I SA/Kr 630/24

I SA/Kr 630/24 - Wyrok WSA w Krakowie
Data orzeczenia
2024-10-22
orzeczenie prawomocne
Data wpływu
2024-08-07
Sąd
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie
Sędziowie
Inga Gołowska /przewodniczący/
Michał Niedźwiedź
Paweł Dąbek /sprawozdawca/
Symbol z opisem
6115 Podatki od nieruchomości, w tym podatek rolny, podatek leśny oraz łączne zobowiązanie pieniężne
Hasła tematyczne
Inne
Skarżony organ
Samorządowe Kolegium Odwoławcze
Treść wyniku
uchylono zaskarżone postanowienie i poprzedzające je postanowienie
Powołane przepisy
Dz.U. 2024 poz 935
art. 145 par. 1 pkt 1 lit. a i c
Ustawa z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t. j.)
Dz.U. 2023 poz 2383
art. 79 par. 2, art. 80, art. 165a
Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t. j.)
Sentencja
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie w składzie następującym: Przewodniczący: Sędzia WSA Inga Gołowska Sędziowie: WSA Paweł Dąbek (spr.) WSA Michał Niedźwiedź po rozpoznaniu na posiedzeniu niejawnym (w trybie uproszczonym) w dniu 22 października 2024 r. sprawy ze skargi A. w W. na postanowienie Samorządowego Kolegium Odwoławczego w Krakowie z dnia 13 maja 2024 r. nr SKO.Pod./4140/475/2024 w przedmiocie odmowy wszczęcia postępowania w sprawie zwrotu nadpłaty w podatku od nieruchomości za 2012 r. I. uchyla zaskarżone postanowienie oraz poprzedzające je postanowienie Prezydenta Miasta Krakowa z dnia 22 stycznia 2014 r., znak PD-01-4.3120.2.1.2024.KJ, II. zasądza od Samorządowego Kolegium Odwoławczego w Krakowie na rzecz A. w W. kwotę 997 (słownie: dziewięćset dziewięćdziesiąt siedem) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania.
Uzasadnienie
Postanowieniem z 13 maja 2024 r. znak: SKO.Pod./4140/475/2024 Samorządowe Kolegium Odwoławcze w Krakowie (dalej: Kolegium), utrzymało w mocy postanowienie Prezydenta Miasta Krakowa (dalej: Prezydent) z 22 stycznia 2024 r. znak: PD-01-4.3120.2.1.2024.KJ w przedmiocie odmowy wszczęcia postępowania w sprawie zwrotu nadpłaty za rok 2012 na wniosek A., Oddział Regionalny w K. (dalej: A.).
Postanowienia te wydane zostały w następującym stanie faktycznym i prawnym.
A. 13 grudnia 2023 r. (data wpływu) złożyła wniosek o zwrot nadpłaty w podatku od nieruchomości za 2012 r., który uzasadniono umorzeniem postępowania podatkowego w przedmiocie tego podatku. Postępowanie to zostało wszczęte z urzędu, zaś jego przedmiotem było określenie wysokości zobowiązania podatkowego, gdyż zdaniem Prezydenta doszło do jego zaniżenia w deklaracji podatkowej. W trakcie toczącego się postępowania, Prezydent decyzją z 27 stycznia 2015 r. określił A. wysokość zobowiązania podatkowego w podatku od nieruchomości za 2012 r. w kwocie 778.809 zł. Z uzasadnienia tej decyzji wynikało, że A. zaniżyła należny podatek o kwotę 492.893 zł. Decyzja ta została utrzymana w mocy decyzją Kolegium z 26 czerwca 2015 r., zaś skarga A. oddalona wyrokiem Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie z 30 listopada 2015 r., sygn. akt I SA/Kr 1455/15. Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z 8 marca 2018 r., sygn. akt II FSK 906/16, oddalił skargę kasacyjną. Po wznowieniu postępowania sądowoadministracyjnego, Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z 22 lutego 2022 r., sygn. akt III FSK 4055/21 uchylił w całości wyżej opisane wyroki: NSA z 8 marca 2018 r. oraz WSA w Krakowie z 30 listopada 2015 r. oraz uchylił decyzję Kolegium z 26 czerwca 2015 r.
Rozpatrując sprawę ponownie, Kolegium decyzją z 30 sierpnia 2023 r., uchyliło w całości decyzję Prezydenta z 27 stycznia 2015 r. i przekazało sprawę do ponownego rozpatrzenia przez ten organ. Ponownie rozpatrując sprawę Prezydent decyzją z 15 listopada 2023 r., umorzył postępowanie jako bezprzedmiotowe. W jego ocenie doszło bowiem do przedawnienia zobowiązania podatkowego.
Rozpatrując wniosek o zwrot nadpłaty, Prezydent postanowieniem z 22 stycznia 2024 r., odmówił wszczęcia postępowania. Postanowienie to zostało utrzymane w mocy opisanym na wstępie postanowieniem Kolegium z 13 maja 2024r. W motywach swojego rozstrzygnięcia Kolegium, powielając (przez w istocie dosłowne powtórzenie) stanowisko Prezydenta zawarte w piśmie z 20 lutego 2024 r., stanowiące ustosunkowanie się do zarzutów odwołania, wskazało, że w sprawie przeszkoda do wszczęcia postępowania wynika z art. 79 § 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz.U. z 2023 r. poz. 2383 ze zm. – dalej: O.p.). W dacie złożenia wniosku zobowiązanie podatkowe uległo już bowiem przedawnieniu. W takim zaś przypadku zastosowanie powinien znaleźć art. 165a § 1 O.p.
A. w złożonej skardze zarzuciła zaskarżonemu postanowieniu naruszenie:
I. prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy, tj.:
1/ art. 77 § 1 pkt 3 O.p. poprzez jego błędną wykładnię i w rezultacie jego niezastosowanie poprzez przyjęcie, że Prezydent nie był zobowiązany na podstawie ww. przepisu do zwrotu nadpłaty podatku "z urzędu",
2/ art. 80 § 1 O.p. w zw. z art. 79 § 2 O.p. poprzez jego błędną wykładnię a w rezultacie jego niezastosowanie polegające na przyjęciu, że prawo A. do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty oraz wniosku o zwrot nadpłaty wygasło po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, w sytuacji gdy wobec wznowienia postępowania o wysokość zobowiązania podatkowego, nastąpiła kontynuacja procesowa sprawy i dopiero decyzja Prezydenta z 15 listopada 2023 r., stanowi zdarzenie, od którego należy liczyć termin przedawnienia prawa do zwrotu nadpłaty na podstawie art. 80 § 1 O.p., co w rezultacie spowodowało błędne przyjęcie, że w sprawie upłynął termin przedawnienia prawa do zwrotu nadpłaty;
3/ art. 79 § 2 w związku z art. 77 § 1 pkt 3 O.p. przez jego błędną wykładnię i w rezultacie jego niewłaściwe zastosowanie przejawiające się uznaniem, że prawo A. do zwrotu podatku wygasło wskutek przedawnienia, podczas gdy w sprawie nie znajdował w ogóle zastosowania art. 79 O.p., ponieważ obowiązek zwrotu nadpłaty podatku ciąży na organie z mocy samego prawa na podstawie art. 77 § 1 pkt 3 O.p.;
4/ art. 70 § 6 pkt 2 O.p. w związku z art. 245 § 1 pkt 3 lit. b) O.p. poprzez ich błędną wykładnię a w rezultacie niewłaściwe zastosowanie dotyczące braku wpływu wznowienia postępowania dotyczącego zobowiązania podatkowego na bieg przedawnienia prawa do zwrotu nadpłaty, w sytuacji gdy przedmiotem sporu nie jest wysokość podatku, a bieg terminu do otrzymania zwrotu nadpłaty powstaje w innym terminie niż termin obowiązku zapłaty podatku od nieruchomości w wysokości określonej decyzją, bowiem wymagalność zobowiązania podatkowego i prawa do nadpłaty powstaje w innym terminie;
II. przepisów postępowania, które miały istotny wpływ na wynik sprawy:
1/ art. 217 § 2 O.p. w zw. z art. 210 § 4 O.p. w zw. z art. 124 O.p. poprzez nienależyte wyjaśnienie podstawy faktycznej i prawnej rozstrzygnięcia w kwestii terminu, od którego należy liczyć 5 lat na zwrot nadpłaty, co miało wpływ na wynik sprawy, gdyż - z jednej strony - uniemożliwia w tym zakresie sformułowanie merytorycznych zarzutów, z drugiej zaś - wskazuje na niedostateczne wyjaśnienie zastosowanej normy prawnej;
2/ art. 125 § 1 i § 2 O.p. w zw. z art. 121 § 1 O.p. poprzez brak działania organów podatkowych wnikliwie i szybko, w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych, w szczególności poprzez odmowę wszczęcia postępowania w sprawie zwrotu nadpłaty w sytuacji, gdy nadpłata ta winna być zwrócona z urzędu bez zbędnej zwłoki, jako czynność materialno-techniczna.
W oparciu o tak postawione zarzuty A. wniosła o uchylenie zaskarżonego postanowienia oraz poprzedzającego go postanowienia, jak również o zasądzenie kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego według norm przepisanych.
Odpowiadając na skargę Kolegium wniosło o jej oddalenie.
Wojewódzki Sąd Administracyjny zważył, co następuje.
Skarga zasługuje na uwzględnienie, gdyż zaskarżone postanowienie nie odpowiada prawu.
Sprawa została rozpoznana na posiedzeniu niejawnym w trybie uproszczonym na podstawie art. 119 pkt 3 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2024 r. poz. 935 – dalej: p.p.s.a.).
Spór w rozpatrywanej sprawie sprowadza się w kwestii merytorycznej do tego, czy w realiach stanu faktycznego sprawy, wygasło prawo A. do zwrotu nadpłaty. Zdaniem organów podatkowych, skoro upłynął termin przedawnienia zobowiązania podatkowego, z którym związana jest nadpłata, zastosowanie znaleźć powinien art. 79 § 2 O.p., który stanowi, że prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty oraz wniosku o zwrot nadpłaty wygasa po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, chyba że ustawy podatkowe przewidują inny tryb zwrotu podatku. Według zaś poglądu zaprezentowanego przez A., przepis ten w sprawie nie miał w ogóle zastosowania, gdyż Prezydent powinien był zwrócić nadpłatę z urzędu, jako powstałą na skutek uchylenie decyzji określającej wysokość podatku, na podstawie której podatek został przez A. zapłacony.
W ocenie Sądu rację w tym sporze należy przyznać A. Sąd pragnie wskazać, że analogiczny jak w niniejszej sprawie problem prawny, był przedmiotem rozważań przez Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 19 września 2023 r., sygn. akt III FSK 245/23 (powoływane orzeczenia dostępne są na stronie: orzeczenia.nsa.gov.pl), którego tezy orzekający w sprawie Sąd podziela i wykorzysta w dalszej części. Analizując treść skargi można dojść do wniosku, że również A. opierała swoją argumentację na tezach w nim zaprezentowanych, choć się na niego nie powołała. Wprawdzie powyższy wyrok dotyczył sprawy związanej z bezczynnością organu w zwrocie nadpłaty, niemniej jednak zawiera on uniwersalne tezy, przystające do realiów niniejszej sprawy.
Istotnym w sprawie jest, że na skutek uchylenia przez Kolegium decyzji wymiarowej Prezydenta i następnie umorzenia postępowania wymiarowego powstała sytuacja, w której następczo odpadła podstawa świadczenia spełnionego już przez A.. Mamy zatem do czynienia z nadpłatą, o której mowa w art. 72 § 1 pkt 1 O.p., który stanowi, że za nadpłatę uważa się kwotę nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego podatku. A. dokonała bowiem wpłaty podatku (uważanego za zaległość podatkową) wykonując obowiązek nałożony decyzją określającą wysokość zobowiązania podatkowego w kwocie wyższej niż wynikająca ze złożonej przez nią uprzednio deklaracji podatkowej. Usunięcie z obrotu prawnego tej decyzji wymiarowej powoduje to, że wysokość zobowiązania podatkowego znów wynika z deklaracji złożonej przez A. Usunięcie z obrotu prawnego decyzji, na podstawie której nastąpiła wpłata kwoty wynikającej z decyzji, spowodowało stan, w którym wpłata A. przewyższyła wysokość jej zobowiązania podatkowego, wynikającego z deklaracji. Po uchyleniu decyzji wymiarowej Prezydenta wystąpił brak podstawy prawnej do spełnienia świadczenia w kwocie przewyższającej wysokość zobowiązania podatkowego ujawnionego w deklaracji podatkowej. Ten brak podstawy prawnej do spełnienia świadczenia ujawnił się co prawda następczo, ex post, jednak sytuacja taka nie należy do rzadkości w praktyce podatkowej.
Taka właśnie sytuacja jest między innymi objęta regulacją z art. 77 § § 4 O.p., w którym wskazano, że w przypadku niewydania nowej decyzji w terminie 3 miesięcy od dnia uchylenia albo stwierdzenia nieważności przez organ podatkowy lub od dnia doręczenia organowi podatkowemu odpisu orzeczenia sądu administracyjnego ze stwierdzeniem jego prawomocności, uchylającego decyzję albo stwierdzającego jej nieważność, nadpłata stanowiąca kwotę wpłaconą na podstawie decyzji uchylonej albo decyzji, której nieważność stwierdzono, podlega zwrotowi bez zbędnej zwłoki. W realiach rozpatrywanej sprawy nie została wydana nowa decyzja określająca wysokość zobowiązania podatkowego, co obligowało Prezydenta do zwrotu nadpłaty. Nie sposób bowiem przyjąć, że decyzja umarzająca postępowanie podatkowe w przedmiocie określenia zobowiązania podatkowego, podważa złożoną przez podatnika deklarację podatkową i tym samym jest on zobowiązany do zapłaty innej kwoty (wynikającej z uchylonej decyzji wymiarowej), aniżeli sam zadeklarował.
W ocenie Sądu możliwym jest także rozważenie wystąpienia w realiach niniejszej sprawy okoliczności opisanej w art. 77 § 1 pkt 3 O.p., który stanowi, że nadpłata podlega zwrotowi w terminie 30 dni od dnia wydania decyzji o zmianie, uchyleniu albo stwierdzeniu nieważności decyzji - jeżeli w związku z uchyleniem albo stwierdzeniem nieważności decyzji nie wystąpi obowiązek wydania nowej decyzji. Kolegium rozpatrywało odwołanie od decyzji Prezydenta w czasie, gdy upłynął już termin przedawnienia zobowiązania podatkowego. Oczywistym w związku z tym było, że po uchyleniu decyzji wymiarowej, Prezydent nie będzie już miał możliwości wydania nowej decyzji określającej wysokość zobowiązania podatkowego. Orzekając prawidłowo, Kolegium powinno było zatem nie tylko uchylić zaskarżoną decyzję, lecz również umorzyć postępowanie na podstawie art. 233 § 1 pkt 2 lit. a) O.p., nie zaś kierować wytyczne co do dalszego postępowania, które z przyczyn obiektywnych i tak nie mogło być prowadzone. W istocie zatem decyzja Prezydenta miała charakter formalny i niejako "zastępowała" rozstrzygnięcie jakie powinno być przedmiotem decyzji Kolegium.
Wprawdzie w art. 77 § 1 pkt 3 O.p. nie sprecyzowano, jaki charakter ma mieć "nowa decyzja", to jednak w przypadku zobowiązań podatkowych powstających z mocy prawa, za zasadny uznać należy pogląd, że powinna to być decyzja wymiarowa, czyli określająca wysokość zobowiązania podatkowego. Przepis ten dedykowany jest przy tego rodzaju zobowiązaniach podatkowych takim sytuacjom, gdy organ podatkowy podważa prawidłowość złożonej deklaracji, wydając decyzję określającą wysokość zobowiązania podatkowego na podstawie art. 21 § 3 O.p. i wówczas podatnik jest zobowiązany do zapłaty podatku w wysokości wynikającej z decyzji, nie zaś z deklaracji. Po uchyleniu takiej decyzji, podatek należny jest w wysokości jaka została określona przez podatnika w złożonej deklaracji. Jeżeli zatem po uchyleniu takiej decyzji, organ podatkowy nie ma możliwości wydania nowej decyzji określającej wysokość zobowiązania podatkowego, powinien zwrócić nadpłatę w terminie wskazanym w art. 77 § 1 pkt 3 O.p.
Kategoryczne przesądzanie w rozpatrywanej sprawie, który z przepisów ma zastosowanie do obowiązku zwrotu nadpłaty, nie jest istotne z uwagi na przedmiot postępowania, gdyż w każdym przypadku Prezydent był zobowiązany do zwrotu nadpłaty z urzędu. Nie mógł wobec powyższego powoływać się na dyspozycję wynikającą z art. 79 § 2 O.p. Przepis ten znajduje bowiem zastosowanie jedynie w przypadku, gdy zwrot nadpłaty lub zwrot podatku uzależniony jest od wniosku podatnika i organ czynności tej nie może dokonać z urzędu. Zwrot nadpłaty w niniejszej sprawie powinien, jak wskazano powyżej, nastąpić z urzędu.
W stosunku do A. możliwym byłoby jedynie rozważenie, czy nie wygasło prawo do zwrotu nadpłaty w rozumieniu art. 80 O.p. W przepisie tym wskazano, że prawo do zwrotu nadpłaty podatku wygasa po upływie 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin jej zwrotu. Jak słusznie podniesiono w odwołaniu od decyzji, powołując się na wyrok NSA z 6 czerwca 2023 r., sygn. akt III FSK 1451/22, nadpłata najpierw musi powstać, następnie musi upłynąć termin jej zwrotu, po czym licząc od końca roku, w którym upłynął termin jej zwrotu, rozpoczyna bieg pięcioletni termin, po upływie którego wygasa prawo do zwrotu nadpłaty. Skutkiem upływu tego terminu jest wygaśnięcie prawa podatnika do domagania się zwrotu nadpłaty a także zaliczenia na poczet zaległych oraz bieżących i przyszłych zobowiązań podatkowych.
W przypadku A. prawo do zwrotu nadpłaconego podatku powstało w związku z uchyleniem decyzji Prezydenta określającej wysokość zobowiązania podatkowego, co nastąpiło decyzją Kolegium z 30 sierpnia 2023 r. Nie sposób zatem przyjąć, aby w dacie wydawania zaskarżonego postanowienia, prawo to wygasło.
Z tych wszystkich powodów, skoro żądanie A. zwrotu nadpłaty nie wygasło, jej wniosku nie można było uznać za bezprzedmiotowy i w konsekwencji nie mógł z tego powodu zostać zastosowany przepis art. 165a O.p., który stanowi, że gdy żądanie, o którym mowa w art. 165, zostało wniesione przez osobę niebędącą stroną lub z jakichkolwiek innych przyczyn postępowanie nie może być wszczęte, organ podatkowy wydaje postanowienie o odmowie wszczęcia postępowania. Tą inną przyczyną w ocenie Kolegium miało być właśnie wygaśnięcie prawa A. do otrzymania zwrotu nadpłaty. Skoro jednak stanowisko to okazało się błędne, również za błędne uznać należy wydanie zaskarżonego postanowienia.
Jak już wcześniej wskazano, skoro w przypadku A. obowiązek zwrotu nadpłaty powstał z urzędu, nie było konieczności składania wniosku o jej zwrot. Po uchyleniu decyzji wymiarowej Prezydenta i upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, nie było już możliwości wydania kolejnej decyzji wymiarowej. W takim zaś przypadku Prezydent powinien dokonać zwrotu nadpłaty bez oczekiwania na jakąkolwiek reakcję ze strony A. Analizując treść pisma A. z 4 grudnia 2023 r. (k: 21 akt podatkowych), które doprowadziło do wydania zaskarżonego postanowienia, należy stwierdzić, że A. prawidłowo uznała, że zwrot nadpłaty powinien nastąpić z urzędu. Z treści jej pisma wynika bowiem, że wskazała ona rachunek bankowy na który powinna zostać przekazana nadpłata wraz z należnym oprocentowaniem. Oczekiwała zatem na wykonanie czynności materialno-technicznej, sprowadzającej się do zwrotu nadpłaty. Prezydent zakwalifikował natomiast przedmiotowe pismo, jako wniosek mający wszcząć formalne postępowanie.
Powstaje w związku z tym pytanie, czy jeżeli organ podatkowy zobowiązany jest do dokonania określonej czynności, której forma nie przybiera postaci decyzji administracyjnej (zwrot nadpłaty wraz z ewentualnym oprocentowaniem), to czy możliwe jest w ogóle złożenie wniosku o wszczęcie takiego postępowania, czy też właściwą formą podważenia bezczynności organu byłoby wniesienie ponaglenia i następnie ewentualnie skargi do sądu administracyjnego. W ocenie Sądu obydwa sposoby działania są dopuszczalne i wzajemnie się nie wykluczają. Możliwość złożenia skargi na bezczynność, jako sposób na zobowiązanie organu podatkowego do zwrotu nadpłaty z urzędu, została zaaprobowana między innymi w powołanym wyroku NSA z 19 września 2023 r., sygn. akt III FSK 245/23. Wskazano w nim również, że "W realiach procesowych jakie wyłaniają się ze stanu sprawy przedstawionego przez sąd pierwszej instancji nie zachodziła potrzeba składania wniosku o stwierdzenie ani też o zwrot nadpłaty, gdyż nadpłata - powstała w rezultacie uchylenia decyzji określającej wysokość zobowiązania podatkowego, na podstawie której podatnik dokonał wpłaty - powinna być zwrócona z urzędu". Naczelny Sąd Administracyjny nie wykluczył zatem możliwości złożenia stosownego wniosku, stwierdzając jedynie, że takiej potrzeby nie ma.
Za możliwością złożenia formalnego wniosku o zwrot nadpłaty w sytuacji, gdy podlega ona zwrotowi z urzędu, przemawia zaś to, że może powstać spór pomiędzy organem podatkowym a podatnikiem nie tylko w zakresie zasady co do zwrotu (można to kwestionować w trybie skargi na bezczynność), lecz również odnośnie wysokości nadpłaty i co często ma miejsce, zasadności oprocentowania nadpłaty i momentu początkowego od którego oprocentowanie ma być liczone. Jeżeli zatem wniosek o zwrot nadpłaty organ uzna za uzasadniony, wówczas zwraca oprocentowanie wraz z należną opłatą. Wniosek podlega więc załatwieniu zgodnie z żądaniem podatnika. Jeżeli jednak organ podatkowy uzna, że wniosek podatnika nie może zostać uwzględniony, inicjuje on postępowanie podatkowe w którym organ podatkowy rozstrzyga co do istoty sprawę w zakresie zasadności zwrotu nadpłaty oraz jej oprocentowania.
Ponadto wskazać należy, że brak jest wyraźnej regulacji prawnej, która wprost wykluczałaby możliwość zainicjowania przez podatnika postępowania do wszczęcia którego organ jest zobowiązany z urzędu.
Gdyby nawet jednak uznać, że nie jest możliwe złożenie wniosku o zwrot nadpłaty, gdy podlega ona zwrotowi z urzędu i tak zaskarżone postanowienie nie mogłoby pozostać w obrocie prawnym. Przesądzono w nim bowiem, że nadpłata A. nie przysługuje, czyli odmówiono wszczęcia postępowania nie z tego powodu, iż nadpłata w przedmiotowej sprawie zostanie zwrócona z urzędu, lecz dlatego, że w ogóle nie jest należna. W istocie zatem postanowieniem tym rozstrzygnięto sprawę co do istoty, co w myśl art. 207 § 2 O.p. powinno nastąpić w drodze decyzji, gdyż to decyzja rozstrzyga sprawę co do istoty.
W związku z powyższym za zasadne należało uznać postawione zarzuty naruszenia prawa materialnego.
Uzasadnione są także zarzuty naruszenia przepisów postępowania. Jak już wcześniej zaznaczono, Kolegium rozpatrując zażalenie w części uzasadnienia, w której powinno przedstawić własne stanowisko w sprawie, powieliło stanowisko Prezydenta zawarte w piśmie w którym odniósł się on do zarzutów zażalenia, do czego zobowiązywała go regulacja zawarta w art. 227 § 2 w zw. z art. 239 O.p. Oznacza to, że Kolegium nie rozpoznało i nie rozstrzygnęło sprawy ponownie, jak tego wymaga zasada dwuinstancyjności postępowania, uregulowana w art. 127 O.p. Ponadto zauważyć należy, że Prezydent w piśmie z 20 lutego 2024 r., na treści którego Kolegium oparło swoje rozstrzygnięcie, nie tyle odpowiedział na zarzuty zawarte w zażaleniu, lecz poddał krytyce fakt uchylenia jego decyzji wymiarowej. Oznacza to, że zdaniem Prezydenta nie było podstaw do uchylenia w trybie wznowienia postępowania przez Naczelny Sąd Administracyjny swojego poprzednio wydanego wyroku, wyroku WSA w Krakowie i decyzji Kolegium, jak również wydanie kolejnej decyzji przez Kolegium, którą uchylono decyzję wymiarową. Pomijając już, że na tym etapie postępowania stanowisko to nie ma żadnego znaczenia normatywnego, Kolegium powielając treść pisma Prezydenta skrytykowało swoje rozstrzygnięcie. Wyraźnie wskazano bowiem w uzasadnieniu postanowienia Kolegium, że "Tym samym uchylenie decyzji ostatecznych określających zobowiązanie podatkowe za lata 2012 i 2013 było działaniem wadliwym z punktu widzenia ustawy Ordynacja podatkowa". To właśnie decyzją Kolegium uchylono decyzję wymiarową Prezydenta za 2012 r.
Uzasadnienie postanowienia Kolegium pozwala na wyciągnięcie jednoznacznego wniosku, że zamiast przedstawić rozważania na temat zasadności wydania postanowienia przez Prezydenta o odmowie wszczęcia postępowania, skupiło się na kwestiach, które nie miały żadnego znaczenia prawnego. Ponadto w żaden sposób nie odniosło się do zarzutów A. postawionych w zażaleniu. Doszło wobec tego również do naruszenia art. 210 § 4 O.p.
Stwierdzone wady, powodują konieczność uchylenia postanowienia Kolegium na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) i c) p.p.s.a. Wprawdzie naruszenie przez Kolegium zasady dwuinstancyjności postępowania, powinno prowadzić do uchylenia tylko zaskarżonego rozstrzygnięcia. Niemniej jednak w realiach rozpatrywanej sprawy, można odczytać przesłanki, które doprowadziły Kolegium do utrzymania w mocy postanowienia Prezydenta. Dlatego też, biorąc w szczególności pod uwagę zasady ekonomiki postępowania, Sąd zdecydował się na uchylenie również postanowienia Prezydenta na podstawie art. 135 p.p.s.a.
W ponownie prowadzonym postępowaniu Prezydent, biorąc pod uwagę dokonaną w niniejszym uzasadnieniu wykładnię mających w sprawie zastosowanie przepisów prawa, rozpatrując wniosek A. zwróci nadpłatę wraz z oprocentowaniem, gdyż do tego zmierzał złożony wniosek, bądź też w razie uznania, że nie może podzielić stanowiska A., wyda decyzję w której odniesie się merytorycznie zarówno do zasadności zwrotu nadpłaty, jej wysokości, początkowego terminu od którego należy liczyć obowiązek zwrotu oraz kwestii oprocentowania nadpłaty.
O kosztach postępowania orzeczono na podstawie art. 200 w zw. z art. 205 § 2 p.p.s.a. Na zasądzone koszty składa się wpis od skargi w wysokości 500 zł, wynagrodzenie pełnomocnika A. (480 zł), ustalone na podstawie § 14 rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych (Dz.U. z 2023 r. poz. 1935 ze zm.) oraz opłata skarbowa od pełnomocnictwa (17 zł).