I SA/Wr 1156/06

I SA/Wr 1156/06 - Wyrok WSA we Wrocławiu
Data orzeczenia
2006-12-11
orzeczenie prawomocne
Data wpływu
2006-07-26
Sąd
Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu
Sędziowie
Alojzy Wyszkowski
Ludmiła Jajkiewicz
Maria Tkacz-Rutkowska /przewodniczący sprawozdawca/
Symbol z opisem
6112 Podatek dochodowy od osób fizycznych, w tym zryczałtowane formy opodatkowania
Sygn. powiązane
II FSK 573/07 - Postanowienie NSA z 2008-06-27
Skarżony organ
Dyrektor Izby Skarbowej
Treść wyniku
*Oddalono skargę
Sentencja
Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Maria Tkacz-Rutkowska (spr.) Sędziowie Sędzia WSA Ludmiła Jajkiewicz Asesor WSA Alojzy Wyszkowski Protokolant Paulina Wódka po rozpoznaniu w Wydziale I na rozprawie w dniu 27 listopada 2006 r. sprawy ze skargi H. i R. S. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej we W. Ośrodek Zamiejscowy w W. z dnia [...] nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2003 r. oddala skargę.
Uzasadnienie
Przedmiotem skargi R. i H. S. jest decyzja Dyrektora Izby Skarbowej we W. Ośrodek Zamiejscowy w W. z dnia [...] nr [...] utrzymująca w mocy decyzję Naczelnika Urzędu Skarbowego w Ś. z dnia [...] nr [...] odmawiającą stwierdzenia nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2003 r.
Wniosek o stwierdzenie i zwrot nadpłaty w podatku dochodowym za 2003 r. w kwocie [...] R. S. - wspólnik Przedsiębiorstwa A spółka jawna ZPChr w Ś. - złożył w dniu 17 pażdziernika 2005 r. (data wpływu), do Naczelnika Urzędu Skarbowego w Ś. Do organu podatkowego wpłynęła też korekta zeznania o wysokości dochodów osiągniętych w 2003 r. przez małżonków R. i H. S. Jako podstawę prawną żądania stwierdzenia nadpłaty, wnioskodawcy wskazali art.72 §1 pkt 1 w związku z art.73 §2 pkt 2 i art.75 §3 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t.j.: Dz. U. z 2005 r. Nr 8, poz.60 ze zm.) – dalej w skrócie Op. W uzasadnieniu wniosku powołali się na wyrok Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 czerwca 2002 r. (sygn. akt K.45/01) twierdząc, iż pozbawienie wspólników Przedsiębiorstwa A spółka jawna ZPChr w Ś., posiadającego status zakładu pracy chronionej, ulgi w podatku dochodowym od osób fizycznych jest niezgodne z zasadą ochrony praw nabytych i zasadą ochrony interesów w toku. Ustawa z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. Nr 95, poz 1101) zastała spółkę cywilną B ZPChr w trakcie prowadzenia długookresowego przedsięwzięcia na rzecz zatrudnionych osób niepełnosprawnych. W 1996 r. wspólnicy, wówczas spółki cywilnej B ZPChr (obecnie spółki jawnej A), rozpoczęli inwestycję na rzecz zatrudnionych w spółce pracowników, w tym na tworzenie nowych miejsc pracy dla osób niepełnosprawnych. Inwestycja obejmowała rozbudowę stacji paliw, budowę obiektu małej gastronomii, hotelu wraz z restauracją. W wyniku likwidacji ulgi podatkowej i braku środków finansowych inwestycja nadal nie jest ukończona ( cześć hotelowa). Likwidacja ulgi nastąpiła bez uwzględnienia praw nabytych, przepisy nie przewidywały żadnych okresów przejściowych, zatem uwzględniając stanowisko Trybunału Konstytucyjnego i uchwałę Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 14 marca 2005 r. (FPS 4/04) wnioskujący o nadpłatę uważają, iż zmienione przepisy nie mają do nich zastosowania w zakresie dotyczącym tej właśnie inwestycji. Uważają, iż ze zwolnienia podatkowego mogą korzystać do czasu ukończenia tej inwestycji.
Naczelnik Urzędu Skarbowego w Ś. odmówił stwierdzenia nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2003 r. wskazując, iż powołany we wniosku wyrok Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 czerwca 2002 r. stwierdza niezgodność z Konstytucją art. 2 pkt 2 w związku z art. 4 ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. Nr 95, poz.1101) w zakresie, w jakim nie przewiduje regulacji przejściowych, niezbędnych do zapewnienia ochrony interesów prowadzących zakłady pracy chronionej, którzy w zaufaniu do dotychczasowych regulacji prawnych, rozpoczęli realizację długookresowych przedsięwzięć na rzecz osób niepełnosprawnych zatrudnionych w ich zakładzie. Trybunał Konstytucyjny uznał, iż ingerencja w sferę praw nabytych i interesów w toku, powinna być połączona z ustanowieniem odpowiednich przepisów przejściowych uwzględniających słuszne interesy tych osób, które w postępowaniu przed właściwym organem mogą wykazać, że podjęły realizację takich przedsięwzięć w zaufaniu do obowiązujących wówczas regulacji prawnych.
Z ustaleń organu I instancji wynika, iż przedsięwzięcie długookresowe, które realizowała spółka cywilna B ZPChr i w związku, z którym wspólnicy tej spółki domagają się stwierdzenia nadpłaty, to budowa stacji paliw, obiektu małej gastronomii, warsztatu samochodowego oraz układu komunikacyjnego wraz ze stacją i studnią wierconą. Pozwolenie na budowę tego obiektu uzyskali decyzją z dnia [...] H. i R. S. Następnie decyzją Urzędu Rejonowego Rządowej Administracji Ogólnej w Ś. z dnia [...] nr [...] pozwolnie na budowę zostało przeniesione na Przedsiębiorstwo B s.c. w Ś. Jednocześnie decyzja, stwierdzająca spełnienie warunków określonych dla zakładów pracy chronionej przez Przedsiębiorstwo B s.c. w Ś., została wydana w dniu [...] na wniosek z dnia [...] tj. po wydaniu pozwolenia na budowę. Decyzję tą zmieniono, na wniosek spółki, decyzją z dnia [...], wskazując dodatkowo nowe miejsce prowadzenia działalności oraz decyzją z dnia [...] w zakresie związanym ze zmianą formy organizacyjno-prawnej ze spółki cywilnej na spółkę jawną (zmiana formy organizacyjnej nastąpiła od 24.05 2002 r.).
Zdaniem organu, wskazane okoliczności oznaczają, iż inwestycja polegająca na budowie stacji paliw, obiektu małej gastronomii, warsztatu samochodowego oraz układu komunikacyjnego wraz ze stacją i studnią wierconą, została rozpoczęta przed uzyskaniem przez podmiot gospodarczy statusu zakładu pracy chronionej. Rozpoczynając tą inwestycję podatnicy nie mogli zatem liczyć na przywileje związane z posiadaniem statusu zakładu pracy chronionej. Z tych względów, zdaniem organu I instancji, brak podstaw do stwierdzenia nadpłaty.
W odwołaniu R. i H. S. wnieśli o uchylenie decyzji i zarzucili:
1) naruszenie art. 31 ust. 1 ustawy z dnia 27 sierpnia 1997 r. o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnieniu osób niepełnosprawnych (Dz. U. z 1997 r. Nr 123, poz.776 ze zm.), art. 72 §1 pkt 1 w związku z art. 73 §1 i §2 pkt 3, art. 77 §3 pkt 1 Op w związku z wyrokiem Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 czerwca 2002 r., obwiązujących w 1999 r., przez błędne ustalenie stanu faktycznego i przyjęcie, że podatnik nie rozpoczął i nie prowadził długookresowego przedsięwzięcia na rzecz osób niepełnosprawnych zatrudnionych w s.c. B ZPChr, gdy faktycznie przed 1999 r. podatnik rozpoczął takie przedsięwzięcie, którego do dnia sporządzenia odwołania nie ukończył.,
2) naruszenie art. 122, art. 181, art. 188, art. 210 §1 pkt 6 i §4 Op – bowiem organ nie wskazał faktów, które uznały za udowodnione, dowodów, którym dał wiarę oraz przyczyn dla których innym odmówił wiarygodności, a to powoduje, iż postępowanie nie było prowadzone w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych.
Dyrektor Izby Skarbowej we W. Ośrodek Zamiejscowy w W., po rozpatrzeniu odwołania, utrzymał w mocy decyzję organu I instancji. Podzielił stanowisko Naczelnika Urzędu Skarbowego w Ś. w zakresie przyczyn odmowy stwierdzenia nadpłaty i dodatkowo wskazał, że Spółce B przyznano status zakładu pracy chronionej bezterminowo, zaś orzeczenie Trybunału Konstytucyjnego, na które podatnicy powołują się, dotyczy wyłącznie zakładów pracy chronionej, którym status taki przyznano na okres 3 lat. W ocenie organu odwoławczego konieczność ścisłego pojmowania wyroku Trybunału Konstytucyjnego powoduje, iż spółka nie jest podmiotem, którego dotyczy to orzeczenie.
Organ wskazuje, iż przyjęcie, że orzeczenie Trybunału Konstytucyjnego dotyczy także zakładów pracy chronionej, którym status przyznano bezterminowo oznaczałoby postawienie takich podmiotów w znacznie korzystniejszej sytuacji niż podmioty, których wyrok bezpośrednio dotyczy. To z kolei uznaje organ za niczym nieuzasadnione. Oznaczałoby, bowiem przyjęcie, że podmioty, których orzeczenie Trybunału Konstytucyjnego dotyczy bezpośrednio, mogłyby dochodzić nadpłaty za okres nie dłuższy niż listopad 2002 r., a podmioty takie jak spółka B do czasu zakończenia inwestycji, w istocie bezterminowo. W tym zakresie organ powołuje się na wyrok WSA we Wrocławiu z 22 grudnia 2005 r. sygn. akt I SA/Wr 1700/04 i Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia18 września 2002 r. sygn. III SA 3387/01
i wywodzi, iż zastosowanie wyroku Trybunału Konstytucyjnego do zakładów pracy chronionej, którym status ten prznano na czas nieokreślony możliwe jest jedynie w okresie nie dłuższym niż trzy lata od daty zmiany przepisów. Nie dotyczy zatem 2003 roku.
Odnosząc się do zarzutu naruszenia przepisów postępowania podatkowego organ stwierdził, iż nie naruszył art. 181 i art.188 Op, bowiem organ dysponował dostatecznymi dowodami do rozstrzygnięcia sprawy, a strona nie składała wniosków dowodowych. W ocenie organu odwoławczego materiał dowodowy jest kompletny.
W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu R. i H. S. wnieśli o uchylenie decyzji i powielili zarzuty zawarte w odwołaniu od decyzji organu I instancji. Wskazali, iż istota sporu z organami podatkowymi dotyczy skutków wyroku Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 czerwca 2002 r. (K 45/01). W ocenie strony, wyrok ten odnosi się do wszystkich zakładów pracy chronionej, które w 1999 r. przed zmianą przepisów, w zaufaniu do dotychczasowych przepisów, rozpoczęły realizację długookresowego przedsięwzięcia na rzecz osób niepełnosprawnych, zatrudnionych w tym zakładzie. Spółka B w dniu rozpoczęcia długookresowej inwestycji na rzecz osób niepełnosprawnych, posiadała status zakładu pracy chronionej na czas nieoznaczony, zatem w ocenie skarżących, nie wprowadzenie przez ustawodawcę przepisów przejściowych, spowodowało reanimację zwolnienia podatkowego, obejmującego okres od rozpoczęcia do zakończenia tej inwestycji. Skarżący wskazują, iż Państwowa Inspekcja Pracy uznała obiekt za spełniający wymagania stawiane zakładom pracy chronionej w zakresie przepisów bhp oraz uwzględniający potrzeby osób niepełnosprawnych w zakresie przystosowania stanowisk pracy, pomieszczeń higieniczno sanitarnych i ciągów komunikacyjnych. Z tego względu za nieuprawnione skarżący uznali stanowisko organów podatkowych, iż inwestycja nie była prowadzona na rzecz osób niepełnosprawnych. W ocenie skarżących, decyzja odmawiająca stwierdzenia nadpłaty narusza przepisy prawa w stopniu mogącym mieć wpływ na wynik sprawy.
Dyrektor Izby Skarbowej we W. Ośrodek Zamiejscowy w W. wniósł o oddalenie skargi i przytoczył argumentację zawartą w zaskarżonych decyzjach. Dodatkowo przywołał wyrok WSA w Olsztynie z dnia 6 lipca 2006 r. (sygn. akt I SA/Ol 268/06), w którym Sąd stwierdził, iż wyrok Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 czerwca 2002 r., stwierdzający niezgodność z Konstytucją przepisów likwidujących od 1 stycznia 2000 r. preferencje podatkowe dla zakładów pracy chronionej, nie odnosi się do "bezterminowych" zakładów pracy chronionej.
W piśmie procesowym z dnia 23 listopada 2006 r. strona skarżąca szeroko polemizuje ze stanowiskiem organów podatkowych i stwierdza, iż dokonały one błędnej wykładni wyroku Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 czerwca 2002 r. Prawa do korzystania ze zwolnienia podatkowego także w 2003 r. skarżący upatrują w braku przepisów przejściowych, dla podatników posiadających status zakładu pracy chronionej przyznany na czas nieokreślony oraz ścisłym stosowaniu wymienionego wyżej wyroku Trybunału Konstytucyjnego.
Wojewódzki Sąd Administracyjny zważył, co następuje.
Zakres kontroli sprawowanej przez wojewódzkie sądy administracyjne określa ustawa z dnia 25 lipca 2002 r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz. U. Nr 153, poz.1269), stanowiąc w art. 1 ust. 2, że sądy administracyjne sprawują wymiar sprawiedliwości przez kontrolę działalności administracji publicznej pod względem jej zgodności z prawem, jeżeli ustawy nie stanowią inaczej.
Kryterium legalności przewidziane, w art. 1 §2 wymienionej ustawy, umożliwia sądowi administracyjnemu wyeliminowanie z obrotu prawnego decyzji, jeśli stwierdzi, że wydano ją z naruszeniem prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy lub z naruszeniem prawa procesowego, które mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy, jak również rozstrzygnięcia dotkniętego wadą warunkującą wznowienie postępowania administracyjnego – art. 145 §1 pkt 1 lit. a), lit. c) i lit. b) ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. Nr 153, poz. 1270 ze zm.- dalej w skrócie upsa).
Oceniając zaskarżoną decyzję w tym zakresie należy stwierdzić, iż nie narusza ona przepisów prawa materialnego ani przepisów procesowych w stopniu mogącym mieć istotny wpływ na wynik sprawy.
Przedmiotem sporu między stronami jest istnienie nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2003 r., wynikające z zastosowania zwolnienia przewidzianego w art. 21 ust. 1 pkt 35 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych w brzmieniu obowiązującym w 1999 r. Strona skarżąca podstaw do zastosowania powyższego przepisu upatruje w wyroku Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 czerwca 2002 r. w sprawie o sygn. akt K 45/01 oraz fakcie rozpoczęcia, przez spółkę cywilną B ZPChr (obecnie spółka jawna A ZPChr), której udziałowcem jest R. S., inwestycji długookresowej przed dniem 30 listopada 1999 r. Z takim stanowiskiem nie zgadzają się organy podatkowe. Twierdzą, iż powołany wyżej wyrok, jeśli w ogóle ma zastosowanie do zakładów pracy chronionej, którym status takiego zakładu przyznano bezterminowo, to jedynie w okresie 3 lat od wejścia w życie przepisów likwidujących zwolnienie w podatku dochodowym dla zakładów pracy chronionej.
Na wstępie należy wskazać, że w 2003 r. nie obowiązywał przepis art. 21 ust. 1 pkt 35 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz. U. z 2000 r., Nr 14, poz.176 ze zm.) – dalej w skrócie updf. Został on skreślony z dniem 1 stycznia 2001 r. na podstawie art. 1 pkt 17 lit. a) ustawy z dnia 9 listopada o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych oraz o zmianie niektórych innych ustaw (Dz. U. Nr 104, poz.1104). Z mocy tego przepisu wolne od podatku dochodowego były dochody z działalności gospodarczej osób zatrudniających osoby niepełnosprawne, w zakresie i na zasadach określonych w ustawie o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnieniu osób niepełnosprawnych. Do dnia 1 stycznia 2000 r. zasady i zakres zwolnienia dochodów regulowały przepisy art. 24 i art. 31 ustawy z dnia 27 sierpnia 1997 r. o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych (Dz. U. Nr 123, poz. 776 ze zm.)- dalej ustawy o rehabilitacji. Pierwszy z powołanych przepisów stanowił w ust.1, że "Pracodawcy, o którym mowa w art. 21, zatrudniającemu osoby niepełnosprawne, przysługuje ulga w podatku dochodowym...(..). Jeżeli wskaźnik zatrudnienia osób niepełnosprawnych przekracza 50%, pracodawca jest z tego podatku zwolniony." Natomiast przepis art. 31 wymienionej wyżej ustawy stanowił w ust. 1 "Prowadzący zakład pracy chronionej lub zakład aktywności zawodowej jest zwolniony w stosunku do tego zakładu, z zastrzeżeniem ust.2 z:
1) podatków,
2) z wpłat do urzędu skarbowego należności z tytułu podatku od towarów i usług, z uwzględnieniem zasad określonych w odrębnych przepisach,
3) z niepodatkowych należności budżetowych."
W ustępie 2 w/w przepisu stwierdzono, iż zwolnienie, o którym mowa w ust. 1 nie dotyczy: podatku od gier, podatku akcyzowego i cła. Zmiana w ustawie o rehabilitacji, wprowadzona art.2 ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. Nr 99, poz.1101) od dnia 1 stycznia 2000 r. spowodowała, iż zwolnienie zakładów pracy chronionej nie obejmowało także podatku dochodowego (art. 31 ust. 2 pkt 4 ustawy o rehabilitacji). W tak ukształtowanym od dnia 1 stycznia 2000 r. stanie prawnym, odsyłający do ustawy o rehabilitacji przepis art. 21 ust. 1 pkt 35 updf, faktycznie z dniem 1 stycznia 2000 r. nie dawał już podstaw do korzystania ze zwolnienia podatkowego, mimo, iż formalnie przewidziane w tym przepisie zwolnienie zostało skreślone dopiero z dniem 1 stycznia 2001 r.
Sytuację prawną niektórych podatników korzystających ze zwolnienia przewidzianego art. 21 ust. pkt 35 updf zmienił wyrok Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 czerwca 2002 r. (sygn. akt K 45/01 – Dz. U. z 2002 r. Nr 100, poz.923 oraz OTK-A z 2002 r. Nr 4, poz.46). Trybunał Konstytucyjny orzekł bowiem, iż "art. 2 pkt 2 w związku z art. 4 ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, w zakresie, w jakim pozbawia przedsiębiorców prowadzących zakłady pracy chronionej przed upływem trzyletniego okresu przewidzianego w art. 30 ust. 1 zdanie drugie ustawy z dnia 27 sierpnia 1997 r. o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnieniu osób niepełnosprawnych, w brzmieniu obowiązującym w dniu 30 listopada 1999 r., jest niezgodny z zasadą ochrony praw nabytych i zasadą ochrony interesów w toku, wyrażonymi w art.2 Konstytucji, w zakresie w jakim nie przewiduje regulacji przejściowych niezbędnych do zapewnienia ochrony interesów prowadzących zakład pracy chronionej, którzy - w zaufaniu do dotychczasowych przepisów - rozpoczęli realizację długookresowych przedsięwzięć na rzecz osób niepełnosprawnych zatrudnionych w ich zakładach." Orzeczenia to zaliczane jest do orzeczeń o złożonych skutkach (por. wyrok NSA z dnia 9 kwietnia 2003 r. sygn. akt I SA/Wr 2038/2000). Trybunał Konstytucyjny nie zakwestionował istoty wprowadzonych zmian, kwestionował wyłącznie pominięcie regulacji prawnych, których wprowadzenie uznał za niezbędne dla realizacji norm konstytucyjnych. Wyrok Trybunału nie spowodował zatem utraty mocy obowiązującej art. 2 ust.2 ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, wobec wszystkich podmiotów posiadających status pracy chronionej, ale jedynie w odniesieniu do tych zakładów pracy chronionej, które zmiana przepisów zastała w toku realizacji długookresowych przedsięwzięć na rzecz zatrudnionych osób niepełnosprawnych. W ocenie Sądu, wyróżnienie w wyroku Trybunału Konstytucyjnego jako adresatów wyłącznie podmiotów gospodarczych, którym przyznano status zakładu pracy chronionej na okres trzech lat, nie wyklucza zastosowania tego wyroku do podmiotów gospodarczych, którym status zakładu pracy chronionej przyznano bezterminowo, zgodnie z wcześniej obowiązującymi przepisami (podobnie wyrok WSA z dnia 22.12.2005 sygn. akt I SA/Wr 1700/04 i z dnia 29.05.2006 r. sygn. akt I SA/Wr 1845/04). Trybunał Konstytucyjny w wyroku dnia 8 maja 2000 r. (sygn. SK 22/99) wskazał bowiem, iż " trafnie określa się w doktrynie funkcję sądownictwa konstytucyjnego jako kontrolę norm, a więc kontrolę ustanowionych przez władze państwowe reguł postępowania "zakodowanych" w przepisach prawnych". Oznacza to konieczność odróżnienia przepisu prawnego, rozumianego jako jednostka redakcyjna tekstu prawnego od normy, rozumianej jako odtworzenie z przepisu wypowiedzi wyznaczającej adresatom określony sposób zachowania.
Spółka cywilna (później spółka jawna) B posiada status zakładu pracy chronionej przyznany na czas nieokreślony. W odniesieniu zatem do tego podmiotu, konieczne jest rozważenie, określonego przez ustawodawcę horyzontu czasowego dla planowanych przez prowadzących zakład pracy chronionej przyszłych działań, związanych z korzystaniem, z przewidzianych przepisami prawa, uprawnień. Sąd nie podziela stanowiska strony skarżącej, iż w takim przypadku, zakładowi pracy chronionej przysługuje prawo do korzystania ze zwolnienia podatkowego do czasu zakończenia inwestycji, rozpoczętej w okresie obowiązywania zwolnienia podatkowego, przewidzianego w art. 21 ust. 1 pkt 35 updf.
Dla wyjaśnienia tej kwestii niezbędne jest ponowne odwołanie się do wyroku Trybunału Konstytucyjnego z 25 czerwca 2002 r., w którym Trybunał wskazał, na konieczność poszanowania na etapie tworzenia i stosowania prawa dwóch zasad: zasady ochrony praw słusznie nabytych oraz zasady należytego zabezpieczenia interesów w toku. Zasady te wypływają z nakazu ochrony zaufania jednostki do państwa i prawa. Odnośnie zasady ochrony praw nabytych Trybunał Konstytucyjny wypowiadał się m in. w wyrokach z 28 kwietnia 1999 r. sygn. akt 3/99 i z dnia 4 stycznia 2000 r. sygn. akt K 18/99. wskazując, iż ochrona praw nabytych obejmuje wyłącznie oczekiwania usprawiedliwione i racjonalne, a zmiana dotychczas obowiązującego prawa, pociągająca za sobą niekorzystne skutki dla podmiotów, winna być dokonywana z zastosowaniem przepisów przejściowych oraz odpowiedniego vacatio legis, które umożliwią, adresatom norm, przystosowanie się do zmienionych regulacji i podjęcie stosownych decyzji. Trybunał Konstytucyjny wskazywał także, iż ograniczenie lub zniesienie praw nabytych jest dopuszczalne, gdy działanie takie jest konieczne dla realizacji innych konstytucyjnych wartości.
Zasada zabezpieczenia interesów w toku zapewnia ochronę podmiotom w sytuacjach, gdy podjęły, w zaufaniu do obowiązujących przepisów, określone przedsięwzięcia. Także ta zasada nie ma charakteru bezwzględnego. W wyroku z dnia 25 czerwca 2002 r. Trybunał Konstytucyjny, wskazując trzyletni okres obowiązywania decyzji o przyznaniu statusu zakładu pracy chronionej, określił horyzont czasowy, uzasadniający planowanie przyszłych działań związanych z korzystaniem z określonych w ustawach uprawnień. Wskazał, iż przekracza on okres roku podatkowego, ale "nie został ustalony dla bliżej określonego przedsięwzięcia. Przepisy ustawowe obowiązujące do 31 grudnia 1999 r. stanowiły ramy prawne dla podejmowania wszelkiego rodzaju przedsięwzięć gospodarczych, które mogły być rozłożone w czasie". Uwzględniając powyższe rozważania należy stwierdzić, iż ani zasada praw nabytych, ani zasada zabezpieczenia interesów w toku, nie zakładają ochrony przez czas nieokreślony adresatów norm prawnych przed ich zmianą. Dlatego też nieuprawnione jest twierdzenie strony skarżącej, iż w odniesieniu do zakładów pracy chronionej, posiadających status takiego zakładu na czas nieokreślony, ochrona taka, z powodu braku przepisów przejściowych, przysługuje do czasu zakończenia, rozpoczętej w warunkach zwolnienia podatkowego inwestycji. Przypomnieć należy także, mającą wiodący charakter w prawie podatkowym, zasadę sprawiedliwości podatkowej, wyrażającą się powszechnością i równością opodatkowania. Zasada ta nakazuje traktować jednakowo podmioty zaliczone, ze względu na swoje właściwości, do tej samej grupy. Oznacza to, iż zakładom pracy chronionej, niezależnie od tego czy status ten przyznano im na czas określony, czy na czas nieokreślony, przysługuje taka sama ochrona w zakresie praw nabytych i zabezpieczenia interesów w toku. Ochrona ta, jak wynika z wyroku Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 czerwca 2002 r., może obejmować okres trzech lat od dnia ogłoszenia przepisów zmieniających ustawę o rehabilitacji tj. lata od 2000 do 2002. (por. wyrok WSA z dnia 29.05.2006 r., sygn. akt I SA/Wr 1845/04). Przyjęcie innego stanowiska (prezentowanego przez stronę skarżąca) prowadziłoby do naruszenia zasady ochrony praw nabytych i ochrony interesów w toku, bowiem ochronie podlegają wyłącznie oczekiwania usprawiedliwione i racjonalne, a także naruszenia zasady równości podatkowej. Nadmierne rozciągnięcie inwestycji w czasie lub jej wstrzymanie, prowadziłoby do bezterminowego korzystania ze zwolnienia podatkowego, które ustawodawca zlikwidował. Przypomnieć należy, iż Trybunał Konstytucyjny nie zakwestionował prawa do likwidacji tego zwolnienia podatkowego.
Odniesienie powyższych rozważań do rozpoznawanej sprawy oznacza, iż zasadnie organy podatkowe odmówiły R. i H. S. stwierdzenia nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2003 r. Nadpłata za 2003 r. bowiem nie wystąpiła. Z upływem 2002 r. zakłady pracy chronionej, w tym także spółka jawna A ZPChr, utraciły prawo do korzystania ze zwolnienia podatkowego przewidzianego w art. 21 ust. 1 pkt 35 updf (w brzmieniu obowiązującym w 1999 r.) Uwzględniając te okoliczności, Sąd odstąpił od szczegółowego ustosunkowania się do zarzutów naruszenia przepisów prawa procesowego, bowiem ich naruszenie nie mogło mieć istotnego wpływu na wynik sprawy.
Mając na uwadze powyższe Sąd, na podstawie art. 151 ustawy Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, skargę jako bezzasadną oddalił.