I SA/Łd 496/25

I SA/Łd 496/25 - Wyrok WSA w Łodzi
Data orzeczenia
2025-11-05
orzeczenie nieprawomocne
Data wpływu
2025-08-28
Sąd
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi
Sędziowie
Ewa Cisowska-Sakrajda /sprawozdawca/
Tomasz Furmanek
Wiktor Jarzębowski /przewodniczący/
Symbol z opisem
6110 Podatek od towarów i usług
Hasła tematyczne
Podatek od towarów i usług
Skarżony organ
Dyrektor Izby Administracji Skarbowej
Treść wyniku
Oddalono skargę
Powołane przepisy
Dz.U. 2024 poz 361
art. 87 ust. 2
Ustawa z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług
Sentencja
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi – Wydział I w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia NSA Wiktor Jarzębowski, Sędziowie Sędzia WSA Ewa Cisowska Sakrajda (spr.), Asesor WSA Tomasz Furmanek, Protokolant Starszy sekretarz sądowy Przemysław Cieślarek, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 05 listopada 2025 r. sprawy ze skargi A Sp. z o.o. z/s w Ł. na postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Łodzi z dnia 13 czerwca 2025 r. nr 1001-IOV-2.4033.8.2025.5 w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za wrzesień 2024 r. oddala skargę.
Uzasadnienie
Postanowieniem z dnia 13 czerwca 2025 r. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Łodzi utrzymał w mocy wydane wobec Apteka A sp. z o.o. z siedzibą w Ł. postanowienie Naczelnika Urzędu Skarbowego Łódź-Widzew z dnia 20 marca 2025 r. przedłużające do dnia 31 października 2025 r. termin zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w kwocie 39.477,64 zł, wykazanego w deklaracji JPK_V7M za wrzesień 2024 r.
W uzasadnieniu tego postanowienia Dyrektor wskazał, że 26 listopada 2024 r. spółka złożyła deklarację dla podatku od towarów i usług w formie JPK_V7M za wrzesień 2024 r., w której wykazała nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym w wysokości 60.000 zł do zwrotu na rachunek bankowy w terminie 60 dni, tj. do 27 stycznia 2024 r.
Podczas weryfikacji zasadności zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za wrzesień 2024 r., Naczelnik Urzędu Skarbowego Łódź- Widzew powziął wątpliwości w zakresie rzetelności oraz prawidłowości co do należytego rozliczenia podatku od towarów i usług za ten miesiąc, w szczególności w zakresie wartości nabywanych komponentów (opakowań) ze stawką 23%, sprzedawanych następnie z lekami recepturowymi ze stawką 8%.
Organ zwrócił uwagę, że w JPK_V7M za wrzesień 2024 r. po stronie sprzedaży spółka zadeklarowała głównie transakcje na rzecz osób fizycznych nie prowadzących działalności gospodarczej na łączną wartość 295.166,80 zł netto, 24.458,81 zł VAT (651 transakcji).
Po stronie nabyć za ten okres spółka zadeklarowała głównie transakcje od B. sp. z o.o. na łączną wartość 330.828,93 zł netto oraz VAT 65.328,47 zł (37 transakcji).
W toku czynności sprawdzających dotyczących zasadności zwrotu organ dokonał analizy wszystkich faktur za miesiąc wrzesień 2024 r. wystawionych przez B sp. z o.o. Stwierdził, że osiem spośród przedłożonych do czynności sprawdzających faktur wystawionych przez podmiot B sp. z o.o. dokumentuje zakup opakowań (B1.,B2) ze stawką 23%.
Organ pierwszej instancji - powziąwszy wątpliwości co do wartości komponentów (opakowań) wykorzystywanych do leków recepturowych, tj. w zakresie zawyżania ceny nabycia względem ceny rynkowej - ustalił, że Narodowy Fundusz Zdrowia nie przeprowadzał wobec spółki weryfikacji prawidłowości rozliczeń dotyczących refundacji leków za okres od 1 stycznia 2023 r. do 15 października 2024r.
Naczelnik Urzędu Skarbowego Łódź - Widzew 9 października 2024 r. skierował do Naczelnika Urzędu Skarbowego w Wolsztynie, wniosek o weryfikację transakcji u kontrahenta B sp. z o.o.
Konsekwencją konieczności oczekiwania odpowiedzi na wysłane zapytania było wydanie przez organ postanowienia o przedłużeniu terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za wrzesień 2024 r. z dnia 16 grudnia 2024 r. przedłużające termin zwrotu do 30 kwietnia 2025 r.
Dokonując analizy zgromadzonego materiału organ pierwszej instancji doszedł do przekonania, że nabywane przez spółkę od hurtowni opakowania mają zawyżoną cenę względem ceny rynkowej, co pozostaje w bezpośrednim związku z wykazaną nadwyżką podatku naliczonego nad należnym wykazaną do zwrotu w części deklaracyjnej JPK_V7M za wrzesień 2024 r. oraz generowaniem wysokich kwot refundacji jakie spółka otrzymała z Narodowego Funduszu Zdrowia.
Zdaniem organu, wyjaśnienia złożone przez prezesa zarządu spółki nie rozstrzygają wątpliwości co do transakcji zawieranych i wykazywanych w deklaracji. Charakter i specyfika działalności podmiotów prowadzących działalność apteczną - co do zasady - nie generuje nadwyżki podatku naliczonego nad należnym (zakup i sprzedaż ze stawkami obniżonymi). Zakup bardzo drogich opakowań (stawka 23%) potrzebnych do realizacji recept na leki wykonywane w aptece taką nadwyżkę wygenerował. Ponadto spółka, mimo wykazania sprzedaży i podatku należnego (skalkulowanych według wysokich kosztów zakupu), w rzeczywistości nie ponosi ciężaru z tego tytułu z uwagi na refundację z NFZ.
W dniu 13 marca 2025 r. do organu pierwszej instancji wpłynęła informacja z Urzędu Skarbowego w W., będącą odpowiedzią na wniosek z października 2024 r., dotyczący przeprowadzenia czynności sprawdzających u podatnika B sp. z o.o., mających na celu m.in. ustalenie cen nabycia sprzedawanych przez spółkę komponentów (opakowań). W złożonych do czynności sprawdzających wyjaśnieniach, B sp. z o.o. opisała szeroko proces produkcji, montażu oraz dystrybucji półproduktów farmaceutycznych, zwracając również uwagę na ich elementy składowe. W ocenie organu, otrzymane informacje wymagają dalszej, szczegółowej analizy.
W dniu 12 grudnia 2024 r. Naczelnik Urzędu Skarbowego Łódź-Widzew wniósł do Naczelnika Łódzkiego Urzędu Celno-Skarbowego w Łodzi wniosek o przeprowadzenie kontroli celno-skarbowej wobec podatnika A sp. z o.o. Kontrolę wszczęto 4 marca 2025 r.
Naczelnik Urzędu Skarbowego Łódź-Widzew, mając na uwadze przedstawiony stan faktyczny, odnosząc się do aktualnego dokumentu rozliczeniowego podatnika, czyli JPK_V7M za wrzesień 2024 r., stwierdził, iż na obecnym etapie sprawy kluczowym będzie zebranie materiału dowodowego w ramach kontroli celno-skarbowej, mającej na celu potwierdzenie prawidłowości rozliczenia.
Ustalenia te stanowiły podstawę wydania przez Naczelnika Urzędu Skarbowego Łódź-Widzew postanowienia o przedłużeniu terminu zwrotu różnicy nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za wrzesień 2024 r. w kwocie 39.477,64 zł, do 31 października 2025 r.
Utrzymując w mocy to postanowienie, Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Łodzi w uzasadnieniu postanowienia z dnia 13 czerwca 2025 r. przytoczył treść art. 87 ust. 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t.j.: Dz. U. z 2024 r., poz. 361 ze zm.), zwanej ustawą o VAT, a następnie uznał, że do czasu zakończenia weryfikacji rozliczeń strony w toku trwającej kontroli celno-skarbowej ochrona interesów Skarbu Państwa poprzez przedłużenie terminu częściowego zwrotu podatku jest zasadna.
Niezbędne do ustalenia prawidłowości zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym jest sprawdzenie rzetelności faktur VAT dokumentujących zakup składników nabytych przez spółkę ze stawką VAT 23% i następnie sprzedanych w formie leków recepturowych ze stawką VAT 8%, która to okoliczność ma wpływ na wnioskowaną kwotę zwrotu bezpośredniego za wrzesień 2024 r.
Dyrektor uznał, że oczekiwanie na dowody przesłane przez NUS w W. i potrzebny czas na ich ocenę, obok zasadniczej przesłanki - wątpliwości co do prawidłowości rozliczeń podatkowych strony - były wystarczającą podstawą wydania przez organ pierwszej instancji postanowienia o przedłużeniu terminu częściowego zwrotu. W zaskarżonym postanowieniu wskazano powody odmowy dokonania zwrotu w ustawowym terminie, przedstawiono istniejące w tym przedmiocie wątpliwości oraz wyjaśniono przyczyny ich wystąpienia. Podatnik otrzymał więc jasną informację, z czego wynika powód przedłużenia terminu zwrotu VAT-u.
W skardze na to rozstrzygnięcie pełnomocnik spółki zarzucił naruszenie:
1. art. 87 ust. 2 ustawy o VAT, poprzez ciągłe (kolejne już) przedłużanie postępowania w sprawie częściowego zwrotu bez winy podatnika, tj. w wyniku braku możliwości przeprowadzenia weryfikacji transakcji u podmiotów trzecich (kontrahentów podatnika);
2. art. 274b ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t.j.: Dz. U. z 2025 r., poz. 111), zwanej o.p., ciągłe (kolejne już) przedłużanie postępowania w sprawie częściowego zwrotu bez winy podatnika, tj. w wyniku braku możliwości przeprowadzenia weryfikacji transakcji u podmiotów trzecich (kontrahentów podatnika);
3. art. 21 ust. 1, art. 64 ust. 2 Konstytucji RP oraz art. 17 ust. 1 w zw. z art. 51 ust. 1 Karty praw podstawowych UE (Dz. Urz. UE. z dnia 14 grudnia 2007 r. Nr C 303, s.1), zwanej KPP, poprzez pozbawienie podatnika możliwości korzystania z kapitału;
4. art. 2 Konstytucji RP oraz art. 41 ust. 1 w zw. z art. 51 ust. 1 KPP poprzez pozbawienie podatnika prawa do dobrej administracji.
W konsekwencji postawionych zarzutów, pełnomocnik strony skarżącej wniósł o uchylenie postanowień organów obu instancji i zasądzenie kosztów postępowania na rzecz skarżącej.
W odpowiedzi na skargę, organ wniósł o jej oddalenie.
W piśmie z dnia 4 listopada 2025 r. skarżąca spółka przedstawiła dodatkową argumentację na poparcie zarzutów podniesionych w skardze, nadto wniosła o zobowiązanie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Łodzi do przedstawienia Sądowi pełnych i aktualnych (na dzień rozprawy) akt kontroli celno-skarbowej nr 368000-CKK-1.5001.3.1.2025.1, w tym w szczególności protokołów z dotychczas przeprowadzonych czynności.
Podczas rozprawy w dniu 5 listopada 2025 r. pełnomocnik skarżącej wycofał wnioski dowodowe zawarte w piśmie z dnia 4 listopada 2025 r.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi zważył, co następuje:
W myśl art. 3 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (tekst jedn.: Dz. U. z 2019r. poz. 2325 ze zm.), zwanej p.p.s.a., sądy administracyjne sprawują kontrolę działalności administracji publicznej i stosują środki określone w ustawie. Oznacza to, iż Sąd bada legalność zaskarżonego aktu, tj. jego zgodność z prawem materialnym określającym prawa i obowiązki stron oraz prawem procesowym regulującym postępowanie przed organami administracji publicznej. Sąd rozpoznający sprawę nie może zmienić zaskarżonego aktu, a jedynie zgodnie z art. 147 § 1 p.p.s.a., uwzględniając skargę na uchwałę lub akt, o których mowa w art. 3 § 2 pkt 5 i pkt 6, stwierdza nieważność tej uchwały lub aktu w całości lub w części albo stwierdza, że zostały wydane z naruszeniem prawa, jeżeli przepis szczególny wyłącza stwierdzenie ich nieważności. W przypadku zaś, gdy nie zachodzą okoliczności wskazane w art. 147 § 1 p.p.s.a., skarga zgodnie z art. 151 p.p.s.a. podlega oddaleniu. Wedle przepisu art. 134 § 1 p.p.s.a. rozstrzygając daną sprawę, sąd nie jest związany zarzutami i wnioskami skargi, może zastosować przewidziane ustawą środki w celu usunięcia naruszenia prawa w stosunku do aktów lub czynności wydanych lub podjętych we wszystkich postępowaniach, prowadzonych w granicach sprawy, której dotyczy skarga, jeżeli jest to niezbędne dla końcowego jej załatwienia (art. 135 p.p.s.a.).
Rozpoznając wniesioną w tej sprawie skargę - Sąd uznał, że nie zasługuje ona na uwzględnienie, bowiem nie doszło przy podejmowaniu zaskarżonego postanowienia do naruszenia prawa w sposób skutkujący jego uchyleniem.
Istota sporu, wyrażona zarzutami skargi i jej argumentacją, sprowadza się do, czy organ podatkowy zasadnie przedłużył termin zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za wrzesień 2024 r.
Zgodnie z art. 87 ust. 2 zdanie pierwsze ustawy o VAT, zwrot różnicy podatku, z zastrzeżeniem ust. 5b, 6, 6a i 6d, następuje w terminie 60 dni od dnia złożenia rozliczenia przez podatnika na rachunek bankowy podatnika w banku mającym siedzibę na terytorium kraju albo na rachunek podatnika w spółdzielczej kasie oszczędnościowo-kredytowej, której jest członkiem, wskazany w zgłoszeniu identyfikacyjnym, o którym mowa w odrębnych przepisach, lub na wskazany przez podatnika rachunek banku mającego siedzibę na terytorium kraju lub na rachunek spółdzielczej kasy oszczędnościowo-kredytowej, jako zabezpieczenie udzielanego przez ten bank lub przez tę kasę kredytu, na podstawie złożonego przez podatnika do naczelnika urzędu skarbowego, w terminie do złożenia deklaracji podatkowej, sporządzonego na piśmie, nieodwołalnego upoważnienia organu podatkowego, potwierdzonego przez bank lub spółdzielczą kasę oszczędnościowo-kredytową udzielających kredytu, do przekazania tego zwrotu.
Stosownie do art. 87 ust. 2 zdanie drugie i trzecie ustawy o VAT, jeżeli zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania, naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć ten termin do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika dokonywanej w ramach czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej lub postępowania podatkowego. Jeżeli przeprowadzone przez organ czynności wykażą zasadność zwrotu, o którym mowa w zdaniu poprzednim, urząd skarbowy wypłaca należną kwotę wraz z odsetkami w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia płatności podatku lub jego rozłożenia na raty.
Na tle art. 87 ust. 2 zd. drugie ustawy o VAT orzecznictwo sądów administracyjnych prezentuje pogląd, że jego zastosowanie opiera się na uznaniu administracyjnym. Samo uznanie zaś jest limitowane okolicznością w postaci stwierdzenia, że zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania. Stwierdzenie to powinno być dokonywane w oparciu o co najmniej uprawdopodobnione przesłanki. Przewidziany warunek zakłada, że przed upływem ustawowego terminu zwrotu podjęte zostały czynności zmierzające do zweryfikowania jego zasadności, lecz nie dały one jeszcze rezultatu lub jest on niejednoznaczny (tak: wyrok NSA z 05 października 2016 r., I FSK 87/15). Postanowienie o przedłużeniu zwrotu VAT-u może zaś zostać wydane, gdy spełnione są łącznie trzy przesłanki. Po pierwsze, termin do dokonania zwrotu jeszcze nie upłynął. Po drugie, weryfikacja rozliczenia podatnika odbywa się w toku czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, postępowania podatkowego, bądź w toku postępowania kontrolnego. Po trzecie, stwierdzenie przez organ, że "zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania" opiera się na co najmniej uprawdopodobnionych przesłankach. Organ ma obowiązek dokonania na rzecz podatnika zwrotu podatku w sytuacji upływu określonego przez ustawodawcę terminu, który to termin organ może przedłużyć w sytuacji wystąpienia określonych w tymże przepisie przesłanek.
Sąd zauważa również, że przepis art. 87 ust. 2 ustawy o VAT znajdują oparcie w treści art. 273 dyrektywy 2006/112/WE z 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (Dz. U. UE seria L z 2006 r. Nr 347/1 ze zm.), zgodnie z którym państwa członkowskie mogą, poza obowiązkami wymienionymi w tytule XI tej dyrektywy, nakładać inne obowiązki, jakie uznają za niezbędne dla zapewnienia prawidłowego poboru VAT i zapobieżenia oszustwom podatkowym. Procedura dodatkowej weryfikacji zasadności zwrotu podatku jest zatem dopuszczalna, a jej celem jest przede wszystkim ochrona interesów budżetowych Skarbu Państwa przed próbą wyłudzenia nienależnych nadwyżek podatku naliczonego nad należnym. Trybunał Konstytucyjny w wyroku z dnia 13 października 2008 r., K 16/07, uznał, że art. 87 ust. 2 ustawy VAT (w brzmieniu obowiązującym w 2008 r.) jest zgodny z art. 2 i art. 64 ust. 1 i 2 w zw. z art. 31 Konstytucji. W wyroku tym Trybunał Konstytucyjny rozważał także zgodność tej regulacji z prawem unijnym, w szczególności dyrektywą 2006/112/WE Rady z 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (Dz. U. UE. nr 347, poz. 1). Powołując orzecznictwo TS (m.in. na wyrok z dnia 18 grudnia 1997 r., w sprawach połączonych Garage Molenheide, C-286/94; Peter Schepens, C-340/95; Bureau Rik Decan-Business Research & Development NV, C-401/95 i Sanders BVBA, C-47/96) -Trybunał uznał, że prawo unijne dopuszcza przedłużenie terminu zwrotu podatku w sytuacji, gdy istnieją wątpliwości co do zasadności zwrotu podatku. Trybunał nie zakwestionował więc instytucji przedłużenia terminu zwrotu podatku, wskazując m.in. na cel jej przyjęcia, którym jest "(...) możliwość kontroli przez organy podatkowe, że wykazywana przez podatnika nadwyżka podatku naliczonego nad należnym jest zgodna z rzeczywistością". Regulacja ta ma służyć zwalczaniu oszustw podatkowych i nadużyć. Kwestionowany przepis powinien być traktowany jako jeden z instrumentów równoważenia praw podatnika i interesów Skarbu Państwa.
W świetle zatem art. 87 ust. 2 ustawy VAT przedłużenie terminu zwrotu jest możliwe, gdy jego zasadność wymaga dodatkowej weryfikacji (sprawdzenia). Rozwiązanie to ma służyć zabezpieczeniu interesów budżetu państwa i unikaniu dokonywania zwrotów, które w wyniku późniejszych działań administracji podatkowej mogłyby okazać się nienależnymi. Przepis art. 87 ust. 2 zd. 2 ustawy o VAT nie zawiera konkretnych przesłanek nakazujących weryfikację zasadności zwrotu. Wystarczy więc powzięta przez organ podatkowy wątpliwość co do zasadności zwrotu (por. wyrok WSA w Warszawie z dnia 8 grudnia 2015 r., III SA/Wa 2384/15).
Co istotne, w postanowieniu o przedłużeniu terminu zwrotu organ podatkowy decyduje wyłącznie o konieczności dalszego badania zasadności zwrotu, a nie o samej zasadności zwrotu. Nie chodzi zatem o wykazanie, że zwrot jest niezasadny ani o wykazanie, że istnieją dowody przemawiające za niezasadnością zwrotu (por. wyrok NSA z dnia 11 lutego 2015 r., I FSK 2127/13, por. też wyroki NSA: z dnia 30 listopada 2022 r, I FSK 749/19; z dnia 20 października 2022 r., I FSK 2089/18: z dnia 11 sierpnia 2022 r, I FSK 686/22, z dnia 4 kwietnia 2023 r., I FSK 960/20 oraz z dnia 10 lutego 2023r., I FSK 1810/22). Ustawodawca nie uzależnia możliwości przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku VAT od wykazania przez organ, że zwrot ten jest nienależny, lecz od uznania, że konieczna jest weryfikacja (sprawdzenie zasadności) tego zwrotu. Organ obowiązany jest natomiast wykazać, że istnieją okoliczności przemawiające za potrzebą dodatkowej weryfikacji zasadności zwrotu podatku (por. wyrok NSA z dnia 11 lutego 2015 r., I FSK 2058/13, Lex nr 1677015). Chodzi zatem o sytuacje, gdy istnieją okoliczności przemawiające za potrzebą dodatkowej weryfikacji zasadności zwrotu podatku (por. wyrok NSA z dnia 11 kwietnia 2014 r., I FSK 610/13).
Judykatura, co ma znaczenie w okolicznościach tej sprawy, przyjmuje również, że - z uwagi na materialny skutek upływu terminu określonego w art. 87 ust. 2 i ust. 6 ustawy o VAT w postaci nabycia przez podatnika prawa do zwrotu różnicy podatku w kwocie wynikającej z deklaracji podatkowej - w sytuacji, gdy którekolwiek z postanowień poprzedzających kontrolowane postanowienie wydane zostało z naruszeniem terminu do jego wydania, doszło do przerwania ciągłości kolejnych przedłużeń (tak wyrok NSA z dnia 16 stycznia 2025 r., I FSK 1797/22, LEX nr 3844336). Kolejne postanowienia, o których mowa w art. 87 ust. 2 ustawy o VAT, organ może skutecznie wydawać tylko w sytuacji, gdy w obrocie prawnym funkcjonują już postanowienia wcześniejsze, które swymi rozstrzygnięciami takie działanie mu umożliwiają, w szczególności w zakresie zachowania ciągłości przedłużanego terminu zwrotu podatku (WSA w Poznaniu z dnia 14 listopada 2023 r., I SA/Po 598/23, LEX nr 3626801.
Wobec zaprezentowanej regulacji prawnej przesłanki do wydania zaskarżonego postanowienia nie stanowi, jak tego oczekuje strona skarżąca, sam fakt wykazania przez podatnika nadwyżki do zwrotu z uwagi na pozbawienie możliwości korzystania z własnego kapitału i brak możliwości weryfikacji transakcji u podmiotów trzecich (kontrahentów podatnika), ale istniejące i właściwie wykazane wątpliwości co do zasadności zwrotu. Nie chodzi tu o dowody świadczące o nieprawidłowościach w rozliczeniu czy stawianiu stronie konkretnych zarzutów. Te nie stanowią bowiem relewantnych prawnie okoliczności. A do tego w istocie sprowadzają się zarzuty i argumentacja skargi, oparte zresztą na cytowaniu określonych judykatów podjętych w indywidualnych okolicznościach faktycznych poszczególnych spraw. Tezy w nich formułowane siłą rzeczy nie przystają do tej sprawy i ustalonych specyficznych i wyjątkowych okoliczności faktycznych. Strona skarżąca pomija też tę ważką okoliczność, że organ przedłużył termin zwrotu VAT-u jedynie w części, tj. w kwocie 39.477,64 zł, wynikającą jedynie z faktur wystawionych przez głównego dostawcę skarżącej spółki - B, podczas gdy skarżąca spółka dokonywała w spornym okresie transakcji także z innymi kontrahentami (dostawcami surowców). Ponadto zwrot VAT-u dotyczy jedynie różnicy między stawkami podatkowymi – nabycia przez skarżącą spółkę towarów (składników do wytworzenia leków recepturowych) opodatkowanych stawką 23%, a dostawą (sprzedażą) towarów (leków recepturowych) opodatkowanych stawką 8%. Organ nie nadużył też - wbrew sugestii odwołującej się do wskazanego w skardze judykatu – swojego uprawnienia do skorzystania z tej nadzwyczajnej instytucji prawnej, jaką jest przedłużenie terminu zwrotu VAT-u. Nie można przyjąć, jak to sugeruje strona skarżąca w końcowej części skargi, że przedłużenie terminu zwrotu VAT-u dokonywane jest wielokrotnie w ciągu kilku lat. W tej sprawie zaskarżone postanowienie jest wprawdzie trzecim z rzędu, ale samo przedłużenie terminu nie osiągnęło nawet jednego roku, a tylko dziewięć miesięcy łącznie. Uwzględnić trzeba zarówno datę złożenia deklaracji VAT (co miało miejsce w dniu 23 września 2024 r.), z której wynika zwrot VAT-u, oraz datę wydania zaskarżonego postanowienia, będącego postanowieniem drugoinstancyjnym (co miało miejsce w dniu 13 czerwca 2025 r.). A okoliczności powstania podatku VAT i jego zwrotu VAT-u są na tyle poważne i wynikają ze skomplikowanego stanu faktycznego, że ich zweryfikowanie wymaga znacznego nakładu pracy i czasu. Przepis art. 87 ust. 2 ustawy o VAT nie zawiera ograniczenia czasowego, nakazującego organowi dokonania zwrotu podatku VAT w określonym okresie (np. rok). Ustawodawca również nie zakreśla maksymalnej liczby postanowień wydanych na podstawie art. 87 ust. 2 ustawy o VAT. Wydanie zatem ponownego postanowienia o przedłużeniu terminu zwrotu - pod warunkiem wykazania, że zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania - jest dopuszczalne. Okres około dziewięciu miesięcy przedłużenia zwrotu VAT-u jak na tak złożoną i czasochłonną sprawę nie jest zbyt długi i odbiegający od typowego okresu weryfikacji zasadności zwrotu VAT-u. Dopuszczone prawem przedłużenie terminu zwrotu podatku i prowadzenie weryfikacji rozliczenia podatnika w toku czynności sprawdzających nie może być też odbierane jako naruszenie zasady zaufania podatnika do organów podatkowych (art. 121 § 1 o.p.), czy też naruszenie zasady legalizmu (art. 120 o.p.). Przepisu art. 87 ust. 2 ustawy o VAT nie można wykładać, w taki sposób, który niweczyłby spełnienie celu tego przepisu, tj. umożliwienie organowi podatkowemu tymczasowego wstrzymania się ze zwrotem podatku, do momentu zakończenia weryfikacji zasadności tego zwrotu w przypadku zaistnienia dostatecznych wątpliwości w tym zakresie (por. wyrok NSA z dnia 30 listopada 2022 r., I FSK 749/19).
Rozważając zasadność przedłużenia terminu zwrotu VAT-u oraz biorąc pod uwagę, iż zaskarżone postanowienie jest drugim z rzędu, Sąd w składzie orzekającym w tej sprawie, w pierwszej kolejności zauważa, że organy nie wydały kontrolowanego w tej sprawie postanowienia po upływie terminu zwrotu VAT-u. Niespornym między stronami jest, że pierwsze postanowienie Naczelnika Urzędu Skarbowego Łódź-Widzew o przedłużeniu terminu zwrotu zapadło w dniu 16 grudnia 2024 r. (doręczone w dniu 20 grudnia 2024 r.), a więc kilka tygodni przed upływem 60 dniowego terminu do zwrotu VAT-u liczonego od dnia złożenia deklaracji w dniu 26 listopada 2024 r. Postanowienie to przedłużyło termin zwrotu spornej części nadwyżki VAT-u naliczonego nad należnym do dnia 30 kwietnia 2025 r. Postanowienie to nie zostało zaskarżone. Kontrolowane w tej sprawie postanowienie zapadło w dniu 20 marca 2025 r. (doręczone w dniu 21 marca 2025 r.), również na kilka tygodni przed upływem po raz pierwszy przedłużonego terminu. Tym postanowieniem przedłużono ten termin do dnia 31 października 2025 r. Nie została zatem przerwana ciągłość przedłużenia terminu zwrotu VAT-u, co oznacza, iż organy zachowały kompetencję do wydania kolejnego, trzeciego z rzędu, postanowienia o przedłużeniu terminu zwrotu VAT-u. Okoliczność ta nie jest kwestionowana skargą.
Wobec tego w dalszej kolejności Sąd stwierdza, że postanowienie przedłużające termin zwrotu podatnikowi podatku od towarów i usług powinno wskazywać konkretne przyczyny konieczności dokonania dodatkowej weryfikacji zasadności tego zwrotu i zawierać w tym względzie należyte uzasadnienie. W zaskarżonym postanowieniu organ odwoławczy wywiązał się z tej powinności. Uzasadnienie zaskarżonego postanowienia jest wyczerpujące i jasne, wywody logiczne, spójne i mające oparcie w zgromadzonym materiale dowodowym. Organ wskazał i rozważył okoliczności, które uzasadniały konieczność przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku w ramach obowiązku wynikającego z treści art. 127 o.p., wskazując na trwającą kontrolę celno-skarbową u kontrahenta B sp. z o.o., oczekiwanie na przesłanie dowodów zgromadzonych przez inny organ – Naczelnika Urzędu Skarbowego w W. dotyczących kontrahenta spółki – B sp. z o.o., potrzebny czas na ich weryfikację oraz ocenę, obok głównej przyczyny przedłużenia terminu zwrotu VAT-u - wątpliwości dotyczących zasadności zwrotu podatku naliczonego nad należnym, ustaleń organu poczynionych w ramach kontroli celno-skarbowej w zakresie podatku od towarów i usług za okres od 1 sierpnia do 31 grudnia 2024 r. Wątpliwości te wynikają, jak argumentował organ w uzasadnieniu zaskarżonego postanowienia, z konieczności sprawdzenia rzetelności faktur VAT dokumentujących zakup składników nabytych przez skarżącą spółkę ze stawką VAT 23% i następnie sprzedanych w formie leków recepturowych ze stawką VAT 8%, gdyż na wnioskowaną kwotę zwrotu bezpośredniego VAT-u wpływ ma m.in. różnica między nabyciem towarów opodatkowanych stawka 23% a dostawą towarów opodatkowanych stawką 8%. Wątpliwości wzbudziły transakcje z głównym dostawcą surowców do wytworzenia leków recepturowych – B sp. z o.o.
Sąd nie ma zastrzeżeń co do ustaleń oraz wniosków organów poczynionych co do przebiegu transakcji z tym kontrahentem, a więc dokonywanych przez stronę zakupów oraz wykazanych podstaw do refundacji. Z zebranego w sprawie materiału dowodowego wynika, iż skarżąca spółka w spornym okresie zadeklarowała głównie transakcje na rzecz osób fizycznych nie prowadzących działalności gospodarczej na łączną wartość 295.166,80 zł netto, 24.458,81 zł VAT (651 transakcji) oraz zadeklarowała głównie transakcje od B. sp. z o.o. na łączną wartość 330.828,93 zł netto, VAT 65.328,47 zł (37 transakcji). Z zabranego materiału dowodowego wynika, że faktury wystawione przez B sp. z o.o. dokumentują zakup opakowań ze stawką 23% VAT, które następnie skarżąca spółka sprzedawała w formie leku recepturowego z 8% stawką VAT-u.
Okoliczności te wzięte pod uwagę razem i w świetle już zgromadzonych dowodów dały podstawę do powzięcia wątpliwości o prawidłowości wykazanego zwrotu. Analiza tych danych może rodzić wiele wątpliwości, przede wszystkim, co do wartości komponentów (opakowań). Można zaobserwować niepokojące zjawisko nabywania przez spółkę opakowań do leków recepturowych mających znaczną wartość w stosunku do surowca farmaceutycznego, z którego wykonywane są leki recepturowe. A to zjawisko należy oceniać w kontekście wprowadzenia od stycznia 2024 r. limitów refundacji na surowce farmaceutyczne, przy jednoczesnym braku limitu na opakowania. Wartość nabytych przez skarżącą spółkę opakowań jest bowiem kilkakrotnie większa niż ich wartość rynkowa. Jak podaje w oficjalnym komunikacie Ministerstwo Zdrowia, ostrzegając przed nadużyciami w sprzedaży leków recepturowych, analogiczne opakowanie (buteleczka jałowa) kosztuje około 4 zł, natomiast NFZ refundując lek recepturowy przekazał tytułem tej refundacji na to opakowanie kwotę 31 razy większą, za opakowanie Linomogu zrefundował 302 zł, podczas gdy cena rynkowa identycznego preparatu wynosi niewiele ponad 17 zł. Za słuszny należy zatem uznać wniosek organów, że nabyte przez skarżącą spółkę od B sp. z o.o. opakowania mają zawyżoną cenę w stosunku do ich ceny rynkowej, co ma bezpośredni związek z wykazaną nadwyżką podatku naliczonego nad należnym wykazaną do zwrotu w części deklarowanej w spornym okresie w JPK_V7M oraz generowaniem wysokich refundacji, jakie spółka otrzymała z NFZ. Po drugie, wątpliwości tych nie rozwiały wyjaśnienia prezesa skarżącej spółki - nadal występują niespójności w zgromadzonym materiale dowodowym, w tym między składanymi przez spółkę wyjaśnieniami a przedłożonym przez nią dokumentami i złożoną deklaracją co do transakcji nabycia składników do produkcji leków recepturowych (opakowań). Po trzecie, co wyeksponował organ pierwszej instancji, charakter i specyfika podmiotów prowadzących aptekę, co do zasady, nie generuje nadwyżki podatku naliczonego nad należnym (zakup i sprzedaż ze stawkami obniżonymi). Zakup bardzo drogich opakowań (ze stawką 23% VAT) potrzebnych do realizacji recept na leki recepturowe wygenerował taką nadwyżkę. A co nie bez znaczenia skarżąca spółka, pomimo wykazania sprzedaży i podatku należnego (skalkulowanych według wysokich kosztów zakupu), w rzeczywistości nie ponosi ciężaru z tego tytułu. Otrzymuje bowiem refundację z NFZ. Po czwarte, Sąd wskazuje na pominiętą w zaskarżonym postanowienie, lecz wskazaną w postanowieniu pierwoszinstancyjnym, okoliczność, że tuż przed wydaniem kontrolowanego postanowienia pierwszoinstancyjnego, tj. w dniu 20 marca 2025 r., organ pierwszej informacji otrzymał informację od NUS w W., dotyczące przeprowadzonych czynności sprawdzających u B sp. z o.o., a dotyczących cen nabywanych przez skarżącą spółkę komponentów od tego kontrahenta. Opisany przez samą B sp. z o.o. szeroko proces produkcji, montażu oraz dystrybucji półproduktów farmaceutycznych i ich elementów składowych wymaga dalszej i szczegółowej analizy i to w całokształcie całego, w tym już, zebranego materiału dowodowego w toku czynności celno-skarbowych wobec skarżącej spółki. Po piąte, w konsekwencji zgromadzonego już materiału dowodowego wszczęto również kontrolę celno-skarbową wobec samej skarżącej spółki w dniu 4 marca 2025 r., a więc przed wydaniem postanowienia pierwszoinstancyjnego, objętego kontrolą sądowoadministracyjną w tej sprawie. Niewątpliwym dla prawidłowości rozliczenia przez skarżącą spółkę za sporny okres jest zatem wynik czynności trwającej nadal kontroli celno-skarbowej.
Sąd - oceniając zgodność z prawem zaskarżonego postanowienia – wziął stosownie do art. 133 § 1 p.p.s.a. pod uwagę stan faktyczny istniejący w dacie jego wydania, tj. wynikający z akt administracyjnych. Sądy administracyjne jako sądy o kasatoryjnych kompetencjach nie posiadają uprawnienia do zastępowania organów administracji publicznej i zamiast nich rozstrzygania sprawy, co wiązałoby się z podejmowaniem merytorycznego rozstrzygnięcia sprawy administracyjnej. Ponadto w sprawach opartych, jak sprawa przedłużenia zwrotu podatku VAT, na uznaniu administracyjnym kompetencje sądów administracyjnych są ograniczone do oceny prawidłowości przeprowadzenia postępowania wyjaśniającego oraz oceny zgromadzonych dowodów. Oznacza to, iż sądy te mogą zakwestionować rozstrzygnięcie zaskarżonego aktu jedynie w przypadku stwierdzenia naruszenia przepisów prawa procesowego i to o ile miało ono wpływ na wynik sprawy. Poza ich oceną pozostaje wybór rozstrzygnięcia – przedłużenie lub nie terminu zwrotu VAT-u. Tymczasem z uzasadnienia postanowienia organu odwoławczego wynika, co pomija skarżąca, że podstawą przedłużenia terminu do dokonania zwrotu były przede wszystkim poczynione ustalenia dotyczące m.in. kontrahenta skarżącej. Organ na moment wydawania postanowienia ocenia, czy były podstawy faktyczne do przedłużenia terminu zwrotu i późniejsze okoliczności nie mają, wbrew oczekiwaniom skarżącej spółki, wpływu na tę ocenę.
Sąd jednocześnie zwraca uwagę, że w przypadku niesłusznego wstrzymania zwrotu różnicy podatku naliczonego nad należnym, gdy przeprowadzone postępowanie wyjaśniające wykaże zasadność zwrotu nadwyżki podatku, podatnikowi wypłaca się należną kwotę zwrotu powiększoną o odsetki w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia terminu płatności podatku lub rozłożenia go na raty (art. 87 ust 2 zd. trzecie ustawy o VAT). Interesy finansowe spółki są zatem w taki sposób zabezpieczone. Tym bardziej więc nie zasługuje na uwzględnienie argument odwołujący się do możliwości dysponowania kapitałem.
Mając powyższe na uwadze Sąd, na podstawie art. 151 p.p.s.a., oddalił skargę.
dch