I FSK 109/08

I SA/Łd 428/07 - Wyrok WSA w Łodzi
Data orzeczenia
2007-07-04
orzeczenie prawomocne
Data wpływu
2007-03-22
Sąd
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi
Sędziowie
Bogdan Lubiński
Cezary Koziński /sprawozdawca/
Piotr Kiss /przewodniczący/
Symbol z opisem
6110 Podatek od towarów i usług
Sygn. powiązane
I FSK 109/08 - Wyrok NSA z 2009-03-20
Skarżony organ
Dyrektor Izby Skarbowej
Treść wyniku
Oddalono skargę
Sentencja
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi – Wydział I w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia NSA: Piotr Kiss, Sędziowie Sędzia NSA Bogdan Lubiński, Asesor WSA Cezary Koziński (spr.), Protokolant asystentka sędziego Dominika Janicka, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 4 lipca 2007 r. sprawy ze skargi A S.A. w Ł. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w Ł. z dnia [...] nr [...] w przedmiocie uchylenia i przekazania do ponownego rozpatrzenia decyzji organu I instancji wydanej w przedmiocie określenia w podatku od towarów i usług nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za miesiąc kwiecień 2002 r. oraz ustalającej dodatkowe zobowiązanie podatkowe oddala skargę.
Uzasadnienie
I SA/Łd 428/07
UZASADNIENIE
Decyzją z dnia [...] nr [...] Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego określił za miesiąc kwiecień 2002 r. Spółce Akcyjnej A z siedzibą w Ł. kwotę nadwyżki podatku VAT w wysokości 251.824,- zł do zwrotu na rachunek bankowy podatnika oraz ustalił dodatkowe zobowiązanie podatkowe w wysokości 52.475,- zł.
Podczas przeprowadzonej kontroli podatkowej stwierdzono u skarżącej Spółki nieprawidłowości w odliczaniu podatku naliczonego VAT w związku z zakupem usług transportowych. Kontrolujący ustalili, iż firmy świadczące usługi transportowe na rzecz kontrolowanego podmiotu – Spółki A(obecnie B) wystawiały dwie faktury – pierwszą na podstawie ilości przejechanych kilometrów, a drugą dotyczącą tzw. premii transportowych, przyznawanych przez kierownictwo Spółki. Z dokumentacji dotyczącej przesłuchań świadków wynikało, iż premie te nie stanowiły zapłaty za wykonane usługi, gdyż przewoźnicy, po pobraniu pieniędzy za przyznane premie, przekazywali je osobiście kierownictwu Spółki lub innym wskazanym osobom, a z kwot tych potrącali sobie jedynie, na opłacenie podatków, od 200,- zł do 10 % wartości kwoty wykazanej na fakturze.
Organ podatkowy pierwszej instancji uznał zatem, że kwoty wynikające z faktur dotyczących "premii transportowych" były zwracane Spółce, z zatem są to kwoty nienależne dla usługodawców i w konsekwencji nie stanowią, w myśl art. 15 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, kosztów uzyskania przychodu w podatku dochodowym od osób prawnych, co oznacza, że na podstawie art. 25 ust. 1 pkt 3 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym, podatek naliczony związany z tymi zakupami nie stanowi podstawy do pomniejszenia podatku należnego.
W odwołaniu od powyższej decyzji pełnomocnik Spółki Akcyjnej A wniósł o jej uchylenie i umorzenie postępowania – w przypadku uznania, że materiał dowodowy zebrany w sprawie stanowi wystarczającą podstawę do uznania, iż wydatki Spółki związane z wypłatą premii transportowych zostały faktycznie poniesione w celu uzyskania przychodów, a Spółka mogła obniżyć podatek należny o podatek naliczony w związku w/w wydatkami; ewentualnie wniesiono o przekazanie sprawy do ponownego rozpatrzenia przez Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w Ł. – w przypadku uznania, że rozstrzygnięcie sprawy wymaga uprzedniego przeprowadzenia postępowania dowodowego w całości lub w znacznej części.
Zaskarżonej decyzji zarzucono:
1. naruszenie art. 122, art. 187 § 1 i art. 191 Ordynacji podatkowej, przez błędne ustalenie stanu faktycznego i niezgodne z stanem faktycznym uznanie, że "kwoty premii transportowych były zwracane Spółce, a zatem są to kwoty nienależne dla usługodawców i w konsekwencji nie stanowią (...) kosztów uzyskania przychodów".
2. rażące naruszenie art. 122, art. 180 § 1, art. 187 § 1 i art. 188 Ordynacji podatkowej przez odmowę przeprowadzenia dowodu i przesłuchania w postępowaniu podatkowym w charakterze świadków dziesięciu przedstawionych osób.
3. rażące naruszenie art. 122, art. 180 § 1 i art. 187 § 1 Ordynacji podatkowej, przez nierozpatrzenie wniosku o przesłuchanie w charakterze świadka wskazanej osoby i nieprzeprowadzenie postępowania dowodowego w tym zakresie.
4. naruszenie art. 25 ust. 1 pkt 3 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym, przez błędną wykładnię i zastosowanie, w wyniku czego błędnie przyjęto, że podatek naliczony w związku z wypłatą premii transportowych "nie stanowi podstawy do obniżenia podatku należnego".
Po rozpoznaniu odwołania, Dyrektor Izby Skarbowej w Ł. decyzją z dnia [...] nr [...], w oparciu o art. 233 § 2 Ordynacji podatkowej, uchylił zaskarżoną decyzję w całości i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia organowi podatkowemu pierwszej instancji.
W uzasadnieniu tej decyzji organ odwoławczy, po przytoczeniu treści art. 233 § 2 Ordynacji podatkowej, wskazał, że przekazując sprawę do ponownego rozpatrzenia miano na uwadze fakt wcześniejszego uchylenia decyzji z dnia [...] w przedmiocie określenia Spółce Akcyjnej A podatku dochodowego od osób prawnych za 2002 r. Sprawę dotyczącą podatku dochodowego przekazano do ponownego rozpatrzenia, bowiem rozstrzygnięcie w tym zakresie było uzależnione od przeprowadzenia postępowania dowodowego w znacznej części, a ponadto decyzja organu podatkowego pierwszej instancji została wydana z naruszeniem przepisów o właściwości.
Dyrektor Izby Skarbowej podkreślił, iż z materiału dowodowego zgromadzonego przez organ pierwszej instancji, a dotyczącego podatku dochodowego od osób prawnych za 2002 r., wynikają okoliczności, których wyjaśnienie jest niezbędne do podjęcia prawidłowego rozstrzygnięcia w sprawie. Okoliczności te dotyczą zaliczenia do kosztów uzyskania przychodów, m.in. kosztów usług marketingowych w wysokości 971.554,97 zł. Kwota ta dotyczy umów o świadczenie usług zawartych przez Spółkę z osobami fizycznymi. W większości tych umów, jak wskazano, zadaniem koordynatora – osoby, z którą zawarta została umowa – są czynności (obowiązki) polegające na organizowaniu, tworzeniu i rozszerzaniu rynku zbytu Spółki, koordynowaniu i nadzorowaniu sprzedaży oraz reklamie produktów oferowanych przez Spółkę w wyznaczonym rejonie.
W ocenie organu odwoławczego dokonanie właściwego rozstrzygnięcia w oparciu o normę wyrażoną w art. 25 ust. 1 pkt 3 ustawy o VAT wymaga uzupełnienia materiału dowodowego w znacznej części – przedmiotem analizy przez organ pierwszej instancji przy ponownym rozpatrywaniu sprawy winny być wszystkie rodzaje umów na świadczenie tzw. usług marketingowych, faktury dokumentujące wykonanie usług zgodnie z umowami, wszelkie dokumenty wskazujące na zakres wykonywanych usług (przesłuchania świadków, wpłaty), albowiem nie jest wystarczające zebranie takich dowodów w odrębnym postępowaniu dotyczącym podatku dochodowego.
Końcowo Dyrektor Izby Skarbowej w Ł. wskazał, iż rozstrzygając sprawę w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych w decyzji z dnia [...] nr [...] stwierdzono, że właściwym w sprawie jest Naczelnik Pierwszego Urzędu Skarbowego Ł., gdyż zgodnie z art. 18b Ordynacji podatkowej, organy podatkowe właściwe w dniu wszczęcia postępowania podatkowego lub kontroli podatkowej pozostają właściwe w sprawie, której to postępowanie lub kontrola dotyczy, chociażby w trakcie postępowania lub kontroli nastąpiło zdarzenie powodujące zmianę właściwości. Wskazano także na wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 23 marca 2006 r. o sygn. akt III FSK 1031/05, w którym stwierdzono, iż zmiana właściwości naczelnika urzędu skarbowego dla dużych podmiotów gospodarczych nastąpiła dopiero po 1 stycznia 2005 r. Jednakże zdaniem organu odwoławczego w decyzji z dnia [...] popełniony został błąd, albowiem w sprawie winna znaleźć zastosowanie procedura szczególna dotycząca właściwości określonych urzędów skarbowych – wyrażona w art. 31 ust. 3 ustawy z dnia 27 czerwca 2003 r. o utworzeniu Wojewódzkich Kolegiów Skarbowych oraz o zmianie niektórych ustaw regulujących zadania i kompetencje organów oraz organizacje jednostek organizacyjnych podległych ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych (Dz.U. Nr 137, poz. 1302). W tej sytuacji świadomie stwierdzono zatem, że właściwym organem do przeprowadzenia postępowania podatkowego i wydania decyzji w pierwszej instancji jest obecnie (tj. po dniu 1 stycznia 2005 r.) Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w Ł..
W skardze złożonej na powyższą decyzję Dyrektora Izby Skarbowej pełnomocnik skarżącej Spółki Akcyjnej A wniósł o uchylenie zaskarżonej decyzji i zasądzenie zwrotu kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego według norm przepisanych.
Zaskarżonej decyzji zarzucono naruszenie przepisów postępowania podatkowego, które miało wpływ na wynik tego postępowania:
1. art. 233 § 2 w związku z art. 233 § 1 pkt 2 lit. b) Ordynacji podatkowej, a także naruszenie art. 210 § 4 Ordynacji podatkowej, przez wydanie zaskarżonej decyzji na podstawie art. 233 § 2 Ordynacji podatkowej i wskazanie w uzasadnieniu decyzji okoliczności faktycznych, które należy przeanalizować przy ponownym rozpatrzeniu sprawy, w sytuacji, gdy w sprawie należało uchylić decyzję Naczelnika Urzędu Skarbowego na podstawie art. 233 § 1 pkt 2 lit. b) Ordynacji podatkowej, jako wydaną z naruszeniem przepisów o właściwości.
2. art. 233 § 1 pkt 2 lit. b) Ordynacji podatkowej przez niewłaściwe zastosowanie. Wyłącznie ten przepis miał zastosowanie w sprawie, ponieważ w I instancji decyzję wydał organ niewłaściwy.
W uzasadnieniu skargi pełnomocnik skarżącej Spółki stwierdził, iż w 2004 r. Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego nie był organem właściwym w sprawie określenia zobowiązań podatkowych Spółki. Dyrektor Izby Skarbowej w Ł., stwierdzając w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji, że decyzja Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego została wydana z naruszeniem przepisów o właściwości, nie powinien analizować ani uzasadnienia decyzji pierwszoinstancyjnej, ani materiału dowodowego zebranego w sprawie, lecz powinien ograniczyć się wyłącznie do uchylenia decyzji na podstawie art. 233 § 1 pkt 2 lit b) Ordynacji podatkowej i przekazania sprawy właściwemu organowi podatkowemu pierwszej instancji. Stwierdzenie w toku postępowania odwoławczego, że decyzja została wydana przez organ niewłaściwy, uzasadnia jedynie zastosowanie dyspozycji art. 233 § 1 pkt 2 lit. b) Ordynacji podatkowej, wykluczając jednocześnie zastosowanie art. 233 § 2 tej ustawy, ponieważ ten ostatni przepis dotyczy przypadku, w którym właściwy organ podatkowy nie przeprowadził postępowania dowodowego w całości lub w znacznej części, a niewłaściwy organ podatkowy w ogóle nie mógł przeprowadzać takiego postępowania.
Strona skarżąca wywiodła zatem, że skoro Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego nie był właściwy ani do zebrania materiału dowodowego, ani do jego oceny, to tym bardziej takiej oceny nie mógł dokonać organ odwoławczy w postępowaniu odwoławczym. W wyniku przekazania sprawy na podstawie art. 233 § 1 pkt 2 lit. b) Ordynacji podatkowej, sprawa ta nie jest rozstrzygana ponownie przez ten sam organ, jak ma to miejsce w przypadku przekazania sprawy na podstawie art. 233 § 2 Ordynacji podatkowej, lecz jest rozpatrywana na nowo (tzn. od nowa, po raz pierwszy) przez inny (właściwy) organ. Tym samym dotychczasowe postępowanie przed organem niewłaściwym zostaje całkowicie "zniesione", a wszystkie czynności tego postępowania "upadają" i muszą być przeprowadzone od nowa przez organ właściwy. W sprawie będącej przedmiotem skargi Dyrektor Izby Skarbowej w Ł. nie mógł na podstawie art. 233 § 2 Ordynacji podatkowej uchylać decyzji wydanej przez niewłaściwy organ i nie mógł jednocześnie wskazać okoliczności faktycznych, które należy zbadać przy ponownym rozpatrzeniu sprawy, skoro sprawa nie podlega ponownemu rozpatrzeniu przez ten sam organ, lecz rozpatrzeniu na nowo przez organ właściwy.
W odpowiedzi na skargę Dyrektor Izby Skarbowej w Ł. wniósł o jej oddalenie. Podkreślono ponadto, że uchylając decyzję Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego i przekazując sprawę temu organowi do ponownego rozpatrzenia kierowano się zasadami: legalizmu (art. 7 Konstytucji RP), praworządności (art. 120 Ordynacji podatkowej), prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych (art. 121 Ordynacji podatkowej), szybkości i prostoty postępowania (art. 125 Ordynacji podatkowej), dwuinstancyjności postępowania (art. 127 Ordynacji podatkowej), a rozstrzygnięcie zaskarżonej decyzji w trybie art. 233 § 2 Ordynacji podatkowej nie miało i nie będzie mieć wpływu na wynik sprawy.
Rozpoznając sprawę Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi zważył, co następuje:
Ustawa z dnia 27 czerwca 2003 r. o utworzeniu Wojewódzkich Kolegiów Skarbowych oraz o zmianie niektórych ustaw regulujących zadania i kompetencje organów oraz organizację jednostek organizacyjnych podległych ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych (Dz.U. Nr 137, poz. 1302) wprowadziła zmiany w zakresie właściwości organów podatkowych do ustawy z dnia z dnia 21 czerwca 1996 r. o urzędach i izbach skarbowych (Dz.U. Nr 106, poz. 489, z późn. zm.).
Nowe przepisy art. 5 ust. 9a i 9b ustawy o urzędach i izbach skarbowych, regulujące kryteria dotyczące podatników, dla których właściwe będą tzw. "duże urzędu skarbowe", weszły w życie z dniem 1 stycznia 2004 r., w związku z dyspozycją przepisu art. 40 pkt 2 ustawy o utworzeniu Wojewódzkich Kolegiów Skarbowych oraz o zmianie niektórych ustaw (...) . W związku z tym od tej daty podatnicy byli zobowiązani do sprawdzenia, czy spełniają kryteria mające wpływ na zmianę właściwości organu podatkowego.
Zgodnie z art. 5 ust. 9b pkt 7 ustawy o urzędach i izbach skarbowych, wyznaczenie terytorialnego zasięgu działania określonego urzędu skarbowego następuje w przepisach określonych na podstawie ust. 9c i może dotyczyć w szczególności osób prawnych lub jednostek organizacyjnych nieposiadających osobowości prawnej, które: w ostatnim roku podatkowym osiągnęły przychód netto, w rozumieniu przepisów o rachunkowości, ze sprzedaży towarów, wyrobów i usług o równowartości co najmniej 5 mln euro według kursu średniego ogłaszanego przez Narodowy Bank Polski na koniec roku podatkowego; albo jako rezydenci w rozumieniu przepisów prawa dewizowego, biorą udział bezpośrednio lub pośrednio w zarządzaniu przedsiębiorstwami położonymi za granicą lub w ich kontroli; albo posiadają udział w kapitale takich przedsiębiorstw, albo są zarządzane bezpośrednio lub pośrednio przez nierezydenta w rozumieniu przepisów prawa dewizowego lub nierezydent dysponuje co najmniej 5% głosów na zgromadzeniu wspólników albo na walnym zgromadzeniu; albo jako rezydenci w rozumieniu przepisów prawa dewizowego jednocześnie bezpośrednio lub pośrednio biorą udział w zarządzaniu podmiotem krajowym i podmiotem zagranicznym w rozumieniu innych ustaw lub w jego kontroli albo posiadają jednocześnie udział w kapitale takich podmiotów.
Na mocy delegacji ustawowej zawartej w przepisie ust. 9c w/w artykułu, Minister Finansów wydał rozporządzenie wykonawcze z dnia 19 listopada 2003 r. w sprawie terytorialnego zasięgu działania oraz siedzib naczelników urzędów skarbowych i dyrektorów izb skarbowych (Dz.U. Nr 209, poz. 2027), które również weszło w życie z dniem 1 stycznia 2004 r. (vide § 5). W wykazie stanowiącym załącznik nr 2 do tego rozporządzenia ustalono siedziby i terytorialny zasięg działania naczelników urzędów skarbowych, właściwych wyłącznie w zakresie podatników określonych w art. 5 ust. 9b ustawy o urzędach i izbach skarbowych. Tak więc dopiero z datą wejścia w życie tego rozporządzenia wykonawczego znany był właściwy (nowy) naczelnik urzędu skarbowego dla niektórych grup podatników.
Uwzględniając powyższe regulacje należy stwierdzić, iż nie można było ustalić właściwości organów podatkowych, bez obowiązujących kryteriów kwalifikujących niektórych podatników do właściwych "dużych urzędów skarbowych", przed dniem 1 stycznia 2004 r.
Datę zmiany właściwości naczelnika urzędu skarbowego na właściwego w zakresie określonych kategorii podatników określa art. 5a ust. 1 ustawy o urzędach i izbach skarbowych. Z punktu pierwszego tego przepisu wynika, że dla podatników, o których mowa w art. 5 ust. 9b pkt 1-6 oraz w pkt 7 lit. b)-d) ustawy, zmiana ta następuje z dniem 1 stycznia roku następującego po roku, w którym nastąpiło ich włączenie do danej kategorii podatników. Natomiast z punktu drugiego tego przepisu wynika, że dla podatników, którzy osiągnęli przychód netto o równowartości co najmniej 5 mln euro według kursu średniego ogłaszanego przez Narodowy Bank Polski, zmiana nastąpiła z dniem 1 stycznia drugiego roku następującego po roku, w którym nastąpiło przekroczenie kwoty, o której mowa w art. 5 ust. 9b pkt 7 lit. a) ustawy.
Skoro zatem włączenie skarżącej Spółki do kategorii podatników, o których mowa w art. 5 ust. 9b pkt 7 ustawy o urzędach i izbach skarbowych, nastąpiło w 2004 r., to zmiana właściwości organu podatkowego nastąpiła najwcześniej z dniem 1 stycznia następnego roku (2005).
Trybunał Konstytucyjny w wyroku z dnia 20 czerwca 2005 r. o sygn. akt K 4/04 (TK-A 2005/6/64) stwierdził, iż znowelizowane przepisy ustawy o urzędach i izbach skarbowych (art. 5 ust. 9a i 9b ustawy o urzędach i izbach skarbowych, które weszły w życie z dniem 1 stycznia 2004 r.) dają możliwość określenia terytorialnego zasięgu działania urzędu skarbowego wyłącznie w zakresie niektórych podatników lub wykonywania niektórych zadań, przy czym terytorialny zasięg działania określonego urzędu może obejmować zasięg działania innych urzędów skarbowych. Przepis art. 5a ustawy o urzędach i izbach skarbowych określa obowiązek podatników, którzy spełnili przesłanki, określone w art. 5 ust. 9a, zawiadomienia o tym właściwego naczelnika urzędu skarbowego, oraz określa moment, od którego następuje zmiana właściwości naczelnika urzędu skarbowego. Ten przepis wszedł w życie z dniem 1 września 2003 r., co spowodowało zrozumiałe problemy interpretacyjne. Jednakże za nietrafny uznano zarzut naruszenia zasady prawidłowej legislacji przez art. 5a ustawy o urzędach i izbach skarbowych, gdyż zmiana właściwości naczelnika urzędu skarbowego na właściwego, wyłącznie dla określonych kategorii podatników, następuje z dniem 1 stycznia roku następnego po roku, w którym nastąpiło ich włączenie do danej kategorii podatników - w przypadku podatników wymienionych w art. 5 ust. 9b pkt 1-6 oraz w pkt 7 lit. b-d, albo z dniem 1 stycznia drugiego roku następującego po roku, w którym nastąpiło przekroczenie kwoty, o której mowa w art. 5 ust. 9b pkt 7 lit. a) ustawy o urzędach i izbach skarbowych - w przypadku podatników wymienionych w tym przepisie.
Bezspornym w niniejszej sprawie jest to, że w stosunku do skarżącej Spółki następowała zmiana urzędu skarbowego w związku z wejściem w życie ustawy o utworzeniu Wojewódzkich Kolegiów Skarbowych oraz o zmianie niektórych ustaw (...). Spór natomiast sprowadza się do tego, czy tzw. "duży urząd skarbowy" – Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w Ł., był organem właściwym do przeprowadzenia postępowania podatkowego i wydania decyzji w 2004 r. wobec Spółki B, a organ odwoławczy mógł rozpoznać merytorycznie odwołanie wniesione od takiej decyzji.
W niniejszej sprawie postępowanie podatkowe w podatku od towarów i usług za miesiące od kwietnia do listopada 2002 r. wszczęte zostało w dniu [...] przez Naczelnika Pierwszego Urzędu Skarbowego Ł. (postanowieniem nr [...], karta 198 akt administracyjnych). Słusznie zatem zauważył Dyrektor Izby Skarbowej, iż po wejściu w życie ustawy o utworzeniu Wojewódzkich Kolegiów Skarbowych oraz o zmianie niektórych ustaw (...) należało uwzględnić regulację zawartą w art. 31 ust. 3 tej ustawy, zgodnie z którą "postępowania w sprawach podatkowych wszczęte i niezakończone ostatecznym rozstrzygnięciem w danym trybie przed dniem wejścia w życie ustawy, przejmują organy właściwe w takich sprawach po dniu wejścia w życie ustawy, przy czym wszystkie już podjęte w postępowaniu czynności pozostają w mocy".
Zatem Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego nie był w 2004 r. organem właściwym do wszczęcia, przeprowadzenia postępowania podatkowego i wydania decyzji w przedmiocie podatku od towarów i usług dla skarżącej Spółki, jednakże organ ten stał się właściwy dla skarżącej spółki najwcześniej z dniem 1 stycznia 2005 r. Nie można zatem uznać, iż wszelkie czynności dowodowe przeprowadzone w 2003 r. przez Naczelnika Urzędu Skarbowego Ł. w prowadzonym postępowaniu podatkowym były nieskuteczne (wadliwe). Podkreślić również należy, iż z akt sprawy nie wynika, aby Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego przeprowadził w sprawie jakiekolwiek postępowanie dowodowe w 2004 r.; w tym roku wydał on jedynie decyzję dla skarżącej Spółki.
Art. 15 § 1 Ordynacji podatkowej (Dz.U. z 2005 r., Nr 8, poz. 60 z póź. zm.) nakłada na organy podatkowe obowiązek przestrzegania z urzędu swojej właściwości rzeczowej i miejscowej. Ten obowiązek spoczywa na nich w każdym stadium postępowania, aż do jego zakończenia decyzją ostateczną. Jeżeli więc wejdą w życie nowe przepisy prawa materialnego zmieniające właściwość organów, to organ prowadzący postępowanie obowiązany jest się do nich zastosować, także wówczas, gdy regulują one odmiennie właściwość organu, chyba, że przepisy intertemporalne stanowią inaczej.
W związku z tym należy uznać, iż po rozpoznaniu odwołania od decyzji z dnia [...] nr [...], wydanej przez Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego, organ odwoławczy miał prawo do merytorycznego rozpoznania odwołania i zastosowania przepisu art. 233 § 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa, gdyż w dniu wydawania decyzji (19 stycznia 2007 r.) organ pierwszej instancji był już właściwy do rozpoznania tej sprawy. Zastosowanie przepisu art. 233 § 1 pkt 2 lit. b) byłoby w tym przypadku niecelowe, skoro wszczęcie postępowania podatkowego i cały proces dowodowy, nie naruszało przepisów Ordynacji podatkowej.
W przedmiotowej sprawie nie ulega wątpliwości, iż wszczęcie postępowania podatkowego i zebranie dowodów w tym postępowaniu było prawidłowe i nie uchybiało przepisom o właściwości organów podatkowych, jedynie Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w Ł. nie był organem właściwym do zakończenia tego postępowania w 2004 r., a był właściwy, do określenia podatku VAT dla skarżącej Spółki i przeprowadzenia postępowania dowodowego w tym zakresie w 2007 r. (w dacie rozstrzygania przez organ odwoławczy).
W podstawie prawnej zaskarżonej decyzji powołano § 2 art. 233 Ordynacji podatkowej, zgodnie z którym organ odwoławczy może uchylić w całości decyzję organu pierwszej instancji i przekazać sprawę do ponownego rozpatrzenia przez ten organ, jeżeli rozstrzygnięcie sprawy wymaga uprzedniego przeprowadzenia postępowania dowodowego w całości lub w znacznej części. Ten sposób rozstrzygnięcia dopuszczalny jest wówczas (w przeciwieństwie do decyzji kasacyjnej wydanej na podstawie art. 233 § 1 pkt 2), gdy organ odwoławczy stwierdzi istnienie podstaw do merytorycznego rozstrzygnięcia danej sprawy, ale to rozstrzygnięcie wymaga uprzedniego przeprowadzenia postępowania wyjaśniającego. Z kolei organ odwoławczy wydając decyzję kasacyjną na podstawie art. 233 § 1 pkt 2 lit. b) Ordynacji podatkowej ma obowiązek wykazania, że organ I instancji dopuścił się takiego naruszenia prawa, które stanowi podstawę do jej unieważnienia, które powoduje, że organ odwoławczy nie może w sprawie orzekać merytorycznie.
Skoro w niniejszej sprawie, jak to wyżej wskazano, Dyrektor Izby Skarbowej w Ł. mógł merytorycznie orzec w sprawie (ocenić zebrany materiał dowody) i przekazać sprawę ponownie Naczelnikowi [...] Urzędu Skarbowego, to nie zachodziła podstawa do zastosowania przepisu art. 233 § 1 pkt 2 lit. b) Ordynacji podatkowej.
Z tych względów na podstawie art. 151 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. Nr 153, poz. 1270 z póź. zm.), należało skargę oddalić.