II FSK 3160/15

II FSK 3160/15 - Wyrok NSA
Data orzeczenia
2017-11-30
orzeczenie prawomocne
Data wpływu
2015-10-26
Sąd
Naczelny Sąd Administracyjny
Sędziowie
Aleksandra Wrzesińska- Nowacka /przewodniczący sprawozdawca/
Artur Adamiec
Jacek Brolik
Symbol z opisem
6113 Podatek dochodowy od osób prawnych
6560
Hasła tematyczne
Interpretacje podatkowe
Sygn. powiązane
I SA/Po 1235/14 - Wyrok WSA w Poznaniu z 2015-06-26
Skarżony organ
Minister Finansów
Treść wyniku
Oddalono skargę kasacyjną
Powołane przepisy
Dz.U. 2014 poz 851
art. 9 ust. 1; art. 17 ust. 1 pkt 34 oraz art. 17 ust. 4
Ustawa z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych - tekst jednolity
Sentencja
Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący – Sędzia NSA Aleksandra Wrzesińska - Nowacka (sprawozdawca), Sędzia NSA Jacek Brolik, Sędzia WSA (del.) Artur Adamiec, Protokolant Piotr Stępień, po rozpoznaniu w dniu 30 listopada 2017 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej V. [...] sp. z o.o. z siedzibą w P. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Poznaniu z dnia 26 czerwca 2015 r. sygn. akt I SA/Po 1235/14 w sprawie ze skargi V. [...] sp. z o.o. z siedzibą w P. na interpretację indywidualną Dyrektora Izby Skarbowej w Poznaniu działającego z upoważnienia Ministra Finansów z dnia 8 września 2014 r. nr ILPB3/423-273/14-2/KS w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych 1) oddala skargę kasacyjną, 2) zasądza od V. [...] sp. z o.o. z siedzibą w P. na rzecz Szefa Krajowej Administracji Skarbowej kwotę 240 (słownie: dwieście czterdzieści) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Uzasadnienie
Zaskarżonym wyrokiem z dnia 26 czerwca 2015 r., sygn. akt I SA/Po 1235/14, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu oddalił skargę V. [...] sp. z o.o. na interpretację indywidualną Ministra Finansów działającego przez organ upoważniony Dyrektora Izby Skarbowej w Poznaniu z dnia 8 września 2014 r., w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych.
Rozstrzygnięcie to zapadło w następującym, przyjętym przez Sąd pierwszej instancji, stanie faktycznym:
Wnioskiem z dnia 9 czerwca 2014 r. spółka wystąpiła z wnioskiem o udzielenie interpretacji indywidualnej przepisów prawa podatkowego, przedstawiając opis zdarzenia przyszłego. Spółka jest producentem samochodów użytkowych. W latach ubiegłych korzystała ze zwolnień podatkowych w związku z prowadzeniem działalności w A. [...] Specjalnej Strefie Ekonomicznej (w skrócie: "ASSE"). Aktualnie w związku z kolejną inwestycją spółka ubiega się o zezwolenie na prowadzenie działalności na obszarze B. Specjalnej Strefy Ekonomicznej [...], podstrefa W. (w skrócie: "BSSE"). Spółka do końca sierpnia 2014 r. wykorzysta zwolnienie podatkowe przysługujące jej z tytułu wskazanych zezwoleń dotyczących ASSE. Od września 2014 r. spółka zamierza korzystać ze zwolnienia w podatku dochodowym od osób prawnych na podstawie zezwolenia na działanie w BSSE. Na podstawie tego zezwolenia spółka zamierza zwalniać też dochód, który osiągać będzie z działalności prowadzonej na obszarze ASSE S.A. Wnioskodawczyni zaznaczyła, że rodzaje działalności prowadzonej na obszarze obydwu stref są tożsame. Spółka zamierza zatem zwalniać dochód, jaki uzyska ze swojej działalności podstawowej, tj. produkcji samochodów i części do samochodów, prowadzonej w ASSE do momentu wyczerpania puli zwolnienia wynikającego z zezwoleń dotyczących ASSE, a po ich wyczerpaniu zwalniać dochód, jaki uzyska ze swojej działalności podstawowej prowadzonej w obydwu strefach do momentu wyczerpania puli zwolnienia, jaka będzie udzielona spółce w zezwoleniu, o otrzymanie którego spółka ubiega się w BSSE.
W związku z powyższym zadano następujące pytanie: czy spółka ma możliwość zwolnienia dochodu osiąganego w zakładach w P. (położonych na obszarze ASSE S.A.) na podstawie zezwolenia udzielonego w związku z rozpoczęciem inwestycji we W. (na obszarze BSSE), zważywszy na tożsamość działalności objętej zezwoleniem?
Spółka stwierdziła, że nie ma obowiązku wydzielania w ramach działalności zwolnionej dochodów z poszczególnych projektów inwestycyjnych. W jej przekonaniu, w sytuacji gdy dany rodzaj działalności spółki jest objęty zezwoleniem i działalność ta spełniać będzie wymogi ustawy z dnia 20 października 1994 r. o specjalnych strefach ekonomicznych (tekst jedn. Dz.U. z 2015 r., poz. 282 - w skrócie: "u.s.s.e."), i rozporządzeń dotyczących SSE oraz jednocześnie ogólny maksymalny dostępny poziom pomocy publicznej nie zostanie wykorzystany, to brak jest przeszkód, aby objąć zwolnieniem wynikającym z art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (tekst jedn. Dz. U. z 2014 r. poz. 851 ze zm. - w skrócie: "u.p.d.o.p.") dochód z całej działalności podstawowej spółki prowadzonej na terenie obu stref wykorzystując limit dostępnej pomocy publicznej w ramach zezwolenia, jakie spółka uzyska na prowadzenie działalności w BSSE, po tym jak wykorzystana zostanie już pula zwolnienia wynikająca z zezwoleń o nr 103, 137 i 185, tj. dotyczących ASSE.
Zdaniem wnioskodawczyni obowiązek ustalania odrębnego wyniku podatkowego odnosi się tylko do sytuacji, kiedy ten sam podatnik prowadzi jednocześnie działalność na terenie SSE i poza nią. Zatem skoro spółka korzysta z kilku zezwoleń, to jest uprawniona do równoczesnego korzystania ze zwolnienia podatkowego będącego sumą kilku limitów pomocy publicznej. W jej przekonaniu, ani przepisy strefowe, ani u.p.d.o.p. nie wymagają wyodrębnienia wyniku podatkowego dla działalności gospodarczej prowadzonej w oparciu o każde z zezwoleń z osobna.
W interpretacji indywidualnej z dnia 8 września 2014 r. Minister Finansów uznał stanowisko wnioskodawczyni za nieprawidłowe. Zdaniem organu interpretacyjnego tylko czynności wykonywane na terenie danej (konkretnej) strefy ekonomicznej, na które uzyskano zezwolenie, i uzyskany z tego tytułu dochód jest objęty zwolnieniem z podatku dochodowego. Uznano, że spółka będzie mogła zakwalifikować, jako wyroby wytworzone na terenie SSE, wyroby wytworzone wyłącznie na terenie zakładu zlokalizowanego na terenie BSSE, zaś dochód uzyskany z ich sprzedaży będzie mogła uznać za dochód strefowy, a niezapłacony od tego dochodu podatek, odpowiednio za pomoc publiczną uzyskaną na podstawie zezwolenia otrzymanego na prowadzenie działalności gospodarczej na obszarze BSSE. Podkreślono, że pozostałe wskazane w opisie sprawy zezwolenia spółka otrzymała na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie ASSE i wykorzystała zwolnienie podatkowe przysługujące jej z tytułu zezwoleń z dnia 7 grudnia 2005 r., z dnia 20 kwietnia 2007 r. i z dnia 6 sierpnia 2010 r., tj. odnoszących się do ASSE.
Ponadto stwierdzono, że analogicznie do wyodrębnienia dochodu zwolnionego spod opodatkowania dla danej SSE spółka musi postąpić ustalając maksymalną dopuszczalną wielkość pomocy publicznej. Zgodnie bowiem z art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p. zwolnienie nie może przekroczyć wielkości pomocy publicznej przewidzianej dla spółki w związku z prowadzeniem działalności w danej strefie, na podstawie udzielonego odpowiednio zezwolenia strefowego w tej strefie. Wobec tego podkreślono, że dla działalności gospodarczej prowadzonej w P. (na obszarze ASSE) oraz we W. (na obszarze BSSE) na podstawie zezwolenia udzielonego w związku z rozpoczęciem nowej inwestycji, zastosowanie znajdują inne regulacje.
Po bezskutecznym wezwaniu organu do usunięcia naruszenia prawa spółka złożyła skargę, w której zarzuciła naruszenie: art. 2 oraz art. 32 Konstytucji RP; art. 14a, art. 14b § 6 i art. 120 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (tekst jedn.: Dz. U. z 2015 r., poz. 613 - w skrócie: "O.p."); art. 121 § 1 w zw. z art. 14h O.p.; art. 9 ust. 1 u.p.d.o.p., a w konsekwencji art. 217 Konstytucji RP; art. 17 ust. 1 pkt 34 oraz art. 17 ust. 4 u.p.d.o.p.; art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p. poprzez uznanie, że zwolnienie z podatku dochodowego od osób prawnych oparte jest na przepisie art. 12 u.s.s.e., podczas gdy kwestie zasad zwolnienia z opodatkowania dochodów uzyskiwanych na terenie SSE są uregulowane wyłącznie w przepisach u.p.d.o.p. i ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (tekst jedn. Dz. U. z 2012 r., poz. 361 ze zm.); § 5 ust. 5 rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 10 grudnia 2008 r. w sprawie pomocy publicznej udzielanej przedsiębiorcom działającym na podstawie zezwolenia na prowadzenie działalności gospodarczej na terenach specjalnych stref ekonomicznych (tekst jedn. Dz. U. z 2015 r. poz. 465 - w skrócie: "rozporządzenie RM" lub "rozporządzenie strefowe").
W odpowiedzi na skargę Minister Finansów podtrzymał dotychczasowe stanowisko w sprawie i wniósł o oddalenie skargi.
Zdaniem Sądu pierwszej instancji, zwolnieniu od podatku dochodowego od osób prawnych, o którym mowa w art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p., podlega tylko dochód z działalności gospodarczej, prowadzonej na terenie ściśle określonej strefy, stosownie do uzyskanego zezwolenia na prowadzenie działalności w granicach konkretnej strefy. Jeżeli zatem dany rodzaj działalności gospodarczej nie został wymieniony w zezwoleniu, to uzyskany z tej działalności dochód nie korzysta ze zwolnienia podatkowego. Podobnie należy odnieść się do dochodu osiągniętego poza SSE, bądź na terenie innej SSE. Taki dochód również nie będzie podlegał zwolnieniu od opodatkowania.
Następnie Sąd podkreślił, że prowadzenie działalności gospodarczej na terenie SSE i wynikające stąd zwolnienie dochodów pochodzących z tej działalności jest wyjątkiem od zasady równości i sprawiedliwości opodatkowania. W związku z tym przepisy dotyczące zwolnień muszą być interpretowane ściśle, zgodnie z ich wykładnią językową. Nie jest możliwe dyskontowanie pomocy publicznej wynikającej łącznie ze wszystkich posiadanych zezwoleń na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie różnych SSE i chronologiczne wykorzystywanie limitów wynikających z poszczególnych zezwoleń w odniesieniu do sumy dochodów uzyskanych z działalności prowadzonej na terenie wszystkich SSE. Sąd stwierdził również, że stanowisko spółki, zgodnie z którym istnieje możliwość zwolnienia od opodatkowania dochodu, który osiągnęła na terenie innej SSE niż określonej w zezwoleniu uprawniającym do zwolnienia, de facto prowadziłoby do obejścia prawa, a tym samym nie można go aprobować. Rozstrzygając niniejszą sprawę nie można bowiem stracić z pola widzenia celu powstania SSE. Zwolnienie dotyczy jednej SSE i nie może być rozszerzane bez jakiejkolwiek kontroli na drugą lub większą liczbę SSE, albowiem takie założenie obala istotę i sens zezwoleń.
W związku z powyższym Sąd stwierdził, że Minister Finansów dokonał prawidłowej wykładni przepisów art. 17 ust. 1 pkt 38 i ust. 4 u.p.d.o.p. w zw. z art. 12 i art. 16 ust. 1 u.s.s.e. W konsekwencji za chybione uznano podniesione w skardze zarzuty naruszenia art. 2 i art. 32 Konstytucji RP. WSA nie uwzględnił także zarzutów naruszenia art. 14a, art. 14b § 6 i art. 120 O.p., a także art. 14h w zw. z art. 121 § 1 O.p.
W skardze kasacyjnej wywiedzionej od ww. wyroku spółka zaskarżyła go w całości, wnosząc o jego uchylenie w całości i przekazanie sprawy Sądowi pierwszej instancji do ponownego rozpoznania bądź uchylenie w całości i rozpoznanie skargi oraz zasądzenie na rzecz skarżącej od organu zwrotu kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego według norm przepisanych.
Na podstawie art. 174 pkt 2 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2016 r. poz. 718 ze zm. - dalej: p.p.s.a.) zaskarżonemu wyrokowi zarzucono naruszenie przepisów postępowania, których uchybienie mogło mieć istotny wpływ na wynika sprawy, tj.:
1. naruszenie art. 120 i 121 § 1 w zw. z art. 14a § 1 oraz w zw. z art. 14b § 1 i 6 O.p. poprzez zaakceptowanie przez WSA wydania skarżonej interpretacji z naruszeniem zasady nakazującej jednolite stosowanie przepisów prawa podatkowego, w związku z zajęciem przez Ministra Finansów stanowiska sprzecznego ze stanowiskiem zaprezentowanym przez Ministra Finansów w interpretacji indywidualnej wydanej w analogicznym stanie faktycznym i prawnym innemu podatnikowi oraz uznanie za prawidłową interpretacji w sytuacji, gdy jest ona sprzeczna z interpretacją wydaną skarżącej przez Ministra Finansów w dniu 8 stycznia 2015 roku o sygn. akt ILPB3/423-539/14-2/KS, co czyni niemożliwym zastosowanie się przez spółkę do obydwu tych interpretacji jednocześnie;
2. naruszenie art. 141 § 4 p.p.s.a. poprzez nieustosunkowanie się do argumentacji skarżącej w zakresie stawianego w skardze do WSA przez skarżącą zarzutu naruszenia przepisu art. 2 oraz art. 32 Konstytucji RP, art. 9 ust. 1 u.p.d.o.p. oraz § 5 ust. 5 rozporządzenia RM i art. 14a oraz 14b § 6, art. 120 oraz art. 121 § 1 w zw. z art. 14h O.p.
Na podstawie przepisu art. 174 pkt 1 p.p.s.a. zaskarżonemu wyrokowi zarzucono naruszenie następujących przepisów prawa materialnego poprzez ich błędną wykładnię i niewłaściwe zastosowanie:
1. naruszenie art. 2 oraz art. 32 Konstytucji RP poprzez zaakceptowanie przez WSA w Poznaniu wydania skarżonej interpretacji z naruszeniem zasady demokratycznego państwa prawnego oraz zasady równości wobec prawa, polegające na odmiennej ocenie prawnej dokonanej przez Ministra Finansów w analogicznym stanie prawnym i faktycznym w odniesieniu do dwóch różnych podatników;
2. naruszenie art. 9 ust. 1 u.p.d.o.p. poprzez pominięcie jego normatywnej treści i bezzasadne oraz niemające żadnej podstawy prawnej w obowiązujących przepisach zaakceptowanie stanowiska Ministra Finansów, że spółka zobowiązana jest do dokonywania odrębnego rozliczania dla celów podatku dochodowego od osób prawnych dochodów zwolnionych z opodatkowania tym podatkiem uzyskiwanych na podstawie zezwoleń udzielonych spółce na prowadzenie działalności gospodarczej w ASSE i dochodów uzyskiwanych na podstawie zezwolenia udzielonego spółce na prowadzenie działalności gospodarczej w BSSE, podczas gdy przepisy u.p.d.o.p. nakazują jedynie prowadzenie odrębnej ewidencji rachunkowej w stosunku do dochodów zwolnionych z opodatkowania tym podatkiem od dochodów opodatkowanych bez dodatkowych wymogów związanych z koniecznością odrębnego ewidencjonowania dochodu zwolnionego na podstawie dwóch lub więcej zezwoleń udzielonych na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej lub w różnych strefach ekonomicznych;
3. naruszenie art. 17 ust. 1 pkt 34 oraz art. 17 ust. 4 u.p.d.o.p. poprzez ich błędną, sprzeczną z literalnym brzmieniem powyższych przepisów wykładnię, polegają na przyjęciu, że przepisy te zakazują łączenia dochodów zwolnionych z opodatkowania uzyskanych na terenie różnych stref ekonomicznych a zwolnienie ma zastosowanie wyłącznie do dochodów osiągniętych na terenie danej konkretnej strefy ekonomicznej, podczas gdy art. 17 ust. 1 pkt 34 oraz 17 ust. 4 u.p.d.o.p. nie ogranicza zastosowania zwolnienia do dochodów osiągniętych wyłącznie na terenie danej specjalnej strefy ekonomicznej;
4. naruszenie § 5 ust. 5 Rozporządzenia RM poprzez pominięcie jego treści i uznanie, że zwolnienie ma zastosowanie wyłącznie do dochodów uzyskanych na terytorium konkretnej strefy ekonomicznej na podstawie jednego zezwolenia, podczas gdy przepis ten nie nakazuje wydzielania odrębnej ewidencji rachunkowej dla projektów inwestycyjnych prowadzonych na terenie różnych specjalnych stref ekonomicznych na podstawie różnych zezwoleń.
W odpowiedzi na skargę kasacyjną Minister Finansów wniósł o jej oddalenie oraz zasądzenie od strony skarżącej na rzecz organu podatkowego kosztów postępowania, w tym także kosztów zastępstwa procesowego, według norm przepisanych.
Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje.
Skarga kasacyjna nie ma usprawiedliwionych podstaw.
Nie zasługują na uwzględnienie zarzuty podniesione w ramach podstawy kasacyjnej z art. 174 pkt 2 p.p.s.a. Sąd pierwszej instancji odniósł się do zarzutu skargi naruszenia art. 2 oraz art. 32 Konstytucji RP, art. 9 ust. 1 u.p.d.o.p. oraz § 5 ust. 5 rozporządzenia RM i art. 14a oraz 14b § 6, art. 120 oraz art. 121 § 1 w zw. z art. 14h O.p. Na s.12 uzasadnienia zawarł bowiem stwierdzenie, że przywołana przez Spółkę interpretacja indywidualna, wydana na wniosek innego podmiotu, dotyczy możliwości prowadzenia jednej ewidencji rachunkowej dla działalności prowadzonej w różnych strefach, a tym samym nie potwierdza prawidłowości stanowiska, że można dokonywać połączenia limitów zwolnienia podatkowego, udzielonego w różnych strefach ekonomicznych. Skoro zarzut skargi opierał się na nierównym traktowaniu podmiotów poprzez udzielanie w takich samych stanach faktycznych odmiennych interpretacji, to stwierdzenie, że interpretacja nie dotyczyła takiego samego problemu, stanowi odniesienie się do zarzutu naruszenia art. 2 i art. 32 Konstytucji, mimo braku wskazania w uzasadnieniu tych przepisów. Tym samym nie można Sądowi pierwszej instancji postawić skutecznie zarzutu naruszenia art.141 § 4 p.p.s.a.
Z tych samych powodów – innego problemu prawnego, ocenianego w interpretacji o numerze ILPB 3/423-539/14-2/KS niezasadny jest kolejny z zarzutów procesowych - art. 120 i 121 § 1 w zw. z art. 14a § 1 oraz w zw. z art. 14b § 1 i 6 O.p. poprzez zaakceptowanie jako zgodnej z prawem interpretacji, która stanowi naruszenie zasady zapewnienia jednolitości wykładni prawa. Pytanie w powołanej interpretacji dotyczyło prawidłowości prowadzenia ewidencji rachunkowej przy prowadzeniu działalności w więcej niż jednej specjalnej strefie ekonomicznej, a więc innej kwestii niż przedstawiona w stanowisku skarżącej zawartym we wniosku o interpretację . Ponadto, uznając za prawidłowe stanowisko podatnika, że nie jest on zobowiązany do prowadzenia odrębnej ewidencji rachunkowej dla potrzeb rozliczeń związanych z poszczególnymi zezwoleniami strefowymi, w tym z poszczególnymi projektami realizowanymi w ramach tych zezwoleń, organ interpretujący jednocześnie stwierdził, że ewidencja taka powinna być prowadzona z zachowaniem wymogów określonych w art. 9 ust.1 u.p.d.o.p., w sposób pozwalający na realizację obowiązków podatkowych wnioskodawcy jako podatnika podatku dochodowego od osób prawnych, w szczególności prawidłowe określenie dochodu (straty) z działalności prowadzonej na terenie strefy na podstawie zezwoleń oraz podstawy opodatkowania. Organ zwrócił też uwagę, że zezwolenia wydane na rzecz wnioskodawcy wydawane były w odrębnym stanie prawnym, więc prowadząc jedną ewidencję podatnik ma obowiązek zapewnić możliwość ustalenia wartości wykorzystanej pomocy publicznej na podstawie każdego z zezwoleń. Tym samym organ interpretujący wskazał, że przy obliczaniu dochodu (straty) uwzględniane muszą być odrębnie dochody z poszczególnych zezwoleń.
Wskazana wyżej argumentacja prowadzi do wniosku, że nie jest zasadny zarzut naruszenia art. 2 i art. 32 Konstytucji. Jak wskazano wyżej, zainteresowany w powołanej wyżej interpretacji dotyczącej prowadzenia dokumentacji rachunkowej i skarżąca w niniejszej sprawie nie otrzymali w takich samych stanach faktycznym i prawnym odmiennych interpretacji. Nie doszło zatem do nieuzasadnionego odmiennego potraktowania dwóch przedsiębiorców , wyróżniających się tymi samymi prawnie relewantnymi cechami. Przeciwnie, szczegółowa analiza interpretacji przywołanej przez stronę daje podstawę do stwierdzenia, że organ zwrócił uwagę na konieczność odrębnego obliczania wartości pomocy publicznej udzielonej na podstawie odrębnych zezwoleń.
Sąd pierwszej instancji nie dokonał także błędnej wykładni art. 17 ust. 1 pkt 34 oraz art. 17 ust. 4 u.p.d.o.p. Przyjęte przezeń rozumienie art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p. jest powszechnie akceptowane w orzecznictwie sądów administracyjnych. Przyjmuje się w nim, że zwolnienie to ma charakter przedmiotowy. Odesłanie w tym przepisie do art. 16 ust. 1 u.s.s.e. oznacza, że zakres zwolnienia uzależniony jest od treści konkretnego zezwolenia na działanie w SSE. Zezwolenie to określa miejsce prowadzenia działalności (wskazanie konkretnej SSE) i zakres działalności (por. wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 14 czerwca 2017 r., II FSK 1438/15, z dnia 15 maja 2014 r., II FSK 1457/12, z dnia 28 kwietnia 2015 r., II FSK 1969/13, z dnia 20 sierpnia 2015 r., II FSK 1551/13, wszystkie powołane w uzasadnieniu orzeczenia sądów administracyjnych dostępne w Centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych, http://orzeczenia.nsa.gov.pl).
Słusznie też Wojewódzki Sąd Administracyjny uwzględnił, dokonując wykładni powołanego przepisu, że zwolnienie podatkowe wynikające z powołanego przepisu, jest zwolnieniem stanowiącym pomoc publiczną. Przedsiębiorca powinien zatem oceniać dopuszczalny limit pomocy odrębnie dla każdej strefy, skoro limit maksymalnej dopuszczalnej pomocy publicznej obliczany jest odrębnie dla każdego województwa, na terenie którego strefa się znajduje. Zgodnie z art. 2 u.s.s.e. specjalną strefą ekonomiczną jest wyodrębniona, zgodnie z przepisami ustawy, niezamieszkała część terytorium Rzeczypospolitej Polskiej, na terenie której może być prowadzona działalność gospodarcza na zasadach określonych ustawą. Może ona być ustanowiona w celu przyspieszenia rozwoju gospodarczego części terytorium kraju (art. 3 u.s.s.e.). Jednoznacznie zatem pomoc publiczna udzielana na podstawie przepisów ustawy o SSE jest pomocą kierowaną do poszczególnych regionów kraju i jej wielkość określana jest w odniesieniu do każdego regionu odrębnie. Maksymalna wysokość kosztów kwalifikowanych inwestycji i dwuletnich kosztów kwalifikowanych pracy, mająca wpływ na wysokość udzielonej pomocy, stosownie do § 4 rozporządzenia RM , określana jest w zezwoleniu na działanie w danej strefie, a tym samym również stanowi warunek zezwolenia. Sumowanie pomocy udzielanej w ramach różnych stref prowadziłoby do "przenoszenia" pomocy między regionami przez przedsiębiorców i tym samym miałoby wpływ na wielkość pomocy publicznej udzielonej dla danego regionu.
Nie można też przy wykładni art. 17 ust. 1 pt 34 i ust. 4 u.p.d.o.f. zapominać, że pomoc publiczna udzielania przez państwa członkowskie Unii Europejskiej, a więc i Polskę, musi uwzględniać zasady udzielania tej pomocy ustalone w art. 107-109 Traktatu i funkcjonowaniu Unii Europejskiej (Dz.U. z 2004 r., Nr 90, poz. 864/2) i rozporządzeniu Rady (UE) 2015/1589 z dnia 13 lipca 2015 r. ustanawiającym szczegółowe zasady stosowania art. 108 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej (Dz.U. UE z 2015 r. nr 248 s. 9). Polska na podstawie podpisanego w dniu 16 kwietnia 2003 r. Traktatu dotyczącego przystąpienia do Unii Europejskiej [Traktat z dnia 16 kwietnia 2003 r. między Królestwem Belgii, Królestwem Danii, Republiką Federalną Niemiec, Republiką Grecką, Królestwem Hiszpanii, Republiką Francuską, Irlandią, Republiką Włoską, Wielkim Księstwem Luksemburga, Królestwem Niderlandów, Republiką Austrii, Republiką Portugalską, Republiką Finlandii, Królestwem Szwecji, Zjednoczonym Królestwem Wielkiej Brytanii i Irlandii Północnej (Państwami Członkowskimi Unii Europejskiej) a Republiką Czeską, Republiką Estońską, Republiką Cypryjską, Republiką Łotewską, Republiką Litewską, Republiką Węgierską, Republiką Malty, Rzeczypospolitą Polską, Republiką Słowenii, Republiką Słowacką dotyczący przystąpienia Republiki Czeskiej, Republiki Estońskiej, Republiki Cypryjskiej, Republiki Łotewskiej, Republiki Litewskiej, Republiki Węgierskiej, Republiki Malty, Rzeczypospolitej Polskiej, Republiki Słowenii i Republiki Słowackiej do Unii Europejskiej uzyskała możliwość udzielania pomocy publicznej w ramach specjalnych stref ekonomicznych także po przystąpieniu do Unii Europejskiej (pomoc tę uznaną za pomoc istniejącą w rozumieniu przepisów unijnych). Oznacza to jednak, że pomoc ta nadal pozostała pomocą publiczną udzielaną poszczególnym regionom (art. 107 ust. 3 pkt c) Traktatu o Funkcjonowaniu UE). Tym samym wykładnia przepisów przewidujących pomoc publiczną w formie zwolnienia podatkowego z pominięciem celu tej pomocy poprzez łączenie limitów pomocy wynikającej z zezwoleń udzielanych na działanie w różnych strefach stanowiłoby także naruszenie przepisów unijnych dotyczących pomocy publicznej.
Brak obowiązku prowadzenia odrębnej ewidencji rachunkowej dla działalności gospodarczej prowadzonej w poszczególnych strefach nie oznacza, że ustawodawca dopuszcza łączenie dochodów i limitów zwolnienia dotyczących różnych stref ekonomicznych. Art. 9 ust. 1 u.p.d.o.p. nakazuje prowadzenie ewidencji rachunkowej zgodnie z odrębnymi przepisami, ale w sposób pozwalający na określenie dochodu (straty), podstawy opodatkowania i wysokości należnego podatku za dany rok podatkowy. Oznacza to, że ewidencja ta powinna pozwolić na identyfikację dochodu (straty) osiągniętej w każdej ze stref ekonomicznych, jeżeli podatnik ma zezwolenie i prowadzi działalność gospodarczą w różnych strefach. Taką zresztą wykładnię tego przepisu zastosował organ interpretujący w powołanej w zarzutach skargi kasacyjnej interpretacji. Ustawodawca nie musiał zatem w § 5 ust. 5 rozporządzenia RM wskazywać na konieczność wydzielenia organizacyjnie działalności prowadzonej w różnych specjalnych strefach ekonomicznych, skoro konieczność takiego wyodrębnienia wynika z zasady powiązania wielkości zwolnienia podatkowego z zakresem (rzeczowym i miejscowym) zezwolenia strefowego.
Z tych względów także zarzut naruszenia art. 9 ust. 1 u.p.d.o.p. oraz § 5 ust. 5 rozporządzenia RM nie mają uzasadnionych podstaw.
Mając powyższe na uwadze na podstawie art. 184 p.p.s.a. skargę kasacyjną oddalono.
O kosztach postępowania, na które składają się, zgodnie z art. 205 § 2 p.p.s.a., wynagrodzenie pełnomocnika za udział w rozprawie przed Naczelnym Sądem Administracyjnym oraz za udzielenie odpowiedzi na skargę kasacyjną, orzeczono na podstawie art. 209 i art. 204 pkt 1 p.p.s.a. Stosownie do uchwały Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 19 listopada 2012 r., II FPS 4/12 przyjmuje się bowiem, że za sporządzenie odpowiedzi na skargę kasacyjną profesjonalnemu pełnomocnikowi przysługuje wynagrodzenie takie jak za sporządzenie i wniesienie skargi kasacyjnej. Wysokość wynagrodzenia ustalono na podstawie § 14 ust.1 pkt 1 lit.c i pkt 2 lit.a) rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 września 2002 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych oraz ponoszenia przez Skarb Państwa kosztów pomocy prawnej udzielonej przez radcę prawnego ustanowionego z urzędu (Dz.U. z 2013 r., poz. 490 z późn.zm.). Koszty zasądzono na rzecz Szefa Krajowej Administracji Skarbowej, który wszedł w z mocy art. 206 ust. 1 ustawy z dnia 16 listopada 2016 r. – Przepisy wprowadzające ustawę o Krajowej administracji Skarbowej (Dz.U. z 2016 r. poz.1948 z późn.zm.) w miejsce Dyrektora Izby Skarbowej w Poznaniu, działającego z upoważnienia Ministra Finansów.