FSK 1309/04

Naczelny Sąd Administracyjny2004-11-30
NSApodatkoweWysokansa
VATodliczenie podatku naliczonegofakturanieistniejący kontrahentustalenia faktyczneprawo procesoweskarga kasacyjnasankcje podatkowe

NSA oddalił skargę kasacyjną organu podatkowego, uznając, że brak wystarczających ustaleń faktycznych uniemożliwia pozbawienie podatnika prawa do odliczenia VAT naliczonego z faktury wystawionej przez podmiot, którego status jako czynnego podatnika był kwestionowany.

Organ podatkowy wniósł skargę kasacyjną od wyroku WSA uchylającego decyzję o określeniu zobowiązania podatkowego w VAT i odpowiedzialności byłego wspólnika. Spór dotyczył prawa do odliczenia VAT naliczonego z faktury wystawionej przez Fundację Naukową, której status jako czynnego podatnika i istnienie były kwestionowane przez organy. WSA uznał, że materiał dowodowy nie uprawniał organów do stwierdzenia nieistnienia Fundacji ani braku kopii faktury u sprzedawcy. NSA, związany granicami skargi kasacyjnej, oddalił skargę, stwierdzając, że przy braku właściwych ustaleń faktycznych co do nieistnienia kontrahenta i posiadania przez niego kopii faktury, nie można stosować sankcji pozbawienia prawa do odliczenia VAT.

Dyrektor Izby Skarbowej w L. złożył skargę kasacyjną od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Lublinie, który uchylił decyzję Izby Skarbowej utrzymującą w mocy decyzję organu pierwszej instancji. Decyzje te dotyczyły określenia zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług oraz odpowiedzialności byłego wspólnika spółki cywilnej za zaległości podatkowe. Spór koncentrował się na prawie do odliczenia podatku naliczonego z faktury VAT wystawionej przez Fundację Naukową, której status jako czynnego podatnika VAT i istnienie w obrocie gospodarczym były kwestionowane przez organy podatkowe. Organy argumentowały, że Fundacja nie dopełniła obowiązków rejestracyjnych i ewidencyjnych, a pod wskazanymi adresami nie prowadziła działalności, co miało uzasadniać pozbawienie podatnika prawa do odliczenia VAT. Wojewódzki Sąd Administracyjny uznał jednak, że zebrany materiał dowodowy nie pozwalał na ocenę, iż faktura została wystawiona przez podmiot nieistniejący, ani że Fundacja nie posiadała kopii spornej faktury. Naczelny Sąd Administracyjny, rozpoznając skargę kasacyjną, podkreślił, że jest związany jej granicami i z urzędu bada jedynie wady skutkujące nieważnością orzeczenia. Sąd stwierdził, że zarzuty skargi kasacyjnej nie były uzasadnione, ponieważ WSA prawidłowo ocenił, że organy podatkowe nie udowodniły kluczowych okoliczności faktycznych (nieistnienie kontrahenta, brak kopii faktury u sprzedawcy), które byłyby podstawą do zastosowania przepisów § 54 ust. 4 pkt 1 lit. c oraz § 54 ust. 4 pkt 2 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 15 grudnia 1997 r. W konsekwencji, przy braku właściwych ustaleń faktycznych, nie można było pozbawić podatnika prawa do obniżenia podatku należnego o naliczony. NSA oddalił skargę kasacyjną.

Asystent AI do analizy prawnej

Przeanalizuj tę sprawę w kontekście orzecznictwa, przepisów i doktryny. Uzyskaj pogłębioną analizę, projekt pisma lub odpowiedź na pytanie prawne.

Analiza orzecznictwa Badanie przepisów Odpowiedzi na pytania Drafting pism
Wypróbuj Asystenta AI

Zagadnienia prawne (2)

Odpowiedź sądu

Nie, przy braku właściwie dokonanych ustaleń faktycznych w tym zakresie, nie można stosować wobec podatnika sankcji w postaci pozbawienia prawa do obniżenia podatku należnego o naliczony.

Uzasadnienie

NSA podkreślił, że sąd drugiej instancji jest związany granicami skargi kasacyjnej i nie bada ponownie legalności decyzji podatkowej jako całości. Kontrola dotyczy zgodności z prawem w zakresie zakreślonym podstawami kasacji. Skoro WSA prawidłowo ocenił, że organy podatkowe nie udowodniły kluczowych okoliczności faktycznych (nieistnienie kontrahenta, brak kopii faktury u sprzedawcy), to nie można było zastosować przepisów materialnoprawnych pozbawiających prawa do odliczenia VAT.

Rozstrzygnięcie

Decyzja

oddalono_skargę

Przepisy (8)

Główne

p.p.s.a. art. 183 § 1

Ustawa z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi

Naczelny Sąd Administracyjny jest związany granicami skargi kasacyjnej.

p.p.s.a. art. 174

Ustawa z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi

Podstawa skargi kasacyjnej dotycząca naruszenia prawa materialnego.

p.p.s.a. art. 184

Ustawa z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi

Podstawa prawna do oddalenia skargi kasacyjnej.

Pomocnicze

Rozporządzenie Ministra Finansów z dnia 15 grudnia 1997 r. w sprawie wykonywania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym art. 54 § ust. 4 pkt 1 lit. c

Przepis dotyczy sytuacji, gdy faktura została wystawiona przez podmiot nieistniejący, co prowadzi do pozbawienia prawa do obniżenia podatku należnego.

Rozporządzenie Ministra Finansów z dnia 15 grudnia 1997 r. w sprawie wykonywania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym art. 54 § ust. 4 pkt 2

Przepis dotyczy sytuacji, gdy nabywca posiada fakturę nie potwierdzoną kopią u sprzedawcy, co uniemożliwia obniżenie podatku należnego.

Ord.pod. art. 180

Ustawa Ordynacja podatkowa

Reguła dotycząca oceny materiału dowodowego.

Ord.pod. art. 121 § 1

Ustawa Ordynacja podatkowa

Zasada ogólna postępowania podatkowego - pogłębianie zaufania do organów.

Ord.pod. art. 122

Ustawa Ordynacja podatkowa

Zasada ogólna postępowania podatkowego - podejmowanie wszelkich niezbędnych działań w celu dokładnego ustalenia stanu faktycznego.

Argumenty

Skuteczne argumenty

Brak wystarczających ustaleń faktycznych co do nieistnienia kontrahenta i posiadania przez niego kopii faktury uniemożliwia pozbawienie podatnika prawa do odliczenia VAT.

Odrzucone argumenty

Organy podatkowe udowodniły, że faktury zostały wystawione przez podmiot nieistniejący lub nieuprawniony do ich wystawiania.

Godne uwagi sformułowania

Naczelny Sąd Administracyjny związany jest granicami skargi kasacyjnej. Z urzędu bierze pod uwagę jedynie takie wady zaskarżonego orzeczenia, które stanowią o jego nieważności. W II instancji nie bada się ponownie legalności ostatecznej decyzji podatkowej jako całości. Naczelny Sąd Administracyjny kontroluje działalność administracji publicznej co do zgodności z prawem w takiej części, którą zakreślają podstawy kasacji.

Skład orzekający

Grzegorz Krzymień

przewodniczący

Jerzy Rypina

sprawozdawca

Ryszard Pęk

członek

Informacje dodatkowe

Wartość precedensowa

Siła: Wysoka

Powoływalne dla: "Ugruntowanie zasady, że brak wystarczających ustaleń faktycznych uniemożliwia zastosowanie sankcji podatkowych, zwłaszcza w kontekście kwestionowania statusu kontrahenta i prawa do odliczenia VAT."

Ograniczenia: Orzeczenie dotyczy specyficznych przepisów rozporządzenia wykonawczego do ustawy o VAT z 1997 r. oraz stanu prawnego obowiązującego w tamtym okresie. Konieczność analizy granic skargi kasacyjnej.

Wartość merytoryczna

Ocena: 6/10

Sprawa dotyczy powszechnego problemu odliczania VAT od faktur wystawionych przez niepewnych kontrahentów, a orzeczenie podkreśla znaczenie prawidłowych ustaleń faktycznych i granic kontroli sądowej.

Niepewny kontrahent? Sąd przypomina: brak dowodów to brak sankcji!

Asystent AI dla prawników

Twój asystent do analizy prawnej

Zadaj pytanie prawne, zleć analizę orzecznictwa i przepisów, lub poproś o projekt pisma — AI przeszuka ponad 1,4 mln orzeczeń i aktualne akty prawne.

Analiza orzecznictwa i przepisów
Drafting pism i dokumentów
Odpowiedzi na pytania prawne
Pogłębiona analiza z doktryny

Powiązane tematy

Pełny tekst orzeczenia

Oryginał, niezmieniony
FSK 1309/04 - Wyrok NSA
Data orzeczenia
2004-11-30
orzeczenie prawomocne
Data wpływu
2004-05-27
Sąd
Naczelny Sąd Administracyjny
Sędziowie
Grzegorz Krzymień /przewodniczący/
Jerzy Rypina /sprawozdawca/
Ryszard Pęk
Symbol z opisem
6110 Podatek od towarów i usług
Hasła tematyczne
Podatek od towarów i usług
Skarżony organ
Izba Skarbowa
Treść wyniku
Oddalono skargę
Powołane przepisy
Dz.U. 2002 nr 153 poz 1270
art. 183 par. 1
Ustawa z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi.
Dz.U. 1997 nr 156 poz 1024
par. 54 ust. 4 pkt 1 lit. c, par. 54 ust. 4 pkt 2
Rozporządzenie Ministra Finansów z dnia 15 grudnia 1997 r. w sprawie wykonywania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym.
Tezy
1. Rozpoznając skargę kasacyjną Naczelny Sąd Administracyjny związany jest granicami skargi kasacyjnej /art. 183 par. 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi - Dz.U. nr 153 poz. 1270/. Z urzędu bierze pod uwagę jedynie takie wady zaskarżonego orzeczenia, które stanowią o jego nieważności.
Oznacza to, iż w II instancji nie bada się ponownie legalności ostatecznej decyzji podatkowej jako całości, co jest przedmiotem orzekania przez Wojewódzki Sąd Administracyjny. Naczelny Sąd Administracyjny kontroluje działalność administracji publicznej co do zgodności z prawem w takiej części, którą zakreślają podstawy kasacji.
2. Przy braku właściwie dokonanych ustaleń co do nieistnienia kontrahenta podatnika oraz tego, czy posiadał on kopię spornej faktury, nie można stosować wobec podatnika sankcji w postaci pozbawienia prawa do obniżenia podatku należnego o naliczony.
Sentencja
Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Grzegorz Krzymień, Sędziowie NSA Ryszard Pęk, Jerzy Rypina (spr.), Protokolant Piotr Dębkowski, po rozpoznaniu w dniu 30 listopada 2004 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Dyrektora Izby Skarbowej w L. od wyroku Wojewódzkiego Sadu Administracyjnego w Lublinie z dnia 04.02.2004 r. sygn. akt I SA/Lu 425/03 w sprawie ze skargi Ireneusza S. na decyzję Izby Skarbowej w L. z dnia 11 czerwca 2003 r. (...) w przedmiocie określenia zobowiązania podatkowego i odpowiedzialności byłego wspólnika za zaległości podatkowe s.c. "S." Spółka Inżynierów w podatku od towarów i usług za maj 1999 r. 1. Oddala skargę kasacyjną, 2. Zasądza od Dyrektora Izby Skarbowej w L. na rzecz Ireneusza S. kwotę 1.800 zł /słownie jeden tysiąc osiemset złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Uzasadnienie
Dyrektor Izby Skarbowej w L. wniósł skargę kasacyjną od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Lublinie z 4 lutego 2004 r. w sprawie I SA/Lu 424/03. Wyrokiem tym uchylona została decyzja Izby Skarbowej w L. z dnia 11 czerwca 2003 r. w przedmiocie określenia zobowiązania podatkowego i odpowiedzialności byłego wspólnika Ireneusza S. za zaległości podatkowe spółki cywilnej "S." Spółka Inżynierów w podatku od towarów i usług za miesiąc maj 1999 r.
Decyzją z dnia 11 czerwca 2003 r. Izba Skarbowa w L., na zasadzie art. 233 par. 1 pkt 1 ustawy Ordynacja podatkowa po rozpatrzeniu odwołania Ireneusza S. od decyzji (...) Urzędu Skarbowego w L. z dnia 12 lutego 2003 r. określającej zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług za maj 1999 r., zaległość podatkową i odsetki od tej zaległości oraz orzekającej o jego solidarnej odpowiedzialności z tytułu zaległości podatkowych spółki cywilnej "S." Spółki Inżynierów w L. za maj 1999 r. utrzymała w mocy decyzję organu podatkowego I instancji.
Organ odwoławczy wskazał, iż bezsporne jest, że spółka cywilna "S." ujęła w rejestrze zakupu podatku od towarów i usług i rozliczyła w deklaracjach VAT-7 podatek naliczony z faktury VAT 150/99 wystawionej przez Fundację Naukową (...).
W toku postępowania podatkowego organ I instancji ustalił, iż Fundacja Naukowa (...) do maja 1997 r. był czynnym podatnikiem podatku VAT i do tego miesiąca składała we właściwym urzędzie skarbowym deklaracja VAT-7, w których jako swoją siedzibę wskazywała ul. W. 1/3 w W. Następnie doszło do zmiany siedziby Fundacji na ul. K. 6/51 w W., jednakże bez dopełnienia obowiązku wyrejestrowania się i nie złożenia druku VAT-Z. Z przeprowadzonych ustaleń wynika, iż pod tym nowym adresem Fundacja nie prowadziła i nie prowadzi działalności gospodarczej, jak też nie dokonuje rozliczeń z tytułu podatku od towarów usług z właściwym według miejsca nowej siedziby urzędem skarbowym.
Z informacji uzyskanej z Krajowego Rejestru Sądowego wynika, iż Fundacja jest wpisana do rejestru ze wskazaniem siedziby: W., ul. K. 6/51 i Prezesa Zarządu /jednoosobowego/ w osobie Jerzego Ł. D. Ustalono, że ten ostatni przebywa w Zakładzie Karnym w T. Na dzień jego przesłuchania, to jest 31 lipca 2002 r. nie znał on ani adresu siedziby Fundacji, ani miejsca przechowywania dokumentacji, zaś ostatnie adresy, jakie pamiętał dotyczyły ulicy W. i ulicy K. w W.
Izba Skarbowa uznała, iż w tym stanie rzeczy nie było realnych możliwości przeprowadzenia postępowania kontrolnego w Fundacji.
Co do zastosowania par. 54 ust. 1 pkt 4 lit. "a" rozporządzenia wykonawczego do ustawy o VAT podkreślono, iż zgodnie z utrwalonym orzecznictwem przepis ten dotyczy także podmiotu wprawdzie formalnie zarejestrowanego, ale w oparciu o nieprawdziwe lub nieścisłe i nieaktualne dane, który nadto nie składa właściwych deklaracji podatkowych i nie wykazuje podatku należnego wynikającego z wystawionych faktur, a w konsekwencji podatku tego także nie płaci. Organy podatkowe ustaliły, że jakkolwiek Fundacja figuruje w Krajowej Ewidencji Podatników, to wykazane tam dane są nieaktualne. Nie zgłosiła ona bowiem ani aktualizacji danych rejestrowych, ani nie złożyła druku VAT-Z. Pod ustalonymi adresami, wskazanymi jako miejsce siedziby wystawcy faktur stwierdzono, że Fundacja tam nie istnieje. Nie ustalono także miejsca znajdowania się dokumentacji Fundacji.
Z tych względów uznano, iż Fundacji można przypisać cechy podmiotu "nieistniejącego", co prowadzi do wniosku, iż skarżący nie był uprawniony do odliczenia podatku VAT również i na podstawie par. 54 ust. 1 pkt 4 lit. "a" rozporządzenia wykonawczego do ustawy o VAT. Konsekwencją takiego stanowiska było stwierdzenie, iż wydana decyzja przez organ podatkowy I instancji jest prawidłowa, w sytuacji gdy spółka cywilna "S." dokonała pomniejszenia swojego podatku należnego o kwoty podatku naliczonego ale nie uiszczonego przez Fundację z wystawionych przez nią faktur nr 150/99.
Zdaniem organów podatkowych okoliczności sprawy takie jak: brak możliwości sprawdzenia kopii faktury u wystawcy oraz jednoznaczne stwierdzenie urzędów skarbowych o nie składaniu przez Fundację deklaracji VAT-7 po maju 1997 r., a także brak jakichkolwiek rozliczeń po tej dacie - stanowią nadto przypadek, o którym mowa w par. 54 ust. 4 pkt 2 powołanego wyżej rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 15 grudnia 1997 r., który stanowi, iż w przypadku, gdy nabywca posiada fakturę lub fakturę korygującą nie potwierdzoną kopia u sprzedawcy, faktury te nie stanowią podstawy do obniżenia podatku należnego oraz zwrotu różnicy podatku naliczonego. Na poparcie swojego stanowiska Izba Skarbowa odwołała się do uzasadnienia wyroku Trybunału Konstytucyjnego z dnia 16 czerwca 1998 r. /U 9/97/, w którym tenże stwierdził, iż przepisy ustawy VAT nie przewidują sytuacji, w której nabywca odbiera naliczony na fakturze, a niezapłacony przez zbywcę podatek. Ryzyko wyboru niewłaściwego kontrahenta obciąża nabywcę towarów i usług, który może dokonać potrącenia tylko podatku uiszczonego przez zbywcę.
Rozpoznając sprawę na mocy przepisu art. 97 par. 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Przepisy wprowadzające ustawę - Prawo o ustroju sądów administracyjnych i ustawę Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi /Dz.U. nr 153 poz. 1271 ze zm./ Wojewódzki Sąd Administracyjny w Lublinie uwzględnił skargę Ireneusza S. Sąd nie podzielił zarzutów skarżącego, iż decyzja Izby Skarbowej dotknięta była wadą nieważności.
Sąd podważył ocenę organu podatkowego II instancji, który dokonując oceny materiału dowodowego w sprawie stwierdził, iż w rozpatrywanej sprawie mamy do czynienia z wypełnieniem dyspozycji dwu przepisów par. 54 ust. 4 pkt 1 lit. "a" oraz pkt 2 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 15 grudnia 1997 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz podatku akcyzowym /Dz.U. nr 156 poz. 1024 ze zm./.
Sąd wyraził pogląd, iż materiał dowodowy zebrany w sprawie nie uprawniał organów podatkowych do oceny, iż sporna faktura została wystawiona przez podmiot nie istniejący, czyli taki, który nie istnieje w sferze stosunków gospodarczych o obrotu prawnego.
Jakkolwiek niewątpliwie niedopełnienie obowiązków przez Fundację jako podatnika /między innymi określonych w art. 10 i 26 ustawy o VAT/, to jednak w żadnym razie takie zaniechanie nie przesądza o nieistnieniu podmiotu w sensie jego prawnego bytu.
Również stwierdzenie, że Fundacja jako wystawca zakwestionowanych faktur nie posiada ich kopii nie jest potwierdzone materiałem dowodowym zebranym w sprawie. Brak jest nawet wystarczających podstaw do oceny, czy istotnie Fundacja została prawidłowo wezwana do ich złożenia.
W skardze kasacyjnej Dyrektor Izby Skarbowej w L. zaskarżając wyrok w całości wnosił o:
1. jego uchylenie w całości, rozpoznanie sprawy i oddalenie skargi podatnika,
2. zasądzenie kosztów procesu według norm przepisanych
ewentualnie o
3. jego uchylenie w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpatrzenia Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Lublinie.
Wyrokowi temu zarzucił naruszenie przepisów prawa materialnego /art. 174 pkt 1 ustawy Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnemu/, a mianowicie przepisu par. 54 ust. 4 pkt 1a oraz pkt 2 rozporządzenia Ministra Finansów w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym poprzez stwierdzenie, że organy skarbowe nie udowodniły, iż w rozpatrywanym przypadku zakwestionowane faktury zostały wystawione przez podmiot nieistniejący lub nieuprawniony do wystawiania faktur lub faktur korygujących.
Odpowiadając na skargę kasacyjną Ireneusz S. złożył wniosek o jej oddalenie oraz zasądzenie zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:
Podstawy skargi kasacyjnej jakie powołał Dyrektor Izby Skarbowej w L. nie usprawiedliwiają wniosków rozpatrywanego środka odwoławczego. Do powyższego wniosku prowadzi analiza samego zarzutu stanowiącego podstawę skargi kasacyjnej.
Przypomnienia w tym miejscu wymaga, że rozpoznając skargę kasacyjną Naczelny Sąd Administracyjny związany jest granicami skargi kasacyjnej /art. 183 par. 1 ustawy z dnia 30 sierpnia Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi - Dz.U. nr 153 poz. 1270 zwanej dalej p.p.s.a./. Z urzędu bierze pod uwagę jedynie takie wady zaskarżonego orzeczenia, które stanowią o jego nieważności.
Oznacza to, iż w II instancji nie bada się ponownie legalności ostatecznej decyzji podatkowej jako całości, co jest przedmiotem orzekania przez Wojewódzki Sąd Administracyjny. Naczelny Sąd Administracyjny kontroluje działalność administracji publicznej co do zgodności z prawem w takiej części, którą zakreślają podstawy kasacji.
Zarzucając naruszenie prawa materialnego - art. 174 pkt 1 p.p.s.a., autor skargi kasacyjnej po pierwsze nie określił, czy powyższe naruszenie prawa nastąpiło przez błędną wykładnię czy też przez niewłaściwe zastosowanie par. 54 ust. 4 pkt 1 "a" i par. 54 ust. 2 pkt 2 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 15 grudnia 1997 r. w sprawie wykonania przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 156 poz. 1024 ze zm./. Po drugie, zarzucając naruszenie prawa materialnego podnosi, że Sąd I instancji wadliwie stwierdził, że organy skarbowe nie udowodniły, iż w rozpatrywanym przypadku zakwestionowane faktury zostały wystawione przez podmiot nieistniejący lub nieuprawniony do wystawiania faktur lub faktur korygujących.
Nie może budzić wątpliwości, iż w postępowaniu podatkowym istota sporu sprowadza się do oceny materiału dowodowego co do tego czy dawał on podstawę do przyjęcia za udowodnione, że zakwestionowane w toku kontroli podatkowej faktury wystawione były przez podmiot nie istniejący, co dawało podstawy do pozbawienia Spółki "S." prawa do obniżenia podatku należnego /par. 54 ust. 4 pkt 1 lit. "c" rozporządzenia Ministra Finansów z 15 grudnia 1997 r. - cyt. wyżej/. Do tego samego skutku prowadziło przyjęcie za udowodnione okoliczności o braku w Fundacji Naukowej (...) kopii faktur wystawionych dla spółki cywilnej "S.".
Powyższe ustalenia faktyczne na jakich oparto ostateczną decyzję Izby Skarbowej w L. z 11 czerwca 2003 r. Wojewódzki Sąd Administracyjny w zaskarżonym wyroku podważył uznając je za sprzeczne z normami prawa procesowego. Odnośnie nieistnienia Fundacji Sąd uznał, że "materiał dowodowy zebrany w sprawie nie uprawniał organów podatkowych do oceny, iż sprawa faktury została wystawiona przez podmiot nie istniejący..." a więc ustalenia tego dokonano sprzecznie z regułą wynikającą z art. 180 ustawy Ordynacja podatkowa. Co do braku kopii faktury u sprzedawcy to ustalenie w tym względzie uznał za dotknięte dalej idącymi wadami powodującymi naruszenie zasad ogólnych postępowania podatkowego wyrażonych w art. art. 121 par. 1 i 122 ustawy Ordynacja podatkowa a to dlatego, iż zdarzenie to nie było przedmiotem badania ani przez organ I ani też II instancji.
Powyższa ocena zgodności z prawem sposobu zebrania materiału dowodowego i dokonanych na jego podstawie ustaleń nie została w skardze kasacyjnej zakwestionowana, a skoro tak to stan faktyczny przyjęty w zaskarżonym wyroku jest nadal wiążący, co wynika z reguły związania Sądu II instancji m.in. podstawami skargi kasacyjnej.
Przy braku właściwie dokonanych ustaleń co do nieistnienia Fundacji oraz tego czy posiadała ona kopię spornej faktury nie można stosować wobec będącej podatnikiem Spółki "S." sankcji w postaci pozbawienia prawa do obniżenia podatku należnego o naliczony.
Na powyższą zależność pomiędzy kwestionowaniem reguł procesowych rządzących postępowaniem dowodowym a możliwością podważenia zastosowania lub nie przepisów prawa materialnego zwracał wielokrotnie uwagę Sąd Najwyższy np. w wyroku z dnia 21 marca 1997 r. I PKN 58/97 /OSNP 1997 nr 22 poz. 436/, a także Naczelny Sąd Administracyjny - patrz wyrok z dnia 21 kwietnia 2004 r. FSK 181/04 /ONSAiWSA 2004 Nr 2 poz. 36/.
Przy wynikającej z zaskarżonego wyroku ocenie stanu faktycznego nie istniała możliwość skutecznego podważenia braku zastosowania par. 54 ust. 4 pkt 1lit. "c" i par. 54 ust. 4 pkt 2 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 15 grudnia 1997 r. /cyt. wyżej/. Z tego też powodu Naczelny Sąd Administracyjny uznał, iż rozpoznawana skarga kasacyjna nie posiada usprawiedliwionych podstaw, co w oparciu o art. 184 p.p.s.a. nakazywało jej oddalenie.
Rozstrzygnięcie o kosztach oparte zostało na art. 204, 205 par. 2 i 209 p.p.s.a., a zasądzone wynagrodzenie radcy prawnego ustalono na podstawie par. 14 ust. 2 pkt 2 lit. "b" i par. 6 pkt 6 rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 28 września 2002 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych... /Dz.U. nr 163 poz. 1349 ze zm./.