I SA/Sz 685/24

I SA/Sz 685/24 - Wyrok WSA w Szczecinie
Data orzeczenia
2025-02-26
orzeczenie nieprawomocne
Data wpływu
2024-11-05
Sąd
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Szczecinie
Sędziowie
Bolesław Stachura
Jolanta Kwiecińska /przewodniczący/
Wiesława Achrymowicz /sprawozdawca/
Symbol z opisem
6113 Podatek dochodowy od osób prawnych
6560
Hasła tematyczne
Interpretacje podatkowe
Skarżony organ
Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej
Treść wyniku
Oddalono skargę
Powołane przepisy
Dz.U. 2025 poz 111
art. 14e § 1a pkt 2, art. 14b § 1, § 5, art. 14k § 1, § 3, art. 14e § 1a pkt 2, art. 121 § 1, art. 14h, art. 217 § 2, art. 233 § 1, art. 14k,
Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (t. j.)
Dz.U. 2023 poz 2805
art. 18d ust. 1, ust. 2 pkt 1, art. 4a pkt 26 i 28, art. 18d ust. 7, art. 9 ust. 1b, art. 9 ust. 1b,
Ustawa z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych
Dz.U. 2024 poz 935
art. 151
Ustawa z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t. j.)
Sentencja
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Szczecinie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Jolanta Kwiecińska Sędziowie Sędzia WSA Wiesława Achrymowicz (spr.) Sędzia WSA Bolesław Stachura po rozpoznaniu w Wydziale I w trybie uproszczonym w dniu [...] lutego 2025 r. sprawy ze skargi M. K. na postanowienie Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia [...] r. nr [...] w przedmiocie stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej oddala skargę.
Uzasadnienie
Zaskarżonym postanowieniem Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej (organ) utrzymał w mocy postanowienie organu z [...] lipca 2024 r. o wygaśnięciu interpretacji indywidualnej udzielonej M. S.A. (spółka) w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych.
W uzasadnieniu tej treści rozstrzygnięcia organ wyjaśnił, że [...] listopada 2021 r. wpłynął do organu wniosek spółki z [...] listopada 2021 r. o wydanie interpretacji indywidualnej w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych, który dotyczył ulgi badawczo-rozwojowej. W odpowiedzi na wniosek spółki [...] stycznia 2022 r. organ wydał interpretację indywidualną, w której uznał stanowisko prawne spółki za prawidłowe.
Następnie 13 lutego 2024 r. Minister Finansów wydał interpretację ogólną nr DD8.8203.1.2021, która została opublikowana w Dzienniku Urzędowym Ministra Finansów z 21 lutego 2024 r. poz. 16. Dotyczy ona możliwości zaliczenia do kosztów kwalifikowanych ulgi badawczo-rozwojowej poniesionych przez podatnika w danym miesiącu należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych oraz sfinansowanych przez płatnika składek z tytułu tych należności określonych w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych w związku z usprawiedliwioną nieobecnością pracownika.
W tych okolicznościach, zdaniem organu, należało postanowić o wygaśnięciu interpretacji indywidualnej, ponieważ była niezgodna z wymienioną wyżej interpretacją ogólną Ministra Finansów z 13 lutego 2024 r. Organ zaznaczył, że zakres przedmiotowy interpretacji indywidualnej z [...] stycznia 2022 r. i interpretacji ogólnej z 13 lutego 2024 r. był tożsamy i obie interpretacje zostały wydane na gruncie tego samego stanu prawnego.
W podstawie prawnej organ nawiązał do art. 14e § 1a pkt 2 ustawy Ordynacja podatkowa (Dz.U.2025.111 - O.p.). Jednocześnie organ motywował, że przepis ten nie przewiduje możliwości wydania postanowienia o wygaśnięciu interpretacji indywidualnej w części. Stwierdził, że w sytuacji gdy: - stan faktyczny (zdarzenie przyszłe) przedstawiony we wniosku odpowiada zagadnieniu będącemu przedmiotem interpretacji ogólnej wydanej w takim samym stanie prawnym; - rozstrzygnięcie co do zakresu oraz sposobu stosowania przepisów prawa podatkowego w interpretacji indywidualnej jest niezgodne (nawet w niewielkiej części z interpretacją ogólną); wówczas zachodzi podstawa do stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej.
Organ nie zgodził się ze spółką, według której zostanie pozbawiona ochrony prawnej, jaką daje interpretacja indywidualna. Zwrócił uwagę na art. 14b § 1, § 5 O.p. i tłumaczył, że zarówno wówczas, gdy wcześniej została wydana interpretacja indywidualna (i obowiązuje ona w obrocie prawnym), jak i wtedy, gdy interpretacja indywidualna wygasła (została wyeliminowana z obrotu prawnego), nie istnieje przeszkoda do złożenia przez podatnika wniosku o wydanie nowej interpretacji indywidualnej w tej samej sprawie, nawet jeżeli stan faktyczny nie uległ w tym czasie zmianie.
Organ zauważył, że podatnik nie ma obowiązku zastosowania się do interpretacji indywidualnej. Wydanie interpretacji indywidualnej, podobnie jak jej brak, nie wpływają na funkcjonowanie podatnika w sferze prowadzonej przez niego działalności gospodarczej.
Dodatkowo według art. 14k § 1, § 3 O.p. złożenie przez spółkę ponownego wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej w zakresie, w którym kwestionuje stwierdzenie wygaśnięcia interpretacji indywidualnej z [...] stycznia 2022 r. (tj. nieodnoszącym się do kwestii zaliczenia do kosztów kwalifikowanych ulgi na działalność badawczo-rozwojową należności pracowniczych z tytułu urlopów, chorób i innej usprawiedliwionej nieobecności), daje jej możliwość ponownego uzyskania potwierdzenia zasadności prezentowanego stanowiska na potrzeby skutków podatkowych zarówno co do zdarzeń przyszłych, jak również stanu faktycznego już zaistniałego.
Spółka złożyła skargę na powyższe postanowienie organu.
Zarzuciła naruszenie:
- art. 14e § 1a pkt 2, art. 121 § 1, art. 14h O.p. przez przyjęcie, że stanowisko zawarte w interpretacji indywidualnej z [...] stycznia 2022 r. jest niezgodne z interpretacją ogólną z 13 lutego 2024 r., co pozbawiło spółkę ochrony prawnej wynikającej z interpretacji indywidualnej;
- art. 217 § 2 O.p. ze względu na wadliwe uzasadnienie faktyczne i prawne zaskarżonego postanowienia, polegające na pominięciu okoliczności, że spółka we wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej zawarła informację, że nie zamierza zaliczać do kosztów kwalifikowanych wynagrodzeń związanych z nieobecnościami pracowników, co oznacza że kwestia ta w istocie nie była przedmiotem interpretacji indywidualnej z [...] stycznia 2022 r.;
- art. 31 ust. 3 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej (Dz.U.1997.78.483 ze zm.), art. art. 14e § 1a pkt 2 O.p., polegające na orzeczeniu "o wygaśnięciu interpretacji indywidualnej w całości;
- art. 233 § 1 O.p. z powodu utrzymania w mocy wadliwego rozstrzygnięcia organu z [...] lipca 2024 r. zamiast zastosowania art. 233 § 1 pkt 2 lit. a O.p.;
- art. 217 § 2 O.p. z racji niezastosowania tego przepisu, który został wymieniony w art. 14h O.p.
W następstwie formułowanych zarzutów spółka wniosła o uchylenie zaskarżonego postanowienia organu wraz z postanowieniem organu z [...] lipca 2024 r. oraz o zasądzenie kosztów postępowania sądowego.
W uzasadnieniu zarzutów i wniosków zawartych w skardze spółka argumentowała, że w interpretacji indywidualnej z [...] stycznia 2022 r. organ uznał poniższe stanowisko spółki, zgodnie z którym:
"1. Koszty Wynagrodzeń i składek na ubezpieczenia społeczne pracowników, w części w jakiej ich czas przeznaczony na realizację projektów pozostawały w ogólnym czasie pracy pracownika w danym miesiącu w 2020 r. rozpoznane jako koszty uzyskania przychodów oraz takie koszty ponoszone w przyszłości i rozpoznawane jako koszty uzyskania przychodów stanowią koszty kwalifikowane o których mowa w art. 18d ust. 2 pkt 1 ustawy o CIT i podlegają odliczeniu od podstawy opodatkowania z uwzględnieniem limitów określonych w art. 18d ust. 7 ustawy o CIT.
2. Pomocnicza ewidencja kosztów działalności badawczo-rozwojowej prowadzona za 2020 r. i prowadzona w tożsamy sposób w kolejnych latach ewidencja pomocnicza spełnia przesłankę wyodrębnienia kosztów działalności badawczo-rozwojowej, o której mowa w art. 9 ust. 1b ustawy o CIT."
Natomiast z interpretacji ogólnej z 13 lutego 2024 r. wynika, że należności z tytułu usprawiedliwionej nieobecności pracownika w pracy, do których poniesienia pracodawca jest zobowiązany na podstawie odrębnych przepisów, takich jak np. wynagrodzenia urlopowe, powinny być traktowane jako składniki kosztu wynagrodzenia kwalifikowanego do ulgi B+R, w takiej części, w jakiej do ich poniesienia, pracodawca jest zobowiązany na podstawie odrębnych przepisów oraz przy zachowaniu wszystkich pozostałych wymogów nakładanych na podatnika. Innymi słowy, należności z tytułu urlopu czy choroby mogą stanowić koszty kwalifikowane do ulgi B+R.
Organ pominął, że spółka w opisie stanu faktycznego wskazała, że nie zamierza uwzględniać w kosztach kwalifikowanych wynagrodzeń za czas usprawiedliwionych nieobecności pracowników, wobec czego kwestia ta w ogóle była poza zakresem interpretacji indywidualnej. Spółka nie oczekiwała od organu potwierdzenia, że opisane wynagrodzenia za czas usprawiedliwionej nieobecności mogą stanowić koszty kwalifikowane. Zdaniem spółki, nie można mówić o niezgodności interpretacji indywidualnej z interpretacją ogólną w sytuacji, w której nie wnosiła o wypowiedź organu w kwestii, która stała się następnie przedmiotem interpretacji ogólnej.
Następnie spółka motywowała, że ewentualna niezgodność z interpretacją ogólną nie obliguje organu do stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej, a jedynie kreuje taką możliwość, która powinna być każdorazowo oceniona z perspektywy jej zasadności i skutków (por. wyrok sygn. II FSK 224/21).
Według spółki, nie zachodzi ryzyko, że dojdzie do potencjalnych negatywnych skutków podatkowych dla Skarbu Państwa i spółka będzie poszukiwała nieuzasadnionej ochrony prawnej. W niniejszej sprawie mamy do czynienia z kwestią stosowania ulgi podatkowej, czyli uprawnienia spółki do obniżenia obciążeń podatkowych, która jednoznacznie stwierdziła, że w pewnym zakresie nie zamierza z tego uprawnienia korzystać. Dlatego kwestionowane postanowienie organu nie jest celowe ani racjonalne.
Interpretacja indywidualna obejmowała także inne zagadnienia. W konsekwencji postanowienie organu wywiera nieproporcjonalny i wręcz niesprawiedliwy skutek. Jest to rażący przejaw naruszenia zasady zaufania do organów podatkowych.
W zaistniałej sytuacji należało pozostawić interpretację indywidualną w obrocie, skoro i tak spółka może na podstawie interpretacji ogólnej uzyskać analogiczną ochronę. Innymi słowy, gdyby spółka zmieniła zdanie i zamierzała uwzględniać w uldze B+R koszty wynagrodzeń za czas nieobecności, to mogłaby to zrobić w oparciu o interpretację ogólną, a nie występować o interpretację indywidualną.
Spółka oceniła zaskarżone postanowienie organu jako swoistą karę.
W dalszej kolejności spółka podkreśliła, że organ miał możliwość stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w części (por. wyroki sygn.: II FSK 1157/21, II FSK 224/21, II FSK 1471/23).
Spółka ponownie podkreśliła, że nie oczekiwała od organu potwierdzenia, że wynagrodzenia za czas usprawiedliwionej nieobecności mogą stanowić koszty kwalifikowane. W opisie stanu faktycznego i zdarzenia przyszłego wyraźnie stwierdziła, że nie zamierza uwzględniać w kalkulacji kosztów kwalifikowanych wynagrodzeń przypadających za okresy usprawiedliwionych nieobecności w pracy.
Podobnie w uzasadnieniu własnego stanowiska spółka nie zawarła żadnych uwag odnośnie do tych wynagrodzeń jako kosztów kwalifikowanych, gdyż zagadnienie to w ogóle nie było przedmiotem wątpliwości spółki.
Tymczasem organ w postępowaniu interpretacyjnym nie mógł wykroczyć poza granice wniosku spółki (por. wyrok sygn. II FSK116/15).
Na zakończenie spółka podkreśliła, że wykładni art. 14e § 1a pkt 2 O.p. należy dokonywać z uwzględnieniem art. 31 ust. 3 Konstytucji RP, w szczególności zasady proporcjonalności. Zgodnie z utrwalonym orzecznictwem Trybunału Konstytucyjnego postępowanie zgodne z zasadą proporcjonalności ma miejsce w sytuacji, gdy spośród dopuszczalnych środków działania wybiera się możliwie najmniej uciążliwe dla podmiotów, wobec których mają być one zastosowane, lub dolegliwe w stopniu nie większym niż to jest niezbędne wobec założonego i usprawiedliwionego konstytucyjnie celu (por. wyrok sygn. K 24/03).
Oznacza to, że konstytucyjna zasada proporcjonalności (art. 31 ust. 3 Konstytucji RP) stoi na przeszkodzie wygaśnięciu interpretacji indywidualnej w całości w sytuacji, gdy interpretacja obejmuje kilka zagadnień, a domniemana sprzeczność z interpretacją ogólną dotyczy tylko jednego z zagadnień poruszonych w interpretacji indywidualnej.
Spółka zwróciła również uwagę na koszty związane z kolejną interpretacją indywidualną zarówno po stronie spółki, jaki i Skarbu Państwa.
W podsumowaniu spółka oceniła, że kolejne postanowienia organu o wygaśnięciu interpretacji indywidualnej w całości są niewspółmiernie rażącą konsekwencją wydania interpretacji ogólnej. Prowadzą do pozbawienia spółki ochrony przewidzianej w art. 14k O.p., pomimo, że interpretacja indywidualna dotyczyła również zagadnień nieobjętych interpretacją ogólną. Zdaniem spółki, kwestionowane postanowienia organu są sprzeczne z podstawowymi zasadami prawa podatkowego, a w szczególności zasadą prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie podatników do organów podatkowych. Pozostawienie w obrocie prawnym interpretacji indywidualnej wydanej na rzecz spółki nie powoduje żadnych negatywnych skutków, w szczególności nie może prowadzić do uszczuplenia należności podatkowych w związku z powoływaniem się na jej treść.
Organ, odpowiadając na skargę, wniósł o jej oddalenie. W całości podtrzymał stanowisko i argumenty przedstawione w zaskarżonym postanowieniu.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Szczecinie zważył, co następuje:
Skarga spółki nie zasługuje na uwzględnienie, gdyż kontrolowane postanowienie organu jest zgodne z prawem.
Spór spółki z organem koncentrował się na instytucji ustanowionej w art. 14e § 1a pkt 2 O.p., polegającej na stwierdzeniu wygaśnięcia interpretacji indywidualnej ze względu na jej niezgodność z późniejszą interpretacją ogólną.
Zgodnie bowiem z art. 14e § 1a pkt 2 O.p. Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej może z urzędu stwierdzić wygaśnięcie interpretacji indywidualnej, jeżeli jest ona niezgodna z interpretacją ogólną wydaną w takim samym stanie prawnym.
Natomiast w myśl art. 18d ust. 1, ust. 2 pkt 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz.U.2023.2805 ze zm. - ustawa o CIT) podatnik uzyskujący przychody inne niż przychody z zysków kapitałowych odlicza od podstawy opodatkowania, ustalonej zgodnie z art. 18, koszty uzyskania przychodów poniesione na działalność badawczo-rozwojową, zwane dalej "kosztami kwalifikowanymi". Kwota odliczenia nie może w roku podatkowym przekraczać kwoty dochodu uzyskanego przez podatnika z przychodów innych niż przychody z zysków kapitałowych (ust. 1).
Za koszty kwalifikowane uznaje się poniesione w danym miesiącu należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych, oraz sfinansowane przez płatnika składki z tytułu tych należności określone w ustawie z dnia 13 października 1998 r. o systemie ubezpieczeń społecznych, w takiej części, w jakiej czas przeznaczony na realizację działalności badawczo-rozwojowej pozostaje w ogólnym czasie pracy pracownika w danym miesiącu (ust. 2 pkt 1).
Spółka [...] stycznia 2022 r. uzyskała interpretację indywidulaną na tle następujących okoliczności:
Spółka jest przedsiębiorcą działającym w branży informatycznej. Część z realizowanych w 2020 r. i kolejnych latach projektów zakwalifikowała i zamierza kwalifikować jako prace rozwojowe w rozumieniu art. 4a pkt 26 i 28 ustawy o CIT.
Z perspektywy organizacyjnej spółka przyporządkowuje każdorazowo zespoły projektowe komponując je spośród pracowników, którzy posiadają najlepsze kompetencje i doświadczenia dopasowane do danego projektu, w ramach których każdy z pracowników posiada określone zadania do wykonania. W skład zespołów projektowych wchodzą przede wszystkim programiści, testerzy, osoby pełniące funkcje kierownicze, analitycy biznesowi i rynkowi. Efektywna realizacja projektów jest możliwa tylko przez kompletny zespół pracowników. Z uwagi na fakt, że pracownicy oprócz realizowania zadań w obrębie projektów mogą także realizować inne zadania, które w ocenie spółki nie spełniają przesłanek uzasadniających ich kwalifikacji jako działalności badawczo-rozwojowej, to pracownicy zobowiązani są do rejestrowania czasu pracy poświęconego na realizację poszczególnych zadań w podziale na projekty. W związku z realizacją projektów spółka ponosi koszty wynagrodzeń pracowników. Ponadto spółka ponosi koszty wynagrodzeń związane z okresami nieobecności pracowników, w tym w szczególności za czas urlopu, niezdolności do pracy, za urlop okolicznościowy, za czas nieobecności w związku z opieką nad dzieckiem. Spółka zaliczyła w 2020 r. oraz zamierza zaliczać w kolejnych latach jako koszty kwalifikowane, o których mowa w art. 18d ust. 2 pkt 1 ustawy o CIT i korzystać z ulgi badawczo-rozwojowej w odniesieniu do wynagrodzeń z pominięciem tych składników wynagrodzenia, które przypadają na okresy nieobecności pracowników i tylko w takiej części, w jakiej na podstawie prowadzonych ewidencji czasu pracy można określić część wynagrodzeń przypadającą na czas pracy nad projektami.
Spółka alokowała koszty wynagrodzeń i składek na ubezpieczenia społeczne, w tym związanych z projektami w ewidencji rachunkowej na kontach rodzajowych wynagrodzeń i składek na ubezpieczenia społeczne. Jednocześnie na podstawie ewidencji czasu pracy poświęconego na realizację projektów spółka zaprowadziła ewidencję pomocniczą w arkuszu kalkulacyjnym, w którym wydzieliła z ogółu kosztów wynagrodzeń i składek na ubezpieczenia społeczne koszty kwalifikowane, o których mowa w art. 18d ust. 2 pkt 1 ustawy o CIT, które zostały następnie zaksięgowane na kontach pozabilansowych w podziale na projekty. W ten sposób możliwe jest precyzyjne wydzielenie z ogółu kosztów wynagrodzeń i składek na ubezpieczenia społeczne wartości kosztów wynagrodzeń i składek na ubezpieczenia społeczne przypadających na projekty. Analogiczną formę ewidencjonowania kosztów projektów spółka zamierza stosować także w kolejnych latach.
Na kanwie powyższych okoliczności spółka sformułowała pytania:
"Czy prawidłowe jest stanowisko Wnioskodawcy, zgodnie z którym przedstawione w opisie stanu faktycznego oraz zdarzenia przyszłego koszty Wynagrodzeń i składek na ubezpieczenia społeczne Pracowników, w części w jakiej ich czas przeznaczony na realizację Projektów pozostawały w ogólnym czasie pracy Pracownika w danym miesiącu w 2020 r. rozpoznane jako koszty uzyskania przychodów oraz takie koszty ponoszone w przyszłości i rozpoznawane jako koszty uzyskania przychodów stanowią koszty kwalifikowane o których mowa w art. 18d ust. 2 pkt 1 ustawy o CIT i podlegają odliczeniu od podstawy opodatkowania z uwzględnieniem limitów określonych w art. 18d ust. 7 ustawy o CIT ?
Czy pomocnicza ewidencja kosztów działalności badawczo-rozwojowej prowadzona za 2020 r. i prowadzona w tożsamy sposób w kolejnych latach ewidencja pomocnicza spełnia przesłankę wyodrębnienia kosztów działalności badawczo-rozwojowej, o której mowa w art. 9 ust. 1b ustawy o CIT ?"
Zdaniem spółki, "prawidłowe jest stanowisko, zgodnie z którym przedstawione w opisie stanu faktycznego oraz zdarzenia przyszłego koszty Wynagrodzeń i składek na ubezpieczenia społeczne Pracowników, w części w jakiej ich czas przeznaczony na realizację Projektów pozostawały w ogólnym czasie pracy Pracownika w danym miesiącu w 2020 r. rozpoznane jako koszty uzyskania przychodów oraz takie koszty ponoszone w przyszłości i rozpoznawane jako koszty uzyskania przychodów stanowią koszty kwalifikowane o których mowa w art. 18d ust. 2 pkt 1 ustawy o CIT i podlegają odliczeniu od podstawy opodatkowania z uwzględnieniem limitów określonych w art. 18d ust. 7 ustawy o CIT."
Ponadto "W rozumieniu Wnioskodawcy pojęcie czasu pracy przeznaczonego na realizację działalności badawczo-rozwojowej, o którym mowa w art. 18d ust. 2 pkt 1 ustawy o CIT, odnosi się do czasu faktycznie poświęconego. Oznacza to, że w przypadku takiego pracownika należy ustalić ile godzin w danym miesiącu poświęcił na działalność badawczo-rozwojową. W przypadku Spółki jest to możliwe dzięki prowadzonej ewidencji czasu pracy. Pracownicy realizujący Projekty, które zdaniem Spółki stanowią działalność badawczo-rozwojową są bowiem obowiązani do ewidencjonowania czasu pracy poświęconego na Projekty. Z ewidencji tej wynika jakie realizowali zadania, a ewidencja jest akceptowana przez przełożonych."
W przekonaniu spółki, "prawidłowe będzie uwzględnienie jako koszty kwalifikowane, o których mowa w art. 18d ust. 2 pkt 1 ustawy o CIT kosztów wynagrodzeń wszystkich Pracowników, o których mowa w opisie stanu faktycznego i zdarzenia przyszłego, w części w jakiej realizują Projekty. Powyższe wynika z faktu, że efektywna realizacja Projektów jest możliwa tylko przez kompletny zespół pracowników od analityków biznesowych i rynkowych, programistów, testerów i osoby pełniące funkcje kierownicze. Obowiązki poszczególnych pracowników są ze sobą ściśle powiązane i komplementarne i każdy ze wskazanych Pracowników ma istotny wkład w efekt końcowy Projektu, a bez ich wspólnego zaangażowania skuteczna realizacja Projektu nie byłaby możliwa."
W podsumowaniu spółka stwierdziła, że "prawidłowe jest stanowisko, zgodnie z którym przedstawione w opisie stanu faktycznego oraz zdarzenia przyszłego koszty Wynagrodzeń i składek na ubezpieczenia społeczne Pracowników, w części w jakiej ich czas przeznaczony na realizację Projektów pozostawały w ogólnym czasie pracy Pracownika w danym miesiącu w 2020 r. rozpoznane jako koszty uzyskania przychodów oraz takie koszty ponoszone w przyszłości i rozpoznawane jako koszty uzyskania przychodów stanowią koszty kwalifikowane o których mowa w art. 18d ust. 2 pkt 1 ustawy o CIT i podlegają odliczeniu od podstawy opodatkowania z uwzględnieniem limitów określonych w art. 18d ust. 7 ustawy o CIT."
Spółka stwierdziła również, że "pomocnicza ewidencja kosztów działalności badawczo-rozwojowej prowadzona za 2020 r. i prowadzona w tożsamy sposób w kolejnych latach ewidencja pomocnicza spełnia przesłankę wyodrębnienia kosztów działalności badawczo-rozwojowej, o której mowa w art. 9 ust. 1b ustawy o CIT."
Organ w interpretacji indywidualnej wydanej [...] stycznia 2022 r. zgodził się ze spółką. Uznał jej stanowisko za prawidłowe w obu przedstawionych kwestiach podatkowych.
Minister Finansów (MF) 21 lutego 2024 r., działając na podstawie art. 14a § 1 pkt 1 O.p., wydał interpretację ogólną (Dz.U.MF.2024.16).
Przede wszystkim stwierdził, że "Niniejsza interpretacja dotyczy przepisów art. 26e ust. 2 pkt 1 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (dalej: "ustawa o PIT") oraz art. 18d ust. 2 pkt 1 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (dalej: "ustawa o CIT"), w odniesieniu do możliwości zaliczania do kosztów kwalifikowanych ulgi na działalność badawczo-rozwojową, poniesionych przez podatnika w danym miesiącu należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1 ustawy o PIT, za czas urlopów i innych usprawiedliwionych nieobecności pracownika oraz sfinansowanych przez płatnika składek z tytułu tych należności określonych w ustawie z dnia 13 października 1998 r. o systemie ubezpieczeń społecznych (dalej: "ustawa o systemie ubezpieczeń społecznych"), w takiej części, w jakiej czas przeznaczony na realizację działalności badawczo-rozwojowej pozostaje w ogólnym czasie pracy pracownika w danym miesiącu. Zakres interpretacji obejmuje kwestię możliwości kwalifikowania do kosztów ulgi badawczo-rozwojowej obowiązkowo ponoszonych przez pracodawcę kosztów związanych z usprawiedliwioną nieobecnością pracownika, w takiej części, w jakiej dany pracownik wykonywał działalność badawczo-rozwojową w ramach swoich obowiązków służbowych. Przy czym, pracownik może przeznaczyć na realizację działalności badawczo-rozwojowej całość swojego czasu pracy lub też jego część."
W rezultacie analizy powyższych unormowań ustawy o PIT i ustawy o CIT MF ocenił, że "Należy się zgodzić ze stwierdzeniem prezentowanym w orzecznictwie, że zarówno czas urlopu jak i czas zwolnienia chorobowego, za które przysługuje wynagrodzenie chorobowe, nie są bezpośrednim czasem wykonywania pracy, ale są czasem zatrudnienia pracownika, za który to czas przysługują pracownikowi należności wynikające z zatrudnienia, a na pracodawcy ciążą obowiązki związane, czy to z wypłatą wynagrodzenia, czy z odprowadzaniem składek z tytułu zatrudnienia . W świetle powyższego nie ma zatem podstaw prawnych do wyłączenia z katalogu kosztów kwalifikowanych ulgi badawczo-rozwojowej należności poniesionych przez pracodawcę, stanowiących, zgodnie z art. 12 ust. 1 ustawy o PIT, przychód pracownika realizującego działalność badawczo-rozwojową, a uzyskanych, gdy nie świadczy on pracy z powodu usprawiedliwionej nieobecności. Zarówno wynagrodzenia za czas urlopu jak i choroby stanowią przychód pracownika, o którym mowa w art. 12 ust. 1 ustawy o PIT. Nie zmienia to faktu, że w dalszym ciągu, aby skorzystać z ulgi badawczo-rozwojowej, podatnik musi spełnić łącznie wszystkie wymagane warunki określone w ustawach o podatkach dochodowych, w tym w szczególności w art. 26e ustawy o PIT i odpowiednio w art. 18d ustawy o CIT, tj. m.in. wykazać w rocznym zeznaniu podatkowym poniesione koszty związane z prowadzeniem działalności badawczo-rozwojowej, które mieszczą się w zamkniętym katalogu określonym w powołanych przepisach, a poniesione koszty muszą stanowić dla podatnika koszty uzyskania przychodu. Podatnik musi również osiągać przychody inne niż przychody z zysków kapitałowych (art. 26e ust. 1 ustawy o PIT i odpowiednio art. 18d ust. 1 ustawy o CIT), a koszty kwalifikowane poniesione na działalność badawczo -rozwojową, zgodnie z art. 26e ust. 5 ustawy o PIT i odpowiednio art. 18d ust. 5 ustawy o CIT, podlegają odliczeniu, jeżeli nie zostały podatnikowi zwrócone w jakiejkolwiek formie lub nie zostały odliczone od podstawy opodatkowania podatkiem dochodowym.
Ponadto, podatnicy prowadzący działalność badawczo-rozwojową, którzy zamierzają skorzystać z odliczenia kosztów kwalifikowanych w ramach ulgi na działalność badawczo-rozwojową są obowiązani w prowadzonej ewidencji rachunkowej (podatnicy podatku dochodowego od osób prawnych) lub podatkowej księdze przychodów i rozchodów albo w księgach rachunkowych (w przypadku podatników podatku dochodowego od osób fizycznych) wyodrębnić koszty działalności badawczo-rozwojowej (art. 24a ust. 1b ustawy o PIT i odpowiednio art. 9 ust. 1b ustawy o CIT).
Należy jednak zaznaczyć, że koszt związany z zatrudnieniem pracownika, może zostać zaliczony do kosztów kwalifikowanych ulgi na działalność badawczo -rozwojową jedynie w takiej części, w jakiej czas przeznaczony na realizację działalności badawczo-rozwojowej pozostaje w ogólnym czasie pracy pracownika w danym miesiącu. Przepis art. 26e ust. 2 pkt 1 ustawy o PIT i odpowiednio art. 18d ust. 2 pkt 1 ustawy o CIT wymaga wyodrębnienia kosztów wynagrodzeń pracownika w podziale na miesiące, co za tym idzie zaangażowanie pracownika realizującego w części lub całości swojego czasu pracy działalność badawczo-rozwojową musi zostać określone również w podziale na miesiące. Podatnik ma obowiązek posiadać dokumentację uzasadniającą zaangażowanie poszczególnych pracowników w realizację działalności badawczo-rozwojowej. Podkreślenia wymaga zatem fakt, że zaangażowanie określone na podstawie miesięcznej ewidencji, zestawione z miesięcznym wynagrodzeniem określonym na podstawie kwalifikowanych elementów składowych tegoż wynagrodzenia (zawierających m.in. składniki dotyczące urlopu oraz choroby) warunkuje wysokość kosztu kwalifikowanego ulgi badawczo -rozwojowej na podstawie art. 26e ust. 2 pkt 1 ustawy o PIT i odpowiednio art. 18d ust. 2 pkt 1 ustawy o CIT."
Podsumowując, zdaniem MF, "mając na uwadze rozbieżności interpretacyjne oraz uwzględniając linię orzeczniczą prezentowaną przez sądy administracyjne w zakresie omawianego zagadnienia, stwierdzam, że do kosztów kwalifikowanych ulgi badawczo-rozwojowej, o których mowa w art. 26e ust. 2 pkt 1 ustawy o PIT i art. 18d ust. 2 pkt 1 ustawy o CIT, należą poniesione w danym miesiącu należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1 ustawy o PIT oraz sfinansowane przez płatnika składki z tytułu tych należności określone w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych, w takiej części, w jakiej czas przeznaczony na realizację działalności badawczo-rozwojowej pozostaje w ogólnym czasie pracy pracownika w danym miesiącu, w tym również należności z tytułu usprawiedliwionej nieobecności pracownika, do których poniesienia pracodawca jest zobowiązany na podstawie odrębnych przepisów, m.in. te dotyczące urlopu oraz choroby."
W świetle powyższego organ prawidłowo zastosował art. 14e § 1a pkt 2 O.p., w pełni adekwatnie korzystając z uprawnienia przyznanego mu mocą tego przepisu.
Nie ulega bowiem wątpliwości, że stanowisko spółki na gruncie art. 18d ust. 2 pkt 1 ustawy o CIT bazowało na założeniu, że ogólny czas pracy pracownika w danym miesiącu to efektywny czas pracy. Spółka ogólny czas pracy pracownika w danym miesiącu rozumiała dosłownie jako wykonywanie obowiązków na rzecz pracodawcy. Wynika to zarówno z opisu okoliczności, jak i z treści argumentów spółki. W opisie stanu faktycznego, zdarzenia przyszłego spółka wprost stwierdziła, że pomija i będzie pomijać te składniki wynagrodzenia, które przypadają na okresy nieobecności pracowników. Następnie konsekwentnie w swojej argumentacji mówiła o proporcji czasu poświęconego przez danego pracownika na realizację działalności badawczo -rozwojowej w ogólnym czasie pracy tego pracownika w danym miesiącu.
Tymczasem jest to stanowisko sprzeczne z interpretacją ogólną z 21 lutego 2024 r., według której do kosztów kwalifikowanych ulgi badawczo-rozwojowej w rozumieniu art. 26e ust. 2 pkt 1 ustawy o PIT i art. 18d ust. 2 pkt 1 ustawy o CIT, należą poniesione w danym miesiącu należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1 ustawy o PIT oraz sfinansowane przez płatnika składki z tytułu tych należności określone w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych, w takiej części, w jakiej czas przeznaczony na realizację działalności badawczo-rozwojowej pozostaje w ogólnym czasie pracy pracownika w danym miesiącu, w tym również należności z tytułu usprawiedliwionej nieobecności pracownika, do których poniesienia pracodawca jest zobowiązany na podstawie odrębnych przepisów, m.in. te dotyczące urlopu oraz choroby.
Wbrew przekonaniu spółki, interpretacja indywidualna organu z [...] stycznia 2022 r. nie miała za przedmiot dwóch odrębnych zagadnień z zakresu prawa podatkowego. Kwestia definiowania ogólnego czasu pracy pracownika w danym miesiącu w rozumieniu art. 18d ust. 2 pkt 1 ustawy o CIT była bowiem punktem wyjścia dla dalszych wątpliwości prawnych spółki dotyczących sposobu prowadzenia ewidencji kosztów działalności badawczo-rozwojowej, skoro koszty te należy odnosić do mianownika w postaci prawidłowo zinterpretowanego ogólnego czasu pracy pracownika w danym miesiącu wraz z usprawiedliwionymi nieobecnościami. Wobec tego w konsekwencji organ nie miał przesłanek do stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w części.
Sąd jest zdania, że żaden z zarzutów skargi nie podważa legalności kontrolowanego postanowienia organu. Trudno zgodzić się ze spółką, że pozostawienie w obrocie prawnym nieprawidłowej interpretacji indywidualnej miałoby realizować standardy konstytucyjne. Przeciwnie, taki stan rzeczy - właśnie ze względu na obowiązujące wzorce konstytucyjne - organ miał obowiązek usunąć przy wykorzystaniu przyznanych mu instrumentów prawnych. W tym kontekście należy zwrócić uwagę na art. 2 (zasada demokratycznego państwa prawnego), art. 32 ust. 1 (zasada równości wobec prawa), art. 84 (powszechność obowiązku ponoszenia ciężarów i świadczeń publicznych) Konstytucji RP.
Z powodów omówionych wyżej niezasadna skarga spółki podlegała oddaleniu na podstawie art. 151 ustawy Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.2024.935 ze zm.).