I SA/Ol 474/25

I SA/Ol 474/25 - Wyrok WSA w Olsztynie
Data orzeczenia
2026-02-18
orzeczenie nieprawomocne
Data wpływu
2025-10-27
Sąd
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Olsztynie
Sędziowie
Anna Janowska
Katarzyna Górska /przewodniczący/
Przemysław Krzykowski /sprawozdawca/
Symbol z opisem
6110 Podatek od towarów i usług
Hasła tematyczne
Podatek od towarów i usług
Skarżony organ
Dyrektor Izby Administracji Skarbowej
Treść wyniku
Oddalono skargę
Powołane przepisy
Dz.U. 2024 poz 361
art. 112b ust.1 pkt 2, art. 112b ust.2a i ust.2 i ust.2b,
Ustawa z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług
Dz.U. 2023 poz 615
art. 62 ust.4, art. 63 ust.1 pkt 3
Ustawa z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej (t.j.)
Dz.U. 2025 poz 111
art. 81b par. 1
Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (t. j.)
Sentencja
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Olsztynie w składzie następującym: Przewodnicząca sędzia WSA Katarzyna Górska Sędziowie sędzia WSA Anna Janowska sędzia WSA Przemysław Krzykowski (sprawozdawca) Protokolant specjalista Monika Rząp po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 18 lutego 2026 r. sprawy ze skargi O. Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością Spółka komandytowa z siedzibą w K. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Olsztynie z dnia 25 sierpnia 2025 r., nr 2801-IOV-2.4103.42.2025 w przedmiocie podatku od towarów i usług za wrzesień 2024 r. oddala skargę.
Uzasadnienie
Zaskarżoną decyzją z 25 sierpnia 2025 r. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Olsztynie (dalej: Dyrektor, organ odwoławczy), działając na podstawie art. 233 § 1 pkt 1 w związku z art. 220 § 3 i art. 207 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (j.t. Dz.U. z 2025 r., poz. 111 ze zm.), po rozpatrzeniu odwołania O. Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością Spółka komandytowa z siedzibą w K. (dalej: Spółka, skarżąca, strona) utrzymał w mocy decyzję Naczelnika Warmińsko-Mazurskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Olsztynie (dalej: Naczelnik, organ I instancji) z 8 maja 2025 roku, ustalającą dodatkowe zobowiązanie podatkowe w podatku od towarowi usług za wrzesień 2024 r. w wysokości 293.628 zł.
Jak wynika z akt sprawy, Naczelnik wydał decyzję z 8 maja 2025 r. w rezultacie przeprowadzonego postępowania w zakresie ustalenia dodatkowego zobowiązania w podatku od towarów i usług za wrzesień 2024 r. Przedmiotowe postępowanie było poprzedzone przeprowadzeniem kontroli celno-skarbowej w zakresie podatku od towarów i usług za wrzesień 2024 r., w trakcie której stwierdzono, że strona do dnia wszczęcia kontroli celno-skarbowej nie złożyła deklaracji za miesiąc wrzesień 2024 roku (plików JPK_ V7M część ewidencyjna i deklaracyjna) oraz nie dokonała wpłaty ciążącego na niej za ten okres zobowiązania podatkowego. Działanie to stanowiło naruszenie art. 99 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług, stanowiącego, że podatnicy, o których mowa w art. 15, są obowiązani składać w urzędzie skarbowym deklaracje podatkowe za okresy miesięczne w terminie do 25. dnia miesiąca następującego po każdym kolejnym miesiącu, z zastrzeżeniem ust. 2-10, art. 130c, art. 133 i art. 138g ust. 2. Kontrolowana Spółka, w terminie 14 dni od doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej, złożyła 22.11.2024 r. do Naczelnika Urzędu Skarbowego K.1., deklarację VAT-7M za wrzesień 2024 r. (zgodnie z art. 62 ust. 4 ustawy z 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej - Dz.U. z 2023 r., poz. 615 ze zm.), w której wykazała zobowiązanie w podatku od towarów i usług w wysokości 1.468.142,00 zł podlegające wpłacie do urzędu skarbowego. Jednak nie wpłaciła najpóźniej do dnia złożenia deklaracji, zobowiązania z niej wynikającego. Organ podatkowy I instancji w oparciu o przepisy art. 83 ust. 1 pkt 3 ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej, postanowieniem z 20.12.2024 roku przekształcił ww. kontrolę celno- skarbową w postępowanie podatkowe w zakresie ustalenia dodatkowego zobowiązania w podatku od towarów i usług za wrzesień 2024 r. i jednocześnie zawiadomił o uwzględnieniu deklaracji VAT-7 za IX 2024 r. złożonej 22.11.2024 r. W związku z powyższym organ podatkowy I instancji w oparciu o art. 112b ust. 1 pkt 2, biorąc pod uwagę przesłanki wynikające z art. 112 b ust. 2b ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t.j. Dz. U. z 2024 r., poz. 361 ze zm.) ustalił dodatkowe zobowiązanie w wysokości 20% zaniżenia zobowiązania podatkowego w podatku VAT za IX 2024 r.
Po rozpatrzeniu odwołania, Dyrektor Izby Administracji Skarbowej zaskarżona decyzją z 25 sierpnia 2025 r. utrzymał w mocy decyzję organu I instancji. Wskazał, że bezspornym jest, że Spółka zaniżyła zobowiązanie podatkowe o 1.468.142 zł nie składając w ustawowym terminie deklaracji VAT-7 za wrzesień 2024 r., podczas gdy przez cały miesiąc dokonywała zarówno nabyć towarów i usług jak i sprzedaży. Spółka nie złożyła również plików JPK_V7M za IX 2024 r. Poza sporem jest również, że Spółka po wszczęciu kontroli przez Naczelnika na podstawie upoważnienia złożyła 22.11.2024 r. deklarację VAT-7M za IX 2024 r. Niesporne jest także, że do dnia złożenia deklaracji Spółka nie zapłaciła zobowiązania podatkowego z niej wynikającego. Organ podatkowy I instancji uznał, że Spółka skorzystała z uprawnień wynikających z przepisów art. 62 ust. 4 ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej (Dz. U. z 2023 r., poz. 615 ze zm.) i w terminie 14 dni od doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej, złożyła deklarację VAT-7 za IX 2024 r.
Dyrektor wskazał, że zgodnie z art. 62 ust. 4 ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej w zakresie kontroli, o której mowa w art. 54 ust. 1 pkt 1, kontrolowanemu przysługuje w terminie 14 dni od dnia doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej uprawnienie do skorygowania deklaracji w zakresie objętym tą kontrolą. Korekta złożona po upływie tego terminu, a przed zakończeniem kontroli celno-skarbowej nie wywołuje skutków prawnych. W ocenie organu odwoławczego organ kontroli, przyjmując złożoną przez Spółkę deklarację, dokonał prawidłowej interpretacji przepisów art. 62 ust. 4 ustawy o KAS. Konsekwencją uznania za skutecznie złożoną w dniu 22.11.2024 r. deklarację VAT-7 za wrzesień 2024 r., było również przekształcenie, na podstawie art. 83 ust. 1 pkt 3 ustawy o KAS, kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe w zakresie ustalenia dodatkowego zobowiązania w podatku od towarów i usług za wrzesień 2024 r. Wprawdzie w postanowieniu z 20.12.2024 r. o przekształceniu kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe organ I instancji zawiadomił o uwzględnieniu "korekty deklaracji dla podatku od towarów i usług za wrzesień 2024 r", jednak nie ma wątpliwości, że chodziło o pierwotnie złożoną przez stronę deklarację za ww. okres, bowiem organ I instancji wskazał, że chodzi o rozliczenie w zakresie VAT złożone w dniu 22.11.2024 r. Pomimo, że w zaistniałym w niniejszej sprawie stanie faktycznym rzeczywiście strona złożyła po wszczęciu kontroli celno-skarbowej (w terminie wynikającym z art. 62 ust. 4 ustawy o KAS) pierwszą (pierwotną) wersję rozliczenia za IX 2024 r. to zastosowanie wykładni systemowej i celowościowej uzasadnia stanowisko, iż w ten sam sposób winno się oceniać możliwość złożenia przez podatnika deklaracji pierwotnej, jak i korekty uprzednio złożonej deklaracji w trybie art. 62 ust. 4 ustawy o KAS. Zdaniem organu odwoławczego, zasadne jest przyjęcie wykładni systemowo- celowościowej w prezentowanym stanie faktycznym a nie literalnej, jak wskazuje Spółka w odwołaniu. Za przyjęciem wskazanego wyżej sposobu wykładni przepisów prawa przemawia prezentowana przez sądy wykładnia celowościowa art. 81b § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej (np. wyroki NSA: z 11.08.2016 r" sygn. akt II FSK 1967/143, z 29.01.2013 r" II FSK 1201/11; z 29.01.2013 r., II FSK 1177/11). Wynika z niej, że chociaż przepis art. 81b § 1 pkt 1 O.p. dotyczy złożenia korekty, nie zaś samej deklaracji podatkowej, to jednak przyjąć należy, że skoro w toku postępowania/kontroli wyłączona jest możliwość ingerencji podatnika w wysokość zobowiązania podatkowego poprzez składanie korekt, to nie ma on również możliwości skutecznego złożenia samej deklaracji podatkowej w zakresie objętym kontrolą.
Zdaniem organu odwoławczego, konsekwentne było działanie organu I instancji polegające na przekształceniu, postanowieniem z 20 grudnia 2024 r. kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe wyłącznie w zakresie ustalenia dodatkowego zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług za wrzesień 2024 r. Skoro bowiem organ, kierując się wykładnią celowościową i systemową art. 62 ust. 4 ustawy o KAS, uznał za skutecznie złożoną przez Spółkę w dniu 22.11.2024 r. deklarację pierwotną za IX 2024 r., to taką też wykładnię zastosował do art. 83 ust. 1 pkt 3 ustawy o KAS. Za przyjęciem takiego rozumowania przemawia także fakt, że ustawodawca ustawą z 24 czerwca 2025 r. (Dz. U. z 2025 r. poz. 894) dokonał zmian w ustawach o Krajowej Administracji Skarbowej oraz o podatku od towarów i usług w przepisach, tj. m.in. w przepisach: art. 62 ust. 4-4c, art. 82 ust. 2 pkt 6 i ust. 3, art. 83 ust. 1, 2, 3a ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej oraz art. 112b ust. 2a ustawy od towarów i usług, dotyczących możliwości złożenia deklaracji po wszczęciu i zakończeniu kontroli celno-skarbowej, jeżeli nie została wcześniej złożona. Z uzasadnienia do ww. ustawy wynikało, że celem tych zmian była eliminacja wątpliwości interpretacyjnych przepisów, co do możliwości skutecznego złożenia "pierwotnej" deklaracji w zakresie objętym kontrolą celno-skarbową po doręczeniu upoważnienia do kontroli celno- skarbowej, a także po doręczeniu wyniku kontroli celno-skarbowej poprzez określenie w sposób wyraźny uprawnienia kontrolowanego do złożenia deklaracji w przypadkach określonych m.in. w art. 62 ust. 4 i art. 82 ust. 3 ustawy o KAS oraz art. 112b ust. 2a ustawy o podatku od towarów i usług, a nie zmiana o charakterze merytorycznym. Zdaniem Dyrektora, przepis art. 83 ust. 1 pkt 3 ustawy o KAS stanowi katalog przesłanek przekształcenia kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe, a nie przesłanek do ustalenia dodatkowego zobowiązania podatkowego, które to wynikają z art. 112b ustawy o podatku od towarów i usług. Organ odwoławczy nie zgodził się z prezentowaną przez Spółkę wykładnią art. 112b ust. 1 pkt 2 ustawy o VAT i brakiem podstaw do zastosowania tej normy w sytuacji złożenia przez stronę deklaracji po wszczęciu kontroli celno-skarbowej przy jednoczesnym braku wpłaty zobowiązania podatkowego. Zebrany materiał dowodowy, potwierdza jednoznacznie, że w niniejszej sprawie wystąpiły przesłanki, o których mowa w cyt. przepisie art. 112b ust. 1 pkt 2 ustawy o VAT obligujące organ, w razie stwierdzenia, że podatnik nie złożył deklaracji podatkowej oraz nie wpłacił kwoty zobowiązania podatkowego, do ustalenia dodatkowego zobowiązania podatkowego w wysokości do 30% kwoty zaniżenia zobowiązania podatkowego, kwoty zawyżenia zwrotu różnicy podatku, zwrotu podatku naliczonego lub różnicy podatku do obniżenia podatku należnego za następne okresy rozliczeniowe. Zdaniem Dyrektora, przewidziana w art. 112b ust. 1 ustawy o VAT w części wspólnej tego przepisu sankcja "do 30%" ma charakter ogólny/podstawowy. Wynikające natomiast z art. 112b ust. 2 i 2a ustawy o VAT obniżone sankcje, stanowią lex specialis względem tej określonej w ust. 1 tego przepisu. Mają one zastosowanie wyłącznie do sytuacji w której podatnicy spełnią przewidziane tam przesłanki i tylko w takim zakresie. Zatem w sytuacji, gdy podatnik nie spełni przesłanek do zastosowania sankcji w obniżonej wysokości – art. 112b ust. 2 i 2a ustawy o VAT to zastosowanie znajdzie przepis ogólny art. 112b ust. 1 ustawy o VA Zdaniem organu odwoławczego, w sprawie nie wystąpiły przesłanki, o których mowa w art. 112b ust. 3 ustawy o podatku od towarów i usług, obligujące organ do odstąpienia od ustalanie sankcji w postaci dodatkowego zobowiązania. Spółka nie złożyła deklaracji VAT-7 za wrzesień 2024 r. i nie zadeklarowała zobowiązania podatkowego przed wszczęciem kontroli celno-skarbowej. Powyższe skutkowało obowiązkiem ustalenia przez organ I instancji ustalenia dodatkowego zobowiązania podatkowego. Ponieważ Spółka po odebraniu upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej 21.11.2024 r., złożyła w 14 dniowym terminie, tj. 22.11.2024 r. deklarację VAT-7 za IX 2024 r., którą organ uznał za skuteczną, lecz nie wpłaciła najpóźniej do dnia jej złożenia zobowiązania podatkowego z niej wynikającego, to nie spełniła warunków wynikających z art. 112b ust. 2a ustawy o VAT uprawniających organ do zastosowania obniżonej do 15% stawki dodatkowego zobowiązania. Zdaniem Dyrektora, w niniejszej sprawie nie wystąpiły również okoliczności wskazane w art. 112b ust. 2 ustawy o podatku od towarów i usług uprawniające do zastosowania obniżonej stawki 20% dodatkowego obowiązania podatkowego. W konsekwencji, organ I instancji prawidłowo zastosował przepis ogólny dotyczący ustalania dodatkowego zobowiązania tj. art. 112b ust. 1 pkt 2, gdzie dodatkowe zobowiązanie podatkowe wynosi do 30% kwoty zaniżenia zobowiązania podatkowego od kwoty należnej. W ocenie organu odwoławczego, Naczelnik ustalając wysokość sankcji wziął pod uwagę wszystkie dyrektywy wymiaru dodatkowego zobowiązania podatkowego wskazane w art. 112b ust. 2b ustawy o VAT oraz przedstawił argumenty którymi kierował się ustalając sankcję w wysokości 20 % niewykazanego zobowiązania podatkowego podlegającego wpłacie, tym samym ustalona w tej wysokości sankcja nie narusza zasady proporcjonalności. Organ wskazał, że Spółka nie dopełniła podstawowych obowiązków podatkowych nałożonych przez ustawodawcę przepisami art. 99 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług. Bez względu na wskazane przez Spółkę wyjaśnienia, Spółka za wrzesień 2024 roku nie przesłała w ustawowym terminie pliku JPK_V7M część deklaracyjna i ewidencyjna. W wyniku tego nie wykazała kwoty zobowiązania podatkowego, do wpłacenia którego również była zobowiązana w tym samym terminie. W ocenie organu odwoławczego niezłożenie deklaracji w ustawowym terminie z uwagi na brak zarządu od 30.09.2024 r. do 18.11.2024 r. nie jest wystarczającą argumentacją do obniżenia sankcji poniżej 20%. Wyjaśnienia Spółki, dotyczące odwołania prezesa zarządu - jedynego komplementariusza - O. Sp. z o.o. - J. S. , umocowanego do reprezentacji ze względów zdrowotnych, niepoparte zostały jakimikolwiek dowodami potwierdzającymi stan zdrowia uniemożliwiający faktyczne zarządzanie Spółką oraz niemożność złożenia deklaracji w tym czasie. Ponadto we wskazanym okresie J. S. był równocześnie prezesem i jedyną osobą umocowaną do reprezentacji co najmniej trzech innych Spółek, co nie przeszkodziło w złożeniu przez te Spółki, deklaracji VAT 7 za m-ce: IX i X 2024 r. w ustawowym terminie. Pomimo podjęcia 1.10.2024 r. uchwały o odwołaniu J. S. z funkcji prezesa zarządu O. Sp. z o.o., nie przeszkodziło to Spółce uregulowania w miesiącu październiku 2024 roku zobowiązań cywilnoprawnych chociażby z tytułu usług księgowych, ale także dokonania przelewów za usługi doradcze czy też za usługi przy transakcji sprzedaży gruntu.
Ponadto, Spółka w efekcie nie złożenia pliku JPK V7M część ewidencyjna i deklaracyjna za wrzesień 2024 roku, nie wykazała żadnych nabyć i dostaw. Nie zadeklarowała dostaw towarów netto w wysokości 6.622.764 zł i podatku należnego (23 %) na łączną wartość 1.523.236 zł (2 transakcje), a także odpowiednio wartości nabyć towarów i usług w kwocie netto 239.539 zł i podatku do odliczenia w wysokości 55.094 zł (15 transakcji), generując tym samym zaległość podatkową o znacznej wartości, tj. 1.468.142 zł. Przede wszystkim nie zadeklarowała transakcji sprzedaży trzech działek budowlanych na rzecz E. Sp. z o.o., na kwotę brutto 8.118.000 zł (w tym wartość netto transakcji 6.600.000 zł oraz kwota podatku należnego VAT 1.518.000 zł). Tymczasem kontrahent Spółki ujął tę transakcję w swojej ewidencji podatkowej i rozliczył w złożonej deklaracji podatkowej podatek VAT, który pomniejszył jego zobowiązanie podatkowe (nie dot. transakcji dostawy miejsca postojowego na rzecz osoby fizycznej). W ocenie organu odwoławczego, Spółka dopuściła się poważnego stopnia naruszenia w tym zakresie. Nie wykazanie wymienionych transakcji nie wynikało z błędów, lecz było wynikiem świadomego działania Spółki, podczas gdy korzystała ona z usług księgowego opłacanego w tym okresie. W sporządzonych plikach JPK_V7M wskazany jest mail: [...], co wskazuje, że pliki te zostały sporządzone przez księgowego S. U. . Organ uwzględnił, że Spółka nie tylko nie dokonała wpłaty podatku od towarów i usług w obowiązującym terminie, ale również tego nie uczyniła wraz ze złożeniem plików JPK_V7M część deklaracyjna i ewidencyjna za wrzesień 2024 roku. Nie uregulowała zaległości do dnia wydania zaskarżonej decyzji. Odnosząc się do przesłanki dotyczącej rodzaju, stopnia i częstotliwości stwierdzanych dotychczas nieprawidłowości dotyczących nieprzedawnionych zobowiązań w podatku, na podstawie informacji zawartych w systemach informatycznych na przestrzeni od grudnia 2022 roku do sierpnia 2024 roku ustalono, że Spółka dwukrotne nieterminowo przesłała pliki JPK_V7M część ewidencyjna i deklaracyjna (dot. okresów rozliczeniowych: września 2024 roku — okres objęty kontrolą - deklaracja złożona 22.11.2024 r. i październik 2024 roku - deklaracja złożona 17.12.2024 r.). Deklaracje za pozostałe okresy rozliczeniowe składane były przez Spółkę w obowiązującym terminie. Spółka, po złożeniu deklaracji (JPK_VAT) za kontrolowany okres, tj. wrzesień 2024 roku, nie dokonała wpłaty, ale także nie uczyniła tego za styczeń 2025 roku generując kolejne zaległości podatkowe (zobowiązanie 12.196 zł) - według stanu na dzień wydania zaskarżonej decyzji. Strona nadal nie uiszcza terminowo zobowiązań podatkowych. Według danych zawartych w systemie Ministerstwa Finansów, w kwietniu 2025 r. na karcie kontowej Spółki widnieje saldo w podatku od towarów i usług w wysokości (-) 1.434.920,15 zł (tj. suma zaległości (-) 1.429.182,20 zł, w tym za wrzesień 2024 roku (-) 1.422.724,15 zł i styczeń 2025 roku (-) 12.196 zł). Spółka posiada również zaległości podatkowe z tyt. podatku dochodowego od osób prawnych (CIT-8) za 2024 r. w kwocie 184.355 zł. Z systemu POLTAX 2BPIus wynika, że posiada również zaległości w podatku VAT za VI 2025 r. w wysokości 2.185 zł. Nadto ustalono, że wobec Spółki prowadzone są postępowania egzekucyjne na podstawie dwóch tytułów wykonawczych. Odnosząc się do przesłanki dotyczącej kwoty stwierdzonych nieprawidłowości Dyrektor wskazał, że Spółka w związku z niezadeklarowaniem podatku należnego w wysokości 1.523.236 zł, jak i naliczonego VAT w wysokości 55.094 zł, nie wykazała zobowiązania podatkowego w kwocie 1.468.142 zł (Spółka nie złożyła pierwotnej deklaracji podatkowej za wrzesień 2024 roku). Były to zatem nieprawidłowości, które doprowadziły do znacznego uszczuplenia należności budżetowych i które zostały wykazane dopiero w wyniku wszczętej 21.11.2024 r. kontroli celno-skarbowej. Odnośnie przesłanki dotyczącej działań podjętych przez podatnika po stwierdzeniu nieprawidłowości w celu usunięcia skutków nieprawidłowości Dyrektor wskazał, że Spółka już następnego dnia po wszczęciu kontroli celno-skarbowej, tj. 22.11.2024 r. złożyła deklarację za wrzesień 2024 roku (pliki JPK_ V7M część ewidencyjna i deklaracyjna), która uznana została przez organ za prawidłową. Niemniej jednak, na podstawie karty kontowej podatku VAT Spółki (danych wewnętrznego systemu MF) organ ustalił, że zobowiązanie w podatku VAT za wrzesień 2024 roku uregulowała jedynie w stosunkowo niewielkiej kwocie, tj. 45.417,85 zł wraz z odsetkami w wysokości 1.434,62 zł, w następujących terminach: 13.01.2025 r. - przeksięgowanie z VAT za czerwiec 2024 roku - 9 zł, 10.02.2025 r. przeksięgowanie z VAT 10.2025 r. - 32.445,75 zł (oraz na odsetki 1.024,72 zł), 5.03.2025 r. przeksięgowanie z VAT za sierpień 2024 roku - 457 zł, 25.03.2025 r. - przeksięgowanie z VAT za listopad 2024 roku - 12.506,10 zł (oraz odsetki 409,90 zł). Do zapłaty zatem pozostała kwota należności głównej w wysokości 1.422.724,15 zł (1.468.142 zł-45.417,85 zł), przy czym Spółka wygenerowała kolejne zaległości podatkowe, w tym w podatku dochodowym od osób prawnych. Po wszczęciu kontroli celno-skarbowej Spółka współpracowała z organem kontroli, przedkładając żądane dowody: faktury zakupu i sprzedaży, umowy zawarte z kontrahentami, potwierdzenia przelewów należności od kontrahentów, pisemne wyjaśnienia. Złożyła też w trybie art. 62 ust. 4 ustawy o KAS prawnie skuteczną deklarację (JPK_V7M część ewidencyjna i deklaracyjna), w której zadeklarowała podatek należny i naliczony, wynikający z przedłożonych faktur, w prawidłowych kwotach. Podjęła też działania naprawcze i po ukonstytuowaniu się zarządu (uchwałą z 18.11.2024 r. ponownie powołano na stanowisko prezesa zarządu O. Sp. z o.o. J. S. , na jego wniosek z 18.11.2024 r., złożony z uwagi na poprawę stanu zdrowia), złożyła pliki JPK V7M za wrzesień 2024 roku. Organ odwoławczy miał jednakże na uwadze brak zapłaty zobowiązania za wrzesień 2024 roku w kwocie 1.468.142 zł w ustawowym terminie i wraz ze złożeniem deklaracji za wrzesień 2024 rok, pomimo zgromadzonych na dzień 30.09.2024 r. środków pieniężnych w kwocie 1.602.352,51 zł na rachunku bankowym Spółki, a także brak uregulowania zaległości do dnia wydania niniejszej decyzji (brak wpłat - jedynie przeksięgowania ze zwrotów VAT z innych okresów rozliczeniowych) oraz generowanie kolejnych zaległości (z tytułu podatku VAT za styczeń 2025 rok, a także CIT-8 za 2024 rok), jak i doprowadzenie do wystawienia tytułów egzekucyjnych w wyniku nieuregulowania ww. należności - co wskazuje na świadome i celowe zaniechanie wpłaty przez Spółkę. Organ zaznaczył, że ilość transakcji dokonanych w okresie rozliczeniowym obejmującym miesiąc wrzesień 2024 roku, była stosunkowo niewielka (2 transakcje sprzedaży, 15 transakcji zakupu), a zważywszy na wartość transakcji sprzedaży, Spółka wiedziała, że za wrzesień 2024 roku wystąpi kwota zobowiązana do zapłaty. Spółka korzystała przy tym z usług profesjonalnego podmiotu prowadzącego działalność gospodarczą w zakresie obsługi księgowej, który wystawił fakturę za świadczone usługi księgowe w miesiącu wrześniu 31.718,01 zł brutto (nr faktury [...] z dn. 30.09.2024 r. — płatność przelew — termin 30.09.2024 r. - zapłacono przelewem 2.10.2024 r.) i za dodatkowe usługi księgowo rozliczeniowe transakcji sprzedaży nieruchomości w dniu 18.09.2024 r. w wysokości 47.324,25 zł (nr faktury [...] z dn. 18.09.2024 r. płatność przelew — termin 18.09.2024 r. — zapłacono przelewem 18.09.2024 r.), i z jego pomocą mogła ustalić tą kwotę dokładnie już 30.09.2024 r. Ponadto w toku przeprowadzonego postępowania ustalono, że wpływy środków pieniężnych na rachunek bankowy we wrześniu 2024 roku z tytułu wskazanych wyżej dwóch transakcji sprzedaży nieruchomości wyniosły łącznie 6.565.699,28 zł, z czego na spłatę pożyczek Spółka przekazała kwotę 170.000 zł oraz udzieliła pożyczek na rzecz podmiotów powiązanych na łączną kwotę 4.695.873,98 zł, w tym tylko we wrześniu 2024 roku dla J. S. - 105.000 zł (vide: konto rozliczeniowe 211-3-01-03 "Jednostki powiązane Deweloperskie należności z tytułu udzielonych pożyczek". Zatem Spółka rozdysponowała kwotę 4.865.873,98 zł. Nadto na rachunku bankowym na dzień 30.09.2024 r. zgromadzono środki pieniężne w wysokości 1.602.352,51 zł. Spółka dysponowała zatem środkami na uiszczenie zobowiązań podatkowych za miesiąc wrzesień 2025 roku, a środki te mimo to rozdysponowała na inne cele, w tym na udzielenie pożyczek podmiotom z nią powiązanym generując zaległości podatkowe. Zdaniem organu odwoławczego, organ podatkowy I instancji prawidłowo, zgodnie z zasadą proporcjonalności, dokonał wymiaru stawki przyjętej do ustalenia dodatkowego zobowiązania w wysokości 20 % kwoty zaniżenia zobowiązania podatkowego. Sam fakt stwierdzenia uszczuplenia wpływów Skarbu Państwa w związku z niezadeklarowaniem przed wszczęciem kontroli celno-skarbowej i nieuiszczeniem zobowiązania podatkowego wynikającego ze złożonej po wszczęciu kontroli celno-skarbowej przez podatnika deklaracji, uwzględnionej następnie przez organ, ze swej istoty stanowi podstawę do ustalenia dodatkowego zobowiązania podatkowego, jak to miało miejsce w przedmiotowej sprawie. W ocenie organu odwoławczego, nie wystąpiły okoliczności wyłączające możliwość ustalenia dodatkowego zobowiązania podatkowego wskazane w art. 112b ust. 3 ustawy o VAT.
W złożonej do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Olsztynie skardze strona reprezentowana przez pełnomocnika wniosła o: - uchylenie zaskarżonej decyzji w całości oraz decyzji organu I i przekazanie sprawy organowi podatkowemu I instancji do ponownego rozpoznania, - zasądzenie od Skarbu Państwa na rzecz skarżącej kosztów postępowania według norm przepisanych. Zaskarżonej decyzji strona zarzuciła: I. Naruszenie przepisów postępowania, tj.: 1. naruszenie art. 191 O.p., art. 122 O.p., art. 187 § 1 O.p., art. 191 O.p., art. 199a § 1 O.p. oraz art. 2a O.p. w. zw. z art. 94 ust. 1 pkt 2) u.k.a.s. poprzez błędne stwierdzenie, będące skutkiem braku wyczerpującego rozpatrzenia całego materiału dowodowego dostępnego w sprawie oraz braku jego właściwej oceny (błędna ocena dowodów, dokonana z przekroczeniem zasad ich swobodnej oceny), że wystąpiły przesłanki przekształcenia kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe a to: - błędne uznanie przez organ, że złożenie deklaracji dla podatku od towarów i usług za wrzesień 2024 roku jest tożsame ze złożeniem korekty deklaracji, 2. naruszenie art. 223 § 1 pkt 2 lit. a) O.p. w zw. z art. 191 O.p., art. 187 § 1 i art. 191 O.p. w zw. z art. 122 O.p. w. zw. z art. 94 ust. 1 pkt 2) u.k.a.s., poprzez niewłaściwe zastosowanie, polegające na przekroczeniu przez organ - podobnie jak w I instancji - zasady swobodnej oceny dowodów w zakresie uznania, że:
a) złożona deklaracja pierwotna to korektą deklaracji w rozumieniu art. 83 ust 1 pkt 3) u.k.a.s., b) doszło do zaniżenia zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług za wrzesień 2024 roku w sytuacji, gdy Spółka nie miała w tym okresie zarządu i nie mogła podejmować bieżących działań w tym m.in. składać deklaracji,
c) wystąpiły przesłanki faktyczne określone w art. 112 b VAT uprawniające organ do ustalenia wysokości dodatkowego zobowiązania podatkowego w wysokości 20%
- które to naruszenia miały wpływ na wynik sprawy, ponieważ doprowadziły organ do błędnego uznania, że: a) złożenie deklaracji dla podatku od towarów i usług za wrzesień 2024 r. jest tożsame ze złożeniem korekty deklaracji w rozumieniu art. 83 ust 1 pkt 3) u.k.a.s. b) złożenie deklaracji dla podatku od towarów i usług w prawidłowych kwotach (ustalenie organu st. decyzji I instancji) stanowi podstawę do ustalenia dodatkowego zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług zgodnie z art. 112b po zakończenia postępowania podatkowego zgodnie z art. 83 ust.1 pkt 3) u.k.a.s. 3. rozstrzyganiu wszelkich wątpliwości na niekorzyść skarżącej, bez podejmowania działań niezbędnych do ich wyjaśnienia z rażącym naruszeniem zasady in dubio pro tributario, 4. art. 127 Ordynacji podatkowej, przez brak rozpoznania przez organ sprawy w drugiej instancji i bezrefleksyjnym przyjęciu argumentacji przytoczonej w decyzji I instancji, a w konsekwencji do stwierdzenia, że zaistniały podstawy do ustalenia dodatkowego zobowiązania podatkowego w wysokości 20%. II. Naruszenie przepisów prawa materialnego, tj.: a. naruszenie art. 83 ust 1 pkt 3 u.k.a.s. poprzez niewłaściwe zastosowanie, polegające na przyjęciu, iż zaistniały podstawy do przekształcenia kontroli w postępowanie podatkowe,
b. naruszenie art. 112b ust. 1 pkt 2 w zw. z art. 112b ust 2b VAT poprzez niewłaściwe zastosowanie, c. art. 167, art. 168 lit. a), art. 178 lit. a), art. 220 pkt 1 i art. 226 Dyrektywy Rady 2006/112/WE z dnia 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (Dz.U.UE. L. z 2006 r. Nr 347, str. 1 z późn. zm.), dalej "Dyrektywa 2006/112/WE" poprzez brak wykazania podstaw do ustalenia dodatkowego zobowiązania podatkowego oraz przyczyn uznania 20% jako zasadnej wysokości w sytuacji gdy zobowiązanie to nie miało żadnego skutku represyjnego bowiem w trakcie kontroli Skarżący złożył deklarację dla podatku od towarów i usług za wrzesień 2024 roku, d. art. 91 ust. 3 Konstytucji RP przez błędną wykładnię polegającą na rozszerzającym traktowaniu wyjątków od zasady neutralności VAT, w szczególności z pominięciem treści prawa wspólnotowego oraz wydanych na jego podstawie orzeczeń TSUE. W uzasadnieniu skargi, Spółka przytaczając przepis art. 83 ust. 1 pkt 3 ustawy o KAS zarzuciła bezpodstawne przejęcie przez organ, że wystąpiły przesłanki do przekształcenia kontroli w postępowanie podatkowe. Ponadto podniosła, że konstrukcja przepisu art. 112b ust. 1 pkt 2 ustawy o VAT uniemożliwia nałożenie dodatkowego zobowiązania jedynie za brak zapłaty podatku VA Spójnik "oraz" zastosowany w przepisach ma taką samą funkcję jak spójnik "i". Powyższe spójniki w logice prawniczej wskazują na koniunkcję. Koniunkcja - mająca w matematyce odpowiednik iloczynu, pozostaje prawdziwa jedynie przy dwóch wartościach dodatnich. Posiada największy zasób notacji w tym: "i", "oraz", (przyjmującą najczęściej postać zdania: p, ale nie-q), "a także", "tudzież". Koniunkcja sprawdza się w języku prawa przy zapisie np. kilku przesłanek hipotezy, które łącznie muszą być spełnione, aby zaistniało zdarzenie urzeczywistniające dyspozycję. Zapisywana jest najczęściej jako łącznik zdań p
q. Wobec powyższego wykładnia językowa przepisu wprost wskazuje, że do jego zastosowania konieczne są dwie przesłanki spełnione równocześnie tj. brak złożenia deklaracji oraz brak zapłaty podatku. W tym wypadku Spółka zgodnie z ustalonym stanem faktycznym złożyła deklarację pierwotną wobec czego odpadła jedna z dwóch obligatoryjnych przesłanek w skazanych w przepisie. W ocenie strony, skoro w myśl 62 ust, 4 ustawy o KAS spółka miała 14 dni od rozpoczęcia kontroli na złożenie stosownej deklaracji, to brak jest podstaw do ustalenia zobowiązania dodatkowego. W dalszej części skargi przywołała szereg orzeczeń polskich sądów administracyjnych, dotyczących miarkowania wysokości ustalonego zobowiązania podatkowego oraz wyrok TSUE z 15.04.2021 r. w sprawie C-935/19, w których odnoszono się do kwestii zgodności art. 112b ust. 2 ustawy o podatku od towarów i usług z prawem unijnym. Podsumowując Spółka stwierdziła, że nie było podstaw do ustalenia dodatkowego zobowiązania podatkowego a tym bardziej w wysokości 20%, bowiem wskazane w art. 112b ust 2b przesłanki nie miały zastosowania do skarżącej. W odpowiedzi na skargę, organ odwoławczy wniósł o jej oddalenie i podtrzymał stanowisko zawarte w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Olsztynie zważył, co następuje:
Skarga podlega oddaleniu. Na wstępie wskazać należy, że zadaniem sądu administracyjnego jest zbadanie prawidłowości zastosowania przez organy administracji przepisów obowiązującego prawa, zarówno prawa materialnego, jak też przepisów postępowania. Uwzględnienie skargi następuje w przypadku stwierdzenia przez sąd naruszenia przepisów prawa materialnego, jeżeli miało ono wpływ na wynik sprawy lub naruszenia przepisów prawa procesowego, jeżeli mogło ono mieć istotny wpływ na wynik sprawy, a także dające podstawę do wznowienia postępowania - art. 145 § 1 pkt 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. - Dz.U. z 2026 r., poz. 143, dalej: p.p.s.a.). Zgodnie natomiast z art. 134 § 1 p.p.s.a. Sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną, z zastrzeżeniem art. 57a (który to wyjątek nie ma w niniejszej sprawie zastosowania). Jak wynika z treści skargi, skarżąca zarzuca naruszenie art. 223 § 1 pkt 2 lit. a) O.p. w zw. z art. 191 O.p., art. 187 § 1 i art. 191 O.p. w zw. z art. 122 O.p. w. zw. z art. 94 ust. 1 pkt 2) ustawy o KAS, poprzez niewłaściwe zastosowanie, polegające na przekroczeniu przez organy podatkowe zasady swobodnej oceny dowodów w zakresie uznania, że:
a. złożona deklaracja pierwotna to korekta deklaracji w rozumieniu art. 83 ust 1 pkt 3) ustawy o KAS, b. doszło do zaniżenia zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług za wrzesień 2024 roku w sytuacji, gdy spółka nie miała w tym okresie zarządu i nie mogła podejmować bieżących działań w tym m.in. składać deklaracji, c. wystąpiły przesłanki faktyczne określone w art. 112b VAT uprawniające organ do ustalenia wysokości dodatkowego zobowiązania podatkowego w wysokości 20%.
Natomiast zasadniczy zarzut dotyczący naruszenia prawa materialnego odnosi się do naruszenia art. 83 ust 1 pkt 3 ustawy o KAS poprzez niewłaściwe jego zastosowanie, polegające na przyjęciu, iż zaistniały podstawy do przekształcenia kontroli w postępowanie podatkowe. W skardze Spółka wskazała, że zgodnie z ustalonym stanem faktycznym złożyła deklarację pierwotną wobec czego odpadła jedna z dwóch obligatoryjnych przesłanek w skazanych w przepisie. W ocenie pełnomocnika strony, skoro w myśl 62 ust, 4 ustawy o KAS spółka miała 14 dni od rozpoczęcia kontroli na złożenie stosownej deklaracji, to brak jest podstaw do ustalenia zobowiązania dodatkowego.
Odnosząc się do zasadniczych zarzutów podniesionych w skardze, w ocenie Sądu nie zasługują one na uwzględnienie.
W pierwszej kolejności należy wskazać, że zdaniem Sądu w kontrolowanej sprawie nie doszło do naruszenia przepisów prawa procesowego. W ocenie Sądu, organy podatkowe zgromadziły wystarczający materiał dowodowy, w sposób zgodny z wymogami zasady prawdy obiektywnej oraz dokonały jego analizy i oceny mieszczącej się w granicach zakreślonych w art. 191 Ordynacji podatkowej. Dokonana zaś przez organy ocena zgromadzonych dowodów w rozpoznanej sprawie nie nosi znamion dowolności. Organy obu instancji wszechstronnie rozważyły zebrany w sprawie materiał i wyprowadziły z niego logiczne wnioski, co znalazło wyraz w uzasadnieniach zaskarżonej decyzji i poprzedzającej ją decyzji organu I instancji, które w pełni odpowiadają wymogom art. 210 § 1 pkt 6 i § 4 Ordynacji podatkowej. Wbrew zarzutom skargi nie doszło do naruszenia przepisów postępowania dotyczących ustalenia faktów oraz związanych z tym naruszeniem zasady pogłębiania zaufania do organów podatkowych. W toku postępowania organy podatkowe podjęły wszelkie kroki niezbędne do dokładnego wyjaśnienia sprawy. Przypomnieć należy, że z akt kontrolowanej sprawy wynika, że skarżąca Spółka nie złożyła deklaracji VAT -7 za wrzesień 2024 r. oraz plików JPK zarówno po stronie nabyć jak i sprzedaży, podczas gdy przez cały miesiąc dokonywała zarówno nabyć towarów i usług jak i sprzedaży. Nie zadeklarowała dostaw towarów netto w wysokości 6.622.764 zł i podatku należnego (23 %) na łączną wartość 1.523.236 zł (2 transakcje), a także odpowiednio wartości nabyć towarów i usług w kwocie netto 239.539 zł i podatku do odliczenia w wysokości 55.094 zł (15 transakcji), generując tym samym zaległość podatkową o wartości, tj. 1.468.142 zł. Przede wszystkim nie zadeklarowała transakcji sprzedaży trzech działek budowlanych na rzecz E. Sp. z o.o., na kwotę brutto 8.118.000 zł (w tym wartość netto transakcji 6.600.000 zł oraz kwota podatku należnego VAT 1.518.000 zł). Tymczasem kontrahent Spółki ujął tę transakcję w swojej ewidencji podatkowej i rozliczył w złożonej deklaracji podatkowej podatek VAT, który pomniejszył jego zobowiązanie podatkowe.
W przedmiotowej sprawie bezsporne jest również to, że skarżąca Spółka nie tylko nie dokonała wpłaty podatku od towarów i usług w obowiązującym terminie, ale również tego nie uczyniła wraz ze złożeniem plików JPK_V7M część deklaracyjna i ewidencyjna za wrzesień 2024 roku. Co więcej nie uregulowała zaległości do dnia wydania zaskarżonej do Sądu decyzji.
Zasadniczy problem prawny wymagający rozstrzygnięcia dotyczy tego, czy w stanie faktycznym kontrolowanej sprawy wystąpiły przesłanki do przekształcenia kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe. Argumentacja skargi sprowadza się do twierdzenia, że w realiach tej sprawy było to niemożliwe. Zdaniem Sądu takie stanowisko jest nieuzasadnione.
Z materiału dowodowego wynika, że organ odwoławczy uznał, że Spółka składając deklarację VAT-7 za IX 2024 r. w terminie 14 dni od doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej, skorzystała z uprawnień wynikających z przepisów art. 62 ust. 4 ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej (Dz.U. z 2023 r., poz. 615 ze zm., dalej także jako: ustawa o KAS). Konsekwencją uznania za skutecznie złożoną w dniu 22.11.2024 r. deklarację VAT-7 za wrzesień 2024 r., zdaniem organu podatkowego prawidłowe było również przekształcenie, na podstawie art. 83 ust. 1 pkt 3 ustawy o KAS, kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe w zakresie ustalenia dodatkowego zobowiązania w podatku od towarów i usług za wrzesień 2024 r.
Zdaniem składu orzekającego w sprawie, przyjmując złożoną przez Spółkę deklarację, organy podatkowe dokonały prawidłowej interpretacji przepisów art. 62 ust. 4 i art. 83 ust. 1 pkt 3 ustawy o KAS. Mimo, że w stanie faktycznym rzeczywiście strona złożyła po wszczęciu kontroli celno-skarbowej (w terminie wynikającym z art. 62 ust. 4 ustawy o KAS) pierwszą (pierwotną) wersję rozliczenia za IX 2024 r. to zastosowanie wykładni systemowej i celowościowej uzasadnia stanowisko, iż w ten sam sposób winno się oceniać możliwość złożenia przez podatnika deklaracji pierwotnej, jak i korekty uprzednio złożonej deklaracji w trybie art. 62 ust. 4 ustawy o KAS. W tym spornym zakresie, argumentacja Spółki zawarta w uzasadnieniu skargi nie jest zasadna. Przede wszystkim należy wskazać, że zgodnie z art. 83 ust. 1 ustawy o KAS: "W przypadku stwierdzenia nieprawidłowości w zakresie, o którym mowa w art. 54 ust. 1 pkt 1, zakończona kontrola celno-skarbowa przekształca się w postępowanie podatkowe, jeżeli: 1) kontrolowany nie złożył deklaracji lub korekty deklaracji, o których mowa w art. 82 ust. 3, albo 2) organ nie uwzględnił złożonej deklaracji lub korekty deklaracji, o których mowa w art. 82 ust. 3, albo, 2a) kontrolowany złożył deklarację lub korektę deklaracji, o których mowa w art. 82 ust. 3, w których zgodził się w części z nieprawidłowościami stwierdzonymi w wyniku kontroli, i organ uwzględnił tę deklarację lub korektę deklaracji, albo 3) organ uwzględnił złożoną deklarację lub korektę deklaracji, o których mowa w art. 82 ust. 3, i istnieją przesłanki do ustalenia dodatkowego zobowiązania w podatku od towarów i usług lub do określenia kwoty podatku do zapłaty na podstawie art. 108 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług. Należy przy tym zaznaczyć, że art. 83 ust. 1 pkt 3 zmieniony został przez art. 1 pkt 3 lit. a tiret trzecie ustawy z dnia 24 czerwca 2025 r. o zmianie ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej oraz ustawy o podatku od towarów i usług (Dz.U. z 2025, poz. 894) zmieniającej m.in. ww. ustawę z dniem 1 października 2025 r. Wcześniejsze brzmienie tego przepisu było jednak identyczne: "organ uwzględnił złożoną deklarację lub korektę deklaracji, o których mowa w art. 82 ust. 3, i istnieją przesłanki do ustalenia dodatkowego zobowiązania w podatku od towarów i usług lub do określenia kwoty podatku do zapłaty na podstawie art. 108 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług". Podkreślić należy, że Sąd ocenia legalność działania organu w oparciu o przepisy obowiązujące przed wejściem w życie wspomnianej nowelizacji.
Jak już wcześniej wskazano, skarżąca nie złożyła deklaracji VAT-7 za wrzesień 2024 r. oraz plików JPK zarówno po stronie nabyć jak i sprzedaży, podczas gdy przez cały miesiąc dokonywała zarówno nabyć towarów i usług jak i sprzedaży. Nie zadeklarowała dostaw towarów netto w wysokości 6.622.764 zł i podatku należnego (23 %) na łączną wartość 1.523.236 zł (2 transakcje), a także odpowiednio wartości nabyć towarów i usług w kwocie netto 239.539 zł i podatku do odliczenia w wysokości 55.094 zł (15 transakcji), generując tym samym zaległość podatkową o wartości, tj. 1.468.142 zł. Tymczasem kontrahent Spółki ujął tę transakcję w swojej ewidencji podatkowej i rozliczył w złożonej deklaracji podatkowej podatek VAT, który pomniejszył jego zobowiązanie podatkowe. Spółka nie tylko nie dokonała wpłaty podatku od towarów i usług w obowiązującym terminie, ale również tego nie uczyniła wraz ze złożeniem plików JPK_V7M część deklaracyjna i ewidencyjna za wrzesień 2024 roku.
W świetle powyższego w ocenie Sądu w stanie faktycznym przedmiotowej sprawy Spółka składając deklarację VAT-7 za IX 2024 r. w terminie 14 dni od doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej, skorzystała z uprawnień wynikających z przepisów art. 62 ust. 4 ustawy o KAS. Konsekwencją uznania za skutecznie złożoną w dniu 22.11.2024 r. deklarację VAT-7 za wrzesień 2024 r., było również przekształcenie, na podstawie art. 83 ust. 1 pkt 3 ustawy o KAS, kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe w zakresie ustalenia dodatkowego zobowiązania w podatku od towarów i usług za wrzesień 2024 r. Organ prawidłowo zawiadomił w postanowieniu z 20.12.2024 r., znak: 378000- CKK4.4103.18.2024 o przekształceniu kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe. W treści przedmiotowego postanowienia organ podatkowy wskazał wprost, że chodzi o rozliczenie w zakresie VAT złożone w dniu 22.11.2024 r.
Zgodnie z art. 62 ust. 4, ust. 4b i ust. 4c ustawy o KAS: "W zakresie kontroli, o której mowa w art. 54 ust. 1 pkt 1, kontrolowanemu przysługuje w terminie 14 dni od dnia doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej uprawnienie do skorygowania deklaracji w zakresie objętym tą kontrolą. Korekta deklaracji złożona po upływie tego terminu, a przed zakończeniem kontroli celno-skarbowej nie wywołuje skutków prawnych. W przypadku gdy naczelnik urzędu celno-skarbowego uwzględnił złożoną przez kontrolowanego korektę deklaracji, kontrolowanemu doręcza się zawiadomienie o uwzględnieniu korekty deklaracji. Zawiadomienie o uwzględnieniu korekty deklaracji przesyła się do właściwego dla kontrolowanego naczelnika urzędu skarbowego. Doręczenie kontrolowanemu zawiadomienia o uwzględnieniu korekty deklaracji kończy kontrolę celno-skarbową. W tym przypadku przepisów art. 82 ust. 1-5 nie stosuje się."
W myśl natomiast art. 83 ust. 1 ustawy o KAS: "W przypadku stwierdzenia nieprawidłowości w zakresie, o którym mowa w art. 54 ust. 1 pkt 1, zakończona kontrola celno-skarbowa przekształca się w postępowanie podatkowe, jeżeli: 1) kontrolowany nie złożył korekty deklaracji, o której mowa w art. 82 ust. 3, albo 2) organ nie uwzględnił złożonej korekty deklaracji, albo 3) organ uwzględnił złożoną korektę deklaracji i istnieją przesłanki do ustalenia dodatkowego zobowiązania w podatku od towarów i usług lub istnieją przesłanki do określenia kwoty podatku do zapłaty na podstawie art. 108 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług". Należy podkreślić, że w stanie faktycznym kontrolowanej sprawy Spółka, w terminie 14 dni od doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej, złożyła 22.11.2024 r. do Naczelnika Urzędu Skarbowego K.1 deklarację VAT-7M za wrzesień 2024 r. zgodnie z art. 62 ust. 4 ustawy o KAS w której wykazała zobowiązanie w podatku od towarów i usług w wysokości 1.468.142,00 zł podlegające wpłacie do urzędu skarbowego. Jednak nie wpłaciła najpóźniej do dnia złożenia deklaracji, zobowiązania z niej wynikającego.
W ocenie Sądu organ podatkowy w oparciu o przepisy art. 83 ust. 1 pkt 3 ustawy o KAS, postanowieniem z 20.12.2024 roku prawidłowo przekształcił ww. kontrolę celno-skarbową w postępowanie podatkowe w zakresie ustalenia dodatkowego zobowiązania w podatku od towarów i usług za wrzesień 2024 r. i jednocześnie zawiadomił o uwzględnieniu deklaracji VAT-7 za IX 2024 r. złożonej 22.11.2024 r. Takie działanie organu zdaniem Sądu było zgodne z prawem. Również w piśmiennictwie naukowym dopuszcza się taką możliwość (por. Melezini Andrzej (red.), Teszner Krzysztof (red.), Ustawa o Krajowej Administracji Skarbowej. Komentarz).
Możliwość skorygowania deklaracji w pierwszych 14 dniach trwania kontroli celno-skarbowej skierowana jest - w praktyce - do tych podatników, którzy są świadomi dokonywanych naruszeń prawa. Korekta deklaracji złożona po upływie tego terminu, a przed zakończeniem kontroli celno-skarbowej, nie wywołuje skutków prawnych. Przy czym jest to zasada zupełnie odwrotna od zasady uregulowanej w art. 81b § 1 pkt 1 O.p., zawieszającej na czas trwania postępowania podatkowego lub kontroli podatkowej - w zakresie objętym tym postępowaniem lub kontrolą - uprawnienie do skorygowania deklaracji. Zasadą jest bowiem, że w toku postępowania kontrolnego wyłączona jest możliwość ingerencji podatnika w wysokość zobowiązania podatkowego poprzez składanie korekt. (por. Różycki Karol, Kontrola celno-skarbowa. Komentarz, wyd. II Opublikowano: LEX/el. 2019). Jedyny wyjątek w tym zakresie wynika z art. 62 ust. 4 ustawy o KAS.
Za przyjęciem wskazanego wyżej sposobu wykładni przepisów prawa przemawia prezentowana przez sądy administracyjne wykładnia celowościowa art. 81b § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej. Należy zauważyć, że zgodnie z art. 81b § 1, uprawnienie do skorygowania deklaracji: "1) ulega zawieszeniu na czas trwania postępowania podatkowego lub kontroli podatkowej - w zakresie objętym tym postępowaniem lub kontrolą".
W ugruntowanym orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego przyjmuje się, że chociaż przepis art. 81b § 1 pkt 1 O.p. dotyczy złożenia korekty, nie zaś samej deklaracji podatkowej, to jednak przyjąć należy, że skoro w toku postępowania/kontroli wyłączona jest możliwość ingerencji podatnika w wysokość zobowiązania podatkowego poprzez składanie korekt, to nie ma on również możliwości skutecznego złożenia samej deklaracji podatkowej w zakresie objętym kontrolą (por. szerzej: wyroki NSA: z 11.08.2016 r" sygn. akt II FSK 1967/143, z 29.01.2013 r., II FSK 1201/11; z 29.01.2013 r., II FSK 1177/11). Również w najnowszym orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego powyższe stanowisko jest dominujące. Przykładowo w wyroku NSA z 14.03.2025 r., I FSK 2272/21, podniesiono, że: "Jasna w tym względzie treść art. 81b § 1 pkt 1 O.p. jednoznacznie przesądza, iż zawieszenie prawa do złożenia korekty, odnosi się do deklaracji obejmujących zobowiązania podatkowe za okresy objęte postępowaniem lub kontrolą, niezależnie od treści składanej korekty". Wskazać w tym miejscu należy również, iż normowane przez art. 81 § 1 O.p. prawo korekty przysługuje podmiotowi prawa podatkowego (podatnikowi, płatnikowi, inkasentowi), o ile - in principio - odrębne przepisy nie stanowią inaczej. Przepisem odrębnym w tym rozumieniu jest przede wszystkim art. 81b § 1 pkt 1 O.p., który jednoznacznie wskazuje, iż generalne prawo do skorygowania złożonej deklaracji, stanowione przez art. 81 § 1 O.p., doznaje wyjątku w postaci zawieszenia tego prawa, na czas trwania postępowania podatkowego lub kontroli podatkowej - w zakresie objętym tym postępowaniem lub kontrolą.
W orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego trafnie wyjaśnia się (zob. wyrok NSA z 9 stycznia 2024 r., sygn. II FSK 489/21), iż zawieszenie prawa do korekty, o którym mowa w art. 81b § 1 pkt 1 O.p. dotyczy tylko deklaracji podatnika dotyczących podatków i okresów, które są u tego podatnika objęte postępowaniem lub kontrolą (tożsamość podmiotowa i przedmiotowa).
Podkreślić w tym miejscu należy, że ustawą z dnia 24 czerwca 2025 r. o zmianie ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej oraz ustawy o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2025 r. poz. 894), którą Sąd rozpoznający sprawę uwzględnia jako tło systemowe, zmieniono brzmienie m.in. art. 62, 82 i 83 ustawy o KAS. W szczególności przesądzono, że w kontroli z art. 54 ust. 1 pkt 1 kontrolowany ma prawo w terminie 14 dni od doręczenia upoważnienia złożyć deklarację lub korektę deklaracji w zakresie objętym kontrolą, zaś deklaracje i korekty złożone po upływie tego terminu, aż do zakończenia kontroli, nie wywołują skutków prawnych. Jednocześnie przewidziano analogiczny termin czternastodniowy po doręczeniu wyniku kontroli oraz doprecyzowano moment przekształcenia kontroli w postępowanie podatkowe. Przepisy przejściowe (art. 3 ustawy nowelizującej) przewidują stosowanie dotychczasowego brzmienia art. 62 i 82 jedynie w tych kontrolach, w których w dniu wejścia w życie nowelizacji nie upłynął jeszcze termin czternastodniowy przewidziany w tych przepisach. W przedmiotowej sprawie kontrolowanej przez Sąd termin ten upłynął 2024, a zatem znacznie wcześniej. Nowe regulacje nie reaktywują zatem zużytego terminu, ani nie nadają ze skutkiem wstecznym skutków deklaracjom złożonym po jego upływie. Zarówno kontrolowana decyzja jak również wcześniejsze postępowanie toczyło się w stanie prawnym przed wejściem w życie wspomnianej nowelizacji przepisów. W tym względzie Sąd podziela jednolite stanowisko interpretacyjne wyrażone przez NSA w wyrokach z 10 grudnia 2025 r. sygn. akt III FSK 590/25; sygn. akt III FSK 623/25; sygn. akt III FSK 665/25; sygn. akt III FSK 664/25; sygn. akt III FSK 627/25; sygn. akt III FSK 626/25.
Uwzględniając powyższe, w ocenie Sądu wbrew argumentacji zawartej w skardze, zgodne z prawem było działanie polegające na przekształceniu, postanowieniem z 20 grudnia 2024 r., kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe wyłącznie w zakresie ustalenia dodatkowego zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług za wrzesień 2024 r. W kontrolowanej sprawie druga kwestia sporna dotyczy zasadności ustalenia przez organ podatkowy dodatkowego zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług za IX 2024 r. oraz jego wysokości. W tym zakresie, w ocenie Sądu zebrany materiał dowodowy, wbrew zarzutom zawartym w skardze, potwierdza jednoznacznie, że w niniejszej sprawie wystąpiły przesłanki, o których mowa w cyt. przepisie art. 112b ust. 1 pkt 2 ustawy o VAT obligujące organ, w razie stwierdzenia, że podatnik nie złożył deklaracji podatkowej oraz nie wpłacił kwoty zobowiązania podatkowego, do ustalenia dodatkowego zobowiązania podatkowego w wysokości do 30% kwoty zaniżenia zobowiązania podatkowego, kwoty zawyżenia zwrotu różnicy podatku, zwrotu podatku naliczonego lub różnicy podatku do obniżenia podatku należnego za następne okresy rozliczeniowe. Zdaniem Sądu podzielić należy stanowisko organu odwoławczego, że okoliczność braku złożenia przez podatnika deklaracji podatkowej, o której mowa w art. 112b ust. 1 pkt 2 ustawy o VAT ocenia się na moment wszczęcia kontroli celno-skarbowej. Można to wywieść z treści z art. 112b ust. 3 pkt 1 ustawy o VAT, który obliguje do odstąpienia od ustalenia dodatkowego zobowiązania wyłącznie w sytuacji złożenia odpowiedniej korekty bądź deklaracji podatkową z wykazanymi kwotami podatku oraz wpłaty kwoty z nich wynikającej wraz z odsetkami za zwłokę przed dniem wszczęcia kontroli podatkowej lub kontroli celno-skarbowej. Pośrednio wynika to również z brzmienia art. 112b ust. 2 pkt 2 ustawy o VAT zgodnie z którym złożenie deklaracji podatkowej (pierwotnej) i wpłata zobowiązania podatkowego, po zakończeniu kontroli celno-skarbowej nie stanowi podstawy do odstąpienia od wymierzenia dodatkowego zobowiązania podatkowego, a jedynie do wymierzenia go w niższej wysokości. Zdaniem Sądu, w kontrolowanej sprawie nie wystąpiły przesłanki, o których mowa w art. 112b ust. 3 ustawy o podatku od towarów i usług, obligujące organ do odstąpienia od ustalanie sankcji w postaci dodatkowego zobowiązania. Oczywistym i bezspornym w przedmiotowej sprawie jest to, że Spółka nie złożyła deklaracji VAT-7 za wrzesień 2024 r. i nie zadeklarowała zobowiązania podatkowego przed wszczęciem kontroli celno-skarbowej. Powyższe skutkowało obowiązkiem ustalenia przez organ I instancji ustalenia dodatkowego zobowiązania podatkowego. Należy podkreślić, że z akt kontrolowanej sprawy wynika, że Spółka po odebraniu upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej 21.11.2024 r., złożyła w 14 dniowym terminie, tj. 22.11.2024 r. deklarację VAT-7 za IX 2024 r., którą organ uznał za skuteczną, lecz nie wpłaciła najpóźniej do dnia jej złożenia zobowiązania podatkowego z niej wynikającego, tym samym Spółka nie spełniła warunków wynikających z art. 112b ust. 2a ustawy o VAT uprawniających organ do zastosowania obniżonej do 15% stawki dodatkowego zobowiązania. W niniejszej sprawie nie wystąpiły również okoliczności wskazane w art. 112b ust. 2 ustawy o podatku od towarów i usług uprawniające do zastosowania obniżonej stawki 20% dodatkowego obowiązania podatkowego Skoro w przedmiotowej sprawie nie mają zastosowania przepisy szczególne tj. art. 112b ust. 2a i ust. 2 ustawy o VAT uprawniające organ do zastosowania obniżonej do 15% lub do 20 % stawki dodatkowego zobowiązania, to w ocenie Sądu organ podatkowy prawidłowo zastosował przepis ogólny dotyczący ustalania dodatkowego zobowiązania tj. art. 112b ust. 1 pkt 2, gdzie dodatkowe zobowiązanie podatkowe wynosi do 30% kwoty zaniżenia zobowiązania podatkowego od kwoty należnej.
Zwrócić należy uwagę, że w powyższych przepisach ustawodawca, wskazując na wysokość sankcji, posługuje się zwrotem "do". Oznacza to, że w aktualnym stanie prawnym dodatkowa sankcja w VAT nie ma charakteru sztywnego. Taki stan rzeczy obowiązuje od 6 czerwca 2023 roku. Powyższa zmiana została podyktowana treścią wyroku TSUE z 15 kwietnia 2021 roku (C-935/19, Grupa Warzywna sp. z o.o. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej we Wrocławiu), który zakwestionował sztywny mechanizm sankcji bez możliwości różnicowania jej wysokości w zależności od okoliczności związanych z jej powstaniem. Obowiązujące uprzednio przepisy polskiej ustawy TSUE określił jako naruszające unijną zasadę proporcjonalności podatku VAT.
W związku z powyższym do art. 112b ustawy o VAT dodano ust. 2b, zgodnie z którym ustalając dodatkowe zobowiązanie podatkowe, o którym mowa w ust. 1-2a, naczelnik urzędu skarbowego lub naczelnik urzędu celno-skarbowego bierze pod uwagę:
- okoliczności powstania nieprawidłowości;
- rodzaj i stopień naruszenia ciążącego na podatniku obowiązku, które skutkowało powstaniem nieprawidłowości;
- rodzaj, stopień i częstotliwość stwierdzanych dotychczas nieprawidłowości dotyczących nieprzedawnionych zobowiązań w podatku;
- kwotę stwierdzonych nieprawidłowości, w tym kwotę zaniżenia zobowiązania podatkowego, kwotę zawyżenia zwrotu różnicy podatku, zwrotu podatku naliczonego lub różnicy podatku do obniżenia podatku należnego za następne okresy rozliczeniowe;
- działania podjęte przez podatnika po stwierdzeniu nieprawidłowości w celu usunięcia skutków nieprawidłowości.
W rezultacie, w obecnym stanie prawnym organ podatkowy przy wymiarze dodatkowej sankcji w podatku VAT organ podatkowy ma obowiązek uwzględnić okoliczności wskazane w ustawie o VAT, które mają wpływać na miarkowanie wysokości sankcji w zależności od stanu faktycznego danej sprawy. Ponadto organ podatkowy, ustalając wysokość dodatkowej sankcji w VAT, powinien uzasadnić, jakie przesłanki wziął pod uwagę, ustalając taką, a nie inną wysokość dodatkowego zobowiązania.
Organ stosując przepisy normujące dodatkowe zobowiązanie podatkowe musi zatem dokonać analizy proporcjonalności zastosowania sankcji VAT w kontekście stwierdzonych nieprawidłowości. Ocena proporcjonalności winna uwzględniać stopień zawinienia podatnika, który wykazał w deklaracji podatkowej błędne wartości, przez co zaniżył kwotę podatku należnego. W szczególności, ocena ta musi być dokonywana w oparciu o ustalenie, czy zaniżenie to było celowym działaniem podatnika zorientowanym na uszczuplenie należności podatkowych, czy też nie (lecz miało charakter błędu), a także, czy do takiego uszczuplenia należności podatkowych rzeczywiście doszło. Innymi słowy organ nie może pomijać oceny charakteru i wagi dokonanych przez podatnika naruszeń, a następnie winien przedstawić argumenty, które by wskazywały na zindywidualizowanie zastosowanej sankcji w celu zapewnienia, aby nie wykraczała ona poza to, co jest niezbędne do realizacji celów polegających na zapewnieniu prawidłowego poboru VAT i zapobieganiu oszustwom podatkowym.
W orzecznictwie TSUE wskazuje się, że na podstawie przepisów przyjmowanych w celu realizacji kompetencji wynikającej z art. 273 dyrektywy VAT w szczególności państwa członkowskie są odpowiedzialne za kontrolę deklaracji podatkowych podatników, ich rachunkowości i innych właściwych dokumentów oraz za obliczanie i pobieranie należnego podatku (zob. wyroki TSUE: z 17 lipca 2008r., Komisja Wspólnot Europejskich przeciwko Republice Włoskiej, C-132/06, EU:C:2008:412, pkt 37; z 29 lipca 2010r., Dyrektor Izby Skarbowej w Białymstoku przeciwko Profaktor Kulesza, Frankowski, Jóźwiak, Orłowski sp.j., C-188/09, EU:C:2010:454, pkt 21, i z 12 maja 2011 r., Enel Maritsa Iztok 3 AD przeciwko Direktor «Obzhalvane i upravlenie na izpalnenieto» NAP, C-107/10, EU:C:2011:298, pkt 52). Wobec braku harmonizacji przepisów Unii w dziedzinie sankcji z tytułu niedochowania warunków przewidzianych w ramach systemu VAT, państwa członkowskie mają kompetencję do dokonania wyboru sankcji, które uznają za odpowiednie. Muszą one jednak wykonywać swoje kompetencje z poszanowaniem prawa Unii i jego zasad ogólnych. Należy również przypomnieć, że przy dokonywaniu wyboru sankcji państwa członkowskie są zobowiązane do przestrzegania zasady efektywności, która wymaga ustanowienia sankcji skutecznych i odstraszających w celu zwalczania naruszeń zharmonizowanych zasad w dziedzinie VAT oraz ochrony interesów finansowych Unii (zob. wyrok TSUE z 2 maja 2018r" Scialdone; C-574/15, EU:C:2018:295, pkt 28 i 33). Jednocześnie nałożenie sankcji w konkretnym wypadku podlega ocenie, czy sankcja jest zgodna z zasadą proporcjonalności, a w tym zakresie należy uwzględnić w szczególności charakter i wagę naruszenia, którego ukaraniu sankcja ta służy, oraz sposób ustalania jej kwoty (zob. wyrok TSUE z 26 kwietnia 2017r., Tibor Farkas przeciwko Nemzeti Adó-es Vamhivatal Del-alfódi Regionalis Adó Fóigazgatósaga, C- 564/15, EU:C:2017:302, pkt 60 i przytoczone tam orzecznictwo). Nadto należy wziąć pod uwagę czy naruszenia zarzucane podatnikowi są konsekwencją błędu w stosowaniu mechanizmu VAT czy też działania intencjonalnego. Należy też brać pod uwagę, aby sposób ustalania sankcji, dawał organom podatkowym możliwość zindywidualizowania nałożonej sankcji w celu zapewnienia, by nie wykraczała ona poza to, co jest niezbędne do realizacji celów polegających na zapewnieniu prawidłowego poboru podatku i zapobieganiu oszustwom podatkowym (zob. wyrok TSUE z 5 kwietnia 2021 r., Grupa Warzywna sp. z o.o. przeciwko Dyrektorowi Izby Administracji Skarbowej we Wrocławiu, C-935/19, EU:C:2021:287, pkt 35).
W ocenie Sądu w kontrolowanej sprawie organ podatkowy ustalił dodatkowe zobowiązanie podatkowe w VAT zgodnie z prawem oraz uwzględniając przywołane dyrektywy interpretacyjne. Dyrektor w uzasadnieniu kontrolowanej decyzji w tym zakresie w sposób należyty i obszerny omówił przesłanki, jakimi się kierował i ocenił w szczególności okoliczności powstania nieprawidłowości, rodzaj i stopień naruszenia ciążącego na podatniku obowiązku, które skutkowało powstaniem nieprawidłowości, rodzaj, stopień nieprawidłowości. Rozważania organu zawarte w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji zostały przedstawione w sposób jasny i wyczerpujący, z odwołaniem się do adekwatnego orzecznictwa TSUE.
W tym zakresie nie podzielił Sąd zarzutów skarżącej Spółki sprowadzających się do tego, że ustalenie dodatkowego zobowiązania podatkowego w ogóle nie powinno nastąpić.
Zdaniem Sądu niezasadna jest argumentacja pełnomocnika skarżącej Spółki sprowadzająca się do twierdzenia, że skoro nieprawidłowości powstały w okresie kiedy spółka pełniąca funkcję komplementariusza przez pewien czas nie posiadała zarządu to jest to uzasadnienie do odstąpienia od ustalenia przez organ dodatkowego zobowiązania podatkowego.
W ocenie Sądu podkreślić należy, że w kontrolowanej sprawie wyjaśnienia Spółki, dotyczące odwołania prezesa zarządu - jedynego komplementariusza - O. Sp. z o.o. - J. S. , umocowanego do reprezentacji ze względów zdrowotnych, niepoparte zostały jakimikolwiek dowodami potwierdzającymi stan zdrowia uniemożliwiający faktyczne zarządzanie Spółką oraz niemożność złożenia deklaracji w tym czasie.
Tym bardziej, że we wskazanym okresie jak wynika z akt kontrolowanej sprawy J. S. był równocześnie prezesem i jedyną osobą umocowaną do reprezentacji co najmniej trzech innych Spółek. Jak wynika z ustaleń organu podatkowego - problemy ze zdrowiem wyżej wymienionego nie przeszkodziły w złożeniu przez te Spółki, deklaracji VAT 7 za m-ce: IX i X 2024 r. w ustawowym terminie. Jednocześnie wskazać należy, że pomimo podjęcia 1.10.2024 r. uchwały o odwołaniu J. S. z funkcji prezesa zarządu O. Sp. z o.o. — komplementariusza Spółki, nie przeszkodziło to Spółce uregulowania w miesiącu październiku 2024 roku zobowiązań cywilnoprawnych chociażby z tytułu usług księgowych, ale także dokonania: - w dniu 11.10.2024 r. przelewu 37.560,51 zł, dla J. S., za usługi doradcze, nr faktury [...] z 30.09.2024 r. w wysokości 37.560,51 zł, - w dniu 21.10.2024 r. - przelewu 30.627 zł, dla K.G. za usługi przy transakcji sprzedaży gruntu przy ul. O. tytułem faktury [...] z 18.09.2024 r. w wysokości 30.627 zł.
Jak szczegółowo opisał organ odwoławczy w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji w miesiącu październiku 2024 r. wystąpiła również sprzedaż oraz zakupy (9 transakcji), w tym od J.S.(...) i z tytułu tych transakcji wystawione zostały faktury przez Spółkę lub na jej rzecz.
Zdaniem Sądu, oczywistym jest, że skarżąca Spółka mając na uwadze zbliżające się terminy do złożenia deklaracji oraz świadomość dokonywania w tym czasie dużych transakcji zbycia nieruchomości rodzących konieczność zadeklarowania i wpłaty dużych zobowiązań podatkowych VAT, winna w momencie odwołania prezesa jedynego komplementariusza podjąć racjonalne działania, które doprowadziłyby do terminowego złożenia deklaracji za IX 2024 r., zmierzające do powołania nowego zarządu chociażby w celu spełnienia ww. obowiązków podatkowych. Podkreślić należy, że obowiązkiem wspólników jest powołanie nowego członka zarządu niezwłocznie, kiedy innemu członkowi wygasł mandat lub z innej przyczyny nie może on już pełnić swojej funkcji (np. zmarł). W takiej sytuacji odpowiedzialność za brak działających organów w spółce spada na wspólników. Należy podkreślić, że nawet Spółka z o.o. bez zarządu (nieobsadzony zarząd) nadal funkcjonuje jako podmiot prawa i ma obowiązek składania deklaracji podatkowych oraz płacenia podatków. Brak zarządu nie zwalnia Spółki z tych obowiązków. Niezłożenie zaś deklaracji podatkowej (np. CIT-8, VAT-7) w terminie przez spółkę bez zarządu skutkuje konsekwencjami. Aby uniknąć surowych konsekwencji podatkowych, w sytuacji braku zarządu, wspólnicy powinni jak najszybciej powołać nowy zarząd lub zgłosić do sądu wniosek o ustanowienie kuratora, który będzie mógł podpisać i złożyć deklaracje podatkowe.
Po analizie akt sprawy i przeprowadzeniu merytorycznej kontroli przedmiotowej decyzji wraz z jej uzasadnieniem, zdaniem Sądu, ustalone w toku kontroli okoliczności wskazujące na naruszenia przez kontrolowaną Spółkę ustawowego obowiązku rzetelnego i terminowego składania deklaracji dla podatku VAT oraz regulowania zobowiązań z nich wynikających, które w rezultacie doprowadziły do zaniżenia zobowiązania podatkowego za IX 2024 r. o kwotę 1.468.142 zł uprawniały organ do ustalenia dodatkowego zobowiązania za badany okres na podstawie art. 112 b ust. 1 pkt 2 ustawy o podatku VA Zdaniem Sądu, organ podatkowy ustalając wysokość sankcji wziął pod uwagę wszystkie dyrektywy wymiaru dodatkowego zobowiązania podatkowego wskazane w art. 112b ust. 2b ustawy o VAT oraz przedstawił argumenty którymi kierował się ustalając sankcję w wysokości 20 % niewykazanego zobowiązania podatkowego podlegającego wpłacie, tym samym ustalona w tej wysokości sankcja nie narusza zasady proporcjonalności.
W szczególności organ w uzasadnieniu kontrolowanej decyzji szczegółowo opisał okoliczności powstania nieprawidłowości, wskazując, że bezsporne w sprawie jest to, że Spółka nie dopełniła podstawowych obowiązków podatkowych nałożonych przez ustawodawcę przepisami art. 99 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług. Bez względu na wskazane przez Spółkę wyjaśnienia zawarte w piśmie z 28.03.2025 r. oraz wyjaśnienia S. U. , prowadzącego księgi rachunkowe podatnika, za wrzesień 2024 roku, skarżąca Spółka, co jest bezsporne, nie przesłała w ustawowym terminie pliku JPK_V7M część deklaracyjna i ewidencyjna. W wyniku tego nie wykazała kwoty zobowiązania podatkowego, do wpłacenia którego również była zobowiązana w tym samym terminie. Organy uwzględniły również, że Spółka znaczą część posiadanych środków w wysokości 4.865.873,98 zł rozdysponowała na spłatę pożyczek na kwotę 170.000 zł oraz udzieliła pożyczek na rzecz podmiotów powiązanych na łączną kwotę 4.695.873,98 zł, generując zaległości podatkowe. Spółka nie dokonała również wpłat należnego podatku od towarów i usług za kolejne okresy rozliczeniowe, tj. za styczeń 2025 roku w wysokości 12.196 zł, za VI 2025 r. w wysokości 2.185 zł oraz z tyt. podatku dochodowego od osób prawnych (CIT-8) za 2024 r. w kwocie 184.355 zł, generując kolejne zaległości podatkowe. Jak wynika z akt kontrolowanej sprawy wobec Spółki prowadzone są również postępowania egzekucyjne
Godzi się zauważyć, że w kwestii przesłanki dotyczącej rodzaju i stopnia naruszenia ciążącego na podatniku obowiązku, które skutkowało powstaniem nieprawidłowości organ podatkowy ustalił, że Spółka O. w efekcie nie złożenia pliku JPK V7M część ewidencyjna i deklaracyjna za wrzesień 2024 roku, nie wykazała żadnych nabyć i dostaw. Nie zadeklarowała dostaw towarów netto w wysokości 6.622.764 zł i podatku należnego (23 %) na łączną wartość 1.523.236 zł (2 transakcje), a także odpowiednio wartości nabyć towarów i usług w kwocie netto 239.539 zł i podatku do odliczenia w wysokości 55.094 zł (15 transakcji), generując tym samym zaległość podatkową o znacznej wartości, tj. 1.468.142 zł. Przede wszystkim nie zadeklarowała transakcji sprzedaży trzech działek budowlanych (oznaczonych w Księdze Wieczystej nr [...] jako "BP - zurbanizowanego tereny niezabudowane") na rzecz E. Sp. z o.o., NIP [...] (wg aktu notarialnego Repertorium A Nr [...] z 13.09.2024 r.), na kwotę brutto 8.118.000 zł (w tym wartość netto transakcji 6.600.000 zł oraz kwota podatku należnego VAT 1.518.000 zł). Tymczasem kontrahent Spółki O. ujął tę transakcję w swojej ewidencji podatkowej i rozliczył w złożonej deklaracji podatkowej podatek VAT, który pomniejszył jego zobowiązanie podatkowe (nie dot. transakcji dostawy miejsca postojowego na rzecz osoby fizycznej). W świetle przedstawionych okoliczności faktycznych, które są bezsporne - wskazać należy, że Spółka dopuściła się poważnego stopnia naruszenia w tym zakresie. Nie wykazanie wymienionych transakcji nie wynikało z błędów, lecz było wynikiem świadomego działania Spółki, podczas gdy korzystała ona z usług księgowego opłacanego w tym okresie. W sporządzonych plikach JPK_V7M wskazany jest mail: [...], co wskazuje, że pliki te zostały sporządzone przez księgowego S. U. Istotne w sprawie jest również to, że Spółka O., nie tylko nie dokonała wpłaty podatku od towarów i usług w obowiązującym terminie, ale również tego nie uczyniła wraz ze złożeniem plików JPK_V7M część deklaracyjna i ewidencyjna za wrzesień 2024 roku. Co więcej nie uregulowała zaległości do dnia wydania niniejszej decyzji.
Odnośnie przesłanki dotyczącej rodzaju, stopnia i częstotliwości stwierdzanych dotychczas nieprawidłowości dotyczących nieprzedawnionych zobowiązań w podatku, na podstawie informacji zawartych w systemach informatycznych na przestrzeni od grudnia 2022 roku do sierpnia 2024 roku ustalono, że Spółka O. S.k. dwukrotne nieterminowo przesłała pliki JPK_V7M część ewidencyjna i deklaracyjna (dot. okresów rozliczeniowych: września 2024 roku — okres objęty kontrolą - deklaracja złożona 22.11.2024 r. i październik 2024 roku - deklaracja złożona 17.12.2024 r.). Deklaracje za pozostałe okresy rozliczeniowe składane były przez Spółkę w obowiązującym terminie.
Organ ustalając wysokość sankcji wziął również pod uwagę okoliczność, że Spółka O. S.k. jak już podkreślono wyżej, po złożeniu deklaracji (JPK_VAT) za kontrolowany okres, tj. wrzesień 2024 roku, nie dokonała wpłaty, ale także nie uczyniła tego za styczeń 2025 roku generując kolejne zaległości podatkowe. Według danych zawartych w systemie Ministerstwa Finansów, w kwietniu 2025 r. na karcie kontowej Spółki O. S.K. widnieje saldo w podatku od towarów i usług w wysokości (-) 1.434.920,15 zł (tj. suma zaległości (-) 1.429.182,20 zł, w tym za wrzesień 2024 roku (-) 1.422.724,15 zł i styczeń 2025 roku (-) 12.196 zł) (vide: wydruk Podatnik360 k. nr 50-57). Spółka posiada również zaległości podatkowe z tyt. podatku dochodowego od osób prawnych (CIT-8) za 2024 r. w kwocie 184.355 zł. Z systemu POLTAX 2BPIus wynika, że posiada również zaległości w podatku VAT za VI 2025 r. w wysokości 2.185 zł.
Nadto ustalono, że wobec Spółki O. S.k. prowadzone są liczne postępowania egzekucyjne. Odnotowano dwa tytuły wykonawcze wystawione przez Naczelnika Urzędu Skarbowego K.1. o nr [...] (dot. podatek VAT za wrzesień 2024 roku), [...] (dot. podatku VAT za styczeń 2025 roku), oraz [...] (dot. podatku CIT-8 za 2024 rok) i [...] (dot. odsetek od nieuregulowanej zaliczki na podatek).
Odnośnie przesłanki dotyczącej działań podjętych przez podatnika po stwierdzeniu nieprawidłowości w celu usunięcia skutków nieprawidłowości, Spółka O. po wszczęciu kontroli celno-skarbowej, tj. 22.11.2024 r. złożyła deklarację za wrzesień 2024 roku (pliki JPK_ V7M część ewidencyjna i deklaracyjna), która uznana została przez organ za prawidłową. Niemniej jednak, na podstawie karty kontowej podatku VAT Spółki O. (danych wewnętrznego systemu MF) organ ustalił, że zobowiązanie w podatku VAT za wrzesień 2024 roku uregulowała jedynie w stosunkowo niewielkiej kwocie, tj. 45.417,85 zł wraz z odsetkami w wysokości 1.434,62 zł, w następujących terminach: 13.01.2025 r. - przeksięgowanie z VAT za czerwiec 2024 roku - 9 zł, 10.02.2025 r. przeksięgowanie z VAT 10.2025 r. - 32.445,75 zł (oraz na odsetki 1.024,72 zł), 5.03.2025 r. przeksięgowanie z VAT za sierpień 2024 roku - 457 zł, 25.03.2025 r. - przeksięgowanie z VAT za listopad 2024 roku - 12.506,10 zł (oraz odsetki 409,90 zł). Do zapłaty zatem pozostaje kwota należności głównej w wysokości 1.422.724,15 zł (1.468.142 zł-45.417,85 zł), przy czym Spółka O. wygenerowała kolejne zaległości podatkowe, w tym w podatku dochodowym od osób prawnych o czym wspomniano wyżej.
Z ustaleń organu wynika ponadto, że skarżąca Spółka dysponowała środkami na uiszczenie zobowiązań podatkowych za miesiąc wrzesień 2025 roku, a środki te mimo to rozdysponowała na inne cele, w tym na udzielenie pożyczek podmiotom z nią powiązanym generując zaległości podatkowe.
Podsumowując tą część uzasadnienia w ocenie Sądu, mając na uwadze charakter i wagę naruszenia (brak wypełniania podstawowych ustawowych obowiązków podatkowych - deklarowania i regulowania zobowiązań podatkowych za dwa kolejne m-ce 2024 r.), które doprowadziło do zaniżenia zobowiązania podatkowego w kontrolowanym okresie o znaczną kwotę 1.468.142 zł, wskazane wyżej okoliczności (co najmniej zaniedbania w dokonywaniu rozliczeń podatku VAT, brak podejmowania racjonalnych działań, które doprowadziłyby do terminowego złożenia deklaracji oraz uregulowania należności podatkowych) i oceniając je w kontekście art. 112 b ustawy o VAT z uwzględnieniem orzecznictwa zarówno TSUE, jak i polskich sądów administracyjnych, należy przyjąć, że organ prawidłowo, zgodnie z zasadą proporcjonalności, dokonał wymiaru stawki przyjętej do ustalenia dodatkowego zobowiązania w wysokości 20 % kwoty zaniżenia zobowiązania podatkowego. W kontrolowanej sprawie wszechstronnie zbadano charakter i wagę naruszenia ciążącego na skarżącej Spółce, a sposób ustalenia sankcji pozwala na zapewnienie, że nie wykracza ona poza to, co jest niezbędne do osiągnięcia celów polegających na zapewnieniu prawidłowego poboru podatku.
Uwzględniając powyższe Sąd uznał, że organ nie naruszył przy tym przepisów art. 167, art. 168 lit. a), art. 178 lit. a), art. 220 pkt 1 i art. 226 Dyrektywy Rady 2006/112/WE z dnia 28 listopada 2006 r., tym bardziej, że w przedmiotowej sprawie nie można mówić o braku skutku represyjnego, w sytuacji gdy doszło do znacznego uszczuplenia wpływów Skarbu Państwa.
W świetle powyższych wywodów, Sąd za bezzasadny uznał zarzut skargi w zakresie naruszenia przepisów prawa materialnego, o którym mowa w art. 112b ust. 1 pkt 2 w zw. z art 112b ust. 2b ustawy o podatku od towarów i usług oraz art. 91 ust. 3 Konstytucji RP. Za bezpodstawny Sąd uznał również zarzut naruszenia art. 2a Ordynacji podatkowej (zasady in dubio pro tributario) poprzez rozstrzygnięcie wszystkich niedających się usunąć wątpliwości na niekorzyść podatnika. Należy podkreślić, że w rozpoznawanej sprawie nie zaistniały takie wątpliwości, których nie dałoby się usunąć w drodze wykładni. Powyższa zasada, nie odnosi się natomiast do sytuacji, w której organ dokonuje wykładni przepisu ustalając sposób jego rozumienia, ale wynik tego procesu nie jest korzystny dla strony skarżącej. Nie stwierdzając zatem, aby organy naruszyły prawo materialne, bądź procedurę podatkową w stopniu uzasadniającym uchylenie zaskarżonej decyzji, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Olsztynie, na podstawie art. 151 p.p.s.a., orzekł jak w sentencji wyroku. Przywoływane w niniejszym uzasadnieniu orzeczenie sądów administracyjnych są dostępne w Centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych na stronie: http://orzeczenia.nsa.gov.pl.
-----------------------
#/18