I SA/Wr 975/21

I SA/Wr 975/21 - Wyrok WSA we Wrocławiu
Data orzeczenia
2022-04-13
orzeczenie nieprawomocne
Data wpływu
2021-09-21
Sąd
Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu
Sędziowie
Iwona Solatycka
Marta Semiczek /sprawozdawca/
Piotr Kieres /przewodniczący/
Symbol z opisem
6110 Podatek od towarów i usług
Hasła tematyczne
Podatek od towarów i usług
Sygn. powiązane
I FSK 422/23 - Wyrok NSA z 2025-12-11
Skarżony organ
Dyrektor Izby Skarbowej
Treść wyniku
*Oddalono skargę w całości
Powołane przepisy
Dz.U. 2016 poz 710
art. 87 ust. 2,7
Ustawa z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług
Sentencja
Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu w składzie następującym: Przewodniczący: sędzia WSA Piotr Kieres, Sędziowie: sędzia WSA Marta Semiczek (sprawozdawca), sędzia WSA Asesor WSA Iwona Solatycka, Protokolant: Starszy specjalista Agnieszka Dąbrowska, po rozpoznaniu w Wydziale I na rozprawie w dniu 13 kwietnia 2022 r. sprawy ze skargi A Sp. z o.o. z/s w B. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej we W. z dnia [...] nr [...] w przedmiocie wypłaty odsetek od nieterminowego zwrotu podatku od towarów i usług za XII/2016 r. i I/2017 r. oraz wypłata części niezwróconego podatku od towarów i usług Oddala skargę w całości.
Uzasadnienie
Przedmiotem skargi A Sp. z o.o. z/s w B. (dalej: skarżąca, spółka, strona) jest decyzja Dyrektora Izby Administracji Skarbowej we Wrocławiu (dalej: organ drugiej instancji, organ odwoławczy) z dnia 22 lipca 2021 r., nr 0201-IOV-11.4103.49.2021 utrzymująca w mocy decyzję Naczelnika Dolnośląskiego Urzędu Skarbowego we Wrocławiu z 6.04.2021 nr 0271-SPP-2.4103.3.2021 wydaną w przedmiocie wypłaty odsetek od nieterminowego zwrotu podatku od towarów i usług za grudzień 2016 r. oraz styczeń 2017 r. oraz wypłaty części niezwróconego podatku od towarów i usługi.
1. Grudzień 2016 r
Strona złożyła w Dolnośląskim Urzędzie Skarbowym we Wrocławiu (dalej DUS we Wrocławiu) 19.01.2017 r. deklarację dla podatku od towarów i usług VAT-7 za grudzień 2016 r. w której wykazała kwotę zwrotu różnicy podatku od towarów i usług na rachunek bankowy spółki w wysokości 3.504.669 zł.
Naczelnik DUS wszczął kontrolę podatkową w podatku VAT za grudzień 2016 r. Kontrola podatkowa została zakończona 21.03.2017r. Następnie organ I instancji postanowieniem z 28.03.2017 r. wszczął z urzędu postępowanie podatkowe wobec Spółki w sprawie podatku VAT za grudzień 2016 r.
Postanowieniem nr 0271-SKP-2.411.6.2017 z 10.02.2017 r. Naczelnik DUS przedłużył termin dokonania zwrotu nadwyżki podatku do 31.03.2017 r. Jednocześnie postanowieniem nr 0271-SPV-2.4103.80.2017 z 28.03.2017 r. (doręczonym 28.03.2017 r.) przedłużono termin dokonania zwrotu do 30.09.2017 r. Następnie postanowieniem z 18.09.2017 r. (doręczonym 21.09.2017 r.) Naczelnik DUS przedłużył termin zwrotu do 31.12.2017r. a następnie postanowieniem nr 0271-SPV-2.4103.80.2017.6 z 21.12.2017r. (doręczonym 04.01.2018 r.) przedłużono termin zwrotu do 30.04.2018 r.
Organ I instancji wydał decyzję nr 0271-SPV- 2.4103.80.2017.11 z 25.04.2018 r. (doręczoną 8.05.2018 r.) określającą Spółce kwotę zwrotu różnicy podatku od towarów i usług za grudzień 2016 r. w wysokości 707 zł oraz podatek do zapłaty w kwocie 118.538,00 zł.
Dyrektora Izby Administracji Skarbowej we Wrocławiu, decyzją z 4.04.2019 r. nr 0201-IOD3.4103.9.2018 uchylił decyzję organu I instancji i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia. Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu wyrokiem z 30.10.2019 r. o sygn. akt I SA/Wr 591/19 uchylił decyzję organu II instancji.
Następnie 27.03.2020 r. decyzją nr. 0201-IOD3.4103.3.2020 Dyrektor IAS we Wrocławiu zgodnie z wyrokiem WSA uchylił decyzję organu pierwszej instancji w całości i umorzył postępowanie w sprawie. Dyrektor uznał, że złożona przez Spółkę deklaracja VAT-7 za grudzień 2016 r. z wykazaną kwotą zwrotu podatku VAT w wysokości 3.504.669,00 PLN. jest prawidłowa.
Naczelnik DUS Wrocław 8.04.2020 r. dokonał zwrotu na rachunek bankowy Spółki zawnioskowanej przez Spółkę w deklaracji za grudzień 2016 r. kwoty VAT w wysokości 3.504.669.00 PLN wraz z kwotą 710.776,00 PLN tytułem odsetek.
w tym:
-za okres od 14.02.2017 r. do 8.05.2018 r. Spółce zwrócono odsetki w wysokości 4% w skali roku obliczone od kwoty 3.504.669,00 PLN, w sumie 172.064,84 PLN;
-za okres od 9.05.2018 r. do 8.04.2020 r. zwrócono odsetki w wysokości 8% w skali roku od kwoty 3.504.669.0 PLN, w sumie 538.711,16 PLN.
Naczelnik za cały okres od momentu, w którym upłynął ustawowy termin zwrotu podatku VAT po złożeniu przez Spółkę deklaracji VAT za grudzień 2016 r. do dnia doręczenia Spółce decyzji wydanej przez Naczelnika DUS we Wrocławiu 25.04.2018 r., obliczył należne Spółce odsetki od opóźnienia w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia płatności podatku lub jego rozłożenia na raty tj. w wysokości 4% w skali rocznej.
2. Styczeń 2017 r
Spółka złożyła w DUS we Wrocławiu 07.03.2017 r. deklarację dla podatku od towarów i usług VAT-7 za styczeń 2017 r. w której wykazała kwotę zwrotu różnicy podatku od towarów i usług na rachunek bankowy spółki w wysokości 2.125.244 zł. Jednocześnie spółka złożyła w tym samym dniu wniosek VAT-ZT o przyspieszenie terminu zwrotu podatku. Naczelnik DUS we Wrocławiu wszczął kontrolę podatkową w podatku VAT za styczeń 2017 r. Kontrola podatkowa została zakończona 29.06.2017 r. Następnie organ I instancji postanowieniem z 18.09.2017 r. wszczął z urzędu postępowanie podatkowe wobec Spółki w sprawie podatku VAT za styczeń 2017 r.
Postanowieniem nr 0271-SKP-2.500.16.2017.2 z 30.03.2017r. Naczelnik DUS przedłużył termin dokonania zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do 29.09.2017 r. Następnie postanowieniem z 18.09.2017 r. przedłużył termin zwrotu do 31.12.2017 r., a następnie postanowieniem nr 0271-SPV-2.4103.266.2017.5 z 21.12.2017 r. przedłużono przedmiotowy termin zwrotu do 30.04.2018 r.
Decyzją nr 0271-SPV- 2.4103.266.2017.9 z 25.04.2018 r. Naczelnik DUS określił Spółce kwotę zwrotu różnicy podatku od towarów i usług za styczeń 2017 r. w wysokości 785 zł oraz podatek do zapłaty w kwocie 100.791,00 zł z tytułu wystawienie w styczniu 2017 r. faktur z wskazanym podatkiem VAT. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej we Wrocławiu, decyzją z 4.04.2019 r. nr 0201-IOD3.4103.10.2018 uchylił decyzję organu I instancji i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia. Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu wyrokiem z 30.10.2019 r. o sygn. akt I SA/Wr 592/19 uchylił decyzję organu II instancji i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia. Następnie 27.03.2020 r. decyzją nr. 0201-IOD3.4103.2.2020 Dyrektor IAS we Wrocławiu zgodnie z wyrokiem WSA uchylił decyzję organu pierwszej instancji w całości i umorzył postępowanie w sprawie. Dyrektor uznał, że złożona przez Spółkę deklaracja VAT-7 za styczeń 2017 r. z wykazaną kwotą zwrotu podatku VAT w wysokości 2.125.244,00 PLN. jest prawidłowa.
Naczelnik DUS Wrocław 8.04.2020 r. dokonał zwrotu na rachunek bankowy Spółki zawnioskowanej przez Spółkę w deklaracji za styczeń 2017 r. kwoty VAT w wysokości 2.125.244.0 PLN wraz z kwotą 419.537,00 PLN tytułem odsetek. Łączna kwota zwrotu wyniosła 2.544.781.00 PLN w tym:
-za okres od 4.04.2017 r. do 8.05.2018 r. Spółce zwrócono odsetki w wysokości 4% w skali roku obliczone od kwoty 2.125.244,00 PLN, w sumie 92.928,00 PLN;
-za okres od 9.05.2018 r. do 8.04.2020 r. zwrócono odsetki w wysokości 8% w skali roku od kwoty 2.125.244,00 PLN, w sumie 326.609,00 PLN.
Naczelnik za cały okres od momentu, w którym upłynął ustawowy termin zwrotu podatku VAT po złożeniu przez Spółkę deklaracji VAT za styczeń 2017 r. do dnia doręczenia Spółce decyzji wydanej przez Naczelnika DUS we Wrocławiu 25.04.2018 r., obliczył należne Spółce odsetki od opóźnienia w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia płatności podatku lub jego rozłożenia na raty tj. w wysokości 4% w skali rocznej.
Spółka złożyła wniosek dotyczący:
1. wypłaty niewypłaconej dotychczas części zwrotu podatku od towarów i usług za grudzień 2016 r. w wysokości 137.402,07 zł, wraz z odsetkami od nieterminowego zwrotu podatku VAT naliczonymi do dnia całkowitego zwrotu podatku (na dzień 30.12.2020 r. kwota odsetek wynosi 42.613,46 zł);
2. wypłaty niewypłaconej części odsetek od nieterminowego zwrotu podatku VAT za grudzień 2016 r. w wysokości 34.662,77 zł;
3. wypłaty niewypłaconej dotychczas części zwrotu podatku od towarów i usług za styczeń 2017 r. w wysokości 75.227,81 zł, wraz z odsetkami od nieterminowego zwrotu podatku VAT naliczonymi do dnia całkowitego zwrotu podatku (na dzień 30.12.2020 r. kwota odsetek wynosi 22.523,00 zł);
4. wypłaty niewypłaconej części odsetek od nieterminowego zwrotu podatku VAT za styczeń 2017 r. w wysokości 18.485,19 zł;
Według Wnioskodawcy odsetki od kwoty zwrotu podatku VAT za grudzień 2016 r. w okresie od 14.02.2017 r. do 8.05.2018 powinny być liczone na podstawie przepisu art. 87 ust. 7 ustawy o podatku od towarów i usług, tj. w pełnej wysokości i powinny wynosić 8% w skali roku. Analogiczna sytuacja dotyczy odsetek za styczeń 2017 r., w okresie od 4.04.2017 r. do 8.05.2018 r.
Naczelnik DUS decyzją z 6.04.2021 r. nr 0271-SPP-2.4103.3.2021 odmówił wypłaty wnioskowanych kwot wraz z oprocentowaniem.
W odwołaniu od tej decyzji Spółka zarzuciła naruszenie przepisów prawa materialnego to jest:
1. art. 87 ust. 2 ustawy dnia 11.03.2004 r. o podatku od towarów i usług (t.j. Dz. U. z 2016 r. poz. 710 ze zm.- w brzmieniu obowiązującym w 2017 r. dalej u.p.t.u.) przez jego błędną wykładnię i jego bezpodstawne zastosowanie w sprawie, podczas gdy nie zostały spełnione ustawowe przesłanki zastosowania tego przepisu, tj. zasadność zwrotu podatku VAT Spółce we wnioskowanej przez spółkę kwocie nie została wykazana w wyniku postępowania prowadzonego przez Naczelnika Dolnośląskiego Urzędu Skarbowego we Wrocławiu;
2. art. 87 ust. 7 u.p.t.u. przez jego błędną wykładnię i jego niezastosowanie w niniejszej sprawie podczas, gdy Naczelnik Dolnośląskiego Urzędu Skarbowego we Wrocławiu w swoich decyzjach dotyczących zobowiązania Spółki w podatku VAT za grudzień 2016 r. oraz styczeń 2017 r. odmówił Spółce dokonania zwrotu wnioskowanego przez Spółkę podatku VAT, który to zwrot następnie decyzjami Dyrektora Izby Administracji Skarbowej we Wrocławiu został uznany za zasadny we wnioskowanych przez Spółkę kwotach, w konsekwencji czego należało zastosować przepis art. 87 ust. 7 u.p.t.u.;
oraz naruszenie przepisów postępowania, tj. przepisu:
3. art. 78 § 1 ustawy dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t.j. Dz.U. z 2020 r. poz. 1325 ze zm.) przez uznanie, że do niezwróconej w terminie kwoty zwrotu podatku VAT nie ma zastosowania oprocentowanie w wysokości równej wysokości odsetek za zwłokę;
4. art. 78 a O.p. w związku z art. 87 ust. 2 i art. 87 ust. 7 u.p.t.u. przez błędne przyjęcie, że odnośnie części spornej kwoty zwrotu VAT zastosowanie znajdzie stawka oprocentowania nadpłaty w wysokości 4 % wynikająca z art. 87 ust. 2 u.p.t.u. a odnośnie części stawka 8 % wynikającą z art. 87 ust. 7 u.p.t.u., zamiast przyjęcia, że odnośnie całej spornej kwoty wstrzymanego zwrotu VAT zastosowanie znajdzie stawka 8 % wynikająca z art. 87 ust. 7 u.p.t.u..
Dyrektor Izby Administracji Skarbowej we Wrocławiu utrzymując w mocy decyzję organu I instancji wywodził, że organy podatkowe są uprawnione do przedłużania ustawowego terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, celem zweryfikowania zasadności zwrotu. Uprawnienie tego rodzaju wynika wprost z art. 87 ust. 2 u.p.t.u.. W postępowaniu weryfikacyjnym chodzi o stwierdzenie wystąpienia okoliczności wskazujących na wątpliwości co do zasadności zwrotu, a nie udowodnienia bezzasadności zwrotu. Art. 87 ust. 2 ustawy o podatku od towarów i usług nie zawiera ograniczenia w zakresie rezultatu sprawdzenia przez naczelnika urzędu skarbowego zasadności zwrotu różnicy podatku wykazanego przez podatnika w deklaracji podatkowej. Obejmuje on zarówno samą zasadność przysługiwania podatnikowi prawa do zwrotu różnicy podatku, jak również wysokość zadeklarowanej kwoty zwrotu. Według orzecznictwa Naczelnego Sądu Administracyjnego, w analizowanym przepisie ustawodawca posłużył się szerokim zwrotem o sprawdzeniu "zasadności zwrotu", co nie stwarza podstaw do zawężania tego pojęcia wyłącznie do potwierdzenia zasadności zwrotu różnicy podatku w wysokości tożsamej z zadeklarowaną przez podatnika.
DIAS wskazał, że organ I instancji nie odmówił Spółce zwrotu tylko określił kwoty zwrotu różnicy w innej wysokości niż zadeklarowano oraz określił kwoty podatku do zapłaty na podstawie przeprowadzonych postępowań podatkowych. 08.05.2018 W związku z tym organ I instancji miał prawo zastosować art. 87 ust. 2 zdanie trzecie, wypłacając należne kwoty za grudzień 2016 r. i styczeń 2017 r. wraz z odsetkami w obniżonej wysokości. Według art. 87 ust. 2 (zdanie trzecie) u.p.t.u., jeżeli przeprowadzone przez organ czynności wykażą zasadność zwrotu, o którym mowa w zdaniu poprzednim, urząd skarbowy wypłaca należną kwotę wraz z odsetkami w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia płatności podatku lub jego rozłożenia na raty. Z kolei w myśl art. 57 § 2 ustawy O.p., stawka opłaty prolongacyjnej jest równa obniżonej stawce odsetek za zwłokę. Zaś obniżona stawka odsetek za zwłokę równa jest 50% stawki odsetek za zwłokę (art. 56a § 1 Ordynacji podatkowej). Należy zauważyć, że w wyżej przytoczonych przypisach ustawodawca nie uwzględnia przypadku, aby organ nie mógł skorzystać z art. 87 ust. 2 ustawy o podatku od towarów i usług, spełniając opisane w nim warunki, ale wydając błędną decyzję, która została następnie uchylona.
W ocenie Organu przedłużanie terminu zwrotu rozciąga się tylko na procedury uruchamiane przez organ podatkowy I instancji, zaś postępowanie odwoławcze do takich nie należy. W konsekwencji przyjmuje się, że w przypadku rozstrzygnięcia uchylającego decyzję zmieniającą rozliczenie w zakresie zwrotu, odsetki powinny być liczone w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej dla okresu rozpoczynającego się od dnia upływu terminu zwrotu wynikającego ze złożonej deklaracji ("pierwotnego terminu zwrotu podatku"), a kończącego się dniem doręczenia uchylonej później decyzji. Natomiast w odniesieniu do okresu od dnia doręczenia uchylonej decyzji do dnia dokonania niewypłaconego terminowo zwrotu, należy przyjąć, że odsetki powinny być naliczone w wysokości 100% stawki odsetek za zwłokę.
W skardze wniesionej do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego Skarżąca zarzuciła:
I. Naruszenie przepisów postępowania mających istotny wpływ na wynik sprawy tj. naruszenie:
1. przepisu art. 78 § 1 O.p. przez uznanie, że do niezwróconej w terminie kwoty zwrotu podatku VAT nie ma zastosowania oprocentowanie w wysokości równej wysokości odsetek za zwłokę,
2. przepisu art. 78a O.p. w związku z przepisem art. 87 ust. 2 i art. 87 ust. 7 u.p.t.u. przez błędne przyjęcie, że odnośnie części spornej kwoty zwrotu VAT zastosowanie znajdzie stawka oprocentowania nadpłaty w wysokości 4% wynikająca z art. 87 ust. 2 u.p.t.u. a odnośnie części stawka 8% wynikająca z art. 87 ust. 7 u.p.t.u., zamiast przyjęcia, że odnośnie całej spornej kwoty wstrzymanego zwrotu VAT zastosowanie znajdzie stawka 8% wynikająca z art. 87 ust. 7 u.p.t.u. i w konsekwencji błędnego rozliczenia kwoty należności głównej i odsetkowej wnioskowanego zwrotu VAT przez nie dokonanie zwrotu należnej kwoty w całości, tylko w części, czego efektem jest proporcjonalne zaliczenie części zwróconej należności na część główną i odsetkową i dalsze istnienie nadpłaty w podatku VAT;
3. przepisu art. 2a O.p. w zw. z przepisami art. 87 ust. 2 i 87 ust. 7 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (dalej jako: "ustawa o VAT") przez brak zastosowania zasady rozstrzygnięcia wątpliwości co do treści przepisów podatkowych na korzyść podatnika;
4. przepisu art. 87 ust. 2, 6, 7 u.p.t.u. w zw. z art. 124, 125 § 1 art. 139, art. 191 O.p. przez odmowę wypłaty odsetek w pełnej wysokości w sytuacji, gdy:
- prowadzone przez organ I instancji postpowanie w sprawie zwrotu było bezprzedmiotowe, nie istniały w toku postępowania uzasadnione wątpliwości, co do zasadności zwrotu oraz w toku tego postępowania przeprowadzano czynności niemające związku z weryfikacją zasadności zwrotu podatku VAT,
- prowadzone przez organ I instancji postępowanie w sprawie zwrotu było przewlekłe w sposób nieznajdujący uzasadnienia w skomplikowaniu sprawy;
5. art. 86 ust. 2, art. 87 ust. 2, 6, 7 u.p.t.u. w zw. z art. 124, 125 § 1 art. 139, art. 191 O.p. przez naruszenie zasady neutralności VAT w wyniku instrumentalnego traktowania instytucji zwrotu podatku VAT i nie spełnieniu przesłanek niezbędnych do prawidłowego zastosowania instytucji wstrzymania zwrotu VAT.
II. Naruszenie przepisów prawa materialnego tj.:
1. przepisu art. 87 ust. 2 u.p.t.u. przez jego błędną wykładnię i bezpodstawne zastosowanie w niniejszej sprawie, podczas gdy nie zostały spełnione ustawowe przesłanki zastosowania tego przepisu w niniejszej sprawie tj. zasadność zwrotu podatku VAT Spółce we wnioskowanej przez Spółkę kwocie PLN 3.504.669,00 za miesiąc grudzień 2016 r. oraz kwocie PLN 2.125.244,00 za miesiąc styczeń 2017 r. nie zostały wykazane w wyniku postępowania prowadzonego przez Naczelnika Dolnośląskiego Urzędu Skarbowego we Wrocławiu;
2. art. 87 ust. 7 u.p.t.u. przez jego błędną wykładnię i jego niezastosowanie w niniejszej sprawie podczas, gdy Naczelnik w swoich decyzjach dotyczących zobowiązania Spółki w podatku VAT za grudzień 2016 i styczeń 2017 roku odmówił Spółce dokonania zwrotu wnioskowanego przez Spółkę zwrotu podatku VAT, który to zwrot dopiero w wyniku wyroków sądu administracyjnego został potwierdzony decyzjami Dyrektora Izby Administracji Skarbowej we Wrocławiu został uznany za zasadny we wnioskowanych przez Spółkę kwotach.
W odpowiedzi na skargę organ wniósł o jej oddalenie, podtrzymując dotychczasowe stanowisko.
Wojewódzki Sąd Administracyjny zważył, co następuje:
Skarga jest niezasadna.
Na podstawie art. 1 § 1 i § 2 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. - Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz.U. z 2021 r. poz. 137) sądy administracyjne kontrolują prawidłowość zaskarżonych aktów administracyjnych, między innymi decyzji ostatecznych, przy uwzględnieniu kryterium ich zgodności z prawem. Decyzja podlega uchyleniu, jeśli sąd stwierdzi naruszenie prawa materialnego w stopniu mającym wpływ na wynik sprawy, naruszenie prawa dające podstawę do wznowienia postępowania lub inne naruszenie przepisów postępowania, jeżeli mogło ono mieć istotny wpływ na wynik sprawy, o czym stanowi art. 145 § 1 pkt 1 lit. a-c ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2019 r. poz. 2325, ze zm. - dalej jako: "p.p.s.a."), lub też naruszenie prawa będące podstawą stwierdzenia nieważności decyzji (art. 145 § 1 pkt 2 p.p.s.a.). W myśl art. 134 § 1 p.p.s.a. sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną.
Przedmiotem sporu jest to, czy wysokość odsetek od zwrotu podatku za grudzień 2016 r i styczeń 2017 r należy liczyć w oparciu o art. 87 ust. 2 zdanie trzecie u.p.t.u. - jak uważają organy, czy też - jak uważa strona - w oparciu o art. 87 ust. 7 tej ustawy.
W sporze tym rację zdaniem Sądu należy przyznać organom.
Wskazać trzeba, że zgodnie z art. 87 ust. 1 u.p.t.u. w przypadku gdy kwota podatku naliczonego, o której mowa w art. 86 ust. 2, jest w okresie rozliczeniowym wyższa od kwoty podatku należnego, podatnik ma prawo do obniżenia o tę różnicę kwoty podatku należnego za następne okresy lub do zwrotu różnicy na rachunek bankowy.
Stosownie zaś do art. 87 ust. 2 u.p.t.u. (w brzmieniu obowiązującym w 2014 r) zwrot różnicy podatku, z zastrzeżeniem ust. 6, następuje w terminie 60 dni od dnia złożenia rozliczenia przez podatnika na rachunek bankowy podatnika w banku mającym siedzibę na terytorium kraju lub na rachunek podatnika w spółdzielczej kasie oszczędnościowo-kredytowej, której jest członkiem, wskazane w zgłoszeniu identyfikacyjnym, o którym mowa w odrębnych przepisach, lub na wskazany przez podatnika rachunek banku lub na rachunek spółdzielczej kasy oszczędnościowo kredytowej, jako zabezpieczenie udzielanego przez ten bank lub przez tę kasę kredytu, na podstawie złożonego przez podatnika, do naczelnika urzędu skarbowego, w terminie do złożenia deklaracji podatkowej, pisemnego, nieodwołalnego upoważnienia organu podatkowego, potwierdzonego przez bank lub spółdzielczą kasę oszczędnościowo kredytową udzielających kredytu, do przekazania tego zwrotu. Jeżeli zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania, naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć ten termin do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika dokonywanego w ramach czynności sprawdzających, kontroli podatkowej lub postępowania podatkowego na podstawie przepisów O.p. lub postępowania kontrolnego na podstawie przepisów o kontroli skarbowej. Jeżeli przeprowadzone przez organ czynności wykażą zasadność zwrotu, o którym mowa w zdaniu poprzednim, urząd skarbowy wypłaca należną kwotę wraz z odsetkami w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia płatności podatku lub jego rozłożenia na raty.
Zdanie trzecie tego przepisu ma niezmienione brzmienie w stanie prawnym na dzień dokonania zwrotu.
Stosownie natomiast do art. 87 ust. 7 u.p.t.u. różnicę podatku niezwróconą przez urząd skarbowy w terminach, o których mowa w ust. 2 zdanie pierwsze i ust. 5a, traktuje się jako nadpłatę podatku podlegającą oprocentowaniu w rozumieniu przepisów O.p..
Przepis art. 57 § 2 O.p. z kolei stanowi, iż stawka opłaty prolongacyjnej jest równa obniżonej stawce odsetek za zwłokę. W myśl § 3 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 22.08.2005 r. w sprawie naliczania odsetek za zwłokę oraz opłaty prolongacyjnej, a także zakresu informacji, które muszą być zawarte w rachunkach (Dz. U. Nr 165, poz.1373) opłata prolongacyjna jest naliczana według wskazanego tam wzoru.
Sensem przytoczonej regulacji jest umożliwienie organom podatkowym przeprowadzenia weryfikacji poprawności rozliczenia podatkowego w VAT przed dokonaniem zwrotu – wstępnej weryfikacji w ciągu pierwszych 60 dni od dnia złożenia deklaracji podatkowej, a następnie (jeżeli wstępna weryfikacja zrodzi wątpliwości co do zasadności zwrotu) dodatkowej weryfikacji w toku jednej ze wskazanych w przepisie procedur.
W sprawie Spółki taka dodatkowa weryfikacja odbyła się w ramach kontroli podatkowej i postępowania podatkowego. Potwierdziła ona, że zwrot jest należny.
Kolejną kwestią jest zagadnienie sposobu obliczania odsetek (oprocentowania) zwrotu.
Powołując się na treść art. 87 ust. 7 u.p.t.u., Spółka uważa, że odsetki za zwłokę są należne w kwocie obliczonej jak oprocentowanie nadpłaty w rozumieniu O.p.
Sąd nie podziela tego stanowiska. W świetle cytowanego na wstępie art. 87 ust. 2 u.p.t.u. jeżeli zwrot zostaje dokonany po upływie "standardowego" 60-dniowego terminu, jednak termin jego dokonania był zgodnie z prawem przedłużany przez wydanie stosownych postanowień (właściwie uzasadnionych i doręczonych każdorazowo przed upływem terminu wyznaczonego poprzednim postanowieniem), należne odsetki od zwrotu są obliczane "w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia płatności podatku lub jego rozłożenia na raty". Natomiast zgodnie z art. 87 ust. 7 u.p.t.u. różnicę podatku niezwróconą przez urząd skarbowy w terminach, o których mowa w ust. 2 zdanie pierwsze, traktuje się jako nadpłatę podatku podlegającą oprocentowaniu w rozumieniu przepisów O.p.
Z akt sprawy wynika, że formalnie i merytorycznie poprawne, postanowienia o przedłużeniu terminu zwrotu podatku były Spółce doręczane we właściwych terminach. Wobec tego odsetki za zwłokę należne od dokonanego zwrotu za okres prowadzenia dopuszczalnej prawem weryfikacji powinny być obliczone według stawki właściwej dla opłaty prolongacyjnej (art. 87 ust. 2 in fine), a nie oprocentowania nadpłaty (art. 87 ust. 7 u.p.t.u). W obecnym stanie sprawy nie można podzielić zarzutu naruszenia art. 87 ust. 7 u.p.t.u
Mając na uwadze powyższe trzeba wskazać, że postępowanie podatkowe mające na celu weryfikację spornego rozliczenia zakończyło się w istocie dopiero decyzjami Dyrektora Izby Administracji z 17 marca 2020 r. Sąd wskazuje tu również na pogląd wyrażany przez NSA w wyroku z 12.09.2019 r., sygn. akt I FSK 1188/19, który w okolicznościach analogicznych jak w badanej sprawie uznał, że wskutek kontroli legalności pierwotnej decyzji w zakresie podatku od towarów i usług i uchylenia jej przez NSA oraz przekazania sprawy do ponownego rozpoznania, następuje unicestwienie materialnoprawnego skutku tego rozstrzygnięcia w postaci zakończenia postępowania podatkowego. W takiej sytuacji zakończenie tego postępowania następuje dopiero decyzją ostateczną wydaną po wyroku uchylającym pierwotną decyzję.
Zatem w badanej sprawie zasadność zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, wykazana przez spółkę, została ostatecznie potwierdzona decyzjami Dyrektora Izby Administracji Skarbowej z 27.03.2020 r, którymi uchylił on decyzje organu I instancji i umorzył postępowanie w sprawie. Decyzja ta zakończyła prowadzone postępowanie podatkowe. Dopiero w ten sposób (również w myśl poglądu NSA z wyroku I FSK 1188/19) nastąpiło zakończenie weryfikacji rozliczenia.
Nietrafny jest więc też zarzut strony, iż w sprawie nie zaszły w ogóle przesłanki z art. 87 ust. 2 zdanie trzecie u.p.t.u. albowiem wbrew stanowisku strony, końcowo to czynności przeprowadzone przez organ wykazały zasadność zwrotu. Czynności te co prawda były następstwem wyroku Sądu, ale zostały wykonane przez organ odwoławczy, który uchylił decyzję organu I instancji i umorzył postępowanie w sprawie decyzjami z 27.03.2020 r. W efekcie to właśnie czynności organu dokonane w ramach postępowania podatkowego wykazały zasadność zwrotu. Identyczny pogląd wyrażono w prawomocnym wyroku z dnia 28 marca 2019 r. I SA/Sz 821/18. Pogląd ten zyskał akceptację Naczelnego Sądu Administracyjnego, który oddalił skargę kasacyjną na ten wyrok. Wskazano w nim, że zasadność zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym wykazana przez spółkę w (korekcie) deklaracji jest stwierdzona nie jak chciałaby spółka wyrokiem Sądu uchylającym decyzję organu, ale dopiero wydaną w jego następstwie decyzją organu. W okolicznościach badanej sprawy są to decyzje z dnia 27 marca 2020 r. nr 0201-IOD3.4103.3.2020 i 0201-IOD3.4103.2.2020 które zakończyły prowadzone postępowanie podatkowe.
Zatem organ I instancji prawidłowo wypłacił odsetki w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia płatności podatku lub jego rozłożenia na raty, zgodnie z dyspozycją art. 87 ust. 2 zdanie trzecie u.p.t.u.
Wskutek prawidłowego zastosowania art. 87 ust. 2 u.p.t.u. w spornym zakresie nie było podstaw do zastosowania art. 87 ust. 7 u.p.t.u. wobec czego bezzasadne są argumenty strony dotyczące przyczynienia się organu do powstania nadpłaty. Art. 87 ust. 7 dotyczy bowiem różnicy podatku niezwróconej przez urząd skarbowy w terminach, o których mowa w ust. 2 zdanie pierwsze. Nie budzi wątpliwości, że art. 87 ust. 7 odnosi się do zdania pierwszego art. 87 ust 2 u.p.t.u. Pojęcie "różnica podatku, niezwrócona przez naczelnika urzędu skarbowego w terminie, o którym mowa w ust. 2 w zdaniu pierwszym" odnosiło się wyłącznie do różnicy, co do której nie prowadzono postępowania wyjaśniającego. Z literalnego brzmienia art. 87 ust. 2 zdanie trzecie u.p.t.u. wynika odpowiednio, że oprocentowanie zwrotu różnicy podatku następuje jeżeli przeprowadzone przez organ czynności wykażą zasadność zwrotu z art. 87 ust. 7 u.p.t.u. kiedy organ pozostawał w zwłoce (przekroczył ustawowy termin zwrotu i skutecznie go nie przedłużył). Słuszne jest zatem stanowisko, że skoro organ skutecznie przedłużył termin zwrotu podatku, to art. 87 ust. 7 u.p.t.u nie ma zastosowania w sprawie (pogląd taki wyraził również NSA w powoływanym wyżej wyroku I FSK 1188/19). Konsekwentnie zatem nie ma zatem podstaw do rozważania naruszeń przepisów art. 77 § 1 i 3 czy art. 78 O.p.
Mając na uwadze powyższe rozważania, Sąd na podstawie art. 151 p.p.s.a. orzekł o oddaleniu skargi.