I SA/Wr 662/25

I SA/Wr 662/25 - Wyrok WSA we Wrocławiu
Data orzeczenia
2026-02-12
orzeczenie nieprawomocne
Data wpływu
2025-10-02
Sąd
Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu
Sędziowie
Dagmara Dominik-Ogińska
Łukasz Cieślak
Tadeusz Haberka /przewodniczący sprawozdawca/
Symbol z opisem
6110 Podatek od towarów i usług
Hasła tematyczne
Podatek dochodowy od osób fizycznych
Skarżony organ
Dyrektor Izby Skarbowej
Treść wyniku
*Uchylono decyzję I i II instancji w części
Powołane przepisy
Dz.U. 2024 poz 361
art. 86 ust. 1 i 2
Ustawa z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług
Dz.U. 2025 poz 111
art. 75 par. 4a
Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (t. j.)
Sentencja
Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Tadeusz Haberka (sprawozdawca), Sędziowie Sędzia WSA Dagmara Dominik-Ogińska, Asesor WSA Łukasz Cieślak, , po rozpoznaniu w Wydziale I na posiedzeniu niejawnym w trybie uproszczonym 12 lutego 2026 r. sprawy ze skargi A.P.P. sp. z o.o. s.k. zs. w S. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej we Wrocławiu z 12 sierpnia 2025 r. znak 0201-IOV.4103.38.2025 w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług za miesiące czerwiec, wrzesień i grudzień 2024 r. i określenia zobowiązania za miesiące wrzesień i grudzień 2024 r.: I. uchyla decyzję w części dotyczącej określenia zobowiązania za miesiące wrzesień i grudzień 2024 r. oraz uchyla w tej samej części poprzedzającą ją decyzję Naczelnika Urzędu Skarbowego w Strzelinie z 26 czerwca 2025 r. znak 0218-SPV-4033.38.2025; II. dalej idącą skargę oddala; III. zasądza od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej we Wrocławiu na rzecz strony skarżącej kwotę 387 (trzysta osiemdziesiąt siedem) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
Uzasadnienie
Przedmiotem skargi A. sp. z o.o. sp. k. z siedzibą w S. (dalej: skarżąca, strona, spółka) jest decyzja Dyrektora Izby Administracji Skarbowej we Wrocławiu (dalej: organ drugiej instancji, organ odwoławczy, DIAS) z 12 sierpnia 2025 r., znak 0201-IOV-11.4103.38.2025 utrzymująca w mocy decyzję Naczelnika Urzędu Skarbowego w Strzelinie (dalej: organ pierwszej instancji, NUS) z 26 czerwca 2025 r., znak 0218-SPV.4033.38.2025 odmawiającą stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług za czerwiec, wrzesień, grudzień 2024 r. i określającą rozliczenie w podatku od towarów i usług za wrzesień i grudzień 2024 r.
Postępowanie przed organami.
W ww. decyzji organ pierwszej instancji wyjaśnił, że skarżąca skorygowała deklaracje VAT-7 za czerwiec, wrzesień i grudzień 2024 r. zwiększając deklarowane zakupy związane ze sprzedażą opodatkowaną VAT i tym samym zwiększając podatek naliczony do odliczenia. W korekcie zadeklarowała także zwiększoną sprzedaż we wrześniu i grudniu 2024 r. i tym samym większy zwiększony podatek należny związany z tymi transakcjami. Rozliczając skorygowany podatek naliczony i należny zawnioskowała o stwierdzenie nadpłaty.
Organ pierwszej instancji nie uznał wniosku skarżącej stwierdzając, że pomimo wezwania skarżąca nie przedłożyła faktur VAT dokumentujących nabycia generujące zwiększony podatek naliczony. Z tego powodu odmówił stwierdzenia wnioskowanej nadpłaty. Jednocześnie określił stronie zobowiązanie w VAT wskazując na ujawnioną zwiększoną sprzedaż opodatkowaną.
Organ pierwszej instancji w sentencji decyzji:
1. odmówił stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług:
– za czerwiec 2024 r. w kwocie 111,00zł;
– za wrzesień 2024 r. w kwocie 189,00 zł;
– za grudzień 2024 r. w kwocie 571,00 zł;
2. określił wysokość zobowiązania podatkowego:
– za wrzesień 2024 r. w kwocie 211,00 zł;
– za grudzień 2024 r. w kwocie 133,00 zł.
w zakresie transakcji sprzedaży dla kontrahenta L. S.A. NIP [...] (objętych wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty) z dowodów sprzedaży:
– [...] z 26 września 2024 r.;
– [...] z 26 września 2024 r. ;
– [...] z 16 grudnia 2024 r.
Organ drugiej instancji, powołując art. 233 § 1 pkt 1, art. 72 § 1 pkt 1, art. 75 § 1 i § 2 oraz art. 75 § 4a ustawy z 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz.U. z 2025 r., poz. 111, ze zm.; dalej o.p.) w związku z art. 5 ust. 1 pkt 1, art. 7 ust. 1, art. 8 ust. 1, art. 29a ust. 1 oraz art. 86 ust 1 i 2 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. z 2024 r., poz. 361, ze zm.; dalej uVAT), decyzję organu pierwszej instancji utrzymał w mocy.
Wskazał, że 10 kwietnia 2025 r. do organu pierwszej instancji wpłynęło pismo skarżącej, w którym poinformowano, że skarżąca złożyła korekty plików JPK VAT, w związku z którymi powstała nadpłata w VAT i zawnioskowała o pokrycie z nadpłaty zaległości podatkowych za luty 2024 r. oraz zwrot pozostałej kwoty nadpłaty na rachunek bankowy. Na wezwanie NUS, 30 kwietnia 2024 r. skarżąca przesłała korekty deklaracji VAT -7 za czerwiec, wrzesień i grudzień 2024 r.
Pismem z 6 maja 2024 r. NUS wezwał skarżącą do przedłożenia faktur VAT, raportów z kasy fiskalnej lub innych dowodów oraz pisemnego wskazania przyczyn złożenia korekt deklaracji. W odpowiedzi, w piśmie z 19 maja 2025 r., skarżąca stwierdziła, że organ podatkowy jest w posiadaniu wszelkich informacji. Nie przedłożyła także żadnych dokumentów.
Organ odwoławczy podobnie jak organ pierwszej instancji uznał, że skarżąca nie wykazała, że poniosła wydatki generujące zwiększony podatek naliczony, uzasadniające wnioskowane stwierdzenie nadpłaty. Wyjaśnił, że na podatniku ciąży obowiązek wykazania za pomocą faktur lub ich duplikatów prawa do odliczenia podatku naliczonego. Jakkolwiek w postępowaniu podatkowym ciężar dowodu spoczywa na organie podatkowym, to od reguły tej przewidziano szereg istotnych wyjątków. Istnieją bowiem sytuacje, gdy we własnym interesie inicjatywę dowodową powinna przejąć sam podatnik. Dotyczy to w szczególności okoliczności, kiedy podatnik korzysta z uprawnień, ulg czy zwolnień. Dla prawa do odliczenia podatku naliczonego istotnym jest, czy w momencie korzystania z tego prawa, w ramach składanej deklaracji podatkowej, podatnik dysponował stosownymi oryginałami faktur dokumentujących podatek naliczony, co powinno wynikać z dokumentacji źródłowej podatnika. Skutki nieprowadzenia lub utraty przez podatnika jego dokumentacji księgowej w sytuacji braku niezwłocznych działań podatnika zmierzających do jej odtworzenia, nie mogą obciążać organów podatkowych, poprzez obligowanie ich do działań zmierzających do odtworzenia tej dokumentacji, której posiadanie przez podatnika jest niezbędne dla udokumentowania jego uprawnienia podatkowego. Obowiązek przechowywania dokumentacji księgowej oraz jej odtwarzania w celach dowodowych w przypadku jej utraty ciąży na podatniku, a w przypadku stwierdzenia przez organ podatkowy, w ramach toczącego się postępowania, zwłoki w tym zakresie, skutkującej trudnościami w pozyskaniu stosownych duplikatów utraconych dokumentów, nie przeradza się w obowiązek ciążący na tym organie. Podatnik ma obowiązek wykazania za pomocą odpowiednich dowodów, że służy mu prawo od odliczenia podatku naliczonego wykazanego w deklaracjach VAT-7 złożonych za okresy objęty postępowaniem podatkowym. W sprawie, organ pierwszej instancji dążąc do ustalenia prawdy obiektywnej, skierował do strony wezwanie celem przedłożenia stosownych dokumentów potwierdzających jego prawo do stwierdzenia nadpłaty w podatku VAT za czerwiec, wrzesień i grudzień 2024 r. Strona takich dokumentów nie przedstawiła.
Organ odwoławczy zauważył, że skarżąca w odpowiedzi na wezwanie organu pierwszej instancji nie wskazała, z jakiego powodu nie zostały przez nią złożone dokumenty, które potwierdzałyby powstanie nadpłaty.
W zakresie określenia zobowiązania DIAS wyjaśnił, że kwestia określenia stronie zobowiązania w VAT za wrzesień i grudzień 2024 r. nie jest przedmiotem odwołania od decyzji NUS. Organ ten korzystając z dyspozycji zawartej w art. 75 § 4a o.p. określił skarżącej zobowiązanie w VAT za wskazane powyżej miesiące. W postępowaniu nadpłatowym, w którym organ stwierdza nadpłatę oraz odmawia jej stwierdzenia w pozostałym zakresie, obligatoryjnym elementem rozstrzygnięcia jest określenie wysokości zobowiązania podatkowego w prawidłowej wysokości w takim zakresie, w jakim powstanie nadpłaty jest związane ze zmianą wysokości zobowiązania podatkowego (art. 75 § 4a o.p). Za wrzesień i grudzień 2024 r. skarżąca zwiększyła kwoty podatku należnego. Rozstrzygnięcie to oparcie ma w przywołanych wcześniej przepisach art. 5 ust. 1 i 2, art. 7 ust. 1 oraz art. 29a ust. 1 uVAT.
W zakresie korekty za luty 2024 r. DIAS zauważył, iż zgodnie z art. 72 § 1 pkt 1 o.p. za nadpłatę uważa się kwotę nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego podatku. Za luty 2024 r. nie wystąpiła nadpłata, w związku z powyższym kwota deklaracji za ten miesiąc nie była przedmiotem prowadzonego postępowania. Rozstrzygnięcie w zakresie VAT ma charakter miesięczny (lub kwartalny) i jego poprawność należy rozpatrywać w kontekście poszczególnych okresów rozliczeniowych.
Postępowanie przed Sądem administracyjnym.
W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu skarżąca wnosząc o uchylenie decyzji DIAS i zasądzenie od organu na jej rzecz zwrotu kosztów postępowania sądowego, zarzuciła naruszenie:
1. art 75 § 4a, art. 121 § 1, art. 122, art. 126 § 1, art. 187 § 1 i § 3, art. 191 oraz art. 210 § 4 o.p. poprzez:
– określenie wysokości zobowiązania podatkowego w decyzji dotyczącej postępowania o stwierdzenie nadpłaty w VAT;
– nieustalenie w sposób wystarczający stanu faktycznego, tym samym rozstrzygnięcie niejasności czy też wątpliwości na niekorzyść podatnika;
– przyjęcie wadliwych ocen i wyciągnięcie błędnych wniosków z zebranego materiału dowodowego w zakresie stwierdzenia, że podatnik nie dysponuje fakturami uprawniającymi go do odliczenia podatku naliczonego;
– dokonanie dowolnej oceny zebranego materiału dowodowego poprzez uwzględnienie wykazanych faktur sprzedaży przy jednoczesnym nieuwzględnieniu faktur zakupowych dodanych do raportów JPK_VAT-7M;
– stwierdzenie, że podatnik nie przesłał do NUS dowodów w sprawie oraz przyczyn złożenia korekty mimo wielokrotnych wezwań ignorując fakt, iż podatnik otrzymał tylko jedno wezwanie, na które odpowiedział; podatnik przesłał do NUS raport JPK_VAT-7M, który to zawierał wszystkie faktury z których wynikała korekta oraz przyczynę złożenia korekt;
– niepoinformowanie podatnika, że udzielona przez niego odpowiedź na otrzymane wezwanie była dla organu podatkowego niewystarczająca oraz wymagała doprecyzowania, czy też uzupełnienia co oznacza brak chęci oraz dążenia do dokładnego ustalenia stanu faktycznego;
– wzywanie podatnika do przedłożenia dokumentów podczas rozmowy telefonicznej bez podania podstawy prawnej, mimo iż podatnik bazując na dotychczasowych negatywnych doświadczeniach z Urzędem Skarbowym wielokrotnie informował Urząd Skarbowy aby wszelki kontakt odbywał się za pośrednictwem pism;
– wzywanie podatnika do okazywania skanów faktur które zostały dodane, zmienione lub usunięte w przesłanych korektach raportów JPK_VAT-7M, tym samym przerzucając na podatnika całości ciężaru dowodowego wymaganego do rozstrzygnięcia sprawy;
– przyjęcie założenia, że tylko podatnik dysponuje dowodami w sprawie (fakturami) ignorując fakt, że są to dokumenty otrzymane od kontrahentów podatnika, tym samym faktury te uwzględnione są również w ewidencjach przesyłanych do organów podatkowych, którym podlegają kontrahenci podatnika (wystawcy faktur);
2. art. 86 ust. 1 uVAT w zw. z art. 168 Dyrektywy Rady 2006/112/WE z 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (Dz.U.UE.L. z 2006 r., nr 347, str. 1, ze zm.), poprzez zakwestionowanie prawa do odliczenia podatku naliczonego względem faktur dodanych do raportu JPK_VAT-7M.
W odpowiedzi organ podtrzymał stanowisko przedstawione w zaskarżonej decyzji i wniósł o oddalenie skargi.
Wojewódzki Sąd Administracyjny zważył, co następuje.
Skarga jest w części zasadna.
Na wstępie należy wskazać, że – zgodnie z art. 1 § 1 i § 2 ustawy z 25 lipca 2002 r. - Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz.U. z 2024 r., poz. 1267, ze zm.) – sąd administracyjny sprawuje wymiar sprawiedliwości przez kontrolę działalności administracji publicznej. Kontrola ta sprawowana jest pod względem zgodności z prawem, jeżeli ustawy nie stanowią inaczej. Na mocy art. 3 § 1 ustawy z 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2026 r., poz. 143; dalej: p.p.s.a.), sądy administracyjne sprawują kontrolę działalności administracji publicznej i stosują środki określone w ustawie. Kontrola działalności administracji publicznej przez sądy administracyjne obejmuje orzekanie w sprawach skarg na decyzje administracyjne (art. 3 § 2 pkt 1 p.p.s.a.). Wskutek takiej kontroli decyzja może zostać uchylona, w całości albo w części, w razie stwierdzenia, że naruszono przepisy prawa materialnego, w sposób który miał wpływ na wynik sprawy lub doszło do takiego naruszenia przepisów prawa procesowego, które mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy, ewentualnie w razie naruszenia prawa w sposób dający podstawę do wznowienia postępowania (art. 145 § 1 pkt 1 lit. a-c p.p.s.a.). W przypadku kwalifikowanego naruszenia prawa sąd stwierdza nieważność decyzji (art. 145 § 1 pkt 2 p.p.s.a.). Zgodnie z art. 134 § 1 p.p.s.a., sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną, z zastrzeżeniem art. 57a, które to ograniczenie nie ma zastosowania w rozpatrywanej sprawie. W razie nieuwzględnienia skargi w całości albo w części, sąd oddala skargę odpowiednio w całości albo w części, na podstawie art. 151 p.p.s.a.
Stosownie do art. 119 pkt 2 p.p.s.a., sprawa może być rozpoznana w trybie uproszczonym, jeżeli strona zgłosi wniosek o skierowanie sprawy do rozpoznania w trybie uproszczonym, a żadna z pozostałych stron w terminie czternastu dni od zawiadomienia o złożeniu wniosku nie zażąda przeprowadzenia rozprawy. W trybie uproszczonym sąd rozpoznaje sprawy na posiedzeniu niejawnym w składzie trzech sędziów (art. 120 p.p.s.a.). Na tej podstawie Sąd rozpoznał niniejszą sprawę w ww. trybie.
Przedmiotem sporu w sprawie jest odmowa stwierdzenia wnioskowanej przez skarżącą nadpłaty w VAT, na skutek niewykazania przez skarżącą fakturami lub ostatecznie innymi dokumentami deklarowanych organowi nabyć. Zdaniem organu, wystarczającą podstawą wywiedzenia i przyjęcia w drodze decyzji niekorzystnych dla skarżącej skutków prawnych, jest fakt, iż skarżąca pomimo wezwania nie przedłożyła faktur lub innych jednoznacznie poświadczających zakupy dokumentów. Organ zwraca uwagę, że skarżąca w żaden sposób nie wyjaśniła swojej bierności.
Skarżąca nie zaprzecza, że nie przedłożyła organowi faktur. Twierdzi natomiast, że organ w takiej sytuacji z urzędu powinien zwrócić się do wystawców faktur o przedłożenie ich oryginałów. Przy czym wystawców faktur powinien ustalić na podstawie danych wpisanych przez skarżącą do jednolitych plików kontrolnych.
Skarżąca ani w odwołaniu, ani też w skardze do tut. Sądu nie określa rzekomych wystawców faktur i nie tłumaczy, z jakiego powodu nie może faktur oraz ewentualnie innych dokumentów świadczących o zasadności korekt organowi przedłożyć. Wzmiankuje zaś, że pisemnie była o przedłożenie tych materiałów wzywana tylko jeden raz. Próby kontaktu telefonicznego uznaje za bez znaczenia, tłumacząc to brakiem zaufania do organów.
Po zbadaniu akt administracyjnych sprawy Sąd stwierdza, że zaskarżona decyzja odzwierciedla ich treść, a ocena prawna dokumentowanych nimi zdarzeń jest trafna. Z akt wynika, że 10 kwietnia 2025 r. do organu I instancji wpłynęło pismo skarżącej zatytułowane "Pismo przewodnie", w którym poinformowano, że skarżąca złożyła korekty plików JPK VAT, w związku z którymi powstała nadpłata w VAT za czerwiec 2024 r. – 111,00 zł, za wrzesień 2024 r. – 189,00 zł i grudzień 2024 r. – 571,00 zł. Do zapłaty za luty 2024 r. miało pozostać 90 zł oraz 14 zł tytułem odsetek. W piśmie skarżąca zawnioskowała o pokrycie zaległości podatkowych za luty 2024 r. w kwocie 104,00 zł (należność główna 90,00 odsetki 14,00) oraz zwrot podatku VAT w łącznej kwocie 767,00 zł na rachunek bankowy w terminie 60 dni.
Po kontakcie telefonicznym ze strony organu zainicjowanym 29 kwietnia 2024 r. – 30 kwietnia 2024 r. skarżąca przesłała korekty deklaracji VAT-7 za czerwiec, wrzesień i grudzień 2024 r.
Do korekt nie załączono jednak faktur ani innych dokumentów.
W tym stanie rzeczy, pismem z 6 maja 2024 r. NUS wezwał skarżącą do przedłożenia: dokumentów dodawanych, usuwanych i zmienianych w plikach JPK i deklaracjach VAT-7 dotyczących wszystkich złożonych wersji deklaracji VAT-7 i plików JPK w ww. okresach: dowodów potwierdzających dostawę towarów i usług (np. faktur VAT, raportów z kasy fiskalnej lub innych dowodów); dowodów potwierdzających nabycie towarów i usług (np. faktur VAT lub innych dowodów), wszystkich innych dokumentów związanych z powstaniem deklarowanej nadpłaty w VAT za okres czerwiec, wrzesień, grudzień 2024 r. oraz pisemnego wskazania przyczyn złożenia korekt deklaracji.
W wezwaniu organ I instancji wyjaśnił skarżącej, iż w przypadku wniosku o stwierdzenie nadpłaty w celu rozstrzygnięcia sprawy niezbędne jest przedłożenie dokumentów - dowodów uzasadniających złożenie korekt deklaracji na podstawie których organ podatkowy będzie mógł stwierdzić nadpłatę podatku oraz podanie przyczyn złożenia korekty (wezwanie k. 33 akt administracyjnych organu I instancji).
Skarżąca nie przedłożyła faktur ani też innych dokumentów. Zamiast tego, jak się wydaje, polemizowała z celowością wezwania, wyrażała dezaprobatę z powodu nieuznania jej korekt natychmiast i domagała się wyjaśnień dotyczących niezadowalającej ją reakcji organu.
Mianowicie w piśmie z 19 maja 2025 r. skarżąca wskazała, że: "W odpowiedzi na wezwanie z 6 maja 2025 r. (otrzymane 8 maja 2025 r.) Podatnik wyjaśnia, że na podstawie złożonych korekt plików JPK-VAT za okresy luty, czerwiec, wrzesień, grudzień 2024 oraz złożonego pisma przewodniego z 10 kwietnia 2025 r., organ podatkowy jest w posiadaniu wszelkich informacji z których wynika wskazana kwota nadpłaty w podatku VAT oraz przyczyny złożenia korekt za ww. okresy.
Dodatkowo podatnik nie rozumie dlaczego pomimo złożonych wyżej wskazanych korekt oraz pisma przewodniego, organ podatkowy upomnieniem z 6 maja 2025 r. (otrzymanym 9 maja 2025 r.) wezwał podatnika do zapłaty zaległości w podatku VAT za luty 2024 r., w kwocie innej niż wynika ze złożonej korekty, w tym do zapłaty kosztów upomnienia. Kwota podatku wskazana w upomnieniu wynosi 52,97 zł, natomiast kwota wynikająca z korekty wynosi 90 zł. Proszę o przesłanie wyjaśnień w powyższym zakresie".
Z powyższego wynika, że skarżąca faktycznie odmówiła złożenia żądanych przez organ dokumentów, uznając je za zbędne dla pozytywnego rozpoznania jej wniosku. Domagała się zamiast tego wyjaśnień, z jakiego powodu organ pierwszej instancji nie uznał jej korekty natychmiast i wyrażała z tego powodu niezadowolenie.
W tym stanie rzeczy Sąd stwierdza, że niekontynuowanie przez organ pierwszej instancji postępowania dowodowego i nieposzukiwanie u kontrahentów skarżącej dowodów na poparcie zasadności jej wniosku, było uzasadnione.
Zasada prawdy obiektywnej z art. 122 o.p., na którą powołuje się skarżąca, zgodnie z którą: "W toku postępowania organy podatkowe podejmują wszelkie niezbędne działania w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego oraz załatwienia sprawy w postępowaniu podatkowym", jest zasadą ogólną Działu IV Postępowanie podatkowe, umiejscowioną w rozdziale 1 o tym właśnie tytule, "Zasady ogólne". Jest generalną dyrektywą, która w konkretnym stanie faktycznym nie musi lub nawet nie może być, a z pewnością nie w pełni, realizowana.
Stąd m.in. przyjmuje się, że organy podatkowe nie mają obowiązku prowadzenia postępowania dowodowego w zakresie nieograniczonym i w sposób, który podatnik sobie życzy. Brak współpracy podatnika, a taka sytuacja miała oczywiście miejsce w niniejszej sprawie, powoduje, że nie może on twierdzić, iż organ narusza ww. przepis, a także, że narusza zasadę zaufania, o której mowa w art. 121 o.p. W sytuacji, w której podatnik dysponuje dowodami, lecz ich nie przedkłada, względnie nie wyjaśnia braku dokumentów oraz braku swojej winy w zaniedbaniu zachowania dowodów niezbędnych w postępowaniu podatkowym, musi liczyć się z negatywnymi konsekwencjami swojej postawy w postaci niekorzystnych dla niego rozstrzygnięć organów. Poczynione uwagi są w szczególności adekwatne do spraw takich jak niniejsza, w której to podatnik domaga się zapłaty środków ze Skarbu Państwa. Organy nie mają w takiej sytuacji obowiązku udowadniać za podatnika, że takie środki podatnikowi przysługują. To podatnik powinien takie dowody organowi przedłożyć. W sprawie, NUS przedłożenie takich dowodów skarżącej umożliwił. Kontaktował się ze stroną telefonicznie, a następnie pisemnie.
Nie ulega wątpliwości, że kontakt telefoniczny w drobnej w gruncie rzeczy sprawie świadczy o realizacji zasady zaufania i jest wyrazem sprawności i racjonalności działania NUS, który dążył do szybkiego rozpoznania wniosku skarżącej. Należy mieć na uwadze, że taka forma kontaktu została przewidziana w przepisach postępowania (art. 160 o.p.). Strona postępowania swoim brakiem współpracy spowodowała jednak przedłużenie postępowania, a następnie niekorzystne dla siebie rozstrzygnięcie.
Co do ogólnej zasady przyjmuje się, że to na organach podatkowych spoczywa w postępowaniu podatkowym ciężar dowodu. Zasada ta nie została jednak wyartykułowana wprost w żadnym przepisie i nie jest zasadą bezwzględną. Wywodzona jest z ww. art. 121 o.p., art. 122 o.p i faktycznej władczej pozycji organów, wynikającej z przepisów. Doznaje ona wyłomu w sytuacji, w której podatnik nie współpracuje w postępowaniu dowodowym, a tym bardziej w sprawie jak niniejsza, w której skarżąca żądając korzyści, jednocześnie faktycznie odmawia współpracy.
Organy podatkowe nie mają obowiązku polemiki, nakłaniania i przekonywania podatnika do przedłożenia dowodów oraz wyjaśniania motywów wezwania do ich przedłożenia, poza granice wynikające z zasady zaufania i zasady udzielania informacji. W sprawie, NUS w wezwaniu zwięźle wyjaśnił skarżącej, jakie dokumenty oraz z jakiego powodu są mu niezbędne. W razie braku współpracy, w przypadku postępowania wszczętego z urzędu, podatnik musi liczyć się z przymusem. W przypadku postępowania wszczętego na wniosek, podatnik musi się liczyć z niekorzystnym dla siebie wynikiem postępowania. Przy czym takie rozstrzygnięcie nie będzie motywowane samym brakiem współpracy, lecz brakiem istotnych danych i dowodów.
W sprawie, skarżąca składając korektę deklaracji VAT i żądając stwierdzenia nadpłaty, faktycznie domagała się zastosowania przez organy art. 86 ust. 1 i ust. 2 uVAT, zgodnie z którym "W zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi, o którym mowa w art. 15, przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, z zastrzeżeniem art. 114, art. 119 ust. 4, art. 120 ust. 17 i 19 oraz art. 124.
Kwotę podatku naliczonego stanowi: 1) suma kwot podatku wynikających z faktur otrzymanych przez podatnika z tytułu: a) nabycia towarów i usług, b) dokonania całości lub części zapłaty przed nabyciem towaru lub wykonaniem usługi".
Powszechnie przyjmuje się, że faktura zakupowa, o której mowa w ww. przepisie, w typowej sytuacji jest niezbędna dla uwzględnienia wynikającego z niej podatku naliczonego, dlatego podatnik ma obowiązek ją posiadać. Organy nadto mają możliwość weryfikacji, czy faktura odzwierciedla rzeczywistość. Przyjmuje się też, że odliczanie VAT naliczonego z faktury zakupowej jest naczelną zasadą w VAT. Dopiero otrzymanie stosownego dokumentu uprawnia podatnika do odliczenia VAT naliczonego. Stosownie do ww. art. 86 ust. 2 pkt 1 uVAT kwotę podatku naliczonego stanowi suma kwot podatku wynikających z faktur otrzymanych przez podatnika z tytułu nabycia i dokonania zapłaty. Faktura jest więc najważniejszym dokumentem, bez posiadania którego podatnik nie może obniżyć swojego zobowiązania podatkowego w VAT. Fakturę zakupową podatnik powinien zarchiwizować i dysponować nią na wypadek konieczności udowodnienia zasadności odliczenia, np. w przypadku kontroli podatkowej. Nie wystarczy więc sama "obecność" faktury w księdze korespondencji przychodzącej prowadzonej przez podatnika, lecz powinna ona być również fizycznie obecna w jego dokumentacji. W wyroku z 6 lipca 2012 r., I FSK 1042/11, Naczelny Sąd Administracyjny stwierdził, że "nie sposób twierdzić, że to organy powinny «zobligować» kontrahentów do wystawienia duplikatów faktur, bądź że powinny wykazywać, że nabywca towarów i usług nie miał prawa do odliczenia podatku naliczonego z faktur, którymi nie dysponuje. Nie można też domniemywać z faktu dokonania odliczenia, że podatnik miał do tego (w dacie odliczenia) podstawę, nawet jeśli nie ma na to potwierdzenia w postaci oryginału lub duplikatu (ponownie wystawionej) faktury. Skoro to podatnik powinien – w okresie przewidzianym w przepisach – przechowywać faktury stanowiące podstawę dokonanych przez siebie odliczeń, ryzyko ich utraty obciąża jego, a nie organy". Dopiero faktyczne otrzymanie faktury determinuje prawo podatnika do odliczenia VAT naliczonego, co dotyczy również zarówno faktur korygujących zwiększających (in plus), jak i zmniejszających (in minus) cenę. Jeżeli podatnik wskutek różnych okoliczności utracił fakturę zakupową, może żądać wydania mu duplikatu faktury przez sprzedawcę. Podmiot, który nie jest w stanie przedstawić dowodu na kwotę zapłaconego przez niego VAT poprzez przedstawienie faktur lub jakiegokolwiek innego dokumentu, nie może skorzystać z prawa do odliczenia VAT jedynie na podstawie oszacowania wynikającego z opinii biegłego zarządzonej przez sąd krajowy (por. wyrok TSUE z 21 listopada 2018 r., C-664/16, Lucreţiu Hadrian Vădan przeciwko Agenția Națională de Administrare Fiscală – Direcţia Generală de Soluţionare a Contestatiilor, Direcția Generală Regională a Finanțelor Publice Brașov – Administraţia Judeteană a Finantelor Publice Alba, EU:C:2018:933) [wykład przytoczony za J. Matarewicz, Ustawa o podatku od towarów i usług. Komentarz aktualizowany; Opublikowano: LEX/el. 2025].
Sąd ww. pogląd podziela. W niniejszej sprawie skarżąca praktycznie odmówiła organowi podatkowemu przedłożenia podstawowego dokumentu, jakim jest faktura i usiłowała przerzucić na organ ryzyko tej sytuacji, względnie próbowała organ zobowiązać do dokonywania dalszych wyjaśnień. W świetle tego, co wcześniej powiedziano, jest to jednak niedopuszczalne.
Zatem, rozstrzygnięcie organów w zakresie odmowy stwierdzenia nadpłaty, która miała wynikać z nabyć opodatkowanych wyższych niż skarżąca pierwotnie zadeklarowała, Sąd uznaje za prawidłowe.
Zastrzeżenia Sądu budzi natomiast rozstrzygnięcie w punkcie 2 decyzji organu pierwszej instancji i tym samym rozstrzygnięcie organu drugiej instancji utrzymujące je w tej części w mocy.
Z akt sprawy wynika, że organy nie uznały okoliczności powołanych przez stronę, z których wynikałaby nadpłata. Zatem nieuznane okoliczności nie miały wpływu na ocenę wysokości zobowiązania.
Organy przyjęły natomiast okoliczności świadczące o tym, że skarżąca uiściła podatek w zbyt małym rozmiarze, modyfikując w swoich obliczeniach dane z pierwotnej deklaracji w zakresie sprzedaży i podatku należnego, przyjmując ich większy rozmiar, z uwzględnieniem wartości wynikających ze złożonych korekt deklaracji, których prawidłowość - wobec nieprzedłożenia stosownych faktur - organ zakwestionował. Z akt sprawy wynika, że organ pierwszej instancji nie wszczął jednak w tym zakresie postępowania podatkowego, o którym mowa w art. 21 § 3 o.p., uznając, że kwestie te może załatwić w postępowaniu nadpłatowym.
Sąd wskazuje, że zgodnie z art. 75 § 4a o.p.: "w decyzji stwierdzającej nadpłatę organ podatkowy określa wysokość zobowiązania podatkowego w prawidłowej wysokości w takim zakresie, w jakim powstanie nadpłaty jest związane ze zmianą wysokości zobowiązania podatkowego. W zakresie, w jakim wniosek jest niezasadny, organ odmawia stwierdzenia nadpłaty" (podkreślenie Sądu). Tymczasem w niniejszej sprawie organy oceniły, że nadpłata w ogóle nie występuje. Na podstawie ww. przepisu, nie można określić wysokości zobowiązania w oparciu o element, który nie występuje. Organ na podstawie tego przepisu nie mógł więc określić zobowiązania podatkowego. Decyzja wydana na podstawie art. 75 § 4a o.p. określająca zobowiązanie podatkowe, musi być spowodowana wystąpieniem nadpłaty i wydana w oparciu o nią właśnie. Organ określić zobowiązanie stronie mógł tylko w przypadku wszczęcia odrębnego postępowania podatkowego.
Zgodnie z art 75 § 4b o.p. "§ 4a nie ogranicza możliwości wydania decyzji w trybie art. 21 § 3, o czym informuje się adresata w decyzji stwierdzającej nadpłatę".
Zgodnie z art. 79 § 1 o.p. "postępowanie w sprawie stwierdzenia nadpłaty nie może zostać wszczęte w czasie trwania postępowania podatkowego, kontroli podatkowej lub kontroli celno-skarbowej w zakresie zobowiązań podatkowych, których dotyczy postępowanie lub kontrola. W razie wszczęcia z urzędu postępowania podatkowego w sprawie, w której został złożony wniosek o stwierdzenie nadpłaty żądanie zawarte we wniosku o stwierdzenie nadpłaty podlega rozpatrzeniu w tym postępowaniu".
Zgodnie z art 165 § 4 o.p. "datą wszczęcia postępowania z urzędu jest dzień doręczenia stronie postanowienia o wszczęciu postępowania".
W świetle art 75 § 4a o.p. uprawnione jest stwierdzenie, że zakres przedmiotowy postępowania nadpłatowego oraz zakres rozstrzygnięcia wyznacza w istocie treść wniosku podatnika i dokonana korekta deklaracji. W postępowaniu tym organ bada jedynie, czy podatnik faktycznie zapłacił podatek nienależnie (względnie w zawyżonej wysokości) z uwzględnieniem przyczyn podanych we wniosku o stwierdzenie nadpłaty, natomiast nie zajmuje się określeniem zobowiązania podatkowego jako takiego (por. wyrok NSA z 16 listopada 2022 r., I FSK 1686/19; orzeczenia sądów administracyjnych są publikowane w Centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych (CBOSA): orzeczenia.nsa.gov.pl).
Wprowadzenie uregulowania art 75 § 4a o.p. spowodowało rozdzielenie "pełnego" postępowania wymiarowego i "cząstkowego" postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty. Przyjęte rozwiązanie oznacza, że złożenie wniosku o stwierdzenie nadpłaty nie powinno rodzić po stronie organu podatkowego automatycznego obowiązku wszczynania postępowania mającego na celu zbadanie wszystkich elementów konstrukcyjnych zobowiązania podatkowego. W ten sposób celem postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty będzie wyjaśnienie wyłącznie kwestii nadpłaty żądanej przez podatnika. Określenie wysokości zobowiązania podatkowego na podstawie art. 75 § 4a o.p. usuwa bowiem możliwość prowadzenia zarówno postępowania w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty, jak i postępowania w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego. Samo jednak złożenie wniosku o stwierdzenie nadpłaty, nie uniemożliwia organowi podatkowemu wszczęcie w jego trakcie postępowania w przedmiocie "pełnego" określenia wysokości zobowiązania podatkowego na podstawie art. 21 § 3 o.p. Jak wynika bowiem z art. 79 § 1 zd. 2 o.p., w razie wszczęcie z urzędu postępowania podatkowego w sprawie, w której został złożony wniosek o stwierdzenie nadpłaty, żądanie zawarte we wniosku o stwierdzenie nadpłaty podlega rozpatrzeniu w tym postępowaniu. Zatem i w takim przypadku nie będą toczyły się równolegle dwa odrębne postępowania o stwierdzenie nadpłaty i określenie wysokości zobowiązania podatkowego (zob. podobnie L. Etel, Stwierdzenie nadpłaty po nowemu - Repozytorium Uniwersytetu w Białymstoku oraz wyrok WSA w Gdańsku z 12 czerwca 2024 r., I SA/Gd 271/24).
Reasumując, mając na uwadze brzmienie art. 75 § 4a o.p., w postępowaniu wszczętym wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty, do którego załączono skorygowane zeznanie (deklarację) – jeżeli organ wskutek oceny sprawy nie dojdzie do przekonania, że konieczne jest przeprowadzenie postępowania podatkowego w zakresie pełnej weryfikacji rozliczenia i określenia wysokości zobowiązania podatkowego i nie wszcznie w tej sprawie postępowania – zakres prowadzonego procesu jest zakreślony treścią wniosku o stwierdzenie nadpłaty. Tak przeprowadzone postępowanie organ może zakończyć na trzy sposoby:
1. zaakceptować nadpłatę w wysokości wykazanej przez wnioskodawcę, a wynikającą ze skorygowanej deklaracji, bez potrzeby wydawania decyzji albo
2. odmówić decyzją stwierdzenia nadpłaty, albo
3. stwierdzić decyzją nadpłatę w wysokości innej, niż wnioskuje o to podatnik, odmówić stwierdzenia nadpłaty w pozostałym zakresie i określić wysokość zobowiązania.
W przypadku 1. korekta deklaracji wywołuje skutki prawne, a w przypadkach 2. i 3. korekta deklaracji takich skutków nie wywołuje. Przy czym w przypadku 2. rozliczenie podatnika wynika z deklaracji, którą miała zastąpić złożona – ale nieskuteczna – korekta. Natomiast w przypadku 3. rozliczenie podatnika wynika z decyzji organu podatkowego.
Podsumowując tę część wywodu, w postępowaniu nadpłatowym określenie wysokości zobowiązania mogłoby nastąpić w decyzji stwierdzającej nadpłatę w innej wysokości niż wskazana we wniosku. Organ stwierdzając nadpłatę określiłby wtedy wysokość zobowiązania podatkowego w prawidłowej wysokości w takim zakresie, w jakim powstanie nadpłaty jest związane ze zmianą wysokości zobowiązania podatkowego (art. 75 § 4a o.p.).
Mając na uwadze powyższe, jeżeli organ odmawia stwierdzenia nadpłaty (wyżej wskazany przypadek 2.), to nie ma podstaw do jednoczesnego określania wysokości zobowiązania.
W wyrokowanej sprawie, organ pierwszej instancji nie określił zobowiązania podatkowego w prawidłowej wysokości w takim zakresie, w jakim powstanie nadpłaty było związane ze zmianą wysokości zobowiązania podatkowego, bowiem stwierdzenia nadpłaty odmówił. Organ wypowiedział się co do "pełnej" kwoty zobowiązania podatkowego określając je w wysokości wynikającej ze złożonej korekty.
Wyjaśnić więc trzeba, że art. 75 § 4a o.p. nie mógł stanowić podstawy prawnej dla wydania decyzji określającej wysokość zobowiązania, w sposób w jaki uczynił to organ pierwszej instancji i co zaaprobował organ odwoławczy w skarżonej decyzji. Organ pierwszej instancji nie wszczął odrębnego postępowania w sprawie określenia wysokości zobowiązania, które uprawniałoby organ do wydania decyzji na podstawie art. 21 § 3 o.p. Organ mógłby to uczynić i po wszczęciu takiego postępowania miałby legitymację do zupełnej weryfikacji rozliczenia podatnika w określonym podatku za wskazany okres. Skoro jednak organ rozstrzygał w postępowaniu wywołanym złożonym wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty, to zakres tego wniosku (i będąca tego konsekwencją podstawa prawna rozstrzygania) wyznaczał organowi dopuszczalny obszar jego decydowania.
Podsumowując tę część wywodu, w wyrokowanej sprawie, organ pierwszej instancji, w postępowaniu zainicjowanym wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty, w powołaniu jako podstawy prawnej przepisów dotyczących stwierdzenia nadpłaty, odmówił stwierdzenia nadpłaty i określił wysokość zobowiązania podatkowego, przy czym nie dokonał wszczęcia z urzędu postępowania podatkowego dotyczącego rozliczenia podatku od towarów i usług wrzesień 2024 r. i grudzień 2024 r. co oznacza, że wydana w sprawie decyzja narusza w tym zakresie art. 75 § 4a o.p. przez jego zastosowanie. Natomiast organ odwoławczy nie dostrzegł tego naruszenia przepisów postępowania, których dopuścił się organ I instancji i utrzymał w tej części jego rozstrzygnięcie w mocy, czym naruszył przepis art. 233 § 1 pkt 1 o.p. przez jego zastosowanie.
Z tych też względów, na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) p.p.s.a. w zw. z art. 135 p.p.s.a., Sąd uchylił decyzje organów obu instancji w części, tj. w części dotyczącej określenia zobowiązania za miesiące wrzesień 2024 r. i grudzień 2024 r. W pozostałym zakresie, na podstawie art. 151 p.p.s.a., Sąd skargę oddalił.
O kosztach postępowania sądowego (387 zł) Sąd orzekł na podstawie art. 200 w zw. z art. 205 § 2 i § 4 p.p.s.a., zasądzając na rzecz skarżącej zwrot kosztów postępowania niezbędnych do celowego dochodzenia praw, uwzględniając uiszczony wpis od skargi (100 zł), opłatę skarbową od dokumentu stwierdzającego udzielenie pełnomocnictwa (17 zł) oraz wynagrodzenie profesjonalnego pełnomocnika (270 zł), ustalone według stawki z § 2 ust. 1 pkt 1 lit. b rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z 16 sierpnia 2018 r. w sprawie wynagrodzenia za czynności doradcy podatkowego w postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2018 r., poz. 1687).