczenia za marzec 2025 r., organ I instancji również prowadził korespondencję z Łódzkim Oddziałem Wojewódzkim NFZ oraz Centrum e-Zdrowie, mającą na celu pozyskanie informacji mogących mieć wpływ na ustalenie stanu faktycznego w zakresie dokonywanych przez Spółkę transakcji. W odpowiedzi uzyskał zestawienie danych zawierające wnioskowane informacje, które to pliki są obecnie przedmiotem pogłębionej analizy organu I instancji. Ma to na celu prześledzenie ścieżki - od otrzymania recepty do wydania leku i ustalenie prawidłowości rozliczeń podatku należnego i naliczonego.
NFZ potwierdził to, o czym informował w poprzednich pismach, iż od początku 2023 r. obserwuje rosnące koszty refundacji leków recepturowych. Proceder związany ze wzrostem obrotu lekiem recepturowym obserwuje także w Aptece mgr farm. J. W.. Podjęcie współpracy w ww. obszarze przez wybranych lekarzy, zdaniem NFZ, wskazuje na manipulowanie obrotem refundowanymi lekami recepturowymi. Poinformował, iż w tej materii zostały złożone do prokuratury przez prezesa NFZ zawiadomienia o możliwości popełnienia przestępstwa. " Zawiadomienie Narodowego Funduszu Zdrowia z dnia 27 marca 2024 r. zostało przesłane przez Prokuraturę Krajową w Warszawie do Prokuratury Okręgowej w Piotrkowie Trybunalskim, która włączyła je, z uwagi na łączność przedmiotowo-podmiotową, do uprzednio wszczętego śledztwa [...]. Przedmiotowe zawiadomienie prezesa NFZ dotyczyło wyłudzenia w okresie od 1 stycznia 2022 r. do 31 grudnia 2023 r. refundacji za leki recepturowe na kwotę nie mniejszą niż 60.174.625,80 zł. Zawiadomieniem o przestępstwie została objęta m.in. ww. Apteka. Ustalono, że sama tylko wartość refundacji leków recepturowych wytworzonych w Aptece mgr farm. J. W.(...), w związku z receptami wystawionymi przez J. J. wyniosła 6.189.260,12 zł." (NFZ w piśmie z dnia 21 października 2024 r.).
W marcu 2025 r. Apteka zrealizowała 966 recept, które zostały wystawione przez czterech lekarzy, na rzecz pacjentów przebywających w dziewięciu domach opieki społecznej na terenie całej Polski.
W toku wszczętych czynności sprawdzających dokonano badania złożonych przez Spółkę oraz jej kontrahentów plików JPK za marzec 2025 r. Największym kontrahentem mającym udział w nabyciach dokonanych przez Spółkę była N. Sp. z o.o. (76,52%). J. W. Sp. J. została wezwana do przedłożenia dokumentów wymienionych w wezwaniu 1008-SKA-1.4033.178.7.2025.15, UNP 1008-25-037482 z 7 maja 2025 r. Nie okazała jednak wszystkich dokumentów wskazanych w wezwaniu. Brak było części faktur nabyć do przedłożenia których Spółka została ponownie wezwana pismem z 2 czerwca 2025 r. - nr 1008- SKA-1.4033.178.7.2025.26 UNP: 1008-25-046349.
Z powyższego wynika, według DIAS, iż organ I instancji, w toku prowadzonych czynności weryfikacyjnych, podejmował działania zmierzające do prawidłowej oceny rozliczenia podatku od towarów i usług zarówno za wcześniejsze okresy rozliczeniowe, jak i marzec 2025 r. polegające na ustaleniu faktycznego przebiegu transakcji. Przypomniano, że wobec strony prowadzona jest nadal kontrola podatkowa (wszczęta w dniu 22 kwietnia 2024 r.) w zakresie sprawdzenia zasadności zwrotu bezpośredniego podatku od towarów oraz sprawdzenia prawidłowości wywiązywania się z obowiązków wynikających z przepisów ustawy o podatku od towarów i usług za okres maj 2023 r. -styczeń 2024 r. Z urzędu Dyrektorowi Izby Administracji Skarbowej wiadomo, iż termin zakończenia kontroli podatkowej został wyznaczony na koniec roku 2025 r.
Naczelnik Pierwszego Urzędu Skarbowego Łódź-Bałuty dokonał przesłuchania wspólników J. W. Sp. J., tj. J. W. i A. C.. Z treści tych zeznań wynika też, że kontakt do hurtowni M. i N. został znaleziony za pośrednictwem internetu. Odwołujący nie zawierał z tymi podmiotami pisemnych umów o współpracy handlowej (w przeciwieństwie do umów zawieranych z innymi firmami dostarczającymi inne leki), wszystkie uzgodnienia były dokonywane telefonicznie lub mailowo, tym samym kontakt z tymi podmiotami odbywał się wyłącznie telefonicznie. Strona zeznała również, że żaden ze wspólników Spółki nie był w siedzibach i miejscach prowadzenia działalności tych dostawców. Z zeznań J. W. wynika, że nie pamięta adresów tych firm, nie zna żadnych nazwisk przedstawicieli tych podmiotów, a rozmawiał tylko z pracownikami ww. Spółek (Panią L. i Panem D. z firmy N.). Ze Spółki M. nie zna żadnej osoby. Od tych Spółek strona nie otrzymała żadnej oferty handlowej. W przeciwieństwie do firm, od których strona nabywała inne towary (leki) - od Spółek N.i M. nie przyjeżdżał żaden przedstawiciel. Również A. C.- wspólnik J. W. Sp. J., nie potrafiła wskazać żadnych szczegółów transakcji z ww. Spółkami. Recepty były wystawiane dla pacjentów znajdujących się w domach opieki w całej Polsce (co potwierdzają, w swoich zeznaniach, wspólnicy Spółki: J. W. - przesłuchanie w dniu 23 maja 2024 r. i A. C.- przesłuchanie w dniu 11 czerwca 2024 r.). Recepty na leki recepturowe zostały wystawione dla pacjentów znajdujących się w domach opieki: w [...]. Wątpliwość organu podatkowego I instancji wzbudziło nie tylko wystawienie recept dla pacjentów przebywających w różnych domach opieki społecznej na terenie całego kraju, przez ograniczoną liczbę lekarzy, ale również przedstawione przez wspólników okoliczności przekazywania recept do Apteki oraz odbioru gotowych leków.
Nie bez znaczenia, dla oceny faktycznego przebiegu i rzeczywistości transakcji dokonywanych przez podmiot J. W. Sp. J. jest również przekazana przez NFZ informacja o gwałtownym spadku refundacji leków recepturowych po wyznaczeniu od 1 stycznia 2024 r. limitu finansowania dla surowców farmaceutycznych oraz zmianie sposobu naliczania marży za lek recepturowy, z której wynika, że: - w styczniu 2024 r. podmiot J. W. Sp. J., w której obserwowano wzmożony obrót lekami recepturowymi odstąpiła od masowego wykonywania preparatów dla pacjentów będących pensjonariuszami domów opieki, - od lutego 2024 roku, refundacja w obszarze leku recepturowego ponownie zaczęła wzrastać; NFZ wyjaśnił, że w wycenie sprawozdanego przez Aptekę leku recepturowego, uwagę zwraca wysoka cena zakupu opakowań z hurtowni farmaceutycznej, które nie są objęte limitem refundacji. Apteka sprawozdaje drogie leki recepturowe, w przypadku których opłata pacjenta oscyluje w granicach ryczałtu, natomiast cały koszt finansowania, przeniesiony zostaje na NFZ. Dodatkowo NFZ wskazał, że zawyżanie wartości leku kształtowane jest również przez wykorzystanie surowców farmaceutycznych nieobjętych limitem (np. Linomag, Clindamycini hydrochloridum).
W opinii organu II instancji uzasadnienie skarżonego postanowienia przekonuje, że z podanych powyżej względów Naczelnik Pierwszego Urzędu Skarbowego Łódź-Bałuty powziął uzasadnione wątpliwości co do zasadności zwrotu deklarowanego podatku. Wykazano, że podjęte działania koncentrują się na zebraniu materiału dowodowego w celu ustalenia stanu faktycznego, który wymaga zbadania wykazanych przez stronę zarówno nabyć komponentów, jak i dostaw leków recepturowych wytworzonych z tych komponentów oraz okoliczności ich sprzedaży. Ponadto, na zadeklarowaną przez stronę kwotę zwrotu za marzec 2025 r. mają wpływ rozliczenia z poprzednich okresów rozliczeniowych, w których apteka wykazała m.in. nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy.
Na postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Łodzi z dnia 3 września 2025 r. wniesiono skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi.
Zaskarżonemu postanowieniu strona zarzuciła naruszenie następujących przepisów prawa, które miało istotny wpływ na wynik sprawy:
1. art. 183 Dyrektywy 2006/112/WE z dnia 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej - poprzez jego nieuwzględnienie skutkujące brakiem zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w rozsądnym terminie i bez ryzyka finansowego dla podatnika, co narusza zasadę neutralności VAT oraz zasadę proporcjonalności;
2. art. 233 § 1 pkt 1 w zw. z art. 239 Ordynacji podatkowej oraz art. 87 ust. 2 ustawy o podatku od towarów i usług i art. 125 § 1 Ordynacji podatkowej - poprzez utrzymanie w mocy postanowienia organu I instancji o przedłużeniu terminu zwrotu VAT za marzec 2025 r. aż do 30 kwietnia 2026 r. w sytuacji, gdy kontrola zasadności zwrotu VAT jest z założenia kontrolą doraźną, a szybkość ma tutaj aspekt kluczowy, co za tym idzie - działania organów nie powinny powodować, że uzyskanie takiego zwrotu jest nadmiernie utrudnione lub w praktyce wręcz niemożliwe;
3. art. 233 § 1 pkt 1 w zw. z art. 239 Ordynacji podatkowej oraz art. 87 ust. 2 ustawy o podatku od towarów - poprzez utrzymanie w mocy postanowienia organu I instancji o przedłużeniu terminu zwrotu VAT do 30 kwietnia 2026 r. w sytuacji, gdy brak jest ku temu rzeczywistych podstaw, argumentacja przedstawiona przez organ I instancji powtarzana jest w sprawach skarżącej już od grudnia 2023 r., zaś praktyka stosowania tego przepisu przez organy podatkowe sprzeciwia się jego istocie, gdyż prowadzi do rażącego naruszenia zasady neutralności podatku od towarów i usług;
4. art. 233 § 1 pkt 1 w zw. z art. 239 Ordynacji podatkowej oraz art. 125 § 1 i art. 121 § 1 Ordynacji podatkowej - poprzez utrzymanie w mocy postanowienia organu I instancji o przedłużeniu terminu zwrotu VAT w sytuacji, gdy organ ten nie podejmuje działań wnikliwie i szybko, posługując się możliwie najprostszymi środkami prowadzącymi do załatwienia sprawy, co prowadzi do realnej groźby niewypłacalności i upadłości skarżącej;
5. art. 233 § 1 pkt 1 w zw. z art. 239 Ordynacji podatkowej oraz art. 125 § 1 i art. 121 § 1 Ordynacji podatkowej - poprzez utrzymanie w mocy postanowienia organu I instancji o przedłużeniu terminu zwrotu VAT do dnia 30 kwietnia 2026 r. w sytuacji, gdy postanowienie organu I instancji nie uzasadnia w jakikolwiek sposób potrzeby przedłużenia weryfikacji o tak długi okres;
6. art. 127 Ordynacji podatkowej - poprzez powoływanie się w zaskarżonym postanowieniu na okoliczności, takie jak: brak refundacji z Narodowego Funduszu Zdrowia za dwutygodniowy okres lipca 2023 r., wszczęcie postępowania przez Prokuraturę Rejonową Łódź-Bałuty, treść zeznań wspólników skarżącej Spółki, a także informacji o "gwałtownym spadku" refundacji leków recepturowych, które to okoliczności nie zostały wskazane jako podstawa przedłużenia terminu zwrotu VAT w postanowieniu organu I instancji, co narusza zasadę dwuinstancyjności, gdyż skarżący nie miał możliwości odniesienia się do tych kwestii w toku postępowania podatkowego, zaś kwestie te były rozpatrywane jedynie przez organ w jednej instancji (w tym przypadku: tylko przez organ II instancji).
W złożonej skardze wniesiono również o dopuszczenie i przeprowadzenie dowodu z dokumentu, tj. postanowienia Naczelnika Pierwszego Urzędu Skarbowego Łódź-Bałuty z dnia 25.06.2025 r. - na okoliczność prowadzenia przez organ I instancji czynności weryfikacyjnych w sposób naruszający zasadę szybkości i prostoty postępowania podatkowego, poprzez brak determinacji do rozwiania wykazywanych w postanowieniach o przedłużeniu terminu zwrotu VAT wątpliwości.
W konsekwencji wniesiono o uchylenie w całości zaskarżonego postanowienia oraz poprzedzającego go postanowienia organu I instancji, a także o zasądzenie kosztów postępowania sądowego, w tym kosztów zastępstwa procesowego według norm przepisanych.
W odpowiedzi na skargę organ wniósł o jej oddalenie, argumentując jak dotychczas.
W piśmie procesowym z dnia 10 listopada 2025 r. strona skarżąca podniosła dodatkowy zarzut dotyczący nieprawidłowego doręczenia pełnomocnikowi Spółki zaskarżonego postanowienia i powołując się na postanowienie NSA z dnia 8 października 2025 r., sygn. akt II FSK 895/25, wniosła o uznanie, że zaskarżone postanowienie nigdy nie weszło do obrotu prawnego.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi zważył, co następuje:
Skarga nie zasługuje na uwzględnienie.
Przedmiotem sporu w niniejszej sprawie jest kwestia, czy organ podatkowy w sposób zasadny dokonał przedłużenia terminu zwrotu na rzecz skarżącej Spółki nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za marzec 2025 r.
Zaskarżonym postanowieniem z 3 września 2025 r. DIAS utrzymał w mocy postanowienie Naczelnika Pierwszego Urzędu Skarbowego Łódź-Bałuty z dnia 9 czerwca 2025 r. w sprawie przedłużenia spółce jawnej J. W. do 30 kwietnia 2026 r. terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za marzec 2025 r.
Podstawę prawną kontrolowanych aktów stanowi przepis art. 87 ust. 2 ustawy o VAT, w świetle którego - jeżeli zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania, naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć ten termin do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika dokonywanego w ramach czynności sprawdzających, kontroli podatkowej lub postępowania podatkowego na podstawie przepisów Ordynacji podatkowej lub postępowania kontrolnego na podstawie przepisów o kontroli skarbowej. Jeżeli przeprowadzone przez organ czynności wykażą zasadność zwrotu, o którym mowa w zdaniu poprzednim, urząd skarbowy wypłaca należną kwotę wraz z odsetkami w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia płatności podatku lub jego rozłożenia na raty.
Przepis ten przyznaje organowi podatkowemu kompetencje do przedłużenia terminu zwrotu różnicy podatku, jeśli organ uzna, że zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania (czyli ponad dane wynikające z deklaracji podatkowej i w terminie przekraczającym ustawowy termin zwrotu). Nie jest to przepis, na podstawie którego rozstrzyga się o zasadności zwrotu różnicy podatku, a jedynie o wydłużeniu trybu postępowania w tym zakresie. Nie budzi jednak wątpliwości, że organ podejmując decyzję o konieczności zweryfikowania w ramach jednej z procedur wskazanych w art. 87 ust. 2 ustawy o VAT musi opierać się na odpowiednich przesłankach wynikających ze stanu faktycznego sprawy. Muszą zatem zaistnieć takie okoliczności, które powodują, że istnieje konieczność dodatkowej weryfikacji rozliczenia podatnika – zasadności wykazanego zwrotu (zob. wyroki NSA z 26 października 2016 r., sygn. akt I FSK 774/15 oraz z 20 stycznia 2017 r., sygn. akt I FSK 716/15 - dostępne, jak i pozostałe przywołane w uzasadnieniu, w Centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych pod adresem http://cbosa.nsa.gov.pl).
Przechodząc na grunt rozpatrywanej sprawy podkreślić należy, że Sąd w składzie rozpoznającym niniejszą sprawę skontrolował legalność kierowanych do skarżącej Spółki postanowień o przedłużeniu terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za grudzień 2023 r. (sprawy o sygn. akt: I SA/Łd 35/25 i I SA/Łd 203/25), za styczeń 2024 r. (sprawa o sygn. akt I SA/Łd 202/25), za marzec 2024 r. (sprawa o sygn. akt I SA/Łd 201/25), za kwiecień 2024 r. (sprawa o sygn. akt I SA/Łd 204/25), za listopad 2024 (sprawa o sygn. akt I SA/Łd 389/25), za grudzień 2024 r. (sprawa o sygn. akt I SA/Łd 476/25) i we wszystkich wymienionych sprawach WSA w Łodzi skargi oddalił (wyroki wraz z uzasadnieniami są dostępne w centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych).
W ocenie Sądu, także w rozpoznawanej sprawie organy podatkowe obu instancji, wydając postanowienia o przedłużeniu terminu do zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za marzec 2025 r., nie naruszyły art. 87 ust. 2 u.p.t.u. ani mających zastosowanie w sprawie przepisów O.p.
Orzecznictwo sądów administracyjnych na tle art. 87 ust. 2 ustawy o VAT stoi na stanowisku, że zastosowanie tego przepisu opiera się na uznaniu administracyjnym, przy czym jest ono limitowane okolicznością w postaci stwierdzenia, że zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania. Stwierdzenie to powinno być dokonywane w oparciu o co najmniej uprawdopodobnione przesłanki. Przewidziany warunek zakłada, że przed upływem ustawowego terminu zwrotu podjęte zostały czynności zmierzające do zweryfikowania jego zasadności, lecz nie dały one jeszcze rezultatu lub jest on niejednoznaczny (tak: wyrok NSA z 5 października 2016 r., I FSK 87/15).
Sąd podkreśla również, że Trybunał Konstytucyjny w wyroku z 13 października 2008 r., K 16/07, uznał, że art. 87 ust. 2 ustawy VAT (w brzmieniu obowiązującym w 2008 r.) jest zgodny z art. 2 i art. 64 ust. 1 i 2 w zw. z art. 31 Konstytucji. W wyroku tym Trybunał Konstytucyjny rozważał także zgodność tej regulacji z prawem unijnym, w szczególności dyrektywą 2006/112/WE Rady z 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (Dz.U.UE. nr 347, poz. 1). Powołując się na orzecznictwo TS (m.in. na wyrok z 18 grudnia 1997 r., w sprawach połączonych Garage Molenheide, C-286/94; Peter Schepens, C-340/95; Bureau Rik Decan-Business Research & Development NV, C-401/95 i Sanders BVBA, C-47/96) TK uznał, że prawo unijne dopuszcza przedłużenie terminu zwrotu podatku w sytuacji, gdy istnieją wątpliwości co do zasadności zwrotu podatku. Trybunał nie zakwestionował więc instytucji przedłużenia terminu zwrotu podatku, wskazując m.in. na cel jej przyjęcia, którym jest "(...) możliwość kontroli przez organy podatkowe, że wykazywana przez podatnika nadwyżka podatku naliczonego nad należnym jest zgodna z rzeczywistością". Regulacja ta ma służyć zwalczaniu oszustw podatkowych i nadużyć. Kwestionowany przepis powinien być traktowany jako jeden z instrumentów równoważenia praw podatnika i interesów Skarbu Państwa.
Przepis ten nie narusza więc zasady neutralności VAT i nie pociąga ryzyka finansowego dla podatnika (gwarantuje zwrot wraz z odsetkami), nie przekracza granic swobodnego uznania, jakim dysponują państwa członkowskie na mocy art. 183 Dyrektywy 2006/112/WE.
Zatem, w świetle art. 87 ust. 2 ustawy VAT przedłużenie terminu zwrotu jest możliwe, gdy jego zasadność wymaga dodatkowej weryfikacji (sprawdzenia). Rozwiązanie to ma służyć zabezpieczeniu interesów budżetu Państwa i unikaniu dokonywania zwrotów, które w wyniku późniejszych działań administracji podatkowej mogłyby okazać się nienależnymi. Przepis art. 87 ust. 2 zd. 2 ustawy o VAT nie zawiera konkretnych przesłanek nakazujących weryfikację zasadności zwrotu. Wystarczy więc powzięta przez organ podatkowy wątpliwość co do zasadności zwrotu (por. wyrok WSA w Warszawie z 8 grudnia 2015 r. sygn. akt III SA/Wa 2384/15).
W ocenie Sądu, postanowienie przedłużające podatnikowi termin zwrotu podatku od towarów i usług, powinno wskazywać konkretne przyczyny uzasadniające konieczność dokonania dodatkowej weryfikacji zasadności tego zwrotu i zawierać w tym względzie należyte uzasadnienie.
W zaskarżonym postanowieniu organ odwoławczy wywiązał się tej powinności. Z jego uzasadnienia wynika bowiem, że wobec strony prowadzona jest kontrola podatkowa (wszczęta w dniu 22 kwietnia 2024 r.) w zakresie zasadności zwrotu bezpośredniego podatku od towarów i usług za: grudzień 2023 r. oraz sprawdzenia prawidłowości wywiązywania się z obowiązków wynikających z przepisów ustawy o podatku od towarów i usług za okresy rozliczeniowe od maja 2023 r. do stycznia 2024 r. Wątpliwości dotyczące zasadności zwrotu podatku naliczonego nad należnym wynikają między innymi z ustaleń organu poczynionych w ramach czynności sprawdzających dotyczących kontrahentów strony skarżącej, zwłaszcza związanych z nabywaniem przez spółkę komponentów do produkcji leków recepturowych (znaczny wzrost od maja 2023 r.) w związku z ekspansją realizacji recept na tego rodzaju leki. Nabycia te były dokonywane przede wszystkim od spółek N. i M., zaś organ drugiej instancji w zaskarżonym postanowieniu podzielił stanowisko Naczelnika Pierwszego Urzędu Skarbowego Łódź-Bałuty w Łodzi zarówno co do ustaleń poczynionych w trakcie czynności sprawdzających, jak też czerpiąc z ustaleń poczynionych w toku kontroli podatkowej, a zatem procedury w ramach której weryfikowana jest sama zasadność zwrotu.
Sąd nie ma zastrzeżeń co do ustaleń oraz wniosków organów poczynionych na tej podstawie, które dotyczyły głównie przebiegu transakcji z wymienionymi podmiotami (jak też innymi podmiotami), czynionych przez stronę zakupów oraz wykazanych podstaw do refundacji. Poczynione przez organy ustalenia obejmowały również udzielone przez NFZ informacje, że w związku ze stwierdzonymi nieprawidłowościami przekazano do organów ściągania zawiadomienie o możliwości popełnienia przestępstwa przez J. W., jako wspólnika skarżącej, co doprowadziło do wszczęcia przez Prokuraturę Rejonową Łódź-Bałuty postępowania dotyczącego oszustwa na szkodę Narodowego Funduszu Zdrowia. NFZ w piśmie z 21 października 2024 r. poinformował, że "czynności analityczne wskazywały na bardzo poważne nieprawidłowości w obszarze refundacji leków recepturowych dotyczących główne szeregu aptek z obszaru województwa [...], w tym Apteki mgr farm. J. W. (...) i czynne uczestnictwo w procederze wyłudzania wielomilionowej refundacji w ramach zorganizowanej grupy przestępczej, co najmniej 5 lekarzy (...), w dniu 27 marca 2024 r. złożył do Prokuratury Krajowej w Warszawie obszerne zawiadomienie o możliwości popełnienia przestępstwa. Przedmiotowe zawiadomienie prezesa NFZ dotyczyło wyłudzenia w okresie od 1 stycznia 2022 r. do 31 grudnia 2023 r. refundacji za leki recepturowe na kwotę nie mniejszą niż 60.174.625,80 zł. Zawiadomieniem o przestępstwie została objęta m.in. ww. apteka. Ustalono, że sama tylko wartość refundacji leków recepturowych wytworzonych w Aptece mgr farm. J. W. (...), w związku z receptami wystawionymi przez J. J. wyniosła 6.189.260,12 zł. Zawiadomienie Narodowego Funduszu Zdrowia z dnia 27 marca 2024 r. zostało przesłane przez Prokuraturę Krajową w Warszawie do Prokuratury Okręgowej w Piotrkowie Trybunalskim, która włączyła je, z uwagi na łączność przedmiotowo-podmiotową do uprzednio wszczętego śledztwa [...]".
Organy, w ocenie faktycznego przebiegu i rzetelności transakcji, słusznie za istotną uznały również przekazaną przez NFZ informację o gwałtownym spadku refundacji leków recepturowych po wyznaczeniu od 1 stycznia 2024 r. limitu finansowania dla surowców farmaceutycznych oraz zmianie sposobu naliczania marży za lek recepturowy.
Nie można również tracić z pola widzenia, że z zeznań J. W. i A.C. (wspólników skarżącej Spółki) wynika, iż kontakt do hurtowni M. i N. został znaleziony za pośrednictwem internetu. Strona nie zawierała z tymi podmiotami pisemnych umów o współpracy handlowej, w przeciwieństwie do umów zawieranych z innymi firmami dostarczającymi inne leki, wszystkie uzgodnienia były dokonywane telefonicznie lub mailowo, tym samym kontakt z tymi podmiotami odbywał się wyłącznie telefonicznie. Strona zeznała również, że żaden ze wspólników Spółki nie był w siedzibach i miejscach prowadzenia działalności tych dostawców. Z zeznań J. W. wynika, że: nie pamięta adresów tych firm, nie zna żadnych nazwisk przedstawicieli tych podmiotów, a rozmawiał tylko z pracownikami tych spółek. Ze spółki M. nie zna żadnej osoby. Od strony tych kontrahentów nie otrzymał żadnej oferty handlowej. W przeciwieństwie do firm, od których strona nabywała inne towary (leki) - od Spółek N. i M. nie przyjeżdżał żaden przedstawiciel. Również A. C. nie potrafiła wskazać żadnych szczegółów transakcji z ww. spółkami.
Wracając w tym miejscu do konstatacji dotyczącej konkretnej przyczyny uzasadniającej konieczność dokonania dodatkowej weryfikacji zasadności tego zwrotu należy podkreślić, iż nie ulega wątpliwości, że w dacie wydania przez organ I instancji postanowienia (w dniu 9 czerwca 2025 r.) Naczelnik Pierwszego Urzędu Skarbowego Łódź-Bałuty nie otrzymał od strony skarżącej wszystkich dokumentów wymienionych w wezwaniu 1008-SKA-1-4033.178.7.2025.15 UNP 1008-25-037482 z 7 maja 2025 r., co świadczy o tym, że badanie zasadności deklarowanego zwrotu nie mogło się zakończyć w ustawowym terminie zwrotu, w związku z czym wystąpiła potrzeba jego przedłużenia.
Niezależnie od powyższego, na co trafnie zwracają uwagę organy, konieczność przeprowadzenia dodatkowej weryfikacji zadeklarowanego zwrotu z uwagi wątpliwości co do jego zasadności wynika również z okoliczności, które swoje źródło mają w poprzednich okresach rozliczeniowych i ustaleniach poczynionych w poprzednich okresach rozliczeniowych. Negatywna dla Spółki weryfikacja prawidłowości rozliczeń podatkowych podatnika w podatku od towarów i usług za poprzednie okresy rozliczeniowe może zatem uzasadniać przedłużenie terminu zwrotu za okres objęty badanym postanowieniem. Wydaje się to tym bardziej uzasadnione, gdy w postępowaniu za wcześniejszy okres rozliczeniowy gromadzone są już dowody związane z kontrahentem, z którym podatnik zawierał transakcje także w okresie rozliczeniowym, za który termin zwrotu został przedłużony.
Innymi słowy, przepis art. 87 ust. 2 zdanie drugie u.p.t.u. nie daje podstaw do tego, aby wykluczyć możliwość przedłużenia terminu zwrotu ze względu na okoliczność, że trwa postępowanie weryfikujące prawidłowość rozliczeń podatnika za wcześniejsze okresy rozliczeniowe. Powyższy, trafny pogląd wyrażają np. wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego z 5 lipca 2016 r., sygn. akt I FSK 1539/15 oraz z 8 listopada 2018 r., sygn. akt I FSK 2059/17.
W ocenie Sądu, organy podatkowe nie przekroczyły swoich kompetencji występując do NFZ o uzyskanie szczegółowych informacji dotyczących poprawności przyznanej refundacji za leki, ponieważ jak trafnie podniesiono w postanowieniach organów podatkowych obu instancji, cena surowców i opakowań niezbędnych do wyprodukowania leków recepturowych wpływa zarówno na wysokość kwoty refundacji, jak i na wysokość podatku naliczonego, a w konsekwencji wysokość nadwyżki podatku naliczonego nad należnym wykazywanej przez Spółkę do zwrotu na rachunek bankowy. Podkreślić przy tym należy, że na podstawie informacji uzyskanych od NFZ, organy podatkowe mogą wnioskować o nieprawidłowym rozliczeniu VAT za badany w niniejszej sprawie okres w sytuacji, gdy w odniesieniu do wcześniejszych rozliczeń (z udziałem tych samych kontrahentów) J. W. skorygował kwotę refundacji za leki w wysokości 385.835,21 zł, usuwając kwestionowane przez NFZ recepty na leki recepturowe.
Zarzut naruszenia art. 127 O.p. - poprzez powoływanie się w zaskarżonym postanowieniu na okoliczności, który nie były przedmiotem analizy organu I instancji również nie zasługuje na akceptację. Organ II instancji ponownie merytorycznie rozpoznając sprawę nie musi ograniczać się w swojej argumentacji jednie to popierania tez i wniosków organu I instancji. Uzupełnienie argumentacji o analizę informacji uzyskanych z NFZ dodatkowo potwierdza zasadność stanowiska w zakresie przedłużenia terminu.
Odnośnie zasady szybkości i prostoty postępowania podatkowego, podnieść należy, że wyrażona w art. 125 § 1 O.p. zasada nie może być rozumiana jako modyfikacja uregulowań zawartych w art. 87 ust. 2 ustawy o VAT, która stanowi podstawę prawną do wydania zaskarżonego postanowienia. Przepis art. 87 ust. 2 ustawy o VAT nie zawiera ograniczenia czasowego, nakazującego organowi dokonania zwrotu podatku VAT w określonym okresie (np. rok). Ustawodawca również nie zakreśla maksymalnej liczby postanowień wydanych na podstawie art. 87 ust. 2 ustawy o VAT.
Sąd podkreśla, że art. 87 ust. 2 ustawy o VAT nie można wykładać w taki sposób, który niweczyłby spełnienie celu tego przepisu, tj. umożliwienie organowi podatkowemu tymczasowego wstrzymania się ze zwrotem podatku do momentu zakończenia weryfikacji zasadności tego zwrotu w przypadku zaistnienia dostatecznych wątpliwości w tym zakresie (por. wyrok NSA z 30 listopada 2022 r., I FSK 749/19).
Sąd nie uwzględnił wniosku dowodowego zawartego w skardze na okoliczność prowadzenia przez organ I instancji czynności weryfikacyjnych w sposób naruszający zasadę szybkości i prostoty postępowania podatkowego. Zgodnie bowiem z art. 106 § 3 p.p.s.a. sąd może z urzędu lub na wniosek stron przeprowadzić dowody uzupełniające z dokumentów, jeżeli jest to niezbędne do wyjaśnienia istotnych wątpliwości i nie spowoduje nadmiernego przedłużenia postępowania w sprawie. W postępowaniu sądowoadministracyjnym możliwość prowadzenia dowodów jest wyjątkowa (uzupełniająca) i obejmuje tylko dowód z dokumentów. Wszelkie dowody i wnioski dowodowe strona powinna składać we właściwym, merytorycznym postępowaniu, czyli przed organem, bo ten podmiot dokonuje oceny wniosku. Sąd takich kompetencji nie posiada, gdyż kontroluje tylko sposób działania organu. Rolą sądów administracyjnych nie jest zatem dokonywanie ustaleń faktycznych. To zadanie spoczywa na organach podatkowych i to w toku postępowania podatkowego. Jednocześnie podkreślić trzeba, że w postanowieniu z dnia 25 czerwca 2025 r., o dowód z którego wnosiła strona, Naczelnik Pierwszego Urzędu Skarbowego Łódź-Bałuty odmówił przeprowadzenia zawartych w nim wniosków dowodowych z uwagi na fakt, iż ich realizacja byłaby oparta na stanie faktycznym istniejącym w dniu jego przeprowadzenia, a nie na moment wydania zaskarżonego postanowienia. W świetle powyższego Sąd stwierdza, że wniosek skarżącej o przeprowadzenie wnioskowanego dowodu z ww. postanowienia organu o odmowie przeprowadzenia dowodu, nie ma znaczenia w rozpatrywanej sprawie dotyczącej oceny zasadności przedłużenia zwrotu a nie samego wymiaru podatku.
Reasumując, Sąd uznał, że organy podatkowe nie naruszyły zarówno wskazanych w skardze przepisów prawa materialnego, jak i przepisów ordynacji podatkowej. Dopuszczone prawem przedłużenie terminu zwrotu podatku i prowadzenie weryfikacji rozliczenia podatnika w toku czynności sprawdzających nie może być odbierane jako naruszenie zasady zaufania podatnika do organów podatkowych (art. 121 § 1 O.p.), czy też naruszenie zasady legalizmu (art. 120 O.p.).
Wbrew zarzutom skargi uzasadnienie zaskarżonego postanowienia jest wyczerpujące i jasne, wywody logiczne, spójne i mające oparcie w zgromadzonym materiale dowodowym, a organ odwoławczy wskazał i rozważył okoliczności, które uzasadniały konieczność przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku w ramach obowiązku wynikającego z treści art. 127 O.p.
W konsekwencji Sąd uznał za niezasadne zarzuty naruszenia art. 233 § 1 pkt 1 w zw. z art. 239 i art. 125 § 1 O.p. w zw. z art. 87 ust. 2 ustawy o VAT oraz 183 Dyrektywy 2006/112/WE. W przypadku przepisów procesowych nie wystarczy jedynie zarzucenie ich naruszenia, lecz konieczne jest wykazanie wpływu tego naruszenia na wynik rozstrzygnięcia sprawy. Oznacza to obowiązek skarżącego wykazania związku między zarzucanym naruszeniem przepisu procesowego a treścią rozstrzygnięcia. Samo naruszenie przepisu procesowego, przykładowo statuującego zasadę dwuinstancyjności postępowania podatkowego, a objętą zarzutem skargi, nie prowadzi automatycznie do wadliwości aktu administracyjnego. Strona skarżąca związku takiego nie wykazała w skardze i jej argumentacji, ani w piśmie procesowym. Ograniczyła się jedynie do zarzucenia organowi odwoławczemu naruszenia wskazanych w skardze przepisów procesowych i przedstawienia własnej subiektywnej oceny okoliczności faktycznych sprawy. Sąd z urzędu również nie dostrzega, aby taki potencjalnie związek zaistniał. Strona skarżąca nie podważyła zatem poczynionych przez organy ustaleń faktycznych i ich oceny. W konsekwencji ustalenia te są wiążące w procesie subsumpcji normy materialnoprawnej w ustalonych przez organy okolicznościach faktycznych.
Odnosząc się natomiast do zarzutu pisma procesowego strony skarżącej z dnia 10 listopada 2025 r. w kwestii nieprawidłowego doręczenia zaskarżonego postanowienia, podnieść trzeba, że zaskarżone postanowienie zostało doręczone ustanowionemu pełnomocnikowi Spółki poprzez e-Urząd Skarbowy. Zdaniem pełnomocnika strony postanowienie powinno zostać mu doręczone w myśl art. 144 § 2 Ordynacji podatkowej pod adresem wskazanym w pełnomocnictwie, czyli na adres do e-Doręczeń, a nie poprzez e-Urząd Skarbowy. Pełnomocnik powołał się przy tym na postanowienie NSA z dnia 8 października 2025 r., sygn. akt II FSK 895/25, w którym NSA stwierdził, że korespondencja organów podatkowych powinna być adresowana zgodnie z przedłożonym w danym postępowaniu pełnomocnictwem.
Zaskarżone postanowienie zostało skutecznie doręczone ustanowionemu przez podatnika profesjonalnemu pełnomocnikowi, tj. radcy prawnemu K. J.. Zaskarżone postanowienie doręczono pełnomocnikowi strony w dniu 6 września 2025 r. za pośrednictwem portalu elektronicznego e-Urząd Skarbowy, a według niego powinno zostać doręczone poprzez portal ePUAP.
Na podstawie art. 144 § 1a O.p., organ podatkowy doręcza pisma na adres do doręczeń elektronicznych, chyba że doręczenie następuje na konto w systemie teleinformatycznym organu podatkowego albo w siedzibie organu podatkowego.
Zgodnie z art. 35b ustawy z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej (Dz.U. z 2023 r. poz. 615 ze zm.); dalej: "ustawa o KAS", przez system teleinformatyczny Krajowej Administracji Skarbowej rozumie się e-Urząd Skarbowy.
Jednak, w stosunku do profesjonalnych pełnomocników znajduje zastosowanie przepis szczególny, tj. art. 144 § 5 O.p., zgodnie z którym doręczanie pism pełnomocnikowi będącemu adwokatem, radcą prawnym lub doradcą podatkowym oraz organom administracji publicznej następuje za pomocą środków komunikacji elektronicznej albo w siedzibie organu podatkowego.
Za środki komunikacji elektronicznej, na podstawie przepisu art. 1 pkt 8 ustawy z dnia 17 lutego 2005 r. o informatyzacji działalności podmiotów realizujących zadania publiczne (Dz.U. z 2023 r. poz. 57) w zw. z art. 35 pkt 3 ustawy o KAS, uznaje się zarówno elektroniczną skrzynkę podawczą na ePUAP jak i konto w e-Urzędzie Skarbowym.
Wobec tego, że pełnomocnik podatnika wyraził zgodę na doręczenie pism wydawanych przez organy Krajowej Administracji Skarbowej na konto w e-Urzędzie Skarbowym, organ był zobligowany doręczać mu korespondencję za pośrednictwem tego systemu. Ponadto, zgoda na doręczanie na konto w e-Urzędzie Skarbowym pism organów jest dobrowolna (art. 35e ust. 1 ustawy po KAS), można też ją wycofać, jednak - przed wydaniem zaskarżonego postanowienia - pełnomocnik skarżącego takiej decyzji nie podjął.
Z treści wyżej przywołanego art. 144 § 1a O.p., wywnioskować można, że doręczenie na konto w systemie teleinformatycznym organu podatkowego ma pierwszeństwo przed doręczeniem na adres do doręczeń elektronicznych. Zarówno adres do doręczeń elektronicznych, jak i system teleinformatyczny organu podatkowego mieszczą się w pojęciu adresu do doręczeń elektronicznych, co wynika z przepisu art. 3 pkt 3 ustawy o informatyzacji działalności podmiotów realizujących zadania publiczne, zgodnie z którym system teleinformatyczny to zespół współpracujących ze sobą urządzeń informatycznych i oprogramowania zapewniający przetwarzanie, przechowywanie, a także wysyłanie i odbieranie danych przez sieci telekomunikacyjne za pomocą właściwego dla danego rodzaju sieci telekomunikacyjnego urządzenia końcowego w rozumieniu przepisów ustawy – Prawo telekomunikacyjne. Do systemów teleinformatycznych organu podatkowego, z wykorzystaniem których możliwe jest doręczanie pism, zalicza się system e-Urząd Skarbowy.
Nie ulega zdaniem Sądu wątpliwości, że doręczenie pełnomocnikowi Spółki zaskarżonego postanowienia nastąpiło w sposób przewidziany prawem. Pozostaje jeszcze odpowiedź na pytanie, czy wniosku tego nie przekreśla przepis art. 145 § 2 O.p. o treści: Jeżeli ustanowiono pełnomocnika, pisma doręcza się pełnomocnikowi pod adresem wskazanym w pełnomocnictwie. Jak bowiem wywodzi Spółka jest to przepis o charakterze specjalnym w stosunku do przepisu art. 144 § 1a i wyłącza jego działanie w sytuacji, kiedy pełnomocnik będący radcą prawnym korzysta z jego dyspozycji.
Sąd nie podziela tego poglądu. Od chwili wejścia w życie, a więc zanim jeszcze była mowa o doręczeniach za pomocą środków komunikacji elektronicznej, przepis art. 145 § 2 O.p. odnosił się do doręczeń pism w formie papierowej, która to forma pozostaje w szczególnych przypadkach w użyciu do dziś, co wynika, między innymi, z treści art. 144 §§ 1b, 1c, 1d. Stąd też w jego treści funkcjonuje zwrot "pod adresem", a nie "na adres" jak w przypadku doręczeń elektronicznych. Przepis ten nie niweluje zasady z art. 144 § 1a w zw. z § 5, zgodnie z którą doręczenie na konto w systemie teleinformatycznych organu podatkowego jest doręczeniem spełniającym wymogi prawa.
Sąd ma na uwadze jeszcze jeden argument przemawiający za uznaniem skargi za dopuszczalną. Otóż przepisy procesowe regulujące kwestię doręczeń pism w postępowaniu prowadzonym przez organy administracji mają charakter gwarancyjny, zapewniający stronie postępowania, że nie dozna uszczerbku na swych prawach wskutek wadliwego doręczenia jej pisma (decyzji, interpretacji itp.). W rozstrzyganej tu sprawie nic takiego nie miało miejsca. Zaskarżone postanowienie zostało doręczone pełnomocnikowi Spółki w sposób przewidziany prawem i umożliwiający skuteczne wniesienie skargi do sądu administracyjnego, co też zostało zrealizowane. Nie znajdując zatem podstaw do uznania, że gwarancje procesowe Spółki zostały naruszone, Sąd nie widzi podstaw do przyjęcia, że doręczenie pełnomocnikowi Spółki interpretacji nie wywołało żadnych skutków prawnych.
Podsumowując ten wątek, według składu orzekającego, w sprawie nie doszło do naruszenia przepisów o doręczeniach wskazanych w piśmie strony z dnia 10 listopada 2025 r., zatem postanowienie zostało prawidłowo doręczone pełnomocnikowi skarżącego poprzez portal e-Urząd Skarbowy.
Mając powyższe na uwadze, Sąd na podstawie art. 151 ustawy z 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2024 r., poz. 935) oddalił skargę.
Ake.

Nie znalazłeś odpowiedzi?

Zadaj pytanie naszemu agentowi AI — przeszuka orzecznictwo i przepisy za Ciebie.

Rozpocznij analizę