I SA/GO 95/24

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gorzowie WielkopolskimGorzów Wielkopolski2024-06-20
NSApodatkoweWysokawsa
VATnadpłatacentralizacja rozliczeńjednostki budżetowezakłady budżetoweOrdynacja podatkowaustawa o VATkorekty deklaracjitermin przedawnieniaprawo do odliczenia

Wojewódzki Sąd Administracyjny oddalił skargę miasta na decyzję odmawiającą stwierdzenia nadpłaty w VAT za 2011 rok, uznając, że po centralizacji rozliczeń nie powstała nadpłata.

Miasto wniosło o stwierdzenie nadpłaty w VAT za 2011 rok po centralizacji rozliczeń z jednostkami budżetowymi i zakładami budżetowymi. Organy podatkowe odmówiły stwierdzenia nadpłaty, wskazując na upływ terminu przedawnienia lub nieprawidłowe rozliczenia. Po wielokrotnych postępowaniach i wyrokach sądów administracyjnych, w tym NSA, sprawa wróciła do ponownego rozpoznania. Ostatecznie WSA w Gorzowie Wlkp. oddalił skargę, uznając, że po uwzględnieniu wszystkich rozliczeń i zastosowaniu przepisów o centralizacji, nie powstała nadpłata w podatku VAT za wskazany okres.

Sprawa dotyczyła wniosku Miasta o stwierdzenie nadpłaty w podatku od towarów i usług za okres od stycznia do grudnia 2011 roku, złożonego po centralizacji rozliczeń z jego jednostkami budżetowymi i zakładami budżetowymi. Po licznych postępowaniach przed organami podatkowymi i sądami administracyjnymi, w tym wyrokach WSA i NSA, sprawa trafiła ponownie do WSA w Gorzowie Wlkp. Kluczowym zagadnieniem było ustalenie, czy po centralizacji rozliczeń Miasta i jego jednostek organizacyjnych (budżetowych i zakładów budżetowych) powstała nadpłata w VAT za 2011 rok. Organy podatkowe początkowo odmawiały stwierdzenia nadpłaty, powołując się na upływ terminu przedawnienia lub niepełną centralizację rozliczeń. Po wyrokach NSA, które wskazały na konieczność uwzględnienia przepisów ustawy centralizacyjnej i dopuszczenie opóźnionego rozliczenia w specyficznych okolicznościach, sprawa wróciła do ponownego rozpoznania. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gorzowie Wlkp. w wyroku z dnia 20 czerwca 2024 r. oddalił skargę Miasta. Sąd uznał, że chociaż organy podatkowe miały obowiązek ustalić prawidłową wysokość zobowiązania podatkowego w ramach postępowania o stwierdzenie nadpłaty, nawet po upływie terminu przedawnienia, to po dokonaniu analizy scentralizowanych rozliczeń Miasta i jego jednostek, nie stwierdzono powstania nadpłaty. Sąd podkreślił, że kluczowe było porównanie kwot faktycznie zapłaconych przez Miasto z kwotami należnymi po uwzględnieniu centralizacji, a w wyniku tej analizy nie wykazała się nadwyżka wpłat nad należnym podatkiem. Sąd zwrócił uwagę, że rozliczenia podatku naliczonego i należnego zostały w dużej mierze uzgodnione ze stroną skarżącą, a odmowa stwierdzenia nadpłaty wynikała z braku takiej nadwyżki po przeprowadzeniu pełnej centralizacji.

Asystent AI do analizy prawnej

Przeanalizuj tę sprawę w kontekście orzecznictwa, przepisów i doktryny. Uzyskaj pogłębioną analizę, projekt pisma lub odpowiedź na pytanie prawne.

Analiza orzecznictwa Badanie przepisów Odpowiedzi na pytania Drafting pism
Wypróbuj Asystenta AI

Zagadnienia prawne (3)

Odpowiedź sądu

Tak, wniosek o stwierdzenie nadpłaty złożony przed upływem terminu przedawnienia może być rozpatrzony po jego upływie, a organy mają prawo ustalić prawidłową wysokość zobowiązania podatkowego w ramach tego postępowania.

Uzasadnienie

Sąd uznał, że postępowanie o stwierdzenie nadpłaty, wszczęte przed upływem terminu przedawnienia, pozwala na ustalenie prawidłowej wysokości zobowiązania podatkowego, nawet jeśli następuje to po upływie terminu przedawnienia. Kluczowe jest porównanie faktycznie zapłaconego podatku z należnym po uwzględnieniu wszystkich rozliczeń.

Rozstrzygnięcie

Decyzja

oddalono_skargę

Przepisy (12)

Główne

O.p. art. 75 § 4a

Ordynacja podatkowa

Pomocnicze

O.p. art. 70 § 1

Ordynacja podatkowa

O.p. art. 81 § 2a

Ordynacja podatkowa

ustawa centralizacyjna art. 11 § 1

Ustawa o szczególnych zasadach rozliczeń podatku od towarów i usług oraz dokonywania zwrotu środków publicznych przeznaczonych na realizację projektów finansowanych z udziałem środków pochodzących z budżetu Unii Europejskiej lub od państw członkowskich Europejskiego Porozumienia o Wolnym Handlu przez jednostki samorządu terytorialnego

ustawa centralizacyjna art. 11 § 2

Ustawa o szczególnych zasadach rozliczeń podatku od towarów i usług oraz dokonywania zwrotu środków publicznych przeznaczonych na realizację projektów finansowanych z udziałem środków pochodzących z budżetu Unii Europejskiej lub od państw członkowskich Europejskiego Porozumienia o Wolnym Handlu przez jednostki samorządu terytorialnego

ustawa centralizacyjna art. 14 § 1

Ustawa o szczególnych zasadach rozliczeń podatku od towarów i usług oraz dokonywania zwrotu środków publicznych przeznaczonych na realizację projektów finansowanych z udziałem środków pochodzących z budżetu Unii Europejskiej lub od państw członkowskich Europejskiego Porozumienia o Wolnym Handlu przez jednostki samorządu terytorialnego

ustawa centralizacyjna art. 16 § 2

Ustawa o szczególnych zasadach rozliczeń podatku od towarów i usług oraz dokonywania zwrotu środków publicznych przeznaczonych na realizację projektów finansowanych z udziałem środków pochodzących z budżetu Unii Europejskiej lub od państw członkowskich Europejskiego Porozumienia o Wolnym Handlu przez jednostki samorządu terytorialnego

ustawa centralizacyjna art. 23

Ustawa o szczególnych zasadach rozliczeń podatku od towarów i usług oraz dokonywania zwrotu środków publicznych przeznaczonych na realizację projektów finansowanych z udziałem środków pochodzących z budżetu Unii Europejskiej lub od państw członkowskich Europejskiego Porozumienia o Wolnym Handlu przez jednostki samorządu terytorialnego

u.p.t.u. art. 86 § 1

Ustawa o podatku od towarów i usług

u.p.t.u. art. 86 § 10

Ustawa o podatku od towarów i usług

u.p.t.u. art. 86 § 13

Ustawa o podatku od towarów i usług

u.p.t.u. art. 90 § 3

Ustawa o podatku od towarów i usług

Argumenty

Skuteczne argumenty

Po centralizacji rozliczeń Miasta i jego jednostek organizacyjnych, nie powstała nadpłata w podatku VAT za 2011 rok. Organ podatkowy jest uprawniony do ustalenia prawidłowej wysokości zobowiązania podatkowego w ramach postępowania o stwierdzenie nadpłaty, nawet po upływie terminu przedawnienia, jeśli wniosek został złożony przed jego upływem. Przepisy ustawy centralizacyjnej mogą mieć zastosowanie do okresów rozliczeniowych sprzed jej wejścia w życie, jeśli postępowanie nie zostało zakończone.

Odrzucone argumenty

Miasto zarzucało naruszenie przepisów Ordynacji podatkowej poprzez odmowę stwierdzenia nadpłaty, nieuprawnioną weryfikację historycznych rozliczeń oraz uwzględnienie rozliczeń po upływie terminu przedawnienia. Miasto zarzucało naruszenie art. 86 ust. 1 u.p.t.u. poprzez odmowę prawa do odliczenia podatku naliczonego. Miasto zarzucało naruszenie ustawy centralizacyjnej poprzez odmowę zastosowania proporcji wyliczonej przez skarżącą.

Godne uwagi sformułowania

nie do zaakceptowania jest sytuacja, w której dany podmiot uważa się za podatnika VAT w odniesieniu do transakcji, w których status ten daje mu korzyść (w postaci kwoty podatku naliczonego do odliczenia), ale już nie do transakcji, które spowodowałyby obowiązek wykazania podatku należnego. przejęcie" podatku należnego powinno być całościowe, to jest powinno obejmować wszystkie niesamodzielne jednostki organizacyjne, prowadzące w ramach struktury Gminy jej działalność gospodarczą. nie można w oparciu o brak samodzielności jednostek organizacyjnych wywodzić o prawie Gminy do odliczenia podatku naliczonego, pomijając równocześnie obowiązek wykazania i rozliczenia podatku należnego.

Skład orzekający

Alina Rzepecka

sędzia

Damian Bronowicki

sprawozdawca

Jacek Niedzielski

przewodniczący

Informacje dodatkowe

Wartość precedensowa

Siła: Wysoka

Powoływalne dla: "Centralizacja rozliczeń VAT przez jednostki samorządu terytorialnego, stosowanie przepisów o centralizacji do okresów sprzed ich wejścia w życie, ustalanie wysokości zobowiązania podatkowego w postępowaniu o stwierdzenie nadpłaty."

Ograniczenia: Sprawa dotyczy specyficznej sytuacji jednostki samorządu terytorialnego i jej jednostek organizacyjnych, a jej zastosowanie do innych podmiotów może być ograniczone.

Wartość merytoryczna

Ocena: 7/10

Sprawa dotyczy złożonego zagadnienia centralizacji rozliczeń VAT przez jednostki samorządu terytorialnego i wieloletniego sporu z organami podatkowymi, co jest interesujące dla prawników specjalizujących się w VAT i finansach publicznych.

Wieloletni spór o miliony złotych: Jak centralizacja rozliczeń VAT wpłynęła na finanse gminy?

Dane finansowe

WPS: 515 687 PLN

Asystent AI dla prawników

Twój asystent do analizy prawnej

Zadaj pytanie prawne, zleć analizę orzecznictwa i przepisów, lub poproś o projekt pisma — AI przeszuka ponad 1,4 mln orzeczeń i aktualne akty prawne.

Analiza orzecznictwa i przepisów
Drafting pism i dokumentów
Odpowiedzi na pytania prawne
Pogłębiona analiza z doktryny

Powiązane tematy

Pełny tekst orzeczenia

Oryginał, niezmieniony
I SA/Go 95/24 - Wyrok WSA w Gorzowie Wlkp.
Data orzeczenia
2024-06-20
orzeczenie nieprawomocne
Data wpływu
2024-04-15
Sąd
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gorzowie Wlkp.
Sędziowie
Alina Rzepecka
Damian Bronowicki /sprawozdawca/
Jacek Niedzielski /przewodniczący/
Symbol z opisem
6110 Podatek od towarów i usług
Hasła tematyczne
Podatek od towarów i usług
Skarżony organ
Dyrektor Izby Skarbowej
Treść wyniku
Oddalono skargę
Powołane przepisy
Dz.U. 2023 poz 2383
art. 75 par. 4a
Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t. j.)
Dz.U. 2018 poz 280
art. 23
Ustawa z dnia 5 września 2016 r. o szczególnych zasadach rozliczeń podatku od towarów i usług oraz dokonywania zwrotu środków publicznych  przeznaczonych na realizację projektów finansowanych z udziałem środków pochodzących z budżetu Unii Europejskiej lub od państw  członkowskich Europejskiego Porozumienia o Wolnym Handlu przez jednostki samorządu terytorialnego.
Sentencja
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gorzowie Wielkopolskim w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Jacek Niedzielski Sędziowie Sędzia WSA Alina Rzepecka Sędzia WSA Damian Bronowicki (spr.) po rozpoznaniu w trybie uproszczonym w dniu 20 czerwca 2024 r. sprawy ze skargi M. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w [...] z dnia [...] nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące od stycznia do grudnia 2011 r. oddala skargę w całości.
Uzasadnienie
M. (dalej: skarżąca, strona, Miasto) wniosło skargę na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w [...] (dalej: organ odwoławczy, DIAS) z dnia [...] uchylającą w całości decyzję Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w [...] (dalej: organ I instancji, NUS) z dnia [...] i orzekającą o odmowie stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów
i usług za poszczególne miesiące od stycznia do grudnia 2011 r.
W sprawie wystąpił następujący stan faktyczny.
Wnioskiem z [...] grudnia 2015 r. na podstawie art. 75 § 2 pkt 1 lit. b) ustawy
z 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2023 r., poz. 2383; dalej: O.p.), Miasto zwróciło się o stwierdzenie nadpłaty w podatku od towarów i usług za okres od stycznia do grudnia 2011 r. w łącznej kwocie 515.687 zł. Do wniosku załączyło korekty deklaracji za miesiące od stycznia do grudnia 2011 r. wskazując, że na kwotę nadpłaty składają się nienależne wpłaty podatku od towarów i usług za następujące okresy: za luty 2011 r. w kwocie 18.131 zł, za marzec 2011 r. w kwocie 118.451 zł, za kwiecień 2011 r. w kwocie 137.513 zł, za maj 2011 r. w kwocie 82.468 zł, za lipiec 2011 r.
w kwocie 12.149 zł, za sierpień 2011 r. w kwocie 24.438 zł, za wrzesień 2011 r.
w kwocie 66.164 zł, za listopad 2011 r. w kwocie 7.274 zł, za grudzień 2011 r. w kwocie 49.099 zł.
Ponadto strona poinformowała, że w wyniku załączonych korekt deklaracji VAT-7
następuje zwiększenie zwrotu na rachunek bankowy podatku naliczonego nad należnym za styczeń (124.329 zł), luty (160.535 zł), lipiec (37.054 zł), sierpień (21.271 zł), październik (60.756 zł), listopad (108.307 zł) i grudzień 2011 r. (156.902 zł). Jednocześnie wniosła o zaliczenie części zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za styczeń 2011 r. na poczet zobowiązania za czerwiec 2011 r. w kwocie 2.601 zł.
Skarżąca podała, że następstwem złożonego wniosku jest ujęcie w rozliczeniach Miasta czynności podlegających opodatkowaniu wykonywanych przez jej jednostki budżetowe, dokonanie zaliczenia zapłaconych przez jednostki budżetowe Miasta kwot podatku VAT na poczet zobowiązań podatkowych Miasta oraz ujęcie w rozliczeniach Miasta naliczonego podatku VAT od wydatków związanych z funkcjonowaniem jednostek budżetowych Miasta.
We wniosku skarżąca wskazała, że w deklaracjach dla podatku od towarów
i usług VAT-7 od stycznia do grudnia 2011 r. nie ujęła całej sprzedaży i podatku należnego. Podała, że deklaracje za ww. okresy rozliczeniowe obejmowały jedynie obrót i podatek należny Miasta, a nie obejmowały sprzedaży oraz podatku należnego jednostek budżetowych, który to obrót (zgodnie z uchwałą Naczelnego Sądu Administracyjnego z 24 czerwca 2013 r., sygn. I FPS 1/13 oraz wyroku Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej z 29 września 2015 r., sygn. C-276/14) powinien zostać ujęty w rozliczeniach Miasta – podatnika podatku VAT.
Strona wymieniła jednostki budżetowe, które posiadała w 2011 roku
(80 jednostek budżetowych wymienionych na str. 4-6 zaskarżonej decyzji). Wymieniła także jednostki budżetowe zarejestrowane w 2011 roku jako czynny podatnik VAT
(13 jednostek budżetowych wymienionych na str. 6 zaskarżonej decyzji), które składały Naczelnikowi Urzędu Skarbowego w [...] comiesięczne deklaracje na podatek od towarów i usług VAT-7.
Podała, że pozostałe jednostki budżetowe (67 jednostek budżetowych) nie były zarejestrowane jako podatnicy podatku od towarów i usług, stąd też nie były one zobowiązane do składania deklaracji dla podatku od towarów i usług VAT-7. Jednostki te, uważając się wcześniej za odrębnych podatników uznawały, że przysługuje im zwolnienie z art. 113 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług
(Dz. U. z 2011 r., Nr 177, poz. 1054 ze zm.; dalej: u.p.t.u.).
W ww. wniosku strona wskazała, że wśród jednostek budżetowych Miasta można wyróżnić jednostki budżetowe: których działalność była związana wyłącznie ze sprzedażą opodatkowaną oraz czynnościami niepodlegającymi opodatkowaniu
(w 2011 r. było to 33 wymienionych we wniosku jednostek), których działalność była
w 2011 r. związana zarówno z czynnościami podlegającymi opodatkowaniu jak
i z czynnościami zwolnionymi (było to 32 wymienionych we wniosku jednostek), działalność 2 jednostek w 2011 r. była związana wyłącznie z czynnościami zwolnionymi z opodatkowania podatkiem VAT, pozostałe jednostki (13 wymienionych we wniosku jednostek) nie wykonywały w 2011 r. ani czynności opodatkowanych, ani czynności zwolnionych z opodatkowania VAT.
Skarżąca wskazała, że w związku ze scaleniem sprzedaży Miasta i jednostek budżetowych Miasta, wartość sprzedaży opodatkowanej, kwoty podatku należnego oraz wartość sprzedaży zwolnionej w poszczególnych okresach rozliczeniowych powinny ulec zmianie o wskazane we wniosku wartości.
Miasto wskazało też, że nie skorzystało w pełnym zakresie z uprawnienia do odliczenia podatku naliczonego, a kwoty podatku naliczonego do odliczenia
w poszczególnych okresach rozliczeniowych powinny ulec zwiększeniu odpowiednio
o kwoty wskazane we wniosku z [...] grudnia 2015 r.
Skarżąca wskazała, że w okresie od stycznia do grudnia 2011 r. poniosła wydatki inwestycyjne udokumentowane fakturami VAT na renowację i modernizację budynku Zespołu Szkół Ogólnokształcących nr [...] w [...] oraz na modernizację pomieszczeń dydaktycznych i sanitarnych w budynku Zespołu Szkół [...]. Natomiast na kwoty podatku naliczonego z tytułu nabycia towarów i usług pozostałych składają się wydatki udokumentowane fakturami VAT związane wyłącznie ze sprzedażą opodatkowaną oraz czynnościami niepodlegającymi opodatkowaniu oraz służące zarówno sprzedaży opodatkowanej jak i zwolnionej, które podlegają odliczeniu częściowemu.
Miasto wskazało, że na kwoty podatku VAT naliczonego składają się także odliczenia częściowe od wydatków pozostałych służących zarówno sprzedaży opodatkowanej, jak i sprzedaży zwolnionej. Odliczenia częściowe dokonywane są
w takiej proporcji, w jakiej w danym roku stanowią udział sprzedaży opodatkowanej Miasta oraz jej jednostek budżetowych w sprzedaży ogółem. Proporcja ta, wyliczona dla okresu styczeń – grudzień 2011 r., według wniosku skarżącej z [...] grudnia 2015 r. wyniosła 73%. Strona wymieniła 32 jednostki, których działalność była związana
z czynnościami podlegającymi opodatkowaniu bądź zwolnionymi. Wskazała, że zakupy te to przede wszystkim koszty ogólne dotyczące bieżącego utrzymania ww. jednostek budżetowych (takie jak: media, materiały biurowe, elementy wyposażenia, usługi telekomunikacyjne). Podała także, że następstwem wniosku o stwierdzenie nadpłaty jest jednocześnie zmniejszenie dokonanych dotychczas przez Miasto odliczeń podatku VAT naliczonego za 2011 rok, w związku ze zmianą struktury sprzedaży Miasta po scaleniu z jednostkami budżetowymi z 97% do 73%. Zmniejszenie dokonanych dotychczas odliczeń obejmuje wyłącznie wydatki pozostałe i inwestycyjne służące zarówno sprzedaży opodatkowanej, jak i zwolnionej.
Skarżąca wskazała, że następstwem wniosku o stwierdzenie nadpłaty jest także zaliczenie zapłaconych przez jednostki budżetowe Miasta do właściwego organu podatkowego (tj. Naczelnika Urzędu Skarbowego w [...]), kwot podatku VAT na poczet zobowiązań podatkowych Miasta.
Ponadto wskazała, że pismem z [...] grudnia 2015 r. złożyła do Naczelnika Urzędu Skarbowego w [...] korekty deklaracji VAT-7 mające na celu "wyzerowanie" pierwotnych deklaracji jednostek budżetowych.
Wezwaniem z [...] stycznia 2016 r. organ I instancji wezwał Miasto do złożenia wykazu wszystkich jednostek organizacyjnych, oświadczenia, czy przedmiotowe korekty obejmują wydatki, w odniesieniu do których jednostka samorządu terytorialnego nie była obowiązana do zwrotu środków europejskich uzyskanych na realizację jej zadań, wyjaśnienia, czy złożone korekty uwzględniają zakres wykorzystywania towarów i usług do działalności gospodarczej obliczany zgodnie z art. 86 ust. 1 i ust. 7b u.p.t.u. oraz art. 86 ust. 2a i ust. 7b u.p.t.u. - odrębnie dla każdej jednostki organizacyjnej, wyjaśnienia, czy złożone korekty uwzględniają proporcję wyliczaną zgodnie z art. 90 ust. 3 u.p.t.u. odrębnie dla każdej jednostki organizacyjnej oraz wyjaśnienia, czy jednostka samorządu terytorialnego obniżyła kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego z tytułu nabycia towarów i usług, finansowanej ze środków europejskich.
W odpowiedzi na powyższe wezwanie, pismem z [...] lutego 2016 r. skarżąca wskazała swoje jednostki organizacyjne w 2011 roku (83 jednostek organizacyjnych) oraz jednostki organizacyjne, które nie zostały ujęte w korektach deklaracji załączonych do wniosku o stwierdzenie nadpłaty z [...] grudnia 2015 r., tj. trzy zakłady budżetowe Miasta, którymi były Zakład Gospodarki Mieszkaniowej w [...], Miejski Zakład Komunikacji w [...], Ośrodek Sportu i Rekreacji w [...].
Ponadto strona poinformowała, że korekty deklaracji VAT-7 dołączone do wniosku z [...] grudnia 2015 r. obejmują wydatki, w odniesieniu do których jednostka samorządu terytorialnego nie była obowiązana do zwrotu środków europejskich uzyskanych na realizację jej zadań w takim zakresie, w jakim nastąpiła zmiana kwalifikowalności wydatku w części dotyczącej kwoty podatku naliczonego z tytułu nabycia towarów i usług finansowanej ze środków europejskich w związku z wyrokiem Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej.
Wyjaśniła też, że korekty deklaracji VAT-7 dołączone do wniosku z [...] grudnia 2015 r. uwzględniają zakres wykorzystywania towarów i usług do działalności gospodarczej obliczany zgodnie z art. 86 ust. 1 u.p.t.u. dla całego podatnika – Miasta, nie zaś odrębnie dla każdej jednostki organizacyjnej. W ten sam sposób – dla całego podatnika, nie zaś odrębnie dla każdej jednostki organizacyjnej – uwzględniono zakres wykorzystywania towarów i usług do działalności gospodarczej, obliczany zgodnie z art. 86 ust. 7b u.p.t.u. Jednakże w stosunku do tego rodzaju wydatków, tj. służących zarówno do sprzedaży opodatkowanej jak i niepodlegającej opodatkowaniu, w związku z brakiem możliwości bezpośredniej alokacji przedmiotowych wydatków i przypisania ich konkretnym działaniom podatnika związanym z czynnościami opodatkowanymi bądź czynnościami niepodlegającymi opodatkowaniu, Miasto odliczyło zawarty w fakturach VAT dokumentujących te wydatki podatek naliczony w pełnej wysokości, bądź
z uwzględnieniem struktury sprzedaży obejmującej sprzedaż opodatkowaną oraz zwolnioną podatnika. Strona wskazała, że przy braku możliwości przyporządkowania poszczególnych wydatków do czynności opodatkowanych VAT oraz zadań pozostających poza zakresem VAT, podatnik ma prawo do odliczenia podatku naliczonego w całości.
W odniesieniu do złożenia wyjaśnień, czy korekty deklaracji VAT-7 dołączone do wniosku z [...] grudnia 2015 r. uwzględniają zakres wykorzystywania towarów i usług do działalności gospodarczej obliczany zgodnie z art. 86 ust. 2a u.p.t.u., skarżąca wskazała, że wniosek dotyczy stwierdzenia nadpłaty za poszczególne miesiące 2011 r., a zatem nie można do niego stosować przepisu prawa materialnego obowiązującego od 1 stycznia 2016 r.
Wskazała także, że korekty dołączone do wniosku z [...] grudnia 2015 r. uwzględniają proporcję całego podatnika, nie zaś jego poszczególnych jednostek, wydziałów, referatów, czy departamentów.
Ponadto poinformowała, że Miasto nie obniżyło kwoty podatku należnego
o kwotę podatku naliczonego z tytułu nabycia towarów i usług, finansowanej ze środków europejskich, o której mowa w pkt 2 wezwania, również w ramach korekty deklaracji,
o której mowa w art. 86 ust. 13 i 13a oraz w trybie art. 91 ust. 7-8 u.p.t.u.
Pismem z [...] lutego 2016 r. strona wniosła uzupełnienie "do wniosku
o stwierdzenie nadpłaty w podatku od towarów i usług za okres od stycznia do grudnia 2011 roku wraz z wyjaśnieniami o przyczynach złożenia korekt deklaracji". Do ww. pisma załączyła kolejne korekty deklaracji VAT-7 za poszczególne miesiące od stycznia do grudnia 2011 r. z [...] lutego 2016 r. Wskazała, że wniosek o stwierdzenie nadpłaty
z [...] grudnia 2015 r. nie zawierał danych z zakładów budżetowych Miasta, a w wyniku scalenia rozliczeń Miasta z wszystkimi jednostkami budżetowymi Miasta oraz wszystkimi zakładami budżetowymi Miasta zmienia się kwota nadpłaty w podatku od towarów i usług za okres od stycznia do grudnia 2011 r. na kwotę 3.025.779 zł, a na powyższą kwotę nadpłaty składają się nienależne wpłaty podatku od towarów i usług dokonane przez Miasto, na podstawie miesięcznych deklaracji VAT-7 za poszczególne miesiące od stycznia do grudnia 2011 r. Ponadto skarżąca wskazała, że w wyniku załączonych do ww. pisma korekt deklaracji VAT-7 za wymienione miesiące następuje zwrot na rachunek bankowy nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za: styczeń, luty, marzec, kwiecień, lipiec, wrzesień, październik, listopad i grudzień 2011 r.
W ww. piśmie strona wskazała, że wniosek z [...] grudnia 2015 r. zawierał scalone rozliczenia podatku VAT Miasta i jednostek budżetowych Miasta, natomiast wniosek z [...] lutego 2016 r. zawiera, oprócz rozliczeń podatku VAT Miasta i jednostek budżetowych Miasta, także rozliczenia zakładów budżetowych Miasta: Zakładu Gospodarki Mieszkaniowej w [...], Miejskiego Zakładu Komunikacji w [...] oraz Ośrodka Sportu i Rekreacji w [...].
Ww. zakłady budżetowe były zarejestrowanymi czynnymi podatnikami VAT
i dotychczas samodzielnie dokonywały rozliczeń podatku od towarów i usług, przy czym: działalność MZK oraz OSiR była związana wyłącznie z czynnościami opodatkowanymi, zaś działalność ZGM dotyczyła zarówno czynności opodatkowanych, jak i czynności zwolnionych z podatku. Dla OSiR właściwym organem podatkowym był Naczelnik Urzędu Skarbowego w [...], tam też OSiR składał miesięczne deklaracje VAT-7. Dla pozostałych zakładów budżetowych Miasta (MZK oraz ZGM) właściwym organem podatkowym był Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w [...]. Z dniem [...] stycznia 2013 r. Miejski Zakład Komunikacji w [...] został przekształcony w spółkę komunalną Miejski Zakład Komunikacji w [...] Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością.
Strona wskazała, że rozliczenia podatkowe ww. zakładów budżetowych powinny zostać uwzględnione w rozliczeniach podatkowych Miasta. W ramach złożonych wraz
z pismem z [...] lutego 2016 r. deklaracji podatkowych Miasto uwzględniło wcześniej zadeklarowane rozliczenia zakładów budżetowych, jednocześnie dokonując korekt deklaracji zakładów budżetowych, wykazując kwoty 0 zł - jako kwoty podatku należnego oraz kwoty podatku naliczonego. Strona wniosła o zaliczenie kwot zapłaconych przez ZGM oraz OSiR na poczet wpłat Miasta z tytułu tego podatku, uwzględnienie wykazanych przez MZK oraz OSiR nadwyżek podatku VAT naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy.
Wskazała, że zmiany wartości sprzedaży zwolnionej oraz opodatkowanej wynikają z uwzględnienia w rozliczeniach Miasta czynności podlegających opodatkowaniu wykonywanych przez jednostki organizacyjne Miasta. W zakresie zmian podatku naliczonego wskazała, że w wyniku złożenia załączonych korekt deklaracji VAT-7 za poszczególne okresy od stycznia do grudnia 2011 r. zmieniona zostaje kwota podatku naliczonego do odliczenia. Składa się na nią podatek VAT naliczony zawarty zarówno w wydatkach samego Miasta, jak i poszczególnych jednostek budżetowych (których działalność była związana bądź wyłącznie z czynnościami opodatkowanymi, bądź zarówno z czynnościami opodatkowanymi, jak i zwolnionymi z podatku) oraz zakładów budżetowych. Wskazała, że wartość podatku VAT naliczonego ulega zwiększeniu o podane kwoty, a zmiany te - tak jak i w przypadku zmian w zakresie sprzedaży - wynikają z uwzględnienia w rozliczeniach Miasta zakupów towarów i usług dokonywanych przez zakłady budżetowe w swoich deklaracjach VAT-7.
Ponadto w odniesieniu do podatku naliczonego zawartego w wydatkach ZGM oraz 32 wymienionych jednostek budżetowych, skarżąca podała, że wynikają one ze zmiany proporcji sprzedaży (struktury sprzedaży), według której dokonywane są odliczenia podatku VAT naliczonego zawarte w fakturach dokumentujących zakup towarów i usług służących sprzedaży opodatkowanej oraz zwolnionej.
Miasto podało także, że podatek VAT naliczony zawarty w wydatkach niezwiązanych bezpośrednio ani ze sprzedażą opodatkowaną, ani ze sprzedażą zwolnioną jest odliczany w takiej proporcji, w jakiej w danym roku stanowi udział sprzedaży opodatkowanej w całości sprzedaży podatnika, a proporcja ta - w związku ze scaleniem rozliczeń Miasta oraz jego jednostek organizacyjnych (wszystkich jednostek budżetowych oraz wszystkich zakładów budżetowych) – dla okresu od stycznia do grudnia 2011 r. wyniosła 72%. Tym samym dokonane dotychczas odliczenia podatku VAT naliczonego przy uwzględnieniu struktury sprzedaży, w zakresie całego podatnika, skorygowano o nowy wskaźnik.
Następnie na podstawie upoważnienia do przeprowadzenia kontroli z [...] marca 2016 r. pracownicy [...] Urzędu Skarbowego w [...] przeprowadzili kontrolę podatkową Miasta w zakresie prawidłowości deklarowanej nadpłaty w podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące 2011 r. W protokole kontroli stwierdzono, że:
1. [...] grudnia 2015 r. skarżąca złożyła korekty deklaracji za 2011 r., w których nie uwzględniła rozliczeń wszystkich swoich jednostek budżetowych i samorządowych zakładów budżetowych, dlatego korekty te nie rodzą skutków prawnych. Strona nie dokonała pełnej centralizacji rozliczeń.
2. Działając w oparciu o art. 86 ust.13 u.p.t.u. w związku ze złożonymi w dniu [...] lutego 2016 r. korektami deklaracji dla podatku od towarów i usług VAT-7 za okres od stycznia do grudnia 2011 r. organ I instancji stwierdził, że nie są one skuteczne, bowiem termin przedawnienia do dokonania korekty podatku naliczonego zaczyna biec od początku roku, w którym wystąpiło prawo do obniżenia podatku należnego, tj. od początku 2011 r. Tym samym strona utraciła prawo do dokonania ww. korekt za okres styczeń – grudzień 2011 r., w grudniu 2015 roku.
3. Prawidłowymi deklaracjami VAT-7 są deklaracje z datą wpływu [...] października
2014 r.
W związku z powyższym organ I instancji stwierdził, że nie można uznać za zasadne kwoty nadpłat oraz zwrotów wynikających z załączonych korekt deklaracji do wniosku z dnia [...] lutego 2016 r., pisma uzupełniającego do wniosku o stwierdzenie nadpłaty w podatku od towarów i usług za okres od stycznia do grudnia 2011 r.
Pismem z [...] kwietnia 2016 r., stanowiącym zastrzeżenia do protokołu kontroli, Miasto nie zgodziło się ze stanowiskiem przedstawionym w protokole kontroli. Wskazało, że wniosek z [...] grudnia 2015 r. zawierał scalone rozliczenia podatku VAT Miasta i jego jednostek budżetowych, nie zawierał jednak rozliczeń zakładów budżetowych Miasta. Wszystkie zakłady budżetowe były w okresie rozliczeniowym objętym kontrolą, tj. w okresie od stycznia do grudnia 2011 r. zarejestrowanymi czynnymi podatnikami podatku VAT. Odwołując się do treści otrzymanego od organu I instancji wezwania z [...] stycznia 2016 r. Miasto wskazało, że jego pełnomocnik skontaktował się telefonicznie z pracownikiem Urzędu prowadzącym postępowanie, celem sprecyzowania zakresu wezwania, tj. ustalenia, czy organ podatkowy przez wyrażenie "jednostki organizacyjne" rozumie jednostki budżetowe Miasta [...] wraz z jego zakładami budżetowymi. Z uzyskanej informacji wynikało, że organ podatkowy ma na myśli zarówno jednostki budżetowe, jak i zakłady budżetowe. Miasto wymieniło zatem wszystkie jednostki organizacyjne ujęte w korektach deklaracji załączonych do wniosku o stwierdzenie nadpłaty z [...] grudnia 2015 r. oraz wskazało zakłady budżetowe, które w tych korektach nie zostały ujęte. Następnie przedstawiciel organu podatkowego wezwał telefonicznie do złożenia korekt deklaracji Miasta uwzględniających rozliczenia zakładów budżetowych. Działając zgodnie z tym wezwaniem strona złożyła korekty deklaracji podatkowych oraz pismo z [...] lutego
2016 r. uzupełniające wniosek o stwierdzenie nadpłaty w podatku od towarów i usług za okres od stycznia do grudnia 2011 r. wraz z wyjaśnieniami o przyczynach złożenia korekty, w którym uwzględnili zakłady budżetowe. W ramach złożonych wraz
z niniejszym pismem uzupełniającym deklaracji podatkowych, jedynie uwzględniono już uprzednio zadeklarowane kwoty podatku należnego i naliczonego zakładów budżetowych. W pierwszej kolejności, w ramach korekt deklaracji podatkowych złożonych [...] grudnia 2015 r., skarżąca dokonała scalenia rozliczeń Miasta i jego jednostek budżetowych, a złożenie korekt deklaracji, które obejmowały dodatkowo również rozliczenia zakładów budżetowych nastąpiło – na wyraźne wezwanie telefoniczne z organu podatkowego – dopiero w lutym 2016 roku. W ocenie skarżącej błędne jest twierdzenie organu, że działając w oparciu o art. 86 ust. 13 u.p.t.u.
w związku ze złożonymi [...] lutego 2016 r. korektami deklaracji dla podatku od towarów
i usług VAT-7 za okres od stycznia do grudnia 2011 r. uznaje się złożone korekty za bezskuteczne z mocy prawa.
Zawiadomieniem o sposobie załatwienia wyjaśnień i zastrzeżeń do protokołu kontroli z [...] kwietnia 2016 r. organ I instancji poinformował, że argumenty strony nie zasługują na uwzględnienie i podtrzymał swoje stanowisko zawarte w ww. protokole kontroli. Pismem z [...] maja 2016 r. strona ustosunkowała się do ww. zawiadomienia, przedstawiając swoje argumenty przeciwko stanowisku przedstawionemu w protokole kontroli.
Uwzględniając powyższe, decyzją z [...] maja 2016 r. NUS odmówił Miastu stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług za okres od stycznia do grudnia 2011 r. w łącznej kwocie 3.025.779 zł.
W uzasadnieniu wskazał, że co do zasady stronie przysługiwałoby uprawnienie do odliczenia i ewentualnej korekty podatku naliczonego, w trybie art. 86 ust. 1
w związku z art. 86 ust. 10 i ust. 13 u.p.t.u., jednakże tylko za okresy, w stosunku do których nie upłynął okres przedawnienia i pod warunkiem dokonania pełnej centralizacji rozliczeń. Zaznaczył, że prawo do dokonania odliczenia przysługuje tylko w takiej części, w jakiej wydatki służą wykonywaniu czynności opodatkowanych.
Działając w oparciu o art. 86 ust. 13 u.p.t.u. organ I instancji uznał, że korekty deklaracji dla podatku od towarów i usług VAT-7 z [...] lutego 2016 r. za okres od stycznia do grudnia 2011 r. (data wpływu do urzędu [...].02.2016 r.), zostały złożone po upływie terminu przedawnienia do dokonania korekty podatku naliczonego.
W konsekwencji, na podstawie art. 81 § 2a O.p., NUS uznał złożone [...] grudnia 2015 r. korekty deklaracji za ww. okres za bezskuteczne z mocy prawa.
W wyniku wniesionego przez Miasto odwołania, DIAS decyzją z [...] października 2016 r. utrzymał w mocy decyzję organu I instancji. Nie zgadzając się z tym rozstrzygnięciem strona złożyła skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego
w Gorzowie Wielkopolskim, który wyrokiem z 8 marca 2017 r., sygn. akt I SA/Go 5/17 uchylił zaskarżoną decyzję. Z kolei Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z 28 maja 2019 r., sygn. akt I FSK 863/17 oddalił skargę kasacyjną wniesioną przez DIAS.
W uzasadnieniu ww. wyroku NSA stwierdził, że skarga kasacyjna nie zasługiwała na uwzględnienie, gdyż zaskarżony wyrok, pomimo częściowo nieprawidłowego uzasadnienia, odpowiadał prawu. Zdaniem NSA problemy, jakie zarysował Sąd pierwszej instancji w ramach uzasadnienia wyroku, będące równocześnie przedmiotem argumentacji organu wnoszącego skargę kasacyjną, sprowadzały się do dwóch zasadniczych zagadnień: możliwości selektywnego skomasowania rozliczeń Miasta
i jego jednostek organizacyjnych, ograniczenia konsolidacji rozliczeń terminem, jaki wynika z art. 86 ust. 13 u.p.t.u.
Odnosząc się do pierwszego zagadnienia NSA stwierdził, że niezasadne było stanowisko wyrażone w zaskarżonym wyroku, że brak pełnej konsolidacji rozliczeń Miasta, tj. objęcia jednym rozliczeniem (deklaracjami korygującymi) także wyników miejskich zakładów budżetowych, nie było konieczne dla oceny prawidłowości złożonych korekt. Odnośnie drugiej spornej kwestii, dotyczącej możliwości odstąpienia od wymogu dochowania terminu, przewidzianego w art. 86 ust. 13 u.p.t.u., NSA stanął na stanowisku, że w warunkach zaistniałych w tej sprawie występowało usprawiedliwienie dla opóźnionego (w lutym 2016 r.) rozliczenia podatku.
Ponownie rozpoznając sprawę DIAS uchylił w całości ww. decyzję organu I instancji z [...] maja 2016 r. i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia przez NUS. Organ odwoławczy stwierdził, że zaskarżona decyzja organu I instancji została wydana z naruszeniem art. 86 ust. 13 u.p.t.u. oraz że organ I instancji w stanie faktycznym sprawy niezasadnie, z przyczyn wskazanych w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji, odmówił stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług za miesiące od stycznia do grudnia 2011 r., wskazując na treść art. 86 ust. 13 u.p.t.u. Stwierdził, że w sprawie należy ponownie dokonać ustaleń co do zasadności i skuteczności wniosku Miasta
o stwierdzenie nadpłaty w podatku od towarów i usług za miesiące od stycznia do grudnia 2011 r., w tym co do wnioskowanej przez stronę kwoty tej nadpłaty,
z uwzględnieniem wskazań zawartych w ww. wyroku NSA.
W wyniku ponownego rozpatrzenia sprawy NUS decyzją z [...] określił stronie w podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące od stycznia do grudnia 2011 r. kwoty zobowiązania podatkowego/zwrotu podatku na rachunek bankowy oraz stwierdził nadpłaty w podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące od stycznia do grudnia 2011 r. w kwotach 0 zł za każdy miesiąc. W uzasadnieniu ww. decyzji organ I instancji stwierdził, że w stosunku do rozpatrywanego wniosku skarżącej
o stwierdzenie nadpłaty w ww. podatku za wskazany okres, złożonego [...] grudnia
2015 r. wraz z korektami deklaracji VAT-7, odstąpić należy od zastosowania art. 86 ust. 13 u.p.t.u. Według organu I instancji, w okolicznościach sprawy, w szczególności przy założeniu, że złożone przez stronę korekty i dokonanie odliczenia podatku naliczonego nastąpiło w ramach konsolidacji rozliczeń Miasta oraz gminnych jednostek budżetowych wskutek zapadłego orzeczenia TSUE z 29 września 2015 r. w sprawie C-276/14, przepis ten nie ma zastosowania. W takiej sytuacji termin rozliczenia podatku naliczonego za poszczególne miesiące 2011 r. upływał na zasadzie przewidzianej w art. 79 § 2 O.p., tj. z upływem terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych. Powołując się na art. 79 § 2 O.p., w brzmieniu obowiązującym do 31 grudnia 2015 r., a także mając na uwadze treść art. 70 § 1 O.p., NUS uznał, że [...] grudnia 2015 r. nie wygasło prawo złożenia przez Miasto wniosku o stwierdzenie nadpłaty w podatku od towarów
i usług za poszczególne miesiące 2011 roku. Zdaniem organu I instancji, dokonane przez stronę w korektach deklaracji rozliczenie podatku od towarów i usług nie było prawidłowe.
W zakresie podatku należnego za poszczególne miesiące od stycznia do grudnia 2011 r. organ I instancji dokonał analizy i porównania rejestrów sprzedaży z wybranymi dokumentami źródłowymi oraz porównania wartości wynikających z rejestrów sprzedaży z deklaracjami VAT-7 złożonymi [...] lutego 2016 r. wraz z pismem uzupełniającym do wniosku o stwierdzenie nadpłaty, nie stwierdzając nieprawidłowości w powyższym zakresie.
Do wyliczenia podatku naliczonego do odliczenia za poszczególne miesiące 2011 roku NUS przyjął wartości wynikające z poniższych składowych:
a) zbiorcze rejestry zakupów do korekty deklaracji VAT za poszczególne miesiące dołączone do pisma strony z [...] lutego 2023 r., dotyczące nabyć Miasta. Organ I instancji wskazał, że strona wyliczyła podatek naliczony w oparciu o nabycia związane wyłącznie ze sprzedażą opodatkowaną oraz o nabycia z wyliczoną w piśmie z [...] lutego 2023 r. prestrukturą w wysokości 38% i współczynnikiem VAT 73%. Na sumą tych rejestrów składają się kwoty środków trwałych Miasta oraz nabyć pozostałych. Przy czym organ I instancji wskazał, że ww. prestrukturą w wysokości 38% została przez stroną wyliczona w oparciu o schemat organizacyjny Urzędu Miasta [...]. NUS nie stwierdził nieprawidłowości przy wyliczeniu prewspółczynnika VAT dla Urzędu Miasta [...] i przyjął jego wartość 38%. Przyjął także wyliczenia podatku naliczonego dot. Urzędu Miasta przedstawione przez stronę skarżącą za pismem
z [...] lutego 2023 r.
b) podatek naliczony od nabyć jednostek budżetowych wyliczony przez organ I instancji z uwzględnieniem prewspółczynnika VAT dla każdej jednostki osobno oraz
z uwzględnieniem współczynnika VAT, w przypadkach gdy występowała sprzedaż VAT zwolniona. Organ I instancji przyjął do wyliczenia ww. prewspółczynników stosunek sumy sprzedaży VAT netto, zarówno zwolnionej jak i opodatkowanej, do sumy wydatków każdej jednostki wynikającej ze sprawozdania Rb-28s. Następnie, jeśli dana jednostka wykazała sprzedaż zwolnioną, organ I instancji wyliczył na podstawie przedstawionych zbiorczych rejestrów VAT sprzedaży za 2011 r., współczynnik wynikający z przepisów art. 90 ust. 2 u.p.t.u. Do złożonego [...] grudnia 2015 r. wniosku o nadpłatę podatku strona dołączyła rejestry VAT zakupu wraz z kopiami faktur dotyczącymi nabyć dokonanych przez poszczególne jednostki budżetowe z podziałem na miesiące roku 2011. Wysokość podatku naliczonego do odliczenia z tych faktur zakupu organ I instancji wyliczył przyjmując przedstawione przez stronę wartości ze zbiorczych rejestrów miesięcznych zakupu poszczególnych jednostek budżetowych
i przemnażając te wartości przez wskaźnik prewspółczynnika każdej jednostki osobno. Następnie otrzymane wartości, w przypadku jednostek, które wykazały sprzedaż VAT zwolnioną (współczynnik inny niż 100%) przemnożono przez wartość współczynnika VAT. Z tak wyliczonych wartości organ I instancji dokonał zsumowania, z podziałem na poszczególne miesiące 2011 r.
c) podatek naliczony od nabyć Zakładu Gospodarki Mieszkaniowej (ZGM) - koszty ogólne struktura. Organ I instancji przyjął wartości miesięcznych nabyć ZGM wskazane przez stronę jako niemożliwe do przypisania do sprzedaży wyłącznie opodatkowanej bądź zwolnionej. NUS wziął pod uwagę, że zgodnie z oświadczeniem skarżącej są to kwoty z faktur VAT nabyć dotyczących sprzedaży VAT. Faktury VAT nabyć, które dotyczyły w całości lub części sprzedaży nie objętej VAT, nie były w ogóle rozliczane
w deklaracjach.
d) podatek naliczony od nabyć Zakładu Gospodarki Mieszkaniowej (ZGM) - koszty dotyczące wyłącznie sprzedaży opodatkowanej. Do pisma z [...] lutego 2016 r. stanowiącego uzupełnienie wniosku o stwierdzenie nadpłaty strona dołączyła zbiorcze rejestry VAT zakupów zawierające podatek naliczony od nabyć zakładów budżetowych, w tym ZGM. Organ I instancji przyjął wartości podatku naliczonego do odliczenia od nabyć dotyczących wyłącznie sprzedaży opodatkowanej.
e) podatek naliczony od nabyć Miejskiego Zakładu Komunikacji (MZK) - koszty dotyczące wyłącznie sprzedaży opodatkowanej. Do ww. pisma z [...] lutego 2016 r. strona załączyła także zbiorcze rejestry VAT zakupów zawierające podatek naliczony od nabyć MZK. Organ I instancji przyjął wartości podatku naliczonego do odliczenia od nabyć dotyczących wyłącznie sprzedaży opodatkowanej.
f) podatek naliczony od nabyć Ośrodka Sportu i Rekreacji (OSiR) - koszty dotyczące wyłącznie sprzedaży opodatkowanej. Do ww. pisma z [...] lutego 2016 r. strona załączyła także zbiorcze rejestry VAT zakupów zawierające podatek naliczony od nabyć OSiR. Organ I instancji przyjął wartości podatku naliczonego do odliczenia od nabyć dotyczących wyłącznie sprzedaży opodatkowanej.
Z powyższych składowych organ I instancji wyliczył podatek naliczony do odliczenia za poszczególne miesiące 2011 roku dla środków trwałych oraz nabyć pozostałych. Organ I instancji dokonał również wyliczenia kwot właściwych do deklaracji VAT-7 za poszczególne miesiące od stycznia do grudnia 2011 r. Następnie porównał wyliczone kwoty do zapłaty lub kwoty zwrotu podatku za poszczególne miesiące od stycznia do grudnia 2011 r., z kwotami wykazanymi przez stronę przed centralizacją,
tj. w korektach VAT-7 z [...] października 2014 r.
Organ I instancji zauważył, że ww. korekty VAT-7 sprzed centralizacji zostały przez Miasto złożone wraz z wnioskiem o nadpłatę oraz że NUS, po weryfikacji tego wniosku, dokonał zwrotu kwot nadpłaty bez wydawania decyzji. Łączna kwota wypłacona w związku z powyższym wnioskiem o nadpłatę wyniosła 1.363.749,00 zł. Organ I instancji wskazał, że aby uzyskać kwoty, które podatnik powinien wpłacić do urzędu lub kwoty należnych zwrotów, należy uwzględnić rozliczenia jednostek
i zakładów budżetowych sprzed centralizacji. W tym celu należy do korekt deklaracji VAT-7 Miasta złożonych w 2014 roku doliczyć wyniki (kwoty wpłacone bądź otrzymane zwroty) wykazane przez poszczególne jednostki, które złożyły za poszczególne miesiące roku 2011 deklaracje VAT-7 będąc oddzielnymi podatnikami. Organ I instancji wziął pod uwagę: wpłaty dokonane przez jednostki budżetowe w poszczególnych miesiącach 2011 r. - wpłaty te wynikają z wpłat poszczególnych 13 jednostek budżetowych (pozostałe jednostki budżetowe nie składały w 2011 r. deklaracji VAT-7 jako samodzielni podatnicy), wpłaty dokonane przez ZGM oraz OSiR, zwroty otrzymane przez Szkolne Schronisko Młodzieżowe, zwroty otrzymane przez OSiR, zwroty otrzymane przez MZK.
Na podstawie przedstawionych wyliczeń organ I instancji ustalił, że po przeprowadzeniu pełnej centralizacji za rok 2011, strona powinna dokonać wpłaty na rachunek urzędu skarbowego w łącznej wysokości 992.332 zł.
W wyniku wniesionego odwołania przez Miasto DIAS stwierdził, że organ I instancji zaskarżoną decyzją: określił stronie w podatku od towarów i usług za styczeń, maj, czerwiec, październik, listopad i grudzień 2011 r. – zobowiązania podatkowe oraz za luty, marzec, kwiecień, lipiec, sierpień, wrzesień 2011 r. – kwoty do zwrotu na rachunek bankowy, do czego nie był uprawniony, z uwagi na upływ terminu przedawnienia, a także stwierdził nadpłaty w podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące od stycznia do grudnia 2011 r. w wysokości 0 zł, niezgodnie
z brzmieniem art. 75 § 4a zd. 2 O.p., w myśl którego w zakresie, w jakim wniosek jest niezasadny, organ odmawia stwierdzenia nadpłaty.
Z tych też przyczyn decyzją z [...] DIAS uchylił decyzję organu I instancji
z [...] w całości i orzekł co do istoty sprawy w ten sposób, że odmówił stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące od stycznia do grudnia 2011 r. w łącznej kwocie 3.025.779 zł.
W pierwszej kolejności organ odwoławczy podał, że zgodnie z art. 70 § 1 O.p. termin przedawnienia zobowiązania podatkowego za miesiące od stycznia do listopada 2011 r. upływał 31 grudnia 2016 r., zaś za grudzień 2011 r. – 31 grudnia 2017 r. Zatem wniosek strony o stwierdzenie nadpłaty z [...] grudnia 2015 r. został złożony przed upływem terminu przedawnienia. Niemniej jednak zauważył, że organ I instancji nie był uprawniony do określenia Miastu, po upływie terminu przedawnienia, za poszczególne miesiące 2011 r. zobowiązania podatkowego oraz kwot do zwrotu na rachunek bankowy w podatku od towarów i usług. NUS był uprawniony wyłącznie do ustalenia, czy powstała nadpłata, a jeżeli tak, to w jakiej wysokości. Zdaniem DIAS, organ I instancji był uprawniony do wypowiedzenia się co do elementów konstrukcyjnych podatku od towarów i usług, takich jak prawidłowość wykazanych w złożonych wraz
z wnioskiem korektach deklaracji VAT-7 wysokościach podatku należnego
i naliczonego, a w konsekwencji także do wykazanych kwot zobowiązania podatkowego, co też organ I instancji uczynił w uzasadnieniu decyzji. Mogło to mieć jednak wyłącznie charakter techniczny, celem ustalenia, czy w związku z wnioskiem złożonym przed upływem terminu przedawnienia, powstała nadpłata, a jeżeli tak, to
w jakiej wysokości. NUS nie był natomiast uprawniony do zawarcia w sentencji zaskarżonej decyzji rozstrzygnięcia w zakresie określenia za poszczególne miesiące 2011 r. w podatku od towarów i usług kwot zobowiązania podatkowego lub kwot do zwrotu na rachunek bankowy.
Jednocześnie organ odwoławczy uwzględnił wskazania płynące z wyroku Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej w sprawie C-276/14 Gmina Wrocław przeciwko Ministrowi Finansów oraz uchwały NSA z 26 października 2015 r., sygn. akt
I FPS 4/15, na kanwie których dopuszcza się możliwość zastosowania przez daną jednostkę samorządową centralizacji rozliczeń zarówno jej jednostek budżetowych, jak
i zakładów budżetowych. W tym zakresie DIAS wziął pod uwagę przepisy ustawy
z 5 września 2016 r. o szczególnych zasadach rozliczeń podatku od towarów i usług oraz dokonywania zwrotu środków publicznych przeznaczonych na realizację projektów finansowanych z udziałem środków pochodzących z budżetu Unii Europejskiej lub od państw członkowskich Europejskiego Porozumienia o Wolnym Handlu przez jednostki samorządu terytorialnego (Dz. U. z 2018 r., poz. 280 ze zm.; dalej: ustawa centralizacyjna), która dopuszcza możliwość objęcia rozliczeniem scentralizowanym - czyli obejmującym daną jednostkę samorządu terytorialnego wraz z jej wszystkimi jednostkami organizacyjnymi - okresów rozliczeniowych sprzed wejścia w życie ustawy. Zastosowanie przepisów tzw. ustawy centralizacyjnej wynika również z wyroku NSA
z 28 maja 2019 r., sygn. akt I FSK 863/17.
Na podstawie zgromadzonego w sprawie materiału dowodowego oraz w wyniku analizy przepisów ww. ustawy centralizacyjnej (w tym art. art. 11 ust. 1 pkt 2, art. 11 ust. 2) organ odwoławczy uznał, że skarżąca spełniła przesłanki określone ww. przepisami ustawy centralizacyjnej do przeprowadzenia procesu centralizacji za 2011 rok. Strona przedłożyła zarówno wykaz wszystkich jednostek organizacyjnych, których rozliczenia podatku są objęte korektami deklaracji podatkowych, a w uzupełnieniu wniosku
o stwierdzenie nadpłaty z [...] lutego 2016 r. uwzględniła w złożonych korektach rozliczenia podatku zakładów budżetowych Miasta.
W zakresie ustalenia kwoty podatku należnego za poszczególne miesiące od stycznia do grudnia 2011 r. DIAS podzielił zapatrywania organu I instancji, przyjmując wartości ujęte przez Miasto w rozliczeniach czynności podlegających opodatkowaniem VAT wykonywanych zarówno przez wszystkie jednostki budżetowe, jak i wszystkie zakłady budżetowe. W wyniku porównania rejestrów sprzedaży z wybranymi dokumentami źródłowymi oraz porównania wartości wynikających z rejestrów sprzedaży z deklaracjami VAT-7 złożonymi [...] lutego 2016 r. wraz z pismem uzupełniającym do wniosku o stwierdzenie nadpłaty, nie stwierdzono nieprawidłowości.
Celem ustalenia łącznego podatku naliczonego skarżącej, organ odwoławczy dokonał ustaleń dotyczących podatku naliczonego poszczególnych jednostek budżetowych i zakładów budżetowych Miasta, w tym proporcjonalnego odliczenia podatku naliczonego przez jednostki organizacyjne Miasta.
DIAS nie stwierdził nieprawidłowości przy wyliczeniu przez stronę prewspółczynnika VAT i współczynnika VAT dla Miasta i przyjął wartość zgodnie ze stanowiskiem skarżącej wyrażonym w jej piśmie z [...] lutego 2023 r., tj. prewspółczynnik na poziomie 38% oraz współczynnik na poziomie 73%. Do wyliczeń kwot podatku naliczonego przyjęto wartości netto zakupów i podatek naliczony zgodne z wartościami przedstawionymi przez stroną w miesięcznych rejestrach zakupu Miasta.
W zakresie podatku naliczonego jednostek budżetowych Miasta, do odliczenia
z faktur zakupu poszczególnych jednostek budżetowych organ odwoławczy przyjął wartości ze zbiorczych rejestrów miesięcznych zakupu poszczególnych jednostek budżetowych, przemnażając je przez wskaźnik prewspółczynnika każdej jednostki osobno. W przypadku jednostek, które nie wykazały sprzedaży VAT zwolnionej, otrzymane wartości przyjął w całości, a w przypadku jednostek budżetowych, które wykazały sprzedaż VAT zwolnioną, przemnożył otrzymane wartości przez wartość współczynnika VAT. Z tak wyliczonych wartości dokonano zsumowania z podziałem na poszczególne miesiące 2011 r. i uzyskano wyniki podatku naliczonego jednostek budżetowych Miasta z prawem do odliczenia.
Z kolei do wyliczenia prewspółczynników dla jednostek budżetowych przyjęto stosunek sumy sprzedaży VAT netto, zarówno zwolnionej jak i opodatkowanej, do sumy wydatków każdej jednostki wynikającej ze sprawozdań Rb-28s, przesłanych przez Miasto [...] marca 2023 r. i [...] marca 2023 r. uznając, że wydatki poszczególnych jednostek wykazane w sprawozdaniach Rb-28s, będą się równać z uzyskanymi przez te jednostki dochodami. DIAS zaznaczył, że sposób wyliczenia prewspółczynnika został uzgodniony z pełnomocnikiem skarżącej.
W odniesieniu do trzech zakładów budżetowych, które były czynnymi podatnikami podatku VAT organ odwoławczy zauważył, że w 2011 r. MZK i OSiR wykazywały koszty dotyczące wyłącznie sprzedaży opodatkowanej, natomiast ZGM wykazywał zarówno koszty dotyczące wyłącznie sprzedaży opodatkowanej, jak i koszty ogólne liczone strukturą.
W przypadku kosztów dotyczących wyłącznie sprzedaży opodatkowanej (ZGM, MZK i OSiR) do wyliczenia łącznego podatku naliczonego przyjęto podatek naliczony
w pełnej wysokości, a kwoty te są zgodne z kwotami wyliczonymi przez Miasto przedstawionymi w zbiorczych rejestrach VAT zakupów.
DIAS zauważył, że w przypadku podatku naliczonego ZGM - koszty ogólne struktura, organ I instancji przyjął wartości przedstawione przez stronę w zbiorczych rejestrach. Są to kwoty z faktur VAT dotyczących działalności podlegającej opodatkowaniu (opodatkowanej i zwolnionej). Faktury VAT nabyć dotyczących
w całości lub części sprzedaży nieobjętej VAT, nie były przez stronę w ogóle rozliczane w deklaracjach.
Jak wynika z pisma skarżącej z [...] lutego 2016 r. stanowiącego uzupełnienie wniosku o stwierdzenie nadpłaty, wyliczona przez nią proporcja (struktura sprzedaży) - w związku ze scaleniem rozliczeń Miasta oraz jego jednostek organizacyjnych (wszystkich jednostek budżetowych oraz wszystkich zakładów budżetowych) dla okresu od stycznia do grudnia 2011 r. wyniosła 72%.
Zdaniem DIAS, wynika z tego, że do kosztów ogólnych ZGM liczonych strukturą strona zastosowała proporcję wyliczoną dla wszystkich jednostek organizacyjnych Miasta i tak wyliczona kwota podatku naliczonego ZGM została uwzględniona w decyzji organu I instancji. Z ustawy centralizacyjnej wynika natomiast obowiązek wyliczenia proporcji sprzedaży odrębnie dla każdej jednostki organizacyjnej.
Z uwagi na powyższe w zaskarżonej decyzji wyliczono, ile wynosi proporcja z art. 90 u.p.t.u. dla ZGM za 2011 rok. Do wyliczeń przyjęto wartości rocznego obrotu ZGM wynikające ze złożonych przez ZGM deklaracji VAT-7 za poszczególne miesiące 2011r.
Z dokonanych ustaleń wynika, że indywidualna proporcja wyliczona na ZGM za 2011 rok w oparciu o obroty ZGM z 2011 roku wynosi 51% i jest niższa od proporcji zastosowanej przez Miasto (72%). DIAS zaznaczył, że z uwagi na to, że organ I instancji przyjął do wyliczenia podatku naliczonego koszty ogólne ZGM liczone strukturą w kwotach podanych przez stronę w zbiorczych rejestrach VAT (czyli wyliczonych
z zastosowaniem proporcji w wysokości 72%), mając na uwadze wyrażoną w art. 234 O.p. zasadę reformationis in peius, odstąpiono od zastosowania ww. proporcji indywidualnej w wysokości 51%, jako mniej korzystnej dla strony niż proporcja przyjęta przez organ I instancji.
W wyniku zsumowania wszystkich elementów składowych podatku naliczonego za poszczególne miesiące 2011 r., DIAS ustalił wysokości podatku naliczonego z tytułu nabyć środków trwałych oraz z tytułu nabyć pozostałych - po centralizacji.
Dla dokonania ustaleń w zakresie nadpłaty w dalszej kolejności koniecznym stało się ustalenie, jakie są wartości podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące od stycznia do grudnia 2011 r. do zapłaty lub do zwrotu bezpośredniego (po centralizacji). Wyliczenia te (po korekcie omyłek popełnionych przez organ I instancji
w rozliczeniu sierpnia 2011 r.) przedstawiono w tabeli nr 2 zaskarżonej decyzji. Następnie porównano kwoty do zapłaty/do zwrotu podatku za poszczególne miesiące od stycznia do grudnia 2011 r. z kwotami wykazanymi przez Miasto przed centralizacją (ostatnie korekty VAT-7 z [...] października 2014 r.). Porównanie ww. kwot, po korekcie omyłek popełnionych przez organ I instancji, przedstawiono w tabeli nr 3 zaskarżonej decyzji.
Korekty VAT-7 sprzed centralizacji (korekty z [...] października 2014 r.) złożone zostały wraz z wcześniejszym wnioskiem skarżącej o stwierdzenie nadpłaty. NUS po weryfikacji tego wniosku, zwrócił stronie kwoty nadpłat bez wydawania decyzji. Dokonał także zwrotów bezpośrednich, w związku z wykazanymi przez Miasto w ww. deklaracjach korygujących z [...] października 2014 r. nadwyżkami podatku naliczonego nad należnym do zwrotu (za styczeń 2011 r. i październik 2011 r.).
Łączna kwota wypłacona Miastu w związku z poprzednim wnioskiem
o stwierdzenie nadpłaty oraz przedłożonymi korektami deklaracji VAT-7 z [...] października 2014 r. wyniosła 1.363.749,00 zł.
DIAS podkreślił, że w wyniku kolejnego wniosku skarżącej z [...] grudnia 2015 r.
o stwierdzenie nadpłaty, uzupełnionego pismem z [...] lutego 2016 r. oraz złożonych wraz z tym wnioskiem korekt deklaracji, zmienił się zakres podatku naliczonego podlegającego odliczeniu. Zmiana ta jest konsekwencją przeprowadzonej centralizacji rozliczeń Miasta, w tym zastosowaniem do podatku naliczonego podlegającego proporcjonalnemu odliczeniu:
- wskaźników prestruktury - w przypadku wydatków związanych zarówno z działalnością opodatkowaną, jak i niepodlegającą opodatkowaniu,
- nowych wskaźników struktury, o których mowa w art. 90 u.p.t.u., w przypadku wydatków związanych zarówno ze sprzedażą opodatkowaną, jak i zwolnioną.
Mając na względzie treść wniosku o stwierdzenie nadpłaty z [...] grudnia 2015 r. organ odwoławczy uznał, że wolą strony było m.in. ustalenie nowej struktury sprzedaży i zmniejszenie już wcześniej dokonanych (w korektach deklaracji z [...] października 2014 r.) odliczeń podatku VAT naliczonego za 2011 rok, w związku ze zmianą struktury sprzedaży Miasta - po scaleniu z jednostkami budżetowymi. Ostateczna wysokość wskaźników struktury została ustalona z udziałem skarżącej, odrębnie dla poszczególnych jednostek organizacyjnych. Wskaźnik struktury dla Urzędu Miasta wyniósł 73%, zaś wskaźnik prestruktury wyniósł 38% i został ustalony w porozumieniu ze stroną, stosownie do wyjaśnień przedstawionych w piśmie z [...] lutego 2023 r.
Wysokość proporcji, którą ustalono na podstawie art. 30 ust. 3 u.p.t.u. została przyjęta w wysokości ustalonej ze stroną, a więc organ odwoławczy uznał, że nie naruszono art. 16 ust. 2 ustawy centralizacyjnej.
DIAS podkreślił, że podatek naliczony do odliczenia dotyczący Urzędu Miasta został przyjęty zgodnie z zestawieniami przedstawionymi przez skarżącą za pismem
z [...] lutego 2023 r. Sposób wyliczenia prewspółczynnika dla pozostałych jednostek budżetowych Miasta również został uzgodniony w toku postępowania z pełnomocnikiem strony.
DIAS uznał zatem, że wysokość podatku naliczonego podlegającego odliczeniu od podatku należnego ustalona została w sposób prawidłowy, tj. z uwzględnieniem obowiązujących w tym zakresie przepisów prawa, w tym art. 16 ust. 2 pkt 2 ustawy centralizacyjnej, nakazującego uwzględnienie przy dokonywaniu scentralizowanych korekt deklaracji proporcji z art. 90 ust. 3 u.p.t.u. - odrębnie dla każdej jednostki organizacyjnej, a także z uwzględnieniem stanowiska prezentowanego przez Miasto
w toku postępowania. Ponadto nie odmówiono skarżącej prawa do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z faktur przedłożonych wraz z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty lecz stwierdzono, że pomimo istniejącego prawa do odliczenia podatku naliczonego z ww. faktur (którego wielkość ustalono z zastosowaniem uzgodnionych ze stroną prewspółczynników oraz współczynników sprzedaży), za poszczególne miesiące od stycznia do grudnia 2011 r. nie powstała nadpłata w podatku od towarów i usług.
Dla ustalenia, czy w wyniku złożonego wniosku o stwierdzenie nadpłaty
z [...] grudnia 2015 r., uzupełnionego pismem z [...] lutego 2016 r., powstała nadpłata, koniecznym stało się ustalenie wysokości łącznych wpłat podatku przez wszystkie jednostki organizacyjne Miasta oraz łącznych zwrotów podatku dokonanych na rzecz tych jednostek za poszczególne miesiące 2011 roku.
Po zsumowaniu wszystkich wpłat (tabela nr 4 zaskarżonej decyzji) oraz wszystkich zwrotów (tabela nr 5 zaskarżonej decyzji) za 2011 r. poszczególnych jednostek organizacyjnych Miasta, DIAS ustalił, czy przed centralizacją istniała nadwyżka wpłat nad zwrotami, czy też nadwyżka zwrotów nad wpłatami i ile ona wynosiła, a następnie porównano te kwoty nadwyżek z wyliczonymi zwrotami/wpłatami- po centralizacji. Szczegółowe wyliczenie zawarto w tabeli 6 zaskarżonej decyzji (uwzględnia ona skorygowane omyłki popełnione przez NUS).
Organ odwoławczy stwierdził, że w wyniku centralizacji rozliczeń w podatku VAT Miasta za miesiące:
- styczeń, luty, marzec, kwiecień, lipiec, sierpień, wrzesień i grudzień 2011 r. – zwroty podatku od towarów i usług dokonane za ww. okresy rozliczeniowe na rzecz strony i jej jednostek organizacyjnych przed centralizacją (kol. 3 tabeli nr 6 zaskarżonej decyzji) przewyższają wpłaty tych jednostek dokonane przed centralizacją (kol. 2 tabeli nr 6 ww. decyzji) - z porównania zwrotów i wpłat podatku za te okresy rozliczeniowe wynika nadwyżka zwrotów nad wpłatami (kol. 5 tabeli nr 6 ww. decyzji). Zatem za ww. okresy rozliczeniowe nie wystąpiły kwoty nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego przez skarżącą podatku. W konsekwencji za styczeń, luty, marzec, kwiecień, lipiec, sierpień, wrzesień i grudzień 2011 r. w wyniku złożonego przez Miasto wniosku nie powstała nadpłata w podatku od towarów i usług;
- maj, czerwiec, październik i listopad 2011 r. – wpłaty podatku od towarów i usług dokonane za ww. okresy rozliczeniowe przez skarżącą i jej jednostki organizacyjne przed centralizacją (kol. 2 tabeli nr 6 zaskarżonej decyzji) przewyższają zwroty tych jednostek otrzymane przed centralizacją (kol. 3 tab. nr 6 ww. decyzji). W wyniku tzw. centralizacji rozliczeń Miasta za wskazane okresy występuje nadwyżka podatku należnego nad naliczonym, czyli kwota podatku do zapłaty (kol. 6 tabeli nr 6 zaskarżonej decyzji). Wysokość nadwyżki wpłat nad zwrotami za ww. okresy rozliczeniowe (kol. 4 tabeli nr 6 zaskarżonej decyzji) jest jednak niższa niż wyliczona
w postępowaniu nadpłatowym wysokość podatku do zapłaty po centralizacji (kol. 6 tabeli nr 6 zaskarżonej decyzji), tzn. strona wpłaciła mniej niż powinna była wpłacić według scentralizowanego rozliczenia. Zatem za ww. okresy rozliczeniowe nie wystąpiły kwoty nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego przez stronę podatku.
W konsekwencji powyższego, za maj, czerwiec, październik i listopad 2011 r. również nie powstała nadpłata w podatku od towarów i usług.
DIAS dodał, że ze scentralizowanego rozliczenia podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące 2011 r. wynika, że za: luty, marzec, kwiecień, lipiec, sierpień
i wrzesień 2011 r. występują kwoty podatku do zwrotu. Jednakże wysokość tych zwrotów (zwroty po centralizacji) za wszystkie ww. okresy rozliczeniowe jest niższa, niż wysokość faktycznie zrealizowanych zwrotów podatku za ww. okresy rozliczeniowe na rzecz strony i jej jednostek organizacyjnych (przed centralizacją).
Z uwagi na odmowę stwierdzenia nadpłaty w podatku VAT za poszczególne miesiące od stycznia do grudnia 2011 r. w całości, DIAS stwierdził, że korekty deklaracji VAT-7 złożone wraz z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty z [...] grudnia 2015 r. (uzupełnionym pismem z [...] lutego 2016 r.) nie wywołują skutków prawnych.
W skardze wywiedzionej do tut. Sądu Miasto, reprezentowane przez doradcę podatkowego, zaskarżonej decyzji zarzuciło naruszenie:
- art. 75 § 4 i § 4a oraz art. 120, art. 122 O.p. poprzez odmowę stwierdzenia wnioskowanej nadpłaty,
- art. 70 § 1 O.p. w zw. z art. 75 § 4 i § 4a poprzez nieuprawnioną weryfikację historycznych (przedawnionych) rozliczeń podatkowych jednostek organizacyjnych Miasta sprzed centralizacji, czym wykroczył poza zakres postępowania o stwierdzenie nadpłaty (rozliczenia wynikające z faktur przedłożonych do wniosku o stwierdzenie nadpłaty nie zostały zakwestionowane),
- art. 72 § 1 pkt 1 w zw. z art. 59 § 1 pkt 9 i art. 208 § 1, a także art. 75 § 1 O.p. poprzez uwzględnienie w rozliczeniu podatku od towarów i usług historycznych rozliczeń po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, co skutkowało odmową stwierdzenia nadpłaty,
- art. 86 ust. 1 u.p.t.u. poprzez odmowę prawa do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z faktur przedłożonych do wniosku o stwierdzenie nadpłaty,
- art. 16 ust. 2 pkt 2 ustawy z dnia 5 września 2016 r. o szczególnych zasadach rozliczeń podatku od towarów i usług oraz dokonywania zwrotu środków publicznych przeznaczonych na realizację projektów finansowanych z udziałem środków pochodzących z budżetu Unii Europejskiej lub od państw członkowskich Europejskiego Porozumienia o Wolnym Handlu przez jednostki samorządu terytorialnego (t. j. Dz. U. z 2018 r. poz. 280) poprzez odmowę zastosowania proporcji wyliczonej przez skarżącą zgodnie z art. 90 ust. 3 u.p.t.u.
W związku z powyższym Miasto wniosło o uchylenie w całości zaskarżonej decyzji i przekazanie sprawy organowi do ponownego rozpoznania oraz o zasądzenie kosztów postępowania wedle norm przepisanych.
W odpowiedzi na skargę DIAS podtrzymał argumentację zaprezentowaną
w zaskarżonej decyzji i wniósł o oddalenie skargi.
Wojewódzki Sąd Administracyjny zważył, co następuje:
Zgodnie z art. 1 § 1 i § 2 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz. U. z 2022 r., poz. 2492), sądy administracyjne sprawują wymiar sprawiedliwości między innymi poprzez kontrolę działalności administracji publicznej, przy czym zasadą jest, że kontrola ta sprawowana jest pod względem zgodności
z prawem, jeżeli ustawy nie stanowią inaczej. Z kolei na podstawie 134 § 1 ustawy
z 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi
(Dz. U. z 2023 r. poz. 1634; dalej: P.p.s.a.), sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną, z zastrzeżeniem art. 57a, który dotyczy interpretacji podatkowych i który nie ma zastosowania w rozpoznawanej sprawie.
Pomimo częściowo błędnego uzasadnienia zaskarżonej decyzji, Sąd nie znalazł podstaw do wyeliminowania jej z obrotu prawnego.
Na obecnym etapie spór w sprawie dotyczy zasadności odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług za miesiące od stycznia do grudnia 2011 roku związanej z centralizacją rozliczeń Miasta i jego jednostek budżetowych oraz zakładów budżetowych, dokonaną w związku z korektami deklaracji złożonymi [...] grudnia 2015 r., i [...] lutego 2016 r.
Dla analizy niniejszego zagadnienia istotnym jest fakt, że wyrokiem z 8 marca 2017 r., sygn. akt I SA/Go 5/17 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gorzowie Wielkopolskim uchylił w całości uprzednio wydaną na rzecz Miasta decyzję DIAS
z [...] października 2016 r. W uzasadnieniu wskazał, że prawo do złożenia wniosku
o stwierdzenie nadpłaty oraz wniosku o zwrot nadpłaty wygasa po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego (art. 79 § 2 O.p.). Dodał, że wyjątek od tej zasady przewidziano w art. 86 ust. 13 u.p.t.u., który stanowi, że jeżeli podatnik nie dokonał obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego w terminach, o których mowa w ust. 10, 11, 12, 16 i 18, może on obniżyć kwotę podatku należnego przez dokonanie korekty deklaracji podatkowej za okres, w którym wystąpiło prawo do obniżenia podatku należnego, nie później jednak niż w ciągu 5 lat, licząc od początku roku, w którym wystąpiło prawo do obniżenia podatku należnego. Sąd I instancji podkreślił, że możliwe jest odstąpienie od zastosowania terminu z ww. przepisu
w sytuacji, gdy podatnik należycie nie mógł go zachować z przyczyn od siebie niezależnych. Dla oceny możliwości skorzystania z prawa do odliczenia podatku naliczonego istotne jest ustalenie, czy towary lub usługi zostały nabyte przez podatnika tego podatku (w niniejszej sprawie Miasto) oraz czy nabyte towary lub usługi służą wykonywanej przez podatnika (Miasto) działalności opodatkowanej. Innych warunków
w tym względzie przepis ten nie ustanawia. Jeżeli zatem, w ocenie organu podatkowego, Miasto w złożonych korektach dokonało rozliczenia podatku VAT
w sposób nieprawidłowy, tj. nie uwzględniło wszystkich kwot niezbędnych do prawidłowego wyliczenia wysokości należnego podatku, to rzeczą organu jest zweryfikowanie tego rozliczenia i wydanie w tym przedmiocie stosownego rozstrzygnięcia w oparciu o art. 21 § 3a O.p. Organ podatkowy nie może natomiast odmawiać Miastu prawa do odliczenia podatku naliczonego, przyjmując jako przesłankę tej odmowy okoliczność braku rozliczenia tego podatku w sposób "scentralizowany",
tj. bez uwzględnienia całościowego rozliczenia podatku przez Miasto i podległe jej wszystkie jednostki budżetowe.
Oddalając skargę kasacyjną wniesioną od powyższego rozstrzygnięcia, NSA
w wyroku z 28 maja 2019 r., sygn. akt I FSK 863/17 powołał się na wyrok NSA składu
7 sędziów z 23 kwietnia 2018 r., sygn. akt I FSK 1237/17, w którym uznano, że nie do zaakceptowania jest sytuacja, w której dany podmiot uważa się za podatnika VAT
w odniesieniu do transakcji, w których status ten daje mu korzyść (w postaci kwoty podatku naliczonego do odliczenia), ale już nie do transakcji, które spowodowałyby obowiązek wykazania podatku należnego. W wyroku tym wyraźnie zaznaczono, że "przejęcie" podatku należnego powinno być całościowe, to jest powinno obejmować wszystkie niesamodzielne jednostki organizacyjne, prowadzące w ramach struktury Gminy jej działalność gospodarczą.
W tym kontekście NSA weryfikując orzeczenie Sądu I instancji stwierdził, że niezasadne było stanowisko WSA, że brak pełnej konsolidacji rozliczeń Miasta,
tj. objęcia jednym rozliczeniem (deklaracjami korygującymi) także wyników miejskich zakładów budżetowych, nie było konieczne dla oceny prawidłowości złożonych korekt. Powołując się na wyrok TSUE z dnia 29 września 2015 r. w sprawie C-276/14 oraz następującą po nim uchwałę składu 7 sędziów NSA z dnia 26 października 2015 r., sygn. akt I FPS 4/15, NSA doszedł do przekonania, że w sprawie zaistniało usprawiedliwienie dla opóźnionego (w lutym 2016 r.) rozliczenia podatku przez stronę. Nie do zaakceptowania był bowiem pogląd organu, że to data [...] grudnia 2015 r. wyznaczała czas dostateczny do przygotowania przez Miasto całościowego rozliczenia podatkowego, obejmującego wszystkie bez wyjątku jednostki organizacyjne, zaś przekroczenie tej daty oznaczało automatycznie brak staranności ze strony podatnika. Organ nie uwzględnił również tego, że przepisy obowiązujące w dacie składania przez Miasto wniosku o stwierdzenie nadpłaty nie określały zasad składania korekt związanych z wymienionym orzeczeniem TSUE w sprawie C-276/14, które spowodowało (w praktyce i orzecznictwie) traktowanie gminy jako jednego podatnika VAT obejmującego działalność realizowaną przez wszystkie jej jednostki organizacyjne (gminne jednostki i zakłady budżetowe). Taki tryb został uregulowany dopiero w ustawie z 5 września 2016 r. (tzw. ustawa centralizacyjna), która weszła w życie 1 października 2016 r. Do tego momentu konieczność objęcia korektą wszystkich jednostek organizacyjnych i rozliczenia całego podatku należnego związanego z działalnością tych jednostek nie wynikała wprost z jednoznacznego przepisu prawa, ale była skutkiem skomplikowanej wykładni wielu przepisów prawa.
NSA zauważył, że w dacie wydania decyzji przez DIAS, tj. [...] października
2016 r., powołana ustawa z dnia 5 września 2016 r. weszła już w życie. Sąd kasacyjny odwołał się do stanowiska wyrażonego w wyroku NSA z dnia 23 kwietnia 2018 r., sygn. akt I FSK 1237/17, zgodnie z którym art. 23 ustawy z 5 września 2016 r. ma zastosowanie w przypadkach niezakończonych postępowań podatkowych pomimo, że korekta została złożona jeszcze przed wejściem w życie tej ustawy. Podzielając powyższy pogląd, zdaniem NSA organy podatkowe rozpatrując sprawę Miasta winny ocenić prawidłowość i skuteczność korekt z uwzględnieniem przepisów tej ustawy.
Organy obu instancji były więc zobligowane do uwzględnienia oceny prawnej wyrażonej w wyżej powołanych wyrokach zapadłych w sprawie Miasta. Zgodnie bowiem z art. 153 P.p.s.a. ocena prawna i wskazania co do dalszego postępowania wyrażone
w orzeczeniu sądu wiążą w sprawie organy, których działanie, bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania było przedmiotem zaskarżenia, a także sądy, chyba że przepisy prawa uległy zmianie. Pomimo użycia w tym przepisie określenia "orzeczenie" chodzi w nim nie o sentencję, lecz o uzasadnienie. Ocena prawna rozstrzygnięcia wiąże się bowiem w pierwszym rzędzie z wykładnią prawa, a ta może mieścić się jedynie w uzasadnieniu wyroku (por. prawomocny wyrok WSA w Gliwicach z 22 września 2021 r. sygn. akt I SA/Gl 597/21). Ocena prawna, o której stanowi analizowany przepis, może dotyczyć zarówno samej wykładni prawa materialnego
i procesowego, jak i braku wyjaśnienia w kontrolowanym postępowaniu administracyjnym istotnych okoliczności stanu faktycznego. Zarówno organ administracji, jak i sąd, rozpatrując sprawę ponownie, obowiązane są zastosować się do oceny prawnej zawartej w uzasadnieniu wyroku, bez względu na poglądy prawne wyrażone w orzeczeniach sądowych w innych sprawach (wyrok WSA w Gorzowie Wielkopolskim z 12 października 2023 r. sygn. akt I SA/Go 275/23).
Uwzględniając powyższe, ponownie rozpoznając sprawę DIAS uznał, że decyzja organu I instancji została wydana z naruszeniem art. 86 ust. 13 u.p.t.u., a NUS powinien ponownie dokonać ustaleń co do zasadności i skuteczności wniosku strony
o stwierdzenie nadpłaty w podatku od towarów i usług za miesiące od stycznia do grudnia 2011 r., w tym co do wnioskowanej kwoty nadpłaty. Zatem organ I instancji decyzją z [...] określił Miastu w podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące od stycznia do grudnia 2011 r. kwoty zobowiązania podatkowego/zwrotu podatku na rachunek bankowy oraz stwierdził nadpłaty w podatku od towarów i usług za ww. okresy w kwotach 0 zł za każdy miesiąc.
Weryfikując prawidłowość powyższego rozstrzygnięcia, decyzją z [...] r. DIAS uchylił decyzję organu I instancji w całości i odmówił stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące od stycznia 2011 r. do grudnia 2011 r. w łącznej kwocie 3.025.779 zł. Wskazał na przepis art. 75 § 4a O.p., który normuje, że w decyzji stwierdzającej nadpłatę organ podatkowy określa wysokość zobowiązania podatkowego w prawidłowej wysokości w takim zakresie, w jakim powstanie nadpłaty jest związane ze zmianą wysokości zobowiązania podatkowego.
W zakresie, w jakim wniosek jest niezasadny, organ odmawia stwierdzenia nadpłaty. Organ odwoławczy uznał, że wniosek Miasta o stwierdzenie nadpłaty wraz z korektą zeznań podatkowych wszczął postępowanie w rozumieniu art. 165 § 1 O. p., którego celem było ustalenie, czy powstała nadpłata, a jeżeli tak, to w jakiej wysokości. Stwierdził zatem, że wydając zaskarżoną decyzję NUS nie był uprawniony do określenia stronie, po upływie terminu przedawnienia, za poszczególne miesiące
2011 r. zobowiązania podatkowego oraz kwot do zwrotu na rachunek bankowy
w podatku od towarów i usług, lecz uprawniony był wyłącznie do ustalenia, czy powstała nadpłata, a jeżeli tak, to w jakiej wysokości. W ocenie DIAS, organ I instancji miał prawo do wypowiedzenia się co do elementów konstrukcyjnych podatku od towarów i usług, takich jak prawidłowość wykazanych w złożonych wraz z wnioskiem korektach deklaracji VAT-7 wysokościach podatku należnego i naliczonego, a w konsekwencji także do wykazanych kwot zobowiązania podatkowego, co też uczynił w uzasadnieniu decyzji. Mogło to mieć jednak wyłącznie charakter techniczny, celem ustalenia, czy
w związku z wnioskiem strony, złożonym przed upływem terminu przedawnienia, powstała nadpłata, a jeżeli tak, to w jakiej wysokości. Z uwagi więc na zawarcie
w sentencji zaskarżonej decyzji rozstrzygnięcia w zakresie określenia za poszczególne miesiące 2011 r. w podatku od towarów i usług kwot zobowiązania podatkowego lub kwot do zwrotu na rachunek bankowy, DIAS uchylił decyzję organu I instancji.
W ocenie Sądu, w okolicznościach faktycznych i prawnych analizowanej sprawy zasadnicze znaczenie ma treść art. 75 § 4a O.p. Zgodnie z tym przepisem, w decyzji stwierdzającej nadpłatę organ podatkowy określa wysokość zobowiązania podatkowego w prawidłowej wysokości w takim zakresie, w jakim powstanie nadpłaty jest związane ze zmianą wysokości zobowiązania podatkowego. W zakresie, w jakim wniosek jest niezasadny, organ odmawia stwierdzenia nadpłaty. Równocześnie wspomnieć należy, że w art. 79 O.p. wskazano, że decyzję w sprawie stwierdzenia nadpłaty na wniosek złożony przed upływem terminu przedawnienia można wydać także po upływie tego terminu.
W odniesieniu do zakresu postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty,
w orzecznictwie prezentowane jest stanowisko, że przy wykładni nowego przepisu art. 75 § 4a O.p. wskazuje się jako ważną przesłankę interpretacyjną treść uzasadnienia projektu ustawy nowelizującej (por. np. wyrok WSA w Gliwicach z 22 lutego 2016 r. sygn. akt III SA/Gl 2509/15, wyrok WSA w Bydgoszczy z 16 stycznia 2019 r. o sygn. akt I SA/Bd 881/18). Jak wynika z uzasadnienia projektu ustawy nowelizującej – druk sejmowy nr 3462 (dalej: "projekt nowelizacji"), postępowanie w sprawie stwierdzenia nadpłaty powinno być postępowaniem odrębnym od wszczynanego z urzędu postępowania w sprawie określenia zobowiązania podatkowego na podstawie art. 21 § 3 O.p. Dysponentem tego postępowania jest wnioskodawca, a celem tego postępowania jest weryfikacja samoobliczenia podatku, zdaniem wnioskodawcy generującego nadpłatę, w zakresie jego żądania. W uzasadnieniu projektu nowelizacji wskazano na rozbieżności w orzecznictwie sądów administracyjnych, a także uchwałę NSA z 27 stycznia 2014 r. sygn. akt II FPS 5/13, w której NSA stwierdził, że
w przypadku zakwestionowania prawidłowości skorygowanej deklaracji podatkowej złożonej wraz z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty, zgodnie z art. 75 § 3 O.p. organ podatkowy nie ma obowiązku przed rozpatrzeniem tego wniosku wszczynać w każdej sprawie postępowania celem określenia wysokości zobowiązania podatkowego,
o którym mowa w art. 21 § 3 O.p. W kontekście powyższego stwierdzenia zawartego
w ww. uchwale, w uzasadnieniu projektu nowelizacji podkreślono, że konieczne są zmiany przywracające pierwotny zamysł ustawodawcy szybkiego, ale ograniczonego przedmiotowo postępowania funkcjonującego niezależnie od pełnego postępowania "wymiarowego". Zaproponowano, aby organy podatkowe miały obowiązek określenia
w decyzji stwierdzającej nadpłatę wysokości zobowiązania podatkowego w prawidłowej wysokości w takim zakresie, w jakim powstanie nadpłaty związane jest ze zmianą wysokości zobowiązania podatkowego (art. 75 § 7 projektu nowelizacji - odpowiadający zapisowi uchwalonego § 4a). W projekcie wskazano, że przedmiotowa zmiana jest zgodna z powyższą uchwałą II FPS 5/13, w uzasadnieniu której wskazuje się na konieczność wszczynania z urzędu postępowania w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego tylko, jeśli korekta deklaracji obejmuje całość albo znaczną część samoobliczenia podatku. Wyjaśniono, że wprowadzenie projektowanego art. 75 § 7 (ostatecznie § 4a) O.p. będzie oznaczać, że "zakres postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty będzie ograniczony treścią wniosku podatnika i zakresem dokonanej korekty. W ramach tego postępowania organ podatkowy analizuje wyłącznie stan faktyczny określony przez podatnika. Postępowanie zmierzające do określenia prawidłowej wysokości zobowiązania podatkowego w decyzji stwierdzającej nadpłatę będzie miało zakres ograniczony do zakresu żądania podatnika. Rozdzielenie pełnego postępowania wymiarowego i "cząstkowego" postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty jest systemowo uzasadnione. Przyjęcie proponowanego rozwiązania bazuje na założeniu, że złożenie wniosku o stwierdzenie nadpłaty nie powinno rodzić po stronie organu podatkowego automatycznego obowiązku wszczynania postępowania mającego na celu zbadanie wszystkich elementów konstrukcyjnych zobowiązania podatkowego, czego nie żąda podatnik. Celem postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty jest wyjaśnienie wyłącznie kwestii nadpłaty żądanej przez podatnika". Wyjaśniono, że celem nowelizacji jest przyśpieszenie zwrotu nadpłaty (por. wyrok WSA w Szczecinie z dnia 15 marca 2017 r., sygn. akt I SA/Sz 74/17) – tak wyrok WSA
w Poznaniu z 4 marca 2020 r., sygn. akt I SA/Po 656/19.
Z brzemienia art. 75 § 4a O.p. wynika zatem, że w postępowaniu wszczętym wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty – jeżeli organ wskutek oceny sprawy nie dojdzie do przekonania, że koniecznym jest przeprowadzenie postępowania podatkowego
w zakresie pełnej weryfikacji rozliczenia i określenia wysokości zobowiązania podatkowego i nie zainicjuje w tej sprawie postępowania, ewentualnie takie wszczęcie nie jest dopuszczalne z uwagi na upływ terminu przedawnienia zobowiązania – zakres prowadzonego procesu jest zakreślony treścią wniosku o stwierdzenie nadpłaty. Tak przeprowadzone postępowanie organ może zakończyć na trzy sposoby:
1. Stwierdzić nadpłatę w wysokości wskazanej przez wnioskodawcę i wynikającą ze skorygowanej deklaracji (tj. zaakceptować korektę deklaracji bez wydawania decyzji).
2. Odmówić stwierdzenia nadpłaty.
3. Stwierdzić nadpłatę w wysokości innej, niż wnioskuje o to podatnik i określić wysokość zobowiązania oraz odmówić stwierdzenia nadpłaty w pozostałym zakresie (por. wyrok WSA we Wrocławiu z 16 maja 2023 r., sygn. akt I SA/Wr 427/22).
Skład rozpoznający niniejszą sprawę stoi na stanowisku, że w postępowaniu nadpłatowym, w którym organ odmawia stwierdzenia nadpłaty, obligatoryjnym elementem rozstrzygnięcia jest określenie wysokości zobowiązania podatkowego
w prawidłowej wysokości w takim zakresie, w jakim wysokość ewentualnej nadpłaty jest związana ze zmianą wysokości zobowiązania podatkowego. Taki też pogląd wyrażono w wyroku NSA z 15 marca 2017 r., sygn. akt II FSK 580/15, zgodnie z którym organ podatkowy w ramach postępowania w sprawie nadpłaty - jeżeli jego zdaniem zasadność wysokości nadpłaty budzi wątpliwości - jest uprawniony do wypowiedzenia się co do wysokości zobowiązania podatkowego. Niemożność przeprowadzenia postępowania podatkowego (wymiarowego) nie czyni bezzasadnym żądania strony
w przedmiocie nadpłaty. Tylko w wypadku zgłoszenia wniosku przed upływem terminu przedawnienia organ ma prawo badania wysokości zobowiązania w celu stwierdzenia, czy podatek nie został nadpłacony bądź zapłacony nienależnie. Badanie to będzie ograniczone wyłącznie do tych okoliczności, które wynikają z wniosku o stwierdzenie nadpłaty. Organ nie ma bowiem w takim wypadku obowiązku, a przede wszystkim możliwości wszczęcia postępowania podatkowego w przedmiocie wysokości zobowiązania podatkowego.
Zatem z opisanego wyżej punktu widzenia można zaaprobować uzasadnienie zaskarżonej decyzji, która uchylała decyzję NUS z tej przyczyny, że organ I instancji w decyzji mającej za przedmiot stwierdzenie wystąpienia nadpłaty w podatku od towarów i usług, określił Miastu wysokość zobowiązania podatkowego po upływie terminu przedawnienia. Równocześnie organ II instancji przyjął dokonane przez NUS wyliczenia podatku należnego i naliczonego i na ich podstawie odmówił stwierdzenia nadpłaty. W ocenie Sądu, aby można było określić, czy faktycznie doszło do nadpłaty bądź nie, konieczne jest dokonanie przez organ porównania wartości podatku zapłaconego uprzednio przez Miasto z wartością podatku, jaka w ocenie organu była należna w świetle przepisów prawa. Innymi słowy, aby ustalić, czy istnieje nadpłata, wymagane jest ustalenie, na potrzeby postępowania o stwierdzenie nadpłaty, właściwej wysokości zobowiązania podatkowego. Takich ustaleń w ramach toczącego się postępowania dokonał organ I instancji, który określił Miastu wysokość zobowiązania podatkowego, a odnosząc jego wysokość do korekt deklaracji w podatku od towarów i usług złożonych przez stronę, w dalszej kolejności nie stwierdził wystąpienia nadpłaty.
W tym miejscu należy przypomnieć, że realizując wytyczne zawarte w wyroku NSA, DIAS uznał w zaskarżonej decyzji, że w sprawie, z uwagi na złożenie wniosków o stwierdzenie nadpłaty w podatku od towarów i usług za kolejne okresy rozliczeniowe oraz uwzględnienie w korektach rozliczenia wszystkich jednostek organizacyjnych miasta, strona skarżąca spełniła przesłanki określone w art. 11 w zw. z art. 23 ustawy centralizacyjnej do przeprowadzenia procesu centralizacji za 2011 r. Zaznaczyć również należy, że odesłanie w art. 23 ww. ustawy do odpowiedniego stosowania przepisów rozdziału 3 oznacza natomiast, że opór jednostki samorządu terytorialnego, która odmawia złożenia korekt "scalających" domagając się przy tym respektowania jej prawa do odliczenia podatku naliczonego zawierającego w sobie element "centralizacyjny" (jako że wynika z postrzegania jednostki samorządu terytorialnego i jej niesamodzielnych jednostek organizacyjnych jako jednego podatnika VAT) może skutkować zastosowaniem art. 12 ustawy centralizacyjnej przewidującym rygor bezskuteczności korekt deklaracji podatkowych. W takim przypadku nie dochodzi zatem do wydania decyzji wymiarowych, lecz wyłącznie zawiadomienia na piśmie o bezskuteczności korekt (wyrok NSA z 23 kwietnia 2018 r. sygn. I FSK 1237/17).
Tym samym wniosek o stwierdzenie nadpłaty i związane z nim korekty deklaracji podatkowych zmierzały do scalającego, centralizacyjnego rozliczenia strony Skarżącej. Z tego powodu zakres postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty, mimo formalnego ograniczenia do treści wniosku Skarżącej, w rzeczywistości nie mógł różnić się od "pełnego" postępowania wymiarowego wszczynanego na podstawie art. 21 § 3 O.p. Obejmował bowiem wszystkie elementy stanu faktycznego. To, że spółka zmierzała wyłącznie do stwierdzenia nadpłaty, w świetle powyższych rozważań jest bez znaczenia. Dla określenia wysokości nadwyżki podatku naliczonego nad należny należało przeprowadzić postępowanie zmierzające do prawidłowego określenia obu wartości. Jak wskazano w wyroku NSA o sygn. akt I FSK 863/17 oraz cytowanym w nim wyroku tego sądu o sygn. akt I FSK 1237/17 nie do zaakceptowania jest sytuacja, w której dany podmiot uważa się za podatnika VAT w odniesieniu do transakcji, w których status ten daje mu korzyść (w postaci kwoty podatku naliczonego do odliczenia), ale już nie do transakcji, które spowodowałyby obowiązek wykazania podatku należnego. W tym względzie NSA odwołał się do wyroku Trybunał Sprawiedliwości z dnia 28 listopada 2013 r., C-319/12, w którym zwrócono uwagę na ścisłe powiązanie podatku naliczonego i należnego (por. pkt 43: "według logiki systemu wprowadzonego dyrektywą VAT, odliczenie podatku naliczonego związane jest z poborem podatku należnego") opowiadając się przeciwko wybiórczemu korzystaniu z systemu VAT - powoływaniu się na prawo do odliczenia bez równoczesnego opodatkowania własnej działalności. W konsekwencji, w ocenie NSA, nie można w oparciu o brak samodzielności jednostek organizacyjnych wywodzić o prawie Gminy do odliczenia podatku naliczonego, pomijając równocześnie obowiązek wykazania i rozliczenia podatku należnego. Ponadto NSA zaznaczył, że "przejęcie" podatku należnego powinno być całościowe, to jest powinno obejmować wszystkie niesamodzielne jednostki organizacyjne, prowadzące w ramach struktury Gminy jej działalność gospodarczą. Kontrola prawidłowości samoobliczenia przez podatnika kwoty, która powinna co do zasady przypaść Skarbowi Państwa z tytułu wykonania przez podatnika czynności podlegających opodatkowaniu na podstawie art. 5 ust. 1 u.p.t.u., należy do organów podatkowych, konsekwencją uznania zatem, że wysokość zadeklarowanej przez podatnika kwoty podatku należnego jest inna niż zadeklarowana, powinno być określenie jej w prawidłowej wysokości, jako mającej znaczenie dla stwierdzenia, czy deklarowana kwota zwrotu podatku jest prawidłowa. Jak już bowiem wskazano wyżej, bez pewności co do wysokości podatku należnego niemożliwe jest dokonanie operacji matematycznej, której wynik wskazywałby na zasadność (bądź jej brak) deklarowanej nadwyżki podatku naliczonego nad należnym.
Kontrola prawidłowości samoobliczenia przez podatnika kwoty, która powinna co do zasady przypaść Skarbowi Państwa z tytułu wykonania przez podatnika czynności podlegających opodatkowaniu na podstawie art. 5 ust. 1 u.p.t.u., należy do organów podatkowych, konsekwencją uznania zatem, że wysokość zadeklarowanej przez podatnika kwoty podatku należnego jest inna niż zadeklarowana, powinno być określenie jej w prawidłowej wysokości, jako mającej znaczenie dla stwierdzenia, czy deklarowana kwota zwrotu podatku jest prawidłowa. Bez pewności co do wysokości podatku należnego niemożliwe jest dokonanie operacji matematycznej, której wynik wskazywałby na zasadność (bądź jej brak) deklarowanej nadwyżki podatku naliczonego nad należnym (wyrok NSA z 23 kwietnia 2018 r. sygn. I FSK 1237/17).
W świetle powyższych rozważań za bezzasadny należy uznać zarzut strony, zgodnie z którym, jeżeli postępowanie o stwierdzenie nadpłaty toczy się już
w warunkach przedawnienia, to organ nie jest już uprawniony do weryfikacji historycznych rozliczeń podatkowych jednostek organizacyjnych Miasta sprzed centralizacji. W sprawie bowiem Sąd doszedł do przekonania, że aby wydać właściwe rozstrzygnięcie w sprawie, organy najpierw powinny określić wysokość zobowiązania podatkowego w podatku VAT za poszczególne miesiące 2011 roku (co w sprawie uczyniono), a następnie dokonać centralizacji rozliczeń podatku naliczonego i należnego jednostek budżetowych i zakładów budżetowych Miasta, zgodnie z wytycznymi wyroku NSA z 28 maja 2019 r., sygn. akt I FSK 863/17. Z tych powodów za niezasadny należy uznać zarzut naruszenia art. 70 § 1, art. 75 § 4 i § 4a O.p.
Sąd zwraca uwagę, że na gruncie rozpoznawanej sprawy, prawidłowość wysokości podatku naliczonego i należnego wykazanego w złożonych wraz z wnioskiem strony korektach deklaracji VAT-7, organy oparły przede wszystkim po uzgodnieniu ze stroną.
I tak, w zakresie podatku VAT należnego za poszczególne miesiące od stycznia do grudnia 2011 r. DIAS podzielając ustalenia organu I instancji uznał, są one zgodne
z wartościami zadeklarowanymi przez Miasto w złożonych korektach. Organy nie kwestionowały więc tych wartości.
Odnośnie podatku naliczonego Miasta DIAS przyjął również za prawidłowe stanowisko NUS, zgodnie z którym organ I instancji nie stwierdził nieprawidłowości przy wyliczeniu przez stronę prewspółczynnika VAT na poziomie 38% i współczynnika na poziomie 73%. W tym zakresie organy obu instancji przyjęły wyliczenia przedstawionymi przez skarżącą.
W zakresie podatku naliczonego jednostek budżetowych miasta organy zgodnie przyjęły wartości ze zbiorczych rejestrów miesięcznych zakupu poszczególnych jednostek budżetowych, przemnażając je przez wskaźnik prewspółczynnika każdej jednostki osobno. W przypadku jednostek, które nie wykazały sprzedaży VAT zwolnionej, otrzymane wartości przyjęły w całości, a w przypadku jednostek budżetowych, które wykazały sprzedaż VAT zwolnioną, przemnożyły otrzymane wartości przez wartość współczynnika VAT. Organy zsumowały powyższe wartości
z podziałem na poszczególne miesiące 2011 r. i uzyskały wyniki podatku naliczonego jednostek budżetowych Miasta z prawem do odliczenia. Z lektury zaskarżonej decyzji wynika, że sposób wyliczenia prewspółczynnika został uzgodniony z pełnomocnikiem strony.
Dokonując zaś wyliczeń podatku naliczonego zakładów budżetowych Miasta organy przyjęły wartości zgodne z kwotami wyliczonymi przez skarżącą. O ile wyliczona struktura przyjęła wartość 72%, a NUS ustalił ją na wysokości 51%, organ odwoławczy w zaskarżonej decyzji wyjaśnił, że odstąpił od zastosowania proporcji indywidualnej
w wysokości 51%, gdyż jest ona mniej korzystna dla strony niż proporcja przyjęta przez organ I instancji w zaskarżonej decyzji. Niemniej jednak należy zwrócić uwagę, że DIAS skorygował rozliczenia organu I instancji jedynie pod względem rachunkowym, nie kwestionował zaś prawidłowości ich ustaleń, wynikających z uzgodnień z Miastem.
Uwzględniając niniejsze, do zaprezentowanych wyżej wyliczeń organy obu instancji przyjęły wartości wynikające ze złożonych przez Miasto korekt deklaracji
w podatku od towarów i usług zarówno jednostek budżetowych, jak i zakładów budżetowych. Organy uznały bowiem, że jest to całe rozliczenie strony. Co równie istotne, nie kwestionowały prawidłowości rozliczeń wynikających z ww. korekt deklaracji VAT-7.
Z tej też przyczyny za bezzasadne Sąd uznał również zarzuty naruszenia art. 120, art. 120 O.p. oraz art. 86 ust. 1 u.p.t.u. i art. 16 ust. 2 pkt 2 ustawy centralizacyjnej skoro DIAS uwzględnił i przyjął za prawidłowe rozliczenia wynikające ze złożonych przez Miasto korekt deklaracji, sposób wyliczenia prewspółczynnika został uzgodniony z pełnomocnikiem strony, a odmowa stwierdzenia nadpłaty wynikała jedynie z faktu porównania wartości uprzednio zapłaconego podatku przez skarżącą za poszczególne miesiące 2011 roku z kwotami uwzględnionymi w ww. korektach.
Na zakończenie Sąd pragnie zauważyć, że zaskarżona decyzja jest w istocie korzystna dla strony skarżącej. Prawo do wydania decyzji określającego wysokość zobowiązania podatkowego oraz odmowy stwierdzenia nadpłaty można wywieść bowiem z art. 14 ustawy centralizacyjnej. Mający zastosowanie w sprawie tryb przewidziany w art. 23 ustawy centralizacyjnej nakazuje bowiem odpowiednie stosowane przepisów jej rozdziału 3. W znajdującym się w rozdziale 3 tej ustawy art. 14 ust. 1, wskazano, że jeżeli wskutek złożenia korekt deklaracji podatkowych, o których mowa w art. 11 ust. 1 pkt 2, konieczne jest wydanie decyzji, o których mowa w art. 21 § 3 i 3a Ordynacji podatkowej, określających:
1) wysokość zobowiązania podatkowego w podatku lub
2) prawidłową wysokość zwrotu podatku, lub
3) prawidłową wysokość nadwyżki kwoty podatku naliczonego nad kwotą podatku należnego do odliczenia w następnych okresach rozliczeniowych
- decyzje te można wydać także po upływie terminu przedawnienia.
Zatem wbrew treści zaskarżonej decyzji, pomimo upływu terminu przedawnienia organ I instancji był uprawniony do wydania decyzji określającej wysokość zobowiązana podatkowego. Jednak w ocenie Sądu decyzja taka mogłaby zostać wydana w odrębnym postępowaniu wszczętym na podstawie art. 21 § 3 albo 3a O.p. w zw. z art. 14 ust. 1 ustawy centralizacyjnej. Tymczasem organ II instancji przyjął, że określenie wysokości zobowiązania w podatku od towarów i usług jest niemożliwe z uwagi na upływ terminu przedawnienia, co w świetle dokonanych przez organ I instancji wyliczeń wysokości podatku naliczonego i należnego, jest niewątpliwie korzystne dla strony. Organ związany jest swoim stanowiskiem w kwestii przedawnienia stosownie do art. 212 O.p., a w świetle art. 134 § 2 P.p.s.a. Sąd nie może wydać orzeczenia na niekorzyść skarżącego, chyba że stwierdzi naruszenie prawa skutkujące stwierdzeniem nieważności zaskarżonego aktu lub czynności.
Mając na uwadze powyższe Sąd, działając na podstawie art. 151 P.p.s.a., oddalił skargę w całości.

Potrzebujesz pomocy prawnej?

Asystent AI przeanalizuje Twoje pytanie w oparciu o orzecznictwo, przepisy i doktrynę — jak rozmowa z ekspertem.

Zadaj pytanie Asystentowi AI